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El propósito de este trabajo fue producir ensilados y determinar los cambios en la composición química y microbiológica de desechos del ahumado de atún aleta amarilla (Thunnus albacares) y del fileteado de tilapia (Oreochromis sp), fermentados con un inóculo comercial de Lactobacillus casei cepa Shirota. Se emplearon procedimientos rústicos y materiales de fácil acceso para utilizarse como suplemento en alimentos acuícolas. Se determinó el porcentaje de melazaóptima para la fermentación, la composición proximal y la cuenta microbiológica de los ensilados. Los desechos se mezclaron con melaza de caña de azúcar como fuente de carbono y el inóculo comercial de Lactobacillus casei cepa shirota. A los 6 días de fermentación ambos ensilados presentaron características físicas y químicas aceptables. Las proporciones de melaza que produjeron la acidificación más alta fueron 15 y 20 % en ambos ensilados y no hubo diferencias significativas (p < 0.05). Los coliformes totales, mohos, levaduras y Salmonella sp no estuvieron presentes porque son inhibidos por el proceso de ensilaje y este tienen características adecuadas para su utilización como suplemento en alimentos para organismos acuáticos. Palabras clave: ensilados biológicos, ensilados de atún aleta amarilla, ensilado de tilapia, fermentaciónácido-láctica.