Intoleransereaksjon er egentlig det å ikke tåle noe. I medisinsk språkbruk brukes det oftest om overfølsomhet mot matvarer (matvareintoleranse) og medikamenter som ikke er allergisk betinget.
Et eksempel er laktoseintoleranse, som skyldes mangel på et enzym som bryter ned melkesukker (laktose). Laktoseintoleranse er ikke det samme som melkeallergi, som har en helt annen mekanisme, der den allergiske reaksjonen skyldes IgE-antistoffer mot proteiner i melka.
Glutenintoleranse (cøliaki) er et grensetilfelle. Den skyldes ikke «klassisk» allergi med IgE-antistoffer, men en annen type aktivering av immunsystemet, der reaksjonen delvis er rettet mot eget vev (autoimmunitet). Fordi man også kan ha «klassisk» IgE-avhengig allergi mot gluten, bør man for klarhetens skyld ikke bruke betegnelsen «glutenallergi» om glutenintoleranse og cøliaki.