LE PROPRIETA’ DELL’ACQUA

Sia l’acqua che i suoi prodotti di dissociazione (H2O, OH- e H3O+) hanno dei ruoli fondamentali in
tutti i processi vitali, influenzano sia il ruolo che la struttura delle molecole, stabiliscono una serie
di interazioni non covalenti con una serie di molecole che vengono più o meno predisposte per
una determinata interazione, e l’acqua inoltre ha una grande influenza sulle soluzioni tampone.
L’acqua è una molecola polare: il carattere polare della molecola induce interazioni
elettrostatiche con molecole polari da cui derivano come l’idratazione(stabilire delle interazioni,
rompere dei legami e crearne dei altri in modo tale che la molecola sia in soluzione, cosa molto
importante perche se aggregata a formare dei
macro aggregati non può partecipare a certe
reazioni biologiche, in questo modo la molecola
è accessibile a una serie di reazioni) e la
solvatazione di composti idrosolubili, la
dissociazione acido base di elettrofili e la
formazione di legami idrogeno.
Il carattere cooperativo dei legami idrogeno è
alla base della stabilità del sistema di molecole
acquose e genera le interazioni idrofobiche di
molecole non polari a contatto con l’acqua.
Qual è la struttura della molecola di H2O?
Due atomi di idrogeno legati, tramite un legame
singolo, a un atomo di ossigeno, gli elettroni che si trovano attorno a ciascun atomo occupano uno
spazio e la distanza tra il nucleo e il punto più lontano dove gli elettroni possono esercitare i loro
movimenti viene detto raggio di van der waals. Gli orbitali degli atomi della molecola sono
orientati secondo i lati di un tetraedo, l’ossigeno è più elettronegativo dell’idrogeno quindi i
legami che si formano sono legami covalenti polari e quindi i due elettroni messi in comune per
formare il legame ‘spendono più tempo’ sull’ossigeno che sull’idrogeno e quindi si genera una
deficienza di elettroni sull’idrogeno che viene identificata con d+ (una parziale carica positiva) che
è equilibrata da d- sull’ossigeno. Quindi la molecola presenta delle regioni con d+ e altre con d-,
nel caso della molecola dell’acqua ci sono però anche altri due elementi fondamentali ovvero le
due coppie di elettroni di non legame presenti sull’ossigeno che sono utilizzati per formare i ponti
idrogeno. L’atomo di ossigeno, per analogia con il carbonio ibridato sp3, presenta una geometria
tetraedica, però il tetraedo che si forma non ha una forma regolare a causa della doppietta di
elettroni dell’ossigeno che occupano più spazio, l’angolo di legame infatti non sarà di 109° gradi
ma di 104°.

I tre ‘tratteggi’ azzurri rappresentano il legame idrogeno.

I ponti idrogeno sono fondamentali ad esempio per la struttutura del ghiaccio, a bassa
temperatura ogni molecola d’acqua può formare 4 ponti idrogeno, se ne formano 4 perche: 2 si
generano grazie ai due atomi di H, gli altri due grazie ai due doppietti liberi sull’ossigeno che

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generano un legame con un atomo meno elettronegativo e quindi con un H. Nella struttura del
ghiaccio si forma un reticolo cristallino, che è un reticolo stabile di legami idrogeno, la formazione
di ponte idrogeno è una condizione di base di tutte le soluzioni acquose, a seconda se parliamo di
soluzione solida o liquida questi ponti saranno più o meno stabili. Possiamo avere vari modi con
cui si formano i ponti idrogeno:

I legami idrogeno non sono una prerogativa dell’acqua. Essi si formano facilmente tra: un atomo
elettronegativo (accettore di idrogeno) di solito ossigeno o azoto con una coppia di elettroni non
condivisi e un atomo di idrogeno legato covalentemente ad un altro atomo elettronegativo
(donatore di idrogeno) nella stessa o in
un’altra molecola. L’attrazione tra le due
cariche elettriche parziali è massima quando i
tre atomi coinvolti sono disposti lungo la linea
retta, il ponte idrogeno si può formare in modo
tale che l’idrogeno faccia da ponte fra due
atomi di ossigeno e sarà molto stabile se i
legami sono colineari, in condizioni non
ottimali, dovute ad esempio a condizioni steriche di legami fra atomi troppo grandi, il ponte
idrogeno si formerà lo stesso, ma sarà molto più debole e quindi più facile da distruggere.
Una delle proprietà dell’acqua è quella di solvatare un soluto, ad esempio, la solvatazione più
classica del cloruro di sodio (NaCl) si forma un reticolo cristallino ai cui vertici abbiamo Cl- e Na+,
l’acqua avvolge completamente i singoli ioni, nel caso del sodio che è carico positivamente
l’interazione avverrà con l’atomo più elettronegativo ovvero l’ossigeno, invece se consideriamo le
interazioni con il Cl- siccome carico negativamente avrà interazioni con gli atomi di idrogeno
dell’acqua. Questo fa si che la solvatazione porti i singoli ioni a essere separati in acqua e solvatati,
quindi circondati da un reticolo di molecole di acqua che interagiscono in maniera corretta.
EFFETTO IDROFOBICO
L’effetto idrofobico è un effetto che si verifica quando una sostanza non polare viene aggiunta ad
una soluzione acquosa e non si discioglie, ma piuttosto viene esclusa dall’acqua. La tendenza
dell’acqua a rendere minimi i propri contatti con le molecole idrofobiche è definita effetto
idrofobico. Le molecole di acqua si orientano intorno ad un soluto non polare formando una rete
di molecole di acqua tenuta insieme da legami idrogeno. Numerose grandi molecole e aggregati
molecolari, come ad esempio le proteine, gli acidi nucleici e le membrane cellulari assumono
almeno in parte la loro specifica conformazione in risposta all’effetto idrofobico. L’aggregazione

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dei gruppi non polari porta
all’aumento dell’entropia
dovuto al minor numero di
molecole di acqua ordinate.
(ricorda che se c’è: ossigeno e
azoto-> non è polare, se c’è
carbonio, idrogeno-> apolare).
Ad esempio le membrane
presentano dei composti anfipatici, sono costituiti da una
regione polare o carica e da una regione non polare. In
soluzione acquosa tendono a formare per effetto idrofobico
strutture stabili quali le micelle e le membrane cellulari. I doppi
strati lipidici sono mantenuti stabili grazie all’interazione
idrofobica e il raggruppamento dei lipidi può avvenire sia sotto
forma di doppio strato lipidico che sotto forma di micelle.
PROPRIETA’ ACIDO BASE DELL’ACQUA
Nel caso dell’acqua, lo ione idronio H3O+, il protone può essere
trasferito velocemente da un legame a un altro grazie ai salti
protonici e trasferito a un'altra molecola di acqua vicina.
Acidi -> sono donatori di protoni
Basi -> sono accettori di protoni
Ad esempio l’acido acetico cede un protone per formare l’acetato, ovvero la sua base coniugata, è
un acido debole perche se lo mettiamo in soluzione non è completamente dissociato ovvero una
parte non viene convertita nella sua base coniugata. La differenza fra acido e base forte e debole
sta proprio nel grado di dissociazione in acqua (nel caso delle soluzioni tamponi gli acidi e le basi
usati sono quelli deboli), la capacità degli acidi di perdere protoni è definita dalla costante di
equilibrio.

Ka costante di equilibrio della reazione di dissociazione:

Nella tabella di seguito riportata vengono identificati alcune coppie di acido base deboli che hanno
una rilevata importanza nell’ambito biologico.

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Gli acidi a seconda di quanti idrogeni possono rilasciare possono essere distinti in: monoprotrici,
diprotrici e triprotrici, ogni dissociazione ha una costante di
equilibrio e quindi una sua pka.
La curva di titolazione si forma aggiungendo degli equivalenti a
una soluzione, l’aggiunta di una base porta via via a un aumento
del PH che però man mano ha un andamento che presenta una
‘doppia curvatura’. Si parte a PH acido in cui la forma presente è
completamente protonata, aggiungendo la base via via il PH
aumenta velocemente, una grande aggiunta di base porta a una
variazione di PH molto piccola, questo perché al punto di mezzo
della trasformazione, dove cambia la concavità della curva,
abbiamo il 50% della forma dissociata e il 50% della forma
indissociata, il valore di PH corrispondente è il pka, quindi quando
il PH =pka la concentrazione dell’acido non dissociato è uguale alla
concentrazione della sua base coniugata. (le zone ombreggiate
indicano gli intervalli di PH lungo i quali la soluzione
corrispondente può agire da tampone. Per comprendere perché
nel punto di mezzo della titolazione PH=pka ricorriamo
all’equazione di Henderson-Hasselbach

L’acido più forte è quello che dissocia a un valore di PH più basso. I due tamponi più importanti
usati nei processi biologici sono:
Tampone fosfato, che presenta 3 idrogeni e dissocia tutti e 3, quando parliamo di tampone
biologico ci riferiamo al 2 idrogeno, quello che ha un pka di 6,86. È in grado di tamponare
l’ambiente intorno al PH fisiologico, proprio per questo è molto comune trovarlo in vari
compartimenti cellulari. Il tampone bicarbonato presenta un ????

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 GLI AMMINOACIDI
Le proteine sono la prima classe delle macromolecole, sono dei polimeri di amminoacidi. Le
proteine rappresentano gli elementi strutturali e funzionali più importanti dei sistemi viventi,
svolgono un’ampia varieta di funzioni, sono sintetizzate come una sequenza di amminoacidi uniti in
una struttura polimerica. Tutte le funzioni delle proteine si verificano grazie alla combinazione di
amminoacidi, in particolare 20 essi che sono quelli che sono codificati dal DNA e sono incorporati
nelle proteine (amminoacidi proteici). Ogni amminoacido possiede un carbonio centrale detto
carbonio a, al quale sono legati 4 gruppi:
1. Un gruppo amminico basico
2. Un gruppo carbossilico acido
3. Un atomo di H
4. La catena R laterale che è diversa per
ogni amminoacido
Il carbonio centrale è detto a perchè è legato
in a al carbonio carbossilico, essendo legato a
4 gruppi diversi è un carbonio chirale, infatti
gli amminoacidi sono dei composti chirali e
possono essere definiti come R/S o D/L.
Gli amminoacidi come abbiamo detto hanno
una funzione amminica e una funzione carbossilica. Il gruppo amminico presenta un doppietto di
non legame su N che può essere utilizzato per legare un terzo protone e l’azoto acquista una carica
positiva e quindi viene protonato, mentre il gruppo carbossilico può essere deprotonato quindi può
perdere un protone e quindi assumere una carica negativa. Questa forma è detta forma
zwitterionica/ ione dipolare (amminoacido incontro a ionizzazione) cioè uno ione che ha sia la
carica positiva che negativa. A PH fisiologico (7,4) i gruppi amminici sono protonati e quelli
carbossilici vengono deprotonati.

tra gli amminoacidi riconosciamo anche quelli deinifiti amminoacidi essenziali, che non possono
essere sintetizzati in vivo e devono quindi essere assunti con gli alimenti (proteine); gli
amminoacidi essenziali per l’uomo sono: valina, isoleucina, leucina, metionina, fenilalanina,
triptofano, treonina e lisina. Gli alimenti ricchi di amminoacidi essenziali sono proteine di origine
animale come: carne, pesce, uova, latte e formaggi
ASPETTO STERICO
Tutte le proteine sono costituite da L-amminoacidi, sono presenti anche D-amminoacidi ma si
riscontrano in piccoli peptidi o nella parete di piccoli batteri. Un amminoacido della serie L avrà il
suo enantiomero della serie D (enantiomeri=immagini speculari uno dell’altro non sovrapponibili),
quindi ad esempio un enzima potrà reagire con un amminoacido della serie L ma non della serie D
perche sono stericamente differenti anche se costituiti dalla stessa tipologia di gruppi.
L’amminoacido più semplice è l’alanina, può essere rappresentato in diversi modi:
La L-alanina presenta il gruppo amminico a sinistra mentre la D-alanina presenta il gruppo sul lato
destro

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Può essere rappresentato tramite la tecnica del cuneo tratteggio, i cunei sono quelli che vengono
fuori dal piano, mentre i tratteggi vanno al di sotto del piano:

L’ultimo metodo è tramite le proiezioni di fisher, a croce:

Le strutture L e D degli amminoacidi vengono definite a partire dalla gliceraldeide che è la prima
molecola per la quale sono state descritte la capacità di ruotare il piano della luce polarizzata, quindi
la L e la D gliceraldeide è stata la prima utilizzata. Dalla gliceraldeide si possono realizzare le serie
degli zuccheri.

In base alla natura della catena laterale gli amminoacidi possono essere divisi in 3 gruppi:
1. Amminoacidi con catena laterale R non polare (IDROFOBICI): quindi ci sarà
prevalentemente carbonio e idrogeno, a questo gruppo appartengono amminoacidi con
gruppi R alifatici (lunghe catene) oppure strutture aromatiche
2. Amminoacidi con catena laterale polare ma non ionizzata a PH fisiologico (idrofilici), cioè
non sono protonati o deprotonati, essendo legami covalenti polari ci aspettiamo la
presenza di ossigeno e azoto
3. Amminoacidi con catena laterale R polare e ionizzata a PH fisiologico (idrofilici) quindi può
essere protonata o deprotonata a seconda se è un acido o una base.
Quindi abbiamo 5 gruppi fondamentali
GRUPPI R ALIFATICI, NON POLARI
Facendo degli esempi possiamo ricordare:

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 - La glicina presenta 2 atomi di H, non ha la catena
laterale, quindi l’atomo di carbonio non è chirale, è
molto piccolo perché la catena laterale è praticamente
inesistente.
- L’alanina presenta il CH3 o gruppo metilico, dopo
abbiamo valina che presenta 3 atomi di C nella catena
laterale.
- La leucina che presenta 4 atomi di carbonio nella
catena laterale.
- L’isoleucina che presenta 4 atomi di carbonio e al
carbonio in a è legato un H.
- La metionina ha uno zolfo a ponte fra due atomi di
carboni.
- La prolina invece forma un ciclo grazie al gruppo
amminico che si chiude con la catena laterale,
genera un grande ingombro sterico
- La fenilalanina fa parte dei non polari ma è
aromatico
(Chiede quali interazioni possono compiere le catene
laterali)

GRUPPI R POLARI NON IONIZZATA A PH FISIOLOGICO,

AROMATICI
- La Tirosina, si aggiunge un gruppo OH alla
fenilalanina
- Triptofano

GRUPPI R POLARI, NON CARICHI

- Serina presenta un gruppo CH2 e OH
- Treonina presenta H, CH3 e OH
- Cisteina presenta un gruppo tiolico SH, forma un
ponte disolfurico, stabilizza la struttura 3 e 4 delle
proteine
- Asparagina
- Glutammina
GRUPPI R CARICHI NEGATIVAMENTE
- Aspartato
- Glutammato
Sono amminoacidi acidi
GRUPPI R CARICHI POSITIVAMENTE
- Lisina con 4 gruppi CH2 e ha gruppo NH2 (detto g
ammino gruppo)
- Arginina
- Istidina ; Sono amminoacidi basici
Rivedendoli nel particolare abbiamo: amminoacidi con
catena laterale R non polare (idrofobici) di cui fanno parte
glicina e alanina, per indicarli vengono utilizzati le tre lettere iniziali del nome in inglese del
composto o il codice monoletterale (in genere l’iniziale del nome)

Poi abbiamo la valina leucina isoleucina e metionina:

La Prolina, in particolare, è caratterizzata da una catena laterale pirrolidinica ciclica. La prolina

influenza profondamente l’architettura delle proteine, in quanto la sua struttura ad anello ha una
conformazione con più costrizioni conformazionali rispetto agli altri amminoacidi. Ha delle
caratteristiche sferiche particolari per cui la ritroviamo in delle regioni particolari della proteina in
cui ad esempio è importante agevolare dei piegamenti della catena.

Tra gli amminoacidi con catena laterale R aromatica troviamo fenilalanina, tirosina, triptofano. Il
gruppo OH della tirosina ha un Pk di 10,46, quindi se siamo a un PH di 10.46 avremo il 50% della
forma non dissociata e il 50% della forma dissociata.

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Fra gli amminoacidi con catena laterale R polare (idrofilici) ma non ionizzata a PH fisiologico
abbiamo serina, treonina, asparagina e glutammina.

I gruppi sulfidrilici sono molto reattivi e possono appaiarsi per formare un legame covalente
chiamato ponte disolfuro. Presenta un Pk di 8.37

Tra gli amminoacidi basici abbiamo la lisina, arginina e istidina

IONIZAZZIONE ARGININA
I gruppi possono essere protonati e deprotonati, nella forma deprotonata (con PH=12) il doppietto
di elettroni dell’azoto, che era stato messo in comune con idrogeno, ritorna all’azoto, perchè se ne
va rilasciando i protoni che erano di appartenenza dell’azoto. L’azoto torna con i suoi 3 legami e il
doppietto di elettroni di non legame, non c’è carica. Quando ci sono dei doppi legami coniugati gli
elettroni si possono muovere da un atomo ad un altro, attratti dalla carica positiva e quindi
quando il composto è protonato il doppietto elettronico dell’azoto può andare vicino al carbonio
che ora avrà 5 legami, che quindi si rompono e gli elettroni tornano sull’azoto. Di conseguenza il
doppio legame si sposta.

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IONIZAZZIONE DELL’ISTIDINA E RUOLO CATALITICO
Avendo un PkR, vicino a 6, l’anello imidazolico può essere non carico, oppure carico positivamente
intorno a PH neutro, in funzione dell’ambiente circostante. L’istidina spesso si trova nei siti attivi
degli enzimi, dove l’anello imidazolico può legare o rilasciare protoni nel corso della reazione
enzimatica. Spesso nell’ambito dei siti attivi ha duplice funzione nell’ambito della catalisi.

Anche nel caso dell’aspartato e del glutammato la carica negativa è delocalizzata con un doppio
legame parziale. Possiamo scrivere due forme semplicemente spostando gli elettroni.

PROPRIETA’ OTTICHE DEGLI AMMINOACIDI

Tutti gli amminoacidi assorbono la luce ultravioletta a lunghezza d’onda sotto i 220nm, ma se
prendiamo una soluzione ad esempio di triptofano e lo mettiamo in una soluzione tampone a PH 7
e lo inseriamo in uno strumento che si chiama spettrofotometro che presenta un
monocromatore, una sorgente di luce ultravioletta e una sorgente di luce visibile, e noteremo che
gli amminoacidi aromatici, per via dell’anello aromatico, hanno un assorbimento tra 240-320 nm
ed è caratteristico dei soli tre amminoacidi aromatici: triptofano, tirosina e fenilalanina.
Queste caratteristiche ci aiutano a determinare la concentrazione di una proteina in soluzione e
analizzare quali sono le frazioni dove sono più o meno presenti le proteine, perchè il valore del
massimo di assorbimento aumenta a seconda di quante molecole ci sono.
TITOLAZIONI AMMINOACIDI
Gli amminoacidi sono chirali, però hanno anche delle proprietà acido base grazie alla loro forma
zwitterionica. I gruppi amminici e carbossilici possono quindi andare incontro a ionizzazione.
(amminoacido glicina viene usato come tampone sia a PH acido che a PH basico). I valori di Pk dei
gruppi carbossilici sono raggruppati in un breve intervallo intorno a PH 2.2 mentre i valori di pk dei
gruppi amminici pk2 son o prossimi a 9.4. a PH fisiologico 7.4 i gruppi amminici son o protonati e
quelli carbossilici sono deprotonati (base coniugata).

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Quindi un amminoacido può esistere in forma non ionizzata o in forma ionizzata (zwitterionica), lo
zwitterione può comportarsi come acido donando protoni, mentre può comportarsi come base
accettando protoni.
È importante conoscere, in funzione del tempo e del PH, come varia la concentrazione delle 3
forme possibili dello zwitterione:
se siamo a PH=0 abbiamo il 100% dell’amminoacido nella forma completamente protonata, via via
che titoliamo (aggiungiamo la base) la concentrazione diminuisce fin a arrivare a un PH intorno a
2, ma nel frattempo la concentrazione della forma zwitterionica sta aumentando, quindi si arriva
al PH=2 in cui c’è un equilibrio fra la forma protonata e quella zwitterionica dell’amminoacido e
quindi abbiamo il 50% delle due soluzioni e il PH corrispondente è il pk di ionizazzione del gruppo.
Aggiungendo altra base quando arriviamo intorno al PH=5 l’amminoacido protonato si è
convertito al 100% in forma zwitterionica. Intorno al PH=9 la forma zwitterionica diminuisce
perche il protone inizia a dissociarsi e nel mentre quella deprotonata aumenta, c’è quindi anche
qui un punto di equilibrio intorno a 9.

Quando arriviamo al punto centrale e quindi abbiamo il 50% di una forma e il 50% di un'altra a un
certo punto, se aggiungiamo base, il PH fa un salto perche siamo fuori dalla soluzione tampone e il
tutto si traduce in un aumento del PH, infatti se misuriamo il PH di una soluzione per una piccola
aggiunta abbiamo una grande variazione di PH.
La titolazione acido-base comporta la graduale aggiunta o rimozione di protoni a gruppi funzionali
ionizzabili. I due gruppi ionizzabili della glicina, il gruppo carbossilico e il gruppo amminico,
vengono titolati con una base forte. La curva di titolazione
mostra due fasi distinte, corrispondenti ai due differenti
gruppi titolabili della glicina. Ciascuna fase assomiglia alla
curva di titolazione di un acido monoprotico, come l’acido
acetico. A PH bassi prevale la forma completamente
protonata della glicina. Nella prima fase della titolazione il
gruppo -COOH della glicina perde il suo protone, nel punto di
mezzo di questa fase, si hanno delle concentrazioni
equimolecolari delle due forme, protonata e non protonata, il
punto di flesso viene raggiunto esattamente al punto di mezzo
della titolazione, il punto a cui il PH è uguale al Pka del gruppo
che viene titolato. Per la glicina il PH al punto di mezzo è 2,34
quindi il suo gruppo -COOH ha un pKa di 2.34. man mano che
la titolazione procede, si raggiunge un altro punto importante
a PH 5,97. Qui si può osservare un altro punto di flesso a cui

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corrisponde la rimozione quasi completa del primo protone, mentre la rimozione del secondo è
appena cominciata. È questo il punto in cui la glicina si trova nella sua forma dipolare
(zwitterione). La seconda fase della titolazione corrisponde alla rimozione di un protone dal
gruppo -NH3+ della glicina. Dalla curva di titolazione della glicina possiamo ricavare alcune
importanti informazioni. Innanzitutto, essa ci fornisce una misura quantitativa dei valori di Pka dei
due gruppi ionizzabili. In secondo luogo, osservando la curva di titolazione della glicina si può
dedurre che questo amminoacido ha due regioni con potere tamponante. Un’altra importante
informazione che è possibile ottenere dalla curva di titolazione di un amminoacido è la relazione
tra la sua carica netta e il PH della soluzione. A PH 5,97 il punto di flesso tra le due fasi della curva
di titolazione. La glicina è presente prevalentemente come forma dipolare, ionizzata, ma con
carica netta pari a zero. Il PH caratteristico al quale la carina netta è zero si chiama punto
isoelettrico o PH isoelettrico indicato con PI.
LEGAMI AMMINOACIDI
Tra le catene laterali di un amminoacido possono intercorrere determinate interazioni in modo
tale da assemblarsi e formare la proteina. A seconda del tipo di legame possiamo associare una
certa energia che è proprio l’energia che dobbiamo generare per poter rompere il legame. (ad
esempio un legame doppio richiede più energia per essere rotto rispetto a un legame singolo).
Un qualunque processo chimico può essere descritto dalla funzione energia libera:

un qualunque processo può avvenire spontaneamente solo se porta ad una diminuzione di energia
libera, diminuzione di H e aumento di S. Il maggior contributo alla stabilizzazione termodinamica è
dato da: diminuzione di entalpia per legami covalenti, legami ionici e idrogeno e per le forze di Van
der Waals mentre l’aumento di entropia per le interazioni idrofobiche. Le interazioni che si
possono instaurare fra due amminoacidi possono essere di due tipologie: interazioni deboli e
legami covalenti.
INTERAZIONI DEBOLI
Fra le interazioni deboli si instaurano:
legami elettrostatici, ovvero un gruppo carico in una molecola può attrarre un gruppo con carica
opposta di un’altra molecola seguendo la legge di coulomb.

Un'altra interazione debole è il legame idrogeno che si genera fra un atomo di H e un atomo
elettronegativo (azoto ossigeno). Un atomo avrà la funzione di donatore
di H e un atomo avrà la funzione di accettore di idrogeno.
Di altrettanta importanza ci sono anche le Forze di Van der Waals che fanno riferimento al fatto
che la distribuzione della carica elettrica intorno agli atomi varia col tempo. Questa simmetria
transitoria della carica elettronica induce un’asimmetrica complementare nella distribuzione
elettronica negli atomi circostanti. Quindi gli atomi vicini si attraggono e l’attrazione aumenta fino
a che gli atomi raggiungono la distanza di contatto. Se gli atomi si avvicinano ad una distanza
inferiore alla distanza di contatto, l’energia cresce rapidamente a causa della repulsione tra gli
elettroni. Quindi si verifica tra molecole che arrivano a contatto in modo tale che la somma della
distanza dei nuclei siano uguali alla somma dei raggi di van der waals

Le tre tipologie di interazioni di Van der waals che si possono generare sono:
1. Interazioni dipolo-dipolo: se avviene tra molecole polari parliamo allora di un’interazione
tra dipoli permanenti, se l’interazione avviene tra molecole polari e molecole inizialmente
apolari, che subiscono una separazione id carica per effetto induttivo allora parliamo di
interazione dipolo-dipolo indotto.
2. Forze di dispersione di london: l’interazione dipolo istantaneo- dipolo indotto avviene tra
molecole apolari: una risulta temporaneamente polarizzata per effetto del moto degli
elettroni, l’altra diventa polare per induzione
Un’ altra importante interazione debole è l’interazione idrofobica in cui l’aggregazione dei gruppi
non polari che portano all’aumento dell’entropia dovuto al minor numero di molecole di acqua
ordinate.
LEGAMI COVALENTI
In conclusione quindi le catene laterali possono formare interazioni di tipo debole, non covalenti
di tipo elettrostatico.
Ma qual è il legame covalente che lega gli amminoacidi uno con l’altro per formare la struttura
primaria di una proteina?
Fra i legami covalenti ritroviamo il legame peptidico e i ponti disolfuro.
(chiede di scrivere la formula base di due amminoacidi e come si forma il legame peptidico)
LEGAME PEPTIDICO: gli amminoacidi in generale vengono
scritti con il gruppo amminico sempre sul lato sinistro e il
gruppo carbossilico invece sul lato destro questo perche
poi quando costituiremo una catena di amminoacidi per
convenzione andiamo a scrivere sempre mettendo
amminoacido che si trova all’estremità N della proteina e
che quindi presenta il gruppo amminico libero sulla
sinistra, mentre il gruppo carbossilico libero dell’ultimo
amminoacido della catena lo poniamo a destra della
catena. Il legame peptidico si forma tra il gruppo a

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carbossilico di un amminoacido e il gruppo a amminico di un altro amminoacido, si tratta di una
reazione di condensazione che porta all’eliminazione di una molecola di acqua con la formazione
di un nuovo legame covalente che è il
legame peptidico. Il secondo tipo di
legame covalente è
LEGAME DISOLFURO si forma per
ossidazione di due residui di cisteina.
L’unità generata da due residui di
cisteina è chiamata cistina. Due
catene laterali di due residui di
cisteina possono subire una reazione
di ossidazione e eliminare due
protoni e due elettroni dando luogo
al ponte disolfuro. Questo legame è
importante specialmente perche le cisteine sono presenti in numerosi enzimi e le reazioni di
ossidoriduzione può avere anche delle caratteristiche funzionali dal punto di vista meccanico nel
metabolismo.

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 LA STRUTTURA DELLE PROTEINE
Le proteine presentano quattro livelli di complessità strutturale:
1. La struttura primaria rappresenta la sequenza lineare in amminoacidi;
2. La struttura secondaria è la conformazione spaziale assunta dagli atomi di uno scheletro
polipeptidico senza tenere in considerazione la natura delle catene laterali R
3. La struttura terziaria si riferisce alla distribuzione tridimensionale di un intero polipeptide,
inclusa la disposizione delle sue catene laterali;
4. La struttura quaternaria si riferisce all’organizzazione strutturale di proteine
multisubunità, cioè costituite da diverse catene polipeptidiche
I singoli amminoacidi legati dal legame peptidico generano la struttura primaria delle proteine, la
struttura primaria viene sintetizzata dai ribosomi, via via che viene sintetizzata emerge dal
ribosoma e inizia ad assumere delle strutture
ordinate che possono essere a a elica o dei
foglietti b. Gli elementi di struttura secondaria si
organizzano in modo tale che i gruppi possano
interagire tra di loro con dei ponti idrogeno
formando la struttura terziaria. Se catene
polipeptidiche differenti si avvolgono fra di loro e
si associano con dei legami deboli o ponti di
solfuro si genera la struttura quaternaria

STRUTTURA PRIMARIA DELLE PROTEINA

Il gruppo carbossilico interagisce con il gruppo amminico con eliminazione di una molecola di
acqua con formazione del legame peptidico. Dopo la formazione del primo legame può avvenire la
stessa reazione con un altro amminoacido formando cosi la catena polipeptidica.
I legami peptidici che sono polari possono
formare ponti idrogeno (importanti per struttura
secondaria), i legami che formeranno la struttura
secondaria sono stabilizzate dalla formazione di
ponti idrogeno proprio tra gruppi funzionali del
legame peptidico (questo vale a prescindere della
natura della catena laterale degli amminoacidi,
anche se ci sono amminoacidi che si riscontrano
in maggioranza in strutture alfa mentre altri in
strutture beta). Si genera cosi lo scheletro carbonioso delle proteine. I ponti disolfuro tengono
insieme le catene.
STRUTTURA SECONDARIA
La struttura secondaria delle proteine consiste in un piegamento regolare della catena
polipeptidica che porta alla formazione di strutture periodiche: eliche, foglietti, ripiegamenti di
catena. Tali strutture dipendono dalle proprietà geometriche dei gruppi peptidici.
Il legame peptidico da delle costrizioni steriche che sono importanti nella formazione della
struttura sia secondaria che terziaria questo perchè ci sono delle conformazioni che sono stabili e
altre non lo sono. Il legame peptidico è un legame ammidico, per le ammidi possiamo descrivere il
fenomeno della risonanza: l’effetto elettrondonatore dell’O richiama il doppietto elettronico non
condiviso presente sull’atomo di N, generando una forma limite di risonanza in cui è presente un
doppio legame C=N, una carica positiva sull’N e una negativa sull’O. l’ibrido di risonanza presenta
elettroni di legame delocalizzati fra N,C,O e frazioni di carica negativa e positiva su O e N,
rispettivamente.

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Intorno a un legame singolo sappiamo che c’è la libera rotazione, ma con un legame parzialmente
doppio non abbiamo libera rotazione, questo determina la coplanarità dei 6 atomi rappresentati.
Il gruppo peptidico infatti possiede una struttura rigida e planare, come conseguenza di interazioni
di risonanza che conferiscono al legame peptidico circa il 40% di carattere di doppio legame.
Dobbiamo immaginare la proteina come una sequenza di piani che si organizzano nello spazio, ci
sono tante combinazioni di angoli tra i diversi piani.
Siccome parliamo di un doppio legame possiamo affermare che il legame peptidico planare può
avere due conformazioni: cis e trans. La maggior parte dei legami peptidici sono in configurazione
trans (più stabile) per via delle interferenze steriche tra le catene laterali. In alcuni casi pero si
preferisce la configurazione cis, come nel caso della prolina che permette di stabilizzare alcuni
piegamenti della catena, infatti la prolina si ritrova spesso nei
piegamenti di catena con configurazione cis proprio perche in
modo naturale è in grado di distorcere lo scheletro carbonioso della
catena polipeptidica in modo tale da generare un piegamento di
catena e permettere di far avvicinare i gruppi della catena che di
solito sono lontani.
Abbiamo detto quindi che la rotazione non è possibile attorno al
legame C-N, però la rotazione è possibile tra i legami N-Ca e Ca-C.
lo scheletro della catena polipeptidica può quindi essere
considerato come una serie di piani rigidi in cui i piani consecutivi
hanno in comune un punto di rotazione, in corrispondenza Ca. La
rigidità del legame peptidico limita considerevolmente il numero
delle conformazioni che la catena polipeptidica può assumere. La
conformazione del peptide è definita da tre angoli diedrici F, y e
w, che riflettono la rotazione intorno a ciascun dei tre legami che si
ripetono nello scheletro del peptide.
In linea di principio F e y possono avere qualsiasi valore compreso tra -180° e +180°, ma molti
valori non sono permessi a causa degli impedimenti sterici tra gli atomi dello scheletro carbonioso
e le catene laterali degli amminoacidi. Per questo motivo la
conformazione in cui gli angoli y e F hanno valore uguale a
0 non è permessa, essa deve essere considerata
semplicemente come punto di riferimento per la
descrizione degli angoli. I valori permessi di F e y sono
riportati nel GRAFICO DI RAMACHANDRAN. Il grafico
identifica quali sono e quali non sono le conformazioni
possibili, (le conformazioni considerate possibili sono
quelle che non presentano interferenze steriche). Le aree
in celeste contengono le conformazioni che non
presentano sovrapposizioni steriche, di conseguenza esse
sono completamente consentite. Le zone in verde
rappresentano conformazioni permesse se è consentita
una certa flessibilità all’angolo diedrico w che descrive il

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legame peptidico stesso. Le regioni bianche rappresentano conformazioni che non sono
consentite.

• STRUTTURA a -ELICA
L’ a-elica presente nelle proteine è quasi sempre destrorsa (esistono anche sinistrorse ma sono
meno stabili). L’a- elica ha un passo di 5.4 A° e ogni spira dell’elica è
costituita da 3.6 residui amminoacidici. L’eccezionale stabilità di questa
conformazione dipende dal fatto che tutti gli NH e i C=O dei gruppi
peptidici sono impegnati in legami idrogeno. Ogni legame idrogeno si
forma fra l’idrogeno dell’NH di un residuo e l’ossigeno del C=O del quarto
residuo successivo. La direzione dei legami idrogeno è pressochè parallela
all’asse dell’elica (questo rende la struttura ancora più stabile). I gruppi R
sono rivolti verso l’esterno dell’elica.
(chiede una serie di amminoacidi legati da un legame peptidico)
La conformazione destrorsa elicoidale ha 3,6 residui amminoacidici per
giro. L’instaurarsi di ogni legame idrogeno chiude un ciclo di 13 atomi.

Per rappresentare schematicamente una proteina nello spazio possiamo utilizzare due modelli:
modello a cilindro e modello a elica.
• STRUTTURE b
Si tratta di una conformazione più estesa della catena polipeptidica,
definita dalla disposizione degli atomi dello scheletro secondo specifici
angoli diedrici. Nella conformazione b lo scheletro della catena
polipeptidica si estende in una conformazione a zig-zag, anziché in una
conformazione a spirale. Per la disposizione di diversi segmenti, tutti nella
conformazione b, l’uno accanto all’altro è detta foglietto b. Tutti i piani
che si alternano del foglietto pieghettato sono i piani che contengono i
legami peptidici. I gruppi R degli amminoacidi adiacenti sporgono dalla
struttura a zig-zag in direzioni opposte, creando un’alternanza ‘’sopra-
sotto’’. Le catene polipeptidiche adiacenti in un foglietto b possono
essere parallele, se hanno lo stesso orientamento del legame
carboammidico NH-CO, antiparallele se non hanno lo stesso
orientamento.
Nel foglietto antiparallelo tutti i legami peptidici formano legami idrogeno, la stessa cosa accade
nei foglietti paralleli però se guardiamo la direzione dei ponti idrogeno vediamo che presentano
una leggera curvatura. Proprio per questa differenza di posizione la struttura a foglietto parallelo è
un po' meno stabile di quella a foglietto antiparallelo.
Quando abbiamo più di due foglietti b allora possiamo avere un foglietto misto che presenta sia
foglietti paralleli e antiparalleli.
Nelle proteine globulari che hanno una struttura ripiegata compatta, alcuni residui amminoacidici
si trovano in ripiegamenti o anse, dove la catena polipeptidica inverte la sua direzione. Questi
ripiegamenti collegano tratti successivi in a eliche o in conformazioni b. Molto comuni sono i
ripiegamenti b, che collegano le estremità di due segmenti
adiacenti di un foglietto b antiparallelo. La struttura è costituita
di un ripiegamento a 180° di una sequenza di quattro residui,
dove il gruppo carbonilico del primo residuo forma un legame
idrogeno con l’idrogeno legato all’azoto del quarto. I legami
peptidici dei due residui centrali non partecipano alla
formazione di legami idrogeno. Residui di glicina e di prolina
spesso si trovano nei ripiegamenti b; gli uni in quanto hanno
una struttura piccola e flessibile, gli altri perchè i legami
peptidici che coinvolgono l’azoto imminico della prolina
assumono facilmente la configurazione cis, particolarmente adatta ai ripiegamenti b. Nell’ambito
delle strutture cristallografiche sono due le strutture che si riscontrano più frequentemente:
ripiegamenti b di tipo 1 (contiene proline) e 2 (contiene glicina), sono presenti principalmente
nelle proteine globulari e provocano un’inversione nella direzione della catena polipeptidica, i
ripiegamenti b uniscono segmenti consecutivi di un foglietto b antiparallelo.

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STRUTTURA TERZIARIA
La struttura terziaria descrive l’organizzazione nello spazio degli elementi di struttura secondari,
consiste nell’associazione tra i diversi elementi di struttura secondaria che grazie alle catene
laterali che si trovano sul lato esterno prendono contatti con una serie di interazioni per dare
quella che è la struttura terziaria della proteina. Alla struttura terziaria è associato una tasca
idrofobica che avvolge una struttura detta gruppo eme, tipico di alcune proteine come ad esempio
la mioglobina, che contiene il ferro e permette di trasportare l’ossigeno. Il compito della catena
polipeptidica è quello di formare una struttura che permette di rendere stabile il gruppo eme che
cosi avrà la capacità di svolgere le proprie funzioni.

Le proteine possono essere classificate in proteine globulari che sono proteine che hanno un
avvolgimento tale da assumere una forma appunto globulare, con le 3 dimensioni, quindi altezza
larghezza e profondità, simili in ordine di grandezza. Le proteine fibrose invece presentano catene
polipeptidiche disposte in lunghi fasci o in foglietti, spesso hanno dei ruoli strutturali a differenza
di quelle globulari che hanno funzioni prevalentemente funzionali. Molto spesso proteine fibrose
sono associate da lunghe eliche e inoltre tutte le proteine fibrose sono insolubili in acqua, una
caratteristica che dipende dalla presenza di elevate concentrazioni di amminoacidi idrofobici sia
all’interno che sulla superficie della proteina. Infatti la struttura terziaria deve tener conto di
questa insolubilità della proteina e deve quindi nascondere queste zone. Questo però non porta
ad una superficie esterna priva di amminoacidi apolari, ma le proteine solubili in acqua si ripiegano
in strutture compatte con una regione interna dopo sono presenti delle catene idrofobiche che
costituiscono un nucleo non polare o core idrofobico/nucleo idrofobico. In tali strutture gli
amminoacidi apolari si trovano prevalentemente nell’interno delle molecole, mentre gli
amminoacidi polari e carichi si trovano prevalentemente sulla superficie.

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STRUTTURA QUATERNARIA
La struttura quaternaria è caratteristica di proteine che presentano più subunità che possono
essere uguali o differenti. (Due subunità unite insieme
generano un dimero, parliamo di omodimero se le subunità
uguali, e eterodimero se le subunità sono diverse). Queste
strutture sono stabilizzate dalle interazioni deboli o legami
covalenti (ponti disolfuro) che si verificano all’interfaccia tra
le subunità.
Per dominio proteico intendiamo un'unica catena
polipeptidica che ha delle regioni che generano delle
strutture che hanno un’organizzazione indipendente dalla
regione successiva. A questi domini sono associate
specifiche funzioni, ad esempio diverse attività enzimatiche.
Delle strutture molto particolari sono le strutture
supersecondarie o motivi, che sono raggruppamenti di
elementi strutturali secondari. Ad esempio nel caso B abbiamo una forcina b , presenta tre
filamenti b antiparalleli, consentono alla catena di cambiare direzione, nel caso A vengono uniti
elementi di strutture secondarie differenti.

PROTEINE FIBROSE
Sono proteine la cui struttura terziaria conferisce loro una forma allungata e non globulare. Hanno
proprietà tali da conferire resistenza o elasticità alla struttura di cui fanno parte. In ogni caso,
l’unità strutturale di base è un semplice elemento di struttura secondaria ripetuto. Le due
tipologie di proteine fibrose più comuni sono:
- a cheratina (presente nei capelli e nelle unghie):
le a cheratine fanno parte di una grande famiglia di proteine chiamate proteine dei filamenti
intermedi. L’ a elica dell’a cheratina è destrorsa ed è presente in molte altre strutture proteiche,
le a eliche della cheratina sono organizzate in una struttura avvolta, due catene di a cheratina con
la stessa direzionalità si avvolgono una sull’altra per formare un super avvolgimento, questa
organizzazione strutturale aumenta la resistenza dell’intero complesso. L’andamento elicoidale del
super avvolgimento e sinistrorso, opposto a quello delle a eliche. Le superfici dove le due eliche si
toccano nella struttura avvolta sono rivestite da amminoacidi idrofobici; i loro gruppi R si
inseriscono l’uno vicino all’altro con un’alternanza perfettamente regolare. Ciò permette un

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avvicinamento massimo delle catene all’interno del super avvolgimento. Una singola catena
polipeptidica di a cheratina in un super
avvolgimento a una struttura terziaria
relativamente semplice, dominata da una
struttura secondaria ad alfa elica con un asse
che ha l’andamento di una super elica
sinistrorsa. Se consideriamo ad esempio la
struttura del capello, l’a cheratina dei capelli
è una lunga a elica con diversi ispessimenti in
corrispondenza delle terminazioni amminica e
carbossilici. Alcune coppie di queste eliche si
avvolgono con andamento sinistrorso e
formano strutture a volte, queste, a loro
volta, generano strutture ancora più ordinate
dette protofilamenti o protofibrille.
L’a cheratina è ricca di cisteine che formano
ponti di disolfuro tra le fibrille. Le cistine con le loro catene laterali (CH2, SH) sono in grado di dare
sia la forma ridotta che quella ossidata, nel caso del capello una persona normalmente presenta
tutte le catene associate, ci sono interazioni sia deboli che covalenti. Nel caso ad esempio della
permanente si usa un riducente che ha lo scopo di ridurre, dando due elettroni e due protoni, un
ponte disolfuro trasformandolo nella sua forma ridotta con i suoi gruppi tiolici. A questo punto si
opera a caldo, si verifica uno stiramento del capello e i ponti disolfurici si spostano uno rispetto
all’altro e quindi in un’ultima fase, quella di riossidazione dei solfuri, i gruppi SH formano il ponte
con un altro gruppo (diverso da quello iniziale), questo genera una distorsione del capello

Nel superavvolgimento delle due eliche c’è una faccia strettamente a contatto tra le due eliche, e
gli amminoacidi che si trovano nell’interfaccia sono prevalentemente amminoacidi idrofobici che
consentono il legame tra due eliche di cheratina. La stabilità di una struttura deriva da interazioni
di tipo idrofobico.
- Collagene (tessuti connettivi):
il collagene è formato da 3 catene polipeptidiche, i mammiferi possiedono almeno 33 catene
differenti arrangiate almeno in 20 modi diversi. Le eliche peptidiche sono sinistrorse si avvolgono
in modo particolare, che non consente la periodicità dell’a elica, ma presenta tre residui per giro
di elica in modo tale da generare una struttura superelicoidale destrorsa. Questa elica è
stabilizzata dalla presenza di particolari amminoacidi. Il motivo che si ripete in questa struttura è
glicina X,Y dove X è prolina e Y è idrossiprolina, la glicina è molto piccola e si trova tra le interfaccia
delle elica. Gli amminoacidi modificati possono essere 3-idrossiprolina, 5-idrossilisina.

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FOGLIETTI b
I foglietti b possono essere uniti uno all’altro formando dei ponti idrogeno. Lo scheletro peptidico
è rappresentato da un avvolgimento a nastro per indicare le a eliche, e da frecce che puntano
verso il loro C-terminale per indicare le catene foglietto b.

ANTICORPO
Composto da due catene pesanti (più grandi) e due catene leggere (più piccole), unite da ponti
disolfurici, è una struttura quaternaria, perchè ci sono più catene polipeptidiche dove oltre a
interazioni di tipo debole ci sono stabilizzazioni dovute alla formazione dei ponti disolfuro lungo le
catene. Lungo le catene corte ci sono due domini messi in sequenza
Forma a Y in cui i domini sono
Rivedere 55:41 lezione 4

DENATURAZIONE PROTEINE
La struttura terziaria/quaternaria di una proteina a cui è associata la funzione della proteina viene
definita struttura nativa della proteina. La denaturazione è un processo reversibile, le proteine
globulari, una volta denaturate, possono riacquistare la loro struttura nativa e la loro attività
biologica se vengono riportate nelle condizioni in cui la conformazione attiva è stabile. La
rinaturazione è la prova più importante a supporto del concetto che la struttura terziaria di una
proteina globulare è determinata dalla sua sequenza amminoacidica.
Quali sono gli elementi che denaturano una proteina?
Esponendo una proteina nella sua struttura nativa a particolari agenti chimici o fisici detti
denaturanti la struttura terziaria/quaternaria della proteina viene scompaginata con conseguente
perdita della funzione. Esempi di agenti fisici denaturanti possono essere: calore o congelamento,

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mentre esempi di agenti chimici denaturanti possono essere valori estremi di PH (<4-5 o >9) o
agenti denaturanti. La denaturazione delle proteine può avvenire anche mediante l’uso di agenti
chimici detti agenti caotropici: Gli agenti chimici quali urea e cloruro di guanidinio interferiscono
nella rete di interazioni deboli ed interazioni idrofobiche responsabili della struttura nativa delle
proteine.
1. Alterano il normale reticolo di legami H dell’acqua;
2. Interferiscono con la formazione di gabbie di molecole d’acqua attorno alle catene
idrofobiche;
3. Solubilizzano il core idrofobico delle proteine.
Denaturano le proteine mantenendole solubili in soluzione acquosa. Gli agenti caotropici possono
essere separati dalla proteina mediante diluizione della loro concentrazione consentendo la
rinaturazione della proteina. Questi agenti possono essere allontanati con un processo che è detto
dialisi in cui la proteina in presenza di urea o guanidina viene messa in una soluzione, dove queste
ultime sono assenti, per osmosi passerà l’acqua riducendo la quantità dei denaturanti
Importanti nel processo di denaturazione sono i detergenti che si associano ai residui apolari di
una proteina interferendo nelle interazioni idrofobiche che stabilizzano la struttura nativa di una
proteina. SDS, ad esempio, è una molecola anfipatica che si lega alle proteine denaturandole e
mantenendole solubili in soluzione acquosa. Il complesso SDS-proteina ha una carica netta
negativa a causa dei gruppi SO3- che mascherano le cariche della proteina. SDS non si dissocia
facilmente dalle proteine (come invece avveniva con gli agenti caotropici).
Per denaturare una proteina, se sono presenti ponti disolfuro, bisogna usare dei composti
riducenti che sono ad esempio il b-mercaptoetanolo che presenta un gruppo OH e un gruppo
tiolico, quest’ultimo ( che i usa in eccesso) attacca il gruppo e alla fine del processo due molecole
di b-mercaptoetanolo si sono ossidate dando la formazione di un ponte disolfurico all’interno delle
molecole di b-mercaptoetanolo. Tra gli effetti della denaturazione vi sono le variazioni del PH che
determinano una variazione degli stati di ionizzazione delle catene laterali degli amminoacidi,
cambiando in tal modo la distribuzione delle cariche nella proteina ed interferendo nella
formazione dei legami deboli. Il punto isoelettrico (pI) di una proteina corrisponde al valore di pH
al quale la carica netta della proteina (somma delle cariche positive e negative) e pari a zero.

La denaturazione di una proteina consiste nell’interruzione dei legami non covalenti che
stabilizzano la struttura della proteina ed è un processo cooperativo. Se sono presenti ponti
disolfuro è necessario ridurli per denaturare completamente una proteina.
- La denaturazione di una proteina è un fenomeno cooperativo
- - Curva con andamento
sigmoide tipica dei processi
cooperativi
- - Tm , Temperatura di
fusione, corrisponde al
punto di flesso della curva
Rivedi 1.30 lez 4
 MIOGLOBINA E EMOGLOBINA
LA MIOGLOBINA
La mioglobina è una piccola proteina intracellulare trasportatrice di ossigeno, è presente nel
tessuto muscolare di quasi tutti i mammiferi essendo un serbatoio di O2, serbatoio non perchè vi è
uno scomparto che permette l’accumulo di un
determinato elemento, semplicemente è in grado,
dove è necessario una notevole attività di
produzione di energia, di fornire alte quantità di
ossigeno ai tessuti nel momento in cui questo è
funzionalmente utile.
La mioglobina è una proteina monomerica di 153
amminoacidi con un peso molecolare di 16700 Da
(dalton), presenta 8 a eliche (sono identificate con
le lettere dell’alfabeto da A a H) che si organizzano
formando una proteina globulare. L’ossigeno si
lega al Fe (II) che è incorporato nel gruppo
prostetico legato alla proteina chiamato eme, il
gruppo emme è alloggiato in una tasca idrofobica tra le eliche E e F.
IL GRUPPO PROSTETICO EME
È una struttura planare, è un anello eterociclico che contiene 4 gruppi pirrolici che sono indicate
con le lettere dell’alfabeto. Al di sopra e al di sotto del piano è presenta la molecola di ossigeno,
sotto c’è l’istidina (His F8, il che significa che è l’ottavo amminoacido dell’elica F) che ha un ruolo
importante dal punto di vista strutturale, centralmente è presente 1 atomo di ferro nello stato di
ossidazione ferroso (Fe2+)
Quali sono i legami che si formano?
- Ci sono 4 legami di coordinazione tra gli
azoti che fanno parte degli anelli pirrolici che
grazie al loro legame tengono insieme il
ferro nell’anello,
- il ferro a sua volta può formare altri 2 legami
(quindi il ferro in tutto forma 6 legami) di
coordinazione perpendicolari al piano, in un
caso lega l’ossigeno, il legame avviene in
maniera reversibile perchè sono dei
trasportatori che sono in grado di acquisire
ossigeno e rilasciarlo nei siti, mentre l’altro
legame è impegnato con un atomo di N di
un residuo di istidina.
Ci sono dei composti come CO, NO e H2S che si
legano con un’affinità superiore all’ossigeno, questo significa che bloccano le molecole che
contengono il gruppo eme. La posizione delle catene laterale degli amminoacidi è dovuta a una
struttura la cui stabilità dipende in gran parte da interazioni idrofobiche. La maggior parte dei
gruppi R idrofobici si trova all’interno della molecola della mioglobina; lontano dal contatto con
l’acqua. Tutti i gruppi R polari, sono localizzati sulla superficie esterna della molecola e tutti sono
quindi idratati. La molecola della mioglobina è così compatta che al suo interno vi è spazio solo per
quattro molecole di acqua. In questo ambiente così compatto le interazioni deboli diventano più
salde e si rinforzano a vicenda. Nella tasca in cui si trova il gruppo eme la possibilità che
quest’ultimo acceda al solvente è molto limitata. Ciò è molto importante per il funzionamento

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della proteina, in quanto i gruppi eme liberi in una soluzione ossigenata vengono rapidamente
ossidati e l’atomo di ferro passa dallo stato di ossidazione Fe2+, capace di legare reversibilmente
l’ossigeno, allo stato di ossidazione Fe3+, che non è in grado di legare l’ossigeno.
EMOGLOBINA
L’emoglobina è un tetramero, presenta due catene a e due catene b uguali 2 a 2 (a2 b2) ed è la
proteina trasportatrice di ossigeno nel sangue. L’emoglobina è presenta nel sangue in particolare
nei globuli rossi, a cui conferisce inoltre il loro caratteristico colore rosso, e fornisce ossigeno ai
tessuti. Attraverso il cuore ci sono 4 camere che fanno circolare il sangue per non far incontrare
quello arterioso con quello venoso, il sangue arterioso si ossigena nei polmoni, gli alveoli
polmonari sono dei punti in cui i capillari sanguigni
entrano in contatto con l’ambiente esterno dove c’è
ossigeno gassoso che viene trasferito nei globuli rossi
che appunto si carica di ossigeno (questa proteina è
appunto un tetramero che si carica di ossigeno al
livello dei polmoni), il sangue arterioso arriva poi nei
tessuti dove viene rilasciato l’ossigeno permettendo
cosi l’energia necessaria per il metabolismo. Il
sangue arterioso
nei polmoni si carica circa per il 96%, questo
permetterà in seguito il rilascio dell’ossigeno non
essendo il legame forte al 100%, quando nei tessuti
l’ossigeno viene rilasciato l’emoglobina non si scarica
del tutto ma per il 64%, in questo modo è più capace
di passare da una funzione a un'altra funzione e di interfacciare con la mioglobina. Le subunità
sono mantenute insieme da una serie di interazioni deboli e moltissime sono di tipo idrofobico che
han o una particolarità di tenere insieme regioni differenti della stessa catena polipeptidica ma
anche più subunità che costituiscono un'unica proteina multimerica. L’emoglobina, come la
mioglobina, presenta 4 gruppi eme.
(esempio: dopo un’intensa attività fisica consumiamo l’ossigeno che abbiamo in disposizione
quindi la respirazione e il lavoro non ha più sufficiente energia ed iniziamo ad accumulare acido
lattico, passiamo da metabolismo aerobico a anaerobico). Quindi il compito dell’emoglobina è
quello di assumere ossigeno nei polmoni, trasportare ossigeno nei tessuti rilasciando anidride
carbonica (forma più ossidata del carbonio). L’ossigeno dell’emoglobina viene trasferito alla
mioglobina, nell’arco dei diversi distretti dell’organismo l’affinità della mioglobina e
dell’emoglobina all’ossigeno si deve coordinare in modo tale che si verifichi lo scambio, per far
avvenire ciò avvengono infatti delle modifiche conformazionali che fanno perdere l’affinità
dell’ossigeno all’emoglobina. La struttura dell’emoglobina è modulata dalla presenza
dell’ossigeno, la struttura che ha minor affinità per l’ossigeno è la struttura T (T sta per teso, figura
in alto), mentre il legame con l’ossigeno porta ad una variazione conformazionale di tutto il
tetramero, tutte le subunità si muovono e si ottiene la struttura R (R sta per rilassata, l’affinità per
l’ossigeno è maggiore.
LEGAME DELL’OSSIGENO
Più la concentrazione dell’ossigeno aumenta più l’equilibrio viene spinto dalla fase di associazione
a quella di dissociazione. Se consideriamo il caso in cui mioglobina o emoglobina, in presenza di
ossigeno, si associano formano il complesso che può essere misurato e riportato come frazione
saturazionale. Il grafico che ne viene fuori, è un’iperbole rettangolare.
Consideriamo la curva del legame dell’ossigeno alla mioglobina: possiamo notare che anche a
concentrazioni molto basse si arriva subito a un 50% di legame (quello tratteggiato) per

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concentrazioni di ossigeno estremamente basse,
questo significa che la proteina risente della mancanza
di ossigeno e basta giusto un po' di quest’ultimo per
ottenere un elevata saturazione. L’iperbole è
relativamente insensibile a piccole variazioni della
concentrazione di ossigeno disciolto e quindi funziona
bene come serbatoio di immagazzinamento di
ossigeno nei tessuti. Consideriamo orala curva di
legame dell’ossigeno all’emoglobina: la curva ha un
andamento sigmoide, considerando le stesse
concentrazioni di ossigeno, la curva della mioglobina è
molto rapida a basse concentrazioni e poi si alza e non
cambia più, questo avviene perchè tutte le molecole di mioglobina sono state saturate con
l’ossigeno, ma alle stesse concentrazioni per arrivare al
50% l’emoglobina ha bisogno di una concentrazione più
alta di ossigeno. Questo tipo di andamento sigmoide
dell’emoglobine, tipico dei fenomeni cooperativi, si
verifica perchè essendo una proteina tetramerica (mentre
mioglobina è monomerica) si adatta meglio alla funzione
di trasportatore di ossigeno nel sangue. Le interazioni tra
le subunità possono generare risposte sensibili anche a
variazioni molto piccole della concentrazione di ligando. Le
interazioni tra le subunità dell’emoglobina determinano
variazioni dell’affinità̀ della proteina per l’ossigeno. La
modulazione del legame consente risposte efficaci alla
domanda di ossigeno.
Consideriamo ora il grafico che mette a confronto la curva di saturazione di emoglobina e
mioglobina. Sull’asse delle X intorno a 25 c’è la pressione
parziale venosa ovvero la concentrazione di ossigeno nei
tessuti, mentre la pressione parziale arteriosa è l’ossigeno
che si trova nei polmoni. Se tracciamo due rette in
corrispondenza di questi due punti è possibile verificare il
punto di incontro con le curve delle due proteine, nel caso
della mioglobina essendo completamente satura ha una
grande affinità con l’ossigeno, ma nel caso della mioglobina
abbiamo una percentuale di saturazione leggermente
superiore al 50%. Nei polmoni a questa concentrazione la
mioglobina è carica ma le due molecole non si incontrano
perchè la mioglobina si trova nei tessuti muscolari, in
questa condizione dei polmoni la saturazione della
mioglobina è aumentata notevolmente in funzione
dell’aumento dell’ossigeno che è presente nei polmoni. Nel trasferimento dai polmoni ai tessuti si
verifica una variazione di concentrazione. Quindi la mioglobina si è evoluta in modo tale da avere
un’affinità cosi elevata con l’ossigeno da essere saturata anche a basse concentrazioni, invece
l’emoglobina la curva di saturazione è di tipo sigmoide.
LO STATO R E T ALL’EMOGLOBINA
Come già accennato precedentemente, la forma T ha un’affinità minore dell’ossigeno
(deossiemoglobina), mentre la forma R ha un’affinità maggiore, il legame con l’ossigeno induce un

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cambio conformazione che trasforma la struttura T nella struttura R e quini da deossiemoglobina
passiamo a ossiemoglobina. Le due strutture presentano delle variazioni
dovute appunto al legame con l’ossigeno. volendo rappresentare in modo
schematico le due strutture possiamo rappresentare con dei quadrati
rappresentata la forma T, mentre con il cerchio viene schematizzata la
forma R, l’equilibrio può essere spostato più verso l’associazione o verso la
dissociazione. Quando l’ossigeno si lega a una delle due subunita la forma
T, non avendo una grande affinità per l’ossigeno, la freccia di equilibrio
sarà più piccola, e quindi non si forma una grande quantità di composto, se
invece le forme R legano l’ossigeno la freccia di equilibrio sarà più grande e
quindi si forma una grande quantità di composto.

MECCANISMO DI PERUTZ
Il meccanismo di Perutz descrive quelle che sono le modifiche conformazionali in seguito
all’attacco dell’ossigeno. Perutz, scopritore del meccanismo; propose che la conversione T Þ R
fosse innescata da cambiamenti della posizione di residui
amminoacidici che circondano l’eme. La forma T presenta
un eme che è un po’ curvo, forma una cupola, il ferro è
coordinato con istidina 8 che come sappiamo è collegato
con l’elica F, questo vuol dire che qualsiasi cambiamento
a livello dell’eme viene risentito dall’elica F proprio
perchè c’è un legame, si verifica quindi un cambiamento
di forma del gruppo eme indotto dall’ossigeno. Quando
l’ossigeno si lega al ferro l’anello dell’eme si appiattisce
questo avviene perchè lo ione ferro viene trascinato verso il basso, si porta dietro anche l’istidina,
che facendo parte dell’a elica F permette un piccolo cambio di posizione fondamentale perchè
viene trasmesso in tutta la struttura inducendo la variazione di conformazione da T a R.
Cosa succede al legame con l’ossigeno?
Analizzando l’interfaccia fra le due subunità nella forma T si verifica uno sfalsamento delle
interfacce e in questo modo l’interazione tra la tirosina e aspartato non può più avvenire dato che
non sono più ad una distanza in grado da generare un ponte idrogeno. Lo sfalsamento permette
l’intervento di un altro amminoacido che permette la formazione di un nuovo ponte idrogeno. Si
sostituiscono dei legami con altri legami.

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PROTEINE ALLOSTERICHE
Sono proteine multimeriche in modo tale da modulare una serie di siti, in questo caso i legami con
l’ossigeno. Il termine allosteria deriva dal greco allos, cioè "altro", e stereos, "struttura, solido", in
riferimento alla separazione del sito allosterico di una
proteina dal suo sito attivo.
La regolazione allosterica è la regolazione di un enzima o
di una proteina mediata da una molecola detta
effettore, che svolge tale funzione legandosi presso il
sito allosterico, che può coincidere o no con il sito
attivo. Comportamento di proteine multisubunità.
Richiede in genere interazioni tra le subunità di una
proteina oligomerica.
La curva sigmoide è evidenza di un evento cooperativo.
Con L si identifica il ligando che in questo caso è
l’ossigeno, e la curva di legame di un ligando ad una
proteina allosterica non segue un andamento iperbolico
ma sigmoidale.
In cosa consistono le interazioni allosteriche?
il legame di un ligando a un sito modifica le proprietà di legame di altri siti per un altro ligando:
- Cooperatività positiva: il legame di un ligando a uno dei siti determina un aumento
dell’affinità degli altri siti sulla stessa molecola.
- Cooperatività negativa: il legame di un ligando a uno dei siti determina una diminuzione
dell’affinità degli altri siti sulla stessa molecola.
Se l'effettore di una proteina è diverso dal suo ligando si parla di allosteria eterotropica, quando
coincide si parla di allosteria omotropica. Un modulatore allosterico omotropico è tipicamente un
attivatore, un modulatore allosterico eterotropico può essere un attivatore o un inibitore.
MODELLO SIMMETRICO O CONCERTATO
Come avvengono i cambiamenti? Dato che si tratta di cambiamenti conformazionali avvengono
gradualmente, la prima molecola di ossigeno si lega a una delle
subunità della struttura di tipo T provocando la prima modifica,
questa si trasmette all’interfaccia.
Sono stati sviluppati due modelli che spiegano la cooperativtà.
- Il primo è chiamato modello simmetrico o concertato in base
alla quale le subunita di una proteina che lega i ligandi in
modo cooperativo sono funzionalmente identiche ciascuna
subunità può esistere in due conformazioni; tutte le sub unita
vanno incontro simultaneamente a una transizione da una
conformazione all’altra. Il modello concertato prevede che in
una proteina multimerica le subunità non possano essere
presenti in stati conformazioni diversi. Le due conformazioni
sono in equilibrio tra loro. il ligando può legarsi alle due
conformazioni, ma con diversa affinità. Il legame delle
molecole di ligando alla conformazione a bassa affinità (che è
più stabile in assenza di ligando) rende più probabile la
transizione nella conformazione a alta affinità. Nel modello,
detto anche o tutto o niente, tutte le subunità hanno la stessa
conformazione, o tutte in forma di cerchio (Inattiva a bassa
affinità) o a forma di rettangolo (attiva, alta affinità). A

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 seconda dell’equilibrio Keq tra la forma a cerchio e quella quadrata, il legame di una o più
molecole di ligando sposterà l’equilibrio verso la forma quadrata. Le subunità con il ligando
legato sono colorate in rosa.

Quindi: I due stati conformazionali, T e R, sono in equilibrio tra loro. T e R legano entrambe il
ligando ma con affinità diversa (diverse K di equilibrio:KT e KR). Le subunità subiscono
modificazioni conformazionali concertate. Non ci sono oligomeri che abbiano nello stesso
tempo subunità nello stato T e nello stato R.
- Nel Modello sequenziale: il legame del ligando induce una variazione conformazionale in
una singola subunità, che stavolta induce una variazione simile in una subunità adiacente,
rendendo più probabile il legame di una seconda molecola di ligando. Questo modello
prevede l’esistenza di più stati intermedi rispetto al modello concertato. Nel modello
sequenziale ogni subunità può assumere sia la forma cerchio che quadrata. Sono quindi
possibile molte conformazioni diverse. Le modificazioni avvengono una dopo l’altra mano a
mano che vengono occupati sempre più siti per il ligando.

I due modelli non si escludono a vicenda. Il modello concertato può essere considerato come un
caso limite del modello sequenziale.
EFFETTO BOHR
L’emoglobina trasporta anche H+ e CO2, oltre che anidride carbonica e ossigeno, dai tessuti ai
polmoni. I protoni sono trasportati perchè possono protonare o deprotonare a seconda della fase
funzionale a cui ci stiamo riferendo. Nelle transizioni T e R si rendono disponibili dei gruppi che
possono essere protonati e che possono raccogliere un certo numero di protoni che vengono
rilasciate nel legame con anidride carbonica. Se osserviamo lo schema sotto riportato possiamo
notare che nella sezione a sinistra siamo nel polmone, nella sezione a destra siamo nel muscolo,
nel centro siamo nel torrente circolatorio.
Iniziamo la respirazione nei polmoni dove l’ossigeno molecolare si lega all’emoglobina,
l’emoglobina e affine alla forma R basta che si leghi un pò di ossigeno (che nei polmoni è molto
alta) la saturazione dell’emoglobina sarà al 96%. La forma R lega l’ossigeno, il torrente circolatorio
porta l’ossigeno ai tessuti dove quest’ultimo viene rilasciato in parte alla mioglobina, quindi si
passa da un 96% a un 50%. Nel muscolo l’ossigeno viene prelevato dalla mioglobina
(ossimioglobina) che viene donata durante i processi di respirazione cellulare. I composti biologici
vengono ossidati donando elettroni che vanno alla catena di trasporto di elettroni che avrà
ossigeno come accettore di elettroni finali, il composto organico che rilascia tutti questi elettroni si

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ossida a anidride carbonica. Quindi gli atomi di carbonio comunque entri che sia parte di un lipide,
di uno zucchero all’interno della fase ossidativa viene poi ossidato al massimo delle sue possibilità
come anidride carbonica (massimo stato di ossidazione del carbonio). Durante la produzione di
energia e di ossidazione dei composti organici viene prodotta anidride carbonica che non esiste
come anidride carbonica in se altrimenti rischierebbe di formare delle piccole bollicine e quindi
una fase gassosa nel sangue che non è una condizione fisiologicamente produttiva. Quini nei
globuli rossi l’anidride carbonica viene idrata grazie all’azione dell’enzima anidrasi carbonica,
viene idratato generando il bicarbonato. Dei due idrogeni dell’acqua uno solo viene usato e l’altro
è l’H+ quindi si ha la produzione di H+ ovvero piccola variazione di PH, piccola perchè diminuisce
ma siamo sempre a PH fisiologico.
Il protone viene legato a delle catene laterali di gruppi ionizzabili che sono presenti nella forma T
quindi questi protoni si legano alla forma T e la stabilizzano questo fa si che il bicarbonato
arrivando ai tessuti dove la variazione e la concentrazione dell’ossigeno varia progressivamente
dal minimo dei tessuti al massimo nei polmoni. Nei polmoni la quantità di ossigeno è
estremamente elevata e quindi si lega alla forma R e spinge tutto l’equilibrio verso la forma R,
quindi T per convertirsi in R deve rilasciare il protone perchè si può legare solo alla forma T quindi
protone viene rilasciata e a livello dei polmoni abbiamo la reazione uguale e inversa di quella che
accade nei tessuti. Quindi il protone viene rilasciato e grazie all’ossigeno e l’idrogeno della
reazione inversa catalizzata anidrasi carbonica avremo di nuovo anidride carbonica, che è quella
che poi in forma di gas viene emessa attraverso la respirazione e si verifica di nuovo la perdita di
una molecola di acqua. Quindi il protone nell’ambito del torrente circolatorio il rilascio di protoni
si lega a T stabilizzano la forma T a bassa affinità per l’ossigeno perchè stando nei tessuti
l’ossigeno lo dobbiamo rilasciare. Quando abbiamo un elevata concentrazione di ossigeno la
forma T si converte in R che non ha coppie ioniche accessibili perchè tra la forma T e R si hanno
delle modifiche conformazionali che spostano le catene e le catene laterali degli amminoacidi
coinvolti nelle diverse eliche. Mentre nella forma T sono disponibili al protonazione, nella forma R
non sono più disponibili. Quindi è come se la forma T facesse anche da serbatoio perchè prende gli
H+ in una fase funzionale e li rilascia nella fase successiva, completando il ciclo di acquisizione e
rilascio di ossigeno.

Se guardiamo la questione del PH, in particolare le curve di saturazione dell’emoglobina a diversi

valori di PH.
L’effetto Bohr ha lo scopo di regolare il rilascio di O2 nei vari tessuti in base all’attività metabolica
dei tessuti stessi. Consideriamo ad esempio il muscolo che lavora e che ha finito la quantità di
ossigeno con cui lavorare in modo aerobico inizierà a formare acido lattico che dissociandosi porta
a una diminuzione di PH intorno a 7.2. a PH 7.2 la curva rispetto alla condizione a PH 7.4. 20 torr è
la pressione parziale nei tessuti quindi se si abbassa un pò il PH succede che a PH 7.4 la pressione
parziale fa si che la saturazione sia 0,3 circa, la curva a PH 7.2 la saturazione è piu bassa quindi per
una piccola variazione di PH dovuta a un grande lavoro muscolare che ha portato alla produzione

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di acido lattico e al rilascio di protoni che danno una variazione di PH, di fatto a parità di
concentrazione di ossigeno l’emoglobina è meno
saturata ovvero ha rilasciato un po' di ossigeno in
più (intorno al 10%) quindi è un controllo della
necessità di ossigeno in funzione all’attività
metabolica che quel determinato fascio
muscolare sta eseguendo. quindi l’affinità
dell’ossigeno per l’emoglobina aumenta con
l’aumentare del PH:
- Polmoni: la concentrazione di O2 elevata e
l’emoglobina rilascia H+ e lega o2
- Tessuti periferici: la concentrazione di O2
è bassa e l’emoglobina rilascia O2 e lega
H+.
Se il PH diminuisce gli ioni H+ si legano
all’emoglobina e hanno l’effetto di diminuire
l’affinità dell’emoglobina per l’O2, quindi anche una riduzione del PH causa un maggiore rilascio di
O2 nei tessuti metabolicamente attivi. Il legame di H+ e di CO2 all’emoglobina è inversamente
proporzionale al legame dell’ossigeno. Nelle condizioni di PH relativamente basso e di elevata
concentrazione di CO2 presenti nei tessuti periferici, l’affinità dell’emoglobina per l’ossigeno
diminuisce man mano che H+ e CO2 si legano e O2 e rilasciato nei tessuti. Al contrario, nei capillari
dei polmoni la CO2 viene eliminata e si ha un incremento del PH del sangue; l’affinità
dell’emoglobina per l’ossigeno aumenta e la proteina può collegare più ossigeno da trasportare ai
tessuti periferici. Questo effetto del PH e della concentrazione di CO2 sul legame sul rilascio
dell’ossigeno dell’emoglobina è detto appunto effetto Bohr.
2-3 BISFOSFOGLICERATO
L’interazione del 2,3-bifosfoglicerato (BPG) con le molecole di emoglobina regola ulteriormente la
funzione dell’emoglobina e fornisce un chiaro esempio di modulazione
allosterica eterotropica. Il BPG è presente in concentrazioni relativamente
elevate negli eritrociti. L’emoglobina purificata contiene una quantità
notevole di BPG che è difficile da rimuovere completamente. Il 2,3
bisfosfoglicerato riduce fortemente l’affinità dell’emoglobina per
l’ossigeno; c’è quindi una relazione inversa tra il legame dell’O2 e quello
del BPG. Il BPG si lega in un sito distante da quello dell’ossigeno e regola
affinità del legame dell’O2 all’emoglobina in relazione alla pO2 nei
polmoni. Il BPG svolge una funzione importante nell’adattamento
fisiologico alla bassa pO2 che si riscontra per esempio a quote elevate. A
livello del mare, in un soggetto sano il legame dell’ossigeno
all’emoglobina è regolato in
modo che l’O2 trasferito
tessuti sia circa il 40% della
quantità totale di gas che il
sangue può trasportare. Se una persona viene portata
rapidamente sulla montagna a 4500 m di altezza, dove
la pressione di ossigeno è molto più bassa, il
trasferimento di ossigeno ai tessuti si riduce. Alcune ore
più tardi la concentrazione di BPG nel sangue della
persona in questione comincia ad aumentare,

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generando una diminuzione dell’affinità dell’emoglobina per l’ossigeno. Questa variazione livelli di
BPG provoca solo un piccolo effetto sul legame dell’ossigeno a livello dei polmoni, ma ha un
effetto molto evidente sul rilascio dell’O2 a livello dei tessuti periferici.
ANEMIA E CELLULE FALCIFORMI
L’anemia delle cellule falciformi, è una malattia ereditaria dell’uomo, dimostra la grande
importanza della sequenza aminnoacidica nella determinazione delle strutture secondarie,
terziarie, quaternaria delle proteine globulari. Sono noti almeno 500
varianti genetiche dell’emoglobina umana, tutte molto rare a
eccezioni di qualche forma particolare. La maggior parte delle
varianti è costituita da molecole emoglobiniche che differiscono per
un solo residuo aminnoacidico. Ciascuna variante emoglobinica è il
prodotto di un gene alterato, chiamato allele. Poiché l’uomo
generalmente possiede due copie di ciascun gene, ogni soggetto può
avere due copie di un allele, oppure una copia di ciascuno dei due
alleli differenti. Questo tipo di anemia colpisce quei soggetti che
radicano l’allele dell’emoglobina a cellule falciforme da entrambi
genitori. Il numero degli eritrociti diminuisce e anche la loro forma
risulta alterata. Oltre a un numero più elevato di cellule immature, il
sangue di questi soggetti contiene eritrociti allungati, sottili, forma di
falce. Se l’emoglobina estratta dalle cellule falciforme (chiamata
emoglobina S) viene deossigenata, diventa insolubile e forma
polimeri che si aggregano in fibre tubulari. L’emoglobina normale
(emoglobina A) rimane invece insolubile anche dopo la
deossigenazione. Le fibre insolubili dell’emoglobina S deossigenata
causano la deformazione a falce degli eritrociti. La quantità di cellule
a forma di falce aumenta rapidamente man mano che il sangue viene
deossigenato. Le proprietà peculiari dell’emoglobina S sono il
risultato di una singola sostituzione aminnoacidica, un residuo di Val
al posto di visito di Glu in posizione 6 nelle due catene b.
Il gruppo R della valina non possiede cariche elettriche, mentre il
glutammato possiede una carica negativa a PH 7,4. Quindi l’emoglobina S ha due cariche negative
in meno rispetto all’emoglobina. La sostituzione di un residuo di glucosio del sito di Val crea un
punto di contatto idrofobico della posizione 6 della catena b che si trova sulla superficie esterna
della molecola. Queste zone appiccicose fanno sì che le molecole di deossiemoglobina S si
associno in modo anomalo l’uno con l’altra, formando aggregati di fibre allungati tipici della
malattia. L’anemia falciforme, colpisce gli individui omozigoti per l’allele dell’anemia a cellule
falciforme del gene che codifica la subunità beta dell’emoglobina. I soggetti portatori dell’allele
ricevuto da un solo genitore, cioè gli eterozigoti, vengono colpiti dalla forma blanda della malattia
chiamata tratto dell’anemia falciforme; solo l’1% dei loro eritrociti diventa falciforme durante la
deossigenazione. Questi soggetti conducono una vita perfettamente normale, ma devono evitare
sforzi muscolari violenti e altre condizioni di stress sul sistema circolatorio

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 I CARBOIDRATI
I carboidrati sono le molecole più abbondanti sulla terra, sono poliidrossi aldeidi o poliidrossi
chetoni (ovvero aldeidi e chetoni con diversi gruppi ossidrilici) o sostanze che per idrolisi
generano questi composti. Hanno funzione di: riserva energetica, combustibili, intermedi
metabolici, fungono da impalcatura del DNA e RNA, i polisaccaridi, in particolare sono elementi
strutturali nella parete cellulare di batteri e piante, costituiscono le glicoproteine e glicolipidi e
sono mediatori delle interazioni cellulari. I carboidrati possono essere suddivisi in tre classi
principali: i monosaccaridi, gli oligosaccaridi e i polisaccaridi.
MONOSACCARIDI
I carboidrati sono macromolecole costituite da unità monomeriche chiamate monosaccaridi. i
monosaccaridi sono i carboidrati più semplici e sono aldeidi o chetoni con due o più gruppi
ossidrilici, contengono da 3 a 9 atomi di carbonio. Il glucosio e il fruttosio, monosaccaridi a sei
atomi di carbonio, hanno cinque gruppi ossidrilici. Molti degli atomi di carbonio ai quali sono legati
i gruppi ossidrilici sono centri chirali che generano i molti stereoisomeri degli zuccheri che si
trovano in natura.

Lo scheletro dei monosaccaridi è costituito da una catena di atomi di carbonio non ramificata in
cui tutti gli atomi di carbonio sono uniti da legami singoli. Nella forma a catena aperta, uno degli
atomi di carbonio è legato con un doppio legame a un atomo di ossigeno, formando un gruppo
carbonilico; tutti gli altri atomi di carbonio invece hanno come sostituente un gruppo ossidrilico.
Se il gruppo carbonilico è a una delle estremità della catena carboniosa (cioè in un gruppo
aldeidico) il monosaccaride viene detto aldosio; se il gruppo carbonilico è in qualunque altra
posizione, cioè in un gruppo chetonico, il monosaccaride viene detto chetosio. I monosaccaridi più
semplici sono due zuccheri a tre atomi di carbonio, detti triosi: la gliceraldeide (un aldotriosio) e il
diidrossiacetone (un chetotriosio). I monosaccaridi con uno scheletro covalente a quattro, cinque,
sei e sette atomi di carbonio sono chiamati rispettivamente tetrosi, pentosi, esosi ed eptosi. Essi
possono essere aldeidi o chetoni, qualunque sia la lunghezza della catena carboniosa; infatti
avremo aldotetrosi e chetotetrosi, aldopentosi e chetopentosi e cosi via.

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STEREOCHIMICA, CENTRI ASSIMETRICI
Tutti i monosaccaridi eccetto il diidrossiacetone contengono uno o più atomi di carbonio
asimmetrici (chirali) e quindi sono presenti in natura in forme isomeriche otticamente attive.
L’aldosio più semplice, la gliceraldeide, contiene un centro chirale (l'atomo di carbonio nel centro
della molecola) e quindi ha due diversi isomeri ottici o enantiomeri. Una di queste due forme
viene indicata con la lettera D e l'altra con la lettera L. Per rappresentare la struttura
tridimensionale di uno zucchero su un piano, spesso si usano le formule proiettive di Fischer. Nelle
formule proiettive di Fischer, i legami orizzontali si proiettano verso il lettore al di fuori del piano,
mentre quelli verticali sono orientati verso il basso, allontanandosi dal lettore. In genere, una
molecola con n centri chirali può avere 2n stereoisomeri. Gli stereoisomeri dei monosaccaridi,
qualunque sia la lunghezza della loro catena, possono essere divisi in due gruppi che differiscono
per la configurazione intorno al centro chirale più lontano dal gruppo carbonilico. Quelli che a
livello di questo atomo di carbonio di riferimento hanno una configurazione identica a quella della
D-gliceraldeide vengono detti isomeri D, analogamente, quelli con configurazione identica a quella
della L—gliceraldeide sono gli isomeri L. In altre parole, quando il gruppo ossidrilico dell'atomo di
carbonio asimmetrico usato come riferimento è a destra lo zucchero è un isomero D; quando
l'ossidrile è sulla sinistra, siamo di fronte a un isomero L. La maggior parte degli esosi presenti
negli organismi viventi appartiene alla serie degli isomeri D.

Per i carboidrati che presentano più atomi di carbonio questi ultimi vengono numerati partendo
dall'estremità più vicina all'atomo di carbonio carbonilico. Gli ottoaldoesosi che differiscono per la
stereochimica a livello degli atomi di carbonio C-2, C-3 e C 4 hanno nomi specifici: D-glucosio, D-
galattosio, D-mannosio e cosi via.

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Fra questi di fondamentale importanza è il ribosio, il pentosio più importante per le nostre cellule,
esiste in due forme:

Quando due zuccheri differiscono soltanto nella configurazione intorno a un atomo di carbonio,
essi vengono detti epimeri. Il D-glucosio e il D-mannosio, che differiscono solo a livello della
stereochimica del C-2, sono epimeri, come il n-glucosio e il D-galattosio.

LE FORME CICLICHE
Finora abbiamo rappresentato le strutture di vari aldosi e chetosi sotto forma di catene aperte e
lineari. In soluzione acquosa, gli aldotetrosi e tutti gli altri monosaccaridi con cinque o più atomi di
carbonio assumono una forma ciclica (ad anello), in quanto il gruppo carbonilico forma un legame
covalente con l’atomo di ossigeno di un gruppo ossidrilico posto lungo la catena. La formazione di
queste strutture ad anello è il risultato di reazioni generali tra aldeidi o chetoni e alcoli, che
producono derivati chiamati emiacetali o emichetali. Si possono aggiungere a un atomo di
carbonio carbonilico due molecole di un alcol. Il prodotto della prima aggiunta è un emiacetale (se
il gruppo carbonilico è di un aldosio) o un
emichetale (se il gruppo carbonilico è di un
chetosio). Se il gruppo -OH e il gruppo carbonilico
sono presenti sulla stessa molecola, si forma un
anello a cinque o sei atomi (o membri). L’aggiunta
della seconda molecola di alcol produce l'acetale o
il chetale completo e il legame che si è formato
viene detto legame glicosidico. Nel caso in cui le
due molecole che reagiscono siano entrambe dei
monosaccaridi, l'acetale o il chetale che si forma è un disaccaride.

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Carboidrati quali il glucosio, il fruttosio ed il ribosio non esistono in soluzione in forma di catene
aperte, ma tendono a ciclizzare dando strutture ad anello più stabili. Dato che l’alcol si può
aggiungere in entrambi i modi, cioè attaccandosi all'atomo di carbonio carbonilico sia "davanti"
che "dietro’’, la reazione può produrre le due configurazioni stereoisomeriche che la molecola pub
assumere, di norma indicate con le lettere a e b. Per esempio, il D-glucosio in soluzione è in forma
di emiacetale intramolecolare, in cui il gruppo ossidrilico libero sul C-5 ha reagito con il C-1
aldeidico; nella reazione questo atomo di carbonio carbonilico diventa asimmetrico e genera le
due possibili forme stereoisomeriche a e b. Le forme isomeriche dei monosaccaridi che
differiscono soltanto per la configurazione intorno all'atomo di carbonio emiacetalico o
emichetalico sono dette anomeriche e l'atomo di carbonio carbonilico è detto atomo di carbonio
anomerico.

Gli anelli a sei membri sono chiamati piranosi. Anche i chetoesosi possono esistere sotto forma di
composti ciclici e formare anomeri a e b. In questi composti il gruppo ossidrilico sul C-5 (o sul C-6)
reagisce con il gruppo chetonico sul C-2, formano un anello furanosico.

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GLI ZUCCHERI COME AGENTI RIDUCENTI
I monosaccaridi possono essere ossidati da agenti ossidanti relativamente blandi, come lo ione
rameico (Cu2+). In queste reazioni il gruppo carbonilico viene ossidato a gruppo carbossilico. ll
glucosio e gli altri zuccheri in grado di ridurre lo ione rameico sono detti zuccheri riducenti. Questo
è il principio su cui si basa la reazione di Fehling.

CONFORMAZIONI
L’anello piranosico a sei membri non è esattamente planare, ma può assumere una delle due
conformazioni dette "a sedia". Le due conformozioni non sono facilmente interconvertibili senza
rottura dell'anello; per indurre l’nterconversione delle forme a sedia è necessario fornire 46kJ di
energia per mole. Un'altra conformazione, quella ‘’a barca’’, si osserva solo in derivati con
sostituenti molto voluminosi.

Rivedi slide 17-18 (lez 8)

MONOSACCARIDI MODIFICATI
Esiste un certo numero di derivati saccaridici in cui un gruppo ossidrilico del composto di origine è
stato rimpiazzato da un altro sostituente, oppure un atomo di carbonio viene ossidato a gruppo
carbossilico. Nella glucosammina, ad esempio, il gruppo ossidrilico sull'atomo di carbonio C-2 del
composto di origine è stato sostituito con un gruppo amminico. Il gruppo amminico si trova
solitamente condensato con l'acido acetico, come nella N-acetilglucosammina. L’ossidazione del
carbonio all'estremità della catena carboniosa (l'atomo C-6 del glucosio, galattosio o mannosio)
forma il corrispondente acido uronico: l'acido glucoronico. Gli acidi sialici appartengono invece a
una famiglia di zuccheri con uno scheletro a nove atomi di carbonio. Uno di essi, l'acido N-

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acetilneuramminico (a cui spesso ci si riferisce semplicemente come "acido sialico"), è un derivato
della N-acetilmannosammina presente in molte glicoproteine e glicolipidi localizzati sulla
superficie delle cellule degli animali, che genera siti di riconoscimento per le altre cellule o per
proteine extracellulari che legano i carboidrati.

OLIGOSACCARIDI
I disaccaridi (come il maltosio, il lattosio e il saccarosio) sono costituiti da due monosaccaridi uniti
da un legame O-glicosidico che si forma quando un gruppo ossidrilico di uno zucchero reagisce
con l'atomo di carbonio anomerico dell'altro zucchero. Questa reazione rappresenta la formazione
di un acetale da un emiacetale (il glucopiranosio) e da un alcol. Il composto cosi generato è
chiamato glicoside. Il legame N-glicosidico unisce il carbonio anomerico di uno zucchero con un
atomo di azoto nelle glicoproteine e nei nucleotidi. L'ossidazione di uno zucchero da parte di ioni
rameici (la reazione che identifica uno zucchero riducente) avviene solo con la forma lineare, che è
in equilibrio con la forma o le forme cicliche. Quando il carbonio anomerico è impegnato in un
legame glicosidico l'interconversione tra le forme cicliche e quelle lineari non può avvenire. Poiché
il carbonio carbonilico viene ossidato solamente quando lo zucchero è presente nella sua forma
lineare, la formazione di un legame glicosidico rende lo zucchero resistente all'ossidazione e quindi
non riducente.

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Il disaccaride maltosio contiene due residui di D-glucosio uniti da un legame glicosidico tra l’atomo
di carbonio C l (il carbonio anomerico) di un residuo di glucosio e il carbonio C4 dell'altro. Poiché
uno degli atomi di carbonio anomerici è
rimasto libero, il maltosio può essere ossidato
e si comporta da zucchero riducente. La
configurazione dell'atomo di carbonio
anomerico nel legame glicosidico tra i due
residui di D-glucosio è a.

Il disaccaride lattosio, la cui idrolisi produce D-

glucosio e D-galattosio, è presente nel latte. Il
carbonio anomerico del glucosio è accessibile
alle ossidazioni e quindi il lattosio è un
disaccaride riducente.

Il saccarosio (lo zucchero da tavola) è un

disaccaride composto da glucosio e fruttosio, a
differenza del maltosio e del lattosio, il
saccarosio non ha atomi di carbonio anomerici
liberi, gli atomi di carbonio anomerici di
entrambe le unità monomeriche sono coinvolti
nel legame glicosidico. Il saccarosio è quindi
uno zucchero non riducente e la sua stabilità nei confronti dell'ossidazione lo rende una molecola
adatta all'immagazzinamento e al trasporto dell'energia nelle piante.
POLISACCARIDI
La maggior parte dei carboidrati è presente in natura nella forma di polisaccaridi, polimeri con una
massa molecolare molto elevata (Mr > 20 000). I polisaccaridi, chiamati anche glicani, differiscono
tra loro per il tipo di unità monosaccaridica ricorrente, per la lunghezza della catena, per il tipo di
legame glicosidico che unisce le unità e per il grado di ramificazione.
Gli omopolisaccaridi contengono soltanto un tipo di unità monomerica; gli eteropolisaccaridi sono
formati da due o più tipi di unità monomeriche.

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Alcuni omopolisaccaridi sono utilizzati come riserva di unità monomeriche, che a loro volta sono
sostanze nutrienti; l’amido e il glicogeno sono esempi di questo tipo di omopolisaccaridi. Altri
omopolisaccaridi per esempio, la cellulosa sono invece elementi strutturali nelle pareti cellulari
delle piante e nell’esoscheletro degli animali.
I polisaccaridi di riserva più importanti sono l’amido nelle piante e il glicogeno negli animali,
l’amido e il glicogeno sono molecole fortemente idratate, in quanto i loro gruppi ossidrilici
formano legami idrogeno con l'acqua.
- L’AMIDO: contiene due polimeri del glucosio, l'amilosio e l'amilopectina. L’amilosio è
costituito da due lunghe catene non ramificate di residui di D-glucosio, uniti da legami
(a 1-> 4), anche le amilopectine hanno un elevato peso molecolare {fino a 200 milioni) ma,
a differenza dell'amilosio, sono altamente ramificate. Il legame glicosidico che unisce
residui successivi di glucosio nell'amilopectina è ( a 1-> 4). Le ramificazioni, che
intervengono ogni 24-30 residui, iniziano con legami (a 1->6).

- IL GLICOGENO: E’ un polimero formato da residui di glucosio legati. con legami (a1 -> 4)
con ramificazioni che originano da legami (a 1 -> 6). Il glicogeno è più ramificato (in media
ogni 8-12 residui) e più compatto dell'amido. Poiché ogni ramificazione della molecola di
glicogeno termina con un residuo non riducente, ogni molecola di glicogeno avrà n
ramificazioni e n+1 estremità non riducenti, ma una sola estremità riducente. Quando il
glicogeno viene utilizzato come riserva di energia, le unità di glucosio vengono rimosse una
alla volta dalle estremità non riducenti.

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 - CELLULOSA: come l’amilosio, la cellulosa è un omopolisaccaride lineare non ramificato,
contenente da 10000 a 15000 molecole di D-
glucosio. Nella cellulosa i residui di glucosio
hanno però una configurazione b mentre
nell’amilosio la configurazione è a. Questa
differenza strutturale conferisce all'amilosio e alla
cellulosa la proprietà di ripiegarsi in modo
differente nello spazio, fornendo loro
caratteristiche fisiche e strutture macroscopiche
molto differenti. Il glicogeno e l'amido ingeriti con
la dieta vengono idrolizzati dalle a-amilasi e dalle
glicosidasi, enzimi presenti nella saliva e
nell'intestino che scindono il legame glicosidico
tra i residui di glucosio. La maggior parte degli
animali tuttavia non può utilizzare la cellulosa
come combustibile alimentare, perché essi non
possiedono enzimi capaci di idrolizzare il legame.
STRUTTURA CELLULOSA E AMIDO
Il ripiegamento dei polisaccaridi in strutture tridimensionali obbedisce agli stessi principi che
governano la struttura dei polipeptidi: subunità con una struttura più o meno rigida determinata
da legami covalenti formano strutture macromolecolari tridimensionali stabilizzate da interazioni
deboli all'interno o tra le molecole: legami idrogeno e interazioni idrofobiche e di van der Waals.
Poiché i polisaccaridi possiedono molti gruppi ossidrilici, i legami idrogeno hanno una particolare
importanza nel determinare la loro struttura. Il glicogeno, l'amido e la cellulosa sono composti da
subunità piranosiche (con anelli a sei membri). Queste molecole possono essere rappresentate
come una serie di anelli piranosici rigidi, uniti da un atomo di ossigeno, che fa da ponte tra due
atomi di carbonio (legame glicosidico). In linea di principio c'è libera rotazione intorno ai legami C-
0 che legano due residui, la rotazione attorno a ciascun legame è limitata dall'ingombro sterico dei
sostituenti ingombro dell'anello piranosico e dei suoi sostituenti, e gli effetti elettronici del
carbonio anomerico, impongono limitazioni agli angoli quindi alcune conformazioni sono molto
più stabili di altre.
La struttura tridimensionale più stabile per le catene di amido e di glicogeno è quella di un'elica
fortemente avvolta, stabilizzata da legami idrogeno intracatena.
Per la cellulosa, la conformazione più stabile è quella nella quale ciascun residuo con struttura a
sedia è ruotato di 180° rispetto ai suoi vicini, dando luogo a una catena lunga e distesa. Tutti i
gruppi -OH sono disponibili per la formazione di legami idrogeno con catene vicine. Molte catene
si affiancano e si forma cosi una rete di legami idrogeno intra e intercatena, che produce fibre
sopramolecolari stabili allungate, ma molto resistenti alla tensione.

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GLICOPROTEINE
Unità polisaccaridiche o oligosaccaride (quindi catene di zuccheri (monosaccaridi) uguali o diversi)
possono essere legati fra di loro tramite amminoacidi particolari delle proteine. Le proteine
possono essere glicosilate, ovvero possono presentare delle catene oligosaccaridiche che sono
state generate da enzimi particolari però non tutte le catene laterali di amminoacidi possono
essere modificati per creare dei legami di tipo glicosidico, parliamo di O-glicosidico quando è
presenta l’ossigeno a ponte, N-glicosidico quando invece è presenta azoto.
N-GLICOSILAZIONI
Le catene che possono essere punto di legame sono ad esempio l’asparagina (Asp) che fa parte
degli amminoacidi con catena laterale polare ma non ionizzabile, e si deve trovare in strutture di
consenso, ovvero nella struttura primaria ci devono essere delle sequenze:
- Asp-X- serina
- Asp-X treonina
Dove X può essere qualsiasi amminoacido, quell’asparagina è il segnale di aggiunta di
oligosaccaridi. Ovviamente non tutte queste tipologie di sequenze vengono glicosilate, ma è una
condizione che permette in alcuni casi la glicosilazione. La catena laterale dell’asparagina con il
suo NH2 e con OH fa una reazione di condensazione, va via ossigeno e l’azoto resta a ponte e
quindi si parla di legame N-glicosidico, questa tipologia di modificazione avviene in particolare nel
Reticolo endoplasmatico e nel Golgi
O-GLICOSILAZIONI
Per le O-glicosilazioni vengono utilizzate le catene laterali della serina o della treonina che
presentano il gruppo OH. Il gruppo OH della serina reagisce con il gruppo OH presente sul C1, si
verifica una perdita della molecola di acqua e c’è l’ossigeno a fare da ponte. Qui non ci sono delle
regioni consenso verificate anche se ci sono degli enzimi capaci di verificare determinate regioni e
operare la glicosilazione. Questa glicosilazione avviene nel reticolo di golgi.
Quindi la differenza sta solo nell’atomo che resta a ponte fra la catena laterale dell’amminoacido e
il C1.

Parliamo di reticolo endoplasmatico ruvido, questo comporta che la catena in sintesi sui ribosomi
passa nel lume del reticolo dove viene modificata da enzimi che si trovano in quel compartimento,
dopo dal reticolo gemmano delle vescicole che si uniscono all’apparato di Golgi dove ci sono altri
enzimi che provvedono ad altre modificazioni della proteina che diventa matura e che viene
portata sulla membrana cellulare, si verifica fusione della vescicola con la membrana che porta
all’apertura all’esterno di proteine glicosilate che devono essere portare sull’ambiente esterno.

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Nel caso delle glicosilazioni viene inserito un nucleo pentasaccaridico, ovvero ci sono i primi 5
monosaccaridi che sono legati all’asparagina che sono sempre gli stessi in tutte le proteine che
presentano N-glicosilazione. Questo nucleo viene inserito appena la proteina esce dal ribosoma
all’interno del lume del reticolo.
Nel caso delle N-glicosilazioni si ha una certa regolarità che nelle O-glicosilazioni non è presente.

GLICOSILTRANSFERASI
Quando parliamo di glicosiltransferasi è importante sapere cos’è il UDP-glucosio: è un glucosio che
in posizione 1 ha un UDP ovvero un dinucleotide con base azotata pirimidina e due unità fosfato. il
legame è in grado di attivare la reattività del gruppo OH che diversamente non potrebbe essere
utilizzato per formare altri legami 1-4 glicosidici. Un’unità di glucosio può reagire all’estremità e
usando un suo complesso che è in grado di trasferirre questo zucchero a un composto X. Gli
enzimi che fanno questa reazione sono appunto le glicosiltransferasi.
Le glicosiltransferasi sono fondamentali per i gruppi sanguigni: 0,A,B.
Tutto si gestisce sulla questione dei carboidrati che sono legati sulla
superficie dei globuli rossi, le unità di zuccheri vengono aggiunti
appunto dalle glicosiltransferasi che prendono lo zucchero, lo
modificano aggiungendo UDP cosi da attivare l’elemento che lo lega
ad un altro elemento e fare la sintesi di oligonucleotide. Quindi la
differenza tra i gruppi è che il gruppo 0 non presenta gruppi in più, il
gruppo A presenta un elemento in più che non c’è nè in 0 che in B e
la stessa cosa vale per il gruppo B. Questi zuccheri portano alla
formazione di anticorpi rivolti verso qualcosa di estraneo, quindi ad
esempio se l’individuo di tipo 0 percepisce gruppo di tipo A rivelando
il gruppo non proprio lo considera come estraneo quindi quei globuli
rossi verranno distrutti.

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 I LIPIDI
I lipidi biologici costituiscono un gruppo di composti diversi, che hanno in comune la caratteristica
di essere insolubili in acqua. Le funzioni biologiche dei lipidi sono molto diverse, al pari delle loro
proprietà chimiche. I grassi e gli oli sono le principali forme di riserva di energia in molti organismi.
I fosfolipidi e gli steroli sono gli elementi strutturali principali delle membrane biologiche. Altri
lipidi, anche se presenti in quantità relativamente piccole, svolgono ruoli cruciali come cofattori
enzimatici. Le molecole lipidiche, sotto forma di doppi strati, sono componenti essenziali delle
membrane biologiche. Numerosi eventi di segnalazione intra e intercellulare coinvolgono
molecole di natura lipidica. I lipidi che contengono catene di idrocarburiche, come i grassi e gli oli,
fungono da riserva di riserva energetica dagli organismi viventi, sono composti derivati degli acidi
grassi. A loro volta gli acidi grassi sono derivati degli idrocarburi e hanno praticamente lo stesso
basso stato di ossidazione.
ACIDI GRASSI
Gli acidi grassi sono acidi carbossilici con una catena idrocarburica contenente da 4 a 36 atomi di
carbonio. In alcuni acidi grassi la catena è completamente satura (non contiene doppi legami) e
non è ramificata; in altri sono presenti uno o più doppi legami, quindi insaturi. (gli acidi grassi
saturi hanno due caratteristiche negative: tendono a depositarsi con più facilità sulle pareti delle
arterie e tendono ad innalzare il livello di colesterolo nel sangue.

Una nomenclatura semplificata per gli acidi grassi non ramificati specifica la lunghezza della catena
e il numero dei doppi legami, separati da due punti. Per esempio, l'acido palmitico, un acido
grasso saturo a 16 atomi di carbonio viene abbreviato con 16:0, mentre l'acido oleico, che ha 18
atomi di carbonio e un doppio legame, diventa 18:1. La posizione dei doppi legami viene
specificata con un esponente che segue il simbolo D. Gli acidi grassi più comuni sono quelli a
catena non ramificata con numero di atomi di carbonio pari, da 12 a 24. Nella maggior parte degli
acidi grassi monoinsaturi il doppio legame si trova tra gli atomi C-9 e C-10, mentre gli altri doppi
legami negli acidi grassi poliinsaturi si trovano in genere nelle posizioni C-12 e C-15. Gli acidi grassi
poliinsaturi sono acidi grassi con doppi legami che non sono quasi mai coniugati ma sono separati
da un gruppo metilenico. I doppi legami di quasi tutti gli acidi grasi presenti in natura sono nella
configurazione cìs. Gli acidi grassi trans sono prodotti dalla fermentazione nel rumine di animali da
latte e sono ottenuti dai prodotti del latte e dalla carne. La famiglia degli acidi grassi poliinsaturi
(PUFA), con un doppio legame tra il terzo e il quarto carbonio a partire dal carbonio del metile

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terminale della catena, ha una notevole importanza nella nutrizione umana. Poiché il ruolo
fisiologico dei PUFA è correlato già con la posizione del doppio legame piaù vicino alla
terminazione metilica della catena carboniosa, che non alla terminazione carbossilica, talvolta
viene utilizzata un’altra nomenclatura per questa classe di acidi grassi. Il carbonio del gruppo
metilico, cioè quello più lontano dal carbossile, viene chiamato w (omega), e gli si assegna il
numero 1. Secondo questa convenzione, i
PUFA con un doppio legame tra il carbonio
C3e C4 vengono chiamati acidi grassi omega
3 ( w 3) e quelli con un doppio legame tra il
C-6 e il C-7 acidi grassi omega 6 (w 6). Le
proprietà fisiche degli acidi grassi e dei
composti che li contengono sono molto
influenzate dalla lunghezza della catena
idrocarburica e dal numero di doppi legami
presenti nella molecola. Le catene
idrocarburiche non polari sono responsabili
della scarsa solubilità degli acidi grassi in
acqua. Quanto più lunga è la catena acilica e
quanto più è limitato il numero dei doppi legami, tanto più bassa è la sua solubilità in acqua. Il
gruppo carbossilico acido è polare (e ionizzato a pH neutro) e da questa proprietà dipende la
modesta solubilità in acqua degli acidi grassi a catena corta. I punti di fusione degli acidi grassi e
dei composti che li contengono sono fortemente influenzati dalla lunghezza e dal grado di
insaturazione della catena idrocarburica. A temperatura ambiente (25 °C), gli acidi grassi saturi da
12:0 a 24:0 hanno una consistenza cerosa, mentre gli acidi grassi insaturi con la stessa lunghezza
sono liquidi oleosa. Questa differenza nei punti di fusione è dovuta a un diverso grado di
impacchettamento delle molecole di acidi grassi. Nei composti completamente saturi, la rotazione
libera intorno a ogni legame
carbonio-carbonio conferisce alla
catena idrocarburica una grande
flessibilità; la conformazione più
stabile è quella completamente
estesa, in cui sono ridotte al minimo
le interferenze steriche tra atomi
vicini. Queste molecole si possono
impacchettare cosi strettamente da
costituire strutture quasi cristalline, i
cui atomi stabiliscono legami di Van
der Waals con quelli delle catene
vicine. Negli acidi grassi insaturi il
doppio legame cis produce un
ripiegamento nella catena
idrocarburica. Gli acidi grassi con
uno o più ripiegamenti non possono impacchettarsi cosi saldamente, come accade agli acidi grassi
saturi, per cui le loro interazioni con le altre molecole sano più deboli. Poiché è necessaria una
quantità inferiore di energia termica per disorganizzare una disposizione così poco ordinata di
acidi grassi insaturi, essi hanno punti di fusione più bassa di quelli degli acidi grassi saturi con una
catena di lunghezza analoga.

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TRIAGLICEROLI, I LIPIDI DI RISERVA
I lipidi più semplici costruiti a partire dagli acidi grassi sono i triacilgliceroli, chiamati anche
trigliceridi, grassi o grassi neutri. I triacilgliceroli sono composti da tre acidi grassi, legati con legami
estere ai gruppi ossidrilici di una molecola di glicerolo. Quelli che contengono lo stesso tipo di
acido grasso in tutte e tre le posizioni sono detti triacilgliceroli semplici e prendono il nome
dall'acido che contengono. Poiché i gruppi ossidrilici polari del glicerolo e i gruppi carbossilici
polari degli acidi grassi sono uniti con legame estere, i triacilgliceroli sono molecole non polari,
idrofobiche ed essenzialmente insolubili in acqua. I lipidi hanno una densità specifica minore di
quella dell'acqua, il che spiega come mai le miscele di acqua e olio siano composte da due fasi e
l’olio, con la densità specifica inferiore, galleggi sulla fase acquosa.

I LIPIDI DI MEMBRANA
La membrana cellulare è composta da lipidi, I lipidi di membrana sono anfipatici: un'estremità
della molecola è idrofobica e l'altra è idrofilica. Le interazioni idrofobiche tra molecola lipidica e
molecola lipidica e quelle idrofiliche tra molecole lipidiche e l'acqua determinano la disposizione di
queste strutture in foglietti, detti doppi strati di membrana. Le parti idrofiliche in questi composti
anfipatici possono essere costituite da un unico gruppo -OH posto a un’estremità del sistema ad
anelli degli steroli o da gruppi chimici molto più complessi.

I tre lipidi fondamentali che sono presenti nelle membrane cellulari sono:
- FOSFOGLICERIDI (fosfolipidi): sono i principali costituenti delle membrane biologiche. I
Fosfogliceridi, sono lipidi di membrana, in cui due acidi
grassi sono legati con legame estere al primo e al
secondo atomo di carbonio del glicerolo, mentre un
gruppo molto polare, o carico, è legato tramite un
legame fosfodiestere al terzo atomo di carbonio. Il
glicerolo è una molecola prochirale; non possiede
 atomi di carbonio asimmetrici, ma il legame di un fosfato a una estremità lo converte in
una molecola chirale. I glicerofosfolipidi prendono il nome dal composto precursore, l'acido
fosfatidico, a seconda della natura del gruppo
alcolico della testa polare. Per esempio, la
fosfatidilcolina e la fosfatidiletanolammina
contengono la colina e l'etanolammina come
teste polari. In tutti questi composti la testa
polare è unita al glicerolo tramite un legame
fosfodiestere, in cui il gruppo fosforico ha una
carica negativa a PH neutro. L'alcol può essere
carico negativamente neutro o carico
positivamente.Gli acidi grassi dei
glicerofosfolipidi possono variare
considerevolmente. In generale, i
glicerofosfolipidi contengono un acido grasso
saturo a 16 o a 18 atomi di carbonio in posizione C-1 e un acido insaturo a 18 o a 20 atomi
di carbonio in posizione C-2.
- SFINGOLIPIDI: Anche gli sfingolipidi, un'altra grande classe di lipidi di membrana, hanno
una testa polare e due code non polari ma, a
differenza dei glicerofosfolipidi, non contengono
glicerolo. Gli sfingolipidi sono composti da una
molecola di sfingosina, un amminoalcol a catena
lunga, da una molecola di acido grasso a catena
lunga e da una testa polare alcolica unita in alcuni
casi da un legame glicosidico, in altri da un ponte
fosfodiestere. Quando una molecola di acido grasso
si legame mediante un legame ammidico al gruppo
-NH2 sull'atomo C-2 della sfingosina, si forma un
ceramide. La ceramide è l'unità fondamentale
comune a tutti gli sfingolipidi.
- I GLICOSFINGOLIPIDI, localizzati in grande
abbondanza sulla superficie esterna delle
membrane plasmatiche, hanno una testa
polare costituita da uno o più zuccheri legati
direttamente al gruppo
-OH del C-1 del ceramide; essi non
contengono fosfato.

- COLESTEROLO: Gli steroli sono lipidi

strutturali presenti nella membrana di molte
cellule eucariotiche. La caratteristica strutturale
di questo gruppo di lipidi di membrana è il nucleo
steroideo costituito da quattro anelli fusi, tre a sei
atomi di carbonio e uno a cinque atomi. ll
colesterolo, il principale sterolo dei tessuti
animali, è anfipatico, con una testa polare e un
corpo idrocarburico non polare. Nella sua forma
estesa lungo come un acido grasso a 16 atomi di

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 carbonio. Oltre a essere costituenti delle membrane, gli steroli servono anche come
precursori di diversi prodotti con specifiche attività biologiche. Gli ormoni steroidei, per
esempio, sono potenti segnali biologici che regolano l'espressione genica. Gli acidi biliari
sono derivati polari del colesterolo e agiscono da detergenti. nell'intestino, emulsionando i
grassi della dieta per renderli più accessibili all'azione digestiva delle lipasi.
La maggior parte delle cellule degrada e sostituisce continuamente i suoi lipidi di membrana. La
degradazione avviene nei lisosomi, dove esistono enzimi idrolitici specifici per ogni tipo di legame.
Le fosfolipasi di tipo A rimuovono uno dei due acidi grassi, producendo un lisofosfolipide.
LE MEMBRANE BIOLOGICHE
Le membrane sono impermeabili alla maggior parte dei soluti carichi o polari, ma sono permeabili
ai composti non polari; si è arrivati alla formulazione del modello a mosaico fluido per la struttura
delle membrane biologiche. I fosfolipidi formano un doppio strato in cui le regioni non polari dei
lipidi sono disposte all'interno della struttura e le teste polari guardano invece verso l'esterno,
interagendo con la fase acquosa su entrambi i lati. Le proteine sono immerse in questo foglietto
lipidico a doppio strato a intervalli irregolari e sono mantenute nella posizione corretta da
interazioni idrofobiche tra i lipidi di membrana e i domini idrofobici delle proteine. Alcune
proteine sporgono solo da un lato o dall'altro della membrana; altre hanno domini e sposti su
entrambi i lati del foglietto lipidico. L'orientamento delle proteine nel doppio strato è asimmetrico,
e rende la membrana altrettanto asimmetrica; i domini di una proteina esposti su un lato della
membrana sono diversi da quelli esposti sull'altro lato, generando così un'asimmetria anche
funzionale. La fluidità del mosaico di membrana è data dal fatto che le interazioni tra i suoi
componenti sono non covalenti, e ogni singola molecola lipidica e proteica è libera di spostarsi
lateralmente nel piano della membrana. A seconda delle condizioni e della natura chimica dei
lipidi, quando in un ambiente acquoso sono dispersi lipidi anfipatici si possono formare tre tipi di
aggregati:
1. Le micelle sono strutture sferiche che contengono da una decina a qualche centinaio di
molecole. Queste molecole sono disposte con le regioni idrofobiche raggruppate
all'interno della sfera e quindi non a contatto con l'acqua, e con le teste polari idrofiliche
esposte sulla superficie, a contatto con l’acqua.
2. Doppio strato un secondo tipo di aggregato lipidico è il doppio strato, in cui due
monostrati (foglietti) formano un foglio bidimensionale.
3. Poiché il doppio strato ha comunque i margini esposti all'acqua questa struttura risulta
instabile e forma spontaneamente un terzo tipo di aggregato lipidico: si ripiega su se stessa
generando una sfera, detta vescicola o liposoma. Con la formazione della vescicola, il
doppio strato non ha più margini idrofobici esposti e acquista la massima stabilità in
ambiente acquoso. Queste vescicole a doppio strato lipidico possono inglobare acqua,
formando un compartimento interno acquoso, separato dall'ambiente circostante.

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PROTEINE DI MEMBRANA
Le proteine integrali di membrana sono strettamente associate al doppio strato lipidico e rimosse
solo mediante un trattamento con agenti che interferiscono con le interazioni idrofobiche, le
proteine periferiche di membrana si associano alla membrana tramite interazioni elettrostatiche e
legami idrogeno con i domini idrofilici delle proteine integrali e con le teste polari dei lipidi di
membrana. Esse possono essere staccate con trattamenti blandi. Le proteine anfitropiche si
trovano sia nel citosol che in associazione con le membrane. In alcuni casi la loro affinità per le
membrane è dovuta all'interazione non covalente con una proteina o un lipide di membrana,
mentre in altri casi è dovuta alla presenza di una o più molecole di lipidi legati alla proteina
anfitropica.

L’associazione molto forte delle proteine integrali con le membrane dipende da intrazioni
idrofobiche tra i lipidi di membrana e i domini
idrofobici delle proteine. Altre proteine di
membrana hanno diverse sequenze idrofobiche,
ognuna abbastanza lunga da attraversare il doppio
strato lipidico quando è nella conformazione ad a
elica. Una delle proteine più studiate fra quelle che
attraversano la membrana è la batteriorodopsina,
con sette sequenze interne molto idrofobiche che
attraversano sette volte il doppio strato lipidico. La
cristallografia a raggi x ha rivelato che la proteina
sette segmenti ad a elica uniti da ripiegamenti non
elicoidali sia sulla superficie esterna, sia su quella interna della membrana. Le sette eliche sono
raggruppate insieme e sono disposte quasi perpendicolarmente al piano del doppio strato,
generando un percorso transmembrana per il passaggio dei protoni. Non tutte le proteine integrali
di membrana sono composte da a eliche
transmembrana. Un altro motivo strutturale ricorrente
nelle proteine di membrana dei batteri è la struttura a
barile b, in cui 20 o più segmenti transmembrana si
dispongono in modo da formare i foglietti b che
rivestono un cilindro. Quando non vi sono molecole di
acqua per formare legami idrogeno con l’ossigeno
carbonilico o con l’azoto del legame peptidico, la
generazione di un numero massimo di legami di
idrogeno intracatena rende più stabile la

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conformazione assunta dalla proteina. Le porine, proteine che consentono ai soluti polari di
attraversare la membrana hanno molti barili b che rivestono il passaggio transmembrana, anche le
membrane esterne dei cloroplasti contengono una grande varietà di barili b. Nelle catene b delle
proteine transmembrana, un residuo ogni due nei segmenti che attraversano la membrana è
idrofobico e interagisce con il doppio strato
lipidico; all’interfaccia lipide-proteina molto
spesso sono presenti catene laterali
aromatiche. Gli altri residui possono essere o
non essere idrofilici. Nel foglietto b le catene
laterali sono esposte verso l’esterno in modo
alternato.Un altro sistema che adottano le
proteine per ancorarsi al doppio strato
lipidico sono le eliche di ancoraggio che si
espongono sui lati della membrana e generano proprio come se fosse un ancora per aggrapparsi.
Ancora un altro metodo è adottato da proteine, come la glicoforina (una proteina transmembrana
degli eritrociti), che presenta una sola a elica, e presenta un dominio amminoterminale sulla
superficie esterna dell'eritrocita e può essere staccato grazie all'azione della tripsina. Il suo
dominio carbossiterminale si estende all'interno della cellula, dove non può reagire con i reagenti
impermeabili. I domini amminoterminale e carbossiterminale contengono molti residui
amminoacidici polari o carichi e sono quindi relativamente idrofilici. Mentre centralmente
presenta un lungo segmento e contiene invece soltanto residui amminoacidici idrofobici,
indicando che la glicoforina ha un segmento organizzato che attaversa la membrana.

Le proteine si possono ancorare usando l’acido palmitico che può reagire con una cisteina interna
a una proteina formando un legame di tipo
tiostere (reagisce con SH) questo gancio si
infila nel doppio strato lipidico. Un altro
metodo è l’isoprene, unità a 5 termini, e si
forma un’unità a 15 atomi di carbonio detto
gruppo farnesilico che presenta un doppio
legame. Il legame che si forma è di tipo
tioetere.
TRASPORTO TRA LA MEMBRANA PLASMATICA
Ci sono alcune molecole che possono passare liberamente attraverso il doppio strato lipidico,
come l’acqua, e altre come Gli ioni K+ e Na+ attraversano la membrana 109 volte più lentamente
dell’acqua. Glicerolo e urea attraversano la membrana 104 volte più lentamente dell’acqua.
Le proteine di membrana costituiscono dei canali che facilitano il passaggio delle molecole. La
capacità di una molecola di attraversa une membrana è inversamente proporzionale alle sue
dimensioni e alla presenza di gruppi carichi.
Il transito di una molecola polare è un proesso che richiede energia perche un a molecola idrofilica
ed è immersa nell’ambiente acquoso per
passare attraverso la membrana senza una
porteina di membrana deve eliminare il suo
guscio di solvatazione, ovvero i legami
dell’acqua e questo genera un aumento
dell’energia. Successivamente passa dalla
membrana e dall’altro lato dovrà idratarsi,
questo porta a stabilizzare la molecola e
quindi diminuisce l’energia. Volendo
mettere a confronto due molecole, polari e
apolari, che attraversano la membrana
notiamo che l’energia è maggiore quando
la molecola che passa è un soluto
idrofobico. Quindi possiamo considerare
l’energia libera di gibbs come quell’ostacolo da superare per passare la membrana (non mediata
da un trasportatore). Se invece il trasporto è mediato da una proteina la molecola si libera
dell’acqua ma il trapsortatore conferisce una conformazione di legami tale da favorire il passaggio,
quindi l’energia di attivazione sarà più bassa. Perché il trasportatore stabilizza la forma che passa
fra le due membrane quindi il dislivello sarà minore. Si interrompono i legami con l’acqua ma si
formano altri che stabilizzano la molecola.

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La struttura a mosaico fluido prevede appunto che i lipidi siano libero di muoversi fra il doppio
strato lipidico: temperature fisiologiche la diffusione di una molecola lipidica da un lato a un altro
del doppio strato lipidico, detta "flip-flop’’ avviene molto lentamente e non in tutte le membrane
(spesso catalizzato da enzimi detti flippasi), mentre la diffusione laterale nel piano del doppio
strato è molto rapida. Il movimento attraverso il doppio strato richiede che una testa polare o
carica abbondoni il suo ambiente acquoso si sposti all'interno idrofobico della membrana, un
processo che ha una variazione di energia libera certamente molto positiva.

Come le proteine, dopo un certo numero di legami

una piccola variazione porta a una denaturazione
delle proteine ma qui si verifica perdita di strutture.
Alla bassa temperatura abbiamo lo stato solido, le
strutture sono tutte vicine, all’aumentare della
temperatura iniziano a rompersi dei legami fin
quando otteniamo lo stato liquido in cui abbiamo
perso le interazioni tra le catene. (denaturazione
della membrana).
Se siamo a una temperatura maggiore della
temperatura di fusione siamo a uno stato fluido (la
temperatura di fusione rappresenta il punto di
flesso della curva dove abbiamo 50% di uno staato e
il 50% dell’altro). I doppi legami cis aumentano la fluidità e diminuiscono la temperatura di fusione
perchè sarà più fluida questo tipo di membrana e quindi più facile da ‘distruggere’.
PARETE DEI BATTERI
I batteri si dividono in gram positivi e negativi, nei negativi ce uno strato composto da
monosaccaridi e proteine che costituisce il
peptidoglicano, una struttura rigida,
mentre quelli gram positivi uno strato
peptidoglicano molto più sottile e poi
presentano la parete cellulare. Principale
costituente della parte batterica in cui si
ha un’alternanza di N-acetilglucosammina

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e acido N-acetilmuramico si tratta di zuccheri legati da legami b 1-4, come la cellulosa, per formare
strutture rigide. La struttura generale del peptidoglicano è data da catene polimeriche tenute
insieme da legami crociati. La partciolarità della parete dei batteri è che sono presenti degli
amminoacidi della serie D.

MARIKA DE ROSA
 NUCLEOTIDI E ACIDI NUCLEICI
I nucleotidi svolgono un numero considerevole di funzioni a supporto del metabolismo cellulare. I
nucleotidi sono i costituenti degli acidi nucleici, gli acidi nucleici sono l’RNA (acido ribonucleico) e il
DNA (acido deossiribonucleico) quest’ ultimo è il depositario dell’informazione genetica, colui che
contiene il messaggio per costituire un organismo e l’informazione contenuta nel DNA viene
trasmessa attraverso l’RNA che contiene il messaggio per la sintesi di una proteina oppure
costituiranno RNA differenti che avranno ruoli diversi nel processo di biosintesi delle proteine.
Il DNA è l’acido deossiribonucleico mentre l’RNA è l’acido ribonucleico, sono molto simili ma
differiscono per un OH presente nella posizione 2 dell’acido ribonucleico, questo fa una grande
differenza dal punto di vista funzionale perché rende l’RNA più accessibile a fenomeni idrolitici e
quindi alla degradazione, se il DNA fosse cosi disponibile ai processi di degradazione
complicherebbe la vita di un organismo perché andrebbero perse delle informazioni genetiche.
Quello che viene definito dogma centrale è: DNA viene trascritto danno molecole di RNA fra cui
RNA messaggeri che fanno l’informazione per formare una proteina. Un segmento di DNA che
contiene le informazioni per la sintesi di una proteina o di un RNA viene detto gene.

Ci sono delle eccezioni come dei virus a RNA dove quest’ultimo può essere
retro trascritto dando sintesi di acido nucleico di DNA.
Gli acidi nucleici sono dei polimeri, i due acidi nucleici fondamentali sono
ribosio, con il gruppo OH e deossiribosio, senza gruppo OH. I polimeri sono
costituiti da sequenze, unita base che sono proprio i nucleotidi che
presentano: un’unità costituita dallo zucchero (ribosio o desossiribosio), da
una base azotata e gruppi fosforici con legami fosfodiesterici che legano uno
zucchero con un altro zucchero formando quindi una catena del DNA o RNA.
La sequenza amminoacidica di ogni proteina e la sequenza nucleotidica di ogni
molecola di RNA in una cellula sono specificate dalla sequenza nucleotidica del
DNA cellulare. Un segmento di DNA che contiene le informazioni necessarie
per la sintesi di un prodotto biologico funzionale, come una proteina o un
RNA, viene detto gene. Una cellula in genere ha molte migliaia di geni, e le
molecole di DNA tendono ovviamente a essere molto grandi.
I nucleotidi hanno tre componenti caratteristiche:
1. una base azotata (contenente
azoto);
2. un pentosio;
3. uno o più gruppi fosforici
La molecola senza gruppi fosforici è
detta nucleoside. Le basi azotate
sono derivate di due precursori, la
pirimidina e la purina. Le basi e i
pentosi dei comuni nucleotidi sono
composti eterociclici. La base di un
nucleoside è unita covalentemente
mediante l'atomo N-1 delle
pirimidine oppure l’atomo N-9 delle

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purine con il carbonio 1'del pentosio, formando un legame N-b-glicosidico, e il gruppo fosforico è
esterificato al carbonio in posizione 5'.

Sia il DNA che l'RNA contengono due basi puriniche principali, l'adenina (A) e la guanina (G), e due
basi pirimidiniche principali. Sia nell'RNA
che nel DNA una delle due basi
pirimidiniche è la citosina (C}, ma la
seconda non è la stessa: nel DNA è la
timina (T), nell'RNA è l'uracile (U). Negli
acidi nucleici sono presenti due tipi di
pentosio. Le unità
deossiribonucleotidiche ricorrenti nel
DNA contengono il 2'-deossi-D-ribosio,
mentre le unità ricorrenti nell'RNA
contengono il D-ribosio. Nei nucleotidi
ambedue i tipi di pentosio sono nella loro forma b furanosica. La struttura ad anello a cinque
termini non è planare, ma può assumere diverse conformazioni sfalsate, generalmente descritte
come "raggrinzimenti’’ dell'anello. Anche se il DNA e l RNA sembrano possedere due caratteri
distintivi, cioè la presenza di due diversi pentosi e dell’uracile nell' RNA e della timina nel DNA, in
realtà è il pentosio che caratterizza un acido nucleico. Se l’acido nucleico contiene il 2'-deossi-D-
ribosio, esso è per definizione un DNA, anche se nella sua sequenza talvolta è presente l'uracile.
Allo stesso modo, se l'acido nucleico contiene D-ribosio, esso è per definizione un RNA,
indipendentemente dalle sue basi.

CATENA POLINUCLEOTIDICA
I nucleotidi del DNA e dell RNA sono uniti tra loro in successione mediante "ponti" costituiti da
gruppi fosforici, in cui il gruppo fosforico in posizione 5' di un nucleotide è unito al gruppo
ossidrilico 3 ' del nucleotide successivo, formando un legame fosfodiestereo. Lo scheletro
covalente degli acidi nucleici è quindi costituito da un’alternanza di gruppi fosforici e di residui di

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pentosio, mentre le basi azotate caratteristiche di questi composti possono essere considerate
come gruppi laterali uniti allo scheletro a intervalli regolari. Si noti che gli scheletri covalenti del
DNA e dell'RNA sono idrofilici. I gruppi ossidrilici degli zuccheri formano legami idrogeno con
l'acqua. Tutti i legami fosfodiestere del DNA e dell'RNA hanno lo stesso orientamento lungo la
catena, conferendo a ciascun filamento una specifica polarità, ed estremità 3' e 5' distinte. Per
definizione, l'estremità 5' è quella priva di un nucleotide nella posizione 5', mentre l’estremità 3' è
quella priva di un nucleotide nella posizione 3'.

Però queste estremità possono avere altri gruppi (in genere uno o più gruppi fosforici).
L'orientamento da 5' a 3' del filamento dell'acido nucleico si riferisce alle sue estremità e non a
quelle dei singoli legami fosfodiesterei che uniscono i nucleotidi. Lo scheletro covalente del DNA e
dell'RNA può andare incontro a una lenta idrolisi non enzimatica dei legami fosfodiestere. In
provetta l'RNA, ma non il DNA, viene idrolizzato rapidamente in ambiente alcalino; ciò dipende
dalla presenza nel RNA del gruppo ossidrilico 2'
(assente nel DNA) che partecipa a questo
processo idrolitico. La sequenza nucleotidica degli
acidi nucleici può essere rappresentata
schematicamente al segmento di DNA formato da
cinque unità nucleotidiche. I gruppi fosforici sono
indicati con P e ogni deossiribosio è indicato da
una linea verticale, con l'atomo di carbonio in alto
e l'atomo di carbonio 5' in basso. (Bisogna però
ricordare che negli acidi nucleici lo zucchero ha sempre una configurazione ad anello 1 b
furanosico). Le linee trasversali che connettono due nucleotidi successivi partono dal centro di una
linea (il carbonio 3') del deossiribosio di un nucleotide e arrivano al vertice inferiore della linea
successiva. È possibile rappresentare il pentanucleotide sopra citato in modi più semplici, come
pA-C-G-T-AOH pApCpGpTpA, oppure pACGTA. La sequenza di un singolo filamento di acido
nucleico è sempre scritta con la sua estremità 5' a sinistra e con l'estremità 3' a destra, cioè nella
direzione 5' -> 3'.
PROPRIETA’ DELLE BASI DEI NUCLEOTIDI
Le basi puriniche e pirimidiniche libere, sono composti
leggermente basici, caratteristica da cui traggono il
nome. Quelle comunemente presenti nel DNA e
nell'RNA sono molecole aromatiche, una proprietà che
ha importanti conseguenze sulla struttura, la
distribuzione degli elettroni e l'assorbimento della luce
degli acidi nucleici. Le basi puriniche e pirimidiniche
possono essere in due o più forme tautomeriche, in funzione del pH del mezzo in cui si trovano.
Tutte le basi nucleotidiche assorbono la luce UV. Infatti una delle caratteristiche principali degli
acidi nucleici è quella di assorbire la
luce UV a 260 nm. Le basi puriniche
e pirimidiniche sono idrofobiche e
relativamente insolubili in acqua al
PH della cellula vicino alla
neutralità. A PH acido o alcalino le
basi diventano cariche e la loro
solubilità in acqua aumenta. Le
interazioni idrofobiche che si
originano con l'impilamento, in cui
due o più basi sovrappongono i loro
piani paralleli, costituiscono un
importante meccanismo di
interazione negli acidi nucleici.
L'impilamento è stabilizzato da una
combinazione di interazioni di van
der Waals e di interazioni dipolo-dipolo tra le basi. Questa organizzazione contribuisce a ridurre al
minimo il contatto delle basi con l'acqua. Le interazioni determinate dall'impilamento sono
fondamentali nella stabilizzazione della struttura degli acidi nucleici, come si vedrà in seguito. I
gruppi funzionali delle pirimidine e delle purine sono gli atomi di azoto, i gruppi carbonilici e i
gruppi amminici esociclici. I legami idrogeno che si instaurano tra i gruppi amminici e i gruppi
carbonllici rappresentano un sistema molto efficiente di interazione tra due (occasionalmente tre
o quattro) filamenti complementari di acidi nucleici. I tipi più comuni di legami idrogeno sono
quelli definiti Watson e Crick nel 1953, dove A si appaia specificamente con T (o con U), e G con C.
Queste coppie di basi predominano nel DNA e nell'RNA a doppia elica.

Il DNA è il materiale responsabile della trasmissione dei caratteri genetici. Le quattro basi dei
nucleotidi del DNA erano presenti in rapporti diversi nelle molecole di DNA di organismi diversi e
che la quantità di alcune basi era strettamente correlata a quella di altre. Questi risultati, ottenuti
dal DNA hanno portato a trarre le seguenti conclusioni.

1. La composizione in basi del DNA varia in genere da una specie all'altra.

2. Le molecole di DNA isolate da tessuti diversi della stessa specie hanno la stessa
composizione in basi.

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 3. La composizione in basi del DNA di una data specie non si modifica con l'età
dell'organismo, con lo stato nutrizionale o in seguito a variazioni nell’ambiente.
4. In tutte le molecole di DNA, indipendentemente dalla specie a cui appartengono, il numero
di residui di adenina è uguale al numero di residui di timidina (cioè, A =T) e il numero di
residui di guanosina è uguale al numero di residui di citosina (G = C). Da queste relazioni
deriva che la somma dei residui purinici è uguale alla somma dei residui pirimidinici cioè,
A+ G=T+C.

Le molecole di DNA erano elicoidali con due periodicità lungo il loro asse, una primaria di 3,4 A°
una secondaria di 34 A°. Il DNA è costituito da due catene elicoidali avvolte intorno a uno stesso
asse e forma una doppia elica destrorsa. Lo scheletro covalente idrofilico, composto da
un'alternanza di deossiribosio e gruppi fosforici, è all'esterno della doppia elica, in contatto con
l'ambiente circostante. L'anello furanosico di ogni residuo di deossiribosio è nella conformazione
C-2' endo. Le basi puriniche e pirimidiniche sono impilate all’interno della doppia elica, con le loro
strutture planari ad anello poste in posizione praticamente perpendicolare al lungo asse
longitudinale della molecola. La relazione spaziale che si crea tra le catene genera una scanalatura
{o solco) maggiore e una scanalatura minore sulla superficie della doppia elica. Ogni base
nucleotidica di una catena è appaiata sullo stesso piano con una base dell'altra catena. Si possono
formare tre legami idrogeno tra le basi G e C, e soltanto due tra le basi A e T. Questo è uno dei
motivi per cui è più difficile separare catene di DNA
con una quantità di maggiore di A T.

Watson e Crick dovettero decidere se le due catene

dell'elica erano parallele o antiparallele, cioè se i
loro legami 5',3'-fosfodiesterici correvano nella
stessa direzione o in direzioni opposte. Il modello
antiparallelo risultò più convincente dal punto di
vista scientifico. Due catene polinucleotidiche
antiparallele della doppia elica del DNA non hanno
sequenze di basi o composizione identiche. Esse
sono invece complementari l'una all'altra. Se in una
catena è presente un'adenina, nell'altra catena è
presente una timina; analogamente, se in una
catena vi è una guanina, nell’altra vi è una citosina.
La doppia elica del DNA, viene tenuta unita dai due
tipi di forze che abbiamo descritto prima: i legami
idrogeno tra coppie di basi complementari e le
interazioni tra le basi impilate. La complementarietà̀
tra le catene del DNA è dovuta principalmente alla
formazione dei legami idrogeno tra le coppie di basi.
Le interazioni tra le basi sovrapposte, per lo più non
specifiche rispetto all'identità chimica delle basi
impilate, rappresentano il contributo principale alla stabilità della doppia elica. Il DNA è una
molecola molto flessibile. I legami zucchero-fosfato dello scheletro consentono ampie rotazioni;
inoltre la fluttuazione termica può produrre piegamenti, stiramenti e disaccoppiamenti (fusione)
delle catene. Sono state riscontrate nel DNA cellulare molte significative deviazioni dalla struttura.

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Le variazioni strutturali del DNA vertono su tre punti: le differenti conformazioni possibili del
deossiribosio, la possibilità di rotazione intorno ai legami contigui che formano lo scheletro di
fosfodeossiribosio e la libera rotazione intorno al legame C-1'-N-glicosidico. A causa di
impedimenti sterici, le basi puriniche dei nucleotidi purinici possono assumere rispetto al
deossiribosio solo due conformazioni stabili, chiamate sin e anti {Figura 8.16b). Le pirimidine
invece si trovano di solito nella sola conformazione anti, a causa dell'interferenza sterica tra lo
zucchero e l'ossigeno in C-2 della
pirimidina. La struttura di Watson e
Crick viene anche denominata forma B
del DNA o DNA B. Questa è la forma più
stabile, mediante cristallografia sono
state caratterizzate altre due varianti: la
forma A e la forma Z. La forma A è
favorita in un mezzo relativamente
povero di acqua. ll DNA è ancora
formato da due catene destrorse, ma
l'elica è più ampia, e il numero di basi
per giro è 11, anziché 10,5 come nel
DNA B. Il piano delle coppie di basi del
DNA A è inclinato di circa 20°rispetto
all’asse dell'elica. Queste variazioni
strutturali rendono più profondo il solco
maggiore e meno profondo il solco
minore. La forma Z è radicalmente
diversa dalla forma B. La differenza più
notevole è la rotazione dell'elica in
senso sinistrorso. Vi sono 12 coppie di
basi per giro e la struttura appare più
sottile e allungata. Lo scheletro
covalente assume un andamento a zig
zag. Alcune sequenze nucleotidiche si avvolgono in eliche Z più facilmente di altre. Nei cromosomi
di maggiori dimensioni sono state trovate altre varianti strutturali che dipendono dalla sequenza.
Esse potrebbero in qualche modo influenzare la funzione e il metabolismo del DNA nelle
immediate vicinanze. Per esempio, a livello di una sequenza di quattro o più adenosine la struttura
del DNA forma un ripiegamento. Se in una catena vi sono sei adenosine in sequenza, I’angolo del
ripiegamento che si forma è di circa 18°. Un tipo abbastanza comune di sequenza nel DNA è il
palindromo, cioè una sequenza che si legge allo stesso modo sia da sinistra verso destra, sia da
destra verso sinistra. Un esempio di palindromo sono le parole, ANILINA e OSSESSO. Il termine
viene applicato a regioni del DNA con con ripetuti invertiti di una sequenza di basi che presenta
nelle due catene del DNA una simmetria binaria. Esse sono autocomplementari in ciascun
filamento di DNA; perciò possono formare strutture a forcina o a croce. Quando i ripetuti invertiti
si trovano in entrambi i filamenti del DNA, la sequenza è detta ripetuto speculare. Quando due
filamenti di RNA con perfetta complementarità di sequenza si appaiano, la struttura predominante
a doppio filamento è una doppia elica destrorsa nella forma A. I filamenti di RNA che sono
perfettamente appaia ti per lunghe regioni di sequenza sono, però, molto poco comuni. La forma
B non è mai stata osservata nell'RNA. Nelle eliche regolari di tipo A vi sono frequenti interruzioni
causate da errori nell'appaiamento delle basi o da basi non appaiate in una o entrambe le catene,
che portano alla formazione di protuberanze o anse interne. Le strutture a forma di forcina hanno

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origine tra sequenze autocomplementari vicine, presenti nella catena dell'RNA. La viscosità in
queste soluzioni diminuisce bruscamente,
indicando che il DNA ha subito una
trasformazione fisica. Il riscaldamento e il pH
estremo, cosi come provocano la
denaturazione delle proteine globulari,
causano anche la denaturazione o fusione
del DNA a doppia elica. La rottura dei legami
idrogeno tra le coppie di basi e l'alterazione
dell'impilamento delle basi provocano lo
srotolamento della doppia elica, formando
due eliche singole completamente separate
per tutta o per parte della loro lunghezza.
Quando la temperatura e il pH vengono
riportati a valori vicini a quelli fisiologici, i
segmenti srotolati delle due catene si
riavvolgono spontaneamente. Se le due
catene sono completamente separate, la
rinaturazione avviene in due tappe. Nella
prima, relativamente lenta, le due catene devono "cercarsi" l’un l'altra attraverso collisioni casuali,
in modo da formare un breve tratto a doppia elica. La seconda tappa è molto più rapida: le coppie
di basi rimaste non appaiate entrano facilmente in contatto fra loro e le due catene si riuniscono
da sole "'a cerniera", in una doppia elica completa. L'interazione stretta tra le basi impilate riduce
la quantità di luce UV assorbita da una soluzione di acido nucleico. Le soluzioni di DNA nativo,
isolato con estrema precauzione, sono a pH 7,0 e a temperatura ambiente altamente viscose. La
diminu-zione dell'assorbimento della luce è ancora più evidente quando le due catene
complementari sono appaiate. Questo fenomeno va sotto il nome di effetto ipocromico. La
denaturazione di un acido nucleico a doppia elica produce invece l'effetto opposto: un aumento
dell'assorbimento della luce, chiamato effetto ipercromico. Le molecole di DNA virale o batterico
in soluzione si denaturano, se riscaldate lentamente. Ogni specie di DNA ha una caratteristica
temperatura di denaturazione, detta punto di fusione. Il punto di fusione del DNA è tanto più
elevato quanto più alto è il suo contenuto in coppie di basi G=C. Questa proprietà dipende dal
fatto che le coppie G=C sono unite da tre legami idrogeno e quindi richiedono più energia per
dissociarsi rispetto alle coppie A T, unite solo da due legami idrogeno. Quindi una precisa
determinazione del punto di fusione di una molecola in specifiche condizioni di pH e di forza
ionica, fornisce una stima della sua composizione in basi.

MARIKA DE ROSA
 DUPLICAZIONE DNA
La replicazione del DNA è semiconservativa. Ciascuna delle catene del DNA serve da stampo per la
sintesi di una nuova catena, generando due nuove molecole di DNA, ognuna delle quali contiene
una catena neosintetizzata e una parentale. Questo processo è chiamato replicazione
semiconservativa. L’ipotesi della replicazione semiconservativa fu proposta da Watson e Crick e la
teoria fu in seguito dimostrata da ingegnosi esperimenti:
Meselson e Stahl coltivarono cellule di E. coli per molte generazioni in un terreno in cui l'unica
fonte di azoto conteneva 15N, l'isotopo "pesante" dell'azoto, invece del normale e più frequente
isotopo "leggero" 14N. II DNA isolato da queste cellule aveva una densità maggiore di circa l’1%
rispetto al normale DNA. Sebbene questa sia una differenza molto piccola, una miscela di [15N]
DNA pesante e di 14N DNA
leggero può essere separata
per mezzo della
centrifugazione all'equilibrio in
un gradiente di densità di
cloruro di cesio. Le cellule di E.
coli cresciute nel terreno
contenente 15N furono
trasferite in un nuovo terreno
contenente soltanto l'isotopo
14N, in cui furono lasciate
crescere fino a raddoppiare il
numero delle cellule. Il DNA
isolato da questa prima
generazione di cellule formava
una singola banda nel
gradiente di CsCl, indicando
che le molecole di DNA a
doppia elica delle cellule figlie erano ibridi contenenti una catena 14N nuova e una catena 15N
parentale. Questo risultato deponeva contro la replicazione conservativa, un’ipotesi alternativa in
cui una molecola di DNA figlia sarebbe formata da due catene neosintetizzate e l'altra conterrebbe
le due catene parentali; in questo caso non ci sarebbero state molecole ibride nell'esperimento di
Meselson-Stahl. L’ipotesi della replicazione semiconservativa fu ulteriormente rafforzata nella
seconda parte dell'esperimento. Le cellule vennero fatte dividere nuovamente in un terreno
contenente 14N. Il DNA prodotto durante questo secondo ciclo di replicazione risultò suddiviso
mediante un gradiente di densità in due bande una di densità uguale al DNA leggero a l’altra con la
stessa densità del DNA ibrido presente
dopo il primo ciclo di divisione cellulare.
DNA POLIMERASI
Con la purificazione e la
caratterizzazione della DNA polimerasi
di.E. coli, un enzima costituito da una
singola catena polipeptidica, ora
chiamato DNA polimerasi I. Studi
accurati sulla DNA polimerasi I hanno
rivelato le caratteristiche del processo di sintesi del DNA che si sono dimostrate comuni a tutte le
DNA polimerasi. La reazione fondamentale è il trasferimento di un gruppo fosforico. Il Nucleofilo è
il gruppo ossidrilico 3' del nucleotide presente all’estremità 3' della catena in fase di crescita. I
‘attacco nucleofilo avviene sul gruppo fosforico a del deossinucleoside 5'-trifosfato entrante. Nella
reazione si libera pirofosfato inorganico. (dNMP e dNTP sono rispettivamente il deossinucleo- side
5'-monofosfato e il deossinucleotide 5'-trifosfato). La catalisi operata praticamente da tutte le
DNApolimerasi coinvolge principalmente due ioni Mg2+ a livello del sito attivo. Uno di essi facilita
la deprotonazione del gruppo ossidrilico 3', rendendolo un nucleofilo molto più efficace. L’altro si
lega ai dNTP entranti e favorisce l'allontanamento del pirofosfato. Tutte le DNA polimerasi
necessitano di uno stampo. La
reazione di polimerizzazione viene
guidata da una catena stampo di DNA,
in corrispondenza di una guanina
presente nello stampo viene aggiunta
una citosina nella nuova catena, e cosi
via. In secondo luogo è necessaria una
molecola d'innesco o primer. Un
primer è un segmento di catena,
complementare alla catena stampo,
con un gruppo ossidrilico 3'libero a cui
poter legare i nucleotidi. L'estremità
3'del primer viene chiamata termine
del primer. In altre parole, parte della
nuova catena deve essere già al suo
posto; la polimerasi può soltanto
aggiungere nucleotidi a una catena pre-esistente. I primer sono oligonucleotidi composti da RNA
invece che da DNA e sono sintetizzati da particolari enzimi dove e quando sono necessari. ll sito
attivo della DNA polimerasi è costituito da due parti. Il nucleotide che sta entrando viene
inizialmente posizionato nel sito di inserzione. Una volta che il legame fosfodiestere si è formato,
la polimerasi scivola in avanti sulla molecola di DNA e la nuova coppia di basi viene posizionata nel
sito di post-inserzione. Questi elementi sono localizzati in una tasca che assomiglia al palmo di una
mano. Dopo l'aggiunta di un nucleotide alla catena di DNA nascente, la DNA polimerasi deve
dissociarsi o muoversi lungo lo stampo e aggiungere un altro nucleotide. L’associazione e la
dissociazione della polimerasi possono limitare la velocità complessiva della reazione: la velocità è
maggiore se la polimerasi aggiunge nucleotidi uno dopo l'altro senza dissociarsi dallo stampo. Il
numero medio di nucleotidi aggiunti prima che la polimerasi si dissoci determina la sua
processitività
.

MARIKA DE ROSA
Il processo di replicazione è molto accurato. La replicazione deve procedere con un grado elevato
di precisione. Durante la polimerizzazione, la distinzione tra nucleotidi corretti e sbagliati avviene
non solo in base ai legami idrogeno che determinano il corretto appaiamento tra basi
complementari, ma anche alla geometria delle coppie di basi A. La DNA polimerasi I ha un sito
attivo nel quale entrano solo coppie di basi con questa geometria. Un nucleotide sbagliato
potrebbe essere in grado di formare legami idrogeno con un'altra base nello stampo, ma in realtà
non può entrare nel sito attivo della DNA polimerasi, e quindi i nucleotidi sbagliati vengono
scartati prima ancora che si formi il legame fosfodiestere. Tuttavia, la precisione della reazione di
polimerizzazione di per sé non è sufficiente a spiegare l’alto grado di fedeltà della replicazione. Le
DNA polimerasi inseriscono un nucleotide sbagliato ogni 104-105 nucleotidi inseriti. Tali errori
talvolta si verificano in quanto i nucleotidi si presentano per breve tempo in una forma
tautomerica insolita, che permette la formazione di legami idrogeno con una base normalmente
non complementare. Tutte le DNA polimerasi possiedono anche un'attività esonucleasica 3'->5'
che serve a controllare ogni nucleotide dopo che è stato aggiunto. Questa attività nucleasica
permette all'enzima di
rimuovere un nucleotide
appena inserito ed è
altamente specifica per gli
appaiamenti sbagliati Se è
stato aggiunto un nucleotide
non corretto, viene inibita la
traslocazione della
polimerasi nella posizione in
cui dovrebbe aggiungere il
nucleotide
successivo.questa pausa
cinetica fornisce
l’opportunità per la
correzione.l’attività e i Saw
nucleare sica tre primo
cinque primo rimuove il
nucleotide sbagliato e la
polimerasi ricomincia la
reazione. Questa attività,
chiamata correzione delle bozze (Proof reading) non è semplicemente il contrario della reazione di
polimerizzazione, e in quanto non è coinvolto il pirofosfato.
La duplicazione avviene in modo diverso tra i due filamenti per via del fatto che la polimerizzazione
viene in direzione 5’-3’; quindi siccome sono anti parallele, la direzione principale di sintesi dovrebbe
andare nelle direzioni opposte.
In questa enorme molecola di DNA che deve essere duplicata la fusione che da luogo all'apertura
della struttura e quindi all’esposizione delle regioni che devono essere copiate è molto piccola. Solo
un certo numero di basi si formano, quelle che vengono chiamate bolle di replicazione e queste
scorrono lungo tutto la molecola accompagnate da tutto un set di enzimi, perché non è solo la
polimerasi, ma ci sono tanti altri enzimi quali elicasi, topoisomerasi che servono poiché si apre la
forcina che significa creare dei super avvolgimenti. Quello che si apre è una bolla di replicazione,
quindi una fusione in una regione piccola dove avviene la duplicazione. Da uno dei lati, supponendo
che la forcina di replicazione vada da sinistra a destra. Avviene che scorrendo si chiude da un lato e
si apre dall’altro. In questo caso è nella direzione 5’-3’ e si può continuare ad apporre nuovi

MARIKA DE ROSA
nucleotidi via via che la forcina si apre, ma se si è sull'altro non può andare così; perché via via che
si apre si troverà la sintesi direzione 3’-H, quindi avremo inserito un primer ma dopo si è scoperto
un'altra regione di DNA che avrà bisogno di un altro primer e di un altro innesco.

Questa è una autoradiografia, cioè è stato marcato con un risolto leggermente

radioattivo il cromosoma di E. coli circolare durante la fase di duplicazione e ne
è risultato questo, cioè dal punto dove inizia la duplicazione del materiale
genetico si formano due forcine di duplicazione che continuano fino al lato
opposto quando vengono rilasciate due molecole figlie.

Se si vuole vederlo schematizzato, al centro c’è il filamento di nuova sintesi e

via via che le forcine di pubblicazione si dirigono dall'uno e dall'altro lato si ha
la sintesi del nuovo frammento; non bisogna pensare che la molecola si
denaturi completamente. Sono proprio bolle di duplicazioni che scorrono
fondendo regioni specifiche, piccole in cui sta avvenendo la duplicazione, ma
anche la trascrizione dell’RNA.

Il nostro problema è questo, questa è la schematizzazione del DNA a doppio filamento parentale
(questo è uno dei disegni che più capiterà di fare a nell'ambito dell'esame perché per rappresentare
la duplicazione disegnerete una forcina di replicazione e farete vedere come avvengono e si
susseguono i diversi eventi).
In questo caso 5’-3’ perché sono antiparallele, questa è la forcina di replicazione. Ora che succede?
Nella direzione 5’-3’ può essere
continua, via via che si apre la
forcina vengono sintetizzati nuovi
nucleotidi e quindi si parla di catena
leader
Dall'altro lato invece che succede? Si
apre la forcina di replicazione, viene
apposto l’RNA primer, che funge da
innesco 3’-H e viene sintetizzato il
filamento. Accade che arriverai ad un punto in cui ci saranno tanti frammenti uno dietro l'altro.
Quando dal primer comincia la sintesi e quindi viene sintetizzato tutto, una volta arrivato in coda
all'altra struttura si ferma. La forcina di replicazione si apre ulteriormente, qui viene apposto un
nuovo RNA primer che è l'innesco e si forma un altro frammento di Okazaki.
Quindi il problema nei frammenti di Okazaki e che 1) si devono rimuovere i frammenti di RNA 2)
secondo si devono formare i legami fosfodiesteri per riunire tutti i frammenti; per questi motivi
viene chiamata catena ritardata o catena lenta.
Adesso ci sono tutta una serie di immagini che rappresentano queste cose.

MARIKA DE ROSA
Dopo il primo evento, poiché la catena lenta ha bisogno di un innesco del 3’-H, una volta che avete
fuso le due eliche non avete più questo innesco a meno che non venga sintetizzato da un qualche
enzima particolare che si chiama Primasi che è una
particolare polimerasi che sintetizza questo primo innesco.
Questo enzima è particolare rispetto al DNA polimerasi che
ha bisogno di legare nuovi nucleotidi ad ogni innesco, cioè un
frammento già costituito che in questo caso è di RNA, mentre
invece l’RNA polimerasi sintetizza “de novo” cioè aggiunge
nucleotidi e li lega mediante legame fosfodiestero senza
avere bisogno di questo innesco iniziale 3’-H. Una volta che si
è fusa la doppia elica del DNA quello che accade è che la
primasi si lega e sintetizza un corto tratto di pochi nucleotidi
di RNA. A questo punto è disponibile l'innesco 3’-OH e l'innesco 3’-H viene utilizzato dalla DNA
polimerasi per sintetizzare il frammento. Questo ovviamente avviene in successione, perché
l'innesco ha un suo 5’ ma se la forcella di replicazione resta scoperta un’altra regione a singolo
filamento che dovrà essere copiata; quindi, questo processo di apposizione di un nuovo RNA primer
e di un nuovo DNA sintetizzato come l'insieme dei frammenti di Okazaki sarà su una delle eliche,
quella ritardata, costituita quindi da una successione di questi blocchi.
DNA POLIMERASI 1 NEI PROCARIOTI
Attività esonucleasica 5’-3’ che serve nelle fasi di riparazione del DNA, quindi se ci sono stati dei
danni al DNA l'attività esonucleasica li rimuove però nella direzione della sintesi. Quindi, che cosa
può fare? Può rimuovere dei nucleotidi sono stati modificati chimicamente per esposizione a raggi
ultravioletti, per qualsiasi danno al DNA che può essere interposto (ovviamente entro certi limiti9 e
quindi può sostituire dei corti pezzi costituiti da basi che sono state in qualche modo modificare.
Interviene anche nella rimozione di
corti tratti di RNA.
Seguendo il filamento guida la forcella
si apre e quindi continua ad andare
dritto in quella direzione e mentre con
i frammenti di Okazaki quando si apre
viene apposto il corto RNA; però si
scopre un'altra regione, andate ancora
oltre e a monte il filamento sarà costituito da una serie di frammenti di Okazaki che dovete eliminare
sostituire. Anche in questo caso la polimerasi I ha un ruolo.
In blu il frammento di Okazaki perché indica la parte predominante che è quella del DNA. Quello in
verde, invece, è il singolo primer. Se si fa attenzione, si
nota che il frammento di Okazaki e a monte costituito dal
primer e a valle dal DNA che è stato neosintetizzato.
l'attività esonucleasica 5’-3’ si occupa anche della rimozione dei frammenti di Okazaki. Il primer di
RNA all'estremità 5’ di un frammento di Okazaki viene eliminato e sostituito mediante la sua attività
polimerasica 5’-3’, il legame covalente è infine ripristinato ad opera della DNA ligasi.
Attività esonucleasica 3’-5’ invece è opposta alla direzione di sintesi per rimuovere gli errori di
appaiamento delle basi appena avvenuti.

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 La DNA ligasi prevede un'interazione tra un !-amino gruppo
dell'enzima e uno dei fosfori di un dinucleotide (es: NAD+=
NMN+AMP).
Il doppietto di elettroni fa attacco nucleofilo al fosfato attandosi ad
AMP e liberando NMN.
Quindi un nlucleotide è andato su un gruppo enzimatico mediante
legame covalente andando a formare un aciladenilato.
Questo andrà sul substrato nei pressi del filamento di Okazaki la cui
estremità 5’-fosfato attacca gruppo fostato dell’aciladenilato
legando AMP. Grazie a questo legame ora il 5’-fosfato può ora
essere attaccato da 3’-OH liberando AMP in quanto il legame è
stato attivato dalla presenza di un buon gruppo uscente che rende
possibile l’attacco nucleofilo.
Lo stesso tipo di processo, ovviamente con una reattività diversa
ma con lo stesso prodotto finale può essere svolto a partire da ATP.

Piccolo riassunto delle funzioni e degli enzimi che sono coinvolti nella duplicazione del DNA, nel caso
di E. coli ci sono tre polimerasi fondamentali che hanno ruoli differenti anche se non completamente
distinti. Il grosso della duplicazione del DNA è operato da DNA polimerasi III.

C'è una grossa un'associazione di proteine che hanno

funzioni differenti ma che non sono separate, avviene
tutto contemporaneamente e velocemente, noi siamo
continuamente in duplicazione del materiale genetico e
trascrizione di RNA che servono per tutte le nostre
funzioni.
Di seguito abbiamo un riassunto di quelle che sono le
funzioni polimerasiche ed esonucleasiche delle
principali polimerasi.
Nel caso degli eucarioti ci sono altri tipi di polimerasi che
sono state identificate con le lettere dell'alfabeto greco, ma con ruoli che sono sostanzialmente
simili a quelli che abbiamo visto per E. coli, con un'ulteriore complessità strutturale da parte di

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proteine che hanno la capacità di regolare più finemente dei processi, perché gli organismi eucarioti
ovviamente sono più complessi; quindi, sono più regolati come espressione genica.

TRASCRIZIONE RNA
Il DNA viene trascritto per dare RNA che poi viene tradotto per la sintesi di proteine.
Vengono sintetizzati molti tipi di RNA che hanno ruoli differenti. I tre principali sono: l’mRNA
(messaggero) che contiene proprio il messaggio per sintetizzare una proteina, poi ci sono gli rRNA
(ribosomiale) che sono associati a proteine formando i ribosomi e il tRNA (transfer), cioè adibito
al trasferimento ed in grado di legare da un lato uno specifico amminoacido e dall'altro presenta
una tripletta di basi che rappresenta la “parola” che corrisponde ad uno specifico aminoacido,
quindi l'elemento che vi consente di passare da un codice a quattro lettere che è quello degli acidi
nucleici ad uno a venti rappresentato dagli aminoacidi. Anche questo caso RNA viene trascritto su
uno stampo di DNA con la formazione di una bolla di trascrizione del tutto simile a quella che si
può descrivere per il DNA e viene sintetizzato un nuovo RNA da parte di RNA polimerasi che
diversamente da DNA polimerasi non ha
bisogno dell'innesco 3’-H quindi una
volta formata la bolla della forcina di
replicazione quello che accade è che
avviene l'RNA polimerasi, così come lo
faceva la primasi, che è in grado di
apporre, sulla base della conformità
delle basi il primo nucleotide e da lì di
andare in sequenza trascrivendo l'intera
sequenza che viene definita gene il quale
può codificare una proteina; ci sono geni
che invece sono in realtà rRNA o altri tipi
e che quindi svolgono il loro ruolo in
quanto RNA ma non contengono il
messaggio per una proteina.

Le RNA polimerasi richiedono:

- Uno stampo che generalmente è
il DNA a doppia o singola elica
- Substrati NTP
- Mg2+ e Mn2+

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N.B. La direzione di sintesi è 5’-3’ e non serve l’innesco 3’-OH (primer).
L’RNA deve portare un messaggio quindi copiare una o l’altra delle due catene produrrà due
messaggi diversi. Il messaggio si legge dal 5’ al 3’ se letto al contrario ovviamente avrà un altro
significato. Nel caso della doppia elica di DNA una delle eliche rappresenta il messaggio in cui le
quattro basi, che costituiscono una sorta di alfabeto, devono costituire almeno 20 “parole” che
costituiscono 20 amminoacidi. In generale questo messaggio deve dire ad esempio “se trovi la
tripletta XYZ allora devi sintetizzare R”. Si vedrà poi che si arrivano a 64 parole, il codice genetico si
definiscono ridondante in quanto ci sono parole costituite dalle stesse triplette di basi che
codificano lo stesso amminoacido.
Il filamento codificante va sempre messo da 5’ a 3’, a questo punto può essere letto ossia si divide
in terne di basi ognuna delle quali rappresenta una parola che da l’istruzione.
Nel momento in cui parte la copiatura però non posso usare la catena codificante perché produrrei
il complementare che ha un altro messaggio. Copio la catena stampo che è il complementare della
catena codificante, così facendo creo il complementare del complementare ossia una copia identica
alla catena codificante.
P. S. le catene vengono anche chiamate antisenso (stampo) e senso (codificante)

Gli eucarioti presentano 3 RNA polimerasi:

- Pol I: sintesi di rRNA
- Pol II: sintesi della maggior parte di mRNA e alcuni RNA specializzati
- Pol III: sintesi di tRNA e piccoli RNA con funzioni speciali
PROMOTORI
La trascrizione inizia ai siti promotori che legano specificamente le RNA polimerasi.
Tutto quello che ce dietro il primo nucleotide
(+1) viene indicato come distanza negativa di
numero di basi.
Le zone arancioni sono dette regioni di consenso
e sono generalmente riconosciute da proteine
particolari, ed essendo essere ricche di A e T
corrispondo alla regione in cui avviene l’inizio
dell’apertura in quanto sono più deboli rispetto
a regioni ricche di GC. Queste zone non sono
costituite solo da AT ma presentano in numero variabile anche G e C, questo numero stabilisce una
modulazione dell’espressione genica.
TERMINATORI
Le zone di terminazione al contrario delle precedenti sono ricche di G e C.

Per i procarioti sono zone complementari ricche di G e C (stem and loop)

seguite da una sequenza di U che significa due soli ponti idrogeno che è
facilmente soggetta alla distorsione dovuta alla struttura particolarmente
stabile dello stelo composto da G e C, grazie a queste condizioni l’RNA si stacca
dallo stampo.

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Negli eucarioti invece l’RNA viene modificato dopo la sintesi.
Per proteggerlo vengono apposte delle code di poli(A) che ne aumentano
il tempo di vita per consentire un maggior numero di trascrizioni.
All’estremo 5’ invece si ha un “Cappuccio” costituito da una
7-metilguanosina (m7G) collegata mediante un insolito legame 5’-5’
trifosfato anch’essa con funzione di protezione.

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 IL CODICE GENETICO E LA SINTESI
PROTEICA
CODICE GENETICO
Il codice genetico è organizzato in codoni. il codone è una tripletta di nucleotidi che codifca uno
specifico amminoacido. Sono necessari almeno tre residui nucleotidici di DNA per codificare
ciascun amminoacido. Il codice a quattro lettere del DNA (A, T, G e C} a gruppi di due può dare
solo 42=16 combinazioni diverse, non sufficienti a codificare 20 amminoacidi. Sono necessarie
almeno 3 basi per codificare tutti gli amminoacidi infatti: 43=64 diverse combinazioni. Di queste 64
combinazioni 61 codificano per gli amminoacidi e 3 sono codoni di stop. Un codone codifica uno
specifico amminoacido. La traduzione avviene quando queste triplette di nucleotidi vengono lette
in successione senza sovrapposizioni. Un primo codone specifico della sequenza determina il
quadro di lettura in base al quale ogni tre residui nucleotidici inizia un nuovo codone. Non esiste
punteggiatura tra i codoni di due amminoacidi in successione. La sequenza amminoacidica di una
proteina è definita dalla sequenza lineare di codoni contigui costituiti da tre nucleotidi.
Alcuni codoni hanno funzioni specifiche:
- Il codone di inizio, AUG, è il segnale più comune di inizio delle catene polipeptidiche in
tutte le cellule, inoltre codifica i residui di Met posti all'interno dei polipeptidi.
- I codoni di terminazione (UAA, UAG e UGA), chiamati anche codoni di stop o codoni
nonsenso, normalmente segnalano la
fine della sintesi della catena
polipeptidica e in una sequenza casuale
di nucleotidi, in media un codone ogni
20 in ciascun quadro di lettura sarà un
codone di terminazione.
In generale, se un quadro di lettura non
presenta un codone di terminazione per più di
50 nucleotidi consecutivi, tale regione viene
chiamata quadro di lettura aperto. Una
caratteristica sorprendente del codice genetico
è che un amminoacido può essere specificato da
più di un codone, ma un codone codifica per un
solo amminoacido e in base a questa proprietà il
codice viene detto degenerato. Se ci sono
diverse triplette per ogni codone questi codoni
sodo detti sinonimi. Ad esempio il codone CUA
codifica solo per amminoacido Leucina, ma la
leucina è codificata da tre codoni diversi.
Questo, però, non significa che il codice è
impreciso. Infatti, anche se a un amminoacido
corrispondono più codoni, ciascun codone
specifica solo un amminoacido. Il codice
genetico è praticamente universale, con
l'interessante eccezione di poche variazioni nei
mitocondri, in alcuni batteri e in alcuni eucarioti
unicellulari; i codoni che corrispondono ai 20
amminoacidi sono identici in tutte le specie
esaminate finora.

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 - Nei procarioti il segnale di inizio della traduzione è la tripletta AUG più vicina alla Shine-
Dalgarno definita anche ribosome binding site (RBS) perché rappresenta il sito di legame
dell’mRNA al ribosoma (terminale 3' dell'rRNA 16S della subunità ribosomiale minore 30S).
La sequenza shine-dalgarno è la sequenza AGGAGG, sita fra i 3 e i 10 nucleotidi a monte del
codone di inizio della traduzione. La prima metionina che si forma (ovvero il primo
amminoacido che si forma della catena polipeptidica) è appunto quella più vicina alla
regione shine dalgarno. Se nel processo di duplicazione viene eliminata una base il codice
di lettura subisce uno shift perchè leggiamo la tripletta che in parte è dell’amminoacido
successivo, stiamo quindi generando una mutuazione.
- Negli eucarioti il segnale di inizio della traduzione è la tripletta AUG, più vicina all’estremità
5’

Nel Dna è importante fare la distinzione tra il filamento senso e il filamento antisenso. Il filamento
senso va dall’estremità 5’ a 3’, ed è quello che viene letto, mentre il suo complementare è il
filamento antisenso, che va nella direzione opposta, e che contiene le basi complementari.

La sintesi delle biomolecole polimeriche può essere suddivisa negli stadi di inizio, allungamento e
terminazione. Questi fondamentali sono di norma preceduti e seguiti da due ulteriori stadi:
l'attivazione dei precursori degli amminoacidi prima della sintesi e le modificazioni post-sintetiche
del polimero completato. I due occorrenti principali per effettuare la sintesi proteica sono: i
ribosomi e il tRNA (RNA transfer).
I RIBOSOMI
Il ribosoma è la sede in cui si verifica la sintesi proteica.
- I ribosomi batterici sono formati per circa il 65% da rRNA (RNA ribosomialee) e per il
restante 35% da proteine. Questi corpuscoli hanno un diametro di circa 18 nm e sono

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 composti da due subunità non uguali, con un coefficiente
di sedimentazione rispettivamente di 30S e di 50 S,
mentre quello del ribosoma completo è di 70S. Entrambe
le subunità contengono molte proteine ribosomiali e
almeno una grande molecola di rRNA. Le subunità
ribosomiali sono enormi molecole di RNA. Nella subunità
5OS, gli rRNA 5S e23 S formano il nucleo della struttura.
Le proteine sono elementi secondari del complesso che
"decorano" la sua superficie. Le due subunità ribosomiali
di forma irregolare si uniscono formando una fessura
attraverso cui passa l’mRNA (RNA messaggero), man
mano che il ribosoma si sposta durante la traduzione.
- I ribosomi delle cellule eucariotiche sono più grandi e più
complessi dei ribosomi batterici essi hanno un diametro
di circa 23 nm e un coefficiente di sedimentazione di
circa 80 S. Possiedono anch'essi due subunità che
variano di dimensione a seconda della specie, ma che
hanno coefficienti di sedimentazione medi di 60S e 40S. I
ribosomi eucariotici contengono complessivamente più
di 80 proteine diverse.
RNA TRANSFER, tRNA
I tRNA sono relativamente piccoli e sono costituiti da una singola elica di RNA ripiegata in modo da
formare una precisa struttura tridimensionale. I tRNA hanno da 73 a 93 residui nucleotidici Le
cellule contengono almeno un tipo di tRNA per ciascun amminoacido; sono necessari almeno 32
tRNA per riconoscere tutti i codoni degli amminoacidi differiscono per gli anticodoni e per
l’amminoacido a cui sono legati.
Nella struttura a tre dimensioni, un tRNA ha la forma di una L rovesciata.

Le due regioni del tRNA sono di importanza fondamentale

per la funzione di adattatore:
- Lo stelo (o braccio) accettore dell'amminoacido
trasporta uno specifico amminoacido, legato
mediante un legame estere tra il gruppo carbossilico
dell'amminoacido e il gruppo ossidrilico 2' o 3' del
residuo di adenosina all’ estremità 3' del tRNA.
- L’ansa o braccio dell’anticodone, riconosce il mRNA
grazie alla presenza dell’anticodone ovvero una
 sequenza di 3 amminoacidi che funzione da sito diriconoscimento del mRNA (è
complementare al codone)
Le altre due regioni principali sono:
- L’Ansa D o della diidrouridina,
che contiene l'inusuale nucleotide
diidrouridina (D),
- L'ansa TψC che contiene
ribotimidina (T) e pseudoridina
(ψ) che possiede un insolito
legame carbonio-carbonio tra la
base e il ribosio.
Le anse D e TψC contribuiscono alle
importanti interazioni che influenzano il
ripiegamento della molecola di tRNA;
inoltre l'ansa TψC interagisce con l'rRNA
della subunità maggiore.
LA SINTESI PROTEICA
La sintesi proteica avviene in 5 fasi:

• FASE 1: attivazione degli amminoacidi

La sintesi di un polipeptide con una sequenza definita necessita di due fondamentali requisiti
chimici; (1) il gruppo carbossilico di ciascun amminoacido deve essere attivato per facilitare la
formazione del legame peptidico; (2) deve essere stabilita una corrispondenza tra ciascun nuovo
amminoacido e l'informazione contenuta nell'mRNA che lo codifica. Entrambi questi requisiti
vengono ottenuti tramite l'attacco dell'amminoacido al tRNA nella prima fase della sintesi
proteica. L’ attacco del corretto amminoacido al corrispondente tRNA costituisce il punto cruciale.
Questa fase avviene nel citosol, non sui ribosomi. Ciascuno dei 20 amminoacidi è legato
covalentemente a uno specifico tRNA, utilizzando energia fornita dall'ATP ed enzimi attivatori

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Mg2+-dipendenti, chiamati amminoacil-tRNA sintetasi. Quando
sono attaccati ai loro amminoacidi i tRNA vengono definiti
‘’carichi’’. I 20 diversi amminoacidi vengono legati mediante
legame estere al loro tRNA a opera dell’amminoacil-tRNA
sintetasi. Ciascun enzima è specifico per un amminoacido e per
uno o più tRNA corrispondenti. Nella maggior parte degli
organismi esiste generalmente un'amminoacil-tRNA sintetasi per
ciascun amminoacido. Questi enzimi sono stati suddivisi in due
classi in base a differenze sostanziali presenti nella struttura
primaria e terziaria. La reazione catallizzata da un'amminoacil-
tRNA sintetasi è la seguente:

Nella tappa si forma un intermedio legato all’enzima,

l’amminoacil-adenilato. Nella seconda tappa il gruppo
amminoacilico viene trasferito dall’amminoacil-AMP legato
all’enzima tRNA corrispondente. Il risultante legame estere tra
l'amminoacido e il tRNA ha un'energia libera standard di idrolisi molto negativa. Il pirofosfato
inorganico liberato nella reazione di attivazione viene idrolizzato a fosfato dalla pirofosfatasi
inorganica. Pertanto, due legami fosforici ad alta energia vengono complessivamente utilizzati per
ciascuna molecola di amminoacido attivata, rendendo la reazione complessiva praticamente
irreversibile.

• FASE 2: inizio
L’ mRNA che contiene il codice del polipeptide da sintetizzare si lega alla subunità minore del
ribosoma e all'amminoacil-tRNA di inizio. A questo punto si lega la subunità ribosomiale maggiore
e si forma un complesso di inizio. L’amminoacil-tRNA di inizio si appaia al codone AUG dell'mRNA
che segna l’inizio della catena polipeptidica. (l’inizio avviene sempre con codone AUG quindi il

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tRNA di inizio presenterà sempre un anticodone complementare e di solito a questo tRNA è legato
l’amminoacido metionina).

I ribosomi batterici hanno tre siti che legano il tRNA:

1. il sito amminoacilico o sito A,

2. il sito peptidilico o sito P
3. il sito di uscita E.
I siti A e P legano gli amminoacil-tRNA, mentre il sito E si lega solo ai tRNA scarichi che hanno
svolto la loro funzione sul ribosoma. Sia la subunità 30S che la subunità 50S contribuiscono alle
caratteristiche dei siti A e P, mentre il sito E è in gran parte confinato sulla subunità 50S. Durante
la successiva fase di allungamento, tutti gli altri amminoacil-tRNA entranti si legano dapprima al
sito A, e solo successivamente ai siti P ed E. ll sito E è il sito dal quale escono i tRNA "scarichi"
durante l'allungamento.

• FASE 3: allungamento e formazione legami peptidici

La catena polipeptidica nascente si allunga per unione covalente di unità amminoacidiche
successive, ciascuna trasportata verso il ribosoma e correttamente posizionata dal rispettivo tRNA,
che si appaia al codone corrispondente sull’ RNA. L'allungamento viene coordinato da proteine
citosoliche chiamate fattori di allungamento. Il legame di ciascun amminoacil-tRNA e lo
scorrimento del ribosoma lungo l'mRNA sono facilitati dall'idrolisi di GTP per ogni residuo aggiunto
alla catena nascente. Questa fase può essere divisa a sua volta in 3 tappe:

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 1. Legame dell’amminoacil- tRNA entrante: Nella prima
tappa del ciclo di allungamento l'appropriato
amminoacil-tRNA entrante si lega al complesso proteico
che a sua volta lega GTP (energia). Il complesso
risultante si lega al sito A del ribosoma
2. Formazione del legame peptidico: A questo punto si
forma un legame peptidico tra due amminoacidi legati
ai loro tRNA nei siti A e P del ribosoma. Ciò avviene
attraverso il trasferimento del residuo di inizio N-
formilmetionina dal suo tRNA al gruppo amminico del secondo amminoacido, che ora si
trova nel sito A. Il gruppo a-amminico dell'amminoacido nel sito A agisce da nucleofilo,
spiazzando il tRNA nel sito P per formare il legame peptidico. Il tRNA ora "scarico"
(deacilato), rimane legato a l sito P. L’attività enzimatica che catalizza la formazione del
legame peptidico è stata chiamata peptidil trasferasi.

3. Traslocazione: Nella fase finale del processo di allungamento, la traslocazione, il ribosoma

si sposta per una lunghezza pari a un codone verso l'estremità 3 ' del mRNA. Questo
movimento a sua volta sposta l'anticodone che è ancora legato al secondo codone
dell'mRNA, dal sito A al sito P, e sposta il tRNA deacilato dal sito P al sito E, da dove il tRNA
viene rilasciato nel citosol. Il terzo codone dell'mRNA ora viene a trovarsi nel sito A e il
secondo nel sito P. Dopo la traslocazione il ribosoma, ora pronto per un altro ciclo di
allungamento che porta al legame del terzo residuo amminoacidico. La catena
polipeptidica resta sempre attaccata al tRNA dell’ultimo amminoacido che è stato inserito.
Mentre il legame estere tra il polipeptide e il tRNA viene scisso durante la formazione del
legame peptidico, il legame tra il polipeptide e l'informazione contenuta sull'mRNA rimane,
poiché ciascun amminoacido aggiunto è a sua volta attaccato al suo tRNA.

• FASE 4: Terminazione e riciclo del ribosoma.

Il completamento di una catena polipeptidica è segnalato da un codone di terminazione
nell'mRNA. La nuova catena polipeptidica è quindi rilasciata dal ribosoma, con l'aiuto di proteine
chiamate fattori di rilascio e il ribosoma è utilizzato per un altro ciclo di sintesi.

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 • FASE 5: Ripiegamento e modificazioni post-traduzionali:
Per acquisire la sua forma biologicamente attiva, il nuovo polipeptide deve ripiegarsi nella sua
conformazione tridimensionale. Prima o dopo il ripiegamento, il nuovo polipeptide può subire
modificazioni da parte degli enzimi, come la rimozione di uno o più amminoacidi, generalmente
dall'estremità amminoterminale.

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 GLI ENZIMI
Tutti gli enzimi sono proteine. La loro attività catalitica dipende dall'integrità della loro
conformazione proteica nativa. Alcuni enzimi non banno bisogno per la loro attività di altri gruppi
chimici se non di quelli delle catene laterali dei loro residui amminoacidici; altri invece hanno
bisogno di componenti chimici addizionali chiamati cofattori. Un cofattore può essere costituito
da uno o da più ioni inorganici, come Fe2+, Mg2+, Mn2+, oppure da complesse molecole
organiche o metallorganiche chiamati coenzimi. Sono dei catalizzatori biologici, hanno cioè il
potere di accelerare enormemente le reazioni chimiche tipiche dei processi vitali. Infatti gli enzimi
hanno molte caratteristiche in comune con tutti i catalizzatori inorganici:
- Non fanno avvenire reazioni che non siano termodinamicamente possibili; cioè l’aspetto
termodinamico rende possibile o meno la reazione enzimatica, se la reazione non è
termodinamicamente favorita a meno che non è accoppiata a questa reazione con una
reazione energeticamente favorita.
- Modificano la velocità della reazione ma non ne alterano l’equilibrio; sono infatti in grado,
tramite lo sviluppo di un meccanismo adeguato, di cambiare la costante cinetica delle
direzioni di una reazione
- Si ritrovano inalterati alla fine del processo di catalisi. I catalizzatori sono delle macchine
che operano una conversione subendo delle modifiche, sono delle molecole che respirano,
hanno una capacita di piccoli cambiamenti, possono modulare la loro attività però alla fine
il processo ritorno nella loro configurazione iniziale.
Nonostante ciò gli enzimi presentano delle differenze che li distinguono dai catalizzatori chimici:
- Sono straordinariamente efficienti; La velocità di una reazione catalizzata da un enzima
aumenta rispetto a quella della reazione non catalizzata (i catalizzatori riescono solo in
condizioni estreme e non con la stessa efficienza degli enzimi)
- Sono altamente specifici; il fatto che negli zuccheri sono centri chirali possiamo dire che
molti enzimi sono stereospecifici, e la loro capacità di adattamento è diversa in base alla
loro steriochimica perchè due enantiomeri avranno la configurazione dello spazio diversa,
riconoscono composti diversi ma sono in grado anche in caso di cambiare la distribuzione
dello spazio. Altri, anche se dotati di specificità meno stretta, agiscono solo su molecole
molto simili e lo fanno comunque con affinità e velocità diverse
- Sono modulabili; La velocità di una reazione enzimatica può essere regolata in maniera
fine e selettiva, sia in senso positivo che negativo, mediante l'interazione con altre
molecole, attivatori o inibitori.
Gli aspetti fondamentali degli enzimi sono dunque: l’elevato potere catalitico, (gli enzimi
accelerano le reazioni chimiche di parecchi ordini di grandezza, spesso di 1x106) la specificità (sono
specifici sia nel tipo di reazione catalizzata sia nella scelta dei propri reagenti, substrati) e la
regolazione, (l’attività degli enzimi è regolata da molteplici fattori: controllo della quantità di
enzima prodotto, interazione con specifici attivatori ed inibitori dell’attività enzimatica). Inoltre
essi giocano un ruolo fondamentale: nel metabolismo, controllando il flusso delle reazioni
chimiche, nelle attività regolatorie necessarie a soddisfare le necessità metaboliche contingenti
delle cellule.
NOMENCLATURA ENZIMI
Molti enzimi hanno nomi che derivano da quello del loro substrato o da una parola, o una frase,
che descrive la loro attività, a cui è stato aggiunto il suffisso "-asi'’. Quindi l'ureasi catalizza l'idrolisi
dell'urea e la DNA polimerasi catalizza la sintesi del DNA. Altri enzimi hanno il nome assegnato dai
loro scopritori in base a una data funzione, prima che fosse conosciuta la reazione specifica
catalizzata. Per esempio, un enzima conosciuto per il suo ruolo nella digestione dei cibi è stato
chiamato pepsina, dal greco pepsis, "digestione".

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Qualche volta lo stesso enzima ha due o più nomi, oppure due enzimi diversi hanno lo stesso
nome. A causa di queste ambiguità e per il numero sempre maggiore di nuovi enzimi che vengono
identificati, è stato adottato per convenzione internazionale un sistema di nomenclatura e di
classificazione degli enzimi.

Questo sistema divide gli enzimi in sei classi principali, ognuna suddivisa in sottoclassi in base al
tipo di reazione chimica catalizzata. Ogni enzima ha un numero di classificazione a quattro cifre e
un nome sistematico, che identifica la reazione catalizzata.

Per esempio:

Il suo numero di classificazione è 2.7.1.1; la prima cifra (2) indica il nome della classe (trasferasi); la
seconda cifra (7), la sottoclasse (fosfotrasferasi); la terza cifra (1), una fosfotrasferasi con un
gruppo ossidrilico come accettore; la quarta cifra (1), il D-glucosio come accettore del gruppo
fosforico. Quando il nome di un enzima diventa lungo o scomodo da usare, può essere sostituito
da un nome corrente, in questo caso "esochinasi". L’elenco completo, con la descrizione delle

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migliaia di enzimi noti, è conservato dal Nomenclature Committed of the International Union
IUBMB.
IL LAVORO DEGLI ENZIMI
La catalisi enzimatica delle reazioni è un processo essenziale per gli organismi viventi. Nelle
condizioni biologiche, le reazioni non catalizzate tendono a essere troppo lente; la maggior parte
delle molecole biologiche è abbastanza stabile a pH neutro, a temperatura ambiente e
nell'ambiente acquoso presente all'interno delle
cellule. Le reazioni necessarie per digerire le
sostanze nutrienti, per inviare segnali nervosi o
per contrarre un muscolo non avvengono a una
velocità sufficiente se non sono catalizzate. Un
enzima supera questi problemi generando un
ambiente specifico in cui una data reazione è
energeticamente favorita. Una caratteristica delle
reazioni catalizzate dagli enzimi è proprio quella di
avvenire all'interno dei confini di una tasca
dell'enzima chiamata sito attivo. Il sito attivo è
solco o cavità della proteina, con elevata
complementarità geometrica per la molecola che
vi si lega. La molecola che si lega al sito attivo e su
cui l'enzima agisce è detta substrato. La superfice
di un sito attivo è rivestita da residui
amminoacidici i cui gruppi funzionali costituenti
legano il substrato e catalizzano la reazione
chimica. Spesso il sito attivo ingloba un substrato,
sequestrandolo completamente dalla soluzione. La formazione del complesso enzima-substrato
(ES) è essenziale per la catalisi ed è anche il punto di partenza per l'elaborazione matematica che
definisce il comportamento cinetico delle reazioni catalizzate da enzimi e per la descrizione teorica
del metabolismo. La formazione del
complesso enzima substrato porta alla
stabilizzazione della molecola mediante
la formazione di una serie di legami, più
legami si formano più viene liberata
energia e quini il processo è favorito da
un punto di vista energetico. Nel sito
attivo ci sono anche degli ioni o
coenzimi, gli ioni possono partecipare al
processo o possono semplicemente
stabilizzare i gruppi. Il complesso enzima
substrato è stabilizzata da interazioni
stabili multiple, i siti attivi hanno catene
laterali dette amminoacidi catalitici
ovvero quelli che svolgono fisicamente il
meccanismo di reazione e la rendono
possibile. (gli aminoacidi possono essere
localizzati anche lontano nella catena polipeptidi dica questo perché le proteine alla capacità di
avvolgersi). Gli enzimi sono strutturalmente complementari al loro substrato, i due elementi si
adattano l'uno all'altro esattamente come una "chiave" alla sua "serratura". (MODELLO CHIAVE-

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SERRATURA) Quest'idea, cioè di un'interazione specifica
(esclusiva) mediata da superfici molecolari con forme
complementari, ha influenzato notevolmente lo sviluppo della
biochimica e rappresenta una spiegazione attendibile per molti
processi biochimici. Tuttavia, il modello chiave-substrato non è
esauriente perché non basta che la forma del substrato sia
identica a quella dell’enzima, è necessario che ciascun gruppo
del substrato corrisponda ad un residuo amminoacido che
genera delle reazioni favorevoli. Seguendo il modello chiave
serratura non riusciva infatti a spiegare la complementarietà (si
vede solo legame con un sito attivo perfettamente
complementare), ma il MODELLO DELL’ADATTAMEENTO
INDOTTO è quello
più vicino a quello
che veramente
accade. La complementarietà completa che si
stabilisce spesso si ha in seguito all’arrivo del substrato
e grazie alle varie interazioni che si formano in cui
appunto l’enzima genera un adattamento indotto,
quindi si modificano in base al substrato. In questo
modello l’enzima cambia conformazione in seguito al
legame del substrato. Il sito attivo assume una forma
complementare al substrato solo dopo il legame con il
substrato.

LA SPECIFICITA’ DEGLI ENZIMI

Gli enzimi presentano un elevata stabilità. La stessa energia di legame che favorisce la catalisi
determina anche la specifictà dell’enzima, cioè la capacità di discriminare tra il substrato e
molecole simili. In teoria sembra abbastanza facile distinguere il concetto di specificità da quello di
catalisi. Le cose sono invece molto più complicate a livello sperimentale, in quanto specificità e
catalisi derivano dallo stesso fenomeno. Se il sito attivo di un enzima possiede gruppi funzionali
disposti in modo da formare diverse interazioni ottimali con un dato substrato nello stato di
transizione, l’enzima non sarà in grado di interagire altrettanto bene con un’altra molecola. Se la
molecola ha invece un gruppo funzionale in più per cui l’enzima non ha una tasca di contenimento
essa verrà, con molta probabilità esclusa dal sito attivo. In conclusione, anche la specificità deriva
dalla formazione di una molteplicità di interazioni deboli tra l’enzima e la molecola del suo
substrato specifico.
possiamo distinguere:
- Specificità assoluta: l’enzima catalizza solo una reazione
- Specificità di gruppo: l’enzima agisce solo su molecole che hanno uno specifico gruppo
chimico
- Specificità di legame: l’enzima agisce solo su un particolare tipo di legame chimico senza
tenere conto del resto della molecola di Substrato
- Specificità stereochimica: l’enzima agisce solo su un particolare isomero sterico o ottico
ENZIMI E CATALIZZATORI
Per comprendere i meccanismi di catalisi dobbiamo prima essere in grado di distinguere tra
equilibrio chimico e velocità di reazione. La funzione di un catalizzatore è quella di aumentare la
velocita di una reazione. I catalizzatori non modificano però gli equilibri delle reazioni. (Si ricordi

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che una reazione è all'equilibro quando non vi sono cambiamenti netti nelle concentrazioni dei
reagenti o dei prodotti). Qualsiasi reazione, come

può essere descritta dal grafico della coordinata di reazione che analizza le variazioni energetiche
che avvengono nel corso della reazione.
L’energia viene espressa in termini di energia libera DG. Nel grafico della coordinata l’energia
libera di un sistema viene analizzata in funzione del procedere della reazione (la coordinata di
reazione). Il punto di partenza per la reazione in un senso o nel senso opposto è definito stato
basale e corrisponde al contributo di energia che era fornito al sistema da una molecola in
equilibrio tra S (substrato) e P (prodotto) dipende dalla
differenza tra i livelli di energia libera dei due composti
ai loro stati basali. Nel grafico l'energia libera dello stato
basale di P è minore di quella di S, quindi il DG della
reazione è negativo (la reazione è esoergonica) e
all’equilibrio c’è più P che S (l'equilibrio favorisce P).
Questo equilibrio non viene modificato da un
catalizzatore. Se un equilibrio è favorevole non significa
però che la velocità della conversione di S in P sia
elevata. La velocità di una reazione dipende da un
parametro completamente diverso. Tra S e P esiste una
barriera energetica che corrisponde all'energia libera
necessaria ad allineare i gruppi reagenti a formare
cariche transitorie instabili, a riorganizzare i legami e a produrre altre trasformazioni che servono
alla reazione per procedere in una delle due direzioni. Perché possa avvenire la reazione le
molecole devono superare questa barriera e quindi devono raggiungere un livello energetico più
elevato di quello basale. Al punto più alto della curva, la molecola ha la stessa probabilità di
decadere verso S o verso P (entrambe le vie sono in discesa). Questo punto viene chiamato stato
di transizione e non corrisponde a una specie chimica con una stabilità significativa, quindi non è
da confondere con un intermedio della reazione (come ES o EP). È più semplicemente un
momento molecolare transitorio in cui alcuni eventi come la rottura di un legame, la formazione di
un legame o la comparsa di una carica devono procedere fino a quel punto preciso in cui il
composto acquista la probabilità di diventare il prodotto o ritornare al substrato. (uno stato di
transizione non è un intermedio della reazione, è un arrangiamento molecolare intermedio tra la
struttura dei reagenti e quella dei prodotti, non è isolabile, la struttura può solo essere ipotizzata).
La differenza tra i livelli di energia dello stato di base e dello stato di transizione è detta energia di
attivazione (DG). La velocità di una reazione dipende da questa energia di attivazione; un’elevata
energia di attivazione corrisponde a una bassa velocità della reazione. (il valore di DG dipende
dall’energia dei prodotti (stato finale) e energia libera dei reagenti (stato iniziale) e non dal
meccanismo; il valore di DG non da informazioni sulla velocità della reazione).

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Le velocità delle reazioni possono essere aumentate alzando la temperatura (e/o la pressione),
incrementando quindi il numero di molecole che possono recuperare una quantità di energia
sufficiente a superare la barriera energetica. L’energia di attivazione può essere abbassata
aggiungendo un catalizzatore. Un catalizzatore aumenta di velocità della reazione abbassando
l'energia di attivazione. Gli enzimi non sfuggono alla regola fondamentale dei catalizzatori, e cioè
che essi non alterano gli equilibri delle reazioni a cui partecipano. Il suo ruolo è quello di
accelerare l'interconversione tra S e P. L’enzima non viene consumato durante questo processo e
l'equilibrio resta inalterato. La reazione raggiunge però l’equilibrio molto più rapidamente quando
è presente l’enzima, in quanto la velocità della reazione è molto superiore a quella normale.
VELOCITA’ DI REAZIONE
Gli equilibri delle reazioni sono strettamente correlati alla variazione di energia libera standard
della reazione stessa, DG; la velocità di una reazione è invece correlata all’energia di attivazione,
DG++. L’energia di attivazione è una barriera per la reazione biochimica, ma è fondamentale per la
vita. La stabilità delle molecole aumenta con l’aumentare della barriera di attivazione.
Senza questa barriera le molecole complesse tenderebbero a convertirsi spontaneamente in
forme molecolari più semplici. Gli enzimi hanno sviluppato la capacità di abbassare in modo
selettivo solo l’energia di attivazione delle reazioni necessarie per la sopravvivenza della cellula.
La descrizione di queste relazioni termodinamiche è essenziale per comprendere come lavorano
gli enzimi. Un equilibrio come S->P è descritto dalla sua costante di equilibrio Keq Nelle
condizioni standard usate per confrontare i processi biochimici, la costante di equilibrio è indicata
con K'eq:

Dalla termodinamica sappiamo che:

La costante di equilibrio è quindi direttamente proporzionale alla variazione complessiva di

energia libera standard della reazione. Un valore molto negativo di DG riflette un equilibrio
favorevole di reazione, ma non dà alcuna informazione sulla velocità a cui procede la reazione. La
velocità di una reazione dipende dalla concentrazione del reagente e da una costante di velocità,
di solito indicata con la lettera k. Per la reazione unimolecolare S -> P, la velocità della reazione V,
cioè la quantità di S che reagisce nell'unità di tempo, viene espressa dall'equazione della velocità:

V= k[S]

EQUILIBRIO CHIMICO E CINETICA CHIMICA

Abbiamo detto che gli enzimi non intervengono sull’equilibrio della reazione pero la velocizzano.
Se S è il substrato che viene convertito in P e K è la costante di equilibrio, ovvero il rapporto tra la
costante di P e concentrazione di S.

La reazione che con converte S in P è dato da K1 che non è una costante di equilibrio ma è la
costante di velocità che viene moltiplicata per il substrato. Questi dati sono importanti per la

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reazione di Micheles e Mendel). La velocita che converte S in P è data dalla moltiplicazione tra la
costante di velocita e la concentrazione di S in quel determinato istante.

Lo stesso ragionamento deve essere applicato per la reazione inversa dell’equilibrio ovvero che
converte P in S, dove quindi la velocità sarà pari al prodotto tra la costante di velocità (K-1) e la
concentrazione di P.

La costante di equilibrio è uguale al rapporto tra le due costanti cinetiche. Quindi quando diciamo
che un enzima non cambia la costante di equilibrio è proprio per questo rapporto.

Facciamo un esempio numerico.

Considerando due valori di costanti di velocità, quando l’enzima ancora non è presente, e
calcoliamo la costante di equilibrio: avremo come risultato 100. Questo è un equilibrio lento,
ovvero non catalizzato.

Con la comparsa dell’enzima i valori delle due costanti di velocità cambiano, ma il loro rapporto è
sempre 100:

In questo caso parliamo di equilibrio veloce, ovvero catalizzato.

L’enzima quindi aumenta le costanti di velocità, incide solo sulle velocità e in ugual modo nelle due
direzioni, quindi il valore della costante di equilibrio è sempre lo stesso.
Quindi possiamo dire che un catalizzatore trasforma un equilibrio lento in equilibrio veloce senza
alterare la Keq.

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Un catalizzatore si usa in quantità substechiometriche (quantità di enzima è minore rispetto al
substrato) rispetto a reagenti e prodotti (bastano poche molecole di catalizzatore a catalizzare
l’interconversione di molte molecole di reagenti e prodotti). Un catalizzatore è inalterato al
termine della reazione e interviene nella reazione ma la sua struttura chimica non cambia.
Volendo schematizzare due reazioni, catalizzata e non possiamo far riferimento al seguente
grafico:

Nella reazione non catalizzata lo stato di transizione si converte in prodotto. Invece nella reazione
catalizzata si ha una grande stabilizzazione dello stato di transizione per cui quest’ultimo, legato
all’enzima, ha un’energia più bassa dello stato di attivazione in assenza di catalizzatore.

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 CINETICA ENZIMATICA
Quando hanno sviluppato l’analisi matematica della cinetica enzimatica sono partiti da dati
sperimentali, quindi inizialmente verificheremo quali sono i dati sperimentali su cui hanno
sviluppato un metodo matematico.
Una relazione generale in cui A viene convertito in B viene rappresentata dal seguente grafico:

Sull’asse delle Y abbiamo la concentrazione di B in funzione del tempo che si trova sull’asse delle
X. Questo moto è uniforme descritto da una retta. La velocità si misura come quantità di prodotto
formato nell’unità di tempo:

Il segno negativo viene utilizzato perchè [A] diminuisce nel tempo, se invece vogliamo calcolare la
velocità di formazione del prodotto allora dobbiamo usare la seguente relazione:

Il segno è positivo perchè [B] viene formato nel tempo. La velocità è uguale a:

Osservando la formula della velocità possiamo notare che in realtà rappresenta proprio
l’equazione di una retta, quindi possiamo dire che la velocità è direttamente proporzionale sia a K
che alla concentrazione di [A]. quindi a parità di [A], maggiore è il valore della costante cinetica,
maggiore è la velocità di reazione.
Consideriamo ora delle reazioni di equilibrio dove da [A] si può arrivare a [B] ma da [B] si può
ritornare in [A]. Questa reazione è reversibile.

La velocità diretta ([A] in [B]) è uguale a:

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La velocita inversa ([B] in [A]) è uguale a:

All’equilibrio le due velocità sono uguali, non abbiamo variazioni delle concentrazioni perchè
siamo all’equilibrio appunto e quindi:

Queste relazioni considerate fin ad ora sono generiche e sono quello sui poi si baserà la teoria di
Michaelis-Menten, ora concentriamo queste reazioni sullo studio della catalisi enzimatica.
Un composto chimico, il substrato S dell’enzima, reagisce non libero in soluzione ma legato
all’enzima, nella reazione catalizzata dobbiamo aspettarci più elementi come il substrato con
l’enzima, si forma complesso enzima substrato che si converte nel complesso attivato che poi si
dissolve dando il complesso EP quindi enzima-prodotto, quest0ultimo si scioglie, il prodotto viene
liberato e enzima viene usato per un secondo ciclo.

Il primo dato sperimentale ottenuto è l’effetto di saturazione. Abbiamo 10 provette in cui

mettiamo la stessa quantità di enzima e poi, dalla prima alla decima aggiungiamo il substrato in
quantità crescenti. Se riportiamo in grafico la velocità di formazione del prodotto (che può essere
valutata mediante comparsa del substrato o scomparsa del prodotto), quando la concentrazione
del substrato è piccola abbiamo un aumento quasi lineare, quindi cambiano in modo
proporzionale. Aumentando la concentrazione del substrato e misurando la velocità di reazione
hanno verificato che la velocità continua ad aumentare ma non più in modo lineare e quando si
arriva ad alte concentrazioni di substrato la velocita
per grandi aumenti del substrato non ha un grande
aumento. Quindi raggiunge, oltre una certa
concentrazione di substrato, un valore massimo
oltre al quale noi non possiamo andare (velocita
massima Vmax). Questo effetto di saturazione si
verifica solo nelle reazioni catalizzate questo
perchè possiamo aggiungere altro substrato ma se
enzima è impegnato nella catalisi fin quando non si
è liberato non catalizzerà la reazione di nuovo.
Questo raggiungimento della velocità massima
indusse gli sperimentatori che ci potesse essere un
complesso enzima-substrato e che l’enzima fosse
una macchina che trasforma il substrato con una

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certa velocità. Ipotizzarono anche la presenza dello stato di transizione. La prima ipotesi fu che il
substrato si lega al sito attivo dell’enzima ma soprattutto che in realtà il substrato viene convertito
in una forma energeticamente più elevata che si chiama stato di transizione. Lo stato di
transizione è instabile ed è più affine alla forma del sito attivo, quindi stabilisce con il sito attivo il
maggior numero di interazioni rispetto al substrato che lo rende affine al sito attivo. l numero
delle interazioni tra il substrato e l’enzima è massimo solo quando il substrato si trova nello stato
di transizione. Le interazioni deboli diventano ottimali nello stato di transizione, i siti attivi non
sono complementari al substrato come tale, ma allo stato di transizione che il substrato deve
raggiungere per convertirsi nel prodotto.
VELOCITA’ V0
Data la reazione:

Tutte le curve hanno una fase inziale che è una retta, quindi hanno un accrescimento lineare,
successivamente il prodotto si forma sempre più lentamente fino ad arrivare ad un momento in
cui non ce più nulla molto probabilmente questo perchè è stato convertito tutto il prodotto.
La velocità iniziale V per ogni concentrazione di substrato viene determinata dalla pendenza
della curva all’inizio della reazione, cioè quando la reazione in direzione opposta è trascurabile.
Indichiamo con V0 la velocità iniziale della reazione. Se la velocità V0 è misurata in un tempo breve
la [S] si può considerare costante. La concentrazione del substrato modifica la velocità delle
reazioni catalizzate da enzimi, (questa velocita, a differenza della Vmax descrive La concentrazione
del prodotto in funzione del tempo). La velocità iniziale (V0) per ogni concentrazione del substrato
viene determinata dalla pendenza della curva all’inizio della reazione, e cioè quando la velocità
della reazione inversa è trascurabile. (calcolando le tangenti alla curva possiamo trovare la velocità
nell’istante).
Si osserva l’effetto di saturazione, all’inizio la velocita si modifica in modo lineare, (questo pezzo di
grafico lo ricaviamo con un certo numero di esperimenti ciascuno dei quali ha una quantità di
enzima costante e quantità crescenti di substrato):
- a basse concentrazioni di [S], V0 aumenta in modo lineare con l’aumentare di [S]
- a concentrazioni di [S] più
elevate, V0 aumenta in misura
sempre minore in funzione
dell’aumentare di [S]
- a concentrazioni di [S] molto
elevate l’aumento di V0 è
sempre minore e si avvicina alla
massima velocità definita Vmax
considerando l’asse delle velocità, prendendo il punto di mezzo ricaviamo la costante di Michaelis-
Menten, Km. La Km ci da una misura dell’affinità
del substrato con l’enzima. In qualsiasi istante E è
presente in due forme, E ed ES. ma se
- [S] è bassa allora E >> ES; V0 p
proporzionale a [S] (man mano che[S]
aumenta viene favorito ES).
- [S] alta: tutto l’enzima è nella forma ES e
[E] è trascurabile, in queste condizioni si
osserva Vmax: l’enzima è saturato con il
suo substrato e ulteriori aggiunte di S non
variano V0.
Quando ES si dissocia per formare P, E torna
libero e pronto ad iniziare un nuovo ciclo
catalitico. Si osserva una Cinetica di saturazione
effetto saturante del substrato, proprietà
caratteristica dei catalizzatori enzimatici.
TEORIA MICHAELIS-MENTEN
L’ipotesi centrale da cui parte la teoria è la formazione del complesso con l’enzima-substrato.

A partire da questa ipotesi centrale sono state generate altre ipotesi che hanno poi portato al
modello matematico della teoria:
1. Nella reazione si raggiunge lo stato stazionario. [ES] è costante nel tempo. La velocità di
formazione di ES è uguale alla velocità del suo consumo.
2. La reazione di formazione del complesso ES è veloce e reversibile

3. La reazione di formazione del prodotto è praticamente irreversibile ed è più lenta del

processo

Quindi la velocità della reazione complessiva è proporzionale alla concentrazione di ES.

Da ora in poi parliamo di questa transizione che è la reazione lenta. La velocità della relazione è
proporzionale alla concentrazione di ES. questo ci torna anche da un punto do vista logico perchè
abbiamo ipotizzato che più è grande la concentrazione di S, più si associa l’enzima, più è alta la
concentrazione enzima-substrato e più è alta la velocità.

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Come si esprime la velocità di V0 in funzione di parametri noti? I parametri noti sono: substrato,
enzima e valori delle costanti cinetiche. Per capire che tipo di espressione possiamo dare ad [ES]
utilizziamo l’ipotesi dello stato stazionario. Se la velocità dipende dalla concentrazione di [S] allo
stato stazionario allora la concentrazione di [ES] è costante.

La velocità di formazione sarà:

[EL] è l’enzima libero ovvero quello che non conosciamo. Quest’ultimo può essere espresso come
E totale meno quello che è complessato all’enzima.
La velocità di demolizione invece sarà:

Queste sono quindi le due espressioni delle velocità che allo stato stazionario sono uguali:

Ora risolviamo l’equazione per [ES] trovando l’espressione della [ES] in funzione di parametri noti.

Km sarà:

RISOLUZIONE DELL’EQUAZIONE:

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In conclusione l’equazione di Michaelis e Menten e quindi l’espressione di [ES] sarà:

Sostituiamo questa espressione di [ES] nell’equazione

L’equazione che ricaviamo è quindi:

La velocità massima (Vmax) si raggiunge quando tutti i siti catalitici sono saturati con il substrato.
Allora [ES] = [Et] quindi:

Sostituendo l’equazione 2 nella equazione 1 si ottiene:

IL SIGNIFICATO DI VMAX
È possibile dare un significato fisico ai parametri dell’equazione di Michaelis e Menten, infatti
nell’equazione:

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Abbiamo Vmax quando la concentrazione del substrato è maggiore rispetto alla concentrazione di
enzima, e quindi tende all’infinito:
(Km si trascura)

Kcat è uno dei parametri cinetici che caratterizza l’enzima, si chiama numero di turnover perchè ci
dice quante molecole d substrato vengono convertite nell’unità di tempo.

SIGNIFICATO DI Km
È una misura dell’affinità enzima-substrato ed è il valore di concentrazione a cui la velocità è
Vmax/2.

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L’equazione di M-M descrive il comportamento cinetico di tutti gli enzimi che presentano una
relazione di tipo iperbolico tra velocità iniziale e concentrazione del substrato.
Della Km è importante sapere:
- La regola KM = [S] quando V0 = 1⁄2 Vmax è valida per tutti gli enzimi che seguono la
cinetica di M-M
- I valori Vmax e KM sono funzioni tipiche di ogni enzima e possono servire per valutare e
confrontare l’efficienza catalitica di enzimi diversi
- KM può variare per substrati diversi dello stesso enzima
- KM viene in genere usata come indicazione dell’affinità di un enzima per il suo substrato.
Considerano nuovamente l’equazione M-M:
- A basse concentrazioni di [S] quest’ultima sarà più piccola di Km e V0 è direttamente
proporzionale a [S]

- A alte concentrazioni di [S] quest’ultima sarà più grande di Km e V0 è indipendente dalla

[S]

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Valori di Km:

NUMERO DI TURNOVER
La Kcat è la costante cinetica di velocità della reazione di dissociazione del complesso enzima-
substrato, si misura in sec-1, sono le moli di substrato convertite in unità di tempo.

I parametri Kcat e Km consentono anche di valutare l’efficienza catalitica degli enzimi.

Vi è un limite superiore al valore della Ks imposto dalla velocità di diffusione dei due reagenti nelle
soluzioni acquose. Il limite controllato dalla diffusione varia tra 108 e 109 M-1s-1. Molti enzimi
hanno valori di Kcat/Km in questo intervallo. Questi enzimi hanno raggiunto la perfezione
catalitica. Gli enzimi che mostrano una Ks pari a 108 e 109 M-1s-1 hanno raggiunto la perfezione

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cinetica, e la velocità di reazione è limitata solo dalla velocità con cui l’enzima ed il substrato si
incontrano.

Come si allestisce un esperimento?

[E]=costante.
Si stabilisce la concentrazione di [E] che consente di apprezzare la variazione della velocità in
funzione della concentrazione del substrato. Tale concentrazione resta costante in tutti i saggi
effettuati per determinare la curva iperbolica.
Si misura la velocità (Vo) della reazione a [S] crescenti. La velocità iniziale (Vo) per ogni
concentrazione del substrato viene determinata dalla pendenza della curva all’inizio della
reazione, e cioè quando la velocità della reazione inversa è trascurabile.

I valori della velocità iniziale (Vo) sono riportati in grafico in funzione della concentrazione del
substrato [S].

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V rappresenta un valore asintotico e non può essere determinato sperimentalmente con
max
sufficiente precisione. Di conseguenza non si possono determinare nemmeno Km e kcat.

Km e Vmax possono essere determinati sperimentalmente tramite un elaborazione della relazione

di M-M che porta ad una retta, che tramite le pendenze e le intercette ci consente di dare dei
punti definiti.
Utilizzeremo l’equazione dei doppi reciproci, che è uguale all’equazione di M-M ma appunto con i
rispettivi reciproci:

L’attività dell’enzima varia in funzione del PH, ponendo l’enzima in una soluzione a diversi valori di
PH possiamo disegnare la curva a campana riflette la ionizzazione di alcuni residui amminoacidici
che devono essere in un particolare stato di ionizzazione per l’attività catalitica

Questo succedo perchè il PH varia lo stato di protonazione degli amminoacidi che possono essere
deprotonati. Il sito attivo ha una serie di catene laterali di amminoacidi che possono subire
protonazione e deprotonazione in funzione del PH.
Se sono amminoacidi che intervengono nel legame con il substrato sarà la Km a subire una
maggiore differenza. Se sono amminoacidi che intervengono sul meccanismo catalitico la

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variazione della velocità dal peso che ha sulla Kcatalitica. Quindi avere un ottimo PH significa aver
ottimizzato sia il valore di Km (quindi interazioni del substrato) sia della Kcat

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 INIBIZIONE ENZIMATICA
Gli inibitori enzimatici sono molecole che interferiscono con la catalisi, rallentando o bloccando le
reazioni enzimatiche. Gli enzimi catalizzano la quasi totalità dei processi cellulari e quindi non
sorprende che gli inibitori enzimatici siano tra i più importanti farmaci conosciuti. Lo studio degli
inibitori enzimatici ha fornito anche molte informazioni sui meccanismi di azione degli enzimi e ha
contribuito a individuare alcune vie metaboliche. Esistono due tipi di inibizione enzimatica:
l'inibizione reversibile e l'inibizione irreversibile.
• INIBIZIONE REVERSIBILE:
Dell’inibizione reversibile possiamo fare un ulteriore distinzione: competitiva, incompetitiva e
mista:
- INIBIZIONE COMPETITIVA: Un inibitore
competitivo compete con il substrato per i
l sito attivo dell’enzima. Quando l’inibitore
occupa il sito attivo impedisce il legame
del substrato con l’enzima. Molti inibitori
competitivi sono strutturalmente simili al
substrato e si combinano con l’enzima
formando complessi EI, senza dar luogo
alla catalisi. Considerando la geometria
molecolare degli inibitori, possiamo individuare quali sono le parti del substrato che si
legano all'enzima. L’inibizione competitiva può essere analizzata quantitativamente per
mezzo della cinetica dello stato stazionario. In presenza di un inibitore competitivo
l'equazione di Michaelis-Menten diventa

La variabile determinata sperimentalmente aKm che corrisponde alla Km osservata in presenza

dell'inibitore, spesso viene chiamata "Km apparente". Poiché l'inibitore si lega reversibilmente
all'enzima, la competizione può essere superata semplicemente aumentando la concentrazione
del substrato. Quando il
valore di [S] è più elevato di
[I], la probabilità che una
molecola di inibitore si leghi
all'enzima diminuisce
sensibilmente, per cui la
reazione tenderà
normalmente a Vmax.
Quando la [S] a cui V0=1/2
Vmax il valore Km
apparente è aumentato in presenza dell'inibitore di un fattore pari ad a. Questo aumento della

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Km (apparente), insieme alla possibilità̀ di raggiungere ugualmente Vmax indica che l'inibizione è
di tipo competitivo.

Una terapia medica basata sull'inibizione competitiva a livello del sito attivo viene usata per
trattare pazienti che hanno ingerito metanolo, un solvente che si trova per esempio nel liquido
antigelo. L’enzima epatico alcol deidrogenasi converte il metanolo in formaldeide, che danneggia
molti tessuti. L’etanolo compete efficacemente con il metanolo, essendo un substrato alternativo
dell'alcol deidrogenasi. Il comportamento dell'etanolo è molto simile a quello di un inibitore
competitivo, con la differenza che l'etanolo è anche un substrato dell'alcol deidrogenasi e la sua
concentrazione diminuisce nel tempo, man mano che l'enzima lo converte in acetaldeide. La
terapia per l'avvelenamento da metanolo consiste quindi in una lenta infusione intravena di
etanolo a una velocità che mantiene controllatala concentrazione dell'etanolo nel sangue per
diverse ore. Il trattamento rallenta la formazione della formaldeide, prevenendo le possibili
conseguenze, mentre i reni eliminano il metanolo, che si accumulerà nell'urina.

Due altri tipi di inibizione reversibile, l’inibizione in-competitiva e l'inibizione mista, si osservano
praticamente solo con gli enzimi a due o più substrati, ma spesso vengono riferiti anche a enzimi
che catalizzano reazioni a un substrato.

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 - INIBIZIONE INCOMPETITIVA: L’inibitore incompetitivo si
lega a un sito distinto da quello del substrato e,
contrariamente all'inibitore competitivo, solo al
complesso ES.
In presenza di un inibitore incompetitivo l'equazione di
Michaelis-Menten diventa:

A elevate concentrazioni di substrato V0 si avvicina a Vmax/ a’. Quindi l’inibitore incompetitivo

diminuisce la Vmax. Anche la Km apparente ha un valore
più basso di quello normale, perchè la [S] necessaria per
raggiungere la metà della Vmax diminuisce del fattore a’.
L’inibitore si lega solo al complesso ES. Quindi Vmax non
può mai essere raggiunta, anche a concentrazioni elevate di
substrato. Il valore apparente di KM diminuisce al crescere
della concentrazione di inibitore.

- INIBIZIONE MISTA O NON COMPETITIVA: Un inibitore misto si lega a un sito diverso dal sito
attivo, ma può legarsi sia a E sia a ES. l’equazione che descrive l’inibizione mista è:

dove a e a’ sono definiti come sopra. Un inibitore misto in genere modifica i valori di Km e di
Vmax. Nel caso sperimentale piuttosto raro in cui a e a’ siano uguali, questa inibizione viene

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 definita non competitiva. L’inibitore non competitivo riduce il valore di Vmax ma non quello di
Km.

Il grafico dei doppi reciproci è un sistema molto semplice per determinare se l'inibizione di un
enzima è di tipo competitivo, incompetitivo o misto.
Bisogna eseguire due serie di dosaggi in cui viene mantenuta costante la concentrazione
dell'enzima. Nella prima serie viene tenuta costante anche la [S], e viene variata invece la
concentrazione dell'inibitore, misurando quindi l'effetto di concentrazioni crescenti della sulla
velocità iniziale V0. Nella seconda serie, viene mantenuta costante e viene variata la [S]. Viene poi
posto in grafico il valore di 1/V0 in funzione di 1/[S]. La Figura 1 mostra un grafico dei doppi
reciproci con tre rette ottenute da tre serie di esperimenti, effettuate una in assenza di inibitore e
le altre due con concentrazioni diverse di un inibitore competitivo. Aumentando la [I] otteniamo
quindi una famiglia dirette che intercettano tutte l'asse 1/V0 nello stesso punto, ma che hanno
pendenze diverse. Poiché l'intercetta sull'asse 1/V0 corrisponde a 1/Vmax, possiamo osservare
che la Vmax non viene alterata da un inibitore competitivo. Quindi, per quanto sia alta la
concentrazione di I, vi è sempre una concentrazione di substrato sufficientemente elevata da
impedire all’inibitore di legarsi al sito attivo dell'enzima. Nell'inibizione incompetitiva e in quella
mista questa analisi cinetica genera le famiglie dirette mostrate nelle Figure 2 e 3. Le modificazioni
sulle intercette sugli assi cartesiani indicano variazioni nei valori di Vmax e di Km.

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 • INIBIZIONE IRREVERSIBILE:
Gli inibitori irreversibili si legano covalentemente, eliminando cosi gruppi funzionali essenziali
all'attività degli enzimi, o formano associazioni non covalenti particolarmente stabili. La
formazione di un legame covalente tra un inibitore irreversibile e l'enzima è una condizione
abbastanza comune. Gli inibitori irreversibili sono anche un mezzo molto utile per caratterizzare i
meccanismi di reazione. Una speciale classe di inibitori irreversibili è costituita dagli inattivatori
suicidi. Questi composti sono relativamente stabili fino a che non si legano al sito attivo di uno
specifico enzima. Un inattivatore suicida va incontro ad alcuni passaggi chimici che fanno parte del
normale meccanismo di reazione dell'enzima, ma invece di essere trasformato nel normale
prodotto l'inattivatore viene convertito in un composto molto reattivo che si combina
irreversibilmente con l'enzima. Alcuni di questi composti sono anche detti inattivaotori basati sul
meccanismo di reazione, perché essi indirizzano il normale meccanismo di reazione dell'enzima
verso l'inattivazione. Gli inattivatori suicidi hanno un ruolo importante nella progettazione
razionale dei farmaci, un approccio moderno che serve a ottenere nuovi farmaci basandosi sulla
conoscenza dei meccanismi di reazione degli enzimi. Un inibitore irreversibile non ha bisogno di
legarsi covalentemente all'enzima. Il legame non covalente è sufficiente se questo legame è cosi
forte che l'inibitore si dissocia dall'enzima solo molto difficilmente. In che modo si può mettere a
punto un inibitore che si leghi cosi fortemente? Si ricordi che gli enzimi si sono evoluti in modo da
legarsi più saldamente allo stato di transizione delle reazioni che catalizzano. In linea di principio,
una molecola con una struttura simile allo stato di transizione di una determinata reazione può
essere in grado di legarsi all'enzima con un'affinità molto alta. Per definizione, lo stato di
transizione è instabile e quindi transitorio, a tal punto da rendere praticamente impossibile la
valutazione diretta della sua interazione con l'enzima. In alcuni casi, però, si possono progettare
alcune molecole stabili che sono molto simili agli stati di transizione desiderati. Queste molecole
vengono chiamate analoghi dello stato di transizione e si legano a un enzima molto più
saldamente di quanto faccia il substrato nel complesso ES. Il motivo risiede nel fatto che queste
molecole si adattano meglio all'interno del sito attivo del substrato stesso.

LE STRATEGIE CATALITICHE
Per la maggior parte degli enzimi l'energia di legame che si ottiene dalla formazione del complesso
ES è solo uno dei diversi elementi che partecipano al meccanismo catalitico. Una volta che il
substrato si è legato, un enzima può utilizzare diversi tipi di catalisi per facilitare la rottura o la
formazione di un legame, sfruttando i suoi gruppi funzionali catalitici opportunamente disposti.
Tra i meccanismi meglio caratterizzati vi sono la catalisi acido-base generale, la catalisi covalente e
la catalisi da ioni metallici.
- Catalisi covalente: il sito attivo contiene un gruppo reattivo, generalmente un nucleofilo,
che si lega temporaneamente ad una regione del substrato nel corso della catalisi (es.
CHIMOTRIPSINA)
- Catalisi generale acida o basica: il meccanismo catalitico prevede la presenza di una
molecola che dona protoni (acida) o accetta protoni (basica)
- Catalisi da ioni metallici: gli ioni metallici possono partecipare alla catalisi in vari modi:
Facilitano la formazione di un nucleofilo, Stabilizzano cariche negative di intermedi di
reazione, Fungono da ponte tra l’enzima ed il substrato mantenendo il substrato in una
conformazione appropriata per la catalisi
- catalisi elettrofila: il meccanismo è elettrofilo e generalmente dipende da ioni metallici;
- catalisi nucleofila: il meccanismo della reazione è nucleofilo.

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Un esempio di catalisi acido-base è il meccanismo d’azione della CHIMOTRIPSINA. La
chimotripsina è una proteasi, cioè un enzima che catalizza la rottura idrolitica di legami peptidici.
Questa proteasi è specifica per i legami peptidici adiacenti a residui amminoacidici aromatici (Trp,
Phe, Tyr). (quelli evidenziati)

La specificità di substrato di tutte le proteasi dipende dall’esistenza di «subsiti» che riconoscono le

catene laterali dei residui a monte e a valle del legame peptidico idrolizzato.

La reazione catalizzata da questo enzima illustra il principio della stabilizzazione dello stato di
transizione ed è un esempio classico di catalisi acido-base generale e catalisi covalente. La
chimotripsina aumenta la velocità di idrolisi del legame peptidico di almeno 109 volte. L’enzima
non catalizza l’attacco diretto di una molecola di acqua sul legame peptidico, ma forma invece un

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intermedio covalente transitorio acil-enzima La reazione
procede due fasi principali. Nella fase di acilazione viene rotto il
legame peptidico e si forma un legame estere tra l'atomo di
carbonio carbonilico del peptide e l'enzima. Nella fase di
deacilazione il legame estere viene idrolizzato e viene
rigenerato l'enzima libero non acilato. La specificità di
substrato della chimotripsina dipende dalla tasca in cui si
alloggia il substrato, l’enzima impiega un potente nucleofilo
(Ser 195) per attaccare il carbonio carbonilico poco reattivo.
Nella fase di acilazione l’ossigeno della Ser 195 è il nucleofilo.
(le proteasi in cui un residuo di Ser svolge questo ruolo nel
meccanismo di reazione vengono chiamate serina proteasi). Il
valore di pKa del gruppo ossidrilico della Ser è generalmente
troppo alto per disporre al PH fisiologico della forma non protonata in concentrazioni significative.
Tuttavia nella chimotripsina la Ser 195 è legata con una rete di ponti idrogeno all’His 57 e all’Asp
102, formano quella che viene definita la triade catalitica.

Quando un substrato peptidico si lega alla chimotripsina, un’immediata modificazione

conformazionale comprime il legame idrogeno tra His57 e Asp 102, dando luogo a un’interazione
più forte, chiamata legame idrogeno a bassa barriera. Questo aumento nell’interazione fa salire il
valore di Pka dell’His 57 da circa 7 a >12, consentendole di comportarsi da base generale più forte
in grado di rimuovere il protone dal gruppo ossidrilico della Ser 195.
La triade catalitica è presente anche in altre proteasi, la specificità di substrato di tutte le proteasi
dipende dalla tasca in cui si alloggia il substrato. Ad esempio la chimotripsina è caratterizzata da
una tasca di amminoacidi idrofobici, ma ad esempio la tripsina è in grado di riconoscere catene e
laterali che sono Lisina e Arginina, cariche positivamente, e presenterà quindi dei carbossilati che
hanno cariche negative che stabilizzano quelle positive della lisina e dell’arginina. Un altro
esempio è l’elastasi che è in grado di legare le catene laterali di Alanina e Serina, si forma una
tasca molto ramificata di catene di amminoacidi
Meccanismo d’azione chimotripsina:

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Non esiste solo la serina che può agire in questo modo, ad esempio ci sono delle cisteine proteasi
(ad esempio la papaina), in cui oltre la triade catalitica abbiamo, non la serina OH, ma la cisteina
SH, anche in questo caso l’istidina ha il compito di prelevare questo protone trasformandolo in S-
che è un buon nucleofilo. Nel caso delle aspartil proteasi presentano due aspartati uno
deprotonato e l’altro protonato. Quello deprotonato ha una carica negativa e viene prelevato
l’idrogeno e l’acqua viene trasformata in O- (sempre scopo di prendere protone stabilizzano il
nucleofilo), in questo caso il nucleofilo che attacca è l’OH- dell’acqua, in questo modo si protona.
O- attacca il carbonio carbonilico e gli elettroni escono sull’ossigeno, a questo punto l’aspartato
protonato polarizza il gruppo carbonilico per renderlo suscettibile all’attacco. Le metallo proteasi
contengono un metallo (di solito zinco), lo zinco attiva una molecola di H20 perchè faccia da
nucleofilo.

ANIDRASI CARBONICA
La CO2 deve essere idratata dall’anidrasi carbonica con la formazione dello ione bicarbonato.

Questa reazione avviene nelle due direzioni a seconda se ci troviamo nei tessuti o nei polmoni
(mioglobina e emoglobina). Anche in questo caso nel sito attivo c’è uno ione Zinco2+ che è
coordinato con 3 residui di istidina e poi con 1 H2O.

Meccanismo azione anidrasi carbonica:

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Obiettivo: aumentare il carattere nucleofilo per poter attaccare un carbonio elettrofilo.
Il legame con lo zinco abbassa il valore del Pka dell’acqua a 7

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 MODULAZIONE DELL’ATTIVITA’
ENZIMATICA
Fin ad ora abbiamo visto enzimi la cui velocita di reazione iniziale ci da una cinetica di tipo
micheliano, descritta dall’equazione M-M.
Chiamiamo apoenzima la catena polipeptidica a cui si lega un elemento detto cofattore
importante per l’attività catalitica dell’enzima stesso, l’insieme di questi due fattori vengono
chiamati oloenzima.

Quindi l’oloenzima è l’enzima completo di tutte le sue parti, sia di natura proteica che non
proteica che servono per effettuare la catalisi enzimatica.
I cofattori possono essere:
1. metalli
2. piccole molecole organiche: coenzimi (non proteine o subunità accessorie).
I coenzimi possono legarsi all’enzima con legami deboli formano dei cosubstrati (che sono NAD+ e
NADP+), si lega in una tasca del sito attivo al legare il NAD+ e si lega insieme al substrato, si tratta
di un traportatore di elettroni e quindi interverrà nei meccanismi catalitici in cui il substrato dovrà
cedere o acquisire elettroni. I coenzimi si possono legare anche con legami forti generando dei
gruppi prostetici (Ad esempio FAD e FMN). In questo caso l’oloenzima porta legato il FMN o il FAD
costantemente, non vengono mai ricambiati.

Procarioti, protisti, funghi e piante sono in grado di sintetizzare autonomamente i propri coenzimi
a partire da precursori semplici. Gli animali in generale ed i mammiferi (uomo compreso) in
particolare hanno perso questa capacità e quindi devono assumere dall’esterno (alimentazione) i
coenzimi o i loro precursori immediati. Questi composti essenziali sono chiamati vitamine. Molti
coenzimi si formano dalle vitamine idrosolubili tra cui: il coenzima A formato da vitamina B5, il
FAD presenta la vitamina B2, la vitamina fornisce, unendosi all’ATP, la parte funzionale del FAD, il
NAD contiene la vitamina B3.

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la maggior parte dei coenzimi deriva da vitamine idrosolubili:

ma non tutte le vitamine danno origine a coenzimi:

ENZIMI ALLOSTERICI
Il termine allosteria deriva dal greco allos, cioè "altro", e stereos, "struttura, solido", in riferimento
alla separazione del sito allosterico di una proteina dal suo sito attivo. La regolazione allosterica (o
allosteria, o allosterismo) è la regolazione di un enzima o
di una proteina mediata da una molecola detta effettore,
che svolge tale funzione legandosi presso il sito
allosterico, che può coincidere o no con il sito attivo.
Un enzima dotato di siti allosterici è detto enzima
allosterico; non segue la cinetica di Michaelis-Menten. Gli
enzimi allosterici hanno un comportamento cinetico
sigmoidale.
In genere le proteine allosteriche sono costituite da più
subunità.
Le macromolecole sottoposte a regolazione allosterica
presentano solitamente una struttura quaternaria e, su
ogni subunità, presentano un sito allosterico. Il legame
dell'effettore presso tali siti è in grado di modificare leggermente la struttura terziaria dell'enzima
e quindi di variare la sua affinità per il substrato, consentendo di incrementare o di ridurre
l'attività catalitica a seconda delle esigenze della cellula.

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Gli effettori che intensificano l'attivazione della proteina vengono detti attivatori allosterici, quelli
che al contrario diminuiscono l'attivazione della
proteina sono gli inibitori allosterici. Gli effettori
possono essere effettori omotropi o eterotropi a
seconda che presentino o meno la stessa natura
chimica del substrato (S) dell'enzima. (L sta per
ligando e S per substrato). Se l'effettore di una
proteina è diverso dal suo substrato si parla di allosteria eterotropica, quando coincide si parla di
allosteria omotropica. Un modulatore allosterico omotropico è tipicamente un attivatore, un
modulatore allosterico eterotropico può essere un attivatore o un inibitore. Le molecole
regolatrici possono essere rappresentate dal prodotto dell'enzima e fungere in genere da
modulatore negativo (inibizione enzimatica retroattiva da prodotto finale).
REGOLAZIONE ALLOSTERICA
Comportamento di proteine multisubunità richiede in genere interazioni tra le subunità di una
proteina oligomerica.
- Cooperatività positiva: il legame di un ligando a uno dei siti
determina un aumento dell’affinità degli altri siti sulla stessa
molecola.
- Cooperatività negativa: il legame di un ligando a uno dei siti
determina una diminuzione dell’affinità degli altri siti sulla
stessa molecola.

- EFFETTI OMOTROPICI:

la curva non è di tipo micheliano, e questo è indice che l’enzima è di tipo allosterico. Le 4 subunità
quadrate rappresentano l’enzima nello stato T ovvero stato inattivo o poco attivo, e lo stato R
rappresenta lo stato attivo. Il legame del substrato del sito attivo della prima subunità induce un
cambio conformazionale in seguito al suo legame che converte le subunità dallo stato T allo stato
R, tutte le altre subunità potranno legare più facilmente il substrato e quindi avere una velocità di
reazione maggiore.

L’equilibrio è tutto spostato nella forma R quindi si verifica un aumento dell’efficacia catalitica
dell’enzima.
La curva sigmoide che si genera (quella in nero) viene considerata una curva ibrida fra due tipi di
comportamenti, l’enzima a:

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 - Bassa concentrazione di substrato è presente
principalmente nello stato T relativamente inattivo
- Alta concentrazione di substrato prevalentemente
nello stato R.
Abbiamo un ibrido tra le due curve proprio perché lo stato T e
R si interconvertono a seconda della presenza del substrato.

- EFFETTI ETEROTROPOCI:
Il legame di un ligando a un sito diverso dal sito attivo
modifica le proprietà di legame di altri siti per un altro ligando. Gli enzimi possono essere sia
inibitori che attivatori allosterici:
• Inibitori allosterici: (equilibrio spostato verso lo stato T inattivo), senza inibizione abbiamo
una curva sigmoide, invece se siamo in presenza di inibitore la velocità è sempre più bassa
e la curva è di tipo micheliano.

• Attivatore allosterico: (equilibrio spostato verso lo stato R attivo), senza l’attivatore la

curva è di tipo sigmoide, in presenza dell’attivatore passiamo alla cinetica micheliana.

FEEDBACK NEGATIVO
Consideriamo una serie di reazioni che portano al prodotto finale F. se F si accumula va a legarsi a
E1 e lo inibisce, questo perché se F è generato in maniera eccessiva vuol dire che non viene
assorbito a valle, questo è proprio il segnale per inibire E1. (quindi F funziona da inibitore
allosterico).

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Ci sono diverse vie metaboliche, le vie sono diverse a seconda delle diverse condizioni
metaboliche:

(linee rosse: effetto inibitorio, linee in blu: effetto attivatore).

MODELLO SIMMETRICO (O CONCERTATO) E MODELLO SEQUENZIALE

- Modello simmetrico: I due stati conformazionali, T e R, sono in equilibrio tra loro. T e R

legano entrambe il ligando ma con affinità diversa. Le subunità subiscono modificazioni
conformazionali concertate. Non ci sono oligomeri che abbiano nello stesso tempo
subunità nello stato T e nello stato R
- Modello sequenziale: Il legame del ligando induce una modificazione conformazionale
nella subunità a cui è legato il ligando. Le interazioni cooperative nascono dall’influenza
che questa transizione su una subunità ha sulle altre subunità vicine. Le modificazioni
conformazionali avvengono una dopo l’altra mano a mano che vengono occupati sempre
più siti per il ligando.

CONTROLLO DELL’ATTIVITA’ ENZIMATICA

Il tipo di controllo allosterico è immediato. L’enzima subisce una modifica covalente (reversibile o
irreversibile), la modifica covalente converte la forma attiva dell’enzima in una forma inattiva o
viceversa.
- FOSFORILAZIONE DELLE PROTEINE:
Con fosforilazione delle proteine vuol dire eliminare o legare un fosfato. Il gruppo fosforico in
posizione γ di un nucleoside trifosfato che generalmente è l’ATP viene trasferito a particolari
residui di Serina, Treonina e Tirosina della proteina bersaglio collocati in sequenza consenso

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Questo evento inserisce un gruppo carico negativamente ed ingombrante in una regione che era
solo moderatamente polare. Gli atomi di ossigeno del gruppo fosforico possono stabilire legami
idrogeno con altri gruppi della proteina. La fosforilazione può determinare considerevoli cambi
conformazionali che alterano l’attività degli enzimi.
- DEFOSFORILAZIONE PROTEINE:
La fosforilazione è un meccanismo di regolazione reversibile. I gruppi fosforici vengono aggiunti e
rimossi da enzimi diversi.

L’enzima accoppiato alle chinasi, quello che fa la reazione inversa, ovvero la fosfatasi che è in
grado di idrolizzare il legame con il fosfato e quindi di liberarlo. Il fosfato inorganico viene liberato
e viene ripristinato l’OH, l’enzima ritorna nella sua conformazione iniziale.
La chinasi e la fosfatasi hanno la stessa specificità sul substrato e agiscono su questi equilibri in
una direzione o nell’altra. Se agiscono su questi equilibrio in direzioni opposte saranno modificati a
loro volta in modo differente affinchè uno sia attivo e l’altro sia inattivo (si sposta il problema più a
monte).
Nell’immagine che segue l’enzima che presenta l’OH libero, può essere inattivo e viene fosforilato
e convertito nell’enzima attivo, l’enzima complementare può attivare la defosforilazione e quindi
riporta l’enzima nella forma inattiva. La seconda coppia può fare al contrario ovvero l’enzima non
fosforilato è la forma attiva, il fosforilato viene convertito nella forma attiva e per tornare indietro
ci vuole una defosforilazione. Quindi possiamo trovare diverse condizioni in cui enzimi diversi
hanno un differente comportamento in funzione della fosforilazione che può essere un’attivazione
o una disattivazione.

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ZIMOGENI
Nella fase della digestione il pancreas è in grado di sintetizzare una serie di enzimi proteolitici che
vengono riversati nel duodeno e quindi da li vengono usati per la degradazione delle proteine di
cui ci nutriamo per ottenere piccoli peptidi e singoli amminoacidi che possono essere assorbiti
dalle cellule e usarli come mattoni per la costruzione di nuove proteine. Queste proteasi sono
sintetizzate nei dipartimenti cellulari e quindi devono essere conservati in una maniera tale che
non degradano le proteine che li circondano e quindi vengono sintetizzati sottoforma di precursori
inattivi che vengono chiamati appunto zimogeni. Per la maggior parte sono proteasi e lipasi, tutti
enzimi che vengono riservati nell’intestino per la digestione della parte proteica e lipidica che fa
parte dell’alimentazione. Quindi gli zimogeni sono dei precursori di enzimi proteolitici che sono
delle forme inattive che vengono accumulato nelle cellule pancreatiche e vengono riversate nel
lume dell’intestino durante la digestione (sottoforma di struttura inattive).
Si tratta di cascate di attivazione. Gli enzimi vengono prodotti in quantità substechiometriche o
catalitiche, cioè una sola molecola può convertire molte molecole di substrato, in questo caso
parliamo di cascate di attivazione di zimogeni. Una proteasi iniziale agisce su un'altra proteasi
attivandola, in questo modo si attivano 10 molecole e queste molecole a valle vanno a fare lo
stesso processo su un'altra proteina formano 100 molecole e creano quindi un’amplificazione del
segnale.

La fase di sintesi degli zimogeni avviene nell’apparato di Golgi, dall’apparato di Golgi vengo o
rilasciate delle vescicole che si trovano nella cellula
sotto forma di zimogeni, si verifica la fusione delle
membrane e poi il rilascio degli zimogeni
nell’intestino. A questo punto sono ancora inattivi,
si devono attivare (l’attivazione segue lo schema
sopra riportato), il processo inizia con
enteropeptidasi è in grado di catalizzare la reazione
e la conversione del tripsinogeno in tripsina, (le
forme scure sono le forme inattive mentre quelle
gialle sono le forme attive degli enzimi). La trispsina
a sua volta si allarga e può convertire il
chimotripsinogeno in chimotripsina può reagire con
la proelastasi che si converte in elastasi ecc.
Il chimotripsinogeno viene attivato dalla tripsina
che fa un singolo taglio proteolitico dando una forma che in se è attiva che si chiama p, ma è meno

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attiva della forma finale. Questo enzima fa un’autolisi, agisce e toglie due dipeptidi ovvero
l’amminoacido 15 e 14 e poi fa un altro taglio togliendo 47 e 48. Quindi si formano 3 catene legata
da ponti di solfuro che formano una struttura tridimensionale.

Un’altra cascata importante è quella relativa alla coagulazione del sangue. In questo caso sono
tutte proteine che vengo o attivate da altre proteasi, quindi è una cascata di attivazione mediante
tagli proteolitici (le forme in viola sono quelle inattive e quelle in giallo quelle attive e in blu sono
gli attivatori dei segnali che attivano le proteasi come ad esempio il fattore tessutale).

MARIKA DE ROSA
 BIOCHIMICA
E LABORATORIO
PARTE 2: BIOENERGETICA E METABOLISMO

SBOBINE DI: Marika De Rosa; Numero di telefono:3931954667

PROF: Valeria Cafaro; Anno: 2021/2022
 IL METABOLISMO
Il metabolismo è un'attività cellulare altamente coordinata a cui cooperano molti sistemi
multienzimatici (vie metaboliche) per adempiere quattro funzioni:
1. ottenere energia chimica dall'ambiente catturando luce solare o degradando sostanze
nutrienti ricche di energia;
2. convertire le molecole delle sostanze nutrienti nelle molecole caratteristiche della cellula
stessa, compresi i precursori delle macromolecole;
3. polimerizzare precursori monomerici in macromolecole formando proteine, acidi nucleici e
polisaccaridi;
4. sintetizzare e degradare le biomolecole necessarie per le funzioni specializzate della cellula,
come per esempio lipidi di membrana, messaggeri intracellulari e pigmenti.
È possibile dividere gli organismi viventi in due grandi gruppi in base alla forma chimica da cui
ricavano atomi di carbonio dall'ambiente:
- Gli autotrofi: possono usare l'anidride carbonica dell'atmosfera come unica fonte di atomi
di carbonio, con cui poi costruiscono tutte le loro biomolecole organiche. Sono quegli
organismi capaci di nutrirsi sfruttando esclusivamente di composti chimici inorganici.
Sintetizzano tutti i loro composti a partire da molecole semplici. Ci sono 2 possibili forme di
energia libera in questo processo: chemiolitotrofi ovvero che ottengono la loro energia
mediante l’ossidazione di composti inorganici come NH3, H2S e Fotoautotrofi che
ottengono energia mediante la fotosintesi. I fotoautotrofi sono rappresentati dalle piante,
alghe e fitoplancton (produttori primari). Questi organismi sono capaci di organizzare i
composti chimici nel terreno (o nell'acqua), così da produrre autonomamente riserve
alimentari (zuccheri, amidi). Le piante ed alcuni tipi di batteri ricavano l’energia libera dal
Sole mediante la fotosintesi l’energia luminosa è convertita in energia chimica. L’energia
chimica viene successivamente utilizzata nei processi endoergonici come la capacità di
produrre un lavoro meccanico, il trasporto attivo di molecole attraverso le membrane e la
biosintesi di molecole complesse dai composti chimici nel terreno (o nell'acqua) producono
autonomamente riserve alimentari (zuccheri, amidi).
- Gli eterotrofi invece non possono utilizzare l'anidride carbonica e devono ottenere gli
atomi di carbonio dall'ambiente sotto forma di molecole organiche relativamente
complesse, come il glucosio, data la loro necessità di ottenere carbonio in forme
complesse, dipendono dai prodotti di altri organismi.
Il metabolismo, la somma di tutte le trasformazioni chimiche che avvengono in una cellula o in un
organismo, opera attraverso una serie di reazioni catalizzate da enzimi che costituiscono le vie
metaboliche. Ognuna delle tappe di una di queste vie produce una piccola ma specifica
modificazione chimica, di solito la rimozione, il trasferimento o l'aggiunta di uno specifico atomo o
di un gruppo funzionale. In queste successioni di tappe, le vie metaboliche, le molecole di
precursore vengono convertite in prodotti attraverso una serie di intermedi metabolici chiamati
metaboliti. Una via metabolica deve soddisfare almeno due requisiti:
1) Le reazioni devono essere specifiche
2) La serie di reazioni che costituiscono una via deve essere termodinamicamante favorita.
Quando parliamo di metabolismo dobbiamo fare una distinzione tra catabolismo e anabolismo. Il
CATABOLISMO è la fase degradativa del metabolismo, in cui le molecole organiche dei nutrienti
(carboidrati, grassi e proteine) vengono convertite in prodotti finali più semplici (per esempio
acido lattico, C02, NH3}. Le vie cataboliche rilasciano energia, parte della quale viene conservata
mediante la produzione di ATP e di trasportatori di elettroni in forma ridotta. Nell’ ANABOLISMO,
chiamato anche biosintesi, i precursori semplici vengono uniti tra loro per costruire molecole

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complesse più grandi come i lipidi, i polisaccaridi, le proteine e gli acidi nucleici. Le reazioni
anaboliche hanno bisogno di un rifornimento di energia, in genere sotto forma del potenziale di
trasferimento del gruppo fosforico dell'ATP e del potere riducente di NADH, NADPH e FADH2.
Le vie metaboliche possono essere lineari o ramificate, generando prodotti finali diversi a partire
da un unico precursore, oppure convertendo diversi materiali di partenza in un singolo prodotto
finale. In genere, le vie cataboliche sono convergenti, mentre le vie anaboliche sono divergenti. Le
vie sono interdipendenti e sono regolate attraverso l’azione di numerosi enzimi allosterici.

La maggior pane delle cellule degli organismi ha un patrimonio di enzimi in grado di catalizzare sia
la degradazione sia la sintesi di certi composti (per esempio gli acidi grassi). La sintesi e la
degradazione simultanea degli acidi grassi sarebbero uno spreco, che viene invece evitato
mediante la regolazione separata delle sequenze di reazioni cataboliche e anaboliche; quando una
sta operando, l'altra è bloccata. Questo tipo di regolazione non potrebbe avere luogo se le vie
anaboliche e cataboliche fossero catalizzate dallo stesso gruppo di enzimi che funzionassero in una
direzione per l'anabolismo e nell'altra per il catabolismo: l'inibizione di un enzima coinvolto nel
catabolismo porterebbe all'inibizione della sequenza di reazioni nella direzione dell'anabolismo. Le
vie anaboliche e cataboliche che hanno in comune gli stessi composti di partenza o gli stessi
prodotti finali e possono avere molti enzimi in comune, ma almeno una delle tappe deve essere
catalizzata da enzimi diversi nella direzione anabolica e nella direzione catabolica; questi enzimi
sono sottoposti a una regolazione separata.
CONCETTI DI OSSIDAZIONE NEI COMPOSTI ORGANICI
I processi di trasduzione dell'energia biologica, non sono altro che reazioni chimiche. Una reazione
rilevante è quella che fa uso di un substrato disponibile e lo trasforma in un prodotto utile per la
cellula. La maggior parte delle reazioni che si
svolgono nella materia vivente sono quelle di
ossidoriduzione. Prima di parlare di questa
tipologia di reazione è fondamentale ricordare di
principi chimici di base.
- Primo principio: un legame covalente
consiste di una coppia di elettroni
condivisi, e può essere scisso in due modi:
nella scissione omolitica, ciascun atomo si
stacca dal legame sotto forma di un
radicale, e reca con sé un solo elettrone.
 Nella scissione eterolitica, la più comune, uno dei due atomi trattiene ambedue gli elettroni
di legame.
- Secondo principio di base è
che molte reazioni
biochimiche coinvolgono
interazioni tra nucleofili
(gruppi funzionali ricchi di
elettroni e capaci di donarli)
ed elettrofili (gruppi
funzionali poveri di
elettroni, e che quindi li
attirano). Quindi i nucleofili
reagiscono con gli elettrofili,
ai quali cedono elettroni. Si
noti che un atomo di
carbonio può agire da
nucleofilo, o da elettrofilo a
seconda degli atomi o dei
gruppi che lo circondano.
Nelle reazioni di ossidoriduzione gli
atomi di carbonio possono trovarsi in cinque stati di ossidazione, a seconda degli elementi con cui
condividono gli elettroni. La transizione da uno stato di ossidazione all'altro è di cruciale
importanza nel metabolismo. Nel corso di molte ossidazioni biologiche un composto perde due
elettroni e due ioni idrogeno (cioè due
atomi di idrogeno); queste reazioni sono
comunemente chiamate
deidrogenazioni, e gli enzimi che le
catalizzano deidrogenasi. In alcune
ossidazioni biologiche, anche se non in
tutte, un atomo di carbonio si lega
covalentemente a un atomo di ossigeno.
Gli enzimi che catalizzano queste
ossidazioni vengono generalmente
chiamati ossidasi. Ogni ossidazione è
accompagnata da una riduzione, nella
quale un accettore di elettroni acquista
gli elettroni rimossi dall'ossidazione. Le
reazioni di ossidazione generalmente
rilasciano energia.

ENERGIA LIBERA DI GIBBS

L’energia libera di Gibbs DG è una misura dell'energia in grado di produrre lavoro resa disponibile
durante una reazione a temperatura e pressione costanti. Quando una reazione procede con il
rilascio di energia libera (cioè quando il sistema si modifica da uno stato più ricco di energia libera
verso uno stato più povero), la variazione di energia libera, DG, ha un valore negativo e la reazione
viene detta esoergonica. Nelle reazioni endoergoniche il sistema guadagna energia libera e il DG è
positivo.

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Molte reazioni metaboliche sono vicine all’equilibrio

Gli enzimi che catalizzano reazioni vicine all’equilibrio tendono ad agire velocemente per
ripristinare le concentrazioni all’equilibrio. Le velocità nette di queste reazioni sono regolate in
modo efficace dalle concentrazioni relative dei substrati e dei prodotti.

Le reazioni irreversibili hanno luogo in condizioni lontane dall’equilibrio. La variazione della

concentrazione dei substrati ha uno scarso effetto sulla velocità della reazione poiché l’enzima è
essenzialmente saturato. La velocità di reazione cambia in risposta per esempio alla modulazione
allosterica.

Quali sono le conseguenze?

- Le vie metaboliche sono irreversibili. Una reazione fortemente esoergonica [ DG < 0

(negativo)] è irreversibile. Se fa parte di una via metabolica in più tappe, una reazione di
questo tipo conferisce una direzione precisa a tutta la via cioè rende irreversibile l’intera via
metabolica
- Ogni via metabolica ha una prima tappa di controllo, Anche se la maggior parte delle
reazioni di una via metabolica opera in condizioni vicine all’equilibrio, di solito esiste una

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 reazione irreversibile (esoergonica) nella prima parte della via, che «decide» se il prodotto
deve continuare lungo la via
- Le vie cataboliche e le vie anaboliche sono differenti Se un metabolita è trasformato in un
altro tramite un processo esoergonico, è necessario fornire energia libera per riconvertire il
secondo metabolita nel primo.
Questo processo energeticamente «in salita» richiede una via diversa per almeno una delle
tappe della reazione.
Visto che nel senso dell’ossidazione le reazioni sono termodinamicamente favorite perchè hanno
un DG negativo allora nell’altro senso ci sono le reazioni che richiedono energia, con un DG
negativo, ma da dove ricavano questa energia?
La variazione totale di energia libera di una serie di reazioni è uguale alla somma delle variazioni di
energia libera delle singole reazioni. Un a reazione termodinamicamente sfavorita può procedere
se accoppiata ad una reazione termodinamicamente favorita.
L’accoppiamento energetico può avvenire in diversi modi:
- Intermedio comune
- Conformazione attivata di un enzima
- Addotto covalente con il substrato
- Addotto covalente con l’enzima
INTERMEDIO COMUNE
se A si converte in B + C tramite un enzima il DG di una reazione è 5kcal mol-1. ( 1 cal= 4,18 joule)
Essendo il DG positivo vuol dire che richiede energia per poter avvenire, da sola non può avvenire:

ma se viene accoppiata ad un'altra reazione che da b si è convertito in D che ha DG di -8kcal mol-1:

facendo la somma algebrica dei due DG e quindi della reazione complessiva abbiamo -3kcal mol-1.
Quindi il DG delle reazioni accoppiate è negativo. Le variazioni di energia sono additive. E le due
reazioni sono accoppiate dall’intermedio comune B

L’idrolisi di ATP è la prima reazione importante di rilascio energetico che viene accoppiata a
reazioni che sono termodinamicamente sfavorite. L’ATP è formata dalla base azotata, i fosfati,
legame fosfoestereo e legami fosfoanidridici, l’idrolisi di questi legami è quella che rilascia una
grande quantità di energia. Possiamo idrolizzare in vari punti di ATP e di conseguenza avere
diverse tipologie di idrolisi.
Per quanto riguarda i legami fosfoanidridici:
1. ATP può perdere il fosfato in posizione g, quindi stiamo rompendo il legame g-b e ha un DG
di -7.3, da ATP si forma ADP, quindi è stato idrolizzato
2. L’ ADP può, mediante rottura del legame a-b, liberare -7,8 kcal
3. Un'altra possibilità è che si rompa il legame tra b e a e venga rilasciato il pirofosfato, e
viene rilasciato -10,9
4. Il pirofosfato può essere ulteriormente idrolizzato perchè è un legame anidridico, liberando
-4ckal
Quindi l’idrolisi libera una grande quantità di energia e questo viene accoppiato alle reazioni
energeticamente non favorite.

Per quanto riguarda il legame fosfoestereo:

una volta ottenuto AMP anche l’ultimo fosfato può essere idrolizzato liberando -2kcal (è sempre
una reazione esoergonica ma non come quella dei legami fosfoanidridici).

La rottura da AMP a ATP, quindi rottura di un legame fosfoanidridico libera una grande quantità di
energia.
CONFORMAZIONE ATTIVATA DI UN ENZIMA
L’idrolisi dell’ATP può indurre nell’enzima un cambio conformazionale trasformandolo in una
forma attivata capace di effettuare una
reazione energeticamente favorevole.
L’idrolisi dell’ATP rende l’enzima più
attivo su S e quindi sposta l’equilibrio
delle reazioni accoppiate che passa da
una struttura a bassa attività a una
struttura a alta attività in cui idrolisi di
ATP ha reso termodinamicamente
favorevole il processo.

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ADDOTTO COVALENTE CON IL SUBSTRATO
S si converte in P la reazione ha un DG positivo, a questo punto ADP reagisce con S e può essere
legato al substrato rilasciando il fosfato. Il complesso covalente ADP substrato si converte nel
complesso ADP che viene rilasciato e prodotto, la somma algebrica da un valore negativo perchè il
legame da un buon gruppo uscente.

LA DNA LIGASI
Per capire chi sono gli addotti covalenti usiamo esempio della DNA ligasi. Nel sito attivo
dell’enzima c’è ammino gruppo di residuo di lisina nell’enzima che può reagire sia con ATP che con
NAD+. La DNA ligasi catalizza l’unione di una catena di
DNA la cui estremità libera contiene un gruppo
ossidrilico in posizione 3’ (3’-OH) con un’altra catena la
cui estremità libera contiene un gruppo fosforico in
posizione 5’ (5’-P). Negli eucarioti l’energia per il
processo è fornita dall’ATP, idrolizzato ad AMP e PPi,
mentre nei batteri è fornita dal NAD+, idrolizzato ad
AMP e nicotinammide mononucleotide (NMN). Il
nucleofilo fa un attacco al fosfato gli elettroni escono
sull’ossigeno e succede che NMN esce mentre AMP
resta legato covalentemente nell’enzima.
L’obiettivo di questa reazione è quello di formare il
legame fosfoestereo che cosi non si forma ma bisogna
attivare l’elemento. Grazie all’attacco nucleofilo l’AMP
passa dall’enzima al substrato, a questo punto si è
formato legame fosfoanidridico a alta energia. La
formazione degli addotti covalenti serve per rendere
più attaccanti certi elementi e creare buoni gruppi
uscenti. (i prodotti rilasciati sono più stabili).

L’ATP è anche donatore di gruppi fosforici, il glicerolo che è un trialcol può essere fosforilato grazi
all’ATP.

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Il passaggio di gruppi fosfato da un nucleotide a un altro è molto comune, sono tutte reazioni di
equilibrio, rottura e formazione hanno la stessa energia e questo tipo di trasferimento è molto
usato.

I legami fosfoanidridici sono a alta energia questo perchè dalla loro idrolisi si generano dei
prodotti che sono molto stabili. Nel caso dell’ATP si parla di stabilizzazione per risonanza,
repulsione elettrostatica e stabilizzazione per idratazione.
In generale il problema delle repulsioni elettrostatiche persiste in vivo, tant’ è che la forma
realmente attiva presente negli ambienti cellulari è quella complessata con Mg2+ quando
parliamo di ATP dovremmo parlare di complessi con il magnesio proprio per evitare che la
repulsione elettrostatica possa dare un’instabilità al complesso.
ENERGIA LIBERA DI IDROLISI NEI TIOESTERI E ESTERI
Nel caso degli esteri il legame estere si ha quando un acido carbossilico reagisce con un alcol in
relazione a una molecola di acqua e si forma un ossigeno a ponte. C’è delocalizzazione degli
elettroni sull’ossigeno e questo porta a una stabilizzazione quindi il livello, in un grafico che riporta
l’energia sulle y, nel caso del legame estere quello che accade è che il livello energetico è quello
rappresentato in rosa. L’idrolisi di questo legame che era circa 2,2 kcal otteniamo acido
carbossilico e l’alcol corrispondente.
Nel caso dei tioesteri la delocalizzazione non avviene e quindi il livello energetico è più alto e
questo significa che quando avviene idrolisi di questo legame il DG è più grande.

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Quindi ATP è un traportatore di gruppi fosforici, nella tabella di seguito la posizione intermedia è
occupata dall’ATP gli permette di svolgere efficientemente il ruolo di trasportatore di gruppi
fosforici.

I composti sopra quelli verdi hanno un DG di idrolisi molto

negativo questo significa che i composti possono trasferire il
gruppo fosforico all’ADP facilmente, mentre quelli sotto hanno DG
più piccoli di quello dell’ATP questo significa che se si ha l’idrolisi
di questo legame questo dovrebbe essere trasferito all’ADP ma se
l’idrolisi libera poco non riesce a compensare e quindi questi
composti non potranno fosforilare ADP ma tutti possono ricevere
il fosfato dall’ATP. L’idrolisi è la formazione dei legami a alata
energia, l’idrolisi di ATP viene usata per tutti i fenomeni che
richiedono energia mentre la sintesi dell’ATP si ha in tutte
ossidazione delle molecole di sostante organiche o fotosintesi.
L’ATP non si accumula mai nelle cellule è un continuo ciclo.

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 CATABOLISMO
La quantità di energia derivante dall’ossidazione di composti organici dipende dallo stato di
ossidazione.
In presenza di ossigeno si ha la combustione del metano e la sua conversione in anidride carbonica
e acqua. Il processo di ossidazione che necessita di ossigeno per effettuare l’ossidazione libera 8
elettroni e energia. È un’energia di valore -820kj. Questo in natura non può accadere perchè è un
processo che avviene in una sola tappa.

Al metano si può aggiungere un gruppo OH e parliamo di metanolo oppure possiamo aggiungere

un gruppo carbonilico e si forma la formaldeide, il gruppo carbonilico può essere ossidato a
gruppo carbossilico fino ad arrivare al biossido di carbonio. quindi il metano, grazie a una serie di
enzimi si può trasformare in composti via via più ossidati.

Non solo le ossidazioni di tipo inorganico avvengono in presenza di ossigeno ma anche tutti gli
atomi di C che fanno parte della nostra dieta come le catene degli acidi grassi oppure ad esempio i
gruppi di carbonio che hanno gruppi OH dei carboidrati. Anche in questo caso porteranno
all’ossidazione completa degli atomi di carbonio e verranno eliminati sotto
forma di anidride carbonica.
Le fonti principali per noi di nutrienti sono i carboidrati come il glucosio e i lipidi.
Ad occhio guardando gli atomi di carbonio del glucosio e di un acido grasso
possiamo notare che gli acidi grassi hanno una forma più ridotta, hanno più
elettroni che possono essere ceduti e quindi una maggiore quantità di energia
può essere prodotta, questi elettroni che vengono ceduti durante la fase di
ossidazione di questi composti vengono raccolti
dai traportatori di elettroni e portati alla catena
di trasporto degli elettroni mitocondriali. Qui
c’è la sintesi dell’ATP.

DESTINO DEGLI ELETTRONI

Il metabolismo inizia a partire da composti organici che verranno ossidati e gli elettroni verranno
traportati tramite dei coenzimi, non viaggiano da soli, con lo scopo di produrre ATP durante la fase
del trasporto di elettroni. I processi che avvengono in assenza di ossigeno producono ATP ma in
maniera meno efficiente perchè non portano a forme di carbonio completamente ossidate, ma
dato che le catene di trasporto di elettroni sono le forme più efficienti di produzione di energia ci
sono molti microrganismi che vivono nel suolo e che hanno delle catene di trasporto che hanno
acettori finali di elettroni diversi dall’ossigeno (spesso forme di azoto). Alcuni di questi
trasportatori di elettroni vanno alla catena di trasportatore mitocondriale con O come accettatore

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finale, ed è associato alla sintesi di ATP, ci sono anche dei trasportatori di elettroni che verranno
dati a dei traportatori specifici che hanno la funzione di conservare questi elettroni e donarli
durante i processi di biosintesi che sono riduttive.
VITAMINE IDROSOLUBILI
Entrano nella costituzione di enzimi che hanno il ruolo di trasportatori.
- Coenzima-A è un trasportatore di gruppi acilici attivati, ovvero trasferisce con un guadagno
energetico gruppi acilici. Nella sua struttura è presente la vitamina B5 che fa da legame tra
due regioni della molecola
- FAD e FMN (FMN è la metà di FAD) sono un mononucleotide e un dinucelotide che sono
trasportatori di elettroni. La vitamina B5 fa parte di questi due nucleotidi
- NAD(P)+ di cui fa parte Vitamina B3 la cui forma fosforilata da luogo a una seconda forma
di questa vitamina e hanno due ruoli diversi.

NAD(P)+
È un trasportatore di elettroni, presenta AMP che è costituita da adenina, ribosio e fosfato. Poi è
costituito da un altro fosfato, un altro zucchero e
nicotinamide (base azotata). Quindi il nome deriva proprio
dai suoi costituenti N per nicotinamide, A per adenina, D
per dinucleotide (2 nucleotidi legati da un legame
fosfoanidridico). La differenza tra NAD+ e NADP+ è per la
presenza di un fosfato che fa la differenza perchè sono
proprio dei cosubstrati, si alloggiano nel sito attivo insieme
ai substrati e accettano o rilasciano elettroni a seconda
della reazione. Se si alloggia nel sito attivo la presenza di
questo fosfato o si alloggia nel sito attivo o altrimenti quel
coenzima non può entrare, quindi il gruppo fosforico è un
segnalatore per dare una differenza a enzimi che devono
usare substrati simili ma non identici.
FAD
È composto anch’esso dall’AMP e presenta l’FMN (flavin mononucleotide) che costituita da una
base azotata, zucchero a forma aperta. Anche in questo caso abbiamo un dinucleotide in cui una
parte è l’AMP (non la parte funzionale dal punto di vista del trasporto degli elettroni). Un’
importante differenza delle due proteine trasportatrici sta nella posizione dei siti reattivi. Nel caso
del FAD lavorano insime al substrato ma sono chiamati gruppi prostetici perchè il folding proteico

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 della catena polipeptidica prevede l’inclusione del
FAD nel sito attivo quindi il FAD farà parte del sito
attivo e resterà tale (simile al gruppo eme).

REAZIONE DEL NAD+

Il NAD+ è un trasportatore di 2 elettroni, trasferisce 2 elettroni per volta, ne riceve 2 e ne
trasferisce 2, non può fare cose intermedie.
Consideriamo la parte attiva, l’anello nicotillamidico:

La carica positiva è importante perchè il NAD+ riceve 2 elettroni per volta ma 1 solo protone
quindi nell’insieme fanno un idruro che attacca l’anello, gli elettroni si spostano e vengono attirati
sull’azoto in questo modo l’azoto non è più carico.

Quindi si forma NADH più l’H+ che fa parte dell’ambiente acquoso.

REAZIONI DEL FAD

Anche il FAD è un trasportatore di 2 elettroni e trasporta 2 elettroni e 2 protoni, può accettare il
trasferimento di 1 o di 2 elettroni per volta. Il meccanismo di reazione passa attraverso la

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formazione di radicali e può avvenire secondo due vie perchè il FAD può acquistare 2 elettroni e 2
protoni e convertirsi nella forma ridotta.

Il FAD è duttile e può:

- Prendere 1 elettrone e 1 protone e dare la forma chinonica, la
rottura del legame è omolitica che porta 1 elettrone sull’azoto e
l’altro resta sulla struttura dell’anello a formare la struttura
radicalica.
- Prendere 2 elettroni e 2 protoni e dare la forma totalmente ridotta
ovvero idrochinone. Anche qui si verifica la rottura omolitica del
legame ma l’elettrone spaiato si unisce con l’altro atomo formando
il doppio legame.
Questo processo è lo stesso sia per FMN che per il FAD.

Il NAD+ interviene in reazioni ossidoriduttive che trasformano un gruppo alcolico in gruppo

carbonilico.

Con il FAD, dato che non c’è l’ossigeno, per capire chi è la forma ossidata e chi quella ridotta ci
facciamo guidare dagli idrogeni

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COENZIMA-A
In questo caso è presente l’ADP, poi abbiamo un ‘braccio’ ovvero l’unità di pantotenato, ma la
parte più importante è rappresentata dall’unita di b mercaptoetillammina che rappresenta la
parte funzionale.

La parte funzionale di questo enzima è il gruppo SH o gruppo tiolico che reagisce con i gruppi
acilici dando un tioestere in cui a ponte c’è lo zolfo. Questo viene chiamato acil-coA, se invece c’è il
gruppo CH3 abbiamo il gruppo acitilico e si chiama acetil co-A.

I prodotti dell’idrolisi dei tioesteri (acidi carbossilici) sono stabilizzati per risonanza. L’idrolisi dei
tioesteri è altamente esoergonica.
I composti organici vengono ossidati per ricavare energia (ATP) e potere riducente. Questi
composti subiscono reazioni del catabolismo che
sono reazioni degradative ossidative e quindi
liberano elettroni che vengono raccolti dai coenzimi
questi coenzimi rilasciano i propri elettroni alla
catena di trasporto di elettroni mitocondriale che è
associata alla sintesi dell’ATP. Altri elettroni
vengono dati all’ADP generano NADPH perchè nella
fase contraria i prodotti semplici possono dare il via
alle reazioni di anabolismo mediante la biosintesi
per dare prodotti complessi e le biosintesi sono reazioni riduttive che hanno bisogno di elettroni.
L’estrazione dell’energia dai composti organici può essere divisa in 3 stadi. Nella prima fase dai
grassi otteniamo acidi grassi e glicerolo, dai polisaccaridi otteniamo
glucosio e altri zuccheri, questi monomeri che si generano formano
l’acetil co-A (unità bicarboniose). Questi acetil-co-A entra nel ciclo degli
acidi tricarbossilici e usciranno sotto forma di CO2 (abbiamo ossidato
completamente l’atomo di C). In questo ciclo vengono rilasciati 8
elettroni che vengono presi dal NAD+ e dal FAD generando coenzimi
ridotti che rilasciano i loro elettroni alla catena di trasporto fino ad
arrivare alla sintesi di ATP.
Gli elettroni vengono portati dal NADH e dal FADH2 e vengono ceduti a
una serie di trasportatori e durante il loro trasporto passano attraverso
diversi potenziali redox e rilasciano via via energia che viene usata per
pompare protoni fuori dalla membrana mitocondriale interna. Protoni
che fluiscono fuori contro gradiente di potenziale elettrochimico
ovvero pompiamo protoni carichi positivamente contro una zona già
carica positivamente.

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 LA GLICOLISI
Il glucosio occupa una posizione centrale nel metabolismo delle piante, degli animali e di molti
microrganismi. È relativamente ricco di energia potenziale e quindi è un ottimo combustibile
(sostanza nutriente). La completa ossidazione del glucosio ad anidride carbonica e acqua procede
con una variazione di energia libera standard di - 2840 kJ/mole. Immagazzinando il glucosio sotto
forma di un polimero a elevato peso molecolare, come l'amido o il glicogeno, la cellula può
conservare grandi quantità di unità dell'esosio, mantenendo nel contempo relativamente bassa
l'osmolarità citosolica. Lo studio dei destini metabolici del glucosio comprenderebbe centinaia o
migliaia di trasformazioni, può essere utilizzato per la sintesi di polisaccaridi complessi destinati
allo spazio extracellulare, essere immagazzinato nella cellula essere ossidato a composti a tre
atomi di carbonio (piruvato)
tramite la glicolisi per produrre
ATP e intermedi metabolici, o
infine essere ossidato attraverso
la via del pentosio fosfato (o del
fosfogluconato) per produrre
ribosio 5-fosfato necessario per
la sintesi degli acidi nucleici e il
NADPH, usato invece nei
processi biosintetici riduttivi. Gli
organismi che non hanno
accesso al glucosio da altre fonti
devono produrlo. Gli organismi
fotosintetici sintetizzano il
glucosio prima riducendo la CO2
atmosferica a triosi e poi
convertendo i triosi in glucosio.
Le cellule non fotosintetiche
sintetizzano il glucosio da
precursori a tre o quattro atomi
di carbonio tramite la
gluconeogenesi, un processo che
consiste in pratica nell'inverso
della glicolisi e neutralizza molti
degli enzimi. Nei sistemi biologici
l’ossidazione del glucosio
avviene attraverso una serie di
reazioni che conducono alla
formazione di acqua e CO2.
Questa sequenza metabolica non
coinvolge direttamente l’uso di
ossigeno molecolare. Infatti
questa molecola è un agente
ossidante così energico che
l’energia prodotta in un processo
di ossidazione di un substrato
organico sarebbe così elevata da
non poter essere conservata o
usata efficientemente. Gli elettroni rilasciati dai composti organici non vengono dati direttamente
all’ossigeno, o ad altri ossidanti, ma a ossidanti meno energici come il NAD+ e il FAD (forme
ossidate), dando luogo alle forme ridotte di questi trasportatori di elettroni, rispettivamente
NADH e FADH2, che a loro volta cederanno gli elettroni ad alta energia ad una serie di
trasportatori che costituiscono la catena di trasporto degli elettroni mitocondriale. L’ossigeno
molecolare appare soltanto all’ultimo stadio di questo processo. Nella glicolisi una molecola di
glucosio viene degradata mediante una serie di reazioni catalizzate da enzimi che producono due
molecole di un composto a tre atomi di carbonio, il piruvato.

Quindi il metabolismo del glucosio può avvenire in 3 tappe: glicolisi in cui si produce il piruvato, se
il processo avviene in presenza di ossigeno si verifica il ciclo degli acidi tricarbossilici (ciclo di krebs)
(senza ossigeno avviene la fermentazione) e infine la fosforilazione ossidativa tramite la catena di
trasporto degli elettroni. Durante le reazioni in sequenza della glicolisi parte dell'energia rilasciata
dal glucosio viene recuperata sotto forma di ATP e di NADH. La glicolisi è la via centrale per il
catabolismo del glucosio, attraverso la quale passa la quantità più consistente di atomi di carbonio
nella maggior parte delle cellule. La demolizione del glucosio è la sola fonte di energia metabolica
in alcuni tessuti di mammifero e in alcuni tipi di cellule. Le reazioni della glicolisi hanno luogo nel
citosol. La demolizione del glucosio, uno zucchero a sei atomi di carbonio, in due molecole di
piruvato (composto a tre atomi di carbonio) avviene in dieci tappe, le prime cinque delle quali
costituiscono la fase preparatoria. In queste reazioni il glucosio viene prima fosforilato a livello del
gruppo ossidrilico sul C-6. Il D-glucosio 6-fosfato cosi formato viene convertito in D-fruttosio 6-
fosfato, che viene ancora fosforilato sul C-1, generando il fruttosio 1,6-bisfosfato. In entrambe le
tappe di fosforilazione il donatore dei gruppi fosforici è l'ATP. Come per tutti gli altri derivati degli
zuccheri presenti nella via glicolitica, gli isomeri appartengono sempre alla serie D. Il fruttosio 1,6-
bisfosfato viene successivamente scisso in due molecole a tre atomi di carbonio: il diidrossiacetone
fosfato e la gliceraldeide 3-fosfato. Questa è la tappa "litica" da cui la via trae il nome. Il
diidrossiacetone fosfato viene isomerizzato in una seconda molecola di gliceraldeide 3-fosfato,
completando cosi la prima fase della glicolisi. Si noti che sono state utilizzate due molecole di ATP
per poter scindere la molecola del glucosio due frammenti a tre atomi di carbonio; in seguito
saranno raccolti i frutti di questo investimento energetico.Per riassumere, nella fase preparatoria
della glicolisi viene spesa l'energia del ATP per aumentare il contenuto in energia libera degli
intermedi della via metabolica, e le catene carboniose di tutti gli esosi metabolizzati sono
convertite in un prodotto comune, la gliceraldeide 3-fosfato. Il guadagno energetico inizia nella
fase di recupero energetico della glicolisi. Ogni molecola di gliceraldeide 3-fosfato viene ossidata e
fosforilata dal fosfato inorganico (non dall’ATP) formando 1,3-bisfosfoglicerato. L’energia viene
rilasciata quando le due molecole di 1,3-bisfosfoglicerato sono convertite in due molecole di
piruvato, la maggior parte di questa energia viene conservata mediante la fosforilazione di quattro
molecole di ADP ad ATP. La resa netta è di due molecole di ATP per molecola di glucosio entrata
nella via metabolica, in quanto due molecole di ATP sono state utilizzate nella fase preparatoria

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della glicolisi. L’energia è conservata nella fase di recupero energetico mediante la formazione di
due molecole di NADH per molecola di glucosio.
Nelle reazioni sequenziali della glicolisi, tre tipi di trasformazione chimica sono particolarmente
importanti:
1. La degradazione dello scheletro carbonioso del glucosio nel composto non saccaridico
piruvato;
2. la fosforilazione di ADP ad ATP da parte di un composto ad alta energia che si forma
durante la glicolisi;
3. il trasferimento di atomi di idrogeno o di elettroni al NAD+, generando NADH.

Destini del piruvato dalla glicolisi:

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LA FASE PREPARATORIA
La fase preparatoria della glicolisi richiede l'investimento di due molecole di ATP e porta alla
rottura dell'esosio in due molecole di triosio fosfato.

• Reazione 1: fosforilazione del glucosio

Nella prima tappa della glicolisi, il glucosio viene attivato per le successive reazioni mediante
fosforilazione a livello del suo atomo C-6 per formare il glucosio 6-fosfato; l’ATP è il donatore del
gruppo fosforico:

Questa reazione è irreversibile nelle condizioni intracellulari ed è catalizzata dall’esochinasi enzimi

che catalizzano il trasferimento del gruppo fosforico terminale dall'ATP a un accettore nucleofilico.
Le chinasi sono una sotto classe delle trasferasi

• Reazione 2: Conversione del glucosio 6-fosfato a fruttosio 6-fosfato

L’enzima fosfoesosio isomerasi (fosfoglucosio isomerasi) catalizza l’isomerizzazione reversibile del
glucosio 6-fosfato, un aldosio, in fruttosio 6-fosfato, un chetosio:

ll meccanismo della reazione comporta la formazione di un enediolo intermedio. La reazione

procede in entrambe le direzioni, come è suggerito dalla variazione relativamente piccola
dell'energia libera standard.
Le reazioni di apertura e chiusura dell'anello (passaggi da 1 a 4) sono catalizzate da un residuo di
His poste sul sito attivo, tramite meccanismi che sono stati omessi per semplicità. Il protone (In
rosa) inizialmente in C-2 è reso più facilmente estraibile da parte del gruppo carbonilico adiacente
e del gruppo ossidrilico vicino. Dopo essere stato trasferito dal C-2 al Glu del sito attivo il protone
si scambia liberamente con la soluzione circostante; pertanto, li protone estratto dal C-2 nella
tappa 2 non è necessariamente lo stesso che viene aggiunto In C-1 nella tappa 3.

• Reazione 3: fosforilazione del fruttosio 6-fosfato a fruttosio 1,6- bisfosfato

Nella seconda delle due reazioni di innesco della glicolisi, la fosfofruttochinasi-1 (PFK-1) catalizza il
trasferimento di un gruppo fosforico dall'ATP l’enzima che forma il fruttosio 1-6 bifosfato è
chiamato PFK-1 (è un enzima allosterico). La reazione catalizzata dalla PFK-1 è essenzialmente
irreversibile nelle condizioni cellulari e può essere considerata la prima reazione "di comando"
della via glicolitica; il glucosio 6-fosfato e il fruttosio 6-fosfato hanno altri possibili destini
metabolici, ma il fruttosio 1,6-bisfosfato è un intermedio esclusivo della glicolisi.

• Reazione 4: scissione del fruttosio 1,6 bisfosfato

L’enzima fruttosio 1,6-bisfosfato aldolasi, spesso chiamato semplicemente aldolasi, catalizza una
condensazione aldolica reversibile. ll fruttosio 1,6-bisfosfato viene scisso in due diversi triosi
fosforilati, la gliceraldeide 3-fosfato, un aldosio, e il diidrossiacetone fosfato, un chetosio:

Vi sono due classi di aldolasi. Le aldolasi della classe I, presenti negli animali e nelle piante, usano il
meccanismo catalitico. Anche se la reazione aldolasica ha una variazione di energia libera standard
positiva nella direzione della scissione del fruttosio 1,6-bisfosfato. Alle basse concentrazioni dei
reagenti presenti nella cellula la variazione di energia libera è modesta, perciò la reazione
aldolasica è facilmente reversibile.

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 • Reazione 5: interconversione dei triosi fosfato
Solo uno dei due triosi fosfato formati dall’aldolasi, la gliceraldeide 3-fosfato, può essere
degradato direttamente nelle tappe successive della glicolisi. L’altro prodotto, il diidrossiacetone
fosfato, viene rapidamente e reversibilmente convertito in gliceraldeide 3-fosfato dal quinto
enzima della via glicolitica, la triosio fosfato isomerasi:

ll meccanismo della reazione è simile a quello della fosfoesosio isomerasi della tappa 8 della
glicolisi. Dopo la reazione triosio fosfato isomerasica, gli atomi di carbonio derivati dai segmenti C-
1-C-3 del glucosio di partenza sono chimicamente indistinguibili da quelli derivati dal segmento C-
4-C-6. Le due "metà" del glucosio hanno entrambe generato una molecola di gliceraldeide 3-
fosfato. Questa reazione completa la fase preparatoria della glicolisi. L’esosio è stato fosforilato in
C1 e in C-6 e quindi in due molecole di gliceraldeide 3-fosfato. La reazione procede velocemente

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dal diidrossiacetone fosfato verso la gliceraldeide 3 fosfato perchè le reazioni successive della
glicolisi rimuovono la gliceraldeide 3-fosfato.
FASE DI RECUPERO ENERGETICO
La fase di recupero energetico della glicolisi comprende le tappe di fosforilazione che conservano
parte dell’energia della molecola del glucosio sotto forma di ATP e NADH. La conversione di due
molecole di gliceraldeide 3-fosfato in due molecole di piruvato è accompagnata dalla formazione
di quattro molecole di ATP dall’ADP. La resa netta in ATP per molecola di glucosio è quindi di due
molecole di ATP perché due molecole di nucleotide sono state consumate nella fase preparatoria
della glicolisi per fosforilare la molecola di esosio in posizione 1 e 6.
• Reazione 6: ossidazione della gliceraldeide 3-fosfato a 1,3 bifosfoglicerato
La prima tappa della fase di recupero energetico è l'ossidazione della gliceraldeide 3-fosfato a 1,3-
bisfosfoglicerato, catalizzata dalla gliceralcleide 3-fosfato deidrogenasi:

Questa è la prima delle due reazioni della glicolisi in cui viene recuperata l'energia necessaria alla
formazione di ATP. ll gruppo aldeidico della gliceraldeide 3-fosfato viene ossidato, ma non per
dare un gruppo carbossilico
libero, ma un'anidride tra un
gruppo carbossilico e l'acido
fosforico. Questo tipo di anidride,
chiamato acil fosfato, ha
un'elevata energia libera standard
di idrolisi. Gran parte dell'energia
libera dell’ossidazione del gruppo
aldeidico della gliceraldeide3-
fosfato viene conservata con la
formazione dell'acil-fosfato nella
posizione C-1 dell'1,3-
bisfosfoglicerato. La gliceraldeide
3-fosfato si lega covalentemente
alla deidrogenasi durante la
reazione. Il gruppo aldeidico della
gliceraldeide 3-fosfato reagisce
con i l gruppo -SH di un residuo di
cisteina del sito attivo, in una

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reazione analoga alla formazione di un emiacetale. La quantità di NAD+ di una cellula è di gran
lunga inferiore a quella del glucosio metabolizzato in pochi minuti. La glicolisi si arresterebbe
subito se il NADH che si è formato in questa tappa deidrogenasica non venisse continuamente
riossidato e quindi riciclato. L’ossidazione di un’aldeide ad acido favorisce la formazione di un
composto ad elevato potenziale di trasferimento del gruppo fosfato. L’ossidazione della GAP
(processo esoergonico) e la fosforilazione (processo endoergonico) sono energeticamente
accoppiati. La GAP durante la catalisi si lega covalentemente con il gruppo tiolico SH di un residuo
di cisteina nel sito attivo dell’enzima formando un intermedio tioestere ad alta energia che
favorisce la reazione di fosforilazione che è endoergonica.
• Reazione 7: trasferimento del gruppo fosforico dall’1-3bisfosoglicerato all’ADP.
L’enzima fosfoglicerato chinasi trasferisce all'ADP il gruppo fosforico ad alta energia del gruppo
carbossilico dell’1-3 bisfosfoglicerato per formare ATP e 3-fosfoglicerato.

Le tappe 6 e 7 della glicolisi nel loro insieme costituiscono un processo di accoppiamento

energetico in cui l'1,3-bisfosfoglicerato è l'intermedio comune. L’1-3-bisfoglicerato si forma nella
prima reazione mentre nella seconda reazione (che invece è fortemente esoergonica) il gruppo
fosforico dell'acilfosfato viene trasferito all'ADP. La reazione può essere considerata come la
somma di due reazioni:

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La reazione complessiva è esoergonica. La prima reazione è esoergonica DG-, la seconda reazione
è endoergonica DG +. Il valore assoluto dei due DG è simile. Se le due reazioni avvenissero
separatamente, la seconda avrebbe una elevata energia di attivazione e non avverrebbe a velocità
biologicamente significativa. I due processi devono essere accoppiati: 1. Ossidazione dell’aldeide
(esoergonica) 2. Sintesi dell’acil fosfato (endoergonica). Come si realizza l’accoppiamento?
Attraverso un intermedio che si forma a seguito dell’ossidazione dell’aldeide e che rimane legato
all’enzima con un legame tioestere. L’intermedio tioestere è un composto a più alta energia
dell’acido carbossilico libero.

• Reazione 8: conversione del 3-fosfoglicerato in 2 fosfoglicerato

L’enzima fosfoglicerato mutasi catalizza lo scambio reversibile del gruppo fosforilico tra il C-2 e il
C-3 del glicerato; la reazione richiede Mg2+:

La reazione avviene in due tappe. Un gruppo fosforico inizialmente legato a un residuo di istidina
della mutasi viene trasferito all'ossidrile in C-2 del 3-fosfoglicerato, formando il 2,3-
bisfosfoglicerato. Il gruppo fosforico in C-3 del 2,3-BPG viene quindi trasferito allo stesso residuo di
His. Si forma cosi il 2-fosfoglicerato e l'enzima fosforilato viene rigenerato. La fosfoglicerato mutasi
viene inizialmente fosforilata per trasferimento di un gruppo fosforilico dal 2,3-BPG, che è
necessario in piccole quantità per dare inizio al ciclo catalitico e viene continuamente rigenerato
da quel ciclo.
• Reazione 9: deidratazione del 2-fosfoglicerato a fosfoenolpiruvato
Nella seconda reazione della glicolisi, che genera un composto con un elevato potenziale di
trasferimento del gruppo fosforico l'enolasi promuove la rimozione reversibile di una molecola di
acqua dal 2-fosfoglicerato, per generare il fosfoenolpiruvato (PEP):

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 • Reazione 10: trasferimento del gruppo fosforico dal fosfoenolpiruvato all’ADP
L’ultima tappa della glicolisi è il trasferimento del gruppo fosforico dal fosfoenolpiruvato all'ADP,
catalizzato dalla piruvato chinasi, che richiede K+ e Mg2+ oppure Mn2+:

In questa fosforilazione a livello del substrato il piruvato prodotto compare prima nella sua forma
enolica, e quindi tautomerizza rapidamente e non enzimaticamente nella forma chetonica,
prevalente a pH 7:

la reazione complessiva ha una variazione di energia libera standard fortemente negativa, dovuta
in gran parte alla conversione spontanea della forma enolica del piruvato nella forma chetonica.
Circa la metà dell'energia rilasciata dall'idrolisi del PEP viene conservata nella formazione del
legame fosfoanidridico dell’ATP mentre la restante parte costituisce la forza trainante che spinge
la reazione verso la sintesi dell'ATP.
BILANCIO COMPLESSIVO
A questo punto è possibile fare un bilancio della glicolisi per quanto riguarda:
1. Il destino degli atomi di carbonio del glucosio,
2. l'ingresso di Pi e ADP e la produzione di ATP
3. il trasferimento degli elettroni nelle reazioni di ossidoriduzione.
La parte sinistra dell'equazione seguente mostra l'ingresso dei substrati ATP, NAD+, ADP e P1nel
processo, mentre la parte destra mostra tutti i prodotti. In condizioni aerobiche le due molecole di
NADH che si formano durante la glicolisi nel citosol vengono riossidate a NAD+, con il
contemporaneo trasferimento dei loro elettroni alla catena di trasporto degli elettroni localizzata
nei mitocondri degli organismi eucariotici. Il trasferimento degli elettroni dal NADH all'O2 nei

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mitocondri fornisce l’energia per la sintesi dell'ATP mediante il processo di fotofosforilazione
dipendente dalla respirazione. Nel processo glicolitico complessivo, una molecola di glucosio viene
convertita in due molecole di piruvato (la via degli atomi di carbonio). Due molecole di ADP e due
di P; sono convertite in due molecole di ATP (la via dei gruppi fosforici). Quattro elettroni, sotto
forma di due ioni idruro, vengono trasferiti da due molecole di gliceraldeide 3-fosfato a due
molecole di NAD+

INGRESSO DEL FRUTTOSIO E GALATTOSIO

Oltre il glucosio anche altri zuccheri possono entrare in glicolisi e ci entrano mediante conversione
con degli intermedi a più livelli che sono presenti
nella glicolisi. Fra questi zuccheri possiamo
prendere ad esempio fruttosio e galattosio, due
epimeri in posizione 4
- FRUTTOSIO: ci sono delle differenze a
seconda dei tessuti, ad esempio nel tessuto
adiposo viene convertito in fruttosio 6
fosfato mentre nel fegato viene convertito
nei due triosi fosforilati. Ovviamente questo
richiede un impegno di energia. Il fruttosio,
tramite una fruttochinasi specifica, subisce
una fosforilazione impegnando una
molecola di ATP e si genera il fruttosio 1
fosfato, quest’ultimo grazie a un’aldolasi
viene escisso nei due triosi diidrossiacetone
fosfato (che è fosforilato) e gliceraldeide (che non è fosforilata) quest’ultima viene
fosforilata in gliceraldeide grazie
all’impiego di una seconda
molecola di ATP. (dopo segue le
tappe tipiche della glicolisi)
- GALATTOSIO: impegna una
molecola di ATP che serve a
fosforilare il galattosio nella
posizione 1 e quindi si forma il
galattosio 1 fosfato. Il galattosio
1 fosfato reagisce con UDP
glucosio che è una forma attivata
 del glucosio, ovvero deve avere dei legami ad alata energia dalla cui idrolisi si può trasferire
il glucosio. UDP glucosio presenta un’unità di UDP (uracile e ribosio) e reagisce con
galattosio 1 fosfato, l’enzima che opera questa reazione si chiama transferasi. Abbiamo
ora glucosio 1 fosfato (tramite legame di UMP galattosio) che viene convertito con una
mutasi in glucosio 6 fosfato e entriamo cosi nella glicolisi. Quindi abbiamo consumato 1
molecola di ATP per ottenere il glucosio 6 fosfato. UDP galattosio grazie a un epimerasi
converte UDP in glucosio effettuando una conversione sull’atomo di carbonio 4.
REGOLAZIONE DELLA GLICOLISI
Nella glicolisi 3 sono le reazioni irreversibili tra cui la n 1,3 e 10 regolate mediante il controllo di 3
enzimi che catalizzano queste reazioni altamente spontanee (esoergoniche): esochinasi,
fosfofruttochinasi, piruvato chinasi. Hanno un DG fortemente negativo quindi non è possibile
ripercorrerle a meno che si spenda tanta energia.

Nelle reazioni biologiche siamo lontani dall’equilibrio e il rapporto delle concentrazioni sarà
diverso quindi per calcolare il DG in condizioni fisiologiche dobbiamo conoscere non solo il DG0,
ma anche i DG0’ e i rapporti delle concentrazioni.
Le tabelle hanno nella fila centrale DG0’.

Le tappe 1,3 e 10 sono sotto regolazione di enzimi, come tappa di comando della glicolisi è la
reazione 3, non tanto la reazione 1 (magari puoi pensare che per bloccare quella via devi iniziare
dalla prima fase, ma in realtà non è cosi), che presenta il punto di smistamento ovvero il punto in
cui il prodotto può cambiare direzione a seconda delle richieste cellulari.
Nelle vie metaboliche gli enzimi che catalizzano reazioni irreversibili sono potenziali siti di
regolazione.
Le tipologie di regolazione esistenti sono:
- Legame reversibile di effettori allosterici, sono reazioni molto veloci che avvengono in un
millisecondo, basta che l’enzima accumuli un po' di prodotto affinchè non venga più
utilizzato a valle e regola la sua attività.
- Modificazione covalente mediante fosforilazione di serine ci sono delle serine specifiche
che possono essere fosfrorilate e defosforilate. Il fosfato è carico negativamente e quindi
porta dei arrangiamenti molecolari che cambiano la struttura dell’enzima, quindi l’enzima
può essere attivato o inibito mediante la fosforilazione e defosforilazione. La fosforilazione

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 e defosforilazione vengono fatte da coppie di chinasi e fosfatasi. Le reazioni avvengono in
secondi.
- Regolazione trascrizionale richiede ore, è un controllo secondario che si stabilisce in certe
condizioni.
Esistono due tipi di controllo:
1. Disponibilità del substrato:
le reazioni biologiche sono lontane dall’equilibrio quindi piccole variazioni di substrato possono
portare a una considerevole variazione della velocità della reazione. Un tipo di controllo si basa
appunto sulla concentrazione del substrato perchè
se si sta accumulando vuol dire che non viene
usato a valle. Quindi quando la concentrazione
intracellulare del substrato è al di sotto del valore
della Km (come succede comunemente) la velocità
della reazione dipende fortemente dalla
concentrazione del substrato. Consideriamo
un’equazione di M-M con la Km come valore dalla
concentrazione a cui si ha la velocità massima, in
condizioni fisiologiche generalmente le
concentrazioni dei substrati sono inferiori al valore
di Km, variazioni piccole delle concentrazioni dei
substrati comportano rapide variazioni della
velocità delle reazioni.
2. Regolazione allosterica
mediante delle molecole segnale che possono segnalare la ricchezza energetica oppure la povertà
energetica. Avviene da parte di intermedi metabolici che segnalano lo stato energetico della
cellula (ATP, citrato, alanina...). (in particolare ci concentriamo sulla chinasi che catalizza la
reazione 3). Ci sono vari regolatori allosterici, alcuni sono specifici, ad esempio fruttosio 2,6
bisfosfato è un regolatore specifico dell’enzima fosfofruttochinasi, ci sono anche regolatori
allosterici più generali che indicano povertà o ricchezza di energia. Ad esempio:
- ATP è un inibitore -> ricchezza energetica
- AMP è un attivatore -> povertà energetica
- Citrato è un inibitore -> ricchezza di intermedi
metabolici
Gli enzimi allosterici hanno curve di tipo sigmoide,
guardando la curva rosa la concentrazione di fruttosio 6
fosfato presenta una velocità rappresentate nel grafico e
ha un’alta concentrazione di ATP, la stessa concentrazione
di substrato però in presenza di una concentrazione bassa
di ATP genera un aumento di velocità. Quindi a alta
concentrazione di ATP quest’ultimo agisce da inibitore
proprio perchè indica ricchezza energetica (quindi se c’è
già tanto ATP dobbiamo rallentare la reazione), quindi ATP
è inibitore. L’ AMP invece, che deriva dall’idrolisi dell’ATP e si forma quando l’ATP viene usato
allora con alta concentrazione di ATP l’AMP sarà un attivatore. Il citrato se si trova in abbondanza,
dato che indica il prodotto finale, e quindi si sta accumulando allora funziona da inibitore e indica
ricchezza di intermedi metabolici.

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FRUTTOSIO 2,6 BISFOSFATO
Possiamo fare l’esempio del fruttosio 2,6 bisfosfato (caso specifico) che è un attivatore e quindi
converte la forma T nella forma R, il fruttosio 2,6 bisfosfato
aumenta l’affinità dell’enzima per il fruttosio 6-fosfato. La
dipendenza sigmoide della velocità dalla concentrazione del
substrato diventa iperbolica in presenza d fruttosio 2,6-
bisfosfato 1µM.
Come si forma il fruttosio 2,6 bisfosfato?
Il fruttosio 2,6 bisfosfato non è un intermedio della glicolisi
però usa gli intermedi della glicolisi per potersi formare. Il
fruttosio 6 fosfato può essere convertito in fruttosio 2,6
bisfosfato grazie a una chinasi che lo fosforila e una fosfatasi
che lo defosforila. Si tratta di una reazione catalizzata
dall’enzima fosfofruttochinasi 2, un enzima bifunzionale,
un'unica catena polipeptidica che ha due domini di fouling
diversi, in un caso al N terminale abbiamo il dominio
chinasico e al dominio C terminale è una fosfatasi. Sullo
stesso enzima ci due funzioni opposte, una sarà attiva l’altra
inattiva, per ottenere questo enzima si ottiene fosforilando
un residuo di serina. Questo enzima quindi viene regolato mediante modifica covalente mediante
reazione di fosforilazione di uno specifico residuo di serina.

Partendo dal centro vediamo il residuo di serina che può essere fosforilato, quando il residuo di
serina è presente la chinasi è inattiva mentre la fosfatasi è attiva quindi agisce la fosfatasi, il
fosfato viene rimosso e quest’ultimo inibisce la fosfatasi e riattiva la chinasi. Per fare questa
reazioni abbiamo bisogno di una coppia chinasi-fosfatasi, si tratta della proteina chinasi A che usa
fosfato dell’ATP e prende il fosfato dall’ATP fosforila e inibisce la chinasi, la fosfatasi coordinata
con chinasi A fa il contrario (fosfoproteina fosfatasi). Guardano ai lati dell’immagine notiamo che
se attiva la proteina chinasi succede che il fruttosio 6 fosfato, usando ATP come donatore di
fosfato, viene fosforilato e si ottiene e il fruttosio 2,6 bisfosfato che è un attivatore della
fosfofruttochinasi dunque questo processo attiva la glicolisi (se la glicolisi è attiva il glucosio è
abbondante quindi siamo in fase di nutrizione). Dall’altro lato dell’immagine notiamo che è attiva
la fosfatasi che fa la reazione inversa, prende il fruttosio 2,6 bisfosfato e toglie il fosfato e forma di
nuovo il fruttosio 6 fosfato, quindi limitiamo la concentrazione di un attivatore e di conseguenza
stiamo inibendo la glicolisi, in questo caso siamo in condizioni di glucosio scarso, condizioni di
digiuno. (in attività, nutrizione= attivo lato sinistro, no attività, digiuno= attivo lato destro).

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L’insulina e glucagone, sono due ormoni segnalatori della concentrazione ematiche di glucosio,
dopo il pasto quando il glucosio è in alata concentrazione e passa nel sangue, viene sintetizzata
l’insulina che induce ingresso del glucosio dei tessuti. Quando siamo in condizioni di digiuno
interviene il glucagone che opera in direzione opposta della glicolisi, infatti stimola la pka, la
fosfatasi è attiva, la chinasi è inibita e la gluconogenesi è stimolata (glicolisi e la gluconogenesi
vanno in direzioni opposte).

Nel muscolo a riposo si verifica il blocco della glicolisi perchè non c’è tanto consumo di ATP, l’ATP
è in maggiore concentrazione e quindi andrà ad inibire allostericamente sia enzima 3 che 10,
mentre nel muscolo in attività la glicolisi è attiva e abbiamo grandi concentrazioni AMP e quindi
attiverà la fusfofruttochinasi.

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 LA FERMENTAZIONE
Catabolismo anaerobico dei carboidrati
In condizioni aerobiche, il piruvato formato nella fase finale della glicolisi viene ossidato ad acetato (acetil-
CoA), che entra nel ciclo dell’acido citrico, per essere ossidato a C02 e H20. Il NADH formato per
deidrogenazione della gliceraldeide 3-fosfato viene riossidato a NAD+, e gli elettroni sottratti sono trasferiti
all’O2 nel processo della respirazione mitocondriale. In condizioni ipossiche però, come nel muscolo che si
contrae violentemente, il NADH che si genera nella glicolisi non può essere riossidato dall'O2. La
mancata rigenerazione del NAD+ lascerebbe la cellula priva dell'accettore di elettroni necessario
per l'ossidazione della gliceraldeide 3-fosfato, di conseguenza anche le reazioni della glicolisi
coinvolte nella produzione di energia verrebbero a fermarsi. Il NAD+ deve quindi essere rigenerato
in qualche altro modo. Le prime cellule comparse sulla Terra vivevano in un'atmosfera quasi priva
di ossigeno e dovettero quindi sviluppare strategie per ottenere energia dalle molecole
combustibili in condizioni anaerobiche. La maggior parte degli organismi attuali ha mantenuto la
capacità di rigenerare il NAD+ durante la glicolisi anaerobica, trasferendo gli elettroni dal NADH e
formando un prodotto finale come il lattato o l'etanolo.

FERMENTAZIONE LATTICA
Quando i tessuti animali non possono essere riforniti di una quantità di ossigeno sufficiente per
l'ossidazione del piruvato e del NADH prodotti dalla glicolisi, i l NAD+ viene rigenerato dal NADH
per mezzo della riduzione del piruvato a lattato. La riduzione del piruvato attraverso questa via è
catalizzata dalla lattato deidrogenasi, che forma l'isomero L del lattato a pH7:

L’equilibrio complessivo di questa reazione favorisce fortemente la formazione di acido lattico,

dato il valore molto negativo della variazione di energia libera standard. Nella glicolisi, la
deidrogenazione delle due molecole digliceraldeide3-fosfato, derivate da ciascuna molecola di
glucosio, converte due molecole di NAD+ in due molecole di NADH. Poiché la riduzione di due
molecole di piruvato in due molecole di lattato rigenera due molecole di NAD+, non vi è alcuna
variazione netta della concentrazione del NAD+ e del NADH. Il lattato che si forma nel muscolo che

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si contrae (o negli eritrociti) può essere riciclato. Esso viene trasportato dal torrente circolatorio
fino al fegato, dove viene convertito in glucosio durante la fase di recupero dopo un'attività
muscolare intensa. Quando il lattato viene prodotto in grande
quantità durante una contrazione muscolare violenta (per
esempio una corsa veloce), l’acidificazione conseguente alla
ionizzazione dell'acido lattico nel muscolo e nel sangue limita la
durata della contrazione muscolare violenta. Anche se la
conversione del glucosio in lattato richiede due tappe di
ossidoriduzione, non vi è una variazione netta dello stato di
ossidazione degli atomi di carbonio. Nel glucosio (C6H12O6) e
nell'acido lattico (C3H6O3) il rapporto H:C è lo stesso. Tuttavia, parte dell'energia della molecola
del glucosio è stata estratta durante la conversione in lattato, in quantità sufficiente per formare
due molecole di ATP per molecola di glucosio utilizzata. Con il termine fermentazione si intende
ogni processo in cui viene estratta energia (sotto forma di ATP) senza consumo di ossigeno e in
questo caso anche senza variazione della concentrazione del NAD+ e del NADH.

FERMENTAZIONE ALCOLICA
Il lievito e altri microrganismi fermentano il glucosio a etanolo e CO2, invece che a lattato. Il
glucosio è convertito in 2 piruvato tramite la glicolisi, e il piruvato è convertito in etanolo e CO2 in
un processo in due fasi:

Nella prima fase, il piruvato viene decarbossilato in una reazione irreversibile catalizzata dalla
piruvato decarbossilato in una reazione irreversibile catalizzata dalla piruvato dercabossilasi.
Questa reazione è una semplice decarbossilazione e non comporta ossidazione del piruvato. La
piruvato decarbossilasi richiede Mg2+, e ha saldamente legato a sé il coenzima tiamina
pirofosfato.
 In una seconda tappa, l'acetaldeide viene ridotta a
etanolo a opera dell'alcol deidrogenasi, con
l'intervento del NADH derivato dalla
deidrogenazione della gliceraldeide 3-fosfato.
Questa reazione è un esempio ben caratterizzato
di trasferimento dello ione idruro dal NADH
l’etanolo e la CO2 sono quindi i prodotti terminali
della fermentazione alcolica. Come nella
fermentazione lattica, non vi è variazione nel
rapporto tra gli atomi di idrogeno e quelli di
carbonio quando il glucosio (rapporto H:C = 12/6 =
2) viene fermentato a due molecole di etanolo e
due di C02 (rapporto combinato H:C = 12/6 = 2). In
tutte le fermentazioni il rapporto H:C dei reagenti
e dei prodotti rimane lo stesso. La CO2 prodotta
dalla piruvato decarbossilasi del lievito di birra è
responsabile delle caratteristiche bollicine di
questa bevanda.

Nella reazione catalizzata dalla piruvato decarbossilasi incontriamo per la prima volta la tiamina
pirofosfato (TPP),un coenzima che deriva dalla vitamina B1. La tiamina pirofosfato svolge un ruolo
importante nella rottura dei legami adiacenti ai gruppi carbonilici come la decarbossilazione degli
a cheto acidi e i riarrangiamenti chimici in cui un gruppo acetaldeidico attivato viene trasferito da
un atomo di carbonio a un altro. La parte funzionale della tiamina pirofosfato, l'anello tiazolico,
possiede un protone relativamente acido nell'atomo C-2. Il distacco di questo protone produce un

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carbanione, che è la specie attiva nelle reazioni TPP-dipendenti. Il carbanione si lega facilmente ai
gruppi carbonilici, mentre l'anello tiazolico viene posizionato in modo da fungere da "trappola per
gli elettroni’’, che facilita reazioni come la decarbossilazione catalizzata dalla piruvato
decarbossilasi. In condizioni anaerobiche il NAD+ necessario per la reazione 6 della glicolisi viene
rifornito grazie alle fermentazioni . In questo caso la glicolisi procede in condizioni anaerobiche
producendo 2 molecole di ATP

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 LA GLUCONOGENESI
Prima di parlare della gluconogenesi è fondamentale conoscere dei punti salienti:
- Le vie di sintesi e degradazione di una macromolecola (glucosio, lipidi...) sono separate in
compartimenti cellulari diversi
- La regolazione delle vie anaboliche e cataboliche non
potrebbe avere luogo se fossero catalizzate dallo stesso
gruppo di enzimi.
- Le vie anaboliche e cataboliche che hanno in comune gli
stessi composti di partenza e gli stessi prodotti finali
(glucosio e piruvato) possono avere molti enzimi in
comune, ma almeno una delle tappe deve essere
catalizzata nella direzione anabolica ed in quella catabolica
da due enzimi diversi. Tali enzimi sono sottoposti a
regolazione separata.
Inoltre per rendere irreversibili le vie anaboliche e
cataboliche è necessario che in ogni direzione esista
almeno una reazione termodinamicamente favorita in un
senso e quindi sfavorita nel senso opposto
- Le vie metaboliche sono sottoposte ad un controllo cinetico
da parte delle concentrazioni.
- Gli intermedi anabolici e catabolici che si accumulano
possono contribuire al controllo della velocità del
metabolismo.
La formazione di glucosio da
precursori non saccaridici è chiamata
gluconeogenesi ("nuova formazione
di zucchero"); questo processo utilizza il piruvato e i composti a 3 o 4
atomi di carbonio a esso correlati. La gluconeogenesi avviene in tutti
gli animali, piante, funghi e microrganismi. Negli animali i precursori
del glucosio sono i composti a tre atomi di carbonio come il lattato, il
piruvato e il glicerolo, oltre ad alcuni amminoacidi. Negli animali
superiori la gluconeogenesi avviene prevalentemente nel fegato, il
glucosio prodotto passa poi nel sangue per rifornire gli altri tessuti.
La gluconeogenesi e la glicolisi non sono vie metaboliche identiche
percorse in direzioni opposte, anche se condividono diverse tappe.
Sette delle dieci reazioni enzimatiche della gluconeogenesi sono
reazioni della glicolisi che avvengono nella direzione opposta. Tre
delle reazioni della glicolisi (la 1,3 e 10), sono pero essenzialmente
irreversibili in vivo e non sono utilizzabili nella gluconeogenesi: la
conversione del glucosio in glucosio 6-fosfato da parte
dell'esochinasi, la fosforilazione del fruttosio 6-fosfato a fruttosio da
parte della fosfofruttochinasi-1 e la conversione del fosfoenolpiruvato
in piruvato da parte della piruvato chinasi. Nelle cellule queste tre
reazioni hanno una variazione dell'energia libera, DG, fortemente
negativa, mentre le altre sette reazioni hanno un valore di DG vicino
a zero. Nella gluconeogenesi, queste tre tappe sono superate
mediante un diverso gruppo di enzimi, che catalizzano reazioni
sufficientemente esoergoniche da essere ugualmente irreversibili

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nella direzione della sintesi del glucosio. Pertanto sia la glicolisi sia la gluconeogenesi sono processi
irreversibili nelle condizioni cellulari. Negli animali entrambe le vie sono per la maggior parte nel
citosol, e necessitano di una regolazione reciproca e coordinata. Le due vie metaboliche sono
regolate indipendentemente l'una dall'altra, tramite controlli esercitati sulle reazioni che
appartengono specificamente a ognuna di esse.

Iniziamo analizzando una delle reazioni di deviazione (si tenga presente che il termine deviazione
si riferisce al superamento delle reazioni glicolitiche irreversibili): conversione
del piruvato in fosfoenolpiruvato. La prima delle reazioni di "deviazione’’ della
gluconeogenesi è la conversione del piruvato in fosfoenolpiruvato (PEP).
Questa reazione non può avvenire per semplice inversione della reazione della
piruvato chinasi nella glicolisi, in quanto la sua variazione di energia libera è
molto negativa, per cui è irreversibile nelle condizioni intracellulari. La
fosforilazione del piruvato avviene tramite una serie di reazioni che negli
eucarioti richiede l'intervento di enzimi citosolici e mitocondriali.

Il piruvato viene prima trasferito dal citosol ai mitocondri, successivamente la piruvato

carbossilasi, un enzima mitocondriale che richiede il coenzima biotina, converte il piruvato in
ossalacetato, la reazione di carbossilazione coinvolge la biotina come trasportatore del
bicarbonato attivato, quindi la biotina rimuove il fosfato, formando la carbossi-biotina. La piruvato
carbossilasi è il primo enzima regolatore della via gluconeogenetica e richiede acetil-CoA come
effettore allosterico positivo. Come vedremo, la reazione piruvato carbossilasica può fornire
intermedi a un'altra via metabolica centrale, il ciclo dell'acido citrico. Poiché la membrana
mitocondriale non ha trasportatori per l'ossalacetato, prima di essere esportato nel citosol
l'ossalacetato formato dal piruvato deve essere ridotto a malato dalla malato deidrogenasi
mitocondriale a spese del NADH.

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La variazione di energia libera standard di questa reazione è
abbastanza elevata, ma nelle condizioni fisiologiche DG=0 quindi
la reazione è prontamente reversibile. La malato deidrogenasi
mitocondriale funziona sia nella gluconeogenesi che nel ciclo
dell'acido citrico, anche se il flusso dei metaboliti nei due processi
ha direzioni opposte. Il malato esce dal mitocondrio mediante un
trasportatore specifico localizzato sulla membrana mitocondriale
interna e nel citosol viene riossidato a ossalacetato con
produzione di NADH citosolico. L’ossalacetato è poi convertito in
PEP dalla fosfoenolpiruvato carbossichinasi. Nei mitocondri il
piruvato viene convertito in ossalacerato in una reazione biotina-
dipendente catalizzata dalla piruvato carbossilasi. (b) Nel citosol
l'ossalacetato è trasformato In fosfoenolpiruvato dalla PEP
carbossichinasi. La CO2 fissata nella reazione della piruvato
carbossllasi viene di nuovo rilasciata. La decarbossllazione porta a
un arrangiamento elettronico, che facilita l'attacco dell'ossigeno
carbonilico del piruvato sul gruppo fosforico y del GtP. La BIOTINA
è un trasportatore di CO2, è legata covalentemente alla
carbossilasi mediante un legame ammidico tra il gruppo
carbossilico della sua catena laterale di valerato ed il gruppo e-
amminico della catena laterale della lisina dell’enzima.

La biotina presenta un braccio flessibile di 14A° trasporta l’anello biotinico da un sito all’altro, la
reazione avviene in 2 fasi e in 2 diversi sottositi dello stesso enzima. Il cofattore biotina è legato
covalentemente all'enzima tramite un legame ammidico al gruppo e-ammino di un residuo di
lisina, formando così un biotinilenzima. La reazione avviene in due fasi e in due siti diversi
dell'enzima.

Nel sito catalitico1 lo ione bicarbonato viene convertito in CO2, a spese dell'ATP. Quindi la CO2
reagisce con la biotina, formando il carbossibiotinilenzima. Il lungo braccio formato dalla biotina e
dalla catena laterale della lisina trasferisce la del carbossibiotinilenzima al sito catalitico 2 sulla

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superficie dell'enzima, dove la C02 viene rilasciata e reagisce col piruvato formando l’ossalacetato
e rigenerando biotnil enzima.
Meccanismo piruvato carbossilasi:

Una seconda "deviazione" PEP diventa predominante quando il precursore della gluconeogenesi è
il lattato. In questa via viene utilizzato il lattato prodotto dalla glicolisi negli eritrociti o nel
muscolo, in particolare nei vertebrati di grandi dimensioni dopo
un esercizio fisico prolungato. La conversione del lattato in
piruvato nel citosol degli epatociti genera NADH, e quindi non è
più necessaria l'esportazione di malato dai mitocondri. Il piruvato
prodotto nell’areazione della lattato deidrogenasi viene
trasportato all'interno dei mitocondri, dove viene trasformato in
ossalacetato dalla piruvato carbossilasi, come sopra descritto.
L’ossalacetato viene convertito in PEP direttamente nei
mitocondri a opera di una forma mitocondriale di PEP
carbossichinasi. Il prodotto di questa reazione esce dai
mitocondri per entrare nella via gluconeogenetica. L'importanza
delle due vie dipende dalla disponibilità di lattato o di piruvato e
dalla necessità di disporre di NADH per la gluconeogenesi. La via
a destra predomina quando il precursore è il lattato in quanto il
NADH viene generato dalle reazioni della lattate deidrogenasi e
non deve essere trasportate al di fuori dei mitocondri.
In una visione di insieme possiamo prendere in considerazione la tappa 1,3 e 10 della glicolisi (a
sinistra) e della gluconeogenesi (a destra), come le tappe sono regolate nella glicolisi cosi lo
saranno anche quelle dalla gluconeogenesi. La regolazione avviene a livello dei substrati e
prodotti, piccole variazioni di substrati e prodotti, poi avviene la regolazione allosterica che sono
catalizzati da enzimi allosterici. La regolazione allosterica è il principale sistema di regolazione, la
concentrazione di fruttosio 2,6 bisfosfato è elevata nello stato alimentare ed è bassa nello stato di
digiuno. Un’altra regolazione importante è l’inibizione della piruvato chinasi mediante
fosforilazione durante il digiuno.
Un meccanismo importante da conoscere è il ciclo di cori, il lattato è un sottoprodotto della
fermentazione in cui non abbiamo estratto tutta l’energia necessaria per sintetizzare ATP. Se
siamo nel muscolo in elevata attività il glucosio viene convertito in piruvato e quest’ultimo si
converte in lattato. Dal lato del fegato invece avviene la gluconeogenesi, il lattato viene convertito
in piruvato e poi in glucosio, quindi avviene in modo ciclico. Il guadagno è del muscolo in attività è
di 2 molecole di ATP mentre nel fegato ne vengono spese 6.

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 LA VIA DEL PENTOSIO FOSFATO
Nella maggioranza dei tessuti animali il destino catabolico del glucosio 6-fosfato è la sua
demolizione glicolitica a piruvato, che verrà poi ossidato nel ciclo dell'acido citrico, prerequisito
per la formazione di ATP. Ma il glucosio 6-fosfato può anche essere metabolizzato in altri modi,
per produrre composti necessari alla cellula. Particolarmente importante in alcuni tessuti è
l'ossidazione del glucosio 6-fosfato a pentosio fosfato tramite la via del pentosio fosfato. È una via
del catabolismo del glucosio che ha 2 funzioni principali: Produrre NADPH per le biosintesi
riduttive e difesa dallo stress ossidativo e produrre ribosio-5-fosfato per la biosintesi dei
nucleotidi. In questa via ossidativa l'accettore di elettroni è il NADP+ e viene prodotto NADPH. Le
cellule che si dividono rapidamente, utilizzano il pentosio ribosio5-fosfato per costruire l'RNA, il
DNA e coenzimi quali l'ATP. Il NADH, il FADH2 e il coenzima A. In altri tessuti i prodotti principali
della via del pentosio fosfato non sono i pentosi, ma il donatore di elettroni NADPH, necessario
per le biosintesi riduttive e per contrastare gli effetti dannosi dei radicali liberi dell'ossigeno. I
tessuti che sintetizzano attivamente gli acidi grassi o il colesterolo e gli ormoni steroidei
necessitano dell’apporto di NADPH, formato dalla via del pentosio fosfato. ll NADPH che si forma
nella fase ossidativa viene utilizzato per ridurre il glutatione, GSSG e per supportare le reazioni
della biosintesi riduttiva. L'altro prodotto della fase ossidativa è il ribosio 5-fosfato, che serve
come precursore di nucleotidi, coenzimi e acidi nucleici. Nelle cellule che non utilizzano il ribosio
5-fosfato per le reazioni di biosintesi, la fase non ossidativa ricicla sei molecole di pentosio in
cinque di glucosio 6-fosfato, consentendo la produzione continua di NADPH e convertendo una
molecola di glucosio 6-fosfato (in sei cicli) in CO2. La via del pentosio fosfato, quindi, è formata da
due fasi:
- FASE OSSIDATIVA: in cui si producono NADPH e ribulosio-5- fosfato, che viene
isomerizzato a ribosio-5-fosfato
- FASE NON OSSIDATIVA: avviene in condizioni in cui c’è necessità di potere riducente
(NADPH) ma non di pentosi. Questi ultimi vengono riciclati in intermedi glicolitici grazie a 3
enzimi: 2 transchetolasi e 1 transaldolasi.

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FASE OSSIDATIVA
La prima reazione della via pentosio fosfato è l’ossidazione, catalizzata dalla glucosio 6-fosfato
deidrogenasi (G6PD) del glucosio 6-fosfato a 6-fosfoglucono-d-lattone, un estere intramolecolare.
L’accettore degli elettroni è il NADP+ e l’equilibrio della reazione è spostato nella direzione della
formazione del NADPH. Il lattone viene idrolizzato a 6-fosfogluconato libero da una specifica
lattonasi. Il 6-fosfogluconato va poi incontro a una reazione di decarbossilazione ossidativa,
catalizzata dalla 6-fosfogluconato deidrogenasi, formando il ribulosio 5-fosfato, un cheto pentosio.
Questa reazione genera una seconda molecola di NADPH. La fosfopentosio isomerasi converte il
ribulosio5-fosfato nel suo isomero, il ribosio 5-fosfato. In alcuni tessuti la via del pentosio fosfato
termina qui. Sì ha cosi la produzione netta di NADPH, un riducente utilizzato nelle reazioni
biosintetiche, e di ribosio 5-fosfato, uno zucchero fosforilato precursore dei nucleotidi.

LA FASE NON OSSIDATIVA

Nei tessuti che richiedono principalmente NADPH, il pentosio fosfato prodotto nella fase
ossidativa della via viene riciclato in glucosio 6-fosfato. In questa fase non ossidativa il ribulosio 5-
fosfato viene prima epimerizzato in xilulosio 5-fosfato:

Poi con una serie di riarrangimenti degli scheletri carboniosi, sei molecole di zucchero fosforilato a
cinque atomi di carbonio sono convertite in cinque molecole di zucchero fosforilato a sei atomi di
carbonio sono convertite in cinque molecole di zucchero fosforilato a sei atomi di carbonio,
completando il ciclo e consentendo di continuare a ossidare il glucosio 6-fosfato e a produrre
NADPH. Il ripetersi continuato del ciclo porta alla fine alla conversione del glucosio 6-fosfato in sei

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molecole di CO2. Nell’interconversione di questi zuccheri agiscono due enzimi tipici della via del
pentosio fosfato: la transechetolasi e la transaldolasi.
- Transechetolasi catalizza il trasferimento di un frammento a due atomi di carbonio da un
chetosio donatore a un aldosio accettore. La transchetolasi nel suo primo intervento nella
via del pentosio fosfato, trasferisce gli atomi C-1 e C-2 dello xilulosio 5-fosfato al ribosio 5-
fosfato formando un prodotto a sette atomi di carbonio, il sedoeptulosio 7-fosfato, i
restanti tre atomi di carbonio vengono liberati sotto forma di gliceraldeide 3-fosfato. La
prima è la reazione generale catalizzata dalla transchetolasi è Il trasferimento di un gruppo
a due atomi di carbonio, che si lega transitoriamente alla TPP legata all'enzima, da un
chetosio donatore a un aldosio accettore. Nella seconda vi è la conversione di due pentosi
fosfato in un triosio fosfato e in uno zucchero fosforilato a sette atomi di carbonio, il
sedoeptulosio 7-fosfato.

Meccanismo di reazione:

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 - Transaldolasi catalizza poi una reazione simile a quella dell'aldolasi nella glicolisi: dal
sedoeptulosio 7-fosfato viene rimosso un frammento a tre atomi di carbonio, che poi è
condensato con la gliceraldeide 3-fosfato, formando fruttosio 6-fosfato ed eritrosio 4-
fosfato, un tetrosio fosfato. La transchetolasi agisce ancora formando fruttosio 6-fosfato e
gliceraldeide 3-fosfato partendo dal peritrosio 4-fosfato e dallo xilulosio 5-fosfato. Le due
molecole di gliceraldeide 3-fosfato che si formano da due cicli di queste reazioni possono
essere convertite in una molecola di fruttosio 1,6-bisfosfato come nella gluconeogenesi e
infine la FBPasi-1 e l a fosfoesosio isomerasi convertono il fruttosio 1,6-bisfosfato in
glucosio 6-fosfato. ll ciclo è ora completo: sei molecole di pentosio fosfato sono state
convertite in cinque di esosio fosfato la trasnchetolasi richiede il cofattore tiamina
pirofosfato TPP che in questa reazione stabilizza carbanione a due atomi di carbonio. La
transaldolasi usa la catena laterale della Lys per formare una base di Schiffcol gruppo
carbonilico del suo substrato, un chetosio, stabilizzando cosi un carbanione, che è
l'elemento centrale del meccanismo di reazione.

Meccanismo di reazione:

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ll processo descritto viene detto via ossidativa del pentosio fosfato. La prima e la terza tappa sono
di ossidazione con variazione dell'energia libera standard molto negativa e nella cellula sono
essenzialmente irreversibili. Le reazioni della parte non ossidativa della via del pentosio fosfato
sono facilmente reversibili e rappresentano un mezzo per la conversione di esosio fosfato in
pentosio fosfato. Tutti gli enzimi della via del pentosio fosfato sono presenti nel citosol, cosi come
quelli della glicolisi e la maggior parte di quelli della gluconeogenesi. Infatti queste tre vie sono
interconnesse dalla condivisione di diversi intermedi ed enzimi.

Queste reazioni di non ossidazione convertono pentosi fosfato in esosi fosfato, consentendo alle
reazioni ossidative di proseguire. La transchetolasi e la transaldolasi sono enzimispecifici di questa
via metabolica; gli altri enzimi fanno parte anche della glicolisi e della gluconeogenesi.
Rappresentazione schematica della via metabolica che, a partire da sei molecole di pentosio (SC},
porta alla sintesi di cinque esosi (6C). La serie di interconversioni mostrate in (a) deve ripetersi due
volte. Ogni reazione qui Indicata è reverslblle. Le frecce unidirezionali vogliono solo rendere chiara
la direzione delle reazioni In condizioni di una continua ossidazione del glucosio 6-fosfato. Nelle
reazioni della fotosintesi Indipendenti dalla luce la direzione delle reazioni mostrate si Inverte.
IL GLUCOSIO 6-FOSFATO E’ RIPARTITO TRA LA GLICOLISI E LA VIA DEL PENTOSIO FOSFATO
L’entrata del glucosio 6-fosfato nella glicolisi o nella via del pentosio fosfato dipende dal
fabbisogno momentaneo della cellula e dalla concentrazione del NADP+ nel citosol in assenza di
questo accettore di elettroni, la prima
reazione della via del pentosio fosfato
(catalizzata dalla G6PD) non può
procedere. Quando la cellula converte
rapidamente il NADPH in NADP+ nelle
biosintesi riduttive, il livello di NADP+
aumenta, la G6PD viene stimolata e il
flusso del glucosio 6-fosfato
attraverso la via del pentosio fosfato
tende a incrementare. Quando i l
livello del NADPH aumenta, per una
diminuzione della velocità delle
biosintesi riduttive, il livello del NADP+ diminuisce, e il glucosio 6-fosfato viene usato per rifornire
la glicolisi.

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Tutti gli enzimi della via del pentosio fosfato sono presenti nel citosol come quelli della glicolisi e la
maggior parte di quelli della gluconeogenesi. Le tre vie sono interconnesse dalla condivisione di
diversi intermedi ed enzimi.

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 IL CICLO DI KREBS
Per la maggioranza delle cellule eucariotiche e per molti batteri che vivono in condizioni aerobiche
e ossidano i loro combustibili organici ad anidride carbonica e acqua. La glicolisi è solo la prima
fase della completa ossidazione del glucosio. Invece di essere ridotto a lattato, etanolo o a qualche
altro prodotto della fermentazione, il piruvato prodotto dalla glicolisi viene ulteriormente ossidato
ad H2O e CO2. Questa fase aerobica del catabolismo è chiamata respirazione. Si riferisce a
un'assunzione di O2 e al rilascio di CO2 da parte degli organismi multicellulari. I processi
molecolari attraverso i quali le cellule consumano O2 per produrre CO2, processi più precisamente
denominati respirazione cellulare.
La respirazione cellulare si svolge in tre fasi principali.
Nella prima, le molecole organiche, come il glucosio, gli acidi grassi e alcuni amminoacidi, vengono
ossidate per produrre frammenti a due atomi di carbonio, nella forma del gruppo acetilico
dell'acetilcoenzima A (acetil-CoA). Nella seconda fase, i gruppi acetilici entrano nel ciclo di Krebs,
che li ossida enzimaticamente a C02; l'energia liberata viene conservata come NADH o FADH2, le
forme ridotte di questi
trasportatori di elettroni. Nella
terza fase della respirazione, i
coenzimi ridotti vengono riossidati
liberando elettroni (H+) e protoni.
Gli elettroni vengono trasferiti
all'02, il loro accettore finale,
attraverso una serie di molecole
trasportatrici di elettroni,
conosciuta come catena
respiratoria. Nel corso del
trasferimento di elettroni, una parte notevole dell'energia rilasciata viene conservata sotto forma
di ATP, trami- te un processo chiamato fosforilazione ossidativa. Consideriamo dapprima la
conversione del piruvato in gruppi acetilici e quindi l'entrata di questi nel ciclo dell'acido citrico,
detto anche ciclo degli acidi tricarbosirilici (TCA) o ciclo di Krebs. Il ciclo dell'acido citrico è un
crocevia del metabolismo, su cui convergono vie degradative e da cui partono vie biosintetiche;
quindi la sua attività deve essere strettamente coordinata con quella delle altre vie metaboliche.
ACETIL-CoA (acetato attivato)
Negli organismi aerobici il glucosio e gli altri zuccheri, gli acidi grassi e la maggior parte degli
amminoacidi sono ossidati a C02 e H20 attraverso il ciclo dell'acido citrico e la catena respiratoria.
Prima di poter entrare nel ciclo, lo scheletro carbonioso degli zuccheri e degli acidi grassi deve
essere degradato a gruppo acetilico dell'acetil-CoA, la forma con cui il ciclo accetta la maggior
parte del combustibile metabolico. Il piruvato, derivato dal glucosio a opera della glicolisi, viene
ossidato ad acetil-CoA e CO2 per mezzo del complesso della piruvato deidrogenasi (PDH), un
insieme organizzato di tre enzimi, ciascuno dei quali rappresentato in più copie,localizzato nei
mitocondri delle cellule eucariotiche e nel citosol dei batteri.
Al meccanismo di questa reazione partecipano cinque cofattori, di cui quattro derivati dalle
vitamine.

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La reazione complessiva catalizzata dal complesso della piruvato deidrogenasi è una
decarbossilazione ossidativa, un processo di ossidazione irreversibile in cui il gruppo carbossilico
viene rimosso dal piruvato sotto forma di una molecola di CO2, e i due atomi di carbonio che
restano diventano il gruppo acetilico dell'acetil-CoA. Il NADH
formato in questa reazione porta uno ione idruro (:H-) alla
catena respiratoria, che trasporta i due elettroni poi
all'ossigeno, nei microrganismi anaerobici, a un accettore di
elettroni alternativo come un nitrato o un solfato. Il
trasferimento degli elettroni all'ossigeno produce 2,5
molecole di ATP per coppia di elettroni. La deidrogenazione e
la decarbossilazione combinata del piruvato ad acetil-CoA
coinvolgono l'azione sequenziale di tre enzimi diversi e di
cinque gruppi prostetici o coenzimi: la tiamina pirofosfato
(TPP), il flavin adenin dinucleotide (FAD) il conezima A e il
nicotinammide adenin dinucleotide e il lipoato. Il coenzima A
ha un gruppo reattivo tiolico (-SH) essenziale per la sua
funzione di trasportatore di gruppi acilici. In un certo numero
di reazioni metaboliche i gruppi acilici formano legami
tioestere quando si legano covalentemente al gruppo dolico
del coenzima A. Data la loro elevata energia libera di idrolisi, i
tioesteri hanno un elevato potenziale di trasferimento del
gruppo acilico a una grande varietà di molecole accettrici. Il gruppo acilico legato al coenzima A
può quindi essere considerato come una forma "'attivata" pronta per il trasferimento del gruppo.
Il quinto cofattore della reazione della piruvato dei drogenasi, il lipoato, ha due gruppi tiolici che
possono essere ossidati i n modo reversibile e formare un ponte di solfuro (-S-S-) simile a quello
che si genera tra due residui di Cys in
una proteina. Il complesso della
piruvato deidrogenasi (PDH) è
costituito da molte copie di tre enzimi:
la piruvato deidrogenasi (Et), la
diidrolipoil transacetilaai (Ez) e la
diidrolipoil deidrogenasi. ll numero di
copie di ogni subunità, quindi la
dimensione del complesso, varia da un
organismo all'altro.
MECCANISMO DI REAZIONE PDH
Vediamo ora in modo schematico come il complesso della piruvato deidrogenasi catalizzi le cinque
reazioni consecutive nel processo di decarbossilazione e di deidrogenazione del piruvato. La tappa
1 è essenzialmente identica alla reazione catalizzata dalla piruvato decarbossilasi: l'atomo C-1 del
piruvato viene rilasciato sotto forma di Co2 e l'atomo C-2, che nel piruvato ha lo stato di
ossidazione di un'aldeide, viene legato alla TPP come gruppo idrossietilico. Questa prima tappa è
la più lenta e quindi è quella che limita la velocità dell'intero processo. Nella tappa 2 il gruppo
idrossietilico viene ossidato a livello di acido carbossilico {acetato). I due elettroni rimossi nella
reazione vanno a ridurre il ponte -s-s- del gruppo lipoilico sull'Ez formando due gruppi tiolici. Il
residuo acetilico in questa reazione di ossidoriduzione viene prima esterificato su uno dei
duegruppi -SH del gruppo lipoilico e poi transesterificato al CoA, formando acetil-CoA. Quindi,
l'energia dell'ossidazione guida la formazione di un tioestere ad alta energia dell'acetato. La
restante parte della reazione catalizzata dal complesso PDH è una serie di trasferimenti elettronici
necessari a rigenerare la forma ossidata a disolfuro del gruppo lipoilico dell'Ez e a preparare il
complesso per un altro ciclo di ossidazione. Il punto centrale di questo processo è rappresentato
dal braccio mobile lipoillisinico dell'Ez, che accetta dall'Ez i due elettroni e il gruppo acetile derivati
dal piruvato, e quindi passa gli elettroni. Tutti gli enzimi e i coenzimi sono raggruppati insieme,
consentendo agli intermedi di reagire facilmente e senza dover diffondere fuori dalla superficie di
questo complesso enzimatico.

REAZIONI DEL CICLO DI KREBS

Per iniziare un giro del ciclo, l'acetil-CoA dona il suo gruppo acetilico all'ossalacetato, un composto
a quattro atomi di carbonio, formando il citrato a sei atomi di carbonio. Il citrato viene poi
trasformato in isocitrato, anch'esso a sei atomi di carbonio, che viene deidrogenato con perdita di
CO2, producendo il composto a cinque atomi di carbonio a-cheto-glutarato (detto anche
ossoglutarato). Quest'ultimo perde un'altra molecola di CO2 per formare il succinato, un
composto a quattro atomi di carbonio. Il succinato viene convertito enzimaticamente in tre tappe
in ossalacetato, il composto a quattro atomi di carbonio con cui era iniziato il ciclo. L’ossalacetato
è ora di nuovo pronto a reagire con un'altra molecola di acetil-CoA per iniziare un secondo giro del

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ciclo. In ogni giro viene utilizzata una molecola di ossalacetato per formare il citrato, ma dopo una
serie di reazioni l'ossalacetato viene rigenerato. Quindi, non vi è un consumo netto di ossalacetato
e una molecola di ossalacetato è in teoria sufficiente a ossidare un numero infinito di gruppi
acetilici. Per estrarre completamente il potenziale energetico da combustibili come i carboidrati, i
grassi e le proteine, l'acetil-CoA che viene prodotto dalle reazioni delle vie di demolizione di questi
composti deve poter essere completamente ossidato a CO2. Il ciclo dell’acido citrico ha otto
tappe. Nell'esaminare le otto reazioni che costituiscono il ciclo dell'acido citrico, porremo un
accento particolare sulle trasformazioni chimiche a cui va incontro il citrato che si è formato
dall'acetil-CoA e dall'ossalacetato, quando viene ossidato per generare CO2 e l'energia
dell'ossidazione viene conservata sotto forma dei coenzimi ridotti NADH e FADH2.

• REAZIONE 1: formazione del citrato

La prima reazione del ciclo è la condensazione dell’ acetil-CoA con l’ossalacetato per formare
citrato, reazione catalizzata dalla citrato sintasi. In questa reazione l'atomo di carbonio metilico
del gruppo acetilico si lega al gruppo
carbonilico (C-2) dell'ossalacetato. Il citril-
CoA è un intermedio transitorio che si
forma sul sito attivo dell'enzima e va
incontro a una rapida idrolisi, producendo
CoA libero e citrato, che sono poi rilasciati
dal sito attivo. L’idrolisi di questo
intermedio tioestere a elevata energia
rende la reazione di scissione fortemente
esoergonica. La grande variazione di
energia libera standard negativa della
reazione catalizzata dalla citrato sintasi è
essenziale per il funzionamento del ciclo,
perché, come si è detto prima, la
concentrazione dell'ossalacetato
normalmente è molto bassa. Il CoA liberato in questa reazione viene riciclato e può partecipare
alla decarbossilaziione ossidativa di un'altra molecola di piruvato da parte del complesso della
piruvato deidrogenasi. La reazione catalizzata dalla citrato sintasi è essenzialmente una
condensazione di Claisen che coinvolge un tioestere (l'acetil-Co)} e un chetone (l'ossalacetato).

• REAZIONE 2: Formazione dell'isocitrato attraverso il cis-aconitato.

L’enzima aconitasi (più propriamente aconitato idratasi) catalizza la trasformazione reversibile del
citrato in isocitrato, mediante la formazione intermedia dell’acido tricarbossilico cis-aconitato,che
normalmente non si dissocia dal sito attivo dell’enzima. L’aconitasi può aggiungere una molecola
d'acqua al doppio legame dell'intermedio legato all'enzima cis-aconitato, in due modi diversi; una
via porta a citrato e l'altra a isocitrato. Anche se la miscela all’equilibrio a pH 7,4 e a 25 °C contiene
meno del 10% di isocitrato, nella cellula la reazione viene spinta verso destra dal consumo molto
rapido di isocitrato da parte della tappa successiva, che abbassa la sua concentrazione allo stato
stazionario. L’aconitasi contiene un centro ferro-zolfo che agisce sia nel legame del substrato al
sito attivo sia nell'aggiunta o rimozione catalitica dell'acqua. Nelle cellule in cui la concentrazione
del ferro è bassa, l'aconitasi perde il suo centro ferro-zolfo, e acquisisce un nuovo ruolo nella
regolazione dell’omeostasi del ferro. L’aconitasi è uno dei molti enzimi, di cui si conosce un ruolo
ulteriore.

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 • REAZIONE 3: ossidazione dell’isocitrato ad alfa-chetoglutarato e CO2
Nella tappa successiva, l'isocitrato deidrogenasi catalizza la decarbossilazione ossidativa
dell'isocitrato per formare a-chetoglutarato. Uno
ione Mn2+ presente nel sito attivo interagisce con il
gruppo carbonilico dell’intermedio ossalosuccinato,
che si forma transitoriamente e non lascia il suo sito
di legame fino alla sua conversione in a-
chetoglutarato mediante decarbossilazione. L'Mn2+
stabilizza anche l'enolo formato transitoriamente
per decarbossilazione. Vì sono due forme di
isocitrato deidrogenasi: una richiede il NAD+ come
accettore di elettroni e un’altra che utilizza invece i
l NADP+. La reazione catalizzata dai due enzimi è
ovviamente identica. Nelle cellule eucariotiche
l'isozima NAD-dipendente è presente nella matrice
mitocondriale e opera all'interno del ciclo dell'acido
citrico. L’isozima NADP-dipendente è presente sia nella matrice mitocondriale sia nel citosol. La
sua funzione principale è quella di generare NADPH, coenzima essenziale nelle reazioni anaboliche
riduttive.

• REAZIONE 4: Ossidazione dell'a-chetoglutarato a succinil-CoA e CO2.

La tappa successiva è un'altra decarbossilazione ossidativa, in cui l'a-chetoglutarato viene
trasformato in succinil-CoA e CO2 dal complesso dell’ a-chetogluterato deidrogenasi. Il NAD+ è
l'accettore finale degli elettroni e il CoA è il trasportatore del gruppo succinile. L’energia liberata
dell'ossidazione dell'a-chetoglutarato è conservata mediante la formazione del legame tioestere
del succinil-CoA. Il complesso dell'a-chetoglutarato deidrogenasi è molto simile al complesso della
piruvato deidrogenasi (PDH) sia come struttura sia come funzione. Anche in questo complesso
sono presenti tre enzimi, analoghi a E1, E2, E3 del complesso della piruvato deidrogenasi, e cinque
coenzimi: TPP legata al primo enzima, lipoato legato al secondo enzima, FAD, NAD e coenzima A.
Entrambi i complessi enzimatici sono sicuramente derivati da un gene ancestrale comune. Anche
se gli enzimi E1 dei due complessi sono strutturalmente simili, le loro sequenze amminoacidiche
sono diverse e di conseguenza hanno una diversa specificità di legame: E1 del complesso della
piruvato deidrogenasi lega il piruvato, mentre E1 del complesso dell'a-chetoglutarato deidrogenasi
lega l’a-chetoglutarato. Anche i componenti E2 sono molto simili; entrambi contengono gruppi

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lipoilici legati covalentemente. Le unità E3 dei due complessi enzimatici sono identiche. Il
complesso che degrada gli a-chetoacidi a catena ramificata catalizza la stessa sequenza di reazioni
utilizzando gli stessi cinque cofattori. Questo costituisce un chiaro esempio di evoluzione
divergente, in cui i geni che codificano un enzima caratterizzato da una determinata specificità di
substrato danno origine, durante l’evoluzione, a enzimi strettamente correlati ma contraddistinti
da specificità di substrato differenti, pur conservando lo stesso meccanismo enzimatico.

• REAZIONE 5: Conversione del succinil-CoA a succinato

Il succinil-CoA, come l'acetil-CoA, ha un legame tioestere con un'energia libera di idrolisi
fortemente negativa (DG= - 3 6 kJ/mole). Nella tappa successiva del ciclo dell'acido citrico,
l'energia rilasciata dalla rottura del legame tioestere viene usata per favorire la sintesi di un
legame fosfoanidride sotto forma di GTP o ATP con un DG’0 netto di soli -2,9 kJ/mole. Il processo
porta alla formazione di succinato.

L'enzima che catalizza questa reazione reversibile viene detto succinil-CoA sintetasi o anche
succinico tiochinasi; entrambi i nomi
suggeriscono la partecipazione alla
reazione di un nucleoside trifosfato. In
questa reazione che conserva energia vi è
una fase intermedia in cui la molecola
dell'enzima diventa fosforilata a livello di
un suo residuo di His presente nel sito
attivo. Il gruppo fosforico, che ha un
elevato potenziale di trasferimento di
gruppo, viene quindi trasferito all'ADP (o al
GDP) per formare ATP.
 • REAZIONE 6: ossidazione succinato a fumarato
Il succinato formato dal succinil-CoA viene ossidato a fumarato dalla flavoproteina succinato
deidrogenasi. L’enzima contiene tre diversi centri feno-zolfo e una molecola di FAD legata
covalentemente. Gli elettroni estratti dal succinato passano attraverso il FAD e i centri ferro-zolfo
prima di entrare nella catena di trasporto degli elettroni della membrana mitocondriale interna (o
della membrana plasmatica dei batteri). Il flusso di elettroni dal succinato attraverso questi
trasportatori fino all'accettore finale, l'ossigeno, è accoppiato alla sintesi di circa 1,5 molecole di
ATP per coppia di elettroni (fosforilatione legata alla respirazione). Il malonato, un analogo del
succinato normalmente assente nelle cellule, è un forte inibitore competitivo della succinato
deidrogenasi e quindi, se aggiunto nei mitocondri, blocca il ciclo dell'acido citrico.
• REAZIONE 7: idratazione del fumarato a malato
L’idratazione reversibile del fumarato al malato è catalizzata dalla fumarasi (fumarato idratasi). In
questa reazione lo stato di transizione è un carbanione. L'enzima è altamente stereospecifico e
catalizza l'idrata-zione del doppio legame trans del fumarato, ma non agisce sul doppio legame in
cis del maleato, l'isomero cis del fumarato.
• REAZIONE 8: ossidazione malato a ossalacetato
Nell'ultima reazione del ciclo dell'acido citrico L’ L-malato deidrogenasi NAD-dipendente catalizza
l'ossidazione dell'L-malato a
ossalacetato. Nelle condizioni
termodinamiche standard
questo equilibrio è molto
spostato a sinistra. Nelle
cellule, invece, l’ossalacetato
viene rimosso continuamente
dalla reazione altamente
esoergonica della citrato
sintasi, contribuendo a
mantenere estremamente
bassa la concentrazione
dell'ossalacetato e
contemporaneamente
spingendo la reazione della
malato deidrogenasi verso la
formazione dell'ossalacetato.
ENERGIA DELLE OSSIDAZIONI
Nel ciclo è entrato un gruppo
acetilico con due atomi di
carbonio, combinandosi con l'ossalacetato. I due atomi di carbonio sono poi usciti dal ciclo sotto
forma di due molecole di CO2 dall'ossidazione prima dell'isocitrato e poi dell'a-chetoglutarato.
L’energia rilasciata da queste ossidazioni è stata conservata mediante la riduzione di tre molecole
di NAD+ e di una di FAD e la produzione di una molecola di ATP o di una molecola di GTP. Alla fine
del ciclo è stata rigenerata una molecola di ossalacetato. Si noti che i due atomi di carbonio che
sono stati eliminati sotto forma di CO2 non sono gli stessi due atomi entrati nel ciclo come gruppo
acetilico; sono necessari altri giri del ciclo perché gli atomi entrati come unità acetilica possano
uscire sotto forma di CO2 non sono gli stessi due atomi entrati nel ciclo come gruppo acetilico;
sono necessari altri giri del ciclo perché gli atomi entrati come unità acetilica possano uscire sotto
forma di CO2.Il ciclo dell’acido citrico produce di per se una molecola di ATP per giro (nella
conversione del succinilo- A a succinato), ma nelle quattro reazioni di ossidazione che vengono nel

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ciclo vengono liberati molti elettroni che sono poi trasferiti dal NADH e dal FADH2 alla catena
respiratoria e determinano la produzione di un gran numero di molecole di ATP. Nella
fosforilazione ossidativa il trasferimento di due elettroni dal NADH all'O2 porta alla formazione di
circa 2,5 molecole di ATP, mentre il trasferimento di due elettroni dal FADHi all'O2 ne forma circa
1,5. Questa stechiometria ci permette di calcolare il numero totale di molecole di ATP derivate
dall'ossidazione completa del glucosio. Quando le due molecole di piruvato sono ossidate
completamente a sei molecole di COi dalle reazioni del complesso della piruvato deidrogenasi e
del ciclo dell'acido citrico e gli elettroni sono trasferiti all'02 dalla catena respiratoria, si ottengono
tramite la fosforilazione ossidativa ben 32 molecole di ATP per molecola di glucosio
REGOLAZIONE CICLO
La regolazione degli enzimi di comando delle vie metaboliche tramite effettori allosterici e
modificazioni covalenti, assicura la produzione di intermedi e di prodotti alla velocità necessaria a
mantenere nella cellula uno stato stazionario ed evitare l'inutile sovrapproduzione di composti
non immediatamente utili. Il flusso degli atomi di carbonio dal piruvato al ciclo dell'acido citrico è
sotto stretta regolazione a due livelli: la conversione del piruvato in acetil-CoA, il materiale di
partenza del ciclo. L’ingresso dell'acetil-CoA nel ciclo (la reazione della cittato sintasi). Dato che il
piruvato non è l’unica fonte di acetil-CoA (la maggior parte delle cellule ottiene acetil-CoA anche
dall’ossidazione degli acidi grassi e di alcuni amminoacidi), la disponibilità di intermedi da queste
vie alternative diventa importante nella regolazione dell'ossidazione del piruvato e del ciclo stesso.
Il ciclo dell'acido citrico viene regolato anche a livello delle reazioni della isocitrato deidrogenasi e
dell'a-chetoglutarato deidrogenasi. Il complesso della piruvato deidrogenasi nei mammiferi è
fortemente inibito dall'ATP, dall'acetil-coA e dal NADH, i prodotti della reazione da esso
catalizzata. L’inibizione allosterica dell'ossidazione del piruvato viene aumentata dalla presenza di
acidi grassi a catena lunga. Questa attività enzimatica viene spenta quando sono disponibili grandi
quantità di combustibili sotto forma di acidi grassi o di acetil-CoA. Nel complesso della piruvato
deidrogenasi dei mammiferi a questi meccanismi di regolazione allosterica si aggiunge un secondo
livello di regolazione mediante modificazione covalente. Il complesso enzimatico viene inibito
dalla fosforilazione reversibile di uno specifico residuo di Ser, su una delle due subunità di E1.
Come abbiamo detto in precedenza, oltre ai tre enzimi E1 E2 il complesso della piruvato
deidrogenasi contiene due proteine regolatrici la cui sola funzione è quella di modulare l'attivitàd
el complesso. Una specifica proteina chinasi fosforila e inattiva l’enzima Bi, e una specifica
fosfoproteina fosfatasi rimuove il gruppo fosforico da E1, attivandolo. La chinasi è attivata
allostericamente da ATP: quando i livelli di ATP sono elevati (e quindi vi è energia a sufficienza) il
complesso della piruvato deidrogenasi viene inattivato per fosforilazione di E1; quando i livelli di
ATP diminuiscono, l'attività della chinasi si spegne e la fosfatasi rimuove i gruppi fosforicida E1,
riattivando il complesso. Il flusso dei metaboliti attraverso il ciclo dell'acido citrico è finemente
controllato. La velocità del flusso attraverso il ciclo è regolata da tre fattori: la disponibilità di
substrato, l’inibizione da accumulo di prodotti e l’inibizione allosterica retroattiva (a feedback)
degli enzimi che catalizzano le prime tappe del ciclo. Vi sono tre tappe fortemente esoergoniche
nel ciclo: quelle catalizzate dalla citrato sintasi, dall'isocitrato dei-drogenasi e dall'a-chetoglutarato
deidrogenasi. Ognuna di queste reazioni può divenire la tappa che, in particolari circostanze,
regola la velocità. La disponibilità dei substrati per la citrato sintasi varia a seconda dello stato
metabolico della cellula e in alcuni casi può limitare la velocità di fornzione del citrato. Il NADH, un
prodotto dell'ossidazione dell'iso-citrato e dell'a-chetoglutarato, può accumlarsi e, quando il
rapporto [NADH/[NAD+] tende ad aumentare, entrambe le reazioni deidrogenasiche sono
fortemente inibite per azione di massa. La reazione della malato deidrogenasi è praticamente in
equilibrio all'interno della cellula (cioè è controllata dal substtato), e quando il rapporto [NADH]/
[NAD+] è elevato la concentrazione di assolacetato diminuisce, limitando la velocità della prima

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tappa del ciclo. Un accumulo dei prodotti inibisce tutte e tre le tappe limitanti del ciclo: il succinil-
CoA inibisce l’a-chetoglutarato deidrogenasi (e anche la citratosintasi), il citrato blocca la citrato
sintasi e il prodotto finale, l'ATP, inibisce sia la citrato sintasi, sia l'isocitrato deidrogenasi.
L’inibizione della citrato sintasi da parte dell'ATP viene rimossa dall'ADP, un attivatore allosterico
di questo enzima. Gli ioni Ca2+ che nel muscolo dei vertebrati sono il segnale per la contrazione e
per una concomitante richiesta di ATP, attivano sia l'isocitrato deidrogenasi sia l'a-chetoglutarato
deidrogenasi, oltre al complesso della piruvato deidrogenasi; in sostanza, le concentrazioni dei
substrati e degli intermedi del ciclo dell'acido citrico sono in grado di regolare il flusso attraverso la
via in modo da avere la concentrazione ottimale di ATP e di NADH. In condizioni normali la velocità
della glicolisi e quella del ciclo dell'acido citrico sono coordinate in modo che la quantità di
glucosio metabolizzato a piruvato corrisponda a quella che il ciclo dell'acido citrico può utilizzare
sotto forma di acetil-c.oA. Normalmente, piruvato, lattato e acetil-CoA sono mantenuti a
concentrazioni stazionarie. La velocità della glicolisi viene quindi adeguata a quella del ciclo
dell'acido citrico non soltanto dai livelli di ATP e di NADH, un processo sfruttato sia nella fase
glicolicica sia nella fase respiratoria dell'ossidazione del glucosio, ma anche dalle concentrazioni di
citrato.

SISTEMI NAVETTA
Uno dei prodotti della glicolisi è il NADH citosolico, il NADH non passa direttamente attraverso la
membrana mitocondriale interna ma tende a
trasferire i suoi elettroni a dei composti che
possono essere traslocati nella membrana
mitocondriale e le reazioni inverse restituiscono
elettroni al NAD+ presenti nel mitocondrio.
Sono due i sistemi navetta che fanno questo con
due efficienze differenti. Questo sistema si
chiama malato-aspartato sono ruote su cui
circolano gli elettroni, gli elettroni partono dal
citosol e dal NADH, c’è una reazione tipica di
ossidoriduzione, ossalacetato-malato sono
ripetute in senso differente ma per compiere le
stesse vie, gli elettroni passano all’ossalacetato e si forma il malato che ha il suo trasportatore
grazie al quale passa nella membrana mitocondriale interna e qui ce una
deidrogenasi specifica della membrana mitocondriali che converte il
malato in ossalacetato dove gli elettroni che hanno transitato sul malato
sono stati dati al NAD+ della matrice mitocondriale. Le altre reazioni sono
catalizzate dalle transaminasi, l’ossalacetato è un a-chetoacido che
reagisce con un a-amminoacido ovvero il glutammato, l’ossalacetato si
converte nell’aspartato mentre il glutammato si converte nell’ a-
chetoglutarato. Aspartato va fuori dalla matrice grazie a un trasportatore
e nella matrice avviene la reazione contraria, si crea una ruota che fa si
che gli equivalenti di reazione del NADH siano trasportati all’interno della
matrice mitocondriale dove poi andranno alla catena di trasporto. Abbiamo traslocazione netta di
NADH e lo troviamo tale e quale nel mitocondrio.
La seconda navetta ha una perdita energetica: la membrana mitocondriale interna ha una
deidrogenasi associata mentre poi un'altra deidrogenasi che è citoplasmatica, i due protagonisti
sono: didrossiacetone fosfato (forma ossidata) e glicerolo 3-fosfato (forma ridotta) che sono
intermedi della glicolisi. Il glicerolo viene fosforilato e può entrare nel ciclo.
La prima differenza e che abbiamo NADH e FADH2, quindi non è NADH che genera ancora NADH
come prima ma gli equivalenti vengono passati al FADH2. Da un punto di vista energetico porta a
una caduta di molecole pero questo sistema si usa nel muscolo in attivo funzionamento ovvero il
NADH è molto alta quindi trasportiamo equivalenti di reazione contro il gradiente di concertazione
di NADH, c’è una piccola disponibilità di NAD+, ci sposta sul FAD per far andare velocemente la
catena e far passare l’equivalente nel mitocondrio ma sotto forma di FAD.

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 IL METABOLISMO GLICOGENO
Nei diversi organismi, dai batteri alle piante ai vertebrati, l'eccesso di glucosio viene convertito in
forme polimeriche di deposito, cioè il glicogeno nei vertebrati e in molti microrganismi, l'amido
nelle piante. Nei vertebrati il
glicogeno si trova soprattutto nel
fegato e nel muscolo scheletrico, e
può arrivare al 10% del peso nel
fegato, e al 11-12% nel muscolo. Il
glicogeno muscolare costituisce una
riserva di energia immediatamente
disponibile per il metabolismo
aerobico o anaerobico. Esso può
essere totalmente consumato in meno di un'ora di esercizio fisico intenso. Il glicogeno del fegato
può essere consumato in 12-24 ore. Nell'uomo, l'energia totale immagazzinata sotto forma di
glicogeno è nettamente inferiore a quella conservata sotto forma di grassi (triacilgliceroli). I granuli
di glicogeno sono aggregati abbastanza complessi, formati dal glicogeno e dagli enzimi che lo
sintetizzano e lo degradano come pure dai componenti del sistema di regolazione di questi enzimi
I meccanismi generali deputati all’immagazzinamento e alla mobilizzazione del glicogeno sono gli
stessi nel muscolo e nel fegato, ma gli enzimi differiscono per alcune importanti proprietà che
riflettono i differenti ruoli del glicogeno nei due tessuti. Il glicogeno può anche derivare dalla dieta.
In questo caso il polisaccaride viene demolito nel tratto intestinale, attraverso una serie di enzimi
diversi, che lo convertono in glucosio libero. Inizieremo la discussione trattando prima la
demolizione del glicogeno a glucosio 1-fusfato (glicogenolisi), per poi passare alla sintesi del
glicogeno (glicogenesi o glicogenoeintesi).
DEMOLIZIONE GLICOGENO
Nel muscolo scheletrico e nel fegato, le unità di glucosio delle ramificazioni del glicogeno entrano
nella glicolisi per azione di tre enzimi: la glicogeno fosforilasi, l'enzima deramificante e la
fosfoglucomutasi.
La glicogenofosforilasi catalizza una reazione, nella quale un legame glicosidico tra due residui di
glucosio all'estremità non riducente di una ramificazione viene scisso usando il fosfato inorganico
con formazione di a-D-glucosio 1-fosfato.

La fosforilisi è più vantaggiosa energeticamente dall’idrolisi perchè: lo zucchero rilasciato è gia

fosforilato, e il glucosio 1-P non può diffondere fuori dalle cellule come tale ma viene convertito in
glucosio 6P che come tale può entrare nel processo glicolitico. Questa reazione fosforolitica è

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diversa dalla reazione di idrolisi del legame glicosidico catalizzata
dall'a-milasi durante la degradazione del glicogeno e dell'amido
della dieta. Nella fosforolisi parte dell'energia del legame glicosidico
è conservata nella formazione
dell’estere fosforico, il glucosio 1-
fosfato.Il piridossal fosfato è un
cofattore essenziale della glicogeno
fosforilasi: il suo gruppo fosforico agisce come un catalizzatore acido
generale, promuovendo l’attacco da parte del P1 sul legame
glicosidico. La glicogeno fosforilasi agisce ripetitivamente sulle
estremità non riducenti delle ramificazioni del glicogeno, fino a che
non raggiunge un punto che dista quattro residui di glucosio da una
ramificazione dove la sua azione si blocca. L’ulteriore degradazione
da parte della glicogeno fosforilasi può avvenire solo dopo che
l'enzima deramificante, formalmente noto come oligo
glucantrasferasi, catalizza altre due reazioni di trasferimento delle
ramificazioni.Una volta avvenuto il trasferimento della ramificazione
e l'idrolisi del residuo di glucosio in C-6, l'a- zione della glicogeno
fusforilasi può continuare. Il glucosio 1-fosfato, il prodotto finale della
glicogeno fosforilasi, viene convertito in glucosio 6-fosfato dalla
fusfoglucomutasi, che catalizza la reazione reversibile. L’enzima,
inizialmente fosforilato a livello di un residuo di Ser, dona il suo
gruppo fosforico all'atomo C-6 del substrato e quindi accetta il
gruppo fosforico dall'atomo C-1.

Il glucosio 6-fosfato, formato dal glicogeno nel muscolo scheletrico, può entrare nella glicolisi e
servire come fonte energetica per la contrazione muscolare. Nel fegato la scissione del glicogeno
ha un ulteriore scopo: il rilascio del glucosio nel sangue quando il livello di glucosio tende a
diminuire, come nell'intervallo tra due pasti. La scissione richiede l'intervento della glucosio 6-
fosfatasi, presente nel fegato e nei reni, ma non in altri tessuti. L’enzima è una proteina integrale
di membrana del reticolo endoplasmatico, contenente nove eliche trans membrana, il cui sito
attivo è rivolto verso il lume dell'ER. Il glucosio 6-fosfato formato nel citosol viene trasportato nel
lume dell'ER da un trasportatore specifico e idrolizzato dalla glucosio 6-fosfatasi localizzata sulla
faccia rivolta verso il lume dell' ER. Il Pi che ne risulta e il glucosio vengono trasferiti nel citosol da

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due diversi trasportatori (T2eT3). Poiché il muscolo e il tessuto adiposo non contengono la
glucosio 6-fosfatasi, non possono convertire il glucosio 6-fosfato formato dalla demolizione del
glicogeno in glucosio, quindi non contribuiscono al mantenimento dei livelli di glucosio nel sangue.
UDP-GLUCOSIO
Molte delle reazioni di trasformazione e polimerizzazione degli esosi coinvolgono zuccheri legati a
nucleotidi (zuccheri-nucleotidi), composti nei quali il carbonio anomerico di uno zucchero viene
attivato tramite un legame fosfodiestere con un nucleotide. La sintesi del glicogeno avviene
praticamente in tutti i tessuti animali ma soprattutto nel fegato e nel muscolo scheletrico. Il punto
di partenza della sintesi del glicogeno è il glucosio 6-fosfato. Come abbiamo visto, questo
metabolita può derivare dal glucosio libero mediante fosforilazione da parte dell'esochinasi 1 e
dell'esochinasi 2 nel muscolo, o dell'esochinasi 4 (glucochinasi) nel fegato.

Una parte del glucosio ingerito durante un pasto segue una via più lunga prima di essere
convertita in glicogeno. Queste molecole entrano prima negli eritrociti, dove sono convertite in
lattato dalla glicolisi; il lattato esce dai globuli rossi e raggiunge il fegato, dove la gluconeogenesi lo
converte in glucosio 6-fosfato. Per iniziare la sintesi del glicogeno il glucosio 6-fosfato viene
convertito in glucosio 1-fosfato dall'enzima fosfoglucomutasi. Il prodotto di questa reazione è poi
convertito in UDP-glucosio dall'azione della UDP-glucosio pirofosforilasi, una reazione
fondamentale nella via di biosintesi del glicogeno. II UDP-glucosio è il donatore delle unità di
glucosio nella reazione enzimatica di formazione del glicogeno catalizzata dalla glicogeno sintasi,
enzima che catalizza il trasferimento del residuo glucosidico dall'UDP-glucosio a un’estremità non
riducente di una molecola ramificata di glicogeno. L’equilibrio complessivo della via che dal
glucosio 6-fosfato arriva al glicogeno allungato di una unità favorisce fortemente la sintesi del
glicogeno. La glicogeno sintasi non può formare i legami presenti al punto di ramificazione della
molecola di glicogeno; questi legami sono formati dall'enzima ramificante chiamato amilo-
transglicolasi oppure glicosil-(4-6)-transferasi. L’enzima ramificante catalizza il trasferimento di un
segmento terminale di 6 o 7 residui glucosidici dall'estremità non riducente di una catena lineare
di glicogeno lunga almeno 11 residui al gruppo ossidrilico sul C6 di un residuo di glucosio della
stessa catena o di un'altra catena, localizzato in un punto già interno; in questo modo si forma una
nuova ramificazione.

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La glicogeno sintasi può ora aggiungere altri residui glicosidici alla nuova ramificazione. Le
ramificazioni presenti sulla molecola di glicogeno servono ad aumentare finte razione con il
solvente acquoso e ad accrescere il numero di estremità non riducenti; queste ultime
rappresentano i punti di attacco sul glicogeno sia della glicogeno sintasi, sia della glicogeno
fosforilasi, enzimi che agiscono unicamente alle estremità non riducenti.

SINTESI GLICOGENO
La glicogeno sintasi non può dare inizio alla sintesi de novo del glicogeno l'enzima richiede un
innesco (primer), in genere una catena preformata di (a1-4) poli glucosio o una ramificazione che
abbia almeno otto residui di glucosio. Ma come è possibile dare inizio alla sintesi di una nuova
molecola di glicogeno? La proteina glicogenina svolge sia le funzioni di primer con cui iniziare la
sintesi di nuove catene sia di enzima che catalizza il loro assemblaggio. La prima tappa nella sintesi
di una nuova molecola di glicogeno è il trasferimento di un residuo di glucosio dall'UDP-glucosio al
gruppo ossidrilico della Tyr194 della glicogenina, catalizzato dall’attività glucosiltrasferasica della
stessa glicogenina. La catena nascente si estende per aggiunta successiva di altri sette residui di
glucosio, ciascuno dei quali deriva
dall'UDP-glucosio. Questa reazione
di allungamento è sempre
catalizzata dalla glicogenina. A
questo punto entra in gioco la
glicogeno sintasi, che estende
ulteriormente la catena del
glicogeno. La glicolgenina rimane
inglobata nella particella beta,
legata covalentemente all’estremità
riducente della molecola di
glicogeno. Le conseguenze sulla
salute di una mutazione nel gene
della glicogenina, che blocca la sua
attività polimerizzante,
comprendono debolezza muscolare
e senso di affaticamento,
deplezione del glicogeno nel fegato
e battito cardiaco irregolare.

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REGOLAZIONE DELLA GLICOGENOSINTESI E GLICOGENOLISI
Nel muscolo e nel fegato abbiamo delle differenze perche gli obiettivi sono diversi. Nel muscolo
devono essere usate le riserve di glucosio per produrre ATP, mentre nel fegato abbiamo omeostasi
del glucosio. Sintesi e degradazione del glicogeno sono co-regolate in modo da non funzionare
simultaneamente. La regolazione comporta sia un controllo allosterico sugli enzimi, sia un
controllo ormonale che induce una modificazione covalente degli enzimi coinvolti (glicogeno
sintasi e glicogeno fosforilasi). La glicogeno sintasi e la glicogeno fosforilasi possono esistere in 2
forme: la forma (a) attiva e la forma (b) inattiva, la glicogeno sintasi è nella forma a quando è
defosforilata, la glicogeno fosforilasi è nella forma attiva a quando è fosforilata.

Se i due enzimi sono fosforilati uno si attiva e l’altro si inatttiva, quindi la casata fosforila entrambi
gli enzimi ma con effetti differenti. La fosforilasi viene attivata mentre la sintetasi inibita, i due
enzimi non sono attivi contemporaneamente. Il glicogeno si sintetizza quando abbiamo
abbondanza di glucosio, quindi in nutrizione e in presenza di insulina, invece lo degradiamo
quando siamo in condizioni di digiuno con il glucagone.
• GLICOGENO FOSFORILASI:
E’ una proteina omodimerica, è regolata da interazioni allosteriche e da modificazioni covalenti
(fosforilazioni). La fosforilasi a è la forma attiva fosforilata (ser14 esterificata con un gruppo
fosforico). La fosforilasi b è la forma meno
attiva defosforilata. La glicogeno
fosforilasi del fegato e del muscolo sono
forme isoenzimatiche, sottoposte a
meccanismi di regolazione allosterica
differenti

• GLICOGENO SINTETASI
E’ una proteina omotetramerica, è regolata da
interazioni allosteriche e da modificazioni
covalenti (fosforilazioni). La sintasi a è la forma
attiva defosforilata, la sintasi b è la forma meno
attiva fosforilata.

CONTROLLO ORMONALE
È dal controllo ormonale che vengono attivate coppie di chinasi e fosfatasi, se la chinasi è attiva la
specifica fosfatasi è inattiva. Per controllo ormonale parliamo di stato di digiuno o di attività
nutritiva, si attivano chinasi e fosfatasi che lavorano in modo concertato. Si genera una cascata di
amplificazione del segnale ovvero il segnale ormonale è piccolo, gli ormoni hanno dei recettori
con cui interagiscono e danno luogo a una risposta cellulare che da un singolo segnale che attiva
una serie di enzimi che fosforilano un certo numero di composti, si amplificano cosi i segnali, in
questo modo lo stimolo ormonale che è piccolo viene amplificato attraverso una serie di
fosforilazioni.
- Adrenalina: Ormone secreto dalle cellule della zona midollare del surrene, viene rilasciato
nel sangue per preparare i muscoli, i polmoni ed il cuore ad un intensa attività

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 - Insulina Ormone proteico secreto dalle seguito all’aumento del livello di glucosio nel
sangue (Stato alimentato)
- Glucagone Ormone peptidico secreto dalle seguito alla diminuzione del livello di glucosio
nel sangue (Stato di digiuno)
Quando la fosforilasi è attiva si ha demolizione del glicogeno, la sintetasi fosforilata è inattiva, se è
in atto la degradazione non possiamo fare anche la sintesi.
La cascata parte dagli ormoni, il glucagone è la situazione di digiuno, dobbiamo quindi demolire il
glicogeno; arriva il segnale ormonale che da luogo alla sintesi dell’AMP ciclico che aiuta attivazione
della proteina chinasi-A che va a fosforilare un'altra chinasi. La proteina chinasi da un lato attiva la
fosforilasi chinasi e quest’ultima fosforila sia la fosforilasi che la sintetasi, quindi vengono
fosforilati. Ci sono altre chinasi che agiscono inducendo la fosforilazione anche nella glicogeno
sintetasi, ci sono una serie di enzimi che sono in grado di attivare e fosforilare la glicogeno
fosforilasi o sintetasi. Da sotto ci aspettiamo delle defosforilazioni che spengono l’enzima. Nel
basso ci troviamo nello stato di nutrizione con l’insulina. C’è una fosfatasi importante PP1,
Fosfoproteina fosfatasi 1, quest’ultima va a defosforilare, si spengono i tre punti della
fosforilazione operati dalla fosfochinasi A, tutti a opera di una fosfatasi. la fosfatasi deve essere
inattiva, se ho fatto questa cascata come spegniamo la fosfatasi che deve essere spenta proprio
quando c’è la cascata? C’è un suo regolatore inibitore che è attivo quando fosforilato, si lega alla
proteina e la inibisce, quindi la PP1 può essere presente da sola come forma attiva ma se si lega
all’inibitore si trasforma nella forma inattiva. La pp1 poi viene liberata dall’inibitore e questo
avviene grazie all’insulina, cosi la forma defosforilata non è in grado di legarsi e riattiva la fosfatasi.

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 CATENA DI TRASPORTO E FOSFORILAZIONE
OSSIDATIVA
Per comprendere la catena di trasporto dobbiamo conoscere quelli che sono i potenziali redox:
POTENZIALI REDOX
Ogni reazione redox, essendo costituita da coppie redox, la possiamo scomporre in due semi-
reazioni di ossidazione o di riduzione. Per determinare il potenziale redox si usa l’elettrodo
potenziale ad idrogeno in condizioni
standard come PH=0, viene fatto
gorgogliare idrogeno a una pressione di
1atm e in un altro contenitore viene
emesso la coppia redox (sempre in
condizioni standard), il collegamento tra
le due semicelle è fatto di ponte salino;
viene inserito un voltmetro all’interno del
circuito e a seconda che gli elettroni si spostino a destra o sinistra la
lancetta si muoverà in un senso o in un altro. In questo modo si indica un
valore numerico in particolare il valore assoluto del potenziale redox, il
segno viene attribuito a seconda del movimento degli elettroni; se
questi si muovono spontaneamente verso la semicella con l’elettrodo ad
idrogeno allora il segno sarà negativo, invece il segno sarà positivo se
vanno spontaneamente verso la semicella con la soluzione X.
Tutte le reazioni sono scritte come reazioni di riduzione (acqusizione degli elettroni).
Se la reazione avviene spontaneamente verso destra, quindi come acquisizione degli elettroni
allora il potenziale redox è + (riduzione)
Se la reazione avviene spontaneamente verso sinistra, quindi tende a donare gli elettroni allora il
potenziale redox è – (ossidazione)

L’obiettivo di questa introduzione è quella di far comprendere che: la traslocazione degli elettroni
durante la catena di trasporto è un processo esoergonico, il trasferimento di elettroni è associato
a una variazione di energia libera, passando da un centro redox a un altro rilasciano energia che
dipende dalla differenza dei potenziali redox che generano:
I potenziali di reazione di trasferimento degli elettroni del NADH rispetto all’O2 sono:

CATENA DI TRASPORTO DEGLI ELETTRONI e FOSFORILAZIONE OSSIDATIVA

La fosforilazione ossidativa rappresenta il culmine del metabolismo energetico negli organismi
aerobici. Tutte le tappe enzimatiche convergono nella tappa finale della respirazione cellulare, in
cui l'energia prodotta dalle ossidazioni viene utilizzata per la sintesi di ATP. Le nostre conoscenze
sulla sintesi di ATP nei mitocondri e nei cloroplasti sono sostanzialmente basate sull'ipotesi,
proposta da Peter Mitchell nel 1961, che differenze nella concentrazione dei protoni tra le due
facce della membrana rappresentano un modo per conservare l'energia estratta dalle ossidazioni
metaboliche (teoria chemiosmotica). Il ruolo metabolico dei mitocondri è fondamentale per le
funzioni delle cellule e degli organismi, i mitocondri sono fondamentali per le funzioni muscolari e
neuronali e per la regolazione del metabolismo energetico dell'intero organismo e del peso
corporeo. Negli eucarioti i mitocondri sono il compartimento cellulare in cui
avviene la fosforilazione ossidativa, presentano due membrane: la membrana mitocondriale
esterna è facilmente permeabile a piccole molecole e a ioni che si muovono liberamente

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attraverso i canali transmembrana. La membrana mitocondriale interna è invece impermeabile
alle molecole di piccole dimensioni e a quasi
tutti gli ioni compresi i protoni (H+); le uniche
specie chimiche che possono attraversarla sono
quelle che hanno uno specifico trasportatore
inserito nella membrana stessa. In questa
struttura sono localizzati anche i componenti
della
catena respiratoria e il complesso enzimatico,
l'ATP sintasi, che sintetizza l'ATP. La matrice
mitocondriale, lo spazio delimitato dalla
membrana interna, contiene il complesso della
piruvato deidrogenasi e gli enzimi del ciclo
dell’acido citrico delle vie della ossidazione degli
acidi grassi e delle vie di ossidazione degli
amminoacidi, cioè di tutte le vie di ossidazione
delle sostanze nutrienti, eccetto la glicolisi che
avviene nel citosol.
La fosforilazione ossidativa ha inizio con l'ingresso degli elettroni nella catena dei trasportatori
degli elettroni, chiamata catena respiratoria. La maggior parte di questi elettroni deriva
dall’azione delle deidrogenasi che li hanno raccolti nei processi catabolici e poi incanalati verso gli
accettori universali di elettroni: i nucleotidi nicotinammidici (NAD+ o NADP+) o flavinici. (FMN o
FAD). La maggior parte delle deidrogenasi che agiscono nel catabolismo è costituita da
deidrogenasi specifiche per il NAD+ come accettore di elettroni. Le deidrogenasi NAD-dipendenti
rimuovono due atomi di idrogeno dai loro substrati. Uno di questi viene trasferito sotto forma di
ione idruro (:H-) al NAD+, mentre l'altro atomo di idrogeno viene rilasciato nell'ambiente
circostante sotto forma di ione H+. Il NADH e il NADPH sono trasportatori di elettroni solubili in
acqua e si associano reversibilmente alle deidrogenasi. Il NADH trasporta gli elettroni dalle reazioni
cataboliche al complesso della NADH deidrogenasi, che costituisce, come vedremo in seguito, il
primo punto di ingresso degli elettroni nella catena respiratoria. Il NADPH generalmente rifornisce
di elettroni le reazioni anaboliche. Nelle cellule, le molecole di NADPH e di NADH con differenti
potenziali redox sono tenute separate. Ciò è reso possibile mantenendo i l rapporto [forma
ridotta]/[forma ossidata] relativamente alto per il NADPH e relativamente basso per il NADH. Le
flavoproteine contengono un cofattore flavinico, l'FMN oppure il FAD, legato saldamente e in
qualche caso anche covalentemente. Il coenzima flavinico ossidato può accettare sia un elettrone
(generando una forma semichinonica) sia due elettroni (generando FADH2 o FMNH2). Il
trasferimento degli elettroni può avvenire in quanto la flavoproteina ha un potenziale di riduzione
più elevato rispetto al composto ossidato. Il potenziale di riduzione standard di un coenzima
flavinico, a differenza di quello di NAD o NADP, dipende dalla proteina a cui è associato.

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STRUTTURA CATENA RESPIRATORIO
La catena respiratoria mitocondriale è formata da una serie di trasportatori di elettroni, la maggior
parte dei quali è costituita da proteine integrali di membrana,
contenenti gruppi prostetici in grado di donare o accettare uno o
due elettroni. Nella fosforilazione ossidativa vi sono tre tipi di
trasferimento degli elettroni:
1. trasferimento diretto degli elettroni, come nella riduzione
di Fe3+ a Fe2+;
2. trasferimento di un atomo di idrogeno H+
3. trasferimento di uno ione idruro (:H-), che porta con sé
due elettroni.
Qualunque sia la forma di trasferimento, il termine equivalente
riducente è sempre utilizzato per indicare che un singolo
elettrone viene trasferito in una reazione redox. Oltre al NAD e
alle flavoproteine, nella catena respiratoria agiscono altri tre gruppi di trasportatori di elettroni: un
chinone idrofobico (ubichinone) e due tipi diversi di proteine contenenti ferro (i citocromi e le
proteine ferro- zolfo).
- L’UBICHINONE (detto anche coenzima Q o semplicemente Q)
è un benzochinone liposolubile con una catena laterale isoprenoide molto lunga, I’ubichinone può
accettare un solo elettrone, trasformandosi in un radicale semichinonico (QH), oppure può
accettare due elettroni, acquisendo la forma completamente ridotta di ubichinolo.
Poichél'ubichinone ha piccole dimensioni ed è idrofobico, può liberamente diffondere nel doppio
strato lipidico della membrana mitocondriale interna e può agire da ponte tra trasportatori di
elettroni meno mobili presenti nella membrana stessa.

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 - I CITROCROMI
Nei mitocondri ci sono tre classi di citocromi, distinguibili in base agli spettri di assorbimento della
luce e indicate con le lettere a, b e c. il gruppo eme dei citrocomi di tipo a e b è saldamente legato
alle proteine loro loro associate, ma senza legami covalenti. Il gruppo eme dei citocromi di tipo e è
invece legato covalentemente attraverso residui di Cys

- PROTEINE FERRO ZOLFO

Nelle proteine ferro-zolfo, il ferro non è presente all'interno del gruppo eme, ma è associato ad
atomi di zolfo inorganico o ad atomi di zolfo di residui di Cys della proteina. Questi centri ferro-
zolfo (Fe-S) possono avere strutture molto semplici, con un singolo atomo di ferro coordinato con
quattro atomi di zolfo di catene laterali di residui di Cys, oppure possono essere molto complessi e
contenere da due a quattro atomi di ferro.

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I trasportatori di elettroni della catena respiratoria sono organizzati in complessi sopra molecolari
intra membrana che possono essere tra loro separati e isolati. Ciascuno di essi è in grado di
trasportare elettroni e può essere considerato come una parte della catena respiratoria. I
Complessi I e II catalizzano il trasferimento degli elettroni da due diversi donatori, il NADH
(Complesso I) e il succinato (Complesso II), all'accettore ubichinone. Il Complesso III trasferisce gli
elettroni dall'ubichinone ridotto al citocromo c. Infine il Complesso IV trasferisce gli elettroni dal
citocromo c ridottoall'02, completando cosi il processo di trasferimento degli elettroni. I complessi
sono 4:
• COMPLESSO I: dal NADH all’ubichinone -> ubichinone ossidoreduttasi
E’ un enzima di grandi dimensioni contenente più di 42 catene peptidiche diverse, fra cui una
flavoproteina contenente FMN e almeno sei centri ferro-zolfo. Ha una forma a L, con un braccio
immerso nella membrana mitocondriale interna e l'altro orientato verso la matrice. Il Complesso I
catalizza due processi accoppiati e simultanei:
- il trasferimento esoergonico all'ubichinone di uno ione idruro dal NADH e di un protone
dal solvente acquoso della matrice
- il trasferimento endoergonico di quattro protoni dalla matrice allo spazio intermembrana.
Il Complesso I è quindi una pompa protonica guidata dall’energia che deriva dal trasferimento
degli elettroni; la reazione catalizzata è vettoriale: infatti essa muove i protoni in una specifica
direzione da una zona (la matrice mitocondriale che in seguito all'allontanamento dei protoni si
carica negativamente) a un'altra (lo spazio intermembrana che si carica positivamente).

• COMPLESSO II: dal succinato all’ubichinone -> succinato deidrogenasi

E’ l'unico enzima del ciclo dell'acido citrico legato alla membrana mitocondriale interna esso
contiene cinque gruppi prostetici di due tipi diversi e quattro subunità proteiche. Le subunità C e D
sono proteine di membrana integrali, ciascuna con tre eliche transmembrana. Esse contengono un
gruppo eme b e un sito di legame per l’ubichinone, l'accettore finale degli elettroni nella reazione
catalizzata dal Complesso II. Le subunità A e B si estendono all'interno della matrice; esse
contengono tre centri 2Fe-2S, un FAD legato covalentemente, e un sito di legame per il substrato,
il succinato. Il percorso seguito dagli elettroni, dal sito di legame per il succinato al FAD, quindi al
sito di legame di Q attraverso i centri Fe-S, ha una lunghezza superiore a 40 nessuna delle singole
tappe intermedie supera una distanza ragionevole per un rapido trasferimento degli elettroni. ll
gruppo eme b del Complesso II sembra non essere sul percorso diretto seguito dagli elettroni; esso

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può invece servire a ridurre la frequenza con la quale gli elettroni "escono" dal sistema,
muovendosi dal succinato all'ossigeno molecolare per produrre le specie reattive dell’ossigeno
(ROS), il perossido di idrogeno (H202) e il radicale superossido.

• COMPLESSO III: dall’ubichinone al citrocromo c -> complesso del citocromo bc1

Accoppia il trasferimento degli elettroni dall'ubichinolo (QH2) al citocromo c con il trasporto
vettoriale di protoni dalla matrice allo spazio intermembrana. L'unità funzionale del Complesso è
un dimero con le due unità monomeriche del citocromo b che circondano una "caverna’’ situata al
centro della membrana, in cui l'ubichinone è libero di muoversi dal lato della matrice della
membrana di un monomero allo spazio intermembrana (sito Qp dell'altro monomero) mentre
trasporta gli elettroni e i protoni attraverso la membrana mitocondriale interna. Sulla base della
struttura del Complesso III e dei dettagliati studi biochimici sulle reazioni redox è stato proposto
un modello, il ciclo Q, per il trasferimento degli elettroni e dei protoni attraverso il complesso. Il
ciclo dell'ubichinone regola il trasferimento degli elettroni da un trasportatore a due elettroni,
l'ubichinolo ha trasportatori a un solo elettrone, i gruppi eme bL e bH del citocromo b e dei cito-
cromi c 1e c. Questo trasferimento è
accompagnato dall'acquisizione di due
protoni sul lato N (matrice) e dal rilascio
di quattro protoni sul lato P (spazio
intermembrana} per ogni coppia di
elettroni che passa attraverso il
Complesso III e viene trasferita al
citocromo c. Due dei protoni rilasciati sul
lato P sono elettrogenici, mentre gli altri
due protoni sono elettricamente neutri,
essendo bilanciati dalle due cariche (gli
elettroni) trasferite al citocromo C sul
lato P. Anche se la via seguita dal flusso
elettronico in questo segmento della
catena respiratoria è cosi complessa, il
risultato netto è molto semplice: QH2

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viene ossidato a et due molecole di citocromo c vengono contemporaneamente ridotte e i protoni
vengono trasferiti dal lato N al lato P.

• COMPLESSO IV: dal citocromo c all’O2 -> citrocromo ossidasi

Trasporta gli elettroni dal citocromo c all’ossigeno molecolare, riducendolo a H2O. II Complesso IV
è un enzima di grandi dimensioni della membrana mitocondriale interna. La subunità
mitocondriale II contiene due ioni Cu che formano complessi con gruppi -SH di due residuidi Cys in
un centro binucleare che assomiglia ai centri delle proteine. La subunità I contiene due gruppi
eme, a e un altro ione rameico e il Cu formano un secondo centro b nucleare, che accetta elettroni
dal gruppo eme a e li trasferisce all’O2 che si lega al gruppo. Il trasferimento degli elettroni
attraverso il Complesso IV procede dal citocromo c al centro CuA, al gruppo eme a, al centro e
infine all'O2. Ogni volta che quattro elettroni atttaversano questo complesso, l'enzima preleva
quattro ioni H+ "substrato" dalla matrice (lato N) per convertire l’O2 in due molecole di H20. Il
complesso utilizza anche l'energia di questa reazione redox per pompare un protone nello spazio
intermembrana (lato r) per ogni elettrone che lo attraversa, aumentando ulteriormente il
potenziale elettrochimico prodotto dal trasporto protonico attaverso i Complessi I e III.

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SISTEMI NAVETTA
La NADH deidrogenasi della membrana mitocondriale interna delle cellule animali accetta
elettroni solo dal NADH presente nella
matrice. Dato che la membrana interna
non è permeabile al NADH citosolico,
come viene riossidato il NADH prodotto
dalla glicolisi nel citosol e come arrivano i
suoi elettroni alla catena respiratoria e
quindi all'ossigeno?
Speciali sistemi navetta (shuttle)
trasportano gli equivalenti riducenti dal
NADH citosolico all'interno dei mitocondri
mediante una via indiretta. Il sistema
navetta più attivo, che funziona nei
mitocondri di fegato, reni e cuore, è lo
shuttle del malato-aspartao.
Gli equivalenti riducenti del NADH
citosolico sono prima trasferiti
all'ossalacetato citosolico, producendo malato mediante l'azione della malato deidrogenasi
citosolica. Il malato attraversa poi la membrana interna ed entra nella matrice, traslocato dal
sistema di trasporto dell'a-chetoglutarato. All'interno della matrice gli equivalenti riducenti
tornano al NAD+, formando NADH, in una reazione catalizzata dalla malato deidrogenasi della
matrice mitocondriale. Questo NADH può ora trasferire i suoi elettroni alla catena respiratoria
sulla membrana mitocondriale interna. Per ogni coppia di elettroni che arriva all'ossigeno sono
prodotte 2,5 molecole di ATP. L’ossalacetato citosolico viene rigenerato da reazioni di
transamminazione e dall'azione di trasportatori
specifici, in modo da iniziare un altro ciclo del
sistema navetta. Nel muscolo scheletrico e nel
cervello agisce un altro sistema chiamato shuttle
del glicerolo 3-fosfato. Questo sistema navetta
differisce da quello del malato-aspartato in quanto
trasporta equivalenti riducenti dal NADH al
Complesso III (via ubichinone) e non al Complesso
I, fornendo una quantità di energia sufficiente alla
formazione di 1,5 molecole di ATP per coppia di
elettroni. I mitocondri delle piante superiori
possiedono una NADH deidrogenasi orientata
verso l’esterno, capace cosi di trasferire gli
elettroni direttamente dal NADH citosolico alla
catena respiratoria a livello dell’ubicbinone. Poiché
questa via non utilizza la NADH deidrogenasi del
Complesso I e viene a mancare la relativa
traslocazione dei protoni, la resa in molecole di
ATP che si ha con l'ossidazione del NADH citosolico
è inferiore a quella del NADH generato nella
matrice.

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SINTESI ATP
Come può un gradiente di concentrazione di protoni dare origine alla formazione di ATP? Abbiamo
visto che il trasferimento degli elettroni
lungo la catena respiratoria rilascia una
quantità di energia ampiamente
sufficiente alla produzione di una mole
di ATP.Dobbiamo prendere ora in
considerazione il meccanismo chimico
che accoppia il flusso protonico con la
fosforilazione: il modello
chemiosmotico. L'energia
elettrochimica contenuta nella
differenza di concentrazione protonica
e nella separazione delle cariche
attraverso la membrana mitocondriale
interna, cioè la forza motrice protonica,
porta alla sintesi di ATP quando il flusso
protonico inverte la sua direzione e i
protoni ritornano nella matrice
attraverso un canale protonico associato all'ATP sintasi. Mitchell defini ‘’chemiosmotiche’’ quelle
trasformazioni che comportano simultaneamente una reazione chimica e un processo di
trasferimento; questo processo viene spesso chiamato "accoppiamento chemiosmotico". Il
termine "accoppiamento’’ si riferisce all'assoluta dipendenza della sintesi di ATP nei mitocondri dal
flusso degli elettroni attraverso la catena respiratoria; nessuno dei due processi può avvenire in
assenza dell’altro. L’ATP sintasi mitocondriale è un'ATPasi di tipo F. Questo grande complesso
enzimatico della membrana interna mitocondriale catalizza la formazione di ATP da ADP e Pii
accompagnata dal flusso protonico dal lato P al lato N della membrana. L’ATP sintasi, detta anche
Complesso V, è formata da due componenti distinti: F1, una proteina periferica della membrana,
ed F0, una proteina integrale di membrana. Ogni complesso F1 dei mitocondri è costituito da nove
subunità di cinque tipi diversi, con la composizione a3b3gde. Ciascuna delle tre subunità ha un
sito catalitico per la sintesi di ATP. La porzione F1 ha una forma a pomello simile a una sfera
schiacciata ai poli, alta 8nm e larga 10nm, costituita da un'alternanza di subunità a disposte come
gli spicchi di un'arancia. Nella struttura cristallografica di F1 i polipeptidi che costituiscono l'asta
della manopola sono disposti asimmetricamente, con un dominio della singola subunita che forma
una specie di asse centrale che attraversa tutto il complesso F1 mentre un altro dominio di" I è
associato a una delle tre subunità jl, detta subunità bvuota.
ll complesso F0 che costituisce il canale protonico è composto da tre subunità a, b e c nelle
seguenti proporzioni: ab2cn, dove n varia da 8 a 15 a seconda dell'organismo. La subunità c è un
polipeptide di piccole dimensioni e molto idrofobico, costituito quasi interamente da due eliche
transmembrana, con una piccola ansa che fuoriesce dal lato della membrana rivolto verso la
matrice. Basandosi sui dettagliati studi cinetici di legame delle reazioni catalizzate da F0 F1, venne
proposto un meccanismo di catalisi rotazionale in cui i tre siti attivi di F1 catalizzano a turno la
sintesi di ATP Una data subunità b comincia il ciclo di catalisi nella sua conformazione b-ADP
legando ADP e Pi recuperati dall'ambiente circostante. A questo punto la subunità cambia la sua
conformazione, assumendo la forma b-ATP che lega saldamente e stabilizza generando uno stato
di equilibrio tra ADP + P1 e ATP sulla superficie dell'enzima. Infine, la subunità modifica
ulteriormente la sua conformazione, assumendo quella b-vuota, che ha pochissima affinità per

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 l'ATP, e il nucleotide appena sintetizzato lascia
la superficie dell'enzima. Un altro ciclo di
catalisi ha inizio quando questa subunità
assume di nuovo la forma b-ADP e lega ADP e
Pi. Le modificazioni conformazionali alla base di
questo meccanismo sono dovute al passaggio di
protoni attravreso la porzione F0 dell’ATP
sintetasi. Il flusso di protoni attravreso il poro
F0 provoca la rotazione del cilindro costituito
dalla subinità c e g a esso associata intorno
all’asse della stessa subunità g. La subunità g attravresa il centro della struttura sferoidale a3b3
che è tenuta fissa rispetto alla supericie della membrana dalle subunità b2 e d. Ogni rotazione di
120° pone g in contatto con una diversa subunità b e questo contatto costringe la subunità b ad
assumere la conformazione b vuota. Le tre subunità b interagiscono tra di loro in modo tale che
quando una assume la conformazione b-vuota la subunità presente su un lato dev eassumere la
forma b-ADP, mentre quella sull'altro lato acquista la forma b-ATP. In questo modo per ogni
rotazione completa della subunità 'Y ogni subunità bcompie un ciclo attraverso le tre possiobili
conformazioni, e per ogni rotazione vengono sintetizzate e rilasciate dalla
superficie dell'enzima tre molecole di ATP.
Le 3 subunità b vengono identificate con 3 lettere che fanno riferimento al loro
stato funzionale: la parte aperta significa che non lega ATP e ADP, il pezzo centrale
è una rappresentazione di g che rivolge alle 3 subunità 3 elementi diverse di se
stesse, questo porta a una variazione conformazionale. L dopo aver legato ADP si
trasforma in T che ha una grande capacità catalitica ma non rilascia ATP ma dovrà
trasformarsi in una struttura open e rilasciare ATP. Arriva ADP che insieme al fosfato si lega alla
forma L che ha una bassa affinità e una bassa capacita catalitica, quindi il perno g gira e la subunità
L diventa T e catalizza la formazione del legame, cosi si forma ATP, ma la forma T per poter lasciare
ATP dovrà convertirsi e quindi abbiamo bisogno di un ulteriore giro, per ogni rotazione di 120
gradi abbiamo un ritorno al punto iniziale, nel frattempo O si trasforma il L.

Quanti protoni devono passare attraverso questi canali per

ottenere la sintesi di una molecola di ATP? Devono defluire 3 o 4
protoni per la sintesi di una molecola di ATP (per transito di una
coppia di elettroni vengono portati fuori 10 protoni quindi si
formano 2,5 molecole di ATP).
Acido aspartico si trova a metà, quando si trova rivolto verso il
doppio strato lipidico, dato che l’anello ruota, la protonazione
aiuta da un punto di vista energetico, quando entrano nei semi
canali si trovano in un ambiente idrofilico e troverà dal lato della
matrice una bassa concentrazione di ioni H3O+ quando si trova
nello spazio inter membrana e ha una grande concentrazione di
protoni, il protone tenderà e legarsi e cosi quella condizione non
è più stabile e avviene la rotazione. Acido aspartico sta bene in certe condizioni ma non in altre.

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La traslocasi catalizza il trasferimento dell’ADP nella matrice mitocondriale, accoppiato al trasporto
dell’ ATP all’esterno del mitocondrio. Il legame dell’ADP citosolico provoca l’eversione del
trasportatore ed il rilascio dell’ADP nella matrice. Il successivo legame dell’ATP mitocondriale alla
forma del trasportatore aperta verso la matrice mitocondriale, favorisce l’eversione del
trasportatore che riassume la sua forma originale

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 OSSIDAZIONE E SINTESI DEI LIPIDI
In molti organismi e tessuti l’ossidazione degli acidi grassi a catena lunga ad acetil-coA è una via
essenziale per produrre energia. La funzione biologica dell'ossidazione degli acidi grassi differisce
da organismo a organismo, mentre il meccanismo di base è essenzialmente lo stesso, il
meccanismo è quello della b-ossidazione, con cui gli acidi grassi sono convertiti in acetil-CoA. I
triacilgliceroli (detti anche trigliceridi o grassi neutri), rappresentano una riserva energetica
particolarmente efficiente. Le lunghe catene alchiliche degli acidi grassi presenti nelle molecole dei
triacilgliceroli sono essenzialmente idrocarburi, strutture altamente ridotte, con un'energia di
ossidazione completa. (I triacilgliceroli sono un’abbondante riserva di energia metabolica in forma
altamente concentrata, perché si trovano in forma ridotta e anidra)
ASSUNZIONE DEI LIPIDI
Le cellule possono ottenere il combustibile metabolico sotto forma di acidi grassi da tre fonti: i
grassi della dieta, i lipidi depositati nelle cellule sotto forma di gocce insolubili e i lipidi sintetizzati
in un organo ed esportati in un altro. I vertebrati, per esempio, ingeriscono grassi con la dieta,
mobilitano i lipidi di riserva presenti in tessuti specializzati (il tessuto adiposo costituito da cellule
chiamate adipociti) e convertono i carboidrati in eccesso in grassi nel fegato, che poi li esporta agli
altri tessuti. In media, il 40% o anche più dell’energia richiesta giornalmente dall'uomo nei paesi
industrializzati è fornita dai triacilgliceroli della dieta. Nei vertebrati, prima che assorbiti attraverso
la parete intestinale, i triacilgliceroli ingeriti devono essere convertiti da particelle di grasso
macroscopiche insolubili in micelle microscopiche finemente
disperse. La solubilizzazione viene effettuata dai sali biliari come
l'acido taurocolico che sono sintetizzati nel fegato a partire dal
colesterolo, conservati nella colecisti e rilasciati nell'intestino
tenue dopo un pasto ricco di grassi. Questi composti anfipatici
agiscono come detergenti biologici, convertendo i grassi della
dieta in micelle miste composte da sali biliari e da triacilgliceroli
(tappa 1). La formazione delle micelle aumenta enormemente la
frazione di lipidi suscettibile all'azione di lipasi solubili in acqua, le
quali convertono cosi i triacilgliceroli in monoacilgliceroli
(monogliceridi), diacilgliceroli (digliceridi), acidi grassi liberi e
glicerolo (tappa 2). I prodotti dell'azione delle lipasi diffondono
nelle cellule epiteliali che rivestono la superficie dell'intestino (la
mucosa intestinale; tappa 3), dove vengono riconvertiti in
triacilgliceroli e uniti al colesterolo della dieta e a specifiche
proteine, formando gli aggregati lipoproteici detti chilomicroni. (tappa 4). Le apolipoproteine sono
proteine che legano i lipidi nel sangue e sono responsabili del trasporto dei triacilgliceroli, dei
fosfolipidi, del colesterolo e degli esteri del colesterolo tra i vari organi. Le apolipoproteine si
combinano con vari lipidi formando diverse classi di particelle di lipoproteine, aggregati sferici in
cui i lipidi idrofobici sono immersi nel nucleo interno delle particelle, mentre le catene laterali
idrofiliche delle proteine e le teste polari dei lipidi sono sulla superficie. Nell'assunzione dei lipidi
da parte dell'intestino, i chilomicroni, che contengono l'apolipoproteina C-II (apoC-II), vengono
trasferiti dalla mucosa intestinale al sistema linfatico, entrano nel sangue e sono poi trasportati al
muscolo e al tessuto adiposo (tappa 5).
Nei capillari di questi tessuti l'enzima
extracellulare lipoproteina lipasi viene
attivato dalla apoC-Il. Questo enzima
idrolizza i triacilgliceroli ad acidi grassi e
glicerolo (tappa 6), composti che entrano

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nelle cellule del tessuto bersaglio (tappa 7). Nel muscolo gli acidi grassi sono ossidati per ricavare
energia; nel tessuto adiposo sono riesterificati a triacilgliceroli per essere conservati (tappa 8). I
resti dei chilomicroni, particelle da cui sono stati rimossi quasi completamente i triacilgliceroli ma
che contengono ancora colesterolo e apolipoproteine, passano dal sangue al fegato, dove
vengono internalizzati per endocitosi, un processo mediato da recettori specifici che riconoscono
le apolipoproteine presenti nella particella. I triacilgliceroli che entrano nel fegato mediante
questa via possono essere ossidati per ricavare energia o per generare precursori per la sintesi dei
corpi chetonici.

OSSIDAZIONE LIPIDI
I grassi neutri vengono depositati negli adipociti sotto forma di goccioline lipidiche, con un nucleo
costituito da esteri degli steroli e da triacilgliceroli circondati da uno strato di fosfolipidi. Quando
gli ormoni segnalano una carenza di energia metabolica, i triacilgliceroli depositati nel tessuto
adiposo vengono mobilizzati (portati fuori dal deposito) e trasferiti a quei tessuti (muscolo
scheletrico, cuore e corteccia renale) dove gli acidi grassi possono essere ossidati per produrre
energia. Gli ormoni adrenalina e glucagone, secreti in risposta a una bassa concentrazione di
glucosio nel sangue, attivano l'adenilil ciclasi della membrana plasmatica degli adipociti, che
produce il secondo messaggero intracellulare AMP ciclico. Gli acidi grassi cosi rilasciati diffondono
fuori dall'adipocita nel sangue, dove si legano all'albumina del siero. Una volta associati a questa
proteina solubile, gli acidi grassi, molecole altrimenti insolubili in acqua, sono trasportati ai tessuti,
come il muscolo scheletrico, il cuore e la corteccia
renale. Qui gli acidi grassi si dissociano dall'albumina
e sono trasferiti da trasportatori posti sulla
membrana plasmatica nel citosol della cellula dove
sono usati come combustibile metabolico. Il
glicerolo liberato dalle lipasi viene fosforilato e
ossidato a diidrossiacetone fosfato, che può entrare
nella via glicolitica o in quella gluconeogenica. Il
glicerolo rilasciato dalla lipasi viene fosforilato dalla
glicerolo chinasi e il glicerolo 3-fosfato cosi prodotto
viene ossidato a diidrossiacetone fosfato. L’enzima

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glicolitico triosio fosfato isomerasi converte questo composto in gliceraldeide 3-fosfato, che viene
ossidata nella via glicolitica.
ATTIVAZIONE ACIDI GRASSI
Nelle cellule degli animali, gli enzimi coinvolti nell'ossidazione degli acidi grassi sono localizzati
nella matrice mitocondriale, la maggior parte degli acidi grassi liberi ottenuti dalla dieta o rilasciati
dal tessuto adiposo, non possono passare direttamente attraverso la membrana mitocondriale,
ma devono prima subire una serie di tre reazioni enzimatiche dette sistema navetta o shuttle della
carnitina.

La prima reazione è catalizzata da una famiglia di isozimi (diversi isozimi sono specifici per acidi
grassi a catena corta, media o lunga) presenti nella membrana mitocondriale esterna, le acil-CoA
sintetasi. L'acil-CoA sintetasi catalizza la formazione di un legame tioestere tra il gruppo
carbossilico dell'acido grasso e il gruppo tiolico del coenzima A, formando un acil-CoA;
contemporaneamente, l'ATP subisce una scissione in AMP e PPi. La reazione avviene in due tappe
e coinvolge la formazione di un intermedio acil-adenilato. Gli acil-CoA, come l'acetil-CoA, sono
composti ad alta energia; la loro idrolisi ad
acidi grassi liberi e CoA ha una variazione di
energia libera standard molto negativa. Gli
acil-CoA formati sul lato citosolico della
membrana mitocondriale esterna possono
essere trasponati nel mitocondrio ossidati
oppure utilizzati nel citosol per sintetizzare i
lipidi della membrana. Gli acidi grassi
destinati all'ossidazione nei mitocondri sono
legati transitoriamente al gruppo ossidrilico
della carnitina, formando acil- carnitina, la
seconda reazione dello shuttle. Questa
transesterificazione è catalizzata dalla carnitina aciltrasferasi I presente sulla membrana
mitocondriale esterna. Il trasferimento nello spazio intermembrana (lo spazio tra la membrana
esterna e la membrana interna) avviene attraverso ampi pori (formati dalla proteina porina) nella
membrana esterna. L’estere acil-carnitina attraversa la membrana mitocondriale interna,
raggiungendo la matrice mediante una diffusione facilitata effettuata dal trasportatore acil-

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camitina/camitina presente nella membrana interna mitocondriale. Nella terza tappa, quella finale
dello shuttle della carnitina, il gruppo acilico viene trasferito enzimaticamente dalla carnitina al
coenzima A intramitocondriale a opera della
carnitina aciltrasferasi Il. Questo isozima è
localizzato sulla faccia interna della membrana
mitocondriale interna, dove rigenera l'acil-CoA, che
viene rilasciato insieme alla carnitina libera nella
matrice. La carnitina rientra nello spazio tra le due
membrane attraverso il trasportatore acil-
carnitina/carnitina. Il processo a tre tappe per il
trasferimento degli acidi grassi nel mitocondrio -
tioesterificazione con il CoA ha l'effetto di mantenere separato il coenzima A citosolico da quello
mitocondriale, in quanto essi hanno funzioni diverse nei due compartimenti. Il processo di
ingresso nella matrice mitocondriale degli acidi grassi, mediato dalla carnitina, è la tappa limitante
per l'ossidazione degli acidi grassi e rappresenta un importante punto di regolazione.

b-OSSIDAZIONE
L’ossidazione mitocondriale degli acidi grassi ha luogo in tre fasi. Nella prima fase l’ossidazione
degli acidi grassi vanno incontro alla rimozione ossidativa di unità bicarboniose sotto forma di
acetil- CoA, iniziando dall'estremità carbossiterminale della catena dall'acido grasso. Nella seconda
fase dell’ossidazione degli acidi grassi l'unità acetilica dell’acetil-CoA viene ossidata a CO2 nel ciclo
dell'acido citrico, anch’esso localizzato nella matrice dei mitocondri. L’acetil-CoA prodotto
dall'ossidazione degli acidi grassi entra quindi in una via di ossidazione comune, percorsa anche
dall'acetil-CoA derivato dal glucosio attraverso la glicolisi e l’ossidazione del piruvato. Le prime due
fasi dell'ossidazione degli acidi grassi riducono i trasportatori di elettroni NAD+ e FAD a NADH e
FADH2; nella terza fase questi coenzimi donano alla catena respiratoria dei mitocondri gli elettroni
che hanno ricevuto; attraverso questa via gli elettroni arrivano all'ossigeno con la concomitante
fosforilazione di ADP ad ATP. L’ energia rilasciata dall'ossidazione degli acidi grassi viene quindi
conservata sotto forma di ATP.
Nella prima fase dell'ossidazione degli acidi grassi sono coinvolte quattro reazioni enzimatiche.

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 1. Ossidazione -> formazione di acil-Co-A a-b insaturo
La prima è una deidrogenazione che produce un doppio legame tra gli atomi di carbonio a-b (C-2
e C-3), formando un trans-D2-enoil-CoA. ll doppio legame appena formato è nella configurazione
trans; mentre gli acidi grassi presenti in natura normalmente hanno doppi legami nella
configurazione cis. Questa prima reazione è catalizzata da tre isozimi dell’acil-CoA deidrogenasi,
ciascuno specifico per un ambito di lunghezza della catena di acidi grassi. Gli elettroni rimossi
dall'acil-CoA sono trasferiti al FAD e la forma ridotta
della deidrogenasi dona immediatamente questi
elettroni a un trasportatore di elettroni della catena
respiratoria mitocondriale, la flavoproteina che
trasferisce elettroni.
2. IDRATAZIONE -> formazione di L-b-
idrossiacil-CoA
Nella seconda fase della ossidazione degli acidi grassi
viene aggiunta al doppio legame del trans-D2-enoil-
CoA una molecola d'acqua, formando lo
stereoisomero L del b-idrossiacil-CoA (detto anche 3-
idrosaiacil- CoA). Questa reazione è catalizzata
dalI’enoil-CoA idratasi.
3. OSSIDAZIONE -> formazione di b-chetoacil-
CoA
Nella terza fase l’L-b idrossiacil-CoA viene
deidorgenato a b-chetoacil-CoA per mezzo della b
idrossiacil-CoA deidrogenasi; il NAD+ è l'accettore di
elettroni. Questo enzima è del tutto specifico per lo
stereoisomero L. Il NADH che si forma in questa
reazione dona i suoi elettroni alla NADH deidrogenasi,
un trasportatore di elettroni della catena respiratoria.
Quando gli elettroni passano dal NADH all'ossigeno
nella catena respiratoria, si forma ATP da ADP.
4. TIOLISI -> rottura legame a-b
La quarta e ultima fase del ciclo di ossidazione degli
acidi grassi è catalizzata dall'acil-CoA acetiltruferasi
(più nota con il nome di tiolasi), in cui il (3-chetoacil-
CoA reagisce con una molecola di coenzima A libero,
staccando un frammento a due atomi di carbonio
sotto forma di acetil-CoA dalla regione
carbossiterminale dell'acido grasso originale. L’altro
prodotto della reazione è il tioestere dell’acido grasso
con il coeniima A, ora accorciato di due atomi di carbonio. Questa reazione viene detta anche
tiolisi per analogia con il processo di idrolisi, in quanto il 3-chetoacil-CoA viene scisso mediante
una reazione con il gruppo tiolico del coenzima A. La reazione di tiolisi è l'opposto della
condensazione di Claisen. Le ultime tre tappe di questa sequenza a quattro reazioni sono
catalizzate da due gruppi di enzimi a seconda della lunghezza delle catene degli acidi grassi.
Mentre il NAD essendo dei co-substrati entrano e escono dai siti attivi quindi viaggiano
nell’ambiente idrofilico della matrice e vanno alla catena id trasporto mitocondriale. Il FAD non
lascia il sito attivo dell’enzima, fa parte dell’insieme dell’enzima che catalizza la reazione, quindi
abbiamo un contatto diretto con la catena di trasporto. La deidrogenasi catalizza la prima

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reazione, raccoglie elettroni verso il FADH2. Sono presenti poi delle proteine accessorie come ETF,
e una proteina di connessione con ubichinolo che presenta dei centri ferro-zolfo che raccolgono gli
elettroni.
Mettiamo in confronto la b- ossidazione e il ciclo degli acidi tricarbossilici:

Le reazioni sono uguali.

Cosa succede se abbiamo un numero dispari di atomi di
carbonio?
Il proponil viene carbossilato diventando succinil-Co-A che
entra nel ciclo dell’acido citrico. (sempre un intermedio
degli acidi tricarbossilici, ma più a valle

Se gli acidi grassi sono insaturi?

Prendiamo ad esempio palmitoteil-CoA, l’isomerasi cambia la
posizione del doppio legame. E si arriva ad un'altra unità a tre
atomi di carbonio

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CORPI CHETONICI
I corpi chetonici sono: acetoacetato, D-b-idrossibutirrato e acetone, la produzione dei corpi
chetonici avviene nella matrice mitocondriale delle cellule epatiche. Sono tre composti
normalmente presenti nel sangue in piccole quantità, aumentano in caso di diabete o digiuno e
sono sintetizzati dalla cellula epatica in caso di
eccesso di acetil-CoA. I corpi chetonici formati nel
sangue ai tessuti extraepatici dove vengono ossidati
nel soddisfare la richiesta energetica (muscolo
scheletrico, cuore e corteccia renale).
L’acetoacetato (forma ossidata) può essere ridotto a
gruppo OH per intervento del NADH, l’acetoacetato
può essere convertito anche tramite una
decarbossilazione spontanea e diventa acetone
(dimetilchetone) ed è un elemento volatile.
I corpi chetonici viaggiano in piccole quantità nel circolo ematico e si formano quando si verica un
eccesso di acetil-CoA che deriva dalla b-ossidazione. L’acetil CoA viene usato per sintetizzare i
corpi chetonici nel mitocondrio epatico. I corpi chetonici sono importanti in condizioni di digiuno
perchè sono una riserva energetica.

Perchè si formano i gruppi chetonici?

Consideriamo di essere in condizioni di digiuno, quindi sono presenti gli adipociti,( cellule
specializzate che hanno 1 grande goccia lipidica all’interno e il citoplasma schiacciato all’estremita
ed è quindi deputata al deposito dei triacilgliceroli), il glucagone ha dato avvio alle lipasi attraverso
l’attivazione del fosfofruttochinasi e quindi le
chinasi hanno liberato il glicerolo dagli acidi
grassi, hanno idrolizzato il legame estere che
lega acidi grassi al glicerolo. Ora glicerolo e
acidi grassi viaggiano nel circolo ematico per
poi arrivare al fegato. Nell’epatocita il
glicerolo viene convertito in glucosio che
ritorna nel circolo ematico e va al cervello
che in condizione di digiuno ha bisogno di
glucosio, gli acidi grassi invece entrano nel
mitocondrio e subiscono la b- ossidazione e
formano acetil CoA che pero non entra tutto
ma si accumula formando i corpi chetonici, la

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nuova riserva energatica delle cellule. I corpi chetonici vengono riconvertiti in acetil coA che poi
entra nel ciclo di krebs.
Come si converte di nuovo in acetil-CoA?
Il D-3 idrossibutirrato deve essere ossidato
ad acetoacetato (quindi subisce la reazione
inversa). A questo punto siamo nel
mitocondrio e l’acetoacetato usa il succinil-
coA, he fa parte del ciclo di krebs, come
fonte di coenzima-A e si forma acetoacetil-
coa, il succinato viene liberato e una seconda
molecola di coenzima-A fa una tiolisi e si
forma il 2 Acetil-CoA.

Gli acidi grassi vengono sintetizzati in tutti i comparti cellulari a partire dalle goccioline lipidiche, gli
acidi grassi provengono per la maggior parte dalla dieta, tuttavia, se presenti in eccesso, possono
venire convertiti ad acidi grassi e proteine. Questi vengono poi immagazzinati sotto forma di
trigliceridi. Nei mammiferi la sintesi di acidi grassi avviene principalmente nel fegato (ma anche
nelle ghiandole mammarie in lattazione e negli adipociti).
La via di sintesi può essere considerata l’inverso della via degradativa, ma sono catalizzate da due
serie di enzimi diversi, inoltre sono localizzati in comparti cellulari diversi.
(acili=composti a due atomi di carbonio)

La biosintesi degli acidi grassi avviene tramite la condensazione di unità C2, un processo inverso
rispetto alla beta-ossidazione, In entrambi i casi viene utilizzato Acetil-CoA.
Mettiamo le reazioni a confronto:
La tappa di comando riguarda la carbossilazione dall’acetil-CoA a malonil-CoA ed è catalizzata
dall’acetil-coA carbossilasi (ACC), la formazione irreversibile di malonil CoA è la tappa di comando
della sintesi degli acidi grassi.
La biotina è un trasportatore di gruppi CO2

L’acetil Co-A ha 3 regioni funzionali:

1. La proteina trasportatrice della biotina (grigio)
2. La biotina carbossilasi che attiva la CO2 e la lega ad uno degli atomi di
azoto dell’anello della biotina in una reazione ATP dipendente
3. La transcarbossilasi che trasferisce la CO2 attivata (ombreggiata in
verde), formando il malonil-CoA
Il lungo braccio flessibile trasporta la CO2 attivata dal sito attivo della biotina
carbossilasi al sito attivo della transcarbossilasi. Cosi abbiamo formato il
manolil-coa.
ACIDO GRASSO SINTASI
È un sistema multienzimatico che possiede 7 enzimi in 1 sola catena
polipeptidica l’allungamento
progressivo della molecola di unità bicarboniose, le
tappe che si ripetono sono 4 (tralasciando la tappa
iniziale di formazione). Tutti gli intermedi sono legati
ad una proteina trasportatrice di acili (ACP), gli
intermedi rimangono covalentemente come tioesteri
ad uno dei 2 gruppi tiolici (-SH).
(nell’immagine le 4 in rosso sono le 4 tappe
ripetitive).
Il malonil-coA e l’acetil co-A trasferiscono l’acetile e il
manolile al gruppo tiolico che fa da nucelofilo
attaccando il C carbonio carbonilico lasciando il
coenzima-A, si rompe legame ad alta energia e si forma un altro legame a forte energia. (KS E ACP
sono le due proteine fondamentali)
Meccanismo reazione:
Ciascun gruppo malonilico e acetilico viene attivato da un tioestere, che lo lega all’acido grasso
sintasi. I due residui di cisteina fanno un attacco nucelofilo inducendo la liberazione del coenzima-
A e sostituendo il legame tioestere con un altro legame ad alta energia.

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 - Reazione 1: La condensazione di un gruppo acilico attivato (il gruppo acetilico
dell’acetil-CoA fornirà il primo gruppo acilico) e di un frammento a due atomi di
carbonio derivato dal malonil-CoA attivato, con eliminazione di CO2 dal gruppo
malonilico, allunga la catena acilica di due atomi di carbonio, la reazione di
allungamento è favorita dal rilascio di CO2

Il derivato β-cheto, prodotto dalla reazione di condensazione viene ridotto mediante tre
passaggi, quasi identici alle reazioni di β-ossidazione, ma in sequenza inversa

- Reazione 2: il gruppo chetonico b viene ridotto ad alcol

- Reazione 3: l’eliminazione di H2O crea un doppio legame
- Reazione 4: il doppio legame viene ridotto per formare il corrispondente gruppo
acilico saturo

Alla fine del primo ciclo il gruppo viene trasferito sull’SH e si è reso
disponibile il gruppo SH dell’ACP che sarà usato per legare un nuovo
malonile che si legherà all ACP per fomare 2 nuovi atomi di C e ottenere la
nuova crescita della catena. Il coenzima-a viene eliminato e ci troviamo di
nuovo alla condizione di partenza, però non abbiamo più l’acetil ma
abbiamo 4 unità. Avviene reazione di decarbossilazione gli elettroni
attaccano il C carbonile, gli elettroni ritornano su KS che ritorna di nuovo
SH. Questa catena è stata trasferita e c’è n gruppo in beta e questo si
trasferisce e dovrà essere convertito di nuovo in gruppo CH2.
ACC è l’enzima fondamentale della sintesi degli acidi grassi, mentre nella b-
ossidazione abbiamo la carnitina aciltrasferasi I che limita il trasporto di acidi grassi
nella matrice mitocondriale per la b- ossidazione. In condizioni di digiuno interviene
il glucagone che attiva l’adenilato ciclasi che da la sintesi dell’AMP ciclico che attiva
la pka, avviene una cascata di fosforilazione in particolare l’enzima deputato alla
sintesi del malonil-CoA. A questo punto il malonine non viene sintetizzato e avvien la
b-ossidazione degli acidi grassi. In condizioni di nutrizione arriva insulina che attiva la
fosforilazione, attiva la fosfatasi che riforma la forma attiva non fosforilata dell’ACC e il malonil-
coA inibisce l’enzima.

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 CATABOLISMO AMMINOACIDI
Gli amminoacidi, attraverso la degradazione ossidativa, contribuiscono significativamente alla
generazione di energia metabolica. La frazione di energia metabolica ottenuta dagli amminoacidi,
sia derivati dalle proteine della dieta, sia dalle proteine dei tessuti, varia notevolmente a seconda
del tipo di tessuto e delle condizioni metaboliche dell'organismo. L’azoto, N2, è molto abbondante
nell'atmosfera, ma è troppo inerte per essere usato nella maggior parte dei processi biochimici.
Poiché solo pochi microrganismi possono convertire l'N2 in forme utili, i gruppi amminici vengono
utilizzati con parsimonia nei sistemi biologici. Gli amminoacidi che derivano dalle proteine della
dieta sono la fonte della maggioranza dei gruppi amminici. La maggior parte degli amminoacidi
viene metabolizzata nel fegato. Lo ione ammonio generato in questi processi viene in parte
utilizzato in una serie di vie biosintetiche, e l'eccesso viene escreto come tale, oppure convertito a
seconda dell'organismo in urea o acido urico, che verranno poi eliminati. L’eccesso di ioni
ammonio generati in altri tessuti giunge al fegato per essere trasfromato nelle forme di
escrezione. Quattro amminoacidi hanno un ruolo particolare nel metabolismo dell'azoto:
glutammato, glutammina, alanina e aspartato. Essi sono convertiti più facilmente in intermedi
del ciclo dell'acido citrico: il glutammato e la glutammina in a-chetoglutarato, l’alanina in piruvato
e l'aspartato in ossalacetato. Il glutammato e la glutammina sono particolarmente importanti
poiché agiscono come un punto di raccolta dei gruppi amminici. Nel citosol delle cellule del fegato
(gli epatociti), i gruppi amminici della maggioranza degli amminoacidi vengono trasferiti all’ a-
chetoglutarato, formando glutammato; quest'ultimo entra nei mitocondri, dove perde il suo
gruppo amminico sotto forma di NH4. Nel muscolo scheletrico i gruppi amminici in eccesso
vengono in genere trasferiti al piruvato formando alanina, un'altra importante molecola che può
trasferire i gruppi amminici al fegato.

Le proteine ingerite con la dieta vengono degradate ad amminoacidi liberi nel tratto gastro
intestinale. L’ingresso delle proteine della dieta nello stomaco stimola la mucosa gastrica a
secernere l'ormone gastrina, che a sua volta stimola la secrezione di acido cloridrico da parte delle
cellule parietali e di pepsinogeno da parte delle cellule adelomorfe nella regione delle ghiandole
gastriche. Il succo gastrico acido agisce sia da antisettico, poiché uccide la maggior parte dei
batteri e delle cellule estranee, sia da agente denaturante, poiché denatura le proteine globulari
rendendole meno ripiegate e rendendo cosi i legami peptidici interni più suscettibili all'idrolisi
enzimatica. Il pepsinogeno viene convertito in pepsina attiva mediante una scissione autocatalitica
(catalizzata dallo stesso pepsinogeno), che avviene solo a pH bassi. Nello stomaco, la pepsina
idrolizza le proteine ingerite rompendo i legami peptidici formati dai residui aromatici Phe, Trp e

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Tyr, a livello del loro gruppo amminico, l'azione dell'enzima proteolitico su un polipeptide genera
una miscela di peptidi più piccoli. Quando il contenuto dello stomaco passa nell'intestino tenue, il
pH basso provoca la secrezione dell'ormone secretina nel sangue. La secretina stimola il pancreas
a secernere il bicarbonato nell'intestino tenue, per neutralizzare l’HCl proveniente dallo stomaco,
e portando in breve tempo il valore del pH vicino a 7. La digestione delle proteine ora continua
nell'intestino tenue. L’arrivo degli amminoacidi
nella parte alta dell'intestino (duodeno) causa il
rilascio nel sangue dell'ormone colecistochinina,
che stimola la secrezione di alcuni enzimi
pancreatici; un pH ottimale è intorno a valori di 7 e
8. Il tripsinogeno, il chimotripsinogeno e le
procarbossipeptidasi A e B, gli zimogeni della
tripsina, della chimotripsina e delle
carbosaipeptidasi A e B - vengono sintetizzati e
secreti dalle cellule esocrine del pancreas.Il
tripsinogeno viene convertito nella sua forma
attiva, la tripsina, dall'enteropeptidasi, un enzima
proteolitico secreto dalle cellule intestinali. La
tripsina libera catalizza la conversione di altro
tripsinogeno in tripsina. La tripsina attiva poi il
chimotripsinogeno, le procarbossipeptidasi e la
proelastasi. Perché è necessario un meccanismo
cosi elaborato per attivare gli enzimi digestivi del
tratto intestinale? La sintesi degli enzimi come
precursori inattivi protegge le cellule esocrine
dall'attacco proteolitico. Il pancreas si protegge
ulteriormente contro l'autodigestione sintetizzando
uno specifico inibitore, l'inibitore pancreatico della
tripsina, che impedisce la produzione prematura di
enzimi proteolitici nelle cellule pancreatiche. La
tripsina e la chimotripsina idrolizzano ulteriormente i peptidi prodotti dalla pepsina nello stomaco.
Questa fase della digestione delle proteine è caratterizzata da una grande efficienza, in quanto la
pepsina, la tripsina e la chimotripsina hanno diverse specificità. La degradazione dei peptidi di
piccole dimensioni nell'intestino tenue viene completata da altre peptidasi intestinali, tra cui le
carbossi peptidasi A e B (enzimi contenenti zinco) e una amminopeptidasi, che rimuovono in
successione rispettivamente residui amminoacidici dall’estremità carbossiterminale o idrolizzano
residui amminoterminali da brevi peptidi. Gli amminoacidi liberi vengono trasportati nelle cellule
epiteliali dell'intestino tenue, poi entrano nei capillari dei vasi dei villi intestinali per giungere al
fegato.
RIMOAZIONE DEL GRUPPO AMMINICO DAGLI AMMINOACIDI (reazioni di transaminazione)
Il distacco del gruppo a-amminico, la prima tappa del catabolismo della maggior parte degli L-
amminoacicidi, è promosso da enzimi chiamati ammino transferasi. In
queste reazioni di transamminazione il gruppo a-amminico viene
trasferito all'atomo di carbonioco dell'a-chetoglutarato, generando
contemporaneamente l'a-chetoacido corrispondente all'amminoacido. In
queste reazioni non c'è una deamminazione netta, cioè una perdita di
gruppi amminici, poiché si ha contemporaneamente un'amminazione
dell'a-chetoglutarato e una deamminazione dell'ex-amminoacido.
L’effetto delle reazioni di transamminazione è quello di raccogliere i gruppi amminici che derivano
da diversi tipi di amminoacidi su un unico tipo di composto, l' L-glutammato. Il glutammato funge
poi da donatore del gruppo amminico per le reazioni delle vie biosintetiche, o per le reazioni delle
vie di escrezione che portano all'eliminazione di prodotti azotati di scarto.Le cellule contengono
diverse ammino trasferasi, molte delle quali sono specifiche per l'a-chetoglutarato quale accettore
del gruppo amminico. Le amminotrasferasi differiscono invece nella specificità per l'altro
substrato, l'L-amminoacido che deve donare il gruppo amminico.
DEAMINAZIONE OSSIDATIVA DEL GLUTAMMATO
Come si è visto, i gruppi amminici di molti amminoacidi vengono raccolti nel fegato sotto forma di
gruppi amminici delle molecole di L-glutammato. Successivamente i gruppi amminici devono
essere rimossi dal glutammato, in modo da poter essere escreti. Negli epatociti, il glutammato
viene trasferito dal citosol ai mitocondri, dove va incontro a una deamminazione ossidativa,
catalizzata dalla a-glutammato deidrogenasi. L’azione combinata di un'amminotrasferasi e della
glutammato deidrogenasi viene chiamata transdeamminazione. Solo alcuni amminoacidi non
vanno incontro al processo di transdeamminazione e subiscono una deamminazione ossidativa
diretta a-chetoglutarato che si forma per deamminazione del glutammato può essere utilizzato nel
ciclo dell’acido citrico o per la sintesi del glucosio. La glutammato deidrogenasi agisce in un
importante punto di intersezione del metabolismo del carbonio e dell’azoto. L’attività di questo
enzima allosterico, formato da sei subunità identiche, è influenzata da un complicato intreccio di
modulatori allosterici. Quelli meglio studiati sono il modulatore positivo ADP e il modulatore
negativo GTP.

MECCANISMO AZIONE AMMINOTRANSEFRASI

Tutte le amminotrasferasi hanno lo stesso gruppo prostetico e un meccanismo di reazione
identico. Il gruppo prostetico è il piridossal fosfato
(PLP), la forma coenzimatica della piridossina, o
vitamina B. Il piridossal fosfato agisce come un
trasportatore di gruppi amminici a livello del sito attivo
dell'amminotrasferasi. Questo cofattore va incontro a
trasformazioni reversibili tra la sua forma aldeidica, il
piridos solfosfato che può accettare un gruppo
amminico, e la sua forma amminata, la piridossammina
fosfato che può donare il suo gruppo amminico a un a-
chetoacido. Il piridossal fosfato è in genere legato

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covalentemente al sito attivo dell'enzima mediante un legame adimminico (base di Schiff) con il
gruppo amminico di un residuo di Lys.

GLUTAMMINA
L’ammoniaca è molto tossica per i tessuti animali quindi il suo livello nel sangue deve essere
regolato. In molti organi, tra cui il cervello, altri processi, come la degradazione dei nucleotidi,
possono generare ammoniaca. Nella maggior parte degli animali
l’ammoniaca viene convertita in un composto non tossico prima
di essere trasportata attraverso il sangue dai tessuti extraepatici
al fegato o ai reni. Per la funzione di trasportatore il
glutammato, che è essenziale per il metabolismo dei gruppi
amminici, viene sostituito dalla L-glutammina. L'ammoniaca
prodotta nei tessuti si combina con il glutammato, formando
glutammina per azione della glutammina sintetasi. La reazione
richiede ATP e avviene in due tappe. Dapprima il glutammato e
l'ATP reagiscono tra loro, formando ADP e il composto
intermedio-y-glutammilfosfato; quest'ultimo reagisce poi con
l'ammoniaca (ione ammonio), generando glutammina e fosfato
inorganico. La glutammina, il trasportatore non tossico
dell'ammoniaca, è normalmente presente nel sangue a
concentrazioni nettamente più elevate di ogni altro
amminoacido; essa rappresenta anche una fonte di gruppi
amminici in molte reazioni biosintetiche. Nella maggior parte
degli animali terrestri, la glutammina in eccesso rispetto a quella
richiesta dalle biosintesi viene trasportata dal sangue
all'intestino, al fegato e ai reni, dove viene metabolizzata. In
questi tessuti l’azoto ammidico viene rilasciato sotto forma di
ione ammonio nei mitocondri, dove l'enzima glutammina si converte la glutammina in
glutammato eNH4. L'NH4 dall'intestino e dai reni viene trasportato attraverso il sangue al fegato,
dove lo ione ammonio viene trasformato in urea. Una certa quantità del glutammato prodotto
dalla glutammina si può essere ulteriormente metabolizzata nel fegato dalla glutammato
deidrogenasi, che libera altro ione ammonio e rende disponibili scheletri carboniosi come
combustibile metabolico.

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CICLO GLUCOSIO ALANINA
L’alanina svolge un ruolo speciale nel trasporto dei gruppi
amminicialici nel fegato in forma non tossica, attraverso il ciclo
glucosio-alanina. Nel muscolo e in altri tessuti che degradano gli
amminoacidi per usarli come combustibili, i gruppi amminici degli
amminoacidi diventano gruppi amminici del glutammato tramite
la transamminazione. Il glutammato può essere poi convertito in
glutammina, che verrà trasportata al fegato, come si è già visto; in
alternativa, il glutammato trasferisce il suo gruppo a-amminico al
piruvato prodotto dalla glicolisi che avviene nel muscolo, per
azione dell'alanina amminotrasferasi. L’alanina cosi formata passa
nel sangue e giunge al fegato. Nel citosol degli epatociti l'alanina
amminotrasferasi trasferisce il gruppo amminico dall'alanina all'a-
chetoglutrato, formando piruvato e
glutammato; quest'ultimo può
entrare nel mitocondrio, dove la
reazione glutammato
deidrogenasica rilascia NH4,
oppure va incontro a transamminazione con l'ossalacetato per
formare aspartato. Il muscolo, quando si contrae vigorosamente, lo
fa in condizioni anaerobiche, producendo piruvato e lattato dalla
glicolisi. Questi prodotti devono raggiungere il fegato, dove il
piruvato e il lattato vengono trasformati in glucosio, che ritorna al
muscolo, mentre lo ione ammonio viene convertito in urea, che
verrà escreta. Il ciclo glucosio-alanina, insieme al ciclo di Cori, svolge
questo compito. Il carico energetico della gluconeogenesi è a spese
del fegato, invece che del muscolo, e tutto l'ATP disponibile nel
muscolo servirà per la contrazione.
CICLO DELL’UREA
I gruppi amminici, se non vengono riutilizzati per la sintesi di nuovi amminoacidi o di altri
componenti azotati, vengono convertiti tutti in un unico prodotto finale di escrezione. Negli
organismi ureotelici l'ammoniaca accumulata nei mitocondri degli epatociti viene convertita in
urea mediante il ciclo dell'urea. La produzione di urea ha luogo quasi esclusivamente nel fegato,
ed è il destino metabolico della maggior parte dell'ammoniaca che vi giunge. L'urea passa quindi
nel sangue e raggiunge i reni, dove viene escreta tramite le urine.

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 Il ciclo dell'urea inizia all'interno dei mitocondri degli epatociti, ma le tre tappe successive
avvengono nel citosol; il ciclo utilizza quindi due compartimenti cellulari. Il primo gruppo
amminico a entrare nel ciclo dell'urea deriva dall’ammoniaca presente all'interno dei mitocondri il
fegato riceve l’ammoniaca anche attraverso la vena porta dall'intestino, dove è prodotta
dall’ossidazione degli amminoacidi a opera dei batteri. Qualunque sia la sua fonte, l'NH4 presente
nei mitocondri viene immediatamente utilizzato, insieme alla CO2 (sotto forma di HC03) che
proviene dalla respirazione mitocondriale per formare carbonil-fosfato. Questa reazione
dipendente dall'ATP ha luogo nella matrice dei mitocondri ed è catalizzata dall'enzima
carbamilfosfato sintetasiI, un enzima regolatore.

- REAZIONE 1: Il carbanil fosfato, che può essere considerato un donatore di

gruppi carbanilici attivati, entra quindi nel ciclo dell'urea. Questa via
metabolica ciclica è costituita da quattro tappe enzimatiche. Innanzitutto il
carbanil fosfato dona il suo gruppo carbonilico all'ornitina per formare citrullina,
con il contemporaneo rilascio di P1
- REAZIONE 2: La reazione è catalizzata dall'ornitina trans- carbanilasi. L’ornitina
non fa parte dei 20 amminoacidi standard presenti comunemente nelle
proteine, ma è un intermedio chiave del metabolismo dell'azoto. La citrullina
prodotta nella prima tappa del ciclo dell'urea esce dai mitocondri e il ciclo
continua nel citosol. Le due tappe successive forniscono il secondo gruppo
amminico. La fonte è l'aspartato prodotto nei mitocondri per transamminazione
e trasportato nel citosol. Una reazione di condensazione tra il gruppo amminico
dell'aspartato e il gruppo ureidico (carbonilico) della citrullina genera il
composto arginino succinato.
- REAZIONE 3: Questa reazione citosolica, catalizzata dall'enzima
arginino succinato sintetasi, richiede ATP e procede attraverso la
formazione di un intermedio citrullil-AMP. L’arginino succinato viene
poi scisso reversibilmente dall'arginino succinasi, che produce
arginina e fumarato.
- REAZIONE 4: quest'ultimo entra nei mitocondri e si aggiunge agli altri
intermedi del ciclo dell'acido citrico. Questa è l'unica reazione
reversibile del ciclo dell'urea. Nella reazione finale del ciclo dell'urea,
l'enzima citosolico arginina scinde l'arginina in urea e ornitina

Si è cosi rigenerata l'ornitina, che entra nei mitocondri per iniziare un altro
giro del ciclo dell'urea. In questo modo il prodotto di un enzima viene
direttamente incanalato nel sito attivo successivo della via. Nel ciclo dell'urea,
gli enzimi mitocondriali e quelli citosolici sembrano raggruppati secondo
questo principio. La citrullina trasportata fuori dei mitocondri non si disperde
tra i vari metaboliti presenti nel citosol, ma ogni molecola di citrullina passa
direttamente nel sito attivo di una molecola di arginino succinato sintetasi.
Questo incanalamento degli intermedi continua poi con l'arginino succinato,
l'arginina e l'ornitina. Soltanto l'urea viene rilasciata nella frazione citosolica della cellula insieme
agli altri metaboliti. Il fumarato prodotto nella reazione dell'argininosuccinasi è anche un
intermedio del ciclo dell'acido citrico. I due cicli sono quindi, in teoria, collegati in un processo
detto ‘’biciclo di Krebs". Tuttavia ciascun ciclo può operare indipendentemente dall’altro, e la loro
comunicazione è dovuta al passaggio di intermedi tra i mitocondri e il citosol, i principali
trasportatori presenti sulla membrana mitocondriale interna comprendono il trasportatore
malato-a-chetoglutarato, il trasportatore glutammato- aspartato e il trasportatore glutammato-
OH. Nel loro insieme, questi trasportatori favoriscono il movimento del malato e del glutammato
nella matrice mitocondriale e il movimento dell'aspartato e dell'a-cheto glutarato all'esterno,
verso il citosol. Diversi enzimi del ciclo dell'acido citrico, tra cui la fumarasi e la malato
deidrogenasi, sono presenti anche nel citosol in forme isozimatiche diverse. Non vi sono però
trasportatori che possano trasferire di nuovo il fumarato prodotto durante la sintesi di arginina nel
citosol nella matrice mitocondriale. Il fumarato generato nel processo citosolico di sintesi
dell'arginina può quindi essere convertito in malato nel citosol; questi intermedi possono essere
ulteriormente metabolizzati nel citosol, oppure essere trasportati nei mitocondri, dove vengono
utilizzati nel ciclo dell'acido citrico. L’aspartato, formato nei mitocondri mediante
transamminazione dell'ossalacetato a opera del glutammato, può essere trasportato nel citosol,
dove agisce da donatore di azoto nella reazione del ciclo dell'urea catalizzata dall'arginino
succinato sintetasi. Queste reazioni, che costituiscono lo shunt dell’aspartato-arginino succinato,
generano collegamenti metabolici tra due vie separate che processano gruppi amminici e scheletri
carboniosi degli amminoacidi.

MARIKA DE ROSA