La cuestión morisca surgió a primeros de siglo como consecuencia de la nueva política de intransigencia religiosa adoptada por los reyes católicos. Mientras la célebre capitulación de Granada del 25 de noviembre de 1491 garantizaba a los habitantes el libre ejercicio del culto musulmán, algunos años más tarde, el ardoroso celo del cardenal Cisneros provocó conversiones más o menos forzadas, seguidas de una revuelta en el barrio del Albaicin y pronto en las montañas vecinas. Cuando la justicia real hizo recaer en la ciudad el peso de su autoridad, hubo una verdadera epidemia de conversiones. Finalmente, mediante la pragmática del 11 de febrero de 1502, los soberanos obligaban a los musulmanes de todo el reino de Castilla a exiliarse, a menos que se convirtieran. Nada cierto se sabe acerca de las salidas que pudieron tener lugar, pero está fuera de duda que la inmensa mayoría, tanto en el reino de Granada como en el resto de Castilla, prefirió la conversión, aunque fuese en apariencias al exilio. Durante casi tres cuartos de siglo, 1502 a 1570, la masa de los nuevos conversos se dividirá en dos grupos completamente distintos, por una parte los antiguos mudéjares, diseminados por Castilla y por otro, el bloque compacto de los granadinos. A diferencia de los de Hornachos, los moriscos de la Serena no eran nacidos en ella, solo residentes. El numero más elevado de seguidores de la secta de Mahoma que residía en dicha ciudad provenía del reino de Granada, y más concretamente los expulsados después de la rebelión de las Alpujarras venidos del Valle del Lecrín. Será el fin de la Guerra de las Alpujarras y la posterior dispersión de la población morisca granadina por otros territorios castellanos, la que marque el inicio del recrudecimiento efectivo de las actividades del tribunal inquisitorial, y paradójicamente, la del fortalecimiento de su identidad como grupo social. Dentro de la comunidad morisca de Villanueva de la Serena, vamos a conocer personas condenadas por las mismas practicas que los moriscos de Hornachos: ayunos, festividad del Ramadán, lectura de libros arábigos, reuniones o juntas secretas en las que casaban por el rito musulmán, la muerte de un ser querido etc. Todos estos movimientos conversos de ceremonias y ritos, iban a estar controladas y dirigidas por el gran maestro de la comunidad, el Alfaquí. Las condenas van a ser ejemplares: autos de fe, galeras, la hoguera, encarcelados a perpetuidad, azotados, destierro, muertos en cárceles secretas y torturas, muchas torturas. La guerra de los moriscos se desarrolló sobre todo en las Alpujarras granadina y almeriense, en la Serranía de Ronda y en la Sierra de Bentomiz -parte de la Axarquía malagueña-. Es decir, afectó sólo al territorio del antiguo Reino de Granada. Es la más importante, y la que se conoce como guerra de los moriscos. El viernes víspera de la Navidad de 1568, hay un levantamiento morisco. Envían una delegación de 200 monfíes al Albaicín de Granada para animar a los moriscos de la capital granadina a unirse a ellos sin conseguirlo. Se retiran a la Alpujarra y resisten mediante guerra de guerrillas acosando las tropas cristianas al mando del Marqués de Mondéjar, hasta que la presencia de Don Juan de Austria, hermanastro del Emperador, venido con tercios de Flandes, les obliga a rendirse en noviembre de 1570. Los moriscos alpujarreños nombraron a un jefe llamado Aben-Humeya, la víspera de la Navidad de 1568 en Béznar, también llamado Don Fernando de Valor, a propuesta del otro jefe de la revuelta, Hernando el Zaguer. Aben-Humeya es traicionado y ajusticiado por los suyos en el Laujar de Andarax y proclamado rey Aben-Aboo, poco antes de la rendición total de los moriscos.