Intoleransereaksjon er eigentleg det å ikkje tåle noko. I medisinsk språkbruk blir intoleranse oftast nytta om overfølsomheit mot matvarer (matvareintoleranse) og medikament som ikkje er av allergisk natur.
Eit eksempel er laktoseintoleranse, som kjem av mangel på eit enzym som bryt ned mjølkesukker (laktose). Laktoseintoleranse er ikkje det samme som mjølkeallergi. Mjølkeallergi har ein helt annan mekanisme, og har som årsak IgE-antistoff mot protein i mjølka.
Glutenintoleranse (cøliaki) er eit grensetilfelle. Den har som årsak ein annan type aktivering av immunsystemet enn IgE-avhengig allergi, og reaksjonen er delvis retta mot eige vev (autoimmunitet). Glutenintoleranse (cøliaki) har ikkje IgE mot gluten. Fordi ein også kan ha «klassisk» IgE-avhengig allergi mot gluten, bør ein for å unngå misforståelsar ikkje bruke nemninga «glutenallergi» om glutenintoleranse og cøliaki.