Flygplatserna i Kaunas och Vilnius stängdes på fredagskvällen efter att väderballonger flugit in från Belarus.
Båda gränsövergångar till Belarus är stängda fram till middagstid på söndag, meddelade Litauens premiärminister Inga Ruginienė.
Flygtrafiken i Vilnius avbröts tillfälligt och luftrummet stängdes delvis för flygtrafik.
På lördagsmorgonen återupptogs flygtrafiken på Kaunas och Vilnius flygplatser.
Enligt Litauens nationella kriscenter observerades tiotals väderballonger med hjälp av radar. Ballongerna används av cigarettsmugglare för att smuggla in cigaretter från Belarus.
Också på tisdagskvällen stoppade väderballongen flygtrafiken i Vilnius.
I onsdags sa premiärminister Ruginienė att Litauen stänger gränserna mot Belarus ifall smugglingsballonger kommer in över landet på nytt.
Källa: Reuters