SDC1

SDC1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	4GVC, 4GVD
Ідентифікатори
Символи	SDC1, CD138, SDC, SYND1, syndecan, syndecan 1
Зовнішні ІД	OMIM: 186355 MGI: 1349162 HomoloGene: 2252 GeneCards: SDC1
Онтологія гена
Молекулярна функція	• protein C-terminus binding; • GO:0001948, GO:0016582 зв’язування з білками плазми; • identical protein binding;
Клітинна компонента	• lysosomal lumen; • екзосома; • extracellular region; • інтегральний компонент мембрани; • Golgi lumen; • інтегральний компонент плазматичної мембрани; • мембрана; • поверхня клітини; • клітинна мембрана; • зовнішня поверхня плазматичної мембрани; • GO:0009327 protein-containing complex;
Біологічний процес	• glycosaminoglycan catabolic process; • canonical Wnt signaling pathway; • Загоєння ран; • response to calcium ion; • odontogenesis; • glycosaminoglycan biosynthetic process; • ureteric bud development; • response to cAMP; • positive regulation of exosomal secretion; • Sertoli cell development; • striated muscle cell development; • positive regulation of extracellular exosome assembly; • retinoid metabolic process; • response to glucocorticoid; • response to toxic substance; • відгук на органічну речовину; • response to hydrogen peroxide; • glycosaminoglycan metabolic process; • inflammatory response; • myoblast development; • leukocyte migration; • cell migration; • cytokine-mediated signaling pathway;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	; ;
	Більше даних
Ортологи
	6382
	20969
	ENSG00000115884
	ENSMUSG00000020592
	P18827
	P18828
	NM_001006946; NM_002997
	NM_011519
	NP_001006947; NP_002988
	NP_035649
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

SDC1 (англ. Syndecan 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 2-ї хромосоми. ^[3] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 310 амінокислот, а молекулярна маса — 32 462^[4].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MRRAALWLWL	CALALSLQPA	LPQIVATNLP	PEDQDGSGDD	SDNFSGSGAG
ALQDITLSQQ	TPSTWKDTQL	LTAIPTSPEP	TGLEATAAST	STLPAGEGPK
EGEAVVLPEV	EPGLTAREQE	ATPRPRETTQ	LPTTHLASTT	TATTAQEPAT
SHPHRDMQPG	HHETSTPAGP	SQADLHTPHT	EDGGPSATER	AAEDGASSQL
PAAEGSGEQD	FTFETSGENT	AVVAVEPDRR	NQSPVDQGAT	GASQGLLDRK
EVLGGVIAGG	LVGLIFAVCL	VGFMLYRMKK	KDEGSYSLEE	PKQANGGAYQ
KPTKQEEFYA

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функцією належить до фосфопротеїнів. Задіяний у такому біологічному процесі як поліморфізм. Локалізований у мембрані. Також секретований назовні.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Kaukonen J., Alanen-Kurki L., Jalkanen M., Palotie A. (1997). The mapping and visual ordering of the human syndecan-1 and N-myc genes near the telomeric region of chromosome 2p. Hum. Genet. 99: 295—297. PMID 9050911 doi:10.1007/s004390050360
Subramanian S.V., Fitzgerald M.L., Bernfield M. (1997). Regulated shedding of syndecan-1 and -4 ectodomains by thrombin and growth factor receptor activation. J. Biol. Chem. 272: 14713—14720. PMID 9169435 doi:10.1074/jbc.272.23.14713
Bhatt A.S., Erdjument-Bromage H., Tempst P., Craik C.S., Moasser M.M. (2005). Adhesion signaling by a novel mitotic substrate of src kinases. Oncogene. 24: 5333—5343. PMID 16007225 doi:10.1038/sj.onc.1208582
Liu X., Shepherd T.R., Murray A.M., Xu Z., Fuentes E.J. (2013). The structure of the Tiam1 PDZ domain/ phospho-syndecan1 complex reveals a ligand conformation that modulates protein dynamics. Structure. 21: 342—354. PMID 23395182 doi:10.1016/j.str.2013.01.004
Lories V., Cassiman J.-J., van de Berghe H., David G. (1992). Differential expression of cell surface heparan sulfate proteoglycans in human mammary epithelial cells and lung fibroblasts. J. Biol. Chem. 267: 1116—1122. PMID 1339431

Примітки

↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10658 (англ.) . Архів оригіналу за 20 травня 2017. Процитовано 28 серпня 2017. [Архівовано 2017-05-20 у Wayback Machine.]
↑ UniProt, P18827 (англ.) . Архів оригіналу за 10 серпня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.

Див. також

Хромосома 2

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

[1] Human PubMed Reference:.

[2] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-3] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:10658 (англ.) . Архів оригіналу за 20 травня 2017. Процитовано 28 серпня 2017. [Архівовано 2017-05-20 у Wayback Machine.]

[UniProt-4] UniProt, P18827 (англ.) . Архів оригіналу за 10 серпня 2017. Процитовано 28 серпня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]

п о р Білки: кластери диференціації
1-50	CD1 a-c 1A 1D 1E CD2 CD3^[en] γ δ ε CD4 CD5 CD6 CD7 CD8 a CD9 CD10 CD11 a b c d CD13 CD14 CD15 CD16 A B CD18 CD19 CD20 CD21 CD22 CD23 CD24 CD25 CD26 CD27 CD28 CD29 CD30 CD31 CD32 A B CD33 CD34 CD35 CD36 CD37 CD38 CD39 CD40 CD41 CD42 a b c d CD43 CD44 CD45 CD46 CD47 CD48 CD49 a b c d e f CD50
51-100	CD51 CD52 CD53 CD54 CD55 CD56 CD57 CD58 CD59 CD61 CD62 E L P CD63 CD64^[en] A B C CD66 a b c d e f CD68 CD69 CD70 CD71 CD72 CD73 CD74 CD78 CD79 a b CD80 CD81 CD82 CD83 CD84 CD85 a d e h j k CD86 CD87 CD88 CD89 CD90 CD91 CD92 CD93 CD94 CD95 CD96 CD97 CD98 CD99 CD100
101-150	CD101 CD102 CD103 CD104 CD105 CD106 CD107 a b CD108 CD109 CD110 CD111 CD112 CD113 CD114 CD115 CD116 CD117 CD118 CD119 CD120 a b CD121 a b CD122 CD123 CD124 CD125 CD126 CD127 CD129 CD130 CD131 CD132 CD133 CD134 CD135 CD136 CD137 CD138 CD140b CD141 CD142 CD143 CD144 CD146 CD147 CD148 CD150
151-200	CD151 CD152 CD153 CD154 CD155 CD156 a b c CD157 CD158 (a d e i k) CD159 a c CD160 CD161 CD162 CD163 CD164 CD166 CD167 a b CD168 CD169 CD170 CD171 CD172 a b g CD174 CD177 CD178 CD179 a b CD180 CD181 CD182 CD183 CD184 CD185 CD186 CD191 CD192 CD193 CD194 CD195 CD196 CD197 CDw198 CDw199 CD200
201-250	CD201 CD202b CD204 CD205 CD206 CD207 CD208 CD209 CDw210 a b CD212 CD213a 1 2 CD217 CD218 (a b) CD220 CD221 CD222 CD223 CD224 CD225 CD226 CD227 CD228 CD229 CD230 CD233 CD234 CD235 a b CD236 CD238 CD239 CD240CE CD240D CD241 CD243 CD244 CD246 CD247 CD248 CD249
251-300	CD252 CD253 CD254 CD256 CD257 CD258 CD261 CD262 CD263 CD264 CD265 CD266 CD267 CD268 CD269 CD271 CD272 CD273 CD274 CD275 CD276 CD278 CD279 CD280 CD281 CD282 CD283 CD284 CD286 CD288 CD289 CD290 CD292 CDw293 CD294 CD295 CD297 CD298 CD299
301-350	CD300A CD301 CD302 CD303 CD304 CD305 CD306 CD307 CD309 CD312 CD314 CD315 CD316 CD317 CD318 CD320 CD321 CD322 CD324 CD325 CD326 CD328 CD329 CD331 CD332 CD333 CD334 CD335 CD336 CD337 CD338 CD339 CD340 CD344 CD349 CD350