En milepæl i Malaysias nyere historie ble passert i 2003: Etter 22 år som landets dominerende leder, overlot Mahathir statsministerposten til Abdullah Ahmad Badawi. Badawi sikret et folkelig mandat ved parlamentsvalget i mars 2004, da han ledet Nasjonalfronten til den største valgseieren i landets 46-årige historie. I forhold til 1999-valget økte partiet stemmetallet fra 57 til 64 prosent og andel mandater fra 77 til 90 prosent. Valgets store taper ble landets største opposisjonsparti, det fundamentalistiske Pan-Malaysian Islamic Party (PAS), som klarte å holde fast ved bare sju av sine 27 mandater. Etter valget ble Badawi betraktet som ubestridt leder for det etnisk-malayiske folkeflertallet. I 2009 ble Najib Razak valgt til landets 6. statsminister; hans tid som statsminister har vært preget av økonomiske liberaliseringstiltak og tiltak for å redusere fortrinnsrettigheter i næringslivet for etniske malayere.
Opposisjonslederens besværligheter
Tidligere visestatsminister Anwar Ibrahim ble i 2004 løslatt etter seks år i fengsel. Anwar var i 1990-årene en av Malaysias mest respekterte ledere, og utpekt som Mahathirs politiske «kronprins». De to røk imidlertid uklar om veien ut av den finansielle Asia-krisen i 1997–1998. Anwar ble arrestert i 1998, og ved to separate rettssaker dømt til i alt 15 års fengsel, seks år for korrupsjon og ni for homoseksuell utukt. Han benektet alle anklager, og dommene utløste kraftige protester. Løslatelsen fant sted etter at høyesterett hadde opphevet dommen for sodomi.
Malaysia opplevde i november 2007 de største regjeringsfiendtlige demonstrasjonene på åtte år. Anført av opposisjonslederen Anwar Ibrahim samlet titusener seg for å kreve endringer i valgloven. Gjeldende lov favoriserer i altfor høy grad det dominerende regjeringspartiet UMNO, mener opposisjonen.
Anwar Ibrahim ble på ny arrestert i juli 2008, som mistenkt for homoseksuell omgang med en tidligere medarbeider. Han ble løslatt mot kausjon, uten å være blitt formelt siktet. Anwar erklærte at saken var en politisk løgn i likhet med den som førte til at han ble dømt for sodomi og fengslet i år 2000 – en dom som så ble omgjort i 2004.
Dominerende, men svekket regjeringsparti
Valget på nytt underhus (Dewan Rakyat) i mars 2008 ble et tilbakeslag for regjeringskoalisjonen av 14 partier, Barisan Nasional (Nasjonalfronten). Koalisjonen beholdt flertallet (62 prosent), men mistet det 2/3 flertall som kreves for grunnlovsendringer. Statsminister Abdullah Badawis muslimske parti, UMNO, mistet 1/3 av sine mandater og hadde etter valget 36 prosent av plassene i forsamlingen. UMNOs suverene hegemoni i malaysisk politikk siden selvstendigheten i 1957, synes dermed å være truet. For første gang fikk UMNO under 30 prosent av stemmene. Valgresultatet var også det dårligste noensinne for Barisan-koalisjonen. Velgernes dom kom etter at Badawi åpenbart ikke hadde maktet å oppfylle valgløftene fra 2004, blant annet om sterkere lut mot korrupsjonen.
Valget ble derimot et løft for etniske partier som samler indiske og kinesiske velgere. Misnøyen har ulmet blant minoritetene på grunn av den omdiskuterte bumiputra-politikken, som etter deres mening gir det malayiske folkeflertallet ufortjente særfordeler i økonomi og næringsliv. Et av Badawi-regjeringens løfter var større åpenhet omkring forvaltningen. En større frihet for pressen til også å kritisere regjeringen har vært positivt for demokratiet, og kan også ha bidratt til opposisjonens fremgang. Etter langvarig press trådte Badawi tilbake i mars 2009 og overlot statsministerposten til tidligere forsvarsminister Najib Razak. Najib har gjort seg bemerket som forkjemper for malayenes særrettigheter i privat og offentlig sektor. De ble lansert tidlig i 1970-årene av hans far, daværende statsminister Abdul Razak.
Sultanen av Terengganu, Mizan Zainal Abidin, ble i april 2007 kronet til Malaysias 13. monark og statsoverhode. Malaysias monarker tilsettes på åremål, og Mizan ble valgt for perioden 2007-2012 av landets ni sultaner. Landets 14. monark ble valgt i 2011, og har siden vært sultanen av Kedah, Abdul Halim.
Malaysia er en islamsk stat som stort sett har vært preget av religiøs toleranse, om enn med noe sterkere islamisering siden 1990-årene. I ytterkanten av denne utviklingen spirer en viss – men fortsatt marginal – ekstremisme. En islamsk fundamentalistbevegelse hadde i 1990-årene fremgang i nordlige landsdeler, særlig i delstaten Kelantan der lokalregjeringen innførte islamsk lov, sharia. Det fremste fundamentalistpartiet, Pan-Malaysian Islamic Party (PAS) vant 23 plasser i parlamentet ved valget 2008. Sammen med to andre islamistpartier dannet det koalisjonen Pakatan Rakyat, som fikk flertall i delstatsforsamlingene i Kelantan, Kedah, Selangor, Perak og Penang.
Økonomisk utvikling
Siden 1980-årene har veksttakten i malaysisk økonomi vært høy. Politikken er lagt om i markedsorientert retning, med omfattende privatisering og store tollreduksjoner. Under den økonomiske langtidsplanen fra 1991, den såkalte nye utviklingspolitikk, legges det vekt på en kombinasjon av vekst og utryddelse av fattigdom. Under Mahathirs ledelse gjennom 22 år oppnådde Malaysia en levestandard som er blant de høyeste i Asia. Han har fått en stor del av æren for at et tilbakestående jordbruksland med en sensitiv etnisk balanse under hans styre ble forvandlet til en asiatisk «tigerøkonomi». Baksiden av medaljen var et korrumpert rettsvesen og innskrenket pressefrihet.
Utbygging av infrastruktur har stått sentralt. Petronas Towers ble ferdigstilt i hovedstaden Kuala Lumpur i 1996; den gang verdens høyeste bygning med to tårn på 88 etasjer (451,9 meter). Blant regjeringens megaprosjekter var den høyteknologiske Multimedia Super Corridor, et malaysisk «Silicon Valley» som strekker seg fra Kuala Lumpurs nye flyplass til Petronas Towers. IT-sentret Cyberjaya ble åpnet i 1999. Kuala Lumpurs nye internasjonale flyplass ble tatt i bruk i 1998 etter kostnader på om lag 25 milliarder kroner. Et annet svært ambisiøst prosjekt var en ny administrativ hovedstad, Putrajaya, 30–40 km sør for Kuala Lumpur. Putrajaya er kostnadsberegnet til ca. 70 milliarder kroner.
Byggingen av Asias nest største vannkraftanlegg, Bakun-demningen på Borneo, kom i gang i 2002 etter utsettelse på grunn av den asiatiske finanskrisen i 1997. Prosjektet er blitt møtt med protester fra miljøaktivister verden over; om lag 10 000 urinnvånere er tvangsflyttet. Foreløpig er prosjektet kostnadsberegnet til 45 milliarder kroner -- 2400 megawatt skal kunne overføres via verdens lengste undervannsledning (670 km) til det malaysiske fastlandet. Sluttføringen var ventet å skje i 2015, men ble utsatt.
I landets markedsøkonomi har staten påtatt seg en aktivt styrende rolle, med et påtagelig samvirke mellom politisk og økonomisk makt. Oljeproduksjonen, med hovedtyngden i havet utenfor Borneo, har bidratt vesentlig til landets økonomiske fremgang. Malaysia ble i 1997 rammet av krisen i asiatisk økonomi, men mindre hardt enn nabostatene. Til forskjell fra nabolandene unnlot Malaysia å følge retningslinjer og råd fra valutafondet IMF. Økonomien er sterkt eksportorientert. Svingninger i etterspørselen etter elektronikkprodukter, ikke minst fra USA, har siden tusenårsskiftet gitt seg markante utslag, særlig under den globale finanskrisen i 2008.
Ambisiøs langtidsplan
Malaysia markerte 31. august 2007 sin 50-årsdag som selvstendig nasjon med lanseringen av en ny langtidsplan. Den har som sitt erklærte mål at Malaysia innen 2020 skal være en fullt utviklet industrinasjon.
Den mest ambisiøse del av langtidsplanen er Iskandar Development Region (IDR), lengst sør i Malaysia ved grensen til Singapore. Her startet i 2007 byggingen av en helt ny by for fremtidsrettet industri, Nusajaya. Prosjektledelsen satte som mål at Nusajaya innen 2025 skal være «den mest moderne industrimetropolen i Sørøst-Asia». Investeringene ble foreløpig beregnet til 100 milliarder USD over 20 år. En betydelig del av investeringene skal finansieres med inntekter fra oljesektoren – i 2007 utgjorde olje og gass over 20 prosent av statens inntekter. Den globale finanskrisen førte imidlertid til at gigantprosjektet er blitt gjenstand for kutt og revurderinger. I 2007 registrerte Malaysia 9,4 milliarder USD i utenlandske direkteinvesteringer, mot 6 milliarder i 2006. En ytterligere stigning var forventet i 2008 med sikte på IDR-prosjektet, men uteble.
Under 50-årsjubileet ble det poengtert at Malaysia har redusert den delen av befolkningen som lever på eller under fattigdomsgrensen, fra 22,8 prosent i 1990 til 5,7 prosent i 2006, ifølge offisiell statistikk. Finanskrisen har imidlertid gitt et tilbakeslag også for fattigdomskampen.
En stort anlagt kampanje mot illegale gjestearbeidere har høstet kraftig kritikk. Innvandrere uten oppholdstillatelse kan risikere bøter, fengsel og til og med piskestraff. Av Malaysias totale arbeidsstyrke på om lag 10 millioner har nærmere to millioner vært gjestearbeidere, men bare halvparten av disse har hatt oppholds- og arbeidstillatelse. Med hundretusener av arrestasjoner og utvisninger har kampanjen ført til et anstrengt forhold til naboland, særlig Indonesia.
Malaysia ble rangert som nummer 62 av 187 land på FNs levekårsindeks for 2013. Landet var nummer 50 av 174 land på Transparency Internationals korrupsjonsindeks for 2014. Korrupsjonen utgjør et vesentlig problem: Malaysia var et av fire land som i 2009 ble svartelistet av Organisasjonen for økonomisk samarbeid og utvikling (OECD) for manglende vilje til samarbeid i skattesaker.