KERAGAMAN GENETIK GEN HORMON

PERTUMBUHAN PADA SAPI PESISIR

SUMATERA BARAT

JAKARIA

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2008
 PERNYATAAN MENGENAI DISERTASI DAN
SUMBER INFORMASI

Dengan ini saya menyatakan bahwa disertasi berjudul ”Keragaman

Genetik Gen Hormon Pertumbuhan pada Sapi Pesisir Sumatera Barat”, adalah
karya saya sendiri di bawah arahan dan bimbingan para pembimbing. Karya ini
belum diajukan dalam bentuk apa pun kepada perguruan tinggi mana pun. Sumber
informasi yang berasal atau dikutip dari karya yang diterbitkan maupun tidak
diterbitkan dari penulis lain telah disebutkan dalam teks dan dicantumkan dalam
daftar pustaka di bagian akhir disertasi ini.

Bogor, Maret 2008

Jakaria
NRP. D061020011
 ABSTRACT

JAKARIA. The Genetic Variability of Growth Hormone Gene in Pesisir Cattle

of West Sumatra. Supervised by HARIMURTI MARTOJO, RONNY RACHMAN
NOOR, DEDY DURYADI SOLIHIN and BAHARUDDIN TAPPA.

West Sumatra Pesisir cattle is one of many Indonesian animal domestic

genetic resources that characterized by its small body size and body
measurements as compared to other domestic cattles. This uniqueness leads the
author to do a molecular study of the growth hormone (GH) gene. This study are
aimed to study the GH gene polymorphism, unique sequences and the association
of the GH gene with the body weight and some body measurements.
The body weight and body measurement and whole blood samples were
collected from Pesisir cattle at Pesisir Selatan and Padang Pariaman districts of
West Sumatra Province. In order to do out-group comparison, the similar type of
data were collected from Bali cattle in Bali, Limousine, and Simmental cattles
from Artificial Insemination Center at Singosari Malang. Total DNA isolation,
PCR and RFLP analyses were conducted at the Molecular Biology Laboratory at
Research Center for Bioresources and Biotechnology, Bogor Agricultural
University. DNA sequencing was conducted at the R&D Biotechnology
Laboratory of Charoen Pokphand, Jakarta. PCR-RFLP technique was used to
detect the polymorphism of the growth hormone (GH) gene. Allele frequencies,
heterozygosity as well as PIC (Polymorphic Informative Content) values were
estimated in order to describe the variation of the GH gene. The genetic
equilibrium status of the growth hormone (GH) allele was tested by using chi-
square test, while the unique sequences was detected by conducting DNA
sequencing. The associations of GH gene polymorphism and corrected body
weight and body measurement were detected by t test.
The result showed that MspI GH gene had three genotypes, i.e. +/+. +/-
and -/- genotypes and polymorphic for Pesisir, Limousine and Simmental cattle.
On the other hand, the allele in Bali cattle was monomorphic. The PIC values
were 0.276, 0.276, 0.178 and 0.000 for Pesisir, Limousine, Simmental, and Bali
cattles, respectively. The high (-) allele frequencies were found in Pesisir and Bali
cattle populations, but low in Limousine and Simmental cattles. The high L allele
frequencies were found at all populations studied. The genotypes of +/+, +/- and
-/- as well as LL, LV and VV were in the equilibrium status. Mutation occurred on
the GH gene was the mutation of cytosine (C) to thymine (T) for MspI site and
from cytosine (C) to guanine (G) at AluI site. There were no significant
association between the GH gene polymorphism (MspI and AluI) and body weight
as well as body measurements.

Keywords: Pesisir cattle, growth hormone (GH) gene, PCR-RFLP.

 RINGKASAN

JAKARIA. Keragaman Genetik Gen Hormon Pertumbuhan pada Sapi Pesisir

Sumatera Barat. Dibimbing oleh HARIMURTI MARTOJO, RONNY
RACHMAN NOOR, DEDY DURYADI SOLIHIN dan BAHARUDDIN TAPPA.

Sapi pesisir Sumatera Barat merupakan salah satu sumber daya genetik
sapi lokal yang memiliki bentuk dan ukuran tubuh paling kecil dibandingkan sapi
lainnya di Indonesia, seperti sapi aceh, sapi madura, sapi bali dan sapi peranakan
ongole (PO). Keunikan sapi pesisir menjadi salah satu alasan dasar atas kajian
molekuler terhadap gen hormon pertumbuhan (GH) yang diduga sebagai salah
satu gen utama (major gene) yang berperan penting dalam proses pertumbuhan.
Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman, sekuens unik dan hubungan
polimorfisme gen GH dengan bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh baik pada
sapi pesisir maupun pada sapi bali, sapi limousin dan sapi simmental sebagai
pembanding.
Data bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh serta sampel darah sapi pesisir
diambil berdasarkan metode otoritas. Jumlah sampel yang diambil sebanyak 220
ekor yang terdiri atas sapi pesisir dari Kabupaten Pesisir Selatan 98 ekor dan
Kabupaten Padang Pariaman 35 ekor. Sebagai pembanding bangsa sapi lain,
diambil sampel sapi bali dari Pulau Bali 47 ekor, sapi limousin dan sapi
simmental dari BIB Singosari Malang, masing-masing 22 ekor dan 18 ekor.
Isolasi DNA total dilakukan dengan menggunakan metode yang disarankan oleh
Sambrook et al. (1989) yang dimodifikasi (Duryadi 1994). Isolasi DNA total,
PCR (Polymerase Chain Reaction) dan RFLP (Restriction Fragment Length
Polymorphism) dilakukan di Laboratorium Biologi Molekuler, Pusat Penelitian
Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi LPPM IPB, sedangkan sekuenss DNA
dilakukan di Laboratorium Bioteknologi R&D PT Charoen Pokphand Jakarta.
Penelitian berlangsung sejak September 2004 s/d Juli 2006. Deteksi polimorfisme
gen GH dilakukan melalui teknik PCR-RFLP. Keragaman gen GH ditentukan
dengan analisis frekuensi gen, nilai heterozigositas pengamatan (Ho) dan nilai
heterozigositas harapan (He) serta nilai Polymorphic Informative Content (PIC).
Keseimbangan genotipe gen GH dalam populasi diuji dengan uji χ2 (chi-square),
sedangkan sekuens unik atau ada tidaknya mutasi yang terjadi pada gen GH
dilakukan perunutan atau sekuensing. Selain itu, untuk mengetahui hubungan
antara polimorfisme (genotipe) gen GH dengan bobot badan dan ukuran tubuh
dihitung berdasarkan uji t.
Hasil analisis fragmen gen GH MspI diperoleh tiga macam genotipe yaitu
genotipe +/+ (dua pita), +/- (heterozigot tiga pita) dan -/- (satu pita) dengan total
panjang sekuens lebih kurang 327 pasang basa (bp) yang terletak di intron 3
parsial dan exon 4 parsial. Fragmen gen GH AluI juga diperoleh tiga macam
genotipe yaitu genotipe LL (dua pita), LV (hetezigot tiga pita) dan VV (satu pita)
dengan total panjang sekuens 211 pasang basa (bp) yang terletak di intron 4
parsial dan exon 5 parsial. Suhu annealing yang digunakan untuk mengamplifikasi
kedua fragmen tersebut masing-masing 53oC dan 55oC selama 45 detik.
Frekuensi genotipe -/- dan alel (-) tinggi pada sapi pesisir yang terdapat di
Kabupaten Pesisir Selatan maupun di Kabupaten Padang Pariaman dan tidak
terdapat perbedaan yang berarti pada kedua lokasi tersebut. Frekuensi genotipe -/-
dan alel (-) tinggi juga ditemukan pada sapi bali, sebaliknya rendah pada sapi
limousin, dan sapi simmental. Frekuensi genotipe LL dan alel L tinggi ditemukan
pada semua bangsa sapi yang dianalisis baik sapi pesisir di Kabupaten Pesisir
Selatan maupun di Kabupaten Padang Pariaman, termasuk sapi bali, sapi
limousin, dan sapi simmental. Genotipe -/- dan LL atau alel (-) dan L merupakan
genotipe atau alel yang terfiksasi pada sapi bali karena tidak ditemukan genotipe
atau alel lain. Berbeda dengan sapi pesisir, pada sapi limousin dan sapi simmenal
masih terdapat genotipe +/+, +/-, dan -/- atau genotipe LL, LV, dan VV, kecuali
genotipe VV termasuk genotipe langka pada sapi pesisir dan sapi limousin seperti
halnya pada sapi bali. Hasil analisis keseimbangan genotipe dalam populasi
terhadap fragmen gen GH MspI dan AluI mengindikasikan status dalam keadaan
seimbang (equlibrium status), kecuali pada populasi sapi pesisir yang terdapat di
Kabupaten Padang Pariaman mengindikasikan tidak seimbang untuk fragmen gen
GH MspI.
Nilai heterozigositas Ho dan He untuk fragmen gen GH MspI tinggi
ditemukan pada sapi pesisir, sapi limousin, dan sapi simmental, sebaliknya rendah
pada sapi bali. Nilai heterozigositas Ho dan He untuk fragmen gen GH AluI tinggi
pada sapi limousin, dan sapi simmental, sebaliknya rendah pada sapi pesisir dan
sapi bali. Hal yang sama juga ditemukan berdasarkan hasil pendugaan nilai PIC
yang menunjukkan bahwa fragmen gen GH MspI tinggi pada sapi pesisir, sapi
limousin, dan sapi simmental, sebaliknya rendah pada sapi bali, masing-masing
dengan nilai 0,276, 0,276, 0,178, dan 0,000. Adapun pendugaan nilai PIC untuk
fragmen gen GH AluI tinggi pada sapi limousin dan sapi simmental, sebaliknya
rendah pada sapi pesisir dan sapi bali masing-masing dengan nilai 0,260, 0,334,
0,015, dan 0,000. Dengan demikian, penciri PCR-RFLP MspI gen GH memiliki
keragaman tinggi (polimorfik) pada sapi pesisir, sapi limousin, dan sapi
simmental, sebaliknya rendah (monomorfik) pada sapi bali. Adapun penciri PCR-
RFLP AluI memiliki keragaman tinggi (polimorfik) pada sapi limousin dan sapi
simmental, sebaliknya rendah (monomorfik) pada sapi pesisir dan sapi bali.
Hasil analisis sekuens fragmen gen GH MspI dan AluI memiliki kesamaan
yang tinggi dengan sekuens gen GH yang terdapat di GenBank masing-masing
dengan nilai 96-97% dan 98-99%. Mutasi yang terjadi pada sekuens gen GH
diduga adalah antara basa sitosin (C) menjadi timin (T) untuk situs MspI,
sedangkan mutasi sitosin (C) menjadi guanin (G) untuk situs AluI. Hasil analisis
pohon genetik (genetic tree) berdasarkan gabungan antara fragmen MspI dan AluI
gen GH diperoleh pengelompokan (clustering) yang terpisah antara sapi pesisir,
sapi bali, sapi limousin, dan sapi Simmental. Hal ini mengindikasikan terdapat
perbedaan sekuens gen GH baik pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan
sapi simmental.
Hasil analisis hubungan antara genotipe fragmen gen GH MspI dan AluI
dan bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh menunjukkan tidak terdapat hubungan
nyata. Kedua fragmen gen GH tidak ada bukti kuat dapat dijadikan sebagai alat
penciri genetik untuk program seleksi baik pada sapi pesisir, sapi limousin, dan
sapi simmental.

Kata kunci: sapi pesisir, gen hormon pertumbuhan (GH), PCR-RFLP.

 © Hak cipta milik Institut Pertanian Bogor, Tahun 2008
Hak cipta dilindungi undang-undang.
1. Dilarang mengutip sebagian dan seluruh karya tulis ini tanpa
mencantumkan atau menyebutkan sumber.
a. Pengutipan hanya untuk kepentingan pendidikan, penelitian,
penulisan karya ilmiah, penyusunan laporan, penulisan kritik,
atau tinjauan suatu masalah.
b. Pengutipan tidak merugikan kepentingan yang wajar IPB.
2. Dilarang mengumumkan dan memperbanyak sebagian atau seluruh
karya tulis dalam bentuk apa pun tanpa izin IPB.
KERAGAMAN GENETIK GEN HORMON
PERTUMBUHAN PADA SAPI PESISIR
SUMATERA BARAT

JAKARIA

Disertasi
sebagai salah satu syarat untuk memperoleh gelar Doktor
pada
Program Studi Ilmu Ternak

SEKOLAH PASCASARJANA
INSTITUT PERTANIAN BOGOR
2008
Penguji pada Ujian Tertutup : Dr. Ir. Cece Sumantri, M.AgrSc.

Penguji pada Ujian Terbuka : 1. Prof. Dr. Ir. Wasmen Manalu

2. Prof. Dr. Ir. Kusuma Diwyanto, MS., APU.

Judul Disertasi : Keragaman Genetik Gen Hormon Pertumbuhan pada
Sapi Pesisir Sumatera Barat
Nama : Jakaria
NRP : D061020011

Disetujui

Komisi Pembimbing

Prof.Dr. H. Harimurti Martojo, M.Sc. Prof.Dr.Ir. Ronny R. Noor, M.Rur.Sc.

Ketua Anggota

Dr.Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA Dr.Ir. Baharuddin Tappa, M.Sc.

Anggota Anggota

Diketahui

Ketua Departemen Ilmu Produksi Dekan Sekolah Pascasarjana

dan Teknologi Peternakan

Dr. Ir. Cece Sumantri, M.AgrSc. Prof.Dr.Ir. Khairil A. Notodiputro, MS.

Tanggal ujian : 12 Maret 2008 Tanggal lulus :

 PRAKATA

Puji syukur penulis panjatkan kehadirat Tuhan Yang Maka Kuasa, karena
atas rahmat dan karunia-Nya karya ilmiah ini dapat disusun dan diselesaikan
dengan judul “Keragaman Genetik Gen Hormon Pertumbuhan pada Sapi Pesisir
Sumatera Barat”.
Penelitian ini dilakukan atas dasar, yaitu (1) sapi pesisir yang terdapat di
Sumatera Barat merupakan salah satu ternak lokal yang masih terbatas informasi
molekulernya terutama mengenai gen hormon pertumbuhan (GH) dan (2) sapi
pesisir unik dibandingkan dengan sapi lokal lainnya, karena memiliki bentuk dan
ukuran tubuh terkecil dibandingkan dengan sapi lokal lainnya di Indonesia. Atas
dasar tersebut, penulis berharap agar informasi yang diperoleh dari hasil penelitian
ini mungkin dapat bermanfaat dan memperkaya khasanah ilmu pemuliaan dan
genetika ternak di Indonesia.
 UCAPAN TERIMA KASIH

Pada kesempatan ini, penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada

Prof. Dr. H. Harimurti Martojo, M.Sc., Prof. Dr. Ir. Ronny Rachman Noor,
M.Rur.Sc., Dr. Ir. Dedy Duryadi Solihin, DEA, dan Dr. Ir. Baharuddin Tappa,
M.Sc. atas bimbingan, arahan, dan dorongan sehingga karya ilmiah ini dapat
diselesaikan. Semoga Allah SWT memberikan balasan yang terbaik atas segala
amal ibadah, pengorbanan, curahan waktu, dan tenaga, serta ilmu yang diberikan
kepada penulis.
Ucapan terima kasih dan penghargaan yang tinggi penulis sampaikan
kepada Dr. Ir. Cece Sumantri, M.AgrSc. sebagai penguji pada ujian tertutup,
Prof. Dr. Ir. Wasmen Manalu dan Prof. Dr. Ir. Kusuma Diwyanto, MS., APU.
sebagai penguji pada ujian terbuka atas kesediaannya meluangkan waktu menjadi
penguji luar komisi. Beberapa pertanyaan, saran, dan komentar yang telah
diberikan sangat bermanfaat dan memeliki arti penting bagi penulis untuk
kesempurnaan disertasi ini.
Kepada Rektor IPB, Dekan Fakultas Peternakan, Ketua Departemen Ilmu
Produksi dan Teknologi Peternakan, Kepala Bagian Pemuliaan dan Genetika
Ternak, penulis mengucapkan banyak terima kasih atas izin dan kesempatan yang
diberikan untuk menempuh pendidikan program doktor di Sekolah Pascasarjana
IPB. Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada tim pengelola beasiswa
BPPS Direktorat Jenderal Pendidikan Tinggi, Departemen Pendidikan Nasional,
yang telah memberikan beasiswa selama studi. Kepada Bupati Kepala Daerah
Tingkat II Barito Kuala, Kalimantan Selatan, terima kasih penulis sampaikan atas
bantuan dana penelitian yang telah diberikan. Terima kasih juga penulis
sampaikan kepada Dr. Ir. Sarbaini Anwar, M.Sc. atas izin penggunaan data dan
sampel darah sapi pesisir, Sumatera Barat. Kepada Kepala Dinas Peternakan
Provinsi Bali dan Kepala Balai Inseminasi Buatan (IB) Singosari, Malang, Jawa
Timur, penulis juga mengucapkan terima kasih atas izin yang diberikan untuk
mengambil data dan sampel darah sapi bali di P3 Bali serta sapi simmental dan
sapi limousin di BIB Singosari, Malang, Jawa Timur.
 Ucapan terima kasih penulis sampaikan kepada Dr. Ir. Nachrowi, M.Sc.
sebagai Ketua Program Studi Ilmu Ternak, Dr. Ir. Rarah Ratih Maheswari, DEA
sebagai Ketua Program Major Ilmu Ternak, staf pengajar, dan staf penunjang
Sekolah Pascasarjana IPB. Khusus kepada staf pengajar dan staf penunjang di
Bagian Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan IPB, penulis
mengucapkan banyak terima kasih atas bantuan, dorongan, dan pengertiannya
selama mengikuti pendidikan program doktor di Sekolah Pascasarjana IPB.
Ucapan terima kasih yang tulus penulis sampaikan kepada semua kawan
atau sahabat seperjuangan di Laboratorium Biologi Molekuler PPSHB LPPM
IPB. Ucapan terima kasih juga penulis sampaikan kepada Heri Jumhaer yang telah
banyak membantu selama kegiatan penelitian berlangsung. Ucapan terima kasih
juga penulis sampaikan kepada Ir. Bambang Pangestu, MS., Ir. Sri Darwati, MS.,
Ir. Andi Murfi, MS., Ir. Afton Atabani, MS., Ir. Rukmiasih, MS., dan Ir. Salundik,
MS. atas do’a restu, semangat, dan motivasi yang diberikan.
Kepada orang tua, Ibunda Juhriah dan Ayahanda Muhammad Thabrani
(almarhum), serta ibu dan bapak mertua, Ibunda Kusminingsih dan Ayahanda
Dudung Supiyadi yang selalu memberikan dorongan, semangat dan do’a restu
yang tidak ada hentinya. Keberhasilan ini sebenarnya adalah keberhasilan ibunda
dan ayahanda peroleh, semoga keberhasilan ini juga dapat penulis berikan kepada
anak-anak tersayang. Kepada istri tercinta Dian Herawati dan anak-anak tersayang
Hafidz Azhar Jakaria dan Galuh Samia Zahra terima kasih banyak atas segala
pengorbanan, kasih sayang, dan pengertian yang diberikan.
Akhirnya penulis mengucapkan banyak terima kasih kepada semua fihak
yang tidak dapat disebutkan namanya satu per satu yang telah memberikan
bantuan, dorongan, dan semangat untuk menyelesaikan studi ini. Semoga ALLAH
SWT membalas segala amal ibadah dan kebaikan yang diberikan dengan pahala
atau balasan yang setimpal.

Bogor, Maret 2008

Jakaria
 RIWAYAT HIDUP
Penulis dilahirkan di Handil Barabai, Kecamatan Anjir Muara
Kabupaten Barito Kuala, Kalimantan Selatan pada tanggal 05 Januari 1966.
Penulis merupakan anak pertama dari enam bersaudara dari pasangan ayah
Muhammad Thabrani (alm) dan Ibu Juhriah.
Pendidikan dasar diselesaikan di Sekolah Dasar Negeri (SDN) Setuju
Handil Barabai pada tahun 1981, pendidikan menengah pertama di Madrasah
Tsanawiyah Negeri (MTsN) Anjir Muara pada tahun 1984, pendidikan menengah
atas di Sekolah Pertanian Pembangunan (SNAKMA) Negeri Pelaihari pada tahun
1988. Pada tahun 1988 penulis diterima di Politeknik Pertanian IPB program
Diploma III (DIII) dan selesai pada tahun 1991, kemudian pada tahun 1992
penulis melanjutkan program alih jenjang program Sarjana (S1) di Program Studi
Peternakan, Fakultas Pertanian Universitas Djuanda (UNIDA) Bogor, selesai pada
tahun 1996. Pada tahun 1997 penulis melanjutkan studi S2 di Program Studi Ilmu
Ternak Program Pascasarjana IPB dan selesai pada tahun 2000. Pada tahun 2002,
penulis kembali melanjutkan studi S3 pada program studi yang sama dengan
bantuan beasiswa BPPS Dirjen Depdiknas RI.
Saat ini penulis bekerja sebagai staf pengajar di Fakultas Peternakan
IPB sejak tahun 2000, sebelumnya penulis sebagai teknisi peternakan di
Laboratorium Pemuliaan dan Genetika Ternak, Fakultas Peternakan IPB. Selama
mengikuti studi program doktor, penulis telah mendapat kesempatan sebagai
Visiting Researcher Fellowship di Animal Genome Project, Tsukuba-Japan pada
tahun 2002 dan Training Course: Molecular Characterization Using DNA
Microsatellite Markers di Chinese Academy of Agricultural Science (CAAS),
Beijing-Cina pada tahun 2007 masing-masing selama tiga bulan.
Penulis menikah dengan Dian Herawati pada tahun 1997 dan telah
dikaruniai satu orang putra Hafidz Azhar Jakaria dan satu orang putri Galuh
Samia Zahra.
 DAFTAR PUBLIKASI

1. Jakaria, D. Duryadi, R.R. Noor, B. Tappa & H. Martojo. 2007. Evaluasi

keragaman genetik gen hormon pertumbuhan (GH) pada sapi Pesisir Sumatera
Barat menggunakan penciri PCR-RFLP. Media Peternakan 30(1):1-10
(Terakriditasi).

2. Jakaria, D. Duryadi, R.R. Noor, B. Tappa & H. Martojo. 2007. Hubungan

polimorfisme gen hormon pertumbuhan MspI dengan bobot badan dan ukuran
tubuh sapi Pesisir Sumatera Barat. Jurnal Pengembangan Peternakan Tropis
32(01):33-40 (Terakriditasi).
 DAFTAR SINGKATAN

α : alpha
A : adenine
BLAST : basic local alignment search tool
bp : base pair
C : cytosine
cm : centimeter
DNA : deoxyribonucleic acid
dNTP : deoxythymidine triphosphate
EDTA : ethylenediaminetetra-acetic acid
g : gram
G : guanine
GH : growth hormone
He : expected heterozygosity
Ho : observed heterozygosity
kDa : kilodalton
kg : kilogram
mA : milliamphere
MAS : marker assisted selection
MEGA : molecular evolutionary genetic analysis
mg : milligram
ml : milliliter
mM : millimolar
μl : microliter
n : number
nm : nanometer
PCR : polymerase chain reaction
pH : logarithm of reciprocal of hydrogen ion
concentration
PIC : polymorphic informative content
pmol : picomole
QTL : quantitative trait loci
RFLP : restriction fragment length polymorphism
RNAse : ribonuclease
SE : standard error
T : thymine
Taq : thermos aquaticus
TBE : tris-borac acid-EDTA
TE : tris-EDTA
UV : ultraviolet
 DAFTAR ISI

Halaman

DAFTAR TABEL ...................................................................................... ix

DAFTAR GAMBAR ................................................................................. xi
DAFTAR LAMPIRAN .............................................................................. xiii
PENDAHULUAN ..................................................................................... 1
Latar Belakang ............................................................................... 1
Tujuan ............................................................................................. 4
Manfaat ........................................................................................... 4
TINJAUAN PUSTAKA ............................................................................. 6
Sumber Daya Genetik Ternak Lokal .............................................. 6
Sapi Pesisir Sumatera Barat ............................................................ 9
Hormon Pertumbuhan .................................................................... 12
Gen Hormon Pertumbuhan ............................................................. 17
Penciri Genetik Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment
Length Polymorphism (PCR-RFLP) .............................................. 21
Analisis Sekuens DNA ................................................................... 22
Gen Kandidat (Candidate Gene) .................................................... 23
MAS (Marker Assisted Selection) .................................................. 24
BAHAN DAN METODE .......................................................................... 26
Tempat dan Waktu ......................................................................... 26
Bahan dan Alat ............................................................................... 26
Metode Penelitian ........................................................................... 31
Penarikan Sampel Data Penelitian ..................................... 31
Pengambilan Data Sifat Kuantitatif ..................................... 31
Pengambilan Sampel Darah ............................................... 32
Isolasi DNA Total ............................................................... 32
Amplifikasi Gen GH Menggunakan Mesin PCR ............... 33
Analisis Penciri PCR-RFLP .............................................. 35
Elektroforesis DNA Total, Produk PCR, dan PCR-RFLP ... 35
Sekuens Fragmen Gen GH MspI dan AluI ......................... 36
Peubah yang Diamati ......................................................... 37
Analisis Data ...................................................................... 38
HASIL DAN PEMBAHASAN .................................................................. 41
Amplifikasi Gen Hornom Pertumbuhan ....................................... 41
Polimorfisme Gen Hormon Pertumbuhan ..................................... 44
Frekuensi Genotipe dan Alel Fragmen Gen GH MspI
dan AluI ............................................................................ 44
Keseimbangan Gen dalam Populasi ................................... 55
 Pendugaan Nilai Heterozigositas ....................................... 56
Pendugaan Nilai PIC ........................................................... 58
Sekuens Gen Hormon Pertumbuhan .............................................. 59
Homologi dan Deteksi Mutasi Gen GH ............................... 59
Jarak Genetik dan Pohon Genetik Sekuens Fragmen Gen
GH ....................................................................................... 61
Hubungan Polimorfisme Gen GH dengan Sifat Bobot Badan dan
Ukuran-ukuran Tubuh .................................................................... 64
Program Pengembangan Sumber Daya Genetik Sapi Pesisir ......... 67
SIMPULAN DAN SARAN ....................................................................... 70
Kesimpulan ..................................................................................... 70
Saran ............................................................................................... 71
DAFTAR PUSTAKA ................................................................................ 72
LAMPIRAN ............................................................................................... 82
 DAFTAR TABEL

Halaman

1 Bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh dewasa (3-6 tahun) sapi 11

pesisir, sapi bali, dan sapi ongole ........................................................
2 Bobot badan dewasa (3-6 tahun) sapi pesisir dan bangsa sapi kecil
lainnya (mini cattle) di dunia .............................................................. 12
3 Beberapa tipe enzim pemotong yang digunakan dalam analisis RFLP 22
4 Jumlah ternak sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi
simmental yang digunakan dalam penelitian ....................................... 26
5 Sekuens primer yang digunakan untuk mengamplifikasi gen GH
pada sapi pesisir, sapi bali, sapi simmental, dan sapi limousin ........... 33
6 Kondisi mesin PCR yang dijalankan untuk mengamplifikasi gen GH
pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental .......... 34
7 Frekuensi genotipe fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir
berdasarkan asal, jenis kelamin, dan kelompok umur .......................... 45
8 Frekuensi genotipe dan alel fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir di
Kabupaten Pesisir Selatan dan Kabupaten Padang Pariaman ............. 45
9 Frekuensi genotipe dan alel fragmen gen GH MspI pada sapi bali, sapi
simmental, dan sapi limousin .............................................................. 45
10 Distribusi frekuensi alel (-) fragmen gen GH MspI berdasarkan bangsa,
jumlah individu, asal bangsa, dan tipe bangsa ...................................... 48
11 Frekuensi genotipe dan alel fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir di
Kabupaten Pesisir Selatan dan Kabupaten Padang Pariaman .............. 51
12 Frekuensi genotipe dan alel fragmen gen GH AluI pada sapi bali, sapi
simmental, dan sapi simousin ............................................................. 51
13 Distribusi frekuensi alel fragmen gen GH AluI pada beberapa bangsa
sapi berpunuk, tidak berpunuk, dan silangannya ................................ 53
14 Nilai heterozigositas pengamatan (Ho) dan heterozigositas harapan
(He) fragmen gen GH MspI .................................................................. 56
15 Nilai heterozigositas pengamatan (Ho) dan heterozigositas harapan
(He) fragmen gen GH AluI ................................................................... 56
16 Nilai heterozigositas pengamatan (Ho) dan heterozigositas harapan (He)
gabungan fragmen gen GH MspI dan AluI .......................................... 57
17 Pendugaan nilai polymorphic informative content (PIC) pada sapi
pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental .......................... 58
18 Mutasi basa nukleotida pada fragmen gen GH MspI dan AluI ............. 60
19 Jarak genetik gabungan fragmen gen GH MspI (intron 3 parsial dan
exon 4 parsial) dan AluI (intron 4 parsial dan exon 5 parsial) ............ 61
20 Bobot badan dan ukuran tubuh dengan genotipe berbeda untuk
fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir ............................................. 64
21 Bobot badan dan ukuran tubuh dengan genotipe berbeda untuk
fragmen gen GH MspI pada sapi limousin ........................................... 64
22 Bobot badan dan ukuran tubuh dengan genotipe berbeda untuk
fragmen gen GH MspI pada sapi simmental ........................................ 65
23 Bobot badan dan ukuran tubuh dengan genotipe berbeda untuk
fragmen gen GH AluI pada sapi limousin ............................................ 65
24 Bobot badan dan ukuran tubuh dengan genotipe berbeda untuk
fragmen gen GH AluI pada sapi simmental ........................................ 65
25 Hubungan genotipe fragmen gen GH MspI dengan sifat produksi pada
sapi pedaging ....................................................................................... 66
26 Hubungan genotipe fragmen gen GH AluI dengan sifat produksi pada
sapi pedaging ........................................................................................ 66
 DAFTAR GAMBAR

Halaman

1 Kerangka pemikiran penelitian .................................................... 5

2 Tipe-tipe sapi domestikasi yang terdapat di Asia, Afrika, dan
Eropa ............................................................................................. 6
3 Rute penyebaran sapi di Asia, Afrika, dan Eropa ......................... 7
4 Performa sapi pesisir Sumatera Barat .......................................... 10
5 Representasi diagram pengaturan sekresi hormon pertumbuhan
dan kerjanya pada ternak domestik ............................................. 14
6 Lintasan transduksi sinyal yang diaktifkan oleh hormon
pertumbuhan .................................................................................. 15
7 Mekanisme kerja hormon pertumbuhan dalam pengaturan
pertumbuhan otot dan tulang ....................................................... 16
8 Sekuens gen hormon pertumbuhan (bGH) pada sapi Bos taurus
yang diakses di GenBank ............................................................. 19
9 Rekonstruksi struktur gen GH berdasarkan sekuens gen GH di
GenBank ...................................................................................... 20
10.a Lokasi pengambilan sampel sapi pesisir di Kabupaten Padang
Pariaman dan Kabupaten Pesisir Selatan, Sumatrea Barat .......... 27
10.b Lokasi pengambilan sampel sapi simmental dan limousin di BIB
Singosari Malang, Jawa Timur, serta sapi bali di P3 Bali, Pulau
Bali ............................................................................................... 28
11 Fragmen gen GH MspI didasarkan pada sekuens gen GH di
GenBank ....................................................................................... 34
12 Fragmen gen GH AluI didasarkan pada sekuens gen GH di
GenBank ...................................................................................... 34
13 Posisi fragmen gen GH MspI dan AluI serta situs pemotong
enzimnya ...................................................................................... 41
14 Hasil elektroforesis produk PCR fragmen gen GH MspI ............. 41
15 Hasil elektroforesis produk PCR fragmen gen GH AluI ............. 42
16 Genotipe hasil pemotongan produk PCR fragmen gen GH
dengan enzim MspI ...................................................................... 43
17 Genotipe hasil pemotongan produk PCR fragmen gen GH
dengan enzim AluI ....................................................................... 43
18 Proporsi genotipe fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir, sapi
bali, sapi limousin, dan sapi simmental ........................................ 46
19 Proporsi alel fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir, sapi bali,
sapi limousin, dan sapi simmental ................................................ 46
20 Distribusi alel (+) dan (-) fragmen gen GH MspI di dunia ............ 49
21 Proporsi genotipe fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir, sapi
bali, sapi limousin, dan sapi simmental ........................................ 52
22 Proporsi alel fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir, sapi bali, 52
sapi limousin, dan sapi simmental ................................................
23 Dendrogram pohon genetik berdasarkan fragmen gabungan gen
GH MspI (intron 3 parsial dan exon 4 parsial) dan AluI (intron 4
parsial dan exon 5 parsial) ........................................................... 61
24 Alignment sekuens fragmen gabungan gen GH MspI (intron 3
parsial dan exon 4 parsial) dan AluI(intron 4 parsial dan exon 5
parsial) pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi
simmental ...................................................................................... 62
25 Variasi warna bulu utama sapi pesisir Sumatera Barat ............... 69
 DAFTAR LAMPIRAN

Halaman

1 Sekuens gen hormon pertumbuhan (bGH) yang di akses di GenBank

No. 57764 .............................................................................................. 82
2 Komposisi bahan pereaksi yang digunakan dalam isolasi DNA total
sampel darah ........................................................................................ 84
3 Proporsi genotipe fragmen gen GH MspI dan AluI pada sapi pesisir,
sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental ........................................ 85
4 Hasil uji χ2 keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen
genotipe gen GH MspI dan AluI pada sapi pesisir, sapi bali, sapi
limousin, dan sapi simmental ............................................................... 86
5 Sekuens fragmen gen GH MspI dan AluI pada sapi pesisir, sapi bali,
sapi limousin, dan sapi simmental ....................................................... 89
6 Alignment sekuens fragmen gen GH MspI dan AluI dengan gen GH di
GenBank .............................................................................................. 101
7 Hasil uji t antara genotipe dan bobot badan serta ukuran tubuh
fragmen gen GH MspI dan AluI .......................................................... 107
8 Ringkasan uji t genotipe fragmen gen GH MspI dan AluI terhadap
bobot badan dan ukuran tubuh ........................................................... 109
 PENDAHULUAN

Latar Belakang

Bukti awal menunjukkan bahwa domestikasi sapi pertama kali ditemukan

di Turki (Perkins 1969) dengan dua spesies utama ternak sapi di dunia, yaitu tipe
berpunuk (Zebu) dan tidak berpunuk (Taurin). Tipe berpunuk termasuk dalam
spesies Bos indicus yang tersebar di wilayah Asia dan Afrika Selatan, sedangkan
tipe tidak berpunuk (Taurine) termasuk dalam spesies Bos taurus yang tersebar di
wilayah Eropa, dan Afrika Barat. Berdasarkan penyebaran tipe sapi yang ada di
Asia, Afrika dan Eropa, ternyata Indonesia memiliki tipe ternak sapi yang berbeda
dan tidak termasuk dalam tipe Zebu maupun Taurine, tetapi ternak sapinya
termasuk spesies liar, yaitu Bos [Bibos] banteng dan bangsa sapi silangan. Spesies
Bos [Bibos] banteng yang sudah didomestikasi dikenal sebagai sapi bali
(MacHugh 1996) yang termasuk dalam spesies Bos javanicus atau Bos sondaicus
(Talib et al. 2002). Sapi bali sebagai salah satu ternak asli sekarang ini merupakan
salah satu aset dunia (Noor et al. 2000). Selain itu, juga terdapat beberapa ternak
lokal lainnya yang belum dieksplorasi walaupun tidak sepopuler sapi bali, yaitu
diantaranya adalah sapi pesisir di Sumatera Barat.
Sapi pesisir Sumatera Barat merupakan salah satu sumber daya genetik
ternal lokal (DGLS 2003; Martojo 2003) yang memiliki keunikan yang tidak
dimiliki bangsa sapi lainnya, yaitu memiliki penampilan (fenotipe) dengan bentuk
dan ukuran tubuh paling kecil dibandingkan dengan sapi lainnya, seperti bangsa
sapi bali, sapi madura dan sapi aceh (Saladin 1983). Oleh karena itu, sapi pesisir
merupakan bangsa sapi terkecil kedua di dunia setelah sapi dwarf west afrika
shorthorn dari wilayah pantai Afrika Barat dan termasuk ke dalam kelompok sapi
kecil (mini cattle) (Sarbaini 2004). Sapi pesisir memiliki pola warna bulu tunggal
yang dikelompokkan atas lima warna utama, yaitu merah bata (34,35%), kuning
(25,51%), cokelat (19,96%), hitam (10,91%), dan putih (9,26%) (Sarbaini 2004).
Selain itu, sapi pesisir juga dikenal bertemperamen jinak sehingga mudah
dikendalikan dalam pemeliharaan. Karakteristik lain adalah berpunuk kecil
sampai sedang, tanduk pendek dan mengarah ke luar, seperti tanduk kambing
(Saladin, 1983).
 2
Wilayah sentra populasi sapi pesisir yang dianggap masih terjaga
kemurniannya adalah Kabupaten Pesisir Selatan. Hal ini demikian karena sapi
pesisir yang terdapat di kabupaten lain, seperti di Kabupaten Padang Pariaman
dan Kabupaten Agam mengalami program persilangan yang sangat intensif
sehingga memperlihatkan penampilan bobot badan dan ukuran tubuh lebih besar
dibandingkan dengan sapi pesisir yang terdapat di Kabupaten Pesisir Selatan
(Sarbaini 2004). Tantangan yang dihadapi terkait dengan upaya menjaga,
mempertahankan, dan mengembangkan sumber daya genetik sapi pesisir
khususnya di Kabupaten Pesisir Selatan adalah pelaksanaan program persilangan
dengan sapi impor yang terus digalakkan oleh Pemerintah Daerah Sumatera Barat.
Selain itu, tekanan terhadap populasi karena permintaan yang cukup tinggi akan
sapi pesisir dari provinsi lain (Bengkulu, Riau, Jambi, dan Sumatera Utara) masih
tinggi, yaitu sebesar 12% (9.065 ekor per tahun) dan dari Provinsi Sumatera Barat
sendiri sebesar 3,3% (2.493 ekor per tahun). Hal ini mengakibatkan terkurasnya
sumber daya genetik sapi pesisir setiap tahunnya, padahal total populasinya
diperkirakan hanya sebesar 75.545 ekor pada tahun 2002 (BPS, Dinas Peternakan
Kabupaten Pesisir Selatan 2002). Jika hal ini berlangsung terus menerus,
kecenderungan yang sama akan terjadi seperti pada sumber daya genetik ternak
asli dunia yang diperkirakan 30% telah dikategorikan menuju kepunahan (FAO
1995). Oleh karena itu, dalam rangka mengurangi laju kepunahan, khususnya
pada ternak lokal Indonesia, yang harus dilakukan salah satunya adalah upaya
karakterisasi keanekaragaman genetik pada ternak asli atau ternak lokal tersebut.
Karakteristik genetik yang dapat dieksplorasi untuk tujuan analisis
keragaman dan keterkaitannya dengan sifat produksi dapat dilakukan melalui
analisis mendalam pada gen strukturalnya atau bagian lain yang berperan penting
bagi pertumbuhan ternak. Salah satu gen yang diduga dan memiliki pengaruh
pada pertumbuhan, khususnya pada bangsa sapi pesisir sebagai bangsa sapi mini
atau terkecil kedua di dunia adalah gen hormon pertumbuhan (growth hormone)
atau GH. Gen GH memiliki ukuran panjang sekuens nukleotida sebesar 2856
pasang basa atau base pair (bp) yang terdiri atas lima exon dan dipisahkan oleh
empat intron (Gordon et al. 1983) dan terletak di kromosom 19 pada posisi
19q26-qter (Woychick et al. 1982; Hediger et al. 1990). Salah satu penciri
 3
molekuler yang digunakan untuk melakukan karakterisasi dan identifikasi gen-gen
yang mengkode sifat-sifat penting adalah penciri molekuler Restriction Fragment
Length Polymorphisms (RFLP) (Tambasco et al. 2003; Machado et al. 2003) yang
dikombinasikan dengan Polymerase Chain Reaction (PCR). Berdasarkan data
PCR-RFLP, gen GH telah diketahui bahwa memiliki keragaman yang tinggi
(Cowan et al. 1989) dan polimorfisme untuk enzim pemotong MspI yang terletak
pada intron tiga (Zhang et al. 1992) dan enzim pemotong AluI pada exon lima
(Lucy et al. 1993).
Keragaman gen GH tersebut ditunjukkan dengan adanya polimorfisme
pada situs-situs tertentu yang mungkin saja terkait erat dengan ekspresi gen GH
pada sifat produksi dan reproduksi. Jika polimorfisme gen GH tersebut terkait
dengan sifat-sifat produksi, hal itu dapat dijadikan sebagai alat Marker Assisted
Selection (MAS). Adanya studi mendalam terhadap keterkaitan polimorfisme gen
GH dengan sifat produksi, telah dapat dimanfaatkan untuk mempelajari
keragaman genetik dan struktur populasi pada ternak (Liron et al. 2002),
mendeteksi hubungan kekerabatan berdasarkan jarak genetik (genetic distance)
(Kemenes et al. 1999) serta seleksi yang berkaitan dengan ciri bangsa spesifik
(Regitano et al. 1999).
Sifat morfologi dan ukuran tubuh yang spesifik pada sapi pesisir
menarik untuk dikaji dikaitkan dengan keberadaan dan keragaman gen GH yang
dimilikinya. Peran gen GH dalam penampilan (performans) pada ternak sapi
sangat jelas pengaruhnya (Breier 1999) sehingga dugaan adanya perbedaan
keragaman gen GH antara sapi pesisir Sumatera Barat khususnya, juga sapi bali,
dan sapi impor (sapi limousin dan simmental) menarik untuk dikaji. Apakah
memang terdapat perbedaan keragaman pada gen GH-nya atau hanya merupakan
ragam dari variasi lingkungan yang terjadi. Informasi ini penting untuk diketahui
dalam rangka melengkapi kerangka kerja (framework) genetika molekuler pada
tingkat regional maupun pada tingkat benua untuk penggunaan pada saat ini
maupun masa yang akan datang.
 4
Atas dasar pemikiran tersebut di atas, diharapkan dapat diperoleh strategi
yang tepat dalam mengelola sapi pesisir secara berkelanjutan dengan penampilan
(fenotipe) sekarang ini atau ada hal lain yang dapat dieksplorasi agar nilai tambah
yang dimilikinya dapat lebih ditingkatkan.

Tujuan

Tujuan penelitian ini untuk mengetahui (1) polimorfisme fragmen gen

hormon pertumbuhan (GH) MspI dan AluI, (2) sekuens nukleotida spesifik gen
GH MspI dan AluI dan (3) hubungan polimorfisme (genotipe) fragmen gen GH
MspI dan AluI terhadap bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh pada sapi pesisir
Sumatera Barat.

Manfaat

Hasil penelitian ini diharapkan menjadi salah satu informasi dasar dalam
upaya perbaikan mutu genetik, strategi pengembangan, dan penentuan kebijakan
mengenai pemanfaatan secara berkelanjutan khususnya pada sapi pesisir Sumatara
Barat dan umumnya ternak lokal di Indonesia.
 5
Kerangka Pemikiran Penelitian

• Persilangan Data Molekuler

• Pemotongan Terbatas

SAPI PESISIR

Ancaman pada Erosi Genetik

(Keunikan)

Pemecahan Masalah

Fenotipe Genotipe

Gen GH

PCR-RFLP Sekuensing

Sifat Produksi Polimorfisme Sekuens Unik

Prospek Pemanfaatan
Marker Assisted Selection

Strategi Pemuliaan dan Pemanfaatan Secara Berkelanjutan

Gambar 1 Kerangka pemikiran penelitian.

 TINJAUAN PUSTAKA

Sumber Daya Genetik Ternak Lokal

Ternak sapi di Indonesia dapat dikelompokkan ke dalam tiga kategori,

yaitu (1) ternak asli, (2) ternak yang telah beradaptasi dan (3) ternak impor
(Sarbaini, 2004). Menurut MacHugh (1996), sapi domestikasi yang terdapat di
Asia khususnya di Indonesia merupakan sapi yang termasuk dalam spesies Bos
bibos dan sapi silangan (crossbred) yang berbeda dari sapi domestikasi yang
terdapat di Afrika dan Eropa, meskipun diduga bahwa pola penyebarannya berasal
dari wilayah India (Bos indicus) yang merupakan tipe sapi berpunuk (Zebu)
(Gambar 2 dan 3).

Gambar 2 Tipe-tipe sapi domestikasi yang terdapat di Asia, Afrika, dan Eropa
(MacHugh 1996).

Pada Gambar 2 tampak bahwa penyebaran sapi yang secara tertutup

(warna hijau) terkait dengan spesies Bos (Bibos) seperti banteng, gaur, dan
kouprey (MacHugh 1996). Hasil domestikasi spesies liar Bos (Bibos) banteng
adalah sapi bali (Bos sondaicus) atau (Bos javanicus) (Talib et al. 2002) yang
sekarang telah menjadi salah satu bangsa ternak asli Indonesia (DGLS 2003;
Martojo 2003).
 7

Gambar 3 Rute penyebaran sapi di Asia, Afrika, dan Eropa (MacHugh 1996).

Keanekaragaman ternak bangsa sapi di Indonesia terbentuk dari sumber

daya genetik ternak asli dan impor. Impor ternak sapi ongole (Bos indicus) atau
zebu yang dimulai pada awal abad ke-20 memegang peranan penting dalam
pengembangan peternakan di Indonesia. Ongole murni pertama kali dibawa ke
Pulau Sumba yang kemudian disebut sebagai sumba ongole (SO) dan selanjutnya
dibawa ke tempat-tempat lain di Indonesia untuk disilangkan dengan sapi asli
jawa dan membentuk peranakan ongole (PO) dan sapi madura (Utoyo 2002).
Proses perkembangan sapi di Indonesia telah menghasilkan sumber daya genetik
ternak yang lebih beragam, yaitu mulai dari sapi asli seperti sapi bali, juga sapi
hasil silangan yang telah menjadi sapi lokal seperti sapi pesisir, sapi aceh, sapi
madura, sapi sumba ongole (SO) dan sapi peranakan ongole (PO) (Utoyo 2002;
Martojo 2003).
Secara terminologi, sumber daya genetik ternak adalah semua yang
termasuk dalam spesies, bangsa, dan strain (galur) ternak yang secara ekonomi,
ilmiah, dan budaya penting bagi umat manusia baik dalam bentuk makanan
maupun produksi (FAO 1999). Departemen Pertanian (2006) pula menyatakan
bahwa sumber daya genetik ternak adalah substansi yang terdapat dalam bentuk
individu suatu populasi rumpun ternak secara genetik unik, terbentuk dalam
 8
proses domestikasi dari masing-masing spesies yang memiliki nilai potensial serta
dapat dimanfaatkan dan dikembangkan baik untuk menciptakan rumpun atau
galur unggul.
Sumber daya genetik ternak merupakan kerangka dasar acuan (building
block) bagi pertanian dan pengembangan verietas dan bangsa hewan ternak untuk
masa yang akan datang. Berlimpahnya keanekaragaman bangsa ternak asli yang
mampu beradaptasi secara lokal dapat menyelamatkan petani dalam menghadapi
iklim yang sulit dan wilayah yang marjinal. Sumber daya genetik ternak lokal
dapat dimanfaatkan dengan biaya (input) minimum dan memegang peranan
penting dalam budaya masyarakat pedesaan (FAO 2001).
Keanekaragaman genetik ternak khususnya ternak lokal paling tidak
memiliki manfaat, yaitu (1) keberlanjutan dan peningkatan produksi pangan, (2)
memaksimalkan produktivitas lahan dan sumber daya pertanian, (3) pencapaian
pertanian berkelanjutan, dan (4) pemenuhan keanekaragaman baik yang telah
maupun yang akan diketahui manfaatnya bagi kehidupan sosial masyarakat.
Ketersediaan keanekaragaman genetik ternak khususnya ternak sapi akan
memberikan keberhasilan dalam strategi pemuliaan untuk masa yang akan datang
(FAO-AAAS 1994).
Soebandriyo dan Setiadi (2003) menyatakan bahwa keragaman genetik
pada ternak penting dalam rangka pembentukan rumpun ternak modern dan akan
terus berlanjut sampai masa yang akan datang. Selanjutnya dinyatakan bahwa
punahnya keragaman plasma nutfah ternak tidak akan dapat diganti meskipun
dengan kamajuan bioteknologi paling tidak sampai saat ini. Oleh karena itu,
pelestarian sumber daya genetik ternak perlu dilakukan. Departemen Pertanian
(DEPTAN 2006) menyatakan bahwa pelestarian sumber daya genetik ternak
adalah semua kegiatan untuk mempertahankan keanekaragaman sumber daya
genetik ternak baik secara in-situ maupun ex-situ.
Pelestarian terhadap sumber daya genetik ternak asli atau ternak lokal
sangat penting karena merupakan bagian dari komponen keanekaragaman hayati
untuk memenuhi kebutuhan pangan, pertanian, dan perkembangan sosial
masyarakat di masa yang akan datang. Beberapa alasan pelestarian sumber daya
genetik ternak Indonesia penting dilakukan, yaitu (1) lebih dari 60% bangsa
 9
ternak di dunia berada di negara berkembang, (2) konservasi ternak asli atau
ternak lokal tidak menarik bagi petani, (3) secara umum tidak ada program
pemantauan yang sistematis dan tidak tersedianya informasi deskriptif dasar
sebagian sumber daya genetik ternak yang ada, dan (4) sedikit sekali bangsa-
bangsa ternak asli maupun ternak lokal yang telah digunakan dan dikembangkan
secara aktif (FAO 2001).
Sapi pesisir sebagai salah satu sumber daya genetik ternak lokal dan
menjadi aset (plasma nutfah) nasional berperan sangat penting sebagai sumber
daging bagi masyarakat Kota Padang dan sekitarnya, juga bagi masyarakat pesisir
terutama masyarakat di Kabupaten Pesisir Selatan. Selain berperan sebagai
sumber daging, sapi pesisir juga sangat populer untuk kebutuhan hewan kurban
terutama pada hari raya ’Idul Adha karena harganya yang relatif murah.
Keunggulan sapi pesisir lainnya adalah dapat hidup pada kondisi lingkungan yang
marjinal dengan pola manajemen ekstensif dan memiliki efesiensi reproduksi
yang tinggi, meskipun berpenampilan kecil (mini cattle), sehingga menjadi salah
satu bangsa sapi unggulan atau sapi khas Sumatera Barat (Saladin 1983).

Sapi Pesisir Sumatera Barat

Sapi di Sumatera Barat, menurut catatan sejarah terdiri atas sapi lokal,
sapi zebu dan sapi eropa (Merkens 1926). Sejak tahun 1907 telah dimasukkan
sapi-sapi zebu (Ongole dan Hissar) untuk meningkatkan mutu genetik sapi lokal.
Setelah kemerdekaan, kembali dimasukkan sapi ongole di Sumatera Barat dalam
rangka Program Ongolisasi. Terbatasnya sarana perhubungan di bagian selatan
Sumatera Barat terutama di Kabupaten Pesisir Selatan, Program Ongolisasi tidak
berjalan sebaik di daerah bagian utara dan tengah, seperti di Kabupaten Agam,
Kabupaten Lima Puluh Kota dan Kabupaten Tanah Datar. Oleh karena itu, sejak
zaman penjajahan Belanda masih terdapat sapi asli di Kabupaten Pesisir Selatan
yang tidak terkontaminasi oleh Program Ongolisasi (Saladin 1983).
Ciri-ciri sapi lokal Sumatera Barat adalah tubuh kecil, badan pendek, dan
kaki kecil (Merkens 1926). Sapi pesisir memiliki pola warna bulu tunggal yang
dikelompokkan atas lima warna utama, yaitu merah bata (34,35%), kuning
(25,51%), cokelat (19,96%), hitam (10,91%), dan putih (9,26%) (Sarbaini 2004).
 10
Selain itu, sapi pesisir juga dikenal bertemperamen jinak sehingga mudah
dikendalikan dalam pemeliharaan. Karakteristik lain adalah berpunuk kecil
sampai sedang, tanduk pendek dan mengarah ke luar, seperti tanduk kambing
(Saladin 1983) (Gambar 4).

Sumber : Sarbaini (2004)

Gambar 4 Performa sapi pesisir Sumatera Barat.

Sapi lokal jantan Sumatera Barat memiliki rataan tinggi pundak 115 cm
dan sapi betina 105 cm (Merkens 1926), sedangkan Saladin (1983) mendapatkan
rataan tinggi pundak umur 4 tahun 114 cm dan betina 109 cm. Demikian pula
Sarbaini (2004) mendapatkan rataan tinggi pundak pada sapi pesisir jantan dewasa
pada setiap subpopulasi sapi pesisir, yaitu di daerah Kabupaten Pesisir Selatan,
Kabupaten Padang Pariaman, dan Kabupaten Agam masing-masing 99,9 cm,
108,7 cm, dan 101,8 cm, sedangkan ukuran betinanya masing-masing 99,2 cm,
108,2 cm, dan 101,7 cm. Dibandingkan dengan sapi bali dan sapi ongole, sapi
pesisir memiliki bobot badan dan ukuran tubuh lebih kecil baik pada jantan
maupun pada betina (Saladin 1983) (Tabel 1). Hal yang sama juga ditemukan
oleh Sarbaini (2004) bahwa bobot badan sapi pesisir lebih rendah dibandingkan
dengan sapi madura, sapi bali, sapi aceh, dan peranakan ongole (PO) pada umur
0,5-1,0 tahun baik jantan maupun betina.
 11

Tabel 1 Bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh dewasa (3-6 tahun) sapi pesisir,
sapi bali, dan sapi ongole
Peubah Berdasarkan
Sapi Pesisir **1-2 Sapi Pesisir* Sapi Bali* Sapi Ongole*
Jenis Kelamin
Jantan :
Bobot badan (kg) 162,2 203,1 294,5 395,6 510,0
Tinggi pundak (cm) 99,9 108,7 110,2 126,0 135,0
Panjang badan (cm) 112,2 119,3 114,8 132,0 133,0
Lingkar dada (cm) 124,2 142,3 142,0 193,0 169,0
Betina :
Bobot badan (kg) 149,1 199,9 256,5 302,5 420,0
Tinggi pundak (cm) 99,2 108,2 110,0 115,0 122,0
Panjang badan (cm) 109,4 118,3 117,0 120,0 132,0
Lingkar dada (cm) 125,5 140,1 138,0 168,0 162,0
Sumber : Sarbaini (2004)**, 1= Kabupaten Pesisir Selatan, 2= Kabupaten Padang Pariaman
Saladin (1983)*

Berdasarkan kajian molekuler terhadap sapi pesisir dengan menggunakan

penciri DNA mikrosatelit yang terdiri atas enam lokus, yaitu lokus BM2113,
ETH225, ILSTS006, HEL09, ETH03, dan INRA037 diperoleh keragaman yang
tinggi pada subpopulasi Pesisir Selatan maupun Padang Pariaman dengan rataan
nili heterozigositas masing-masing 0,85731 dan 0,87381. Meskipun tingkat
heterozigositas relatif sama, baik di Kabupaten Pesisir Selatan dan Kabupaten
Padang Pariaman, bobot badan dan ukuran tubuh sapi pesisir di Kabupaten
Padang Pariaman lebih besar dibandingkan di Kabupaten Pesisir Selatan (Tabel 1)
(Sarbaini 2004).
Sapi pesisir bagi masyarakat Sumatera Barat disebut sapi lokal Sumatera
Barat dengan nama I Jawi Ratuih dan II Bantiang Ratuih yang artinya sapi yang
beranak setiap tahun dan murah harganya karena ukuran badannya yang kecil
(Saladin 1983). Sapi pesisir Sumatera Barat khususnya sapi pesisir selatan yang
terdapat di Kabupaten Pesisir Selatan merupakan salah satu sapi terkecil kedua di
dunia setelah sapi dwarf west afrika shorthorn yang berasal dari Wilayah Pantai
Afrika Barat berdasarkan bobot badannya (Tabel 2) (Sarbaini 2004).
 12
Tabel 2 Bobot badan dewasa (3-6 tahun) sapi pesisir dan bangsa sapi kecil
lainnya (mini cattle) di dunia
Bobot badan (kg)
Bangsa Sapi
Jantan Betina
Sapi Pesisir 154 143
Mini cattle :
• Bonsai Brahman (Meksiko) 210 165
• Dwarf West Africa Shorthorn (Afrika Barat) 150 125
• Murutu (Nigeria) 210 160
• Rodope (Eropa Bagian Tenggara) 350 200
• Kedah Kelantan (Malaysia) 250 200
• Hill Cattle (Nepal) 200 160
• Yellow Cattle (Barat Daya dan Selatan Cina) 380 250
• Cheju Hanwoo (Korea) 280 230
Sumber: Sarbaini (2004)

Menurut publikasi International Miniature Breeders Society (IMBS)

(www.minicattle.com), kategori sapi mini (full miniature) memiliki ukuran tinggi
pundak kurang dari 42 inch (106,68 cm), sedangkan kategori ukuran sedang (mid
size miniature) 42 inch (106,68 cm) sampai dengan 48 inch (121,92 cm).
Berdasarkan kategori tersebut, sapi pesisir yang terdapat di Kabupaten Pesisir
Selatan Sumatera Barat, termasuk dalam kelompok sapi mini full miniature
dengan tinggi pundak sapi jantan dewasa 99,9 cm dan betina 99,2 cm. Adapun
sapi pesisir yang terdapat di Kabupaten Padang Pariaman termasuk kelompok sapi
mini mid size miniature dengan tinggi pundak sapi jantan dewasa 108,7 cm dan
betina 108,2 cm (Sarbaini 2004).

Hormon Pertumbuhan

Lawrence dan Fowler (2002) menyatakan bahwa pertumbuhan

merupakan suatu proses deposisi, pemindahan substansi sel-sel, serta peningkatan
ukuran dan jumlah pada tingkat dan titik berbeda dalam suatu waktu tertentu.
Pertumbuhan secara efektif dikontrol oleh hormon dan salah satu hormon yang
penting dalam mengatur proses pertumbuhan adalah hormon pertumbuhan
(growth hormone). Chung et al. (2000) menyatakan bahwa hormon pertumbuhan
(GH) bersama-sama dengan hormon insulin-like growth factor-1 (IGF-1) berperan
 13
sangat penting dalam mengatur pertumbuhan kelenjar susu dan produksi susu,
metabolisme, laktasi, dan komposisi tubuh.
Proses sintesis dan pelepasan hormon pertumbuhan atau somatotropin
dikontrol oleh dua macam hormon yang terdapat di hipotalamus (Gambar 5), yaitu
Growth Hormone Releasing Hormone (GHRH) yang berfungsi sebagai
penggertak (stimulator) dan Somatotropin Releasing-Inhibitory Factor (SRIF)
atau somatostatin sebagai penghambat (inhibitor) (Anderson et al. 2004). Kedua
hormon tersebut disekresikan oleh neuron sekretoris dalam hipotalamus dan
masuk ke dalam pembuluh darah portal pituitari (Hartman 2000). Neurotransmiter
dan neuropeptida mengontrol sekresi somatotropin secara langsung pada bagian
somatotrop atau secara tidak langsung melalui jalur hipotalamus (Franklin dan
Ferry 2006).
Reis et al. (2001) menyatakan bahwa hormon pertumbuhan pada
kelompok bovine (bGH) adalah hormon peptida (protein) yang secara alami
dihasilkan oleh somatotropes, subclass dari sel hipofisa acidophilic yang terletak
dalam kelenjar hipofisa bagian depan. Hormon pertumbuhan pada sapi memiliki
ukuran sebesar 22 kilo Dalton (kDa) (Vukasinovic et al. 1999; Dybus 2002) yang
disusun oleh 190-191 asam amino sebagai produk dari gen hormon pertumbuhan
pada kelompok bovine (Gordon et al. 1983).
Hormon pertumbuhan adalah hormon peptida yang reseptornya terdapat
di permukaan sel, superfamili dari reseptor sitokinin. Ikatan antara hormon
pertumbuhan dengan reseptornya mengakibatkan terjadinya aktivasi enzim
forforilasi yang dilakukan oleh enzim kinase dengan cara menambah gugus fosfat.
Hal ini menyebabkan timbulnya reaksi intrasel yang dapat berpengaruh pada
metabolisme dan fungsi sel (Granner 2003). Pengikatan hormon pertumbuhan
akan menyebabkan dimerisasi dua buah reseptor hormon pertumbuhan (GHR).
Pengikatan hormon pertumbuhan dengan reseptornya mengakibatkan terjadinya
aktivasi enzim tirosin kinase JAK2 (Janus-family Tyrosine Kinase 2) yang
berikatan dengan GHR, sehingga terjadi fosforilasi reseptor dengan JAK2 pada
residu tirosil. Kejadian ini menimbulkan aktivasi sejumlah lintasan pembentukan
sinyal, salah satunya fosforilasi protein STAT (Signal Transduser and Activator
of Transcription) dan transkripsi gen (Gambar 6).
 14

Nutrisi – NA/A +
Somatomedin – 5TH +/-
Stres – (+) Hipotalamus Asetilkolin +
Androgen (+) Prostaglandin +/-
T4/T3 +/-

GRF TRH SRIF

? + - ?

Kelenjar Hipofisa

Hormon Pertumbuhan

+/-
Metabolisme Lemak Pertumbuhan
Lipolisis ↑ + Tulang rawan ↑
Lipogenesis ↓ Otot ↑
Trigliserida ↓ Hati ?
?
Disimpan

Somatomedin ↑
+ +
Pelepasan Hormon Produksi Susu
Insulin ↑ + ?+ Laktosa ↑
Glukokortikoid ↑ Lemak ↑
T4/T3 ↓

Keterangan :
TRH = thyrotrophin releasing hormone, GRF = growth hormone releasing factor, SRIF =
somatostatin inhibitory releasing factor, T3 = triiodothyronine, T4 = thyroxine, NA = non
adrenaline, A = adrenaline, 5HT = 5-hydroxytryptamine, ↑ = meningkat, ↓ = menurun.

Gambar 5 Representasi diagram pengaturan sekresi hormon pertumbuhan dan

kerjanya pada ternak domestik (Lawrence dan Fowler 2002).
 15

Gambar 6 Lintasan transduksi sinyal yang diaktifkan oleh hormon pertumbuhan

(Granner 2003).

Menurut Hartman (2000) target utama hormon pertumbuhan adalah hati.

Hormon pertumbuhan di dalam permukaan sel hati akan mengatur dan mengubah
reaksi biokimia yang berkaitan dengan proses pertumbuhan dan perkembangan
komponen tubuh dan bekerja pada sel-sel target melalui ikatan reseptor hormon
pertumbuhan. Hati akan memproduksi insulin-like growth factor-1 (IGF-1)
dengan aktivasi tirosin kinase yang memiliki potensi untuk mengatur
metabolisme dengan mempercepat pengangkutan asam amino melalui membran
sel ke dalam sitoplasma. Meningkatnya konsentrasi asam amino di dalam sel
akan meningkatkan kecepatan sintesis protein dan berdampak pada peningkatan
jumlah sel sehingga mempercepat laju pertumbuhan jaringan di berbagai bagian
tubuh.
 16
Hormon pertumbuhan menyebabkan perubahan yang luar biasa di dalam
tubuh hewan dan mempengaruhi banyak proses fisiologis di dalam jaringan dan
organ tubuh. Selain itu, aksi biologis hormon pertumbuhan selama pertumbuhan
akan berpengaruh secara fisiologis pada pengeluaran dan sintesis protein,
pengambilan asam amino, glukosa, dan efisiensi penggunaan asam amino
(Bauman dan Vernon 1993). Pada hewan yang sedang tumbuh, hormon
pertumbuhan dapat meningkatkan efisiensi produksi, pengurangan deposisi
lemak, merangsang pertumbuhan otot, meningkatkan efisiensi penggunaan pakan,
meningkatkan pertumbuhan organ, dan meningkatkan pertumbuhan tulang
(Etherton dan Bauman 1998) (Gambar 7).

Kelenjar Hipofisa

IGF-1

Tulang
Otot

Gambar 7 Mekanisme kerja hormon pertumbuhan dalam pengaturan pertumbuhan

otot dan tulang (Roith et al. 2001).

Menurut Ohlson et al. (1998), aksi hormon pertumbuhan merangsang

pertumbuhan tulang longitudinal secara langsung, yaitu dengan cara merangsang
prekondrosit di dalam lempeng pertumbuhan dan diikuti oleh perluasan klonal.
Proses ini dapat diakibatkan baik melalui produksi IGF-1 maupun oleh induksi
hormon pertumbuhan yang dapat meningkatkan sirkulasi IGF-1. Hormon
 17
pertumbuhan dan IGF-1 dalam pertumbuhan tulang, bekerja pada sel melalui
tahapan pematangan yang berbeda. Hormon pertumbuhan akan merangsang
prekondrosit muda, sedangkan IGF-1 berperan dalam merangsang sel pada tahap
berikutnya. Hormon pertumbuhan dengan kata lain, bekerja pada sel progenitor,
sedangkan IGF-1 berperan dalam merangsang perluasan klonal.
Pengaruh perlakukan bovine somatotropin (bST) dalam jangka panjang
dapat meningkatkan pertumbuhan otot, perbanyakan selular (melalui perantara
IGF-1) dan peningkatan eksresi protein. Neraca nitrogen yang positif dikaitkan
dengan penyuntikan bST bukan disebabkan oleh penurunan katabolisme protein,
akan tetapi diperoleh dari pengaruh positif bST pada sentesis protein (Manalu
1991). Selanjutnya dinyatakan bahwa somatotropin meningkatkan jumlah sel-sel
tubuh melalui percepatan sintesis DNA pada otot dan hati, selain itu juga dapat
merangsang sintesis protein dalam hati dan sintesis asam amino dan protein di
dalam otot.
Pengaruh penyuntikan bovine somatotropin (bST) pada sapi perah dapat
meningkatkan produksi susu 10% sampai 20% melalui penambahan masing-
masing 5 mg bST dan 20 mg bST per hari melalui rekayasa genetik recombinant
bovine somatotropin (rbST) (Chilliard 1989; Bauman et al. 1994). Selain itu dapat
dilakukan upaya produksi somatotropin dalam jumlah besar melalui transfer
sekuen DNA ke dalam bakteri agar dapat mensintesis somatotropin untuk
dikomersialkan dan bernilai ekonomis.

Gen Hormon Pertumbuhan

Semua gen terdiri atas rangkaian DNA, namun tidak semua rangkaian
DNA identik dengan gen atau dengan kata lain ada bagian DNA yang bukan
merupakan gen. DNA yang bukan gen dapat diidentifikasi, dikarakterisasi dan
ditentukan posisinya pada genom. Segmen-segmen DNA yang bukan gen dapat
diketahui dalam bentuk minisatelit, mikrosatelit, short interspersed nucleotide
element (SINE) dan long interspersed nucleotide element (LINE)(Brown 1999).
Gen adalah bagian segmen DNA termasuk semua nukleotida yang
ditranskripsi ke dalam mRNA yang akan ditranslasi menjadi protein (Nicholas
1996; Brown 1999; Muladno 2002). Bagian gen yang mengkode asam amino dan
 18
menghasilkan protein disebut daerah penyandi (coding sequence) (CDS). Selain
itu, terdapat pula bagian segmen depan (leader segment) dan segmen belakang
(trailer segment) yang mengapit daerah CDS. Beberapa gen pada eukaryot
bersifat tidak kontinyu karena adanya exon (pengkode protein) dan intron (spacer
internal antara pengkode protein). Pada saat transkripsi, bagian intron hilang
(splicing), sehingga proses translasi berjalan baik (Brown 1999).
Woychick et al. (1982) dan Gordon et al (1983) menyatakan bahwa gen
hormon pertumbuhan (GH) pada sapi Bos taurus memiliki panjang sekuens
nukleotida 2856 bp dengan bagian open reading frame-nya 1800 bp (Gambar 8)
(Lampiran 1). Selanjutnya dinyatakan bahwa gen GH terdiri atas lima exon dan
dipisahkan oleh empat intron dengan panjang sekuens nukleotida yang berbeda
antara exon dan intron (Gambar 9). Gen GH merupakan gen yang menyandi
hormon pertumbuhan sebagai produknya dan terletak di kromosom 19 pada ternak
sapi (Hediger et al. 1990). Gen GH berdasarkan data PCR-RFLP telah diketahui
memiliki keragaman yang tinggi (Cowan et al. 1989) dan polimorfisme untuk
enzim pemotong MspI yang terletak di intron tiga (Zhang et al. 1992) dan enzim
pemotong AluI di exon lima, yaitu terjadi transversi dari nukleotida cytosine (C)
menjadi guanine (G) pada posisi asam amino 127 yang menyebabkan asam amino
berubah dari leucine menjadi valine (Lucy et al. 1993).
Mutasi (polimorfisme) yang terjadi pada gen GH secara intensif telah
diteliti karena diduga mungkin berpengaruh pada ekspresi fenotipe. Beberapa
hasil penelitian dilaporkan bahwa genotipe +/+ dan +/- fragmen gen GH MspI
berpengaruh positif pada sifat bobot badan dan kualitas daging (Unanian et al.
2000; Garcia et al. 2003; Di Stasio et al. 2005). Schlee (1994) menyatakan bahwa
polimorfisme fragmen gen GH AluI yang bergenotipe LL diduga kuat
berhubungan dengan tingkat plasma hormon pertumbuhan. Genotipe VV menurut
Growchowska et al. (1997) memiliki konsentrasi GH yang lebih tinggi
dibandingkan dengan genotipe LV dan LL. Sebaliknya Reis et al. (2001)
menyatakan bahwa genotipe LL berhubungan dengan konsentrasi sirkulasi yang
lebih tinggi dibandingkan dengan genotipe LV pada hormon pertumbuhan.
 19

1 gtactggggt gggttgcctt tctcttctcc aggggattta tctgacccag ggattgaacc

61 tgagtctcct gcatttgcag ctagattctt tacggctgag ccacctggga agcccattcg
121 cttctgctgc tgctgctgct gctaagttgc ttcagtcgtg tccgacctgt gcgacgccat
181 agacagcagc ccaccaggtc cccgtccctg ggattctcca ggcaagaaca ttggagtggg
241 ttgccatttc ctcctccaat gcatgaaagt gaaaagtgaa agtgaagtca ctcagttgtg
301 tccgaccctc agcgacccca tggactgcag ccttccagaa tggggtgcca ttgccttctc
361 ctcgcttctg ctacctcccc tttaaaaaga aaacctatgg ggtgggctct caagctgaga
421 ccctgtgtgc acagccctct ggctggtggc agtggagacg ggatgatgac aagcctgggg
481 gacatgaccc cagagaagga acgggaacag gatgagtgag aggaggttct aaattatcca
541 ttagcacagg ctgccagtgg tccttgcata aatgtataga gcacacaggt ggggggaaag
601 ggagagagag aagaagccag ggtataaaaa tggcccagca gggaccaatt ccaggatccc
661 aggacccagt tcaccagacg actcagggtc ctgtggacag ctcaccagct ATGATGGCTG
721 CAGGTAAGCT CGCTAAAATC CCCTCCATTC GCGTGTCCTA AAGGGGTAAT GCGGGGGGCC
781 CTGCCGATGG ATGTGTTCAG AGCTTTGGGC TTTAGGGCTT CCGAATGTGA ACATAGGTAT
841 CTACACCCAG ACATTTGGCC AAGTTTGAAA TGTTCTCAGT CCCTGGAGGG AAGGGTAGGT
901 GGGGCTGGCA GGAGATCAGG CGTCTAGCTC CCTGGGGCCC TCCGTCGCGG CCCTCCTGGT
961 CTCTCCCTAG GCCCCCGGAC CTCCCTGCTC CTGGCTTTCG CCCTGCTCTG CCTGCCCTGG
1021 ACTCAGGTGG TGGGCGCCTT CCCAGCCATG TCCTTGTCCG GCCTGTTTGC CAACGCTGTG
1081 CTCCGGGCTC AGCACCTGCA TCAGCTGGCT GCTGACACCT TCAAAGAGTT TGTAAGCTCC
1141 CGAGGGATGC GTCCTAGGGG TGGGGAGGCA GGAAGGGGTG AATCCACACC CCCTCCACAC
1201 AGTGGGAGGA AACTGAGGAG TTCAGCCGTA TTTTATCCAA GTAGGGATGT GGTTAGGGGA
1261 GCAGAAACGG GGGTGTGTGG GGTGGGGAGG GTTCCGAATA AGGCGGGGAG GGGAACCGCG
1321 CACCAGCTTA GACCTGGGTG GGTGTGTTCT TCCCCCAGGA GCGCACCTAC ATCCCGGAGG
1381 GACAGAGATA CTCCATCCAG AACACCCAGG TTGCCTTCTG CTTCTCTGAA ACCATCCCGG
1441 CCCCCACGGG CAAGAATGAG GCCCAGCAGA AATCAGTGAG TGGCAACCTC GGACCGAGGA
1501 GCAGGGGACC TCCTTCATCC TAAGTAGGCT GCCCCAGCTC CCGCACCGGC CTGGGGCGGC
1561 CTTCTCCCCG AGGTGGCGGA GGTTGTTGGA TGGCAGTGGA GGATGATGGT GGGCGGTGGT
1621 GGCAGGAGGT CCTCGGGCAG AGGCCGACCT TGCAGGGCTG CCCCAGACCC GCGGCACCCA
1681 CCGACCACCC ACCTGCCAGC AGGACTTGGA GCTGCTTCGC ATCTCACTGC TCCTCATCCA
1741 GTCGTGGCTT GGGCCCCTGC AGTTCCTCAG CAGAGTCTTC ACCAACAGCT TGGTGTTTGG
1801 CACCTCGGAC CGTGTCTATG AGAAGCTGAA GGACCTGGAG GAAGGCATCC TGGCCCTGAT
1861 GCGGGTGGGG ATGGCGTTGT GGGTCCCTTC CATGTGGGGG CCATGCCCGC CCTCTCCTGG
1921 CTTAGCCAGG AGAATGCACG TGGGCTTGGG GAGACAGATC CCTGCTCTCT CCCTCTTTCT
1981 AGCAGTCCAG CCTTGACCCA GGGGAAACCT TTTCCCCTTT TGAAACCTCC TTCCTCGCCC
2041 TTCTCCAAGC CTGTAGGGGA GGGTGGAAAA TGGAGCGGGC AGGAGGGAGC TGCTCCTGAG
2101 GGCCCTTCGG CCTCTCTGTC TCTCCCTCCC TTGGCAGGAG CTGGAAGATG GCACCCCCCG
2161 GGCTGGGCAG ATCCTCAAGC AGACCTATGA CAAATTTGAC ACAAACATGC GCAGTGACGA
2221 CGCGCTGCTC AAGAACTACG GTCTGCTCTC CTGCTTCCGG AAGGACCTGC ATAAGACGGA
2281 GACGTACCTG AGGGTCATGA AGTGCCGCCG CTTCGGGGAG GCCAGCTGTG CCTTCTAGtt
2341 gccagccatc tgttgtttgc ccctcccccg tgccttcctt gaccctggaa ggtgccactc
2401 ccactgtcct ttcctaataa aatgaggaaa ttgcatcgca ttgtctgagt aggtgtcatt
2461 ctattctggg gggtggggtg gggcaggaca gcaaggggga ggattgggaa gacaatagca
2521 ggcatgctgg ggatgcggtg ggctctatgg gtacccaggt gctgaagaat tgacccggtt
2581 cctcctgggc cagaaagaag caggcacatc cccttctctg tgacacaccc tgtccacgcc
2641 cctggttctt agttccagcc ccactcatag gacactcata gctcaggagg gctccgcctt
2701 caatcccacc cgctaaagta cttggagcgg tctctccctc cctcatcagc ccaccaaacc
2761 aaacctagcc tccaagagtg ggaagaaatt aaagcaagat aggctattaa gtgcagaggg
2821 agagaaaatg cctccaacat gtgaggaagt aatgag

Keterangan : huruf kecil = segmen depan atau belakang, huruf besar = daerah CDS (coding
sequence).

Gambar 8 Sekuens gen hormon pertumbuhan (bGH) pada sapi Bos taurus yang
diakses di GenBank (Gordon et al. 1983).

Adanya polimorfisme pada gen GH AluI juga berhubungan dengan sifat

produksi daging (Chrenek et al. 1998), deposisi daging (Oprzadek et al. 2003),
dan bobot karkas (Growchowska et al. 1999). Reis et al. (2001) menyatakan
bahwa terdapat hubungan yang nyata antara genotipe LL dan LV gen GH dengan
rataan bobot badan hidup ternak dari bangsa sapi alentejana, marinhoa, dan preta
asal Portugis. Unanian et al. (2000), melaporkan bahwa adanya polimorfisme GH
 20
AluI dan GH MspI mungkin dapat dijadikan sebagai penciri genetik yang
potensial untuk sifat pertumbuhan bobot badan pada sapi pejantan muda.
Beauchemin et al. (2006) menyatakan bahwa gen GH merupakan gen kandidat
untuk program seleksi yang dibantu penciri (MAS) pada ternak sapi.

Kodon awal ATG Kodon akhir TAG

Coding sequence (CDS)

5’ 3’
Exon 1 Exon 2 Exon 3 Exon 4 Exon 5
intron 1 intron 2 intron 3 intron 4
Flanking Flanking
region 5’ region 3’

Keterangan :
Lokus = BOVGH
Panjang = 2856 bp
Gen = 649-723, 971-1131, 1359-1475, 1703-1864, 2138-2439
Sekuen depan = 648 = 648 bp
Exon 1 = 649-723 = 75 bp Intron 1 = 724- 970 = 247 bp
Exon 2 = 971-1131 = 161 bp Intron 2 = 1132-1358 = 227 bp
Exon 3 = 1359-1475 = 227 bp Intron 3 = 1476-1702 = 227 bp
Exon 4 = 1703-1864 = 162 bp Intron 4 = 1865-2137 = 273 bp
Exon 5 = 2138-2439 = 302 bp Sekuen ujung = 2440-2865 = 382 bp

Gambar 9 Rekonstruksi struktur gen GH berdasarkan sekuens gen GH di

GenBank (Gordon et al. 1983).

Analisis genetik untuk lokus penyandi sifat-sifat kuantitatif dapat

dilakukan dengan menggunakan pendekatan gen kandidat (candidate gene) yang
dieksplorasi menggunakan penciri DNA. Park (2004) menjelaskan bahwa gen
kandidat adalah gen yang sebelumnya telah diidentifikasi dan diketahui fungsi
biokimia yang meliputi jalur fisiologi yang dapat mempengaruhi sifat-sifat yang
diinginkan. Adanya keragaman (polimorfisme) dari gen-gen kandidat
memungkinkan analisis suatu organisme yang dapat dihubungkan antara
polimorfisme DNA dengan variasi fenotipe.
 21
Penciri Genetik Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length
Polymorphism (PCR-RFLP)

Salah satu teknik penciri genetik (genetic marker) yang dikembangkan

dan digunakan untuk mengetahui adanya polimorfisme sekuens DNA adalah
Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) yang dipopulerkan oleh
Botstein et al. (1980). Mullis et al. (1986) menyatakan bahwa setelah adanya
teknologi Polymerase Chain Reaction (PCR) yang digunakan untuk
mengamplifikasi fragmen DNA spesifik secara in-vitro, penggunaan teknik RFLP
menjadi lebih intensif dengan mengkombinasikan teknologi PCR tersebut
sehingga lahirlah teknik PCR-RFLP yang penggunaannya terus hingga sekarang
ini. PCR-RFLP adalah teknik pertama yang dikembangkan untuk
memvisualisasikan perbedaan pada level DNA yang didasarkan pada penggunaan
enzim pemotong (restriction enzyme) yang dapat memotong DNA pada tempat
sekuens nukleotida spesifik (Montaldo dan Herrera 1998). Li dan Graur (1991)
menyatakan bahwa enzim pemotong yang dapat mengenal sekuens DNA spesifik
disebut recognition sequences dan biasanya memiliki panjang empat sekuens basa
atau lebih dan bersifat palindrome.
Brown (1999) menyatakan bahwa dari tiga macam tipe enzim pemotong
yang dapat digunakan untuk teknik analisis RFLP, tipe II (restriction
endoculease) merupakan tipe enzim yang tempat pemotongannya selalu sama dan
ukuran fragmen dapat diramalkan jika molekul DNA targetnya diketahui.
Meghen et al. (1995) menyatakan bahwa jumlah dan ukuran yang dihasilkan oleh
pemotongan DNA dengan enzim pemotong memiliki pola pita ada atau tidaknya
tempat restriksi. Apabila tidak terpotong ada indikasi terjadi mutasi pada situs
tersebut sehingga tidak ada variasi hasil pemotongan dan ekspresinya bersifat
kodominan. Nei dan Kumar (2000) menyatakan bahwa atas dasar terpotong atau
tidak fragmen DNA dengan enzim pemotong, hasil fragmen potongan DNA
tersebut dapat divisualisasi melalui teknik elektroforesis yang hasilnya
menunjukkan ada tidaknya polimorfisme pada suatu individu dalam populasi.
Beberapa enzim yang termasuk dalam tipe II di antaranya disajikan pada
Tabel 3.
 22
Tabel 3 Beberapa tipe enzim pemotong yang digunakan dalam analisis RFLP
No. Nama Enzim Sekuens Pengenal Tipe Potongan
5’-AG*CT-3’
1. AluI Tumpul
3’-TC*GA-5’
5’-GG*CC-3’
2. HaeIII Tumpul
3’-CC*GG-5’
5’-C*CGG-3’
3. MspI Tajam
3’-G*GCC-5
5’-G*ANTC-3’
4. HinfI Tajam
3’-CTNA*G-5
5’-G*GATCC-3’
5. BamHI Tajam
3’-CCTAG*G-5
5’-G*AATTC-3’
6. EcoRI Tajam
3’-CTTAA*G-5
Sumber : Brown 1999

Teknik RFLP yang dikombinasikan dengan teknik PCR telah secara luas
digunakan untuk mendapatkan variasi pada setiap daerah atau lokasi DNA, baik
pada daerah yang bersifat penyandi (coding region) pada genom maupun pada
daerah yang tidak penyandi atau daerah non-coding (Vasconcellos et al. 2003).
Tingkat polimorfisme dan mutasi yang tinggi di daerah non-coding diduga dapat
mempengaruhi ekspresi gen secara tidak langsung (Funk 2001).

Analisis Sekuens DNA

Sejak diperkenalkannya sekuens DNA yang memiliki akurasi tinggi pada

tahun 1977 melalui metode Sanger atau metode Maxam dan Gilbert, akhirnya
metode tersebut berkembang menjadi suatu metode dengan dua prosedur yang
berbeda (Brown 1999), yaitu metode Sanger (chain termination method) dan
metode Maxam-Gilbert (chemical degradation method) sehingga analisis genom
menjadi lebih berkembang. Meskipun kedua metode tersebut, laju
perkembangannya berbeda, yaitu metode Sanger lebih berkembang dibandingkan
dengan metode Maxam-Gilbert karena lebih mudah, praktis, dan efisien
dilakukan (Muladno 2002).
Bersamaan dengan berkembangnya teknik PCR dan teknik pendukung
lain, maka proses perunutan atau sekuensing DNA secara keseluruhan dapat lebih
cepat dan setiap hari hasil sekuens tersebut terus meningkat sehingga memicu
lahirnya berbagai macam proyek dan di antaranya lahir proyek penelitian genom
 23
sapi (Switonski 2002). Saat ini tidak kurang dari sekitar 3600 penciri genetik telah
dipetakan pada ternak sapi (http//www.locus.jouy.inra.fr.). Analisis sekuens DNA
melengkapi struktur yang sangat fundamental dalam mengkarakterisasi suatu gen,
walaupun secara umum teknik sekuensing DNA tidak praktis apabila hanya
digunakan untuk mengidentifikasi variasi antarhewan atau ternak pada semua
genom. Analisis sekuensing DNA tersebut sangat penting dilakukan sebagai alat
bantu, khususnya dalam mengetahui ekspresi gen (Drinkwater dan Hetzel 1991).

Gen Kandidat (Candidate Gene)

Pada program pemuliaan, penciri genetik molekuler diharapkan dapat

menjadikan seleksi agar lebih tepat dan efisien. Suatu penciri genetik molekuler
dikatakan sebagai gen kandidat (candidate gene) apabila nyata pengaruhnya
secara biologis pada sifat-sifat kuantitatif. Salah satu gen yang dianggap sebagai
gen kandidat untuk pertumbuhan adalah gen hormon pertumbuhan (GH) (Unanian
et al. 2002). Hormon pertumbuhan menurut Burton et al. (1994) memiliki
aktivitas fisiologi yang luas dan termasuk di dalamnya mengatur pertumbuhan,
laktasi dan perkembangan kelenjar susu, gluconeogenesis, aktivasi lipolisis, dan
memperkaya inkorporasi asam amino di dalam protein otot.
Pereira et al. (2005) menyatakan bahwa sifat kuantitatif dikontrol oleh
sejumlah gen (polygenes) yang tempat atau posisi lokus sifat kuantitatifnya (QTL)
dapat diketahui melalui analisis linkage disequilibrium atau analisis pendekatan
gen kadidat. Yao et al. (1996) menyatakan bahwa gen-gen yang termasuk sebagai
gen kandidat dapat diuji sebagai putative QTL. Terdapat dua kategori utama
informasi genom yang dapat digunakan dalam perbaikan genetik ternak, yaitu (1)
gen-gen yang telah diketahui ekspresi proteinnya secara pasti dan (2) pengaruh
gen-gen dapat dideteksi melalui pendekatan statistik terutama kaitannya dengan
deteksi QTL (Montaldo dan Hereira 1998). Selanjutnya dinyatakan bahwa
kategori I (tipe 1), terdapat beberapa contoh gen yang memiliki atau diketahui
ekspresi proteinnya seperti myostatin (George et al. 1998) dan gen ryanodyne
receptor (Huges dan Lowden 1998). Kategori II (tipe 2) berhubungan dengan gen
yang terkait dengan QTL dan beberapa studi telah diketahui bahwa terdapat
hubungan antara keragaman genetik dengan ekspresi fenotipe pada beberapa
 24
spesies ternak. Adanya hubungan keragaman genetik dengan ekspresi fenotipe
tersebut, melahirkan gagasan terhadap penggunaan seleksi yang dibantu penciri
atau marker assisted selection (MAS) (Montaldo dan Hereira 1998).

MAS (Marker Assisted Selection)

Gagasan di balik penggunaan MAS ialah terdapat gen yang memiliki

pengaruh nyata dan menjadi sasaran atau target secara spesifik dalam seleksi (Van
der Werf 2000). Beberapa sifat dikontrol oleh gen tunggal, seperti warna bulu
merupakan sifat yang pola pewarisannya sederhana, akan tetapi kebanyakan sifat-
sifat penting pada ternak terutama sifat kuantitatif dikontrol oleh banyak gen
(Nicholas 1996; Noor 2004). Gen-gen sifat kuantitatif yang memiliki pengaruh
besar merupakan gen-gen yang disebut sebagai gen utama (major gene) yang
terletak pada lokus sifat kuantitatif atau Quantitative Trait Loci (QTL).
Metode seleksi secara sederhana menggunakan informasi fenotipik telah
berhasil dalam memperbaiki produktivitas ternak, akan tetapi metode seleksi
sederhana tersebut memiliki beberapa keterbatasan seperti perbedaan jenis
kelamin dan sifat-sifat yang sulit atau mahal untuk diukur. Melalui penciri genetik
diharapkan memiliki potensi yang dapat mengurangi masalah yang dihadapi
terkait dengan menggunakan metode seleksi konvensional, sebab melalui penciri
genetik (genetic marker) yang ditambahkan pada seleksi dibantu penciri (marker)
dapat lebih meningkatkan dan mempercepat kemajuan genetik yang diperoleh
(Visscher et al. 2000).
Teori pemuliaan ternak klasik untuk pewarisan sifat kuantitatif yaitu
didasarkan pada model pewarisan yang diasumsikan bahwa banyak gen yang
terlibat dan memiliki pengaruh kecil terhadap ekspresi fenotipe. Akan tetapi,
dalam dua dekade terakhir telah diidentifikasi beberapa gen yang memiliki
pengaruh utama (major gene) terhadap sifat-sifat komersial atau ekonomis pada
ternak. Beberapa gen utama seperti gen Booroola merupakan gen banyak anak
(prolifik) pada domba, gen Thoka inverdale dan Woodland merupakan gen yang
berpengaruh pada laju ovulasi, gen Callipyge berpengaruh pada produksi daging
domba, gen Double muscling berpengaruh pada produksi daging sapi dan gen
Naked neck berpengaruh pada toleransi panas pada ayam (Davis et al. 1998).
 25
Salah satu keuntungan dari peta genetik yaitu dapat digunakan untuk
mengidentifikasi penciri DNA yang terpaut (Linked) dengan QTL (Nicholas,
1996). Jika kandidat QTL dapat diidentifikasi genotipenya untuk setiap penciri
DNA yang terkait, maka genotipe tersebut dapat digunakan sebagai pentunjuk
nilai pemuliaan dari setiap kandidat QTL atau gen untuk suatu sifat. Penggunaan
penciri demikian dalam program perbaikan genetik terutama seleksi disebut
dengan istilah marker assisted selection (MAS).
Penggunaan MAS adalah suatu harapan yang optimis. Akan tetapi
penerapan MAS akan lebih tepat digunakan pada skala industri pemuliaan ternak
atau industri peternakan sehingga keberhasilan penerapannya memerlukan strategi
terpadu yang menyeluruh untuk skala usaha peternakan besar (Dekkers 2004).
Meuwissen (2001) menyatakan bahwa MAS penting pada situasi yang ketepatan
seleksi rendah, nilai heritabilitas rendah dan terbatas. Melalui seleksi MAS yang
digunakan, ketepatan seleksi diharapkan dapat lebih baik sejak periode anak atau
fase embrional.
Beberapa penciri genetik (genetic marker) yang telah digunakan sebagai
alat MAS atau sebagai alat seleksi genetik telah diproduksi dan dipasarkan
sebagai alat seleksi genetik untuk sifat marbling, keempukan daging (tenderness),
dan efisiensi pakan pada ternak sapi pedaging. Alat seleksi genetik tersebut
dipasarkan dengan merek, yaitu GeneSTAR dan GeneSTAR Tenderness
(http:\\www.bivigensolutions.com), serta Igenity TenderGENE (http:\\www.
igenty.com) (Enennaam 2006).
 MATERI DAN METODE

Tempat dan Waktu

Penelitian lapang dilakukan untuk mengumpulkan data sifat kuantitatif

dan koleksi sampel darah sapi pesisir dengan lokasi di Kabupaten Pesisir Selatan
dan Kabupaten Padang Pariaman, Sumatera Barat. Selain itu sebagai pembanding
kelompok bangsa sapi luar (out group) juga dikoleksi data sifat kuantitatif dan
sampel darah sapi bali di Pusat Penelitian dan Pengembangan Sapi Bali (P3 Bali)
di Pulau Bali, sapi limousin, dan sapi simmental di Balai Inseminasi Buatan (BIB)
Singosari-Malang, Jawa Timur (Gambar 10).
Penelitian laboratorium dilaksanakan di Laboratorium Biologi
Molekuler, Pusat Penelitian Sumberdaya Hayati dan Bioteknologi (PPSHB),
LPPM IPB untuk isolasi dan purifikasi DNA, analisis Polymerase Chain
Reaction (PCR) serta analisis penciri Polymerase Chain Reaction-Fragment
Length Polymorphism (PCR-RFLP). Analisis sekuensing DNA dilaksanakan di
Bagian Bioteknologi R&D, PT Charoen Pokphand Jakarta. Analisis DNA di
laboratorium berlangsung sejak September 2004 s/d Juli 2006.

Bahan dan Alat

Materi penelitian yang digunakan untuk analisis data kuantitatif dan

analisis DNA adalah sampel sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi
simmental. Jumlah setiap sampel ternak sapi disajikan pada Tabel 4.

Tabel 4 Jumlah ternak sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental
yang digunakan dalam penelitian
Jenis Kelamin
No. Bangsa Sapi Jumlah Asal
Jantan Betina
------------(ekor)----------
1. Pesisir 22 76 98 Kab. Pesisir Selatan
1 34 35 Kab. Padang Pariaman
2. Bali 47 - 47 P3 Bali Pulau Bali
3. Limousin 22 - 22 BIB Singosari Malang
4. Simmental 18 - 18 BIB Singosari Malang
Total 110 110 220
 27

Kecamatan Ulakan Tapakis,

Kabupaten Padang Pariaman,
Sumatera Barat

Kecamatan Ranah Pesisir

Kabupaten Pesisir Selatan,
Sumatera Barat

Gambar 10.a Lokasi pengambilan sampel sapi pesisir di Kabupaten Padang

Pariaman dan Kabupaten Pesisir Selatan, Sumatera Barat.
 28

BIB Singosari, Malang,

Jawa Timur

P3 Bali, Pekutatan
Kecamatan Pangianan
Kabupaten Negara, Bali

Gambar 10.b Lokasi pengambilan sampel sapi simmental dan limousin di BIB
Singosari Malang, Jawa Timur, serta sapi bali di P3 Bali, Pulau
Bali.
 29
Bahan dan Alat Pengambilan Sampel Darah
Pengambilan sampel darah sapi menggunakan bahan pengawet darah
berupa etanol absolut (PA), alkohol 70%, dan kapas, sedangkan alat yang
digunakan venoject multi , tube holder, vacutainer, spuit dispossible, dan alat-alat
tulis, serta alat penyimpan darah.

Bahan dan Alat Isolasi DNA

Isolasi DNA menggunakan beberapa bahan atau pelarut seperti Tris-
EDTA konsentrasi rendah (low TE), lysis buffer, digestion buffer, rinse buffer,
larutan phenol chloroform, larutan chloroform isoamyl alcohol (CIAA), etanol
absolut, etanol 70%, dan larutan pengencer DNA (tris-EDTA) 1x. Bahan-bahan
pereaksi atau larutan tersebut disajikan pada Lampiran 2.
Peralatan yang digunakan untuk isolasi DNA adalah pipet tip Axygen
TR222Y dan T1000B, mikro pipet 200 P, 1000 P Gilson, microtube eppendorf
ukuran 1,5 ml, mikrosentrifuge merek Eppendorf tipe 5415C, waterbath/inkubator
(Grand Incubator), vortex (Maxi Mix Thermolyne 37600 Mixer), dan vacum
drayer (Centri Vap Consentration, Labconco).

Bahan dan Alat Analisis PCR

Beberapa bahan yang digunakan untuk PCR (Polymerase Chain
Reaction) dalah deionized water, templet DNA, primer forward dan reverse
fragmen gen hormon pertumbuhan MspI dan AluI (oligo) Cybergene, dan
beberapa pereaksi PCR (PCR Core System I - Promega USA) yang terdiri atas
enzim Tag DNA polymerase 5 unit/μl, bufer thermophilic DNA polymerase 10X
reaksi bebas MgCl2, larutan MgCl2 25 mM dan campuran nukleotida 40 mM
(masing-masing 10 mM dATP, dCTP, dGTP, dan dTTP).
Peralatan yang digunakan dalam analisis PCR adalah pipet tip Axygen,
mikro pipet 10 P, 20 P, dan 200 P Gilson, mikro tube eppendorf Axygen ukuran
0,2 ml, plate pendingin sampel, mikrosentrifuge merek Eppendorf tipe 5415C,
dan mesin PCR (Gene Amp PCR System 2400, Perkin Elmer) serta stabilizer
(Voltage Stabilizer Ferro Resonant 1500 ICA).

\
 30
Bahan dan Alat Analisis PCR-RFLP
Bahan yang digunakan dalam analisis PCR-RFLP (Polymerase Chain
Reaction-Fragment Length Polymorphism) adalah produk PCR fragmen gen
hormon pertumbuhan MspI dan AluI, deionized water, buffer enzim pemotong
/restriksi dan enzim pemotong MspI dan AluI 10 unit/μl. Peralatan yang
digunakan dalam analisis PCR-RFLP adalah pipet tip Axygen, mikro pipet 10 P,
20 P dan 200 P Gilson, mikro tube eppendorf Axygen ukuran 0,2 ml, dan
o
inkubator suhu 37 C (Hereues Instruments-Germany).

Bahan dan Alat Elektroforesis

Bahan yang digunakan untuk elektroforesis adalah agarose (no.cat.
50013R), loading dye, ladder 100 bp, TBE 1X (1 M Tris, 0,9 M Asam Borat, 0,01
M EDTA pH 8,0), dan ethidium bromide. Peralatan yang digunakan untuk
elektroforesis adalah pipet tip Axygen, mikro pipet 20 P Gilson, gelas ukur,
electronic balance (AD HX 100), magnetic strirrer (MG 78), piranti Submarine
Electrophoresis (Hoeffer USA), power supply electrophoresis, dan alat foto UVi
(gelombang 200-400 nm) serta disket.

Bahan dan Alat Analisis Sekuensing

Bahan yang digunakan untuk analisis sekuensing adalah produk PCR
fragmen gen hormon pertumbuhan MspI dan AluI, primer Forward fragmen gen
hormon pertumbuhan MspI dan AluI, bahan purifikasi sampel DNA (QIA-Quick
PCR Purification Kit-Qiagen), 125mM EDTA, etanol 100%, etanol 70%, dan Hi-
Di Formamide. Peralatan yang digunakan untuk analisis sekuensing adalah mesin
sekuenser (ABI Prims 3100-Avant Genetic Analyzer), centrifuge,
spektrofotometer (UV-Vis Spectrofotometer-Shimadzu), dan mesin PCR (Applied
Biosystems, USA).
 31
Metode Penelitian

Penarikan Sampel Data Penelitian

Metode penarikan sampel data penelitian berdasarkan metode penarikan
otoritas (Steel dan Torrie, 1995). Metode ini dilakukan berdasarkan kriteria
bangsa dan lokasi penarikan sampel, yaitu bangsa sapi pesisir di Kabupaten
Pesisir Selatan dan Kabupaten Padang Pariaman, sapi bali di P3 Bali, sapi
simmental dan sapi limousin di BIB Singosari, Malang.
Sapi pesisir di Kabupaten Pesisir Selatan dan Kabupaten Padang
Pariaman terbagi dalam tiga kelompok umur, yaitu kelompok sapi anak (<1,5
tahun), muda (≥1,5-<3,0 tahun), dan dewasa (≥3,0 tahun) berdasarkan pertukaran
gigi serinya dengan jenis kelamin jantan dan betina. Sapi bali yang berasal di P3
Bali hanya memiliki satu kelompok umur, yaitu umur dua tahun dan berjenis
kelamin jantan. Hal itu karena sapi bali di P3 Bali sebagian besar berumur dua
tahun pada waktu pengambilan data dan semua berjenis kelamin jantan karena
akan dipergunakan sebagai calon bibit (pejantan). Pada kelompok umur sapi
limousin dan sapi simmental hanya umur dewasa (3-9 tahun) dengan jenis
kelamin jantan. Kondisi tersebut juga terjadi karena pejantan yang terdapat di BIB
Singosari sebagian besar merupakan sapi impor dari Australia yang sudah lama
dan dipergunakan untuk diambil semennya sebagai pejantan unggul.

Pengambilan Data Sifat Kuantitatif

Pengambilan data sifat kuantitatif pada sapi pesisir menggunakan data
sekunder yang berasal dari pengambilan data yang dilakukan oleh Sarbaini
(2004). Hal yang sama juga dilakukan pada data sifat kuantitatif pada sapi bali,
sapi limousin, dan sapi simmental berasal dari data sekunder yang terdapat di P3
Bali, Pulau Bali dan BIB Singosari Malang, Jawa Timur. Data sifat kuantitatif
yang diambil sebagai data sekunder meliputi bobot badan, tinggi pundak, panjang
badan, dan lingkar dada. Berdasarkan informasi yang diperoleh dari Sarbaini
(2004), penimbangan bobot badan dan pengukuran ukuran tubuh pada sapi pesisir
menggunakan timbangan kapasitas 400 kg (GHL Produc - England), tongkat ukur,
dan pita ukur (satuan inci) yang dilakukan pada pagi s/d siang hari. Penimbangan
bobot badan dan pengukuran ukuran tubuh pada sapi bali, sapi limousin dan sapi
 32
simmental dari informasi yang diperoleh di P3 Bali Pulau Bali dan BIB Singosari,
Malang, Jawa Timur menggunakan timbangan elektrik kapasitas 1500 kg, tongkat
ukur, dan kaliper.

Pengambilan Sampel Darah

Sampel darah sapi pesisir yang berasal dari Kabupaten Pesisir Selatan
dan Kabupaten Padang Pariaman diambil melalui vena jugularis dengan tabung
venoject vakum tanpa heparin. Sampel darah tersebut kemudian diawetkan dengan
etanol absolut. Hal yang sama juga dilakukan pada sampel darah sapi bali di P3
Bali Pulau Bali, sapi limousin, dan sapi simmental di BIB Singosari, Malang,
Jawa Timur diambil melalui vena jugularis dengan venoject vacum tanpa heparin.
Setelah itu, sampel darah tersebut ditambahkan etanol absolut dengan
perbandingan 1:1 dan disimpan pada suhu ruang.

Isolasi DNA Total

Sebelum dilakukan isolasi DNA, darah yang telah diawetkan dengan
etanol absolut dicuci dengan Tris-EDTA konsentrasi rendah (low TE). Pada
setiap pencucian (setelah penambahan low TE) disentrifugasi 3000 rpm selama
dua menit kemudian diulang sebanyak 5 kali dengan tujuan untuk menghilangkan
kandungan etanol absolut yang terdapat di dalam sampel darah sapi yang telah
diawetkan dengan etanol absolut (Duryadi 1993).
Isolasi DNA total dilakukan dengan menggunakan metode fenol
(Sambrook et al. 1989) yang dimodifikasi (Duryadi 1993). Sebanyak 300 μl
darah yang telah dicuci low TE ditempatkan di dalam tabung eppendorf 1,5 ml
ditambahkan lysis buffer (0,32 M sukrosa, 1% v/v triton X-100, 5 mM MgCl2, 10
mM Tris-HCl pH 7,4) sama dengan volume sampel darah dan digerus sampai
halus menggunakan pengaduk kaca, kemudian disentrifugasi 6500 rpm selama
satu menit dan supernatan dibuang. Larutan rinse buffer (75 mM NaCl, 50 mM
Titriplex III (EDTA) pH 8,0) ditambahkan sebanyak 200 μl, kemudian divortex
sampai homogen lalu ditambahkan kembali digestion buffer (SDS 1% v/v, 0,5
mM EDTA pH 8,0, 1M NaCl. 0,5 mM Tris-HCl pH 9,0 dan ditambah 0,1 mg/ml
RNase serta 0,5 mg/ml Protease K) sebanyak 500 μl. Campuran larutan tersebut
 33
dikocok sampai homogen, setelah itu diinkubasi dalam water bath pada suhu 55oC
selama semalam (± 16 jam).
Ekstraksi dilakukan dengan menambahankan phenol sebanyak 500 μl
dan kocok sampai homogen selama 20 menit, lalu disentrifugasi 13.000 rpm
selama tiga menit. Supernatan dipindahkan ke eppendorf baru dan ditambahkan
klorofom : isoamil-alkohol (24:1) sebanyak 500 μl dan dikocok selama 20 menit,
kemudian disentrifugasi 13.000 rpm selama tiga menit. Supernatan dipindahkan
kembali ke tabung eppendorf baru dan ditambahkan kembali etanol absolut dua
kali volume sampel dan dibiarkan sebentar, kemudian disentrifugsi 13.000 rpm
selama lima menit dan supernatan dibuang, diganti dengan etanol 70%, lalu
disentrifugasi kembali 13.000 pm selama lima menit. Larutan etanol 70%
dibuang dan pelet (DNA) dikeringkan. Setelah kering pelet (DNA) ditambah
larutan TE (1 mM EDTA pH 8,0, 10 mM Tris-HCl pH 8,0) sebanyak 100 μl dan
diinkubasi pada suhu 37oC selama 15 menit. Sampel DNA disimpan di freezer
(-20oC) sampai siap digunakan.

Amplifikasi Gen GH menggunakan mesin PCR

Amplifikasi fragmen gen GH MspI dan AluI dilakukan dengan
menggunakan dua set primer (Tabel 5) dengan mesin PCR. Menurut beberapa
peneliti (Mitra et al. 1995; Reis et al. 2001) diketahui bahwa kedua primer
tersebut memiliki polimorfisme pada fragmen gen GH.

Tabel 5 Sekuens primer yang digunakan untuk mengamplifikasi gen GH pada

sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental
No. Sekuens Primer Acuan

1. F 5’-CCC ACG GGC AAG AAT GAG GC-3’ Mitra et al. (1995)
R 5’-TGA GGA ACT GCA GGG GCC CA-3’
2. F 5’-GCT GCT CCT GAG GGC CTT C-3’ Reis et al. (2001)
R 5’-CAT GAC CCT CAG GTA CGT CTC CG-3’
Keterangan : F = Forward, R = Reverse.

Kondisi mesin PCR yang digunakan untuk mengamplifikasi fragmen gen

GH MspI dan AluI dilakukan dengan tiga tahap, yaitu denaturasi, annealing, dan
eskstensi sesuai dengan suhu yang ditentukan (Tabel 6).
 34
Tabel 6 Kondisi mesin PCR yang dijalankan untuk mengamplifikasi gen GH
pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental
Tipe Penciri Denaturasi Annealing Ekstensi Jumlah Siklus
o
-----------------( C/menit)--------------- (kali)
PCR-RFLP MspI 94/0,30 53/0,45 72/1,0 35

PCR-RFLP AluI 94/0,30 55/0,45 72/1,0 35

Fragmen gen GH MspI memiliki satu situs pemotong enzim MspI dengan
panjang produk PCR 329 bp terdapat pada posisi inton 3 parsial dan exon 4 parsial
(Gambar 11). Adapun fragmen GH AluI juga memiliki satu situs pemotong enzim
AluI dengan panjang produk PCR 211 bp terdapat pada posisi intron 4 parsial dan
exon 5 parsial (Gambar 12).

1441 cccacggg caagaatgag gcccagcaga aatcagtgag tggcaacctc ggaccgagga

1501 gcaggggacc tccttcatcc taagtaggct gccccagctc ccgcaCCGGc ctggggcggc
1561 cttctccccg aggtggcgga ggttgttgga tggcagtgga ggatgatggt gggcggtggt
1621 ggcaggaggt cctcgggcag aggccgacct tgcagggctg ccccagaccc gcggcaccca
1681 ccgaccaccc acctgccagc aggacttgga gctgcttcgc atctcactgc tcctcatcca
1741 gtcgtggctt gggcccctgc agttcctca

Keterangan: huruf besar situs pemotong enzim MspI (CCGG)

Gambar 11 Fragmen gen GH MspI didasarkan pada sekuens gen GH di GenBank

(Gordon et al. 1983).

2041 gc tgctcctgag
2101 ggcccttcgg cctctctgtc tctccctccc ttggcaggAG CTggaagatg gcaccccccg
2161 ggctgggcag atcctcaagc agacctatga caaatttgac acaaacatgc gcagtgacga
2221 cgcgctgctc aagaactacg gtctgctctc ctgcttccgg aaggacctgc ataagacgga
2281 gacgtacctg agggtcatg

Keterangan: huruf besar situs pemotong enzim AluI (AGCT)

Gambar 12 Fragmen gen GH AluI didasarkan pada sekuens gen GH di GenBank

(Gordon et al. 1983).

Bahan pereaksi yang digunakan untuk PCR adalah templet DNA, buffer
10x, 10 mM dNTP, 50 mM MgCl2, primer Forward dan Reverse masing-masing
30 pmol, dan 2,5 unit Tag DNA Polymerase (Promega PCR Core System USA)
dengan total volume reaksi 50 μl. Adapun komposisi bahan untuk volume reaksi
 35
50 μl adalah 5 μl buffer PCR 10x bebas MgCl2, 2 μl MgCl2, 1 μl dNTP, 1,5 μl
masing-masing primer Forward dan Riverse, 1,5 μl sampel DNA, dan 0,25 μl
enzim Tag DNA Polymerase dan sisanya deionized water 37,25 μl. Sebelum
bahan-bahan tersebut dimasukkan ke dalam mesin PCR, terlebih dahulu diputar
sebentar (spin down) dengan mikro sentrifuge.

Analisis Penciri PCR-RFLP

Produk PCR yang diperoleh dari hasil amplifikasi penciri PCR-RFLP
fragmen gen GH MspI dan fragmen gen GH AluI masing-masing dipotong dengan
menggunakan enzim pemotong MspI (C*CGG) dan AluI (AG*CT). Volume dan
bahan pereaksi yang digunakan untuk memotong produk PCR fragmen gen GH
MspI dan AluI masing-masing untuk setiap enzim pemotong adalah 5,0 μl
deionized water, 2,5 μl buffer enzim pemotong, 2,5 sampel produk PCR, dan 0,5
μl enzim pemotong. Campuran sampel produk PCR baik fragmen gen GH MspI
maupun AluI dan bahan pereaksi diinkubasi di dalam inkubator pada suhu 37oC
selama lebih kurang 16 jam (over night).

Elektroforesis DNA Total, Produk PCR, dan Produk PCR-RFLP

Elektroforesis dilakukan terhadap DNA total, produk PCR, dan produk
pemotongan (digested) atau PCR-RFLP dengan menggunakan gel agarose dengan
konsentrasi yang berbeda. Konsentrasi agarose 1% digunakan untuk
elektroforesis DNA total (0,5 g/50 ml TBE 1X), produk PCR 1,2% (0,6 g/50 ml
TBE 1X, dan produk pemotongan 2% (1 g/50 ml TBE 1X). Gel agarose dibuat
sesuai dengan konsentrasi yang dibutuhkan, kemudian dipanaskan di hot plate
stirrer sampai mendidih (larutan terlihat bening), lalu ditambahkan ethidium
bromide sebanyak 2,5 μl (10 mg/ml), dan dibiarkan sebentar agar dingin. Sebelum
membeku gel agarose 1% dituangkan ke cetakan yang telah disiapkan, kemudian
diletakkan sisir untuk 12 sampel dan biarkan sampai membeku.
Sebelum menjalankan piranti elektroforesis, sampel dimasukkan ke
setiap sumur sampel, larutan atau buffer TBE 1X (1 M Tris, 0,9 M asam borat,
0,01 M EDTA pH 8,0) volumenya sudah cukup dan sampel siap dijalankan.
Elektroforesis menggunakan Submarine Electrophoresis (Hoeffer USA) yang
 36
dijalankan atau dimigrasikan dari kutub negatif (katoda) ke positif (anoda) dengan
arus 85 volt, 200 mA selama 30 menit s/d 45 menit. Hasil elektroforesis diamati
dengan bantuan sinar UV (gelombang 200-400 nm) dan hasilnya difoto dengan
Gel DOC (UVi) dan hasil foto disimpan di disket atau dicetak. Ada tidaknya pita
(band) yang tergambar dalam hasil elektroforesis memberikan hasil ada tidaknya
DNA total, berhasil tidaknya amplifikasi PCR atau ada tidaknya variasi atau
polimorfisme fragmen gen GH MspI dan AluI.

Sekuens Fragmen Gen GH MspI dan AluI

Sekuensing fragmen gen GH MspI dan AluI dilakukan pada individu
yang bergenotipe homozigot (mutasi dan tidak mutasi) dengan jumlah 12 sampel,
masing-masing enam sampel untuk fragmen gen GH MspI dan enam sampel
untuk fragmen gen GH AluI. Setiap bangsa sapi terdiri atas tiga sampel sapi
pesisir, satu sampel sapi bali, satu sampel sapi simmental, dan satu sampel sapi
limousin. Primer yang digunakan untuk merunut fragmen gen GH MspI dan AluI
hanya menggunakan primer forward.
Langkah-langkah yang dilakukan untuk sekuensing fragmen gen GH
MspI dan AluI sebagai berikut :
1. Purifikasi Sampel
DNA sampel (produk PCR) dipurifikasi menggunakan Kit Qia-Quick PCR
(Qiagen) sesuai dengan prosedur.
2. Pengukuran Konsentrasi Sampel
Sampel produk PCR yang telah dipurifikasi diukur konsentrasinya
menggunakan spektrofotometer (UV-VIS Spectrofotometer-Shimizu) pada
gelombang λ=260 nm.
3. Siklus Sekuensing
DNA templet dengan jumlah yang cukup diamplifikasi dengan BigDye
Terminator v3.1 Cycle Sequencing Kit (Applied Biosystems, USA)
menggunakan mesin PCR. Program PCR dijalankan sesuai dengan program
dan siklus PCR normal yang dimodifikasi pada suhu ekstensi 60oC
menggantikan suhu 72oC. Primer yang digunakan untuk siklus sekuensing
adalah sama dengan primer PCR normal.
 37
4. Purifikasi Produk Siklus Sekuensing
Primer dan pereaksi BigDye Terminator yang berlebih dihilangkan dari
produk siklus sekuensing (mengacu pada panduan penggunaan ABI Prism
3100-Avant Genetic Analyzer) dengan tahapan sebagai berikut : sebanyak 20
μl produk ditambahkan 5 μl EDTA 125 mM dan 60 μl etanol 100%,
kemudian digoyang dengan membalik tube beberapa kali. Inkubasi pada suhu
ruang selama 15 menit. Sentrifugasi dengan kecepatan 6000 rpm suhu 4oC
selama 30 menit. Supernatan dibuang, lalu ditambahkan 60 μl etanol 70%.
Sentrifugasi kembali dengan kecepatan 4500 rpm suhu 4oC selama 15 menit.
Supernatan dibuang dan diulang kembali dengan menambahkan etanol 70%
kemudian disentrifugasi dengan kondisi yang sama seperti di atas. Tube
dikeringkan di dalam evaporator selama 2 menit, kemudian ditambahkan 10 μl
Hi-Di Formamide. Denaturasi dilakukan dengan pemanasan pada suhu 95oC
selama 4 menit, setelah itu diletakkan di atas boks yang berisi bunga es
selama 5 menit.
5. Analisis Sekuensing DNA

Produk PCR yang telah dipurifikasi dan didenaturasi dimasukkan sebanyak 10

μl ke dalam 96 sumur plate. Catatan plate sampel di tulis di software program
sekuensing. Mesin sekuenser ABI Prims 3100-Avant Genetic Analyzer
dijalankan sampai electropherogram telah memperlihatkan bahwa semua
fragmen DNA mengalir melalui capillary array dan dideteksi oleh detektor
laser. Hasil elektroferogram selanjutnya dianalisis.

Peubah yang Diamati

Beberapa peubah yang diamati terkait dengan analisis DNA pada
fragmen gen GH MspI dan AluI, yaitu (1) frekuensi gen, (2) keseimbangan gen
dalam populasi, (3) heterozigositas, (4) nilai Polymorphic Informative Content
(PIC), (5) ada tidaknya mutasi, (6) kesamaan sekuens gen GH (homology), dan
(7) keterkaitan genotipe gen GH dengan sifat kuantitatif. Peubah yang diamati
untuk sifat kuantitatif : (1) bobot badan (kg), (2) tinggi pundak (cm), (3) panjang
badan(cm), dan (4) lingkar dada (cm).
 38
Analisis Data
Frekuensi alel gen GH yang diperoleh dari analisis penciri PCR-RFLP
MspI dan AluI dihitung menggunakan rumus (Nei 1987) :

⎛ ⎞
⎜ 2 n ii + ∑ n ij ⎟
⎜ ⎟
⎝ j≠ i ⎠
xi =
2n

Keterangan :
xi = frekuensi alel ke-i,
nii = jumlah individu bergenotipe AiAi,
nij = jumlah individu bergenotipe AiAj,
n = jumlah total sampel.

Keseimbangan Hardy-Weinberg diuji dengan Chi-square (χ2) (Hartl dan

Clark 1997) :

( obs − exp)
2

χ ∑
2
=
exp
Keterangan :
χ2 = uji Chi-square,
Obs = jumlah pengamatan genotipe ke-i,
Exp = jumlah harapan genotipe ke-i.

Keragaman genetik (genetic varibability) dilakukan melalui estimasi

frekuensi heterozigositas pengamatan (Ho), heterozigositas harapan (He) dan
standar eror heterozigositas harapan (Weir 1996; Nei 1987) :

N 1ij
Ho = ∑
i≠ j N
Keterangan :
Ho = frekuensi heterozigositas pengamatan,
N1ij = jumlah individu heterozigot pada lokus ke-1,
N = jumlah individu yang dianalisis.
n
H e = 1 − ∑ p1i
2

1=1

Keterangan :
He = heterozigositas harapan,
p1i = frekuensi alel ke-i pada lokus 1,
n = jumlah alel pada lokus ke-1.
 39

V s1 ( H e ) =
2
2 n (2 n − 1)
{ 3
(
2(2 n − 2 ) ∑ xi − (∑ x ) )+ ∑ x − (∑ x ) }
i
2 2
i
2
i
2 2

Keterangan :
Vsl (He) = ragam heterozigositas harapan,
xi = frekuensi gen ke-1.

Standar eror (SE) heterozigositas harapan diperoleh dari = Vsl (H e ) .

Tingkat informatif suatu alel dihitung dengan menggunakan pendekatan

nilai Polymorphic Informative Content (PIC) (Botstein et al. 1980) :

n n −1 n
PIC = 1 − ∑ pi − ∑ ∑2p
2 2
i p 2j
i =1 i =1 j = i +1

Keterangan :
pi = frekuensi alel ke-i,
n = jumlah alel per penciri (marker)

Hasil sekuens fragmen gen GH MspI dan AluI sapi pesisir, sapi bali, sapi
limousin, dan simmental dianalisis kesamaannya (homology) dengan sekuens
yang terdapat di GenBank menggunakan perangkat lunak (software) komputer
program Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) (Altchul et al. 1997)
[www.ncbi .nhl.nih.gov./BLAST] yang bertujuan untuk memastikan bahwa
sekuens yang dianalisis adalah fragmen gen GH. Selain mendapatkan kesamaan
sekuens antar-bangsa, juga dapat diduga posisi ada tidaknya mutasi yang terjadi
pada gen GH dan sekuens basa nukleotida spesifik yang dianalisis. Kesamaan
suatu sekuens tinggi apabila score yang didapat >200 bits. Hasil sekuens fragmen
gen GH MspI dan AluI pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi
simmental yang diperoleh dibuat pohon kekerabatannya (phylogenetic trees)
dengan menggunakan software komputer program Molecular Evolutionary
Genetic Analysis (MEGA4) dengan metode Neighbor-Joining berdasarkan
bootstrap 1000 pengulangan (Kumar dan Tamura 2006).
Perbedaan bobot badan dan ukuran tubuh antar-genotipe fragmen gen GH
MspI dan AluI dianalisis dengan menggunakan uji t (Mendenhall 1987) :
 40

=
x −x
1 2
t 1 1
s +
n n 1 2

∑ (x i − x 1) + ∑ (x i − x 2)
n 2 n 2

s = i =1 i =1

n +n −2 1 2

Keterangan :
x1 dan x2 = rataan sifat produksi genotipe 1 dan 2
n1 dan n2 = jumlah individu genotipe 1 dan 2

Sebelum dilakukan uji t, data sifat kuantitatif terlebih dahulu dikoreksi

dengan pendekatan perhitungan sebagai berikut :

= x standar
x i − terkoreksi
x xpengamatan ke −i
x pengamatan

Keterangan :
x i − terkoreksi
= data yang telah dikoreksi
x standar
= rataan data yang dijadikan standar

x pengamat an
= rataan data yang akan dikoreksi

x pengamatanke −i
= data yang akan dikoreksi ke-i

Adapun prosedur tahapan data terkoreksi untuk sapi pesisir (xi): (1) koreksi
pertama dilakukan terhadap umur 2,0-2,5 tahun, semua data umur < 2,0 tahun
atau > 2,5 tahun dikoreksi menurut rataan umur 2,0-2,5 tahun pada setiap jenis
kelamin dan lokasi berbeda, (2) koreksi kedua dilanjutkan terhadap jenis kalamin
betina, semua data jenis kelamin jantan dikoreksi terhadap jenis kelamin betina
pada setiap lokasi berbeda, dan (3) koreksi ketiga dilakukan terhadap lokasi di
Kabupaten Pesisir Selatan, maka semua data di Kabupaten Padang Pariaman
dikoreksi terhadap lokasi di Kabupaten Pesisir Selatan. Koreksi data juga
dilakukan pada bangsa sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental dengan
prosedur yang sama akan tetapi tidak dilakukan koreksi terhadap jenis kelamin
dan lokasi. Data dianalisis menggunakan perangkat lunak komputer program
microsoft Excel 2003.
 41
HASIL DAN PEMBAHASAN

Amplifikasi Gen Hormon Pertumbuhan

Amplifikasi fragmen gen hormon pertumbuhan (GH) yang dilakukan

pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental menunjukkan
adanya dua posisi di gen GH, yaitu di intron 3 - exon 4 untuk fragmen gen GH
MspI dan intron 4 - exon 5 untuk fragmen gen GH AluI (Gambar 13). Amplifikasi
fragmen gen GH MspI dijalankan menggunakan mesin PCR dengan kondisi
annealing 53oC selama 45 detik, dan diperoleh produk PCR dengan panjang 327
pasang basa (bp) (Gambar 14). Demikian pula dengan amplifikasi fragmen gen
GH AluI dilakukan pada kondisi annealing 55oC selama 45 detik dan hasilnya
memiliki panjang produk PCR sebesar 211 bp (Gambar 15).

Intron 2 Intron 3 Intron 4

Exon 3 Exon 4 Exon 5

…5’CGCAC*CGGCC’3.… …5’AGGAG*CTGAA’3.…

327 bp 211 bp

Gambar 13 Posisi fragmen gen GH MspI dan AluI serta situs pemotong enzimnya.

500 bp
300 bp 327 bp
200 bp
100 bp

M P59 P62 P56 P145 P195 B25 L11 S9

Keterangan :
M (marker) = ladder 100 bp
P59, P62, P56, P145, = sampel sapi pesisir dari Kabupaten Pesisir Selatan
P195 = sampel sapi pesisir dari Kabupaten Padang Pariaman
P25 = sampel sapi bali dari Pulau Bali
L11 = sampel sapi limousin dari BIB Singosari Malang
S9 = sampel sapi simmental dari BIB Singosari Malang

Gambar 14 Hasil elektroforesis produk PCR fragmen gen GH MspI.

 42

500 bp
300 bp
200 bp 211 bp
100 bp

M P60 P62 P63 P67 P68 S6 S4 S5

Keterangan :
M (marker) = ladder 100 bp,
P60, P62, P63, P67, P68 = sampel sapi pesisir dari Kabupaten Pesisir Selatan
S6, S4, S5 = sampel sapi smmental dari BIB Singosari Malang

Gambar 15 Hasil elektroforesis produk PCR fragmen gen GH AluI.

Berdasarkan hasil amplifikasi yang dilakukan oleh Mitra et al. (1995)

dan Reis et al. (2001) bahwa penempelan (annealing) primer fragmen gen GH
MspI dan AluI masing-masing pada suhu 60oC selama 40 detik dan suhu 62oC
selama 30 detik menghasilkan produk PCR yang baik. Namun pada penelitian ini,
hasil amplifikasi antara Mitra et al. (1995) dan Reis et al. (2001) berbeda dalam
hal suhu annealingnya dengan hasil penelitian ini. Hasil optimal didapatkan pada
suhu 53oC selama 45 detik pada fragmen gen GH MspI dan suhu 55oC selama 45
detik pada AluI. Keberhasilan amplifikasi fragmen gen GH MspI dan AluI sangat
ditentukan oleh kondisi penempelan primer pada DNA genom (gen target), selain
faktor-faktor lain, seperti bahan pereaksi PCR dan kondisi mesin PCR.
Produk PCR fragmen gen GH MspI (327 bp) yang telah dipotong dengan
enzim MspI menghasilkan tiga macam fragmen, yaitu fragmen yang terpotong
(dua pita) yang dikenal dengan genotipe +/+, tidak terpotong (satu pita) yang
dikenal dengan genotipe -/-, dan fragmen gabungan (tiga pita) yang dikenal
dengan genotipe +/- (Gambar 16). Individu-individu sapi yang dianalisis, yaitu
sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental apabila dapat dipotong
fragmen gen GH-nya, berarti memiliki situs pemotong enzim MspI, yaitu
C*CGG. Individu-individu yang tidak dapat dipotong fragmen gen GH-nya
berarti mengalami perubahan (mutasi) pada situs pemotong enzim MspI. Adapun
individu-individu yang memiliki fragmen gabungan berarti individu tersebut
memiliki situs pemotong enzim MspI dan situs pemotong enzim MspI yang tidak
dikenal (mutasi) atau individu yang heterozigot.
 43

M K+ 1 2 3 4 5 6

500 bp
300 bp 327 bp
200 bp 222 bp
100 bp 105 bp

Genotipe : -/- -/- +/- -/- +/+ +/+

Keterangan :
M (marker) = ladder 100 bp
K+ = kontrol positif (tanpa dipotong)
No. 1, 2, 4 = individu homozigot -/-
No. 3 = individu heterozigot +/-
No.5, 6 = individu homozigot +/+

Gambar 16 Genotipe hasil pemotongan produk PCR fragmen gen GH dengan

enzim MspI.

Hasil pemotongan dengan enzim AluI terhadap fragmen gen GH AluI

sebesar 211 bp diperoleh tiga macam fragmen, yaitu fragmen yang dapat
dipotong (dua pita) yang dikenal dengan genotipe LL, tidak dapat dipotong (satu
pita) yang dikenal dengan genotipe VV, dan fragmen gabungan (tiga pita) yang
dikenal dengan genotipe LV (Gambar 17). Individu-individu sapi yang dapat
dipotong fragmen gen GH-nya berarti memiliki situs pemotong sekuens enzim
AluI, yaitu AG*CT, sedangkan yang tidak dapat dipotong berarti fragmen gen
GH AluI mengalami mutasi pada situs pemotong sekuens enzim AluI.

M 1 2 3 4 5 6 7 8

500 bp
300 bp
200 bp 211 bp
100 bp 160 bp
50 bp 51 bp

Genotipe: LL LL LL LL LL VV LV LV
Keterangan :
M (marker) = ladder 100 bp
No. 1, 2, 3, 4, 5 = individu homozigot LL
No. 6 = individu homozigot VV
No.7, 8 = individu heterozigot LV

Gambar 17 Genotipe hasil pemotongan produk PCR fragmen gen GH dengan

enzim AluI.
 44
Berdasarkan hasil fragmen gen GH yang dipotong dengan enzim
pemotong MspI diperoleh tiga macam genotipe, yaitu individu sapi yang
bergenotipe +/+, +/-, dan -/- dengan dua macam alel yaitu alel (+) dan (-). Kedua
alel tersebut (Zhang et al. 1993) dianggap sebagai alel yang polimorfik sehingga
dikenal dengan situs polimorfik intron C atau situs pemotong yang terletak pada
intron 3 (Hoj et al. 1993; Lee at al. 1993). Demikian pula dengan fragmen gen
GH yang dipotong dengan enzim pemotong AluI diperoleh tiga macam genotipe,
yaitu genotipe LL, LV, dan VV dengan dua macam alel yaitu alel L dan V.
Kedua alel ini juga dideteksi adanya situs polimorfik pada exon 5, tepatnya pada
posisi 2141 gen GH (Lucy et al. 1993; Yao et al. 1996).

Polimorfisme Gen Hormon Pertumbuhan

Frekuensi Genotipe dan Alel Fragmen Gen GH MspI dan AluI

a. Frekuensi Genotipe dan Alel Fragmen Gen GH MspI
Hasil analisis frekuensi genotipe (+/+, +/-, dan -/-) dan frekuensi alel
(+, -) fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir yang dikelompokkan berdasarkan
jenis kelamin dan umur yang berasal dari Kabupaten Pesisir Selatan maupun
Kabupaten Padang Pariaman disajikan pada Tabel 7 dan 8, sedangkan sapi bali,
sapi limousin, dan sapi simmental disajikan pada Tabel 9 serta Lampiran 3.
Frekuensi genotipe fragmen gen GH MspI yang dikelompokkan
berdasarkan jenis kelamin dan kelompok umur memiliki kecenderungan yang
sama (genotipe -/- tinggi) pada setiap kelompok baik pada sapi pesisir yang
terdapat di Kabupaten Pesisir Selatan maupun di Kabupaten Padang Pariaman
(Tabel 7). Frekuensi genotipe (+/+, +/-, dan -/-) fragmen gen GH MspI yang
terdapat di Kabupaten Pesisir dan Kabupaten Padang Pariaman juga cenderung
memiliki frekuensi yang sama tinggi untuk genotipe -/- dan rendah untuk genotipe
+/- dan +/+ (Tabel 8). Hal yang sama juga ditemukan pada sapi bali bahwa
frekuensi genotipe -/- tinggi dan bahkan tidak ditemukan genotipe +/+ dan +/-
(Tabel 9). Sebaliknya pada sapi limousin dan sapi simmental, frekuensi genotipe -
/- rendah dan tinggi frekuensi genotipe +/+ dan +/- (Tabel 9). Proporsi genotipe
dan alel fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin dan sapi
simmental dapat dilihat pada Gambar 18 dan 19.
 45
Tabel 7 Frekuensi genotipe fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir berdasarkan asal,
jenis kelamin, dan kelompok umur
Jenis Kelompok Proporsi Genotipe
Asal
Kelamin Umur +/+ +/- -/-
Pesisir Selatan Jantan Anak (n=6) 0,000 0,167 0,833
Muda (n=15) 0,067 0,200 0,733
Dewasa (n=1) 0,000 1,000 0,000
Jumlah (n=22) 0,046 0,227 0,727
Betina Anak (n=2) 0,000 1,000 0,000
Muda (n=22) 0,000 0,318 0,682
Dewasa (n=52) 0,038 0,347 0,615
Jumlah (n=76) 0,026 0,355 0,619
Jumlah (n=98) 0,031 0,327 0,643
Padang Pariaman Jantan Anak (n=0) 0,000 0,000 0,000
Muda (n=1) 0,000 0,000 1,000
Dewasa (n=0) 0,000 0,000 0,000
Jumlah (n=1) 0,000 0,000 1,000
Betina Anak (n=1) 0,000 0,000 1,000
Muda (n=8) 0,125 0,250 0,625
Dewasa (n=25) 0,120 0,240 0,640
Jumlah (n=34) 0,118 0,235 0,647
Jumlah (n=35) 0,114 0,229 0,657
Keterangan : n = jumlah individu

Tabel 8 Frekuensi genotipe dan alel fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir di
Kabupaten Pesisir Selatan dan Kabupaten Padang Pariaman
Genotipe Alel
No. Lokasi n
+/+ +/- -/- (+) (-)
1. Pesisir Selatan 98 0,031 0,327 0,643 0,194 0,806
2. Padang Pariaman 35 0,114 0,229 0,657 0,229 0,771
Total 133 0,053 0,301 0.647 0,203 0,797
Keterangan : n = jumlah individu

Tabel 9 Frekuensi genotipe dan alel fragmen gen GH MspI pada sapi bali, sapi
simmental, dan sapi limousin
Genotipe Alel
No. Bangsa n
+/+ +/- -/- (+) (-)
1. Bali 47 0,000 0,000 1,000 0,000 1,000
2. Limousin 22 0,409 0,454 0,136 0,636 0,364
3. Simmental 18 0,773 0,222 0,000 0,889 0,111
Keterangan : n = jumlah individu
 46

100%

Proporsi genotipe fragmen gen GH MspI

90%
80%
70%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
0%
Pesisir Selatan Padang Bali Limousin Simmental
Pariaman
Bangsa Sapi

Genotipe +/+ Genotipe +/- Genotipe -/-

Gambar 18 Proporsi genotipe fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir,

sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental.

100%
Proporsi alel fragmen gen GH MspI

90%
80%
70%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
0%
Pesisir Selatan Padang Bali Limousin Simmental
Pariaman
Bangsa Sapi

Alel (+) Alel (-)

Gambar 19 Proporsi alel fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir, sapi
bali, sapi limousin, dan sapi simmental.
 47
Pada Gambar 18 dan 19 tampak bahwa proporsi genotipe dan alel
fragmen gen GH MspI antara sapi pesisir baik yang berasal dari Kabupaten Pesisir
Selatan maupun dari Kabupaten Padang Pariaman dan sapi bali memiliki proporsi
genotipe -/- atau alel (-) tinggi, sebaliknya pada sapi limousin dan sapi simmental
rendah. Hal ini mengindikasikan bahwa terdapat perbedaan proporsi genotipe dan
alel antara sapi pesisir dan sapi bali dengan sapi impor (sapi limousin dan sapi
simmental) untuk fragmen gen GH MspI. Perbedaan tersebut mungkin disebabkan
oleh kondisi lingkungan tropis (ekstrim) yang membentuk sapi pesisir dan sapi
bali, berbeda dari sapi impor (sapi limousin dan sapi simmental) yang
berkembang di daerah temperet sehingga diduga dapat mengubah proporsi
genotipe atau alel fragmen gen GH MspI. Selain itu, mungkin juga peran sapi bali
telah memberikan proporsi yang besar terhadap pembentukan sapi pesisir
sehingga memiliki proporsi genotipe -/- atau alel (-) fragmen gen GH MspI yang
tinggi karena sapi bali hanya memiliki genotipe -/- atau alel (-) atau bersifat
monomorfik.
Kajian distribusi fragmen gen GH MspI terhadap beberapa bangsa sapi di
dunia yang termasuk dalam kelompok bangsa sapi tidak berpunuk (humpless) dan
berpunuk (humped) menunjukkan bahwa frekuensi alel (-) lebih tinggi pada
kelompok sapi yang berpunuk (Bos indicus) dibandingkan dengan sapi tidak
berpunuk (Bos taurus) (Lagziel et al. 2000) (Tabel 10). Hasil penelitian ini juga
mengindikasikan bahwa frekuensi alel (-) tinggi pada sapi pesisir dan sapi bali.
Dengan demikian, tidak hanya sapi berpunuk (Bos indicus) yang memiliki
frekuensi alel (-) tinggi (Lagziel et al. 2000), akan tetapi juga sapi pesisir dan sapi
bali (Bos javanicus) memiliki frekuensi yang sama (tinggi frekuensi alel (-) dan
bukan termasuk kelompok sapi berpunuk). Hasil penelitian yang diperoleh
menambah informasi bahwa frekuensi alel (-) tinggi tidak hanya terdapat pada
kelompok sapi berpunuk (Bos indicus), tapi juga pada sapi bali sebagai ternak asli
Indonesia (Bos javanicus) dan sapi pesisir (Gambar 20). Adapun sapi impor (sapi
limousin dan sapi simmental) berdasarkan hasil yang diperoleh mendukung
pernyataan Lagziel et al. (2000), bahwa frekuensi alel (-) rendah pada kelompok
sapi berpunuk (Bos taurus).
 48

Tabel 10 Distribusi frekuensi alel (-) fragmen gen GH MspI berdasarkan bangsa,
jumlah individu, asal bangsa, dan tipe bangsa
Frekuensi
Asal
Bangsa Sapi n Tipe Bangsa Alel
Bangsa
(-)
Angus 65 Scotlandia HL 0,40
Brown Carphatian 22 Ukraina HL 0,26
Charolais 7 Perancis HL 0,22
Gelbveih 15 Jerman HL 0,06
Gray Ukraina 22 Ukraina HL 0,33
Holstein 473 Belanda HL 0,00
Jersey 13 Jersey HL 0,15
Limousin 18 Perancis HL 0,39
N’Dhama 18 Guenia HL 0,00
Norwegian Red 32 Denmark HL 0,05
Red Danis 58 Denmark HL 0,19
Reggiana 26 Italia HL 0,52
Simmental 23 Switzerland HL 0,04
**)
Limousin 22 Perancis HL 0,36
**)
Simmental 18 Switzerland HL 0,11
Boran 4 Kenya H 0,88
Brahman 23 India H 0,65
Gir 18 India H 0,89
Nellore 20 India H 0,82
Siri 9 Bhutan H 0,45
*
Peranakan Ongole (PO) 114 Indonesia H 0,26
**)
Bali 47 Pulau Bali HL 1,00
**)
Pesisir 133 Sum-Bar H 0,80
*) **
Sumber : Lagziel et al. (2000), Sutarno et al. (2005), ) hasil penelitian.
Keterangan : HL = Humpless, H = Humped
 49

Alel (-)

Alel (+)

Keterangan : Æ sapi pesisir dan sapi bali, sapi PO

Gambar 20 Distribusi alel (+) dan (-) fragmen gen GH MspI di dunia (Lagziel et al. 2000; Sutarno et al. 2005; Hasil Penelitian).
 50
Pada Gambar 20 tampak bahwa distribusi frekuensi alel (-) tinggi di
daerah tropis yang memperkuat dugaan akan adanya kemungkinan yang
mendukung bahwa alel (-) merupakan alel spesifik untuk daerah tropis. Alel (-)
merupakan alel yang diduga mengalami mutasi pada situs pemotong enzim MspI
(Lampiran 4) sehingga sapi pesisir dan sapi bali merupakan populasi sapi yang
umumnya mengalami mutasi pada situs tersebut. Sebaliknya sapi limousin dan
sapi simmental merupakan populasi sapi yang tidak mengalami mutasi pada situs
pemotong enzim MspI (C*CGG) di gen GH.
Nei (1987) menyatakan bahwa mutasi dapat terjadi pada level DNA
akibat adanya perubahan basa-basa DNA (A = adenin, T = timin, G= guanin, S =
sitosin) dalam bentuk atau tipe mutasi substitusi, delesi, insersi, atau inversi.
Pada situs ini, sapi pesisir dan sapi bali diduga mengalami substitusi (tipe transisi)
dari basa sitosin (S) ke basa timin (T) (Lampiran 4). Laju mutasi pada DNA di
daerah coding relatif rendah, yaitu 4x10-5 per generasi, meskipun laju mutasi
merupakan parameter yang krusial karena tidak dapat diukur secara pasti. Brown
(1999) menyatakan bahwa penyebab mutasi terjadi karena adanya kesalahan
secara spontan pada saat replikasi atau adanya suatu mutagen yang dapat
menyebabkan terjadinya perubahan pada basa-basa tersebut.
Beberapa hasil penelitian terkini yang mendukung dan masih terkait
dengan frekuensi alel (-) fragmen gen GH MspI masih terus berlangsung.
Zakezadeh et al. (2006), Beauchemin et al. (2006), dan Sodhi et al. (2007)
melaporkan bahwa frekuensi alel (-) fragmen gen GH MspI masing-masing 0,45,
0,64, dan 0,87 pada sapi asli iran (mazandrani) (tidak berpunuk), sapi brahman,
dan sapi indian zebu (berpunuk). Hasil penelitian ini masih mendukung terhadap
hasil yang telah didapatkan oleh Lagziel et al. (2000) bahwa frekuensi alel (-)
fragmen gen GH MspI tinggi pada kelompok sapi berpunuk (Bos indicus) dan
rendah pada kelompok sapi tidak berpunuk (Bos taurus). Selanjutnya Lagziel et
al. (2000) menyatakan bahwa alel (-) merupakan pusat asal-usul alel yang
terdapat pada kelompok sapi zebu. Hasil ini juga diperkuat oleh hasil penelitian
sebelumnya Loftus et al. (1994) dan MacHugh (1996) yang menyatakan bahwa
sapi-sapi zebu (Bos indicus) berasal dari India sebagai salah satu pusat
terbentuknya domestikasi Bos indicus dan menyebar ke Asia dan Afrika.
 51
b. Frekuensi Genotipe dan Alel Fragmen Gen GH AluI
Hasil analisis frekuensi genotipe (LL, LV, dan VV) dan frekuensi alel
(L,V) fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir yang berasal dari Kabupaten Pesisir
Selatan maupun dari Kabupaten Padang Pariaman disajikan pada Tabel 11,
sedangkan sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental disajikan pada Tabel 12
serta Lampiran 3.

Tabel 11 Frekuensi genotipe dan alel fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir di
Kabupaten Pesisir Selatan dan Kabupaten Padang Pariaman
Genotipe Alel
No. Lokasi n
LL LV VV L V
1. Pesisir Selatan 98 0,990 0,010 0,000 0,995 0,005
2. Padang Pariaman 35 0,971 0,029 0,000 0,986 0,014
Total 133 0,985 0,015 0,000 0,993 0,007
Keterangan : n = jumlah individu

Tabel 12 Frekuensi genotipe dan alel fragmen gen GH AluI pada sapi bali, sapi
simmental, dan sapi limousin
Genotipe Alel
No. Bangsa n
LL LV VV L V
1. Bali 47 1,000 0,000 0,000 1,000 0,000
2. Limousin 22 0,636 0,364 0,000 0,818 0,182
3. Simmental 18 0,500 0,389 0,111 0,694 0,306
Keterangan : n = jumlah individu

Tabel 11 menunjukkan bahwa frekuensi genotipe LL tinggi pada sapi

pesisir yang terdapat di Kabupaten Pesisir Selatan maupun di Kabupaten Padang
Pariaman, sebaliknya frekuensi genotipe LV rendah dan bahkan tidak ditemukan
genotipe VV baik pada sapi pesisir di Kabupaten Pesisir Selatan maupun di
Kabupaten Padang Pariaman. Demikian pula frekuensi alel L tinggi ditemukan
pada sapi pesisir di Kabupaten Pesisir Selatan maupun di Kabupaten Padang
Pariaman. Sebaliknya frekuensi alel V sangat rendah pada kedua populasi sapi
pesisir tersebut sehingga cenderung tidak terdapat perbedaan terhadap frekuensi
genotipe dan alel pada populasi sapi Pesisir di kedua lokasi tersebut. Tabel 12
juga menunjukkan hasil yang cenderung sama dengan sapi pesisir bahwa
frekuensi genotipe LL tinggi pada sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental,
 52
sebaliknya rendah frekuensi genotipe LV dan VV dan bahkan tidak ditemukan
genotipe LV dan VV pada sapi bali. Frekuensi alel L tinggi juga ditemukan pada
sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental sebaliknya rendah pada alel V
(Gambar 21 dan 22).
Proporsi genotipe fragmen gen GH AluI

100%
90%
80%
70%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
0%
Pesisir Selatan Padang Bali Limousin Simmental
Pariaman
Bangsa

Genotipe LL Genotipe LV Genotipe VV

Gambar 21 Proporsi genotipe fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir,

sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental.

100%
Proporsi alel fragmen gen GH AluI

90%
80%
70%
60%
50%
40%
30%
20%
10%
0%
Pesisir Selatan Padang Bali Limousin Simmental
Pariaman
Bangsa

Alel L Alel V

Gambar 22 Proporsi alel fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir, sapi
bali, sapi limousin, dan sapi simmental.
 53
Gambar 21 menunjukkan bahwa terdapat kecenderungan pada sapi
pesisir dan sapi bali memiliki proporsi genotipe yang lebih tinggi dan bahkan
mengarah terjadinya fiksasi untuk genotipe LL dibandingkan dengan sapi
limousin dan sapi simmental. Kecenderungan yang sama juga ditunjukkan pada
Gambar 22 bahwa frekuensi alel L lebih tinggi pada sapi pesisir dan sapi bali,
sebaliknya rendah pada sapi limousin dan sapi simmental. Dengan demikian,
frekuensi genotipe dan alel fragmen gen GH AluI memiliki kecenderungan yang
sama tinggi, akan tetapi pada sapi pesisir dan sapi bali mengarah terjadinya fiksasi
(genotipe LL dan alel L) dibandingkan dengan sapi limousin dan sapi simmental.
Beberapa hasil penelitian lain juga menunjukkan kecenderungan yang sama
dengan hasil penelitian yang diperoleh bahwa frekuensi alel L tinggi, sebaliknya
rendah pada alel V terhadap semua kelompok sapi yang termasuk dalam
kelompok sapi tidak berpunuk (Bos taurus), sapi berpunuk (Bos indicus), maupun
silangannya (Tabel 13).

Tabel 13 Distribusi frekuensi alel fragmen gen GH AluI pada beberapa bangsa
sapi berpunuk, tidak berpunuk, dan silangannya
Tipe Frekuensi Alel
Bangsa Sapi n Sumber
Bangsa L V
FH Polish 109 HL 0,640 0,360 Grochowska et al. (2001)
FH Polish 177 HL 0,870 0,130 Zwierzchowski et al. (2002)
FH Polandia 1086 HL 0,815 0,185 Dybus (2002)
FH Hungaria 363 HL 0,930 0,070 Kovacs et al. (2006)
Mazandrani 97 HL 0,910 0,090 Zakezadeh et al. (2006)
Pedaging Portugis 195 HL 0,759 0,241 Reis et al. (2001)
Canchim Brazil 688 Silangan 0,870 0,130 Pereira et al. (2005)
Agus 527 HL 0,770 0,230 Barendse et al. (2006)
Shorthorn 500 HL 0,760 0,240 Barendse et al. (2006)
Brahman 324 H 1,000 0,000 Beauchemin et al. (2006)
Nellore 79 H 1,000 0,000 Curi et al. (2006)
½ Simmental 30 Silangan 0,717 0,283 Curi et al. (2006)
½ Angus 245 Silangan 0,992 0,080 Curi et al. (2006)
Limousin 22 HL 0,818 0,182 Hasil penelitian
Simmental 18 HL 0,694 0,306 Hasil penelitian
Pesisir 133 H 0,993 0,007 Hasil penelitian
Bali 47 HL 1,000 0,000 Hasil penelitian
Keterangan : n = jumlah individu, HL = humpless, H = humped
 54
Tabel 13 memperlihatkan bahwa frekuensi alel L tinggi pada semua
kelompok bangsa sapi, sebaliknya rendah pada alel V. Terdapat kecenderungan
bahwa alel V pada kelompok sapi tidak berpunuk (Bos taurus) relatif lebih tinggi
dibandingkan dengan kelompok sapi berpunuk (Bos indicus), sapi pesisir, dan sapi
bali. Langkanya alel V pada sapi pesisir dan sapi bali menarik untuk dikaji.
Adanya beberapa dugaan terhadap kemungkinan langkanya alel V pada sapi
pesisir dan sapi bali berdasarkan hasil penelitian ini, yaitu (1) alel V merupakan
alel spesifik untuk bangsa sapi yang termasuk dalam kelompok Bos taurus
sehingga sangat jarang ditemukan pada populasi sapi asli atau sapi lokal Indonesia
(Tabel 13) dan (2) mungkin saja alel V pada sapi pesisir dan sapi bali terkuras
akibat penjualan atau pemotongan terhadap sapi-sapi yang memiliki bobot badan
besar. Jika asumsi alel V memiliki hubungan dengan bobot badan besar, bisa jadi
langkanya alel tersebut pada ternak kita khususnya akibat hal tersebut.
Zwierzchowski et al. (2001) menyatakan bahwa genotipe VV memiliki bobot
badan dan pertambahan bobot badan harian yang lebih besar dibandingkan
genotipe LL dan LV pada sapi pedaging.
Sehubungan dengan keberadaan fragmen gen GH AluI, fragmen gen itu
saat ini sangat intensif diteliti dibandingkan dengan fragmen gen GH MspI. Hal
ini karena posisi situs AluI (AG*CT) berada pada exon 5 gen GH yang merupakan
daerah penyandi (coding region). Berdeda dengan situs MspI (C*CGG) yang
berada pada posisi intron 3 di gen GH yang bukan daerah penyandi (non-coding).
Perubahan yang terjadi pada situs AluI (AG*CT) dari basa sitosin (C) menjadi
guanin (G) dapat mengubah asam amino dari leusin menjadi valin (Lucy et al.
1993) sehingga diduga akan mengubah struktur hormon pertumbuhan yang
dihasilkan. Berbeda dengan posisi fragmen gen GH MspI bahwa situs MspI
(C*CGG) terletak pada intron 3 yang merupakan daerah bukan penyandi (non-
coding) sehingga perubahan atau mutasi pada situs tersebut tidak akan mengubah
struktur hormon pertumbuhan yang dihasilkan. Meskipun demikian, jika terjadi
perubahan atau mutasi pada situs tersebut dapat mencerminkan respon perbedaan
geografi antara kelompok sapi Bos taurus (humpless) dan Bos indicus (humped)
(Lagziel et al. 2000), serta kelompok sapi yang terdapat di Indonesia seperti sapi
pesisir dan sapi bali.
 55
Keseimbangan Gen dalam Populasi
Hasil uji chi-square (χ2), terhadap genotipe fragmen gen GH MspI dan
AluI (Lampiran 4) menunjukkan bahwa frekuensi genotipe kedua fragmen gen
GH dalam keadaan seimbang (keseimbangan Hardy-Weinberg) pada populasi sapi
pesisir di Kabupaten Pesisir Selatan, sapi limousin, dan sapi simmental.
Ketidakseimbangan genotipe hanya terjadi pada populasi sapi pesisir yang
terdapat di Kabupaten Padang Pariaman untuk fragmen gen GH MspI.
Keseimbangan frekuensi genotipe pada populasi sapi bali tidak dilakukan analisis
karena frekuensi alel fragmen gen GH MspI dan AluI sama dengan satu.
Keseimbangan frekuensi genotipe yang terdapat pada populasi sapi pesisir, sapi
limousin, dan sapi simmental menunjukkan bahwa pada populasi tersebut tidak
terjadi seleksi terutama seleksi yang didasarkan pada genotipe gen GH.
Sebaliknya pada sapi pesisir yang terdapat di Kabupaten Padang Pariaman diduga
terjadi seleksi karena frekuensi gen GH MspI dalam populasi tersebut tidak
seimbang, meskipun hal ini perlu penelitian lanjut karena jumlah sampel yang
digunakan terbatas (35 sampel).
Suatu populasi dinyatakan dalam keadaan keseimbangan Hardy-
Weinberg, jika frekuensi genotipe (p2, 2pq dan q2) dan frekuensi alel (p dan q)
konstan dari generasi ke generasi, karena akibat penggabungan gamet yang terjadi
secara acak dalam populasi yang besar (Vasconcellos et al. 2003). Falconer dan
Mackay (1996), juga Noor (2004) menyatakan bahwa keseimbangan gen dalam
populasi terjadi jika tidak adanya seleksi, mutasi, migrasi, dan genetic drift.
Sebaliknya, jika terjadi akumulasi genotipe, populasi yang terbagi, mutasi, seleksi,
migrasi, dan perkawinan dalam kelompok/populasi yang sama (endogami) maka
dapat menimbulkan terjadinya ketidakseimbangan frekuensi genotipe atau alel
dalam populasi tersebut. Seleksi sebagai salah satu faktor yang dapat mengubah
keseimbangan dalam populasi secara cepat, umumnya tidak terjadi pada populasi
sapi pesisir, sapi limousin, dan sapi simmental. Hal itu karena pada populasi sapi
yang dianalisis mengindikasikan bahwa tidak ada seleksi yang didasarkan pada
kriteria genotipe baik pada fragmen gen GH MspI maupun pada fragmen gen GH
AluI. Keseimbangan dalam populasi dengan demikian dapat selalu terjaga, kecuali
 56
pada populasi sapi pesisir yang terdapat di Kabupaten Padang Pariaman terutama
untuk penciri PCR-RFLP MspI.

Pendugaan Nilai Heterozigositas

Pendugaan nilai heterozigositas pengamatan (Ho) dan nilai
heterozigositas harapan (He) untuk penciri PCR-RFLP MspI dan AluI pada sapi
pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental masing-masing disajikan pada
Tabel 14 dan 15.

Tabel 14 Nilai heterozigositas pengamatan (Ho) dan heterozigositas harapan (He)

fragmen gen GH MspI
Bangsa Sapi n Hobserved Hexpected ± SE
Pesisir 133 0,3007 0,3236 ± 0,0266
Bali 47 0,0000 0,0000 ± 0,0000
Limousin 22 0,4545 0,4630 ± 0,0266
Simmental 18 0,2222 0,1974 ± 0,0298
Keterangan : n = jumlah individu

Tabel 15 Nilai heterozigositas pengamatan (Ho) dan heterozigositas harapan (He)

fragmen gen GH AluI
Bangsa Sapi n Hobserved Hexpected ± SE
Pesisir 133 0,0149 0,0139 ± 0,0073
Bali 47 0,0000 0,0000 ± 0,0000
Limousin 22 0,3636 0,2976 ± 0,0746
Simmental 18 0,3889 0,4244 ± 0,0621
Keterangan : n = jumlah individu

Pada Tabel 14 tampak bahwa nilai heterozigositas yang paling tinggi

ditemukan pada sapi limousin (0,4545) untuk penciri PCR-RFLP fragmen gen GH
MspI, sebaliknya nilai heterozigositas terendah ditermukan pada sapi bali
(0,0000). Adapun penciri PCR-RFLP fragmen gen GH AluI menunjukkan bahwa
nilai heterozigositas tertinggi ditemukan pada sapi simmental (0,3889), sebaliknya
terendah pada sapi bali (0,000) dan juga sapi pesisir (0,0149) (Tabel 15).
Berdasarkan hasil tersebut (Tabel 14 dan 15) bahwa sapi bali merupakan populasi
 57
sapi yang memiliki heterozigositas yang rendah untuk kedua penciri baik pada
fragmen gen GH MspI maupun AluI dibandingkan dengan sapi pesisir, sapi
limousin, dan sapi simmental. Meskipun demikian, hasil yang diperoleh masih
memiliki keterbatasn ukuran jumlah sampel yang digunakan terutama pada
populasi sapi simmental, sapi limousin, dan sapi bali yang memiliki jumlah
sampel relatif sedikit.
Berdasarkan nilai heterozigositas gabungan antara penciri PCR-RFLP
fragmen gen GH MspI dan AluI menunjukkan bahwa nilai heterozigositas
tertinggi diperoleh pada sapi limousin (0,4091) dan nilai heterozigositas terendah
pada sapi bali (0,000) (Tabel 16). Pendugaan nilai heterozigositas memiliki arti
penting untuk diketahui, yaitu untuk mendapatkan gambaran variabilitas genetik
(Marson et al. 2005) dan mengetahui tingkat polimofisme suatu alel, serta prospek
populasi di masa yang akan datang (Falconer dan Macay 1996).

Tabel 16 Nilai heterozigositas pengamatan (Ho) dan heterozigositas harapan (He)

gabungan fragmen gen GH MspI dan AluI
Bangsa Sapi n Hobserved Hexpected ± SE
Pesisir 133 0,1578 0,1688 ± 0,0170
Bali 47 0,0000 0,0000 ± 0,0000
Limousin 22 0,4091 0,3803 ± 0,0506
Simmental 18 0,3056 0,3109 ± 0,0460
Keterangan : n = jumlah individu

Hasil analisis nilai heterozigostas pengamatan (Ho) dan nilai

heterozigositas harapan (He) tidak mengindikasikan adanya perbedaan yang besar
pada semua kelompok populasi sapi (Tabel 14, 15 dan 16). Hal ini
mengindikasikan bahwa frekuensi genotipe dari populasi yang dianalisis
menunjukkan dalam keadaan keseimbangan baik pada penciri PCR-RFLP
fragmen gen GH MspI maupun AluI. Tambasco et al. (2003) menyatakan bahwa
jika terjadi perbedaan yang besar antara nilai heterozigositas pengamatan (Ho) dan
nilai heterozigositas harapan (He), maka dapat dijadikan sebagai indikator adanya
ketidakseimbangan genotipe pada populasi yang dianalisis. Demikian pula
Machado et al. (2003) menyatakan bahwa jika nilai heterozigositas pengamatan
 58
(Ho) lebih rendah dari heterozigositas harapan (He) dapat mengindikasikan adanya
derajat endogami (perkawinan dalam kelompok) sebagai akibat dari adanya
proses seleksi yang intensif. Hartl dan Clark (1997) menyatakan bahwa nilai
heterozigositas pengamatan (Ho) dan heterozigositas harapan (He) juga dapat
digunakan sebagai salah satu cara untuk menduga nilai koefisien biak dalam
(inbreeding) pada suatu kelompok ternak. Secara umum nilai heterozigostas
(Moioli et al. 2004), khususnya nilai heterozigositas harapan (He) merupakan
indikator yang baik sebagai penciri genetik yang dapat menjelaskan keragaman
genetik pada suatu populasi ternak domestik.

Pendugaan Nilai PIC

Botstein et al. (1980) menyatakan bahwa pendugaan nilai PIC merupakan
salah satu parameter yang menunjukkan tingkat informatifnya suatu penciri
(marker). Analisis nilai PIC terhadap penciri PCR-RFLP fragmen gen GH MspI
dan AluI pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental disajikan
pada Tabel 17.

Tabel 17 Pendugaan nilai polymorphic informative content (PIC) pada sapi

pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental
PIC
Bangsa Sapi n
Fragmen gen GH MspI Fragmen gen GH AluI
Pesisir 133 0,2760 0,0147
Bali 47 0,0000 0,0000
Limousin 22 0,2760 0,2598
Simmental 18 0,1779 0,3343
Keterangan : n = jumlah individu

Tabel 17 menunjukkan bahwa sapi pesisir dan sapi limousin memiliki

nilai PIC yang termasuk dalam kategori sedang (moderate), sebaliknya sapi
simmental memiliki nilai PIC yang termasuk dalam kategori rendah dan bahkan
sapi bali sangat rendah atau kurang informatif sebagai penciri untuk fragmen gen
GH MspI. Penciri fragmen gen GH AluI, kelompok sapi yang memiliki nilai PIC
yang termasuk dalam kategori sedang adalah sapi limousin dan sapi simmental.
Sebaliknya, sapi pesisir maupun sapi bali memiliki nilai PIC yang sangat rendah.
 59
Hal ini berarti bahwa penciri fragmen gen GH AluI memiliki tingkat informasi
genetik yang rendah pada sapi pesisir dan sapi bali. Berbeda dari sapi limousin
dan sapi simmental yang menunjukkan bahwa kedua penciri (PCR-RFLP fragmen
gen GH MspI dan AluI) memiliki tingkat informasi genetik yang bernilai sedang.
Botstein et al. (1980) menyatakan bahwa kriteria nilai PIC termasuk ke dalam
kelompok rendah jika nilai PIC ≤0,25, nilai PIC sedang 0,25<PIC<0,5, dan nilai
PIC tinggi apabila ≥0,5.
Berdasarkan nilai PIC yang diperoleh, penciri PCR-RFLP fragmen gen
GH MspI lebih informatif dibandingkan dengan penciri PCR-RFLP fragmen gen
GH AluI kecuali pada sapi simmental dan sapi limousin. Botstein et al. (1980)
menyatakan bahwa nilai PIC tidak hanya dapat digunakan untuk menentukan
informatifnya suatu penciri, akan tetapi juga dapat digunakan untuk menentukan
ada tidaknya suatu alel polimorfik, selain didasarkan nilai heterozigositas.
Hildebrand (1992) menyatakan bahwa nilai PIC selalu memiliki nilai yang lebih
rendah dibandingkan dengan nilai heterozigositas, karena nilai PIC merupakan
nilai heterozigositas yang dikoreksi.

Sekuens Gen Hormon Pertumbuhan

Homologi dan Deteksi Mutasi Gen GH

Analisis sekuens fragmen gen GH AluI dan MspI dapat lihat pada
Lampiran 5. Hasil analisis homologi fragmen gen GH MspI dan AluI
menunjukkan bahwa fragmen kedua penciri memiliki nilai kesamaan (similarty)
yang tinggi terhadap sekuens gen bovine growth hormone (bGH) yang terdapat di
GenBank (Gordon et al. 1983) (Lampiran 6). Kesamaan sekuens fragmen gen GH
yang tinggi baik pada penciri fragmen gen GH MspI maupun AluI memberikan
keyakinan bahwa fragmen gen GH yang diamplifikasi pada bangsa sapi yang diuji
merupakan fragmen gen GH. Persentase kesamaan didapatkan pada kedua penciri
(fragmen gen GH MspI dan AluI) masing-masing sebesar 96-97% dan 98-99%
dengan sekuens gen GH di GenBank. Selain untuk mendapatkan nilai kesamaan
gen GH, analisis sekuens fragmen gen GH MspI dan AluI juga dilakukan untuk
mendapatkan gambaran mutasi atau perubahan basa yang terjadi pada situs MspI
dan AluI. Berdasarkan hasil analisis sekuens diperoleh bahwa kemungkinan
 60
mutasi yang terjadi pada kedua situs tersebut adalah mutasi antara basa sitosin (C)
menjadi timin (T), dan basa sitosin (C) menjadi guanin (G), seperti disajikan pada
Tabel 18.

Tabel 18 Mutasi basa nukleotida pada fragmen gen GH MspI dan AluI
Fragmen Sekuens Enzim Perubahan Basa Posisi

PCR-RFLP gen GH MspI C*CGG C→T (1547)*

PCR-RFLP gen GH AluI AG*CT C→G (2141)*

*)
Keterangan : Posisi basa (Gordon et al. 1983)

Berdasarkan hasil yang diperoleh terdapat perubahan basa pada kedua

situs tersebut, meskipun mungkin saja dapat terjadi perubahan (mutasi) dengan
basa-basa lain mengingat masih terbatasnya jumlah sampel sekuens yang
dianalisis. Namun, hasil yang diperoleh sesuai dengan hasil yang dilaporkan oleh
Zhang et al. (1993) dan Lucy et al (1993), yaitu perubahan antara basa sitosin (C)
menjadi timin (T) pada situs MspI dan basa sitosin (C) menjadi guanin (G) pada
situs AluI. Ge et al. (2003) menyatakan bahwa perubahan basa nukleotida yang
terjadi pada situs AluI (CÆG) dapat mengubah asam amino dari leusin (L) (CTG)
menjadi valin (V) (GTG) pada posisi asam animo ke 127 dari hormon
pertumbuhan.
Berdasarkan tipe mutasi yang terdapat pada ke dua penciri, mutasi
tersebut termasuk dalam tipe mutasi substitusi, yaitu tipe mutasi transisi untuk
penciri PCR-RFLP fragmen gen GH MspI dan tipe mutasi transversi untuk penciri
PCR-RFLP fragmen gen GH AluI. Sebagaimana dinyatakan Li dan Graur (1991),
mutasi transisi merupakan mutasi yang terjadi karena adanya substitusi antara
basa adenin (A) dengan guanin (G) (purin) atau antara basa sitosin (C) dengan
timin (T) (pirimidin), sedangkan mutasi tipe transversi yaitu pertukaran atau
substitusi antara basa purin (A, G) dengan basa pirimidin (C, T). Mutasi sebagai
salah satu faktor yang menyebabkan terjadinya keragaman genetik
(polimorfisme), banyak dimanfaatkan dalam mempelajari beberapa hal seperti
jarak genetik (Kemenes et al. 1999), ciri bangsa spesifik (Regitano et al. 1999;
Lagziel et al. 2000), dan struktur populasi ternak (Liron et al. 2002). Dalam
 61
pemuliaan ternak, mutasi menjadi sangat penting apabila terkait dengan sifat
produksi (ekonomis) terutama mutasi yang terjadi di daerah penyandi (coding
region) pada gen-gen tertentu di genom karena mungkin saja dapat mengubah
struktur protein yang dihasilkan yang pada akhirnya akan berpengaruh pada
respons fenotipe, meskipun laju mutasinya sangat rendah (Hartl dan Clark 1997),
yaitu 10-4 sampai 10-6 per gen per generasi.

Jarak Genetik dan Pohon Genetik Sekuens Fragmen Gen GH

Hasil analisis jarak genetik dan pohon genetik yang didasarkan atas
fragmen gabungan antara fragmen gen GH MspI dan AluI memiliki total panjang
sekuens sekitar 471 bp (Tabel 19) (Gambar 23 dan 24).

Tabel 19 Jarak genetik gabungan fragmen gen GH MspI (intron 3 parsial dan
exon 4 parsial) dan AluI (intron 4 parsial dan exon 5 parsial)
Bangsa Sapi 1 2 3 4 5 6
Pesisir 1 [1] 0,00
Pesisir 2 [2] 0,00 0,00
Pesisir 3 [3] 0,00 0,00 0,00
Bali [4] 4,00 4,00 4,00 0,00
Limousin [5] 4,00 4,00 4,00 6,00 0,00
Simmental [6] 6,00 6,00 6,00 8,00 2,00 0,00

Sapi Pesisir 1
78
Sapi Pesisir 3
Sapi Pesisir 2
Sapi Bali
97 Sapi Limousin
Sapi Simmental

Gambar 23 Dendrogram pohon genetik berdasarkan fragmen gabungan gen GH

MspI (intron 3 parsial dan exon 4 parsial) dan AluI (intron 4 parsial
dan exon 5 parsial).
 62

Sapi Pesisir 1 TGAGTGGCAC CTCGGACCGA GGGAGCAGGG GACCTCCTTC ATCCTAAGTA GGCTGCCCCA GCTCTCCGCA CTGGGCCTGG GGCGGCCTTC TCCCCGAGGT [100]
Sapi Pesisir 2 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [100]
Sapi Pesisir 3 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [100]
Sapi Bali .......... .......... ..A....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [100]
Sapi Limousin .......... ......A... ..A....... .......... .......... .......... .......... .C........ .......... .......... [100]
Sapi Simmental ...A...... ......A... ..A....... .......... .......... .......... .......... .C........ .......... .......... [100]

Sapi Pesisir 1 GGCGGAGGTT GTTGGATGGC AGTGGAGGAT GATGGTGGGC GGTGGTGGCA GGAGGTCCTC GGGCAGAGGC CGACCTTGCA GGGCTGCCCC AAGCCCGCGG [200]
Sapi Pesisir 2 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [200]
Sapi Pesisir 3 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [200]
Sapi Bali ..T....... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [200]
Sapi Limousin .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [200]
Sapi Simmental .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [200]

Sapi Pesisir 1 CACCCACCGA CCACCCATCT GCCAGCAGGA CTTGGAGCTG CTTCGCATCT CACTGCTCCT CATCCAGTCG TGGCTTGGGC CCTGGCAGTT CCCTAAACCT [300]
Sapi Pesisir 2 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [300]
Sapi Pesisir 3 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [300]
Sapi Bali .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [300]
Sapi Limousin .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [300]
Sapi Simmental .......... .......C.. .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... [300]

Sapi Pesisir 1 TGGCAGGAGC TGGAAGATGG CACCCCCCGG GCTGGGCAGA TCCTCA-GCA GACCTATGAC AAATTTGACA CAAACATGCG CAGTGACGAC GCGCTGCTCA [400]
Sapi Pesisir 2 .......... .......... .......... .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... [400]
Sapi Pesisir 3 .......... .......... .......... .......... ......-... .......... .......... .......... .......... .......... [400]
Sapi Bali .......... .......... .......... .......... ......A... .........A C......... .......... .......... .......... [400]
Sapi Limousin .........G ....-..... .......... .......... ......A... .......... .......... .......... .......... .......... [400]
Sapi Simmental .........G ....-..... .......... .......... ......A... .......... .......... .......... .......... .......... [400]

Sapi Pesisir 1 AGAACTACGG TCTGCTCTCC TGCTTCCGGA AGGACCTGCA TAAGACGGAG ACGTACCCTG AGGGTCATGG A [471]
Sapi Pesisir 2 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... . [471]
Sapi Pesisir 3 .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... . [471]
Sapi Bali .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... . [471]
Sapi Limousin .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... . [471]
Sapi Simmental .......... .......... .......... .......... .......... .......... .......... . [471]

Keterangan : Æ = situs pemotong enzim MspI (CCGG) dan AluI (AGCT), (............) = sekuens basa yang sama.
huruf normal = fragmen gen GH MspI, huruf etalic = fragmen gen GH AluI.

Gambar 24 Alignment sekuens fragmen gabungan gen GH MspI (intron 3 parsial dan exon 4 parsial) dan AluI (intron 4 parsial dan exon 5
parsial) pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental.
 63
Berdasarkan Gambar 24 diperoleh pengelompokan (cluster) yang
terpisah antara sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental. Hal ini
mengindikasikan bahwa sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental
berbeda pada sekuens gen GH-nya meskipun perbedaan pada kedua fragmen
tersebut relatif kecil (Tabel 19). Akan tetapi, perbedaan yang ada dapat memberi
arti penting kepada pengelolaan sapi pesisir dan sapi bali, khususnya sebagai salah
satu sumber daya genetik ternak di Indonesia yang harus dimanfaatkan dan
dipertahankan keberadaannya. Ponzoni (1997) menyatakan bahwa jarak genetik
adalah sebagai salah satu petunjuk awal dari stuktur populasi dan diferensiasi
suatu kelompok (rumpun) yang dapat digunakan dalam membuat suatu keputusan
atau kebijakan program konservasi.
Hasil analisis pohon genetik yang dibangun berdasarkan fragmen
gabungan gen GH MspI dan AluI dengan total panjang sekuens kurang lebih 471
bp cenderung memiliki kesamaan yang tinggi antarbangsa sapi yang dianalisis
(Gambar 24). Kesamaan sekuens yang tinggi antar bangsa sapi tersebut terjadi
mungkin disebabkan oleh posisi sekuens DNA yang terdapat di daerah penyandi
(coding region) yang merupakan sekuens DNA yang bersifat conserved. Berbeda
dari DNA yang terdapat di daerah bukan penyandi (non-coding region) seperti
DNA mikrosatelit misalnya memiliki variabilitas atau keragaman tinggi karena
laju mutasi yang terjadi lebih cepat dibandingkan dengan mutasi yang terjadi di
daerah penyandi atau gen. Pohon genetik yang dibangun berdasarkan fragmen
gabungan ini mungkin saja dapat berubah bentuk percabangannya karena nilai
persentase bootsrap tidak 100%, bahkan percabangan pada sapi bali dengan sapi
pesisir tidak memiliki nilai persentase bootsrap-nya. Selain itu, jumlah sampel
sekuens yang terbatas antarbangsa sapi yang dianalisis memungkinkan hasilnya
dapat berubah.
Sapi pesisir yang terdapat di Kabupaten Pesisir Selatan (sapi pesisir 1 dan
sapi pesisir 2) dan Kabupaten Padang Pariaman (sapi pesisir 3) berdasarkan hasil
analisis ini tidak berbeda (Gambar 23). Sebaliknya, Sarbaini (2004) menyatakan
bahwa sapi pesisir yang terdapat di Kabupaten Pesisir Selatan berbeda dari sapi
pesisir yang terdapat di Kabupaten Padang Pariaman berdasarkan rekonstruksi
pohon genetik terhadap ukuran-ukuran tubuh sapi pesisir.
 64
Hubungan Polimorfisme Gen GH dengan Sifat Bobot Badan dan
Ukuran-ukuran Tubuh

Secara umum hasil uji t antara genotipe (+/+, +/-, dan -/-) terhadap bobot
badan dan ukuran-ukuran tubuh yang dilakukan pada sapi pesisir, sapi limousin
dan sapi simmental tidak berbeda (P>0,05) (Tabel 20, 21 dan 22) (Lampiran 7 dan
8). Demikian pula hasil uji t antara genotipe (LL, LV, dan VV) terhadap bobot
badan dan ukuran-ukuran tubuh menunjukkan hasil tidak berbeda (P>0,05) pada
sapi limousin dan sapi simmental (Tabel 23 dan 24) (Lampiran 8). Hasil yang
diperoleh mengindikasikan bahwa tidak ada hubungan yang kuat antara genotipe
dengan sifat bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh yang dianalisis. Hal ini karena
sifat produksi merupakan sifat yang dikendalikan oleh banyak gen (polygenes)
dan pengaruh lingkungan sangat besar (Warwick et al. 1983; Falconer dan Macay
1996; Bourdon 1997; Noor 2004).

Tabel 20 Bobot badan dan ukuran tubuh dengan genotipe berbeda untuk fragmen
gen GH MspI pada sapi pesisir
Genotipe
Karakteristik
+/+ +/- -/-
(n=7) (n=36) (n=79)
Bobot badan (kg) 128,4 ± 14,39 128,5 ± 16,47 133,5 ± 17,42
Panjang badan (cm) 101,3 ± 4,89 102,6 ± 6,92 104,4 ± 5,42
Lingkar dada (cm) 120,0 ± 4,80 120,2 ± 5,98 120,2 ± 7,04
Tinggi pundak (cm) 97,4 ± 2,44 97,1 ± 3,85 97,4 ± 4,51
Keterangan : n= jumlah individu.

Tabel 21 Bobot badan dan ukuran tubuh dengan genotipe berbeda untuk fragmen
gen GH MspI pada sapi limousin
Genotipe
Karakteristik
+/+ +/- -/-
(n=9) (n=10) (n=3)
Bobot badan (kg) 855,3 ± 44,00 889,5 ± 28,35 851,0 ± 48,28
Panjang badan (cm) 181,1 ± 2,10 182,2 ± 4,13 176,7 ± 3,51
Lingkar dada (cm) 225,3 ± 4,80 227,8 ± 4,32 226,7 ± 4,73
Tinggi pundak (cm) 147,3 ± 3,20 151,3 ± 4,47 148,0 ± 1,73
Keterangan : n= jumlah individu.
 65
Tabel 22 Bobot badan dan ukuran tubuh dengan genotipe berbeda untuk fragmen
gen GH MspI pada sapi simmental
Genotipe
Karakteristik
+/+ +/- -/-
(n=14) (n=14) (n=0)
Bobot badan (kg) 872,9 ± 74,47 898,5 ± 22,04 -
Panjang badan (cm) 179,2 ± 7,51 187,8 ± 5,56 -
Lingkar dada (cm) 224,5 ± 6,97 226,8 ± 2,87 -
Tinggi pundak (cm) 148,5 ± 5,03 153,5 ± 4,65 -
Keterangan : n= jumlah individu.

Tabel 23 Bobot badan dan ukuran tubuh dengan genotipe berbeda untuk fragmen
gen GH AluI pada sapi limousin
Genotipe
Karakteristik
LL LV VV
(n=14) (n=8) (n=0)
Bobot badan (kg) 863,4 ± 48,15 882,3 ± 17,90 -
Panjang badan (cm) 180,5 ± 3,70 181,9 ± 3,72 -
Lingkar dada (cm) 225,6 ± 5,17 228,4 ± 2,33 -
Tinggi pundak (cm) 148,4 ± 4,45 150,6 ± 3,07 -
Keterangan : n= jumlah individu

Tabel 24 Bobot badan dan ukuran tubuh dengan genotipe berbeda untuk fragmen
gen GH AluI pada sapi simmental
Genotipe
Karakteristik
LL LV VV
(n=9) (n=7) (n=2)
Bobot badan (kg) 871,6 ± 83,75 883,4 ± 50,23 893,5 ± 57,28
Panjang badan (cm) 182,3 ± 7,60 177,9 ± 8,32 187,0 ± 4,24
Lingkar dada (cm) 224,9 ± 8,36 224,9 ± 3,93 226,0 ± 4,24
Tinggi pundak (cm) 149,7 ± 6,16 148,3 ± 4,27 154,0 ± 2,83
Keterangan : n= jumlah individu.

Beberapa hal yang mungkin perlu diperhatikan secara lebih mendalam

terhadap kemungkinan atau masih terbukanya kedua penciri tersebut untuk
dijadikan sebagai alat seleksi dibantu penciri atau Marker Assisted Selection
(MAS) adalah (1) proporsi individu yang bergenotipe +/+, +/-, dan -/- (penciri
PCR-RFLP fragmen gen GH MspI) atau genotipe LL, LV, dan VV (penciri PCR-
RFLP fragmen gen GH AluI) dapat mewakili setiap bangsa sapi dan (2)
pengamatan data sifat kuantitatif sebaiknya dilakukan pada kondisi lingkungan
 66
yang terkontrol. Agar genotipe kedua penciri tersebut dapat terwakili pada setiap
populasi sapi (sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental), perlu
dilakukan identifikasi genotipe dengan memperhatikan distribusi sampel yang
akan dianalisis secara lebih luas dan jumlah yang lebih banyak.
Beberapa hasil penelitian dilaporkan bahwa fragmen gen GH MspI dan
AluI memiliki hubungan antara genotipe terhadap sifat produksi (ekonomis),
sebaliknya juga dilaporkan bahwa genotipe tidak memiliki hubungan yang nyata
terhadap sifat produksi seperti disajikan pada Tabel 25 dan 26.

Tabel 25 Hubungan genotipe fragmen gen GH MspI dengan sifat produksi pada
sapi pedaging
Genotipe
Sifat produksi Sumber
+/+ +/- -/-
Bobot lahir ↑ Unanian et al. (2000)
Bobot sapih ↑ Unanian et al. (2000)
Bobot badan umur 12-16 bulan ↑ Garcia et al. (2003)
Tenderness dan cooking losses ↑ Di Stasio et al. (2005)
Bobot badan ↑ Sutarno et al. (2005)
Pertumbuhan dan produksi karkas ↑ Thomas et al. (2006)
Pertumbuhan dan produksi karkas Tidak nyata Beauchemin et al. (2006)

Tabel 26 Hubungan genotipe fragmen gen GH AluI dengan sifat produksi pada
sapi pedaging
Genotipe
Sifat produksi Sumber
L/L L/V V/V
Bobot badan ↑ Chrenek et al. (1998)
Bobot hidup ↑ Reis et al. (2001)
Bobot badan umur 12 bulan ↑ Pereira et al. (2005)
Bobot badan dan kualitas karkas Tidak nyata Marshall dan Kim (2003)
Bobot karkas dan eye muscle area Tidak nyata Barendse et al. (2006)

Berdasarkan hasil laporan tersebut (Tabel 25 dan 26) terdapat hubungan

yang tidak konsisten antara genotipe dan sifat produksi yang dianalisis, baik pada
fragmen gen GH MspI maupun AluI. Kedua fragmen gen GH MspI dan AluI
tidak ada bukti kuat dapat dijadikan sebagai alat MAS dan berlaku umum pada
semua kondisi.
 67
Program Pengembangan Sumber Daya Genetik
Sapi Pesisir

Sapi pesisir sebagai salah satu ternak lokal Indonesia yang terdapat di
Sumatera Barat memiliki potensi genetik yang perlu dimanfaatkan secara
berkelanjutan (sustainable used) karena berbeda dari sapi lokal lain yang terdapat
di Indonesia. Bentuk dan ukuran tubuh terkecil dibandingkan dengan sapi lain di
Indonesia dan terkecil kedua di dunia menjadi salah satu keunikan bagi sapi
pesisir (genotipe spesialis) dan merupakan keunggulan komparatif yang tidak
dimiliki oleh bangsa sapi lainnya. Berdasarkan publikasi International Miniature
Breeders Society and Registry (IMBSR)(www.minicattle.com) yang berpusat di
USA, kategori sapi mini (full miniature) memiliki ukuran tinggi pundak kurang
dari 42 inch (106,68 cm), sedangkan kategori ukuran sedang (mid size miniature)
42 inch (106,68 cm) sampai dengan 48 inch (121,92 cm). Berdasarkan kategori
tersebut, sapi pesisir yang terdapat di Kabupaten Pesisir Selatan, Sumatera Barat
termasuk dalam kelompok sapi mini full miniature dengan rataan tinggi pundak
sapi jantan dewasa 100 cm dan betina 99 cm (Sarbaini 2004).
Mengacu pada program pemuliaan (breeding program) yang
dikembangkan dan diterapkan oleh International Miniature Breeders Society and
Registry (IMBSR) terhadap sapi-sapi mini yang dikomersialkan dengan nilai jual
yang sangat tinggi, yaitu melalui program pemuliaan yang bersifat tertutup (close
breeding program). Close breeding program sederhana mungkin bisa menjadi
salah satu model yang dapat diterapkan dalam pengembangan sapi pesisir agar
selalu terjaga keunikan atau kemurniannya (bobot badan dan ukuran tubuh, variasi
warna bulu, dan proporsi genotipenya), terutama pada sapi pesisir yang terdapat di
Kabupaten Pesisir Selatan, Sumatera Barat.
Upaya pemanfaatan sapi pesisir melalui close breeding program
sederhana dapat dilakukan melalui :
(1) Pengelolaan sapi pesisir dilakukan oleh masyarakat atau peternak sendiri.
(2) Adanya kebijakan Pemerintah Daerah (PEMDA) agar tidak menyilangkan
sapi pesisir dengan sapi bangsa lain dan kebijakan pewilayahan bahwa
Kabupaten Pesisir Selatan sebagai daerah pengembangan sapi pesisir
dengan daya dukung lahan yang ada.
 68
(3) Adanya Perhimpunan Pencinta Sapi Pesisir sebagai lembaga swadaya
masyarakat atau pemerhati sapi mini khususnya di Sumatera Barat.
(4) Semua pihak dapat ikut serta berperan aktif menjaga kelestarian sapi pesisir
sehingga dapat dimanfaatkan sebagai sumber daya genetik ternak lokal
dalam program pemuliaan ternak di Indonesia.
(5) Mempertahankan dan memberdayakan kearifan lokal yang dimiliki oleh
peternak.
(6) Program penelitian dan pengembangan sapi pesisir secara terarah dan
berkelanjutan.
Selain memiliki bentuk dan ukuran tubuh terkecil (minicattle), sapi
pesisir juga dapat dikembangkan berdasarkan variasi warna bulu yang masih
beragam dan dapat menjadi salah satu ciri khas sapi pesisir. Sarbaini (2004)
menyatakan bahwa sapi pesisir memiliki lima warna utama, yaitu putih, kuning,
merah bata, cokelat, dan hitam (Gambar 25) yang didominasi oleh warna merah
bata (34,36%), kuning (25,51%), cokelat (19,96%), hitam (10,91%), dan putih
(9,26%). Variasi warna bulu yang terdapat pada sapi pesisir penting artinya dalam
pengembangan ciri suatu bangsa ternak yang lebih terarah dan seragam pada
warna bulu tertentu. Selain menjadi ciri atau identitas suatu bangsa, warna bulu
juga dapat berpengaruh pada sifat produksi dan reproduksi. Fries dan Ruvinsky
(1999) menyatakan bahwa warna bulu selain menjadi ciri atau identitas suatu
bangsa ternak, juga dapat memberikan dampak pada sifat produksi dan reproduksi
terutama di daerah tropis dengan intensitas cahaya matahari yang tinggi. Selain
itu, warna bulu juga dapat mempengaruhi tinggi rendahnya harga (price discounts
or premiums).
Berdasarkan aspek pemasaran, pengembangan sapi pesisir sangat ideal
untuk memenuhi kebutuhan pasar lokal (local market) karena harganya murah
sehingga dapat terjangkau oleh semua kalangan masyarkat. Selain untuk
memenuhi kebutuhan daging bagi masyarakat, sapi pesisir juga banyak digunakan
dalam acara-acara keagamaan seperti hari raya ’Idul Adha sehingga mejadi daya
saing tersendiri bagi keberadaan sapi pesisir.
 69

Putih Kuning muda

Merah bata Kuning

Cokelat tua Hitam

Sumber : Sarbaini (2004)

Gambar 25 Variasi warna bulu utama sapi pesisir Sumatera Barat.

Arah pengembangan sapi pesisir (breeding objective) untuk masa yang

akan datang mungkin tidak hanya dalam rangka memenuhi kebutuhan akan
daging atau untuk kegiatan-kegiatan keagamaan seperti saat ini, akan tetapi juga
mungkin perlu dikembangkan sapi pesisir menjadi salah satu hewan kesayangan
(karena bentuk dan ukurannya kecil) atau untuk tujuan penelitian dengan
berorientasi pada pasar luar negeri (international market).
 SIMPULAN DAN SARAN

Simpulan

Berdasarkan hasil penelitian yang diperoleh, simpulan yang dapat

diambil adalah sebagai berikut :
(1) Penciri PCR-RFLP fragmen gen GH MspI memiliki polimorfisme tinggi
(polimorfik) pada sapi pesisir, demikian juga dengan sapi limousin dan sapi
simmental, sebaliknya rendah (monomorfik) pada sapi bali. Proporsi genotipe
-/- lebih tinggi pada sapi pesisir dan sapi bali, sebaliknya rendah pada sapi
limousin dan sapi simmental sehingga alel (-) dapat dijadikan sebagai salah
satu alel (penciri) spesifik pada sapi pesisir dan sapi bali.
(2) Penciri PCR-RFLP fragmen gen GH AluI memiliki polimorfisme tinggi
(polimorfik) pada sapi limousin dan sapi simmental, sebaliknya rendah
(monomorfik) pada sapi pesisir dan sapi bali. Proporsi genotipe LL tinggi
pada semua sapi yang dianalisis, demikian pula frekuensi alel L-nya. Genotipe
LV dan VV pada sapi pesisir dan sapi bali termasuk genotipe yang jarang dan
bahkan langka.
(3) Mutasi yang terjadi pada gen GH situs MspI adalah mutasi antara basa sitosin
(C) dengan timin (T) pada sapi pesisir dan sapi bali, sedangkan pada situs AluI
adalah mutasi antara basa sitosin (C) dengan guanin (G) pada sapi limousin
dan sapi simmental.
(4) Tidak terdapat hubungan nyata antara polimorfisme (genotipe) gen GH MspI
dan AluI dengan bobot badan dan ukuran-ukuran tubuh pada sapi pesisir, sapi
limousin, dan sapi simmental.
 71
Saran

Berdasarkan hasil yang diperoleh, maka ada beberapa hal yang perlu
disarankan yaitu :
1. Sapi pesisir perlu dilestarikan dan dimanfaatkan secara berkelanjutan karena
memiliki keunikan pada gen GH-nya sebagai ciri khas sapi lokal Indonesia.
2. Identifikasi terhadap genotipe atau alel langka perlu dilakukan pada sapi
pesisir khususnya dengan jumlah sampel yang lebih besar atau pada kelompok
atau bangsa sapi lainnya (sapi bali, sapi madura, sapi aceh dan sapi PO) di
Indonesia .
3. Penelitian terhadap gen-gen lain (gen GH reseptor, IGF-1, dan Pit-1) yang
mengontrol pertumbuhan perlu dilakukan baik pada sapi pesisir, sapi bali, dan
sapi lokal lainnya di Indonesia.
4. Penelitian terhadap konsentrasi hormon pertumbuhan perlu dilakukan pada
sapi pesisir dan sapi lokal lainnya di Indonesia, serta sapi impor sebagai
pembanding.
 DAFTAR PUSTAKA

Altschul SF, Gish W, Miller W, Mayers EW, Lipman DJ. 1990. Basic local
alignment search tool. J. Mol. Biol. 215:403-410.

Anderson LL, Jeftinija S, Scanes CG. 2004. Growth hormone secretion:

molecular and cellular mechanisms and in vitro approaches. Exp. Biol.
Med. 229:291-302.

Barendse W, Bunch RJ, Harrison BE, Thomas MB. 2006. The growth hormone 1
GH1:c.457C>G mutation is associated with intramuscular and rump fat
distribution in large sample of Australian feedlot cattle. Anim. Genet.
37:211-214.

Bauman DE et al. 1994. International Dairy Federation Report. Bulletin of the

International Dairy Federation.

Bauman DE, Vernon RG. 1993. Effects of exogenous somatotropin on lactation.

Ann. Rev. Nut. 13:437-461.

Beauchemin VR, Thomas MG, Franke DE, Silver GA. 2006. Evaluation of DNA
polymorphisms involving growth hormone relative to growth and carcass
characteristics in Brahman steers. Genet. Mol. Res. 5:438-447.

Botstein D, White RL, Skolnick M, Davis RW. 1980. Construction of a genetic

linkage map in human using restriction fragment length polymorphisms.
Amer. J. Hum. Genet. 32:314–331.

Bourdon, RM. 1997. Understanding Animal Breeding. Prentice Hall. Upper

Saddle River, New Jersey 07458.

Breier BH. 1999. Regulation of protein and energy metabolism by the

somatotropic axis. Domest. Anim. Endocrinol. 17:209-218.

Brown TA. 1999. Genome. Bios Sciencific Publisers Ltd.9 Newtec Place.
Magdalen Road. Oxford Ox4 1RE. United Kingdom.

BPS Dinas Peternakan Kabupaten Pesisir Selatan. 2002. Pesisir Selatan dalam
Angka. Dinas Peternakan Kabupaten Pesisir Selatan.

Burton JL, McBride BW, Block E, Glimm DR. 1994. A review of bovine growth
hormone. Can. J. Anim. Sci. 74:167-201.

Chrenek P et al. 1998. Relationships of growth hormone genotype with meat

production traits of Slovak Pied bulls. Czech. J. Anim. Sci. 43:541-544.
 73
Chung ER, Kim WT, Kim YS, Hwang SW, Lee CS. 2000. Genotype effect of
growth hormone, prolactin and insulin-like growth factor-1 genes DNA
polymorphism on milk yield in Korean cattle (Hanwoo). Asia-Australian
J. Anim. Sci. 13(suppl):223.

Chilliard Y. 1989. Long term effects of recombinant bovine somatotropin (rBST)

on dairy cow performances: a review. In use of somototropin in livestock
production. (Eds. Sejrsen K. et al.) EEC/Elsevier 61-87.

Cowan CM, Dentine MR, Ax RL, Schuler LA. 1989. Restriction fragment length
polymorphism associated with growth hormone and prolactin gene in
Holstein bull: evidence for a novel growth hormone allele. Anim. Genet.
20:157.

Curi RA et al. 2006. Growth and carcass traits associated with GH1/AluI and
POU1F1/HinfI gene polymorphisms in Zebu and crossbred beef cattle.
Genet. Mol. Biol. 29:114-119.

Davis SK et al. 1998. The mapping of quantitative trait loci for birth weight in a
tropical beef herd. Proc. 6th World Cong. on Genet. Appl. to Livest. Prod.
Armidale, Australia. Papers 26:441-444.

Dekkers JCM. 2004. Commercial application of marker and gene assisted

selection in livestock: strategy and lessons. J. Anim Sci. 82 (suppl):E313-
E383.

Departemen Pertanian. 2006. Peraturan Menteri Pertanian Nomor 35/

Permentan/OT.140/8/2006, Pedoman Pelestarian dan Pemanfaatan
Sumberdaya Genetik Ternak. Deptan, Jakarta.

Di Stasio L, Destefanis G, Brugiapaglia A, Albera A, Rolando A. 2005

Polymorphism of the GHR gene in cattle and relationships with meat
production and quality. Anim. Genet. 36:138-140.

DGLS. 2003. National Report on Animal Genetic Resources Indonesia.

Directorate Generale of Livestock Services (DGLS), Directorate of
Livestock Breeding. Indonesia.

Drinkwater RD, Hetzel DJS. 1991. Application of molecular biology to

understanding genotype-environment interactions in livestock
production. in Proc. of an International Symposium on Nuclear
Techniques in Animal Production and Health. IAEA, FAO. Vienna, 15-
19 April, 1991: 437-452.

Duryadi D. 1993. Role Possible du Comportement dans I’evolution de Deux

Souris Mus Macedonecus et Mus Spicilequs en Europe Central. These
Doctorat. Universite Montpellier II, Sciences et Techniques du
Languedoc, Montpellier, France.
 74
Dybus A. 2002. Association of growth hormone (GH) and prolactin (PRL) genes
polymorphism with milk production traits in Polish Black-and-White
cattle. Anim. Sci. Papers and Report 20:203-212.

Eenennaam AV. 2006. Marker Assisted Selection in Beef Cattle. Department of

Animal Science. University of California. Davis, CA USA.

Etherton TD, Baumann LADE. 1998. Biology of somatotropin in growth and

lactation of domestic animals. Physical Rev. 78:745-761.

Falconer DS, Mackay TFC. 1996. Introduction to Quantitative Genetics. Fourth

Ed. Longman Inc., New York.

FAO-AAAS. 1994. Implication on the Conservation on Biological Diversity

Management of Animal Genetic Resources and the Conservation of
Domestic Animal Diversity. Struss, M.S. Ed. UN Food and Agriculture
Organization American Association for the Advancement of Science,
Washington DC, USA.

FAO. 1995. World Watch List for Domestic Animal Diversity. 2nd Ed. FAO Rome.

FAO. 1999. The Global Strategy for The Management of Farm Animal Genetic
Resources. Rome.

FAO. 2001. Sustainable Use of Animal Genetic Resources. Rome IDAD-APIID,

Rome.

Franklin S, Ferry RJ Jr. 2006. Hyposomatotropism. Department of Pediatrics.

Division of Endocrinology. Pediatric Endocrinology of San Diego
Medical Group.

Fries R, Ruvinsky A. 1999. The Genetics of Cattle. CABI Publishing. New York
USA.

Funk D. 2001. Genetic technologies in the 1992. [http//www.inform.

umd.edu/EdRes/Topic/AgrEnv/ndd/genetic/][13-10-2007].

Garcia MD, Thomas MG, Silver GA, Hallford DM, Enns RM. 2003. Relationship
of the growth hormone (GH) MspI RFLP to pituitary responseveness to
GHRH and growth trait in Angus and Brangus Bulls. Plant & Animal
Genomes XI Conference. San Deigo, CA.

Ge W, Davis ME, Hines HC, Irvin KM. 2003. Association of a single nucleotide
polymorphism in the growth hormone and growth hormone receptor
genes with blood serum insulin-like growth factor I concentration in
Angus cattle. J. Anim. Sci. 81:641-648.
 75
Georges M et al. 1998. Positional candidate cloning of the bovine MH locus
identifies an allelic series of mutations disrupting the myostatin function
and causing doublemuscling in cattle. Proc. of the 6th World Cong. on
Genet. Appl. Livest. Prod. Armidale, NSW 26:195-205.

Gordon DF, Quick DP, Erwin RC. 1983. Nucleotide sequence of the bovine
growth hormone chromosomal gene. Mol. Cell Endocrinol. 33:81095.

Granner DK. 2003. Biokimia Harver. Edisi 25. EGK Jakarta.

Growchowska R, Sorensen P, Zwierzchowski L, Snochowski M, Lovendahl P.

2001. Genetic variation in stimulated GH an in IGF-I of young dairy
cattle and their associations with the lueucine/valine polymorphism in
the GH gene. J. Anim. Sci. 79:470-476.

Growchowska R, Zwierzchowski L, Snochowski M, Reklewski Z. 1999.

Stimulated growth hormone (GH) release in Freisian cattle with respect
to GH genotypes. Reprod. Nutr. Dev. 39(2):171-180.

Hartl DL, Clark AG. 1997. Principle of Population Genetic. Sinauer Associates,
Sunderland, MA.

Hartman ML. 2000. Physiological Regulations of Growth Hormone Secretion. 2nd

Ed. Cambrige. Cambridge Unversity Press.

Hediger R et al. 1990. Assigment of the growth hormone gene locus to 19q26
gter in cattle and to 11q25 qter in sheep by in-situ hybridization. Genome
8:171-174.

Hildebrand CE, David C, Torney, Wagner RP. 1992. Informativeness of

Polymorphic DNA Markers. Los Alamos Sciences. Brazil.

Hoj S, Fredholm M, Larsen NJ, Nielsen VH. 1993. Growth hormone gene
polymorphism associated with selection for milk fat production in lines
of cattle. Anim. Genet. 24:91-96.

Huges I, Lowden S. 1998. A possible genetic basis for false positive halotane
reactions in Australian pigs. J. Anim. Breed. Genet. 115:113-121.

Kemenes PA et al. 1999. κ-casein and β-lactoglobulin and growth hormone allele
frequencies and genetic distances in Nelore, GYR, Guzera, Caracu,
Charolais, Canchim and Santa Gertrudis cattles. Genet. Mol. Bio.
22:539-541.

Kovacs K, Volgyi-csik J, Zsolnai A, Gyorkos I, Fesus L. 2006. Assosication

between the AluI polymorphism of growth hormone gene and production
and reproduction traits in a Hungarian Holstein-Fresian bull dam
population. Arch. Tierz. Dumm. 49:236-249.
 76
Kumar S, Tamura K. 2006. MEGA4: Molecular Evolutionary Genetics Analysis
Software. Arizona State University. Arizona USA.

Lagziel A et al. 2000. Geographic and breed distribution of an MspI PCR-RFLP

in the bovine growth hormone (bGH) gene. Anim. Genet. 31:210-213.

Lawrence TLJ, Fowler VR. 2002. Growth of Farm Animals. Walling Ford: CAB
International.

Lee BK et al. 1993. Assosiation of somatotropin (bST) gene polymorphism with

selection for milk yield in Holstein cows. J. Dairy Sci. 76:149.

Li WH, Graur D. 1991. Fundamentals of Molecular Evolution. Sinauer

Associates Inc. Publisher. Sunderland, Massachusetts.

Liron JP, Ripoli MV, De Luca JC, Garcia P, Giovambattista G. 2002. Analysis
genetic diversity and population structure in Argentine and Bolivian
Creole cattle using five loci related to milk production. Genet. Mol. Biol.
25:413-419.

Loftus RT et al. 1994. Evidence for two independent domestications of cattle.

Proc. Natl. Acad. Sci. 91:2757-2761.

Lucy MC et al. 1993. Variants of somatotropin allele in cattle: Gene frequencies

in major dairy breeds and associated milk production. Dom. Anim.
Endocrinol. 10: 325-333.

Machado MA, Schuster I, Martinez ML, Campos AL. 2003. Genetic diversity of
four breed using microsatellite markers. Rev. Bras. De Zool. 32:93-98.

MacHugh DE. 1996. Molecular biogeography and genetic structure of

domesticated cattle. Doctor Degree, Department of Genetics, Trinity
College, University of Dublin.

Manalu W. 1991. The interactive effects of short-term administration of bovine

somatotropin and hot environmental condition on the physiological and
lactational responses of lactating Holstein cows in relation to the
thermoregulatory mechanisms. PhD. Disertation, Univ. of Missouri-
Colombia.

Marshall DM, Kim J. 2003. Association of Beef Production Traits with

Polymorphisms in the Growth Hormone Genead Insulin-Like Growth
Factor-1 Gene. Department of Animal and Range Sciences. SDSU.

Marson EP et al. 2005. Genetic characterization of European-Zebu composite

bovine using RFLP markers. Genet. Mol. Res. 4:496-505.
 77
Martojo H. 2003. Indigenous Bali Cattle: The Best Suited Cattle Breed for
Sustainable Small Farm in Indonesia. The Chinese Society of Animal
Science. 112 Farm Road, Hsinhua, Tainan, Taiwan.

Mendenhall W. 1987. Inroduction to Probability and Statistics. Seventh Ed.

PWS Publishers. 20 Park Plaza. Boston, Massachusetts. USA.

Merkens J. 1926. De Paarden en Runder teelt in Ned. Indie. Veeartsnijkundige

Mededeeling (51). Department Van Landbouw Nijyerhied er Handel.

Meuwissen THE, Hayes B, Goddard ME. 2001. Prediction of total genetic value
using genome-wide dense marker maps. Genet. 157:1819-1829.

Meghen C, MacHugh DE, Bradley DG. 1995. Genetic characterization and west
African cattle. Department of Genetics, Trinity College, Dublin, Ireland.

Mitra A, Sciilee P, Balakrisiinan CR, Pirciiner F. 1995. Polymorphisms at

growth hormone and prolactin loci in Indian cattle and buffalo. J. Anim.
Breed. Genet. 112:71-74.

Moioli B, Napolitano F, Catillo G. 2004. Genetic diversity between Piedmontese,

Maremmana, and Podolica cattle breeds. J. Hered. 95: 250-256.

Montaldo HH, Herrera CAM. 1998. Use of Molecular Markers and Major Genes
in The Genetic Improvement of Livestock. EJB Unversidad Catolica de
Valparaso-Chili.

Muladno. 2002. Seputar Teknologi Rekayasa Genetik. Pustaka Wirausaha Muda.

Bogor.

Mullis K et al. 1986. Specific enzymatic amplification of DNA in-vitro: the

polymerase chain reaction. Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol.
51:263-273.

Nei M. 1987. Molecular Evolutionary Genetics. Columbia University Press.

New York.

Nei M, Kumar S. 2000. Molecular Evolution and Phylogenetics. Oxford

University Press. New York.

Nicholas FW. 1996. Introduction to Veterinary Genetics. Oxford Unversity Press

Inc. New York.

Noor RR. 2004. Genetika Ternak. Edisi 4. Penebar Swadaya. Jakarta.

 78
Noor RR, Muladno, Benyamin B, Hedah Z, Herliantin. 2000. Uji Kemurnian
Sapi Bali melalui Protein, DNA Mikrosatelit, struktur bulu dan
kromosom. Laporan Penelitian. Kerjasama Penelitian Fapet IPB dengan
Balai Inseminasi Buatan Singosari-Malang.

Ohlson C, Bengtson BA, Isakson OGP, Andreassen TT, Slootweg MC. 1998.
Growth hormone and bone. Endoc. Rev. 19:55-79.

Oprzadek J, Lukaszewicz M, Dymnicki E, Zweirzchowski. 2003. Relationship

between growth hormone, κ-casein and β-lactoglobulin genotypes and
selected biochimical blood indicators in young Freisian cattle. Anim. Sci.
Papers and Report 21:223-231.

Park HB. 2004. Genetic analysis of Quantitative Traits Using Domestic Animals:
A Candidate Gene and Genome Scanning Approach. Dissertation
Uppsala University. Sweden.

Pereira AP et al. 2005. Association of GH and IGF-1 polymorphisms with growth

traits in a synthetic beef cattle breed. Genet. Mol. Biol. 28:145-149.

Perkins D Jr. 1969. Fauna of Çatal Hüyük: Evidence for early cattle domestication
in Anatolia. Sci. 164:177-178.

Ponzoni RW. 1997. Genetic Resources and Conservation. In : Paper L and

Ruvinsky A, Ed. The Genetic of Sheep. New York, CAB International.

Regitano LCA et al. 1999. Selection for breed specific growth hormone and IGF-
1 alleles in synthetic beef cattle cross, Canchim. Gen. Anim. Mol. Breed.
22:531-537.

Reis C, Navas D, Pereira N, Cravador A. 2001. Growth hormone AluI

polymophism analysis in eight Portuguese bovine breeds. Arch. Zootec.
50:41-48.

Roith DL, Bondy C, Yakar S, Liu JL, Butler A. 2001. The somatomedin
hypothesis. Endoc. Rev. 22:53-74.

Saladin R. 1983. Penampilan Sifat-sifat Produksi dan Reproduksi Sapi Lokal

Pesisir Selatan di Propinsi Sumatera Barat. Disertasi. Fakultas
Pascasarjana IPB. Bogor.

Sambrook J, Fritsch EF, Maniatis T. 1989. Molecular Cloning; a Laboratory

Manual. CSH Laboratory Press. USA.

Sarbaini. 2004. Kajian Keragaman Karakteristik Eksternal dan DNA Mikrosatelit

Sapi Pesisir Sumatera Barat. Disertasi. Sekolah Pascasarjana IPB.
Bogor.
 79
Schlee P et al. 1994. Growth hormone and insulin-like growth factor I
concentrations in bulls of various growth hormone genotypes. Theor.
Appl. Genet. 88:497-500.

Sodhi M et al. 2007. MspI allelic pattern of bovine growth hormone gene in
indian zebu cattle (Bos indicus) breeds. Biochem. Genet. 45:145-153.

Steel RGD, Torrie JH. 1995. Prinsip dan Prosedur Statistika. Cetakan ke-2.
Gramedia, Jakarta.

Subandriyo, Setiadi B. 2003. Pengaturan Kebijakan Pengelolaan Berkelanjutan

Plasma Nutfah Ternak. Lokakarya Pengelolaan Berkelanjutan
Sumberdaya Genetik Ternak. Balitnak, Bogor.

Sutarno, Junaidi A, Tappa B. 2005. Polimorfisme MspI pada lokus 2 gen hormon
pertumbuhan sapi PO dan pengaruhnya terhadap capaian berat badan
harian. Biodiversitas 6:77-81.

Switonski M. 2002. Molecular genetics in beef breeding- a review. Anim. Sci.

Genet. Papers and Report 20:7-18.

Talib C et al. 2002. Survey of population and production dynamics of Bali cattle
and existing breeding programs in Indonesia. Bali cattle Workshop,
Udayana Bali.

Tambasco DD et al. 2003. Candidate genes for growth traits in beef cattle crosses
Bos taurus x Bos indicus. J. An. Breed. Genet. 120:51 (Abstract).

Thomas MG, Silver GA, Enns RM. 2006. Relationships of DNA polymorphisms
in growth hormone (GH) to growth and carcass traits observed in a
population of Brangus bulls with a larger number of sires. Int. Plant and
Animal Genome XIV: 526 (Abstract).

Unanian MM et al. 2002. Possible associations between bovine growth hormone

gene polymorphism and reproductive traits. Braz. Arch. Biol.
Technol. 45:129-134.

Unanian MM, Barreto CC, de Freitas AR, Cordeiro CMT, Josahkian LA. 2000.
Association between growth hormone gene polymorphism and weight
traits in Nellore Novines. Rev. Bras. Zootec. 29:1380-1386.

Utoyo DP. 2002. Management of the Farm Domestic Animal Genetic Resources
in Indonesia. Di dalam. Animal Genetic Resources Directorate Generale
of Livestock Services. Ministry of Agriculture Indonesia. Jakarta.
 80
Van der Werf J. 2000. An overview of animal breeding programs. in Kinghorn B,
Van der Werf J, Edit. QTL course: Identifiying and incorporating genetic
markers and major genes in animal breeding programs. Armidile,
Australia; Univesity of New England.

Vasconcellos LPMK, Talhari DT, Pereira AP, Coutinho LL,. Regitano LCA.
2003. Genetic characterization of Aberdeen Angus cattle using
molecular markers. Genet. Mol. Biol. 26:133-137.

Visscher P, Pong-Wong R, Whittemore C, Haley C. 2000. Impact of

biotechnology on (cross) breeding programmes in pigs. Livest. Prod. Sci.
65:57-70.

Vukasinovic, N., S.K. Denise and A.E. Freeman. 1999. Association of growth
hormone loci with milk yeild traits in Holstein Bulls. J. Dairy Sci.
82:788-798.

Warwick EJ, Astuti JM, Harjosubroto W. 1983. Pemuliaan Ternak. Gadjahmada

University Press. Yogyakarta.

Weir BS. 1996. Genetic Data Analysis: Method for Discrete Population Genetic
Data. Second ed. Sinauer Associates. Sunderland, MA USA.

Woychick RP, Camper SA, Lyons R.H. 1982. Cloning and nucleotide
sequencing of the bovine growth hormone gene. Nucleic Acid Res.
10:7197-7210.

Yao J, Aggrey SE, Zadworny D, Hayes JF, Kühnlein U. 1996. Sequence

variations in the bovine growth hormone gene characterized by single-
strand conformation polymorphism (SSCP) analysis and their association
with milk production traits in Holsteins. Genet. 144:1809-1816.

Zakezadeh S et al. 2006. Analysis of bovine growth hormone gene polymorphism

in three Iranian native breeds and Holstein cattle by RFLP-PCR. Biotech.
5:385-390.

Zhang HM, Brown DR, Denise SK, Ax RL. 1992. Nucleotide sequence
determination of bovine somatotropin allele. J. Anim. Genet. 23:578.

Zhang HM, Brown DR, Denise SK, Ax RL. 1993. Rapid communication:
polymerase chain reaction-restriction fragment lenght polymorphism
analysis of the bovine somatotropin gene. J. Anim. Genet. 71:2276.

Zwierzchowski L, Kryzyzewski J, Strzaljkowska N, Siadkowska E, Ryniewicz Z.

2002. Effect of polymorphism of growth hormone (GH), Pit-1, and leptin
(LEP) genes, cow’s ege, lactation stage and somatic cell count on milk
yeild and composition of Polish Black and White cow. Anim. Sci. Papers
and Report 20:213-227.
 81
Zwierzchowski L, Oprzadek J, Dymnicki E, Dzierzbicki P. 2001. An association
of growth hormone, casein, lactoglubulin, leptin and Pit-1 loci
polymorphism with growth rate and carcas traits in beef cattle. Anim.
Sci. Papers and Report 19:65-77.
 82

Lampiran 1 Sekuens gen hormon pertumbuhan (bGH) yang di akses di GenBank No.
57764 (Gordon et al. 1983).

1: M57764. Reports Bovine growth hor...[gi:163091] Links

LOCUS BOVGHGH 2856 bp DNA linear MAM 27-APR-1993
DEFINITION Bovine growth hormone gene, complete cds.
ACCESSION M57764 M28453
VERSION M57764.1 GI:163091
KEYWORDS growth hormone.
SOURCE Bos taurus (cattle)
ORGANISM Bos taurus
Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia;
Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia; Pecora; Bovidae; Bovinae;
Bos.
REFERENCE 1 (bases 1 to 2856)
AUTHORS Gordon,D.F., Quick,D.P., Erwin,C.R., Donelson,J.E. and Maurer,R.A.
TITLE Nucleotide sequence of the bovine growth hormone chromosomal gene
JOURNAL Mol. Cell. Endocrinol. 33 (1), 81-95 (1983)
PUBMED 6357899
COMMENT Original source text: Bovine liver DNA.
FEATURES Location/Qualifiers
source 1..2856
/organism="Bos taurus"
/mol_type="genomic DNA"
/db_xref="taxon:9913"
/tissue_type="liver"
gene join(649..723,971..1131,1359..1475,1703..1864,2138..2439)
/gene="GH1"
mRNA join(649..723,971..1131,1359..1475,1703..1864,2138..2439)
/gene="GH1"
/product="growth hormone"
exon 649..723
/gene="GH1"
/number=1
CDS join(711..723,971..1131,1359..1475,1703..1864,2138..2338)
/gene="GH1"
/codon_start=1
/product="growth hormone"
/protein_id="AAA30544.1"
/db_xref="GI:163092"
/translation="MMAAGPRTSLLLAFALLCLPWTQVVGAFPAMSLSGLFANAVLRA
QHLHQLAADTFKEFERTYIPEGQRYSIQNTQVAFCFSETIPAPTGKNEAQQKSDLELL
RISLLLIQSWLGPLQFLSRVFTNSLVFGTSDRVYEKLKDLEEGILALMRELEDGTPRA
GQILKQTYDKFDTNMRSDDALLKNYGLLSCFRKDLHKTETYLRVMKCRRFGEASCAF"
intron 724..970
/gene="GH1"
/number=1
exon 971..1131
/gene="GH1"
/number=2
intron 1132..1358
/gene="GH1"
/number=2
exon 1359..1475
/gene="GH1"
/number=3
intron 1476..1702
/gene="GH1"
/number=3
exon 1703..1864
/gene="GH1"
/number=4
intron 1865..2137
/gene="GH1"
/number=4
exon 2138..2439
/gene="GH1"
/number=5
 83
ORIGIN
1 gtactggggt gggttgcctt tctcttctcc aggggattta tctgacccag ggattgaacc
61 tgagtctcct gcatttgcag ctagattctt tacggctgag ccacctggga agcccattcg
121 cttctgctgc tgctgctgct gctaagttgc ttcagtcgtg tccgacctgt gcgacgccat
181 agacagcagc ccaccaggtc cccgtccctg ggattctcca ggcaagaaca ttggagtggg
241 ttgccatttc ctcctccaat gcatgaaagt gaaaagtgaa agtgaagtca ctcagttgtg
301 tccgaccctc agcgacccca tggactgcag ccttccagaa tggggtgcca ttgccttctc
361 ctcgcttctg ctacctcccc tttaaaaaga aaacctatgg ggtgggctct caagctgaga
421 ccctgtgtgc acagccctct ggctggtggc agtggagacg ggatgatgac aagcctgggg
481 gacatgaccc cagagaagga acgggaacag gatgagtgag aggaggttct aaattatcca
541 ttagcacagg ctgccagtgg tccttgcata aatgtataga gcacacaggt ggggggaaag
601 ggagagagag aagaagccag ggtataaaaa tggcccagca gggaccaatt ccaggatccc
661 aggacccagt tcaccagacg actcagggtc ctgtggacag ctcaccagct atgatggctg
721 caggtaagct cgctaaaatc ccctccattc gcgtgtccta aaggggtaat gcggggggcc
781 ctgccgatgg atgtgttcag agctttgggc tttagggctt ccgaatgtga acataggtat
841 ctacacccag acatttggcc aagtttgaaa tgttctcagt ccctggaggg aagggtaggt
901 ggggctggca ggagatcagg cgtctagctc cctggggccc tccgtcgcgg ccctcctggt
961 ctctccctag gcccccggac ctccctgctc ctggctttcg ccctgctctg cctgccctgg
1021 actcaggtgg tgggcgcctt cccagccatg tccttgtccg gcctgtttgc caacgctgtg
1081 ctccgggctc agcacctgca tcagctggct gctgacacct tcaaagagtt tgtaagctcc
1141 cgagggatgc gtcctagggg tggggaggca ggaaggggtg aatccacacc ccctccacac
1201 agtgggagga aactgaggag ttcagccgta ttttatccaa gtagggatgt ggttagggga
1261 gcagaaacgg gggtgtgtgg ggtggggagg gttccgaata aggcggggag gggaaccgcg
1321 caccagctta gacctgggtg ggtgtgttct tcccccagga gcgcacctac atcccggagg
1381 gacagagata ctccatccag aacacccagg ttgccttctg cttctctgaa accatcccgg
1441 cccccacggg caagaatgag gcccagcaga aatcagtgag tggcaacctc ggaccgagga
1501 gcaggggacc tccttcatcc taagtaggct gccccagctc ccgcaccggc ctggggcggc
1561 cttctccccg aggtggcgga ggttgttgga tggcagtgga ggatgatggt gggcggtggt
1621 ggcaggaggt cctcgggcag aggccgacct tgcagggctg ccccagaccc gcggcaccca
1681 ccgaccaccc acctgccagc aggacttgga gctgcttcgc atctcactgc tcctcatcca
1741 gtcgtggctt gggcccctgc agttcctcag cagagtcttc accaacagct tggtgtttgg
1801 cacctcggac cgtgtctatg agaagctgaa ggacctggag gaaggcatcc tggccctgat
1861 gcgggtgggg atggcgttgt gggtcccttc catgtggggg ccatgcccgc cctctcctgg
1921 cttagccagg agaatgcacg tgggcttggg gagacagatc cctgctctct ccctctttct
1981 agcagtccag ccttgaccca ggggaaacct tttccccttt tgaaacctcc ttcctcgccc
2041 ttctccaagc ctgtagggga gggtggaaaa tggagcgggc aggagggagc tgctcctgag
2101 ggcccttcgg cctctctgtc tctccctccc ttggcaggag ctggaagatg gcaccccccg
2161 ggctgggcag atcctcaagc agacctatga caaatttgac acaaacatgc gcagtgacga
2221 cgcgctgctc aagaactacg gtctgctctc ctgcttccgg aaggacctgc ataagacgga
2281 gacgtacctg agggtcatga agtgccgccg cttcggggag gccagctgtg ccttctagtt
2341 gccagccatc tgttgtttgc ccctcccccg tgccttcctt gaccctggaa ggtgccactc
2401 ccactgtcct ttcctaataa aatgaggaaa ttgcatcgca ttgtctgagt aggtgtcatt
2461 ctattctggg gggtggggtg gggcaggaca gcaaggggga ggattgggaa gacaatagca
2521 ggcatgctgg ggatgcggtg ggctctatgg gtacccaggt gctgaagaat tgacccggtt
2581 cctcctgggc cagaaagaag caggcacatc cccttctctg tgacacaccc tgtccacgcc
2641 cctggttctt agttccagcc ccactcatag gacactcata gctcaggagg gctccgcctt
2701 caatcccacc cgctaaagta cttggagcgg tctctccctc cctcatcagc ccaccaaacc
2761 aaacctagcc tccaagagtg ggaagaaatt aaagcaagat aggctattaa gtgcagaggg
2821 agagaaaatg cctccaacat gtgaggaagt aatgag
//

Disclaimer | Write to the Help Desk

NCBI | NLM | NIH
 84

Lampiran 2 Komposisi bahan pereaksi yang digunakan dalam isolasi DNA total
sampel darah.
Kode Pelarut Nama Bahan Satuan
A Lysis buffer Sukrosa 0,32 M
Triton X-100 1% v/v
MgCl2 5 mM
Tris-HCl pH 7
B Digestion buffer NaCl 200 mM
Tris-HCl pH 9 50 mM
EDTA pH 8 100 mM
SDS 10 v/v
Proteinase K 0,5 mg/ml
RNAse 0,1 mg/ml
C Rinse buffer NaCl 75 mM
EDTA 50 mM
D Larutan fenol Phenol kristal dipanaskan 250 g
Hyrdroxyquinaline 0,1%
Tris-HCl pH 8 0,5 M
Tris-HCl pH 8 0,1 M
Tris-HCl pH 8 0,1 M + 0,2%
mercaptoetanol
E Larutan CIAA Chloroform 24 bagian
Isoamil alkohol 1 bagian
F TE 1X EDTA 1 mM
Tris-HCl 10 mM
G TE 10X/ 1000 ml Tris-HCl 108 g
Boric acid 55 g
EDTA pH 8 10 mM
 85

Lampiran 3 Proporsi genotipe fragmen gen GH MspI dan AluI pada sapi pesisir, sapi
bali, sapi limousin, dan sapi simmental.

Lampiran 3a Proporsi genotipe fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir di Kabupaten Pesisir
Selatan dan Kabupaten Padang Pariaman.
Genotipe Individu (ekor)
No. Bangsa Sapi n
+/+ +/- -/-
1. Pesisir Selatan 98 3 32 63
2. Padang Pariaman 35 4 8 23
Jumlah 133 7 40 96

Lampiran 3b Proporsi genotipe fragmen gen GH MspI pada sapi bali, sapi limousin, dan
sapi simmental.
Genotipe Individu (ekor)
No. Bangsa Sapi n
+/+ +/- -/-
1. Bali di P3 Bali 47 0 0 47
2. Limousin di BIB Malang 22 9 10 3
3. Simmental di BIB Malang 18 14 4 0

Lampiran 3c Proporsi genotipe fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir di Kabupaten Pesisir
Selatan dan Kabupaten Padang Pariaman.
Genotipe Individu (ekor)
No. Bangsa Sapi n
LL LV VV
1. Pesisir Selatan 98 97 1 0
2. Padang Pariaman 35 34 1 0
Jumlah 133 132 2 0

Lampiran 3c Proporsi genotipe fragmen gen GH MspI pada sapi bali, sapi limousin, dan sapi
simmental.
Genotipe Individu (ekor)
No. Bangsa Sapi n
LL LV VV
1. Bali di P3 Bali 47 47 0 0
2. Limousin di BIB Malang 22 14 8 0
3. Simmental di BIB Malang 18 9 7 2
 86

Lampiran 4 Hasil uji χ2 keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen

GH MspI dan AluI pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi
simmental.

Lampiran 4a Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

MspI pada sapi pesisir di Kabupaten Pesisir Selatan
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
+/+ +/- -/- (+) (-)
Jumlah diamati (O) 98 3 32 63 0,194 0,806 0,255
Jumlah diharapkan (E) 3,688 30,571 63,349 (tn)
Keterangan : χ 2
tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata

Lampiran 4b Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

MspI pada sapi pesisir di Kabupaten Padang Pariaman
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
+/+ +/- -/- (+) (-)
Jumlah diamati (O) 35 4 8 23 0,229 0,771 4,327
Jumlah diharapkan (E) 1,835 12,359 20,805 (n)
Keterangan : χ 2
tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata

Lampiran 4c Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

MspI pada sapi pesisir, Sumatera Barat
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
+/+ +/- -/- (+) (-)
Jumlah diamati (O) 133 7 40 86 0,203 0,797 0.662
Jumlah diharapkan (E) 5,481 43,036 84.483 (tn)
Keterangan : χ 2
tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata

Lampiran 4d Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

MspI pada sapi bali
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
+/+ +/- -/- (+) (-)
Jumlah diamati (O) 47 0 0 47 0,000 1,000 -
Jumlah diharapkan (E) 0,000 0,000 47,000
Keterangan : χ 2tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata
 87

Lampiran 4e Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

MspI pada sapi limousin
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
+/+ +/- -/- (+) (-)
Jumlah diamati (O) 22 9 10 3 0.636 0,364 0,0078
Jumlah diharapkan (E) 8,899 10,186 2,915 (tn)
Keterangan : χ 2
tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata

Lampiran 4f Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

MspI pada sapi simmental
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
+/+ +/- -/- (+) (-)
Jumlah diamati (O) 18 14 4 0 0,889 0,111 0,2816
Jumlah diharapkan (E) 14,225 3,552 0,222 (tn)
Keterangan : χ 2
tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata

Lampiran 4g Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

AluI pada sapi pesisir di Kabupaten Pesisir Selatan
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
LL LV VV L V
Jumlah diamati (O) 99 98 1 0 0,995 0,005 0,000
Jumlah diharapkan (E) 98,012 0,985 0,003 (tn)
Keterangan : χ 2
tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata

Lampiran 4h Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

AluI pada sapi pesisir di Kabupaten Padang Pariaman
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
LL LV VV L V
Jumlah diamati (O) 35 34 1 0 0,986 0,014 0,000
Jumlah diharapkan (E) 34,027 0,966 0,007 (tn)
Keterangan : χ 2
tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata
 88

Lampiran 4i Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

AluI pada sapi pesisir, Sumatera Barat
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
LL LV VV L V
Jumlah diamati (O) 134 132 2 0 0,993 0,007 0,000
Jumlah diharapkan (E) 132,131 1,863 0,006 (tn)
Keterangan : χ 2
tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata

Lampiran 4j Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

AluI pada sapi bali
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
LL LV VV L V
Jumlah diamati (O) 47 47 0 0 1,000 0,000 -
Jumlah diharapkan (E) 47,000 0,000 0,000
Keterangan : χ 2
tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata

Lampiran 4k Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

AluI pada sapi limousin
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
LL LV VV L V
Jumlah diamati (O) 22 14 8 0 0,8181 0,1819 1,0856
Jumlah diharapkan (E) 14,724 6,547 0,728 (tn)
Keterangan : χ 2tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata

Lampiran 4l Hasil uji keseimbangan Hardy-Weinberg (p2+2pq+q2) fragmen gen GH

AluI pada sapi simmental
Genotipe Frekuensi Alel
Pengamatan n Uji χ2
LL LV VV L V
Jumlah diamati (O) 18 9 7 2 0,694 0,306 0,1258
Jumlah diharapkan (E) 8,679 7,639 1,681 (tn)
Keterangan : χ 2
tabel, db(n-1-1), α5% =3,84, n=nyata; tn=tidak nyata
 89

Lampiran 5 Sekuens fragmen gen GH MspI dan AluI pada sapi pesisir, sapi bali, sapi limousin, dan sapi simmental.

Lampiran 5a.1. Hasil analisis sekuens fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir 1*.

Keterangan: *) sapi pesisir dari Kabupaten Pesisir Selatan

 90

Lampiran 5a.2. Hasil analisis sekuens fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir 2*.

Keterangan: *) sapi pesisir dari Kabupaten Pesisir Selatan

 91

Lampiran 5a.3. Hasil analisis sekuens fragmen gen GH MspI pada sapi pesisir 3*.

Keterangan: *) sapi pesisir dari Kabupaten Padang Pariaman

 92

Lampiran 5b Hasil analisis sekuens fragmen gen GH MspI pada sapi bali
 93

Lampiran 5c Hasil analisis sekuens fragmen gen GH MspI pada sapi limousin
 94

Lampiran 5d Hasil analisis sekuens fragmen gen GH MspI pada sapi simmental
 95

Lampiran 5e.1. Hasil analisis sekuens fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir 1*

Keterangan : *) sapi pesisir dari Kabupaten Pesisir Selatan

 96

Lampiran 5e.2. Hasil analisis sekuens fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir 2*

Keterangan : *) sapi pesisir dari Kabupaten Pesisir Selatan

 97

Lampiran 5e.3. Hasil analisis sekuens fragmen gen GH AluI pada sapi pesisir 3*

Keterangan : *) sapi pesisir dari Kabupaten Padang Pariaman

 98

Lampiran 5f Hasil analisis sekuens fragmen gen GH AluI pada sapi bali
 99

Lampiran 5g Hasil analisis sekuens fragmen gen GH AluI pada sapi limousin
 100

Lampiran 5h Hasil analisis sekuens fragmen gen GH AluI pada sapi simmental
 101

Lampiran 6 Alignment sekuens fragmen gen GH MspI dan AluI dengan gen GH di GenBank.

Lampiran 6a Alignment sekuens fragmen gen GH MspI sapi pesisir dengan sekuens gen bGH GenBank

Sapi Pesisir 13 ACCTCGGAACGAGGAAGCAGGGGAACCTCCTTCATCCTAAGTAGGCTGCCCCAGCTCTCC 72

|||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||
GenBank 1486 ACCTCGGACCGAGGA-GCAGGGGA-CCTCCTTCATCCTAAGTAGGCTGCCCCAGCTC-CC 1542

Sapi Pesisir 73 GCACTGGGCCTGGGGCGGCCTTCTCCCCGAGGTGGCGGAGGTTGTTGGATGGCAGTGGAG 132

|||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1543 GCACCGG-CCTGGGGCGGCCTTCTCCCCGAGGTGGCGGAGGTTGTTGGATGGCAGTGGAG 1601

Sapi Pesisir 133 GATGATGGTGGGCGGTGGTGGCAGGAGGTCCTCGGGCAGAGGCCGACCTTGCAGGGCTGC 192

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1602 GATGATGGTGGGCGGTGGTGGCAGGAGGTCCTCGGGCAGAGGCCGACCTTGCAGGGCTGC 1661

Sapi Pesisir 193 CCCAAGCCCGCGGCACCCACCGACCACCCATCTGCCAGCAGGACTTGGAGCTGCTTCGCA 252

|||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1662 CCCAGACCCGCGGCACCCACCGACCACCCACCTGCCAGCAGGACTTGGAGCTGCTTCGCA 1721

Sapi Pesisir 253 TCTCACTGCTCCTCATCCAGTCGTGGCTTGGGCCCTGGCAGTTCC 297

||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
GenBank 1722 TCTCACTGCTCCTCATCCAGTCGTGGCTTGGGCCCCTGCAGTTCC 1766

Keterangan : nilai score= 446 bits (225), identitas = 274/285 (96%), gaps = 4/285.
 102

Lampiran 6b Alignment sekuens fragmen gen GH MspI sapi bali dengan sekuens gen bGH GenBank

Sapi Bali 12 ACCTCGGACCGAGGAAGCAGGGGACCTCCTTCATCCTAAGTAGGCTGCCCCAGCTCTCCG 71

||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
GenBank 1486 ACCTCGGACCGAGGA-GCAGGGGACCTCCTTCATCCTAAGTAGGCTGCCCCAGCTC-CCG 1543

Sapi Bali 72 CACTGGGCCTGGGGCGGCCTTCTCCCCGAGGTGGTGGAGGTTGTTGGATGGCAGTGGAGG 131

||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
GenBank 1544 CACCGG-CCTGGGGCGGCCTTCTCCCCGAGGTGGCGGAGGTTGTTGGATGGCAGTGGAGG 1602

Sapi Bali 132 ATGATGGTGGGCGGTGGTGGCAGGAGGTCCTCGGGCAGAGGCCGACCTTGCAGGGCTGCC 191

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenkBank 1603 ATGATGGTGGGCGGTGGTGGCAGGAGGTCCTCGGGCAGAGGCCGACCTTGCAGGGCTGCC 1662

Sapi Bali 192 CCAAGCCCGCGGCACCCACCGACCACCCATCTGCCAGCAGGACTTGGAGCTGCTTCGCAT 251

||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1663 CCAGACCCGCGGCACCCACCGACCACCCACCTGCCAGCAGGACTTGGAGCTGCTTCGCAT 1722

Sapi Bali 252 score=

Keterangan : nilai CTCACTGCTCCTCATCCAGTCGTGGCTTGGGCCCTGGCAGTTCC
311 bits (157), identitas = 169/172 (98%), perbedaan (gaps) = 1/172 295
|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
GenBank 1723 CTCACTGCTCCTCATCCAGTCGTGGCTTGGGCCCCTGCAGTTCC 1766

Keterangan : nilai score= 460 bits (232), identitas = 274/284 (96%), gaps = 3/284.
 103

Lampiran 6c Alignment sekuens fragmen gen GH MspI sapi limousin dengan sekuens gen bGH GenBank

Sapi Limousin 17 ACCTCGGAACGAGGAAGCAGGGGACCTCCTTCATCCTAAGTAGGCTGCCCCAGCTCTCCG 76

|||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
GenBank 1486 ACCTCGGACCGAGGA-GCAGGGGACCTCCTTCATCCTAAGTAGGCTGCCCCAGCTC-CCG 1543

Sapi Limousin 77 CACCGGGCCTGGGGCGGCCTTCTCCCCGAGGTGGCGGAGGTTGTTGGATGGCAGTGGAGG 136

|||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1544 CACCGG-CCTGGGGCGGCCTTCTCCCCGAGGTGGCGGAGGTTGTTGGATGGCAGTGGAGG 1602

Sapi Limousin 137 ATGATGGTGGGCGGTGGTGGCAGGAGGTCCTCGGGCAGAGGCCGACCTTGCAGGGCTGCC 196

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1603 ATGATGGTGGGCGGTGGTGGCAGGAGGTCCTCGGGCAGAGGCCGACCTTGCAGGGCTGCC 1662

Sapi Limousin 197 CCAAGCCCGCGGCACCCACCGACCACCCACCTGCCAGCAGGACTTGGAGCTGCTTCGCAT 256

||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1663 CCAGACCCGCGGCACCCACCGACCACCCACCTGCCAGCAGGACTTGGAGCTGCTTCGCAT 1722

Sapi Limousin 257 CTCACTGCTCCTCATCCAGTCGTGGCTTGGGCCCTGGCAGTTCC 300

|||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
GenBank 1723 CTCACTGCTCCTCATCCAGTCGTGGCTTGGGCCCCTGCAGTTCC 1766

Keterangan : nilai score= 476 bits (240), identitas = 276/284 (97%), gaps = 3/284.
 104

Lampiran 6d Alignment sekuens fragmen gen GH MspI sapi simmental dengan sekuens gen bGH GenBank

Sapi Simmental 2 AGTGAGTGGCAACCTCGGAACGAGGAAGCAGGGGACCTCCTTCATCCTAAGTAGGCTGCC 60

||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1475 AGTGAGTGGCAACCTCGGACCGAGGA-GCAGGGGACCTCCTTCATCCTAAGTAGGCTGCC 1533

Sapi Simmental 61 CCAGCTCTCCGCACCGGGCCTGGGGCGGCCTTCTCCCCGAGGTGGCGGAGGTTGTTGGAT 120

||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1534 CCAGCTC-CCGCACCGG-CCTGGGGCGGCCTTCTCCCCGAGGTGGCGGAGGTTGTTGGAT 1591

Sapi Simmental 121 GGCAGTGGAGGATGATGGTGGGCGGTGGTGGCAGGAGGTCCTCGGGCAGAGGCCGACCTT 180

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1592 GGCAGTGGAGGATGATGGTGGGCGGTGGTGGCAGGAGGTCCTCGGGCAGAGGCCGACCTT 1651

Sapi Simmental 181 GCAGGGCTGCCCCAAGCCCGCGGCACCCACCGACCACCCATCTGCCAGCAGGACTTGGAG 240

|||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
GenBank 1652 GCAGGGCTGCCCCAGACCCGCGGCACCCACCGACCACCCACCTGCCAGCAGGACTTGGAG 1711

Sapi Simmental 241 CTGCTTCGCATCTCACTGCTCCTCATCCAGTCGTGGCTTGGGCCC 285

|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 1712 CTGCTTCGCATCTCACTGCTCCTCATCCAGTCGTGGCTTGGGCCC 1756

Keterangan : nilai score= 470 bits (237), identitas = 278/285 (97%), gaps = 3/285.
 105
Lampiran 6e Alignment sekuens fragmen gen GH AluI sapi pesisir dengan sekuens gen bGH GenBank

Sapi Pesisir 11 CCTTGGCAGGAGCTGGAAGATGGCACCCCCCGGGCTGGGCAGATCCTCA-GCAGACCTAT 69

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
GenBank 2129 CCTTGGCAGGAGCTGGAAGATGGCACCCCCCGGGCTGGGCAGATCCTCAAGCAGACCTAT 2188

Sapi Pesisir 70 GACAAATTTGACACAAACATGCGCAGTGACGACGCGCTGCTTAAGAACTACGGTCTGCTC 129

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
GenBank 2189 GACAAATTTGACACAAACATGCGCAGTGACGACGCGCTGCTCAAGAACTACGGTCTGCTC 2248

Sapi Pesisir 130 TCCTGCTTCCGGAAGGACCTGCATAAGACGGAGACGTACCCTGAGGGTCATG 181

|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
GenBank 2249 TCCTGCTTCCGGAAGGACCTGCATAAGACGGAGACGTA-CCTGAGGGTCATG 2299

Keterangan : nilai score= 301 bits (152), identitas = 169/172 (98%), gaps = 2/172.

Lampiran 6f Alignment sekuens fragmen gen GH AluI sapi bali dengan sekuens gen bGH GenBank

Sapi Bali 10 CCTTGGCAGGAGCTGGAAGATGGCACCCCCCGGGCTGGGCAGATCCTCAAGCAGACCTAT 69

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 2129 CCTTGGCAGGAGCTGGAAGATGGCACCCCCCGGGCTGGGCAGATCCTCAAGCAGACCTAT 2188

Sapi Bali 70 GAACAATTTGACACAAACATGCGCAGTGACGACGCGCTGCTCAAGAACTACGGTCTGCTC 129

|| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 2189 GACAAATTTGACACAAACATGCGCAGTGACGACGCGCTGCTCAAGAACTACGGTCTGCTC 2248

Sapi Bali 130 TCCTGCTTCCGGAAGGACCTGCATAAGACGGAGACGTACCTGAGGGTCATG 180

|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 2249 TCCTGCTTCCGGAAGGACCTGCATAAGACGGAGACGTACCTGAGGGTCATG 2299

Keterangan : nilai score= 301 bits (152), identitas = 169/171 (98%), gaps = 0/171.
 106
Lampiran 6g Alignment sekuens fragmen gen GH AluI sapi limousin dengan sekuens gen bGH GenBank

Sapi Limousin 10 CCTTGGCAGGAGGTGGAAGATGGCACCCCCCGGGCTGGGCAGATCCTCAAGCAGACCTAT 68

|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 2129 CCTTGGCAGGAGCTGGAAGATGGCACCCCCCGGGCTGGGCAGATCCTCAAGCAGACCTAT 2188

Sapi Limousin 69 GACAAATTTGACACAAACATGCGCAGTGACGACGCGCTGCTCAAGAACTACGGTCTGCTC 128

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 2189 GACAAATTTGACACAAACATGCGCAGTGACGACGCGCTGCTCAAGAACTACGGTCTGCTC 2248

Sapi Limousin 129 TCCTGCTTCCGGAAGGACCTGCATAAGACGGAGACGTACCCTGAGGGTCATG 180

|||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
GenBank 2249 TCCTGCTTCCGGAAGGACCTGCATAAGACGGAGACGTA-CCTGAGGGTCATG 2299

Keterangan : nilai score= 301 bits (152), identitas = 170/172 (99%), gaps = 1/172.

Lampiran 6h Alignment sekuens fragmen gen GH AluI sapi simmental dengan sekuens gen bGH GenBank

Sapi Simmental 10 CCTTGGCAGGAGGTGGAAGATGGCACCCCCCGGGCTGGGCAGATCCTCAAGCAGACCTAT 68

|||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 2129 CCTTGGCAGGAGCTGGAAGATGGCACCCCCCGGGCTGGGCAGATCCTCAAGCAGACCTAT 2188

Sapi Simmental 69 GACAAATTTGACACAAACATGCGCAGTGACGACGCGCTGCTCAAGAACTACGGTCTGCTC 128

||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 2189 GACAAATTTGACACAAACATGCGCAGTGACGACGCGCTGCTCAAGAACTACGGTCTGCTC 2248

Sapi Simmental 129 TCCTGCTTCCGGAAGGACCTGCATAAGACGGAGACGTACCTGAGGGTCATG 179

|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
GenBank 2249 TCCTGCTTCCGGAAGGACCTGCATAAGACGGAGACGTACCTGAGGGTCATG 2299

Keterangan : nilai score= 317 bits (160), identitas = 170/171 (99%), gaps = 0/171.
 107

Lampiran 7 Hasil uji t antara genotipe dan bobot badan serta ukuran tubuh fragmen gen
GH MspI dan AluI.

Lampiran 7a Rataan, ragam dan uji t genotipe gen GH MspI pada sapi pesisir
Genotipe Nilai t
Karakteristik +/+ +/- -/- +/+ +/+ +/-
vs vs vs
x S2 x S2 x S2 +/- -/- -/-
Bobot badan (kg) 128.4 207.0 128.5 271.1 133.5 303.5 -0.001 -0.741 -1.447
Panjang badan (cm) 101.3 23.0 102.6 48.0 104.4 29.3 -0.427 -1.448 1.441
Lingkar data (cm) 120.0 23.0 120.2 35.7 120.2 49.5 -0.080 -0.079 0.005
Tinggi pundak (cm) 97.4 6.0 97.1 14.8 97.4 20.3 0.211 0.021 -0.388
2
Keterangan : n genotipe +/+ = 7, +/- = 36, -/- = 79 , x = rataan, S = ragam.

Lampiran 7b Rataan, ragam dan uji t genotipe gen GH MspI pada sapi limousin
Genotipe Nilai t
Karakteristik +/+ +/- -/- +/+ +/+ +/-
vs vs vs
x S2 x S2 x S2 +/- -/- -/-
Bobot badan (kg) 855 1933 889 803 851.0 2331 -2.037 1.773 0.145
Panjang badan (cm) 181.1 4.4 182.2 17.1 176.7 12.3 -0.694 2.026 2.730
Lingkar data (cm) 225.3 22.8 227.8 18.6 226.7 22.3 -1.185 0.391 -0.420
Tinggi pundak (cm) 147.3 10.3 151.3 20.0 148.0 3.0 -2.201 1.215 -0.337
2
Keterangan : n genotipe +/+ = 9, +/- = 10, -/- = 3 , x = rataan, S = ragam.

Lampiran 7c Rataan, ragam dan uji t genotipe gen GH MspI pada sapi simmental
Genotipe Nilai t
Karakteristik +/+ +/- -/- +/+ +/+ +/-
vs vs vs
x S2 x S2 x S2 +/- -/- -/-
Bobot badan (kg) 872.9 5545.3 898.5 485.6 - - -0.665 - -
Panjang badan (cm) 179.2 56.34 187.8 30.9 - - -2.096 - -
Lingkar data (cm) 224.5 48.58 226.8 8.25 - - 0.619 - -
Tinggi pundak (cm) 148.5 25.35 153.5 21.67 - - 1.776 - -
2
Keterangan : n genotipe +/+ = 14, +/- = 4, -/- = 0 , x = rataan, S = ragam.
 108

Lampiran 7d Rataan dan ragam genotipe gen GH AluI serta hasil uji t pada sapi limousin
Genotipe Nilai t
Karakteristik LL LV VV LL LL LV
vs vs vs
x S2 x S2 x S2 LV VV VV
Bobot badan (kg) 863.4 2318.0 882.3 320.5 - - -1.055 - -
Panjang badan (cm) 180.5 13.7 181.9 13.8 - - -0.837 - -
Lingkar data (cm) 225.6 26.7 228.4 5.4 - - -1.405 - -
Tinggi pundak (cm) 148.4 19.8 150.6 9.4 - - -1.233 - -
2
Keterangan : n genotipe LL = 14, LV = 8, x = rataan, S = ragam.

Lampiran 7e Rataan dan ragam genotipe gen GH AluI serta hasil uji t pada sapi Simmental
Genotipe Nilai t
Karakteristik LL LV VV LL LL LV
vs vs vs
x S2 x S2 x S2 LV VV VV
Bobot badan (kg) 871.6 7014 883.4 2522.6 893.5 3280.5 -0.330 -0.234 -0.345
Panjang badan (cm) 182.3 57.8 177.9 69.1 187.0 18.0 1.122 -1.449 -0.817
Lingkar data (cm) 224.9 69.9 224.9 15.5 226.0 18.0 0.009 -0.358 -0.177
Tinggi pundak (cm) 149.7 38.0 148.3 18.2 154.0 8.0 0.504 -1.538 -0.941
2
Keterangan : n genotipe LL = 10, LV = 8, x = rataan, S = ragam.
 109

Lampiran 8 Ringkasan uji t genotipe fragmen gen GH MspI dan AluI terhadap bobot
badan dan ukuran tubuh.

Lampiran 8a Hasil ringkasan uji t genotipe fragmen gen GH MspI terhadap bobot badan
dan ukuran tubuh pada sapi pesisir, sapi limousin, dan sapi simmental
Bangsa Sapi Karakteristik Perbandingan Genotipe db Uji t
Pesisir Bobot badan +/+ vs +/- 41 tn
+/+ vs -/- 84 tn
+/- vs -/- 113 tn
Panjang badan +/+ vs +/- 41 tn
+/+ vs -/- 84 tn
+/- vs -/- 113 tn
Lingkar dada +/+ vs +/- 41 tn
+/+ vs -/- 84 tn
+/- vs -/- 113 tn
Tinggi pudak +/+ vs +/- 41 tn
+/+ vs -/- 84 tn
+/- vs -/- 113 tn
Limousin Bobot badan +/+ vs +/- 17 tn
+/+ vs -/- 10 tn
+/- vs -/- 11 tn
Panjang badan +/+ vs +/- 17 tn
+/+ vs -/- 10 tn
+/- vs -/- 11 tn
Lingkar dada +/+ vs +/- 17 tn
+/+ vs -/- 10 tn
+/- vs -/- 11 tn
Tinggi pudak +/+ vs +/- 17 tn
+/+ vs -/- 10 tn
+/- vs -/- 11 tn
Simmental Bobot badan +/+ vs +/- 16 tn
Panjang badan +/+ vs +/- 16 tn
Lingkar dada +/+ vs +/- 17 tn
Tinggi pudak +/+ vs +/- 17 tn
Keterangan : tn = tidak berbeda nyata, db = n-2, ttabel α 5% = 1,645, α 1% = 2,326
 110

Lampiran 8b Hasil ringkasan uji t genotipe framgen gen GH AluI terhadap bobot badan
dan ukuran tubuh pada sapi limousin dan sapi simmental
Bangsa Sapi Karakteristik Perbandingan Genotipe db Uji t
Limousin Bobot badan LL vs LV 20 tn
Panjang badan LL vs LV 20 tn
Lingkar dada LL vs LV 20 tn
Tinggi pundak LL vs LV 20 tn
Simmental Bobot badan LL vs LV 14 tn
LL vs VV 9 tn
LV vs VV 7 tn
Panjang badan LL vs LV 14 tn
LL vs VV 9 tn
LV vs VV 7 tn
Lingkar dada LL vs LV 14 tn
LL vs VV 9 tn
LV vs VV 7 tn
Tinggi pundak LL vs LV 14 tn
LL vs VV 9 tn
LV vs VV 7 tn
Keterangan : tn = tidak berbeda nyata, db = n-2, ttabel α 5% = 1,645, α 1% = 2,326