Cancer is a disease caused by protein mutations, which cause cells to proliferate uncontrollably.... more Cancer is a disease caused by protein mutations, which cause cells to proliferate uncontrollably. Inhibiting the action of protein kinases is one method of preventing the signal that initiates the process of uncontrolled cell proliferation. This research aimed to determine the affinity of thiourea-derived compound ligands with the protein tyrosine kinase enzyme (PDB ID: 5LMA). The binding energy between each ligand and the tyrosine kinase receptor ranged from -87,62 to -95,26 kcal/mol. The percentage of ligand interactions varies above 80%. On the active site of the amino acid residues Leu 456, Leu 495, Ala 496, Ala 497, Arg 498, and Val 500, the tyrosine kinase enzyme binds to the ligands of thiourea-derived compounds via hydrogen, pi alkyl, and alkyl bonds. Pharmacokinetic, toxicity, and Lipinski regulation of thiourea-derived compounds yielded significant results as anticancer drug candidates.
Korosi merupakan fenomena kimia yang terjadi pada bahan logam di berbagai kondisi lingkungan. Pro... more Korosi merupakan fenomena kimia yang terjadi pada bahan logam di berbagai kondisi lingkungan. Proses korosi secara alami sangat sulit dihindari, salah satu usaha yang dapat dilakukan adalah melakukan pencegahan. Salah satu pencegahan yang dapat dilakukan adalah penggunaan inhibitor.Inhibitor yang dapat digunakan adalah tanin. Tanin dapat berfungsi sebagai zat anti korosi. Tanin banyak terdapat pada bagian dari tumbuhan yaitu kulit buah coklat, kulit buah manggis dan daun jambu biji. Penelitian yang telah dilakukan yaitu dengan mengekstraksi bagian dari tumbuhan tersebut agar zat tanin yang terkandung di dalamnya dapat keluar dan dapat berfungsi sebagai inhibitor korosi. Dari ketiganya ternyata yang paling efektif dalam menghambat korosi adalah kulit buah coklat yaitu sebesar 78,23%.
Plants that contain flavonoids are widely used in traditional medicine. Flavonoids can reduce blo... more Plants that contain flavonoids are widely used in traditional medicine. Flavonoids can reduce blood glucose levels with their ability as anti-oxidants. The purpose of this study was to determine natural compounds from flavonoid derivatives that have good affinity and conformation and their interactions in inhibiting α-glucosidase (an enzyme that breaks down carbohydrates into glucose) and determine the sequence of ligands that interact more strongly with α protein / enzyme α-glucosidase. Molecular docking is a computational method that aims to imitate the interaction of a ligand molecule with the protein it targets in in-vitro tests. Molecular docking between flavonoids and α-glucosidase receptors was carried out using the PLANTS method to see its affinity. The flavonoids used as ligands were flavones, flavanols and chalcone with the results of the docking scores respectively, -65.41, -64.39 and -63.07 where the standard ligand used in this study was deoxynojirimycin (-77.12). In th...
Reseptor Estrogen (RE) β merupakan target penting dalam dunia pengobatan untuk mencari hormon pen... more Reseptor Estrogen (RE) β merupakan target penting dalam dunia pengobatan untuk mencari hormon pengganti pada wanita menopause dan obat kemoterapi melawan kanker. Isoflavon merupakan fitoestrogen yang dapat terikat pada kedua jenis estrogen reseptor dengan afinitas yang bervariasi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan urutan ligan yang berinteraksi lebih kuat terhadap RE β serta menentukan gugus fungsi yang berperan aktif dan jenis interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor. Tahap penelitian dimulai dengan optimasi struktur RE β (PDB kode 1QKM) kemudian dilakukan simulasi docking dan ligan dengan menggunakan autodock Vina dan ditentukan energi afinitasnya. Ligan yang digunakan pada penelitian ini adalah Faktor 2, Daidzein, Genistein, Glisitein, Kakkatin, Biochanin A, 6,4’-dihidroksi-7-metoksiisoflavon. Sebagai pembanding digunakan ligan alami Estrogen. Hasil penelitian ini menunjukkan energi afinitas RE β terhadap Faktor 2, Daidzein, Genestein, Kakkatin, 6,4’-dihi...
Reseptor Estrogen (RE) α akan berinteraksi dengan estrogen dalam tubuh manusia. Bila kadar Estro... more Reseptor Estrogen (RE) α akan berinteraksi dengan estrogen dalam tubuh manusia. Bila kadar Estrogen berkurang akan menyebabkan menopause. Isoflavon merupakan fitoestrogen yang dapat terikat pada kedua jenis estrogen reseptor.Tempe merupakan makanan yang mengandung isoflavon yaitu faktor II (6,7,4-trihidroksi isoflavon). Isoflavon bermanfaat antara lain untuk mencegah penyakit tulang, menurunkan kolesterol jahat, dan mencegah kanker. RE α merupakan target penting dalam dunia pengobatan untuk mencari hormon pengganti pada wanita menopause dan obat kemoterapi melawan kanker. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan urutan ligan yang berinteraksi lebih kuat terhadap RE α serta menentukan gugus fungsi yang berperan aktif dan jenis interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor. Penelitian diawali dengan optimasi struktur RE α (PDB kode 2OUZ), kemudian disimulasikan docking dengan ligan menggunakan autodock Vina, dan ditentukan energi afinitasnya. Ligan yang digunakan pada peneliti...
Karamunting plant (Rhodomyrtus tomentosa) is a traditional medicinal plant. The leaves, roots, st... more Karamunting plant (Rhodomyrtus tomentosa) is a traditional medicinal plant. The leaves, roots, stems, and fruits of Karamunting have been identified, and their biological activities are antioxidants, antibacterial, antidiabetic, anti-inflammatory, and anticancer that contained alkaloids, tannins, and flavonoids. The types of alkaloids found in karamunting stems are homolycorine, ismine, lycorine, maritidine and tazetine. This study aims to determine the binding score of alkaloid-derived compounds with protein α-glucosidase and determine the protein's active site bound to the ligand. The method used in this research is Protein-Ligand ANT-System (PLANTS). The results showed that the anchoring score of homolycorine was -60.83 kcal/mol, ismine -64.42 kcal/mol, lycorine -71.20 kcal/mol, maritidine -61.82 kcal/mol, and tazetine -65.02 kcal/mol. The active sites used for binding are Glu526, Gly555, and Pro556. The average score for anchoring alkaloid-derived compounds with protein α-g...
Cancer is a disease caused by protein mutations, which cause cells to proliferate uncontrollably.... more Cancer is a disease caused by protein mutations, which cause cells to proliferate uncontrollably. Inhibiting the action of protein kinases is one method of preventing the signal that initiates the process of uncontrolled cell proliferation. This research aimed to determine the affinity of thiourea-derived compound ligands with the protein tyrosine kinase enzyme (PDB ID: 5LMA). The binding energy between each ligand and the tyrosine kinase receptor ranged from -87,62 to -95,26 kcal/mol. The percentage of ligand interactions varies above 80%. On the active site of the amino acid residues Leu 456, Leu 495, Ala 496, Ala 497, Arg 498, and Val 500, the tyrosine kinase enzyme binds to the ligands of thiourea-derived compounds via hydrogen, pi alkyl, and alkyl bonds. Pharmacokinetic, toxicity, and Lipinski regulation of thiourea-derived compounds yielded significant results as anticancer drug candidates.
Korosi merupakan fenomena kimia yang terjadi pada bahan logam di berbagai kondisi lingkungan. Pro... more Korosi merupakan fenomena kimia yang terjadi pada bahan logam di berbagai kondisi lingkungan. Proses korosi secara alami sangat sulit dihindari, salah satu usaha yang dapat dilakukan adalah melakukan pencegahan. Salah satu pencegahan yang dapat dilakukan adalah penggunaan inhibitor.Inhibitor yang dapat digunakan adalah tanin. Tanin dapat berfungsi sebagai zat anti korosi. Tanin banyak terdapat pada bagian dari tumbuhan yaitu kulit buah coklat, kulit buah manggis dan daun jambu biji. Penelitian yang telah dilakukan yaitu dengan mengekstraksi bagian dari tumbuhan tersebut agar zat tanin yang terkandung di dalamnya dapat keluar dan dapat berfungsi sebagai inhibitor korosi. Dari ketiganya ternyata yang paling efektif dalam menghambat korosi adalah kulit buah coklat yaitu sebesar 78,23%.
Plants that contain flavonoids are widely used in traditional medicine. Flavonoids can reduce blo... more Plants that contain flavonoids are widely used in traditional medicine. Flavonoids can reduce blood glucose levels with their ability as anti-oxidants. The purpose of this study was to determine natural compounds from flavonoid derivatives that have good affinity and conformation and their interactions in inhibiting α-glucosidase (an enzyme that breaks down carbohydrates into glucose) and determine the sequence of ligands that interact more strongly with α protein / enzyme α-glucosidase. Molecular docking is a computational method that aims to imitate the interaction of a ligand molecule with the protein it targets in in-vitro tests. Molecular docking between flavonoids and α-glucosidase receptors was carried out using the PLANTS method to see its affinity. The flavonoids used as ligands were flavones, flavanols and chalcone with the results of the docking scores respectively, -65.41, -64.39 and -63.07 where the standard ligand used in this study was deoxynojirimycin (-77.12). In th...
Reseptor Estrogen (RE) β merupakan target penting dalam dunia pengobatan untuk mencari hormon pen... more Reseptor Estrogen (RE) β merupakan target penting dalam dunia pengobatan untuk mencari hormon pengganti pada wanita menopause dan obat kemoterapi melawan kanker. Isoflavon merupakan fitoestrogen yang dapat terikat pada kedua jenis estrogen reseptor dengan afinitas yang bervariasi. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan urutan ligan yang berinteraksi lebih kuat terhadap RE β serta menentukan gugus fungsi yang berperan aktif dan jenis interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor. Tahap penelitian dimulai dengan optimasi struktur RE β (PDB kode 1QKM) kemudian dilakukan simulasi docking dan ligan dengan menggunakan autodock Vina dan ditentukan energi afinitasnya. Ligan yang digunakan pada penelitian ini adalah Faktor 2, Daidzein, Genistein, Glisitein, Kakkatin, Biochanin A, 6,4’-dihidroksi-7-metoksiisoflavon. Sebagai pembanding digunakan ligan alami Estrogen. Hasil penelitian ini menunjukkan energi afinitas RE β terhadap Faktor 2, Daidzein, Genestein, Kakkatin, 6,4’-dihi...
Reseptor Estrogen (RE) α akan berinteraksi dengan estrogen dalam tubuh manusia. Bila kadar Estro... more Reseptor Estrogen (RE) α akan berinteraksi dengan estrogen dalam tubuh manusia. Bila kadar Estrogen berkurang akan menyebabkan menopause. Isoflavon merupakan fitoestrogen yang dapat terikat pada kedua jenis estrogen reseptor.Tempe merupakan makanan yang mengandung isoflavon yaitu faktor II (6,7,4-trihidroksi isoflavon). Isoflavon bermanfaat antara lain untuk mencegah penyakit tulang, menurunkan kolesterol jahat, dan mencegah kanker. RE α merupakan target penting dalam dunia pengobatan untuk mencari hormon pengganti pada wanita menopause dan obat kemoterapi melawan kanker. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan urutan ligan yang berinteraksi lebih kuat terhadap RE α serta menentukan gugus fungsi yang berperan aktif dan jenis interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor. Penelitian diawali dengan optimasi struktur RE α (PDB kode 2OUZ), kemudian disimulasikan docking dengan ligan menggunakan autodock Vina, dan ditentukan energi afinitasnya. Ligan yang digunakan pada peneliti...
Karamunting plant (Rhodomyrtus tomentosa) is a traditional medicinal plant. The leaves, roots, st... more Karamunting plant (Rhodomyrtus tomentosa) is a traditional medicinal plant. The leaves, roots, stems, and fruits of Karamunting have been identified, and their biological activities are antioxidants, antibacterial, antidiabetic, anti-inflammatory, and anticancer that contained alkaloids, tannins, and flavonoids. The types of alkaloids found in karamunting stems are homolycorine, ismine, lycorine, maritidine and tazetine. This study aims to determine the binding score of alkaloid-derived compounds with protein α-glucosidase and determine the protein's active site bound to the ligand. The method used in this research is Protein-Ligand ANT-System (PLANTS). The results showed that the anchoring score of homolycorine was -60.83 kcal/mol, ismine -64.42 kcal/mol, lycorine -71.20 kcal/mol, maritidine -61.82 kcal/mol, and tazetine -65.02 kcal/mol. The active sites used for binding are Glu526, Gly555, and Pro556. The average score for anchoring alkaloid-derived compounds with protein α-g...
Uploads
Papers by budi mulyati