Polisen larmades till Nådendals hamn klockan 01.30 natten till söndagen. Flera andra myndigheter deltog i uppdraget.
I hamnen framkom det att en ung man ombord på Finnlines fartyg Finncanopus hade fallit från ett övre däck till ett lägre däck. Mannen avled på platsen.
Polisen misstänker inget brott i samband med händelsen, och fortsätter att utreda dödsorsaken.
Polisen ger ingen ytterligare information om fallet.
Finncanopus skulle egentligen avgå från Nådendal till Kapellskär vid tiotiden på lördagskvällen. Enligt tidningen Turun Sanomat försenades avgången på grund av stormen. Fartyget lämnade hamnen klockan fyra på söndagsmorgonen.