PROSITE

PROSITE é um banco de dados de proteínas.^[1]^[2] Consiste em entradas que descrevem famílias de proteínas, domínios e sítios funcionais, bem como padrões de aminoácidos e perfis neles contidos. Estes são curados manualmente por uma equipe do Instituto Suíço de Bioinformática e integrados de forma estreita à anotação de proteínas do Swiss-Prot. O PROSITE foi criado em 1988 por Amos Bairoch, que dirigiu o grupo por mais de 20 anos. Desde julho de 2018, o diretor do PROSITE e do Swiss-Prot é Alan Bridge.

Os usos do PROSITE incluem a identificação de possíveis funções de proteínas recém-descobertas e a análise de proteínas conhecidas para atividades anteriormente indeterminadas. Propriedades de genes bem estudados podem ser propagadas para organismos biologicamente relacionados e, para genes diferentes ou pouco conhecidos, funções bioquímicas podem ser previstas a partir de semelhanças. O PROSITE oferece ferramentas para análise de sequências de proteínas e detecção de motivos (veja motivo de sequência, padrões PROSITE). Faz parte dos servidores de análise de proteômica ExPASy.

O banco de dados ProRule baseia-se nas descrições de domínio do PROSITE.^[3] Ele fornece informações adicionais sobre aminoácidos funcional ou estruturalmente críticos. As regras contêm informações sobre resíduos biologicamente significativos, como sítios ativos, sítios de ligação de substrato ou cofator, sítios de modificação pós-traducional ou ligações dissulfeto, para auxiliar na determinação da função. Estes podem gerar anotações automaticamente com base em motivos PROSITE.

Estatísticas

Desde 26 de fevereiro de 2022 (2022 -02-26)^[update], a versão 2022_01 possui 1.902 entradas de documentação, 1.311 padrões, 1.336 perfis e 1.352 ProRules.

Veja também

UniProt – o banco de dados universal de proteínas, um recurso central de informações sobre proteínas – o PROSITE adiciona dados a ele.

InterPro – um banco de dados centralizado, que agrupa dados de bancos de dados de famílias, domínios e sítios funcionais de proteínas – parte dos dados provém do PROSITE.

Predição de localização subcelular de proteínas – outro exemplo de uso do PROSITE.

Referências

↑ De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). «ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins». Nucleic Acids Res. 34 (Web Server issue): W362–365. PMC 1538847. PMID 16845026. doi:10.1093/nar/gkl124
↑ Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). «The 20 years of PROSITE». Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D245–9. PMC 2238851. PMID 18003654. doi:10.1093/nar/gkm977
↑ Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). «ProRule: a new database containing functional and structural information on PROSITE profiles». Bioinformatics. 21 (21): 4060–4066. PMID 16091411. doi:10.1093/bioinformatics/bti614

Ligações externas

«Página oficial»
ProRule – banco de dados de regras baseadas em preditores PROSITE

[DeCastro2006-1] De Castro E, Sigrist CJA, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (2006). «ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins». Nucleic Acids Res. 34 (Web Server issue): W362–365. PMC 1538847. PMID 16845026. doi:10.1093/nar/gkl124

[Hulo2007-2] Hulo N, Bairoch A, Bulliard V, Cerutti L, Cuche B, De Castro E, Lachaize C, Langendijk-Genevaux PS, Sigrist CJA (2007). «The 20 years of PROSITE». Nucleic Acids Res. 36 (Database issue): D245–9. PMC 2238851. PMID 18003654. doi:10.1093/nar/gkm977

[Sigrist2005-3] Sigrist CJ, De Castro E, Langendijk-Genevaux PS, Le Saux V, Bairoch A, Hulo N (2005). «ProRule: a new database containing functional and structural information on PROSITE profiles». Bioinformatics. 21 (21): 4060–4066. PMID 16091411. doi:10.1093/bioinformatics/bti614

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