Fredrik Møller var en norsk elektroingeniør og industrimann.
Han drev fra 1930 firmaet A/S Akustikk, og var under andre verdenskrig med på å utvikle asdic (sonar) i Skottland. Fra slutten av krigen ble Møller leder for Forsvarets overkommandos Tekniske Utvalg (FOTU), fellesorganet for det norske bidraget til alliert krigsforskning.
Etter krigen ble han sentral i norsk militærteknisk forskning gjennom opprettelsen av Forsvarets forskningsinstitutt i 1946, hvor han var direktør fra 1948 til 1957. Han ledet fra 1959 bedriften Noratom i Oslo.