PROSITE
| 파일:Prosite.png | |
| 컨텐츠 | |
|---|---|
| 설명 | 기능적 특성 분석 및 주석을 위한 단백질 도메인 데이터베이스 |
| 제작 | |
| 연구소 | Swiss Institute of Bioinformatics |
| 연구실 | 구조생물학 및 생물정보학 |
| 주 인용 | PMID 19858104 |
| 공개일 | 1988년 |
| 액세스 | |
| 웹사이트 | prosite |
PROSITE는 단백질 데이터베이스이다.[1][2] 단백질 패밀리, 도메인, 활성 부위, 아미노산의 패턴 및 특성을 설명하는 항목으로 구성된다. 이는 스위스 생물정보학 연구소의 팀이 직접 선별하고 Swiss-Prot 단백질 주석에 긴밀하게 통합시켜 제작하였다. PROSITE는 1988년 Amos Bairoch에 의해 만들어졌으며, 그는 20년 이상 그룹을 이끌었다. 2018년 7월부터 PROSITE 및 Swiss-Prot의 책임자는 Alan Bridge이다.
PROSITE는 새로 발견된 단백질의 기능을 식별하고, 기존에 알려지지 않은 활성을 가진 단백질을 분석하는 데 사용된다. 잘 연구된 유전자의 특성을 생물학적으로 관련된 유기체에 적용할 수 있으며, 서로 다르거나 잘 알려지지 않은 유전자의 경우 유사성을 기반으로 생화학적 기능을 예측할 수 있다. PROSITE는 단백질 서열 분석 및 모티프 탐지 도구를 제공한다. PROSITE는 ExPASy 단백질체 분석 서버의 일부이다.
ProRule 데이터베이스는 PROSITE의 도메인 설명을 기반으로 한다.[3] 기능적으로 또는 구조적으로 중요한 아미노산에 대한 추가 정보를 제공한다. 활성 부위, 기질 또는 보조 인자 결합 부위, 번역 후 변형 부위 또는 이황화 결합과 같은 생물학적으로 의미 있는 잔기에 대한 정보가 포함되어 있어 기능 결정에 도움이 된다. 이러한 ProRule은 PROSITE 모티프를 기반으로 주석을 자동으로 생성할 수 있다.
통계
[편집]2022년 2월 26일 기준으로, 2022_01 릴리스에는 1,902개의 문서, 1,311개의 패턴, 1,336개의 프로필, 1,352개의 ProRule이 포함되어 있다.
관련 항목
[편집]- 유니프롯(Uniprot): 정보에 대한 핵심 자료원인 범용 단백질 데이터베이스이며, PROSITE는 여기에 데이터를 추가한다.
- InterPro: 단백질 패밀리, 도메인 및 기능 부위 데이터베이스의 데이터를 그룹화하는 중앙 집중식 데이터베이스이며, 데이터의 일부는 PROSITE에서 제공된다.
- 단백질 세포 내 위치 예측(Protein subcellular localization prediction): PROSITE 활용의 또 다른 예시이다.
참고 자료
[편집]- ↑ “ScanProsite: detection of PROSITE signature matches and ProRule-associated functional and structural residues in proteins”. 《Nucleic Acids Res.》 34 (Web Server issue): W362–365. 2006. doi:10.1093/nar/gkl124. PMC 1538847. PMID 16845026.
- ↑ “The 20 years of PROSITE”. 《Nucleic Acids Res.》 36 (Database issue): D245–9. 2007. doi:10.1093/nar/gkm977. PMC 2238851. PMID 18003654.
- ↑ “ProRule: a new database containing functional and structural information on PROSITE profiles”. 《Bioinformatics》 21 (21): 4060–4066. 2005. doi:10.1093/bioinformatics/bti614. PMID 16091411.