Mikroorganisme dapat membantu proses pembuatan bahan pangan. Sejak dahulu orang sudah menggunakan mikroorganisme yaitu berupa proses fermentasi yang termasuk ke dalam proses bioteknologi yang dilakukan secara konvensional. Melalui proses ini, didapat jenis-jenis bahan makanan seperti yoghurt, keju, kecap dan tempe. Masa yang akan datang, bisa jadi proses bioteknologi pangan ini bisa menghasilkan mikroprotein dan protein sel tunggal untuk mencukupi kebutuhan pangan umat manusia. Proses pemanfaatan bioteknologi tersebut dilakukan pada proses pembuatan roti, pengolahan hasil susu, pengolahan sayuran dan buah seerta pembuatan protein sel tunggal. Proses pembuatan roti menggunakan biji-bijian serealia yang dipecah terlebih dahulu menjadi tepung terigu yang kemudian ditambah dengan air untuk mengaktifkan enzimenzim amilase. Enzim amilase tersebut kemudian menghidrolisis tepung menjadi maltosa dan glukosa. Kemudian, ditambahkan khamir saccharomyces cerevisiae yang memanfaatkan glukosa sebagai substrat yang membentuk karbon dioksida. Roti kemudian akan menggelembung dan mengembang. Produk hasil pengolahan susu diantaranya adalah keju, mentega dan yoghurt. Bakteri yang digunakan dalam pembuatan keju adalah bakteri asal laktat yang merupakan genus Lactobacillus dan Streptococcus. Ada empat jenis keju yaitu keju yang sangat keras, keju keras, keju setengah lunak dan keju lunak. Yoghurt merupakan hasil proses pasteurisasi susu yang sebagian besar lemaknya sudah dibuang. Mikroorganisme yang digunakan adalah Lactobacillus bulgariccus dan Streptococcus thermophillus. Mentega menggunakan mikroorganisme Streptococcus lactis dan Leuconostoc yang membantu proses pengasaman. Pengolahan sayuran dan buah-buahan yang menggunakan bioteknologi adalah sauerkraut yang berupa sayuran dan buah-buahan yang diasamkan agar dapat awet di simpan, pengolahan minyak zaitun, pengolahan kopi dan coklat dan pembuatan minuman beralkohol atau yang biasa disebut bir.