Papers by HILAL URAL
TRAKYA ÜNİVERSİTELER BİRLİĞİ V. LİSANSÜSTÜ ÖĞRENCİ KONGRESİ , 2021
Yeryüzünde bir avuç toprak milyarca sayıda farklı türlerde mikroorganizma içermektedir ve biyosfe... more Yeryüzünde bir avuç toprak milyarca sayıda farklı türlerde mikroorganizma içermektedir ve biyosferin işleyişi bu mikrobiyal dünyanın faaliyetlerine bağlıdır. Bu nedenle belli bir habitat içerisinde bulunan mikrobiyal tür çeşitliliğinin saptanması o habitat içinde küresel çeşitlilik düzeyini de temsil etmektedir. Birçok farklı habitatta bulunan protozoonlar, ekosistemlerin önemli bileşenleri olmasının yanı sıra toprakta en bol bulunan fagotrofik mikrobiyal organizma grubudur. Toprakta karbon ve azot döngülerinin uyarıcı organizmaları olan protozoonlar bakteri tüketicileridir ve heterotrofik ökaryotik besin ağının temelini oluştururlar. Kriptik türler ve çalışma zorlukları nedeniyle biyoçeşitliliğin “kara kutusu” olarak ifade edilen protist takson çeşitliliği önemli ölçüde göz ardı edilmektedir. Blepharisma Perty, 1849 toprak, liken, akarsu ve atık su arıtma havuzu gibi ortamlarda yaygın bir şekilde bulunur. Sitolojik, biyokimyasal ve fizyolojik araştırmalarda model organizma niteliği taşıyan heterotrich bir siliyattır. Blepharisma cinsi büyük, yassı, lanset biçimli, posteriyöre doğru sivrileşen anteriyörde kısa bir çıkıntı ile sonlanan bir vücuda sahiptir. Bu cinste oral bölge vücudun ön kısmından yaklaşık olarak orta kısmına kadar uzanan derin bir çöküntü biçimindedir. Ayrıca kompleks oral siliyatüre sahiptir. Oral alanın sağ kısmında dalgalı membran (Paroral Membran), sol tarafında ise belirgin bir yapı halinde membranel bandı (AZM-Adoral Zone Membranelleri) mevcuttur. Bu diyagnostik özellikler haricinde vücudun geri kalan bölümlerinde oldukça ince yapıda sil taşıyan ve görülebilirliği düşük olan sil sıraları bulunur. Bu çalışmada Tekirdağ ili çamlık alan toprağından izole edilen iki Blepharisma popülasyonunun morfolojik özellikleri literatüre uygun yöntemlerle çalışılmıştır. Çalıştığımız iki popülasyonun (popülasyon 1 ve 2) in vivo hücre boyutu ortalama 99,16 X 20,94 μm (popülasyon 1), 99,05 X 32,80 μm (popülasyon 2) olarak kaydedilmiştir. Burada çalışılan Blepharisma popülasyonlarının morfolojik verileri ileride yapılacak olan taksonomik çalışmalar için bir ön çalışma niteliğindedir. Biyoçeşitliliğin yerel ve küresel anlamda belirlenebilmesi adına farklı coğrafik bölgelere ait güvenilir veriler oldukça değerli olacaktır. Ülkemiz toprakları bu cinse ait bilinen, az bilinen ve yeni türler bakımından büyük bir potansiyele sahip olduğundan, bu çalışmanın küresel biyoçeşitliliğe katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Anahtar Kelimeler: Protozoon, Blepharisma, Toprak
Yüzüncü yıl üniversitesi fen bilimleri enstitüsü dergisi/Van yüzüncü yıl üniversitesi fen bilimleri enstitüsü dergisi, Dec 22, 2023
Tekirdağ’ın (TÜRKİYE) doğal ve doğal olmayan alanlarından alınan toprak örneklerindeki iki dilept... more Tekirdağ’ın (TÜRKİYE) doğal ve doğal olmayan alanlarından alınan toprak örneklerindeki iki dileptid siliyat türü (Rimaleptus mucronatus ve Rurikoplites armatus) ve dinlenme kistleri standart yöntemler kullanılarak morfoloji ve morfometri bakımdan incelenmiştir. R. mucronatus (i) yaklaşık 261-466 × 38–83 µm büyüklüğünde; (ii) hortum uzunluğunun vücut uzunluğuna oranı %35’tir; (iii) dorsalde konumlanmış, yaklaşık 15 adet küçük kontraktil vakuol; (iv) büyüklük bakımından farklı, biçim bakımından aynı iki tip ekstruzom; (v) 16-22 sil sırası; (vi) çok sıralı, düzensiz ve atlamalı dorsal fırça, R. armatus (i) yaklaşık 133-202 × 17-29 µm büyüklüğünde; (ii) hortum uzunluğu ile vücut uzunluğu oranı %30; (iii) dorsalde 2 kontraktil vakuol; (iv) iki tip ekstruzom; (v) 9-12 sil sırası; (vi) iki sıralı ve atlamalı dorsal fırça ile karakterize edildi. R. armatus Türkiye siliyat faunası için yeni kayıttır. Dinlenme kisti ilk kez bu çalışmada tanımlanmıştır. R. mucronatus ve R. armatus’un morfolojik ve morfometrik özellikleri ile R. mucronatus’un kist morfolojisi daha önce çalışılmış popülasyonlara benzerdir. Farklılıkların coğrafik bölge ve habitat farklılığından kaynaklanabileceği düşünülmektedir.
Yüzüncü Yıl Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 2024
Tekirdağ’ın (TÜRKİYE) doğal ve doğal olmayan alanlarından alınan toprak örneklerindeki iki dilept... more Tekirdağ’ın (TÜRKİYE) doğal ve doğal olmayan alanlarından alınan toprak örneklerindeki iki dileptid siliyat türü (Rimaleptus mucronatus ve Rurikoplites armatus) ve dinlenme kistleri standart yöntemler kullanılarak morfoloji ve morfometri bakımdan incelenmiştir. R. mucronatus (i) yaklaşık 261-466 × 38–83 µm büyüklüğünde; (ii) hortum uzunluğunun vücut uzunluğuna oranı %35’tir; (iii) dorsalde konumlanmış, yaklaşık 15 adet küçük kontraktil vakuol; (iv) büyüklük bakımından farklı, biçim bakımından aynı iki tip ekstruzom; (v) 16-22 sil sırası; (vi) çok sıralı, düzensiz ve atlamalı dorsal fırça, R. armatus (i) yaklaşık 133-202 × 17-29 µm büyüklüğünde; (ii) hortum uzunluğu ile vücut uzunluğu oranı %30; (iii) dorsalde 2 kontraktil vakuol; (iv) iki tip ekstruzom; (v) 9-12 sil sırası; (vi) iki sıralı ve atlamalı dorsal fırça ile karakterize edildi. R. armatus Türkiye siliyat faunası için yeni kayıttır. Dinlenme kisti ilk kez bu çalışmada tanımlanmıştır. R. mucronatus ve R. armatus’un morfolojik ve morfometrik özellikleri ile R. mucronatus’un kist morfolojisi daha önce çalışılmış popülasyonlara benzerdir. Farklılıkların coğrafik bölge ve habitat farklılığından kaynaklanabileceği düşünülmektedir.
Molecular diagnostic methods have been used to supplement morphological methods in taxonomy. In t... more Molecular diagnostic methods have been used to supplement morphological methods in taxonomy. In this study, we used molecular methods to diagnose populations of dileptid ciliates, which commonly occur in terrestrial and semi-terrestrial habitats. Molecular investigations based on the comparison of DNA sequences have been carried out with a limited number of ciliate species due to insufficient genomic DNA for PCR because of their small population size and difficulties to maintain monocultures. The present study shows that there is a loss of DNA with conventional methods and proposes a novel approach: cells (stored at-20°C or fresh) are directly subjected to PCR, without being processed by any chemical treatment. The small subunit ribosomal DNA (SSU rDNA) (18S rRNA gene) of dileptid ciliates was successfully amplified by direct PCR, without DNA extraction, for single-cell and multi-cell samples. This method has been found to be simpler and especially useful for species that are rare and have small population sizes.
Books by HILAL URAL
Conference Presentations by HILAL URAL
V. International Agricultural, Biological & Life Science Conference, 2023
İğneada Longoz forests are one of the biodiversity treasures of our country due to its ecosystem ... more İğneada Longoz forests are one of the biodiversity treasures of our country due to its ecosystem diversity, the combination of different vegetation types and its location on bird migration routes. This area, which has a structure similar to rainforests, forms a chain of ecosystems with the water resources it feeds around. The effect of microbial diversity on the functioning of this chain is great. However, until now, there is no data on ciliates (Ciliophora) belonging to the İğneada Longoz forests. In order to eliminate this deficiency, cultures were prepared from the soil samples taken from the dunes, reeds and deciduous forests of Mert Lake by applying the "non-flooded Petri dish" method to reactivate the ciliates from the cyst. The morphological characteristics of the populations of the genus Blepharisma (Heterotrichea) and genus Frontonia (Oligohymenophorea) isolated from the longoz forest soil were studied by methods in accordance with the literature. The in vivo cell sizes of the Blepharisma population at these stations averaged 88 × 28 μm (in vivo); in vivo cell sizes of populations belonging to the genus Frontonia were recorded as 94 × 59 μm (population 1 reed field), 86 × 57 μm (population 2, dunes), 90 × 50 μm (population 3, deciduous forest). The morphological data we obtained is a preliminary study that will help the taxonomic part of the study. This is the first study to evaluate the hidden ciliate diversity in the soil of İğneada Longoz Forests, which has a high biodiversity potential. Keywords: Blepharisma, Ciliophora, Frontonia, Longoz forests, Mert Lake, dunes, reed field
ISPEC INTERNATIONAL CONFERENCE ON ENGINEERING & NATURAL SCIENCES-9, 2020
Dileptids are rapacious ciliates (Ciliophora, Protista) commonly found in a variety of habitats a... more Dileptids are rapacious ciliates (Ciliophora, Protista) commonly found in a variety of habitats all over the World. They are characterized by having a proboscis underneath of which is the oral opening. We collected six dileptid populations belonging to species Rimaleptus mucronatus, R. binucleatus, Rurikoplites armatus (two populations), Dileptus costaricanus and Apodileptus visscheri rhabdoplites were isolated from 4 different stations from various soil habitats in Tekirdağ, Turkey. After species identification using standard methods, for all five species (six population) the small subunit rRNA (SSU rRNA) gene sequence was determined. Comparisons with 18S rRNA gene sequences of morphologically similar congeners clearly support the validity each species. In addition to, the nucleotide sequences of rDNA gene of the isolated species have been revealed for the first time in our country. Phylogenetic analyses based on Bayesian inference and maximum likelihood methods supports the distinction of Dileptidae and Dimacrocaryonidae in the order Dileptida. In addition to, the species obtained in this study except for Rimaleptus binucleatus are clusterd together with same species obtained in previous studies. The fact that the other five population isolated in this study are clustered together with same species previously described, but with different branch lengths in phylogenetic tree can be considered as a sign that they started differentiate.
Keywords: Soil dileptid ciliates, Rimaleptus mucronatus, R. binucleatus, Rurikoplites armatus, Dileptus costaricanus, Apodileptus visscheri rhabdoplites, 18S rDNA, morphology, Phylogeny.
BioEco2019- International Biodiversity & Ecology Sciences Symposium, 2019
Dileptids are rapacious ciliates that play an important role in microbial food chains through the... more Dileptids are rapacious ciliates that play an important role in microbial food chains through their predation upon ciliates in soils and other habitats. They are characterized by having a probascis underneath of which is the oral opening. A comprehensive study of dileptid ciliate species in Tekirdağ province and even in Turkey has not been performed up to the present. R. armatus, which was discovered in soil from Helgoland (Oberland), Germany, is possibly a widely distributed species. In this work, this species was studied in two populations from two different stations at working area. Attention was given on the ciliary pattern, the structure of dorsal brush, contractile vacuoles, the shape and size of extrusomes as well as the resting cyst morphology. Soil samples were taken between March-2016 and June-2017. To re-active cystic ciliates from soil samples dried at room temperature, soils cultures were made according to “non-flooded Petri dish” method. The detailed cytological structures of R. armatus, isolated from soil (pH 6,37 population 1, 6,82 population 2; unsalted), were investigated using live observation, silver impregnation, and morphometry. In addition, supravital staining with methyl green pyronin was performed for cyst morphology. This species (data based on population 1 and 2) is characterized by: (1) a size of about 166 (133-202) X 24 (17-29) μm-166 (126-253) X 25 (18-29) μm; (2) a narrowly to cylindrically dileptid body with proboscis occupying about 30% - 33% of body length; (3) two dorsal vacuole; (4) three size groups of rod-shaped extrusomes; (5) two-rowed dorsal brush; (6) about 10 kineties (ciliary rows); and mature cysts about 37-35 μm across. R. armatus isolated in this study was the first record for ciliate fauna of Turkey. The obtained data were evaluated and compared with original population (Germany) and other descriptions in literature. Indeed, Tekirdağ specimens has remarkable similarities with other populations investigated, but has more size groups of rod-shaped extrusomes. The cyst morphology of R. armatus is revealed globally for the first time in this study. Keywords: dileptid ciliates, Rurikoplites armatus, soil, Tekirdağ Acknowledgement: We would like to express our appreciation to the Tekirdağ Namık Kemal University Scientific Research Project Commission, which supported this study (NKUBAP.01.GA.16.079).
INTERNATIONAL ECOLOGY 2018 SYMPOSIUM, 2019
Recently, interest in studying microbial biodiversity has increased in terrestrial ecosystems. On... more Recently, interest in studying microbial biodiversity has increased in terrestrial ecosystems. One of the most important reasons for this is that soil microorganisms, such as dileptid ciliates, play an important role in terrestrial food webs, and also influence above-ground ecosystems. R. mucronatus (Penard, 1922) is dileptid ciliate with rather distinct tail. This species possibly has a wide or global distribution, which lives preferentially in soil and mosses but also occurs in limnetic habitats. The population identified here is the first record for our country’s soils. Attention was given on the ciliary pattern, the structure of dorsal brush, a dorsal row contractile vacuoles as well as the shape and size of extrusomes. Material and Methods: Soil samples were taken between March-2016 and June-2017. Usually, 10 small sub-samples were collected with a shovel from an area of about 100 m2 and mixed to a composite sample. The morphology and morphometry of R. mucronatus, isolated from soils (pH=6.32, unsalted) in Tekirdağ, were investigated using live observation and protargol impregnation. Results: In the present work, the morphological description of R. mucronatus, isolated from soils of Tekirdağ was documented based on observations of specimens in vivo and protargol staining methods. This population is characterized by a size of about 261- 466 X 38 - 83 µm; a typical dileptid body with proboscis occupying about 35% of body length; tail about 10% of body length; numerous dorsal contractile vacuoles; two size groups of rod-shaped extrusomes; about16-22 kineties; a multi-rowed, staggered dorsal brush. Discussion: The obtained data were evaluated and compared with original population (Geneva) and other descriptions in literature. Indeed, Tekirdağ specimens has remarkable similarities with other populations investigated, but have more contractile vacuoles. Acknowledgement: We would like to express our appreciation to the Tekirdağ Namık Kemal University Scientific Research Project Commission, which supported this study (NKUBAP.01.GA.16.079). Keywords: dileptid ciliates, Rimaleptus mucronatus, soil, Tekirdağ
Trakya Üniversiteler Birliği İkinci Lisansüstü Öğrenci Kongresi, 2017
Protistlerde kist oluşturma süreci “kriptobiyoz” (gizli yaşam) olarak isimlendirilen mikrobiyal s... more Protistlerde kist oluşturma süreci “kriptobiyoz” (gizli yaşam) olarak isimlendirilen mikrobiyal strateji içerisinde yer alır [1]. Kist oluşturma (encystment) dönüşümlü bir hücre farklılaşması sürecidir ve kistten çıkma olarak bilinen (excystment) karşıt bir süreci gerektirir. Her iki süreç genetik olarak kontrol edilir [1]. Bazı siliyat türlerinde kistik safha düzenli yaşam döngüsünün bir kısmını oluşturur (üreme kisti). Birçoğu ise çevresel koşullar elverişsiz olduğunda kist oluştururlar (dinlenme kisti). Olumsuz çevre koşullarına karşı korunma olarak ortaya çıkan bu durum türün ekolojisinde ve yayılmasında önemli bir rol oynar. Ayrıca farklı siliyat cinslerinde gözlenen kistlerin morfolojik olarak çarpıcı bir şekilde benzerlik göstermesi, bu korunmuş özelliğin ilkel bir evrimsel özellik olduğunu ve filogenetik ilişkilerin belirlenmesinde önemli olabileceğini düşündürmektedir [2]. Toprak siliyatlarının çoğunluğu dinlenme kisti oluştururlar ve bunun için kurak koşullarda canlı kalmayı başarırlar. Ülkemiz iç sularına ait bir kayıt olmasına rağmen [3], Rimaleptus mucronatus (Penard, 1922) Vďačný ve ark., 2011 esas olarak karasal ve yarı karasal ortamlarda yaşayan predator bir siliyat türüdür. Toprak örnekleri NKÜ yerleşkesinden kompozit olarak alındı ve “non-flooded Petri dish” yöntemine göre kültürler hazırlandı [4]. Kistik formlar yeni bir yaklaşımla elde edildi. Çoğu siliyat türü için saf kültür elde etmek zordur. Bu durum karışık kültürlerde kistlerin hangi türe ait olduğunu belirlemeyi de zora sokar. Bunun için toprak kültürlerinden stereomikroskop altında, mikropipet kullanılarak tek tek seçilen bireyler, filtre edilmiş ve otoklavlanmış ortam suyu içerisine aktarıldılar. Ortam suyu iki kez değiştirildikten sonra, üzeri kapalı olacak şekilde 12 saat beklemeye bırakıldılar. Besin stresi sonucunda türe ait olduğu kesinleşen kistlerin canlı ölçümleri alındıktan sonra, gümüş boyama yöntemleri uygulanarak nuklear model, kisti çevreleyen mukoz tabakalar ve kist oluşturma evreleri incelendi ve elde edilen bulgular mevcut literatür ışığında tartışıldı. Kistler yaklaşık olarak 72-101 μm çapında, küresel biçimli olup belirgin bir mukoz tabaka ile çevrilidir. En dışta yer alan kist materyali özellikle canlı örneklerde daha fazla belirgindir.
Uploads
Papers by HILAL URAL
Anahtar Kelimeler: Protozoon, Blepharisma, Toprak
Books by HILAL URAL
Conference Presentations by HILAL URAL
Keywords: Soil dileptid ciliates, Rimaleptus mucronatus, R. binucleatus, Rurikoplites armatus, Dileptus costaricanus, Apodileptus visscheri rhabdoplites, 18S rDNA, morphology, Phylogeny.
Anahtar Kelimeler: Protozoon, Blepharisma, Toprak
Keywords: Soil dileptid ciliates, Rimaleptus mucronatus, R. binucleatus, Rurikoplites armatus, Dileptus costaricanus, Apodileptus visscheri rhabdoplites, 18S rDNA, morphology, Phylogeny.