Papers by Muhammad Fatkhur Rohman
Nama: Muhammad Fatkhur Rohman(1501036056), judul skripsi: Strategi Dakwah K.H. Moh Muzakka Mussai... more Nama: Muhammad Fatkhur Rohman(1501036056), judul skripsi: Strategi Dakwah K.H. Moh Muzakka Mussaif dalam Pembinaan Keagamaan Jamaah Majelis Taklim Al Mushlihun Langenharjo Kendal. Penelitian ini dilatarbekangi oleh strategi dakwah Kiai mempunyai peran yang sangat penting bagi pergerakan dakwah, strategi dakwah dapat diartikan sebagai proses menentukan cara dan upaya untuk menghadapi sasaran dakwah dalam situasi dan kondisi tertentu guna mencapai tujuan dakwah secara optimal. Kiai dalam masyarakat diposisikan sebagai tokoh yang dianggap memiliki kelebihan dalam hal ilmu pengetahuan agama, sebab strategi dakwah kiai dituntut memahami situasi dan kondisi masyarakat yang terus mengalami perubahan, baik secara kultural maupun sosial keagamaan. Terutama dalam masyarakat Langenharjo Kendal melaui majelis taklim Al Mushlihun dianggap lebih mudah bagi kiai untuk menjalankan strategi dakwah dalam pembinaan keagamaan lebih mendalam. Tujuan dari strategi dakwah tersebut dapat terwujudnya keseja...
Indonesian Journal of Cardiology, 2013
Background. Atherosclerosis is a chronic inflammation process of vascu-lar endothelial cells. Inc... more Background. Atherosclerosis is a chronic inflammation process of vascu-lar endothelial cells. Increased oxydized LDL(OxLDL) is one of the most potent inducer of atherogenesis. OxLDL induces an increased ROS (Reac-tive Oxigen Species) and also acts as cytotoxic and chemotaxis factor for monocytes result in accumulation of inflammatory cells. Nuclear Factor Kappa Beta(NFkB) is a transcription factor that plays an important role in this inflammatory proces. NFkB compose of heterodimer molecules of p50 and p65, which bind to its inhibitor, IkB, leading to its inactive form in cytoplasm. OxLDL activates NFkB complex by phosphorylate IkB resulting in released p50-p65-IkB binding and translocation of p50-p65 into the nucleus. p50-p65 then binds to promoter and activates transcription of target genes. NFkB activation therefore increase gene and protein expressions of target molecules such TNF-a, ICAM-1, VICAM, etc. This study aimed to examine whether Moringa oleiferainhibits activation of N...
Indonesian Journal of Cardiology, 2013
Beberapa permasalahan masih sering dihadapi berkaitan dengan diagnosis, evaluasi keberhasilan ter... more Beberapa permasalahan masih sering dihadapi berkaitan dengan diagnosis, evaluasi keberhasilan terapi, penekanan angka morbiditas dan mortalitas gagal jantung. Seperti misalnya, pada kondisi gawat darurat yang membutuhkan diagnosis dan terapi cepat dan akurat, kadang sulit untuk membedakan sesak nafas akibat gagal jantung atau akibat penyakit lain seperti penyakit paru dan metabolik. Hingga saat inipun pemulangan pasien dari perawatan rumah sakit sebagian besar didasarkan atas berkurangnya atau hilangnya keluhan, meskipun mungkin belum dilakukan titrasi terapi yang optimal. Hal itu menyebabkan tingginya angka kematian dan rawat ulang pasien gagal jantung. Lebih jauh, hingga saat ini belum ada metoda yang rutin dipakai untuk meng-evaluasi efek dari terapi yang telah diberikan pada level molekuler. Oleh karena itu, perlu ada alat diagnostik untuk mengetahui fungsi jantung secara cepat dan tepat, yang dapat membedakan sesak karena gagal jantung atau faktor lain, dan dapat pula menjadi p...
Indonesian Journal of Cardiology, 2013
Arus globalisasi tidak hanya membawa dampak positif di segala bidang seperti informasi dan teknol... more Arus globalisasi tidak hanya membawa dampak positif di segala bidang seperti informasi dan teknologi, namun sangat berpengaruh pada pola hidup terutama pola aktivitas dan makan. Produk dari teknologi dan informasi sebagian telah terbukti bermanfaat untuk mempermudah manusia (tidak banyak keluar tenaga), seperti mobil dan sarana transportasi lainnya, eleva-tor/lift, remote kontrol, traktor dan teknologi pertanian lainnya. Namun disisi lain, kemudahan-kemudahan tersebut mengakibatkan pola hidup sed-entary. Disamping itu, makanan tinggi kalori dan cepat saji kini mudah didapat di setiap tempat, amat membantu disela kegiatan rutin yang padat. Dengan demikian terciptalah asupan kalori yang tinggi dengan pemakaian energi yang rendah, lalu sisanya tersimpan dalam bentuk lemak. Sehingga mudah dipahami bahwa, saat ini sudah terjadi epidemi global overweight dan obesitas.
Indonesian Journal of Biotechnology, 2015
The objective of this research was to isolate and identify the halophilic bacteria from Bledug Ku... more The objective of this research was to isolate and identify the halophilic bacteria from Bledug Kuwu-mudvolacano having an ability to produce proteolytic enzyme. From this work, 6 bacterial isolates were obtainedfrom mud and water samples using artificial sea water media after incubation at room temperature. Threeout of the 6 isolates (BKL-3, BKL-5, and BKA-1) were selected for further analysis. BKL-3, BKL-5 and BKA-1exhibited an ability to grow at salt concentration greater than 10%. BKL-3 could grow on media supplementedwith 15% of salt, meanwhile BKL-5 and BKA-1 could grow at 20% of salt, respectively. Furthermore, thoseisolates also exhibited proteolytic activity when they were grown on casein media. The phylogenetic analysisbased on the 16SrRNA gene sequences showed that the BKL-3 belong to the group of Bacillaceae, whilst BKL-5and BKA-1 isolates were relatively distance from the group of Halomonadaceae. Therefore, BKL-5 and BKA-1could be considered as the allegedly new species ...
Journal of Tropical Life Science, 2014
Platelet Activating Factor Acetyl Hydrolase (PAF AH) or LpPLA2 is a key enzyme in myocardial infa... more Platelet Activating Factor Acetyl Hydrolase (PAF AH) or LpPLA2 is a key enzyme in myocardial infarction catalyzes the sn-2 acetyl group of Platelet Activating Factor (PAF) into lyso PAF and acetate as non-potent inflammatory molecules. PAF AH plays a critical role in arterial plaque development of Coronary Artery Disease (CAD). A crystal structure of PAF AH complexes with other ligand and effects of amino acid alteration to protein plasma consequence have also been reported. Here we report on the result of molecular docking and Molecular dynamic (MD) simulation carried out for PAF AH wild type (WT)/PAF and mutant Q281R/PAF complexes. The docking result shows that amino acid residues on active site of Q281 PAF AH mutant have not been recognized on PAF AH. Eelectrostatics and hydrophobic bonds significantly reduced in Q281R than in the wild type. The 7500 ps MD simulation Q281R showed less dynamics than WT but enzymatic machinary of mutant Q281R was not interrupted during MD simulation as well as PAF AH wildtype. These findings clearly indicated the important effect of mutant Q281R in PAF AH recognition to its substrate.
The Journal of Experimental Life Sciences, 2011
Tujuan penelitian ini adalah mengetahui efek dan mekanisme kerja ekstrak teh Rosella merah (Hibis... more Tujuan penelitian ini adalah mengetahui efek dan mekanisme kerja ekstrak teh Rosella merah (Hibiscus sabdariffa Linn) terhadap aktifasi NF-κβ dan ekspresi protein TNF-α serta ICAM-1 yang menjadi mediator inflamasi pada aterosklerosis. Penelitian ini menggunakan kultur sel endotel yang diisolasi dari vena umbilikalis manusia (HUVECs). Kelompok kontrol digunakan HUVECs tanpa paparan ox-LDL (kontrol negatif) dan HUVECs yang dipapar 40 µgml-1 Ox-LDL (kontrol positif). Kelompok perlakuan adalah HUVECs yang dipapar dengan berbagai dosis teh Rosella merah (0,01 mgml-1 , 0,005 mgml-1 dan 0,001 mgml-1) dan diberikan selama 2 jam sebelum dipapar ox-LDL. Pengukuran aktifasi NF-κβ dilakukan setelah 30 menit paparan Ox-LDL menggunakan imunohistokimia. Ekspresi protein TNF-α dan ICAM-1 diukur setelah 24 jam dipapar Ox-LDL menggunakan imunohistokimia. Berdasarkan analisis ANOVA (p<0.01) terdapat efek penghambatan ekstrak teh Rosella merah (Hibiscus sabdariffa Linn) terhadap aktifasi NF-κβ dan ekspresi protein TNF-α serta ICAM-1 yang manjadi mediator terjadinya inflamasi pada aterosklerosis melalui penghambatan aktifasi NF-κβ. Terdapat hubungan negatif antara aktifasi NF-κβ dan ekspresi protein TNF-α serta ICAM-1 dengan dosis ekstrak teh Rosella merah (Analisis Spearman's [p<0,01, Correlation Coeff =-1]). Kata kunci: atherosklerosis, ICAM-1, NF-κβ, Ox-LDL, Rosella merah (Hibiscus sabdariffa Linn), TNF-α PENDAHULUAN Penyakit kardiovaskuler menjadi masalah kesehatan di dunia dan di Indonesia. Kardiovaskuler juga merupakan penyebab kematian utama di dunia sampai tahun 2020, termasuk juga penyakit jantung koroner dan pembuntuan pembuluh darah otak yang diantaranya disebabkan oleh aterosklerosis [1]. Aterosklerosis merupakan proses inflamasi atau keradangan kronis yang dihasilkan sel radang. Peradangan ini dipicu oleh modifikasi Low Density Lipoprotein (LDL) yang poten sebagai penyebab aterosklerosis adalah oxidized LDL [2]. Oxidized LDL (Ox-LDL) meningkatkan ROS (Reactive Oxigen Species). Oxidized LDL bersifat sitotoksis dan berfungsi sebagai kemotaksis faktor bagi monosit yang mengakibatkan penumpukan sel-sel radang. Keradangan terjadi karena Ox-LDL mengaktifkan faktor transkripsi Nuclear Factor Kappa Beta (NF-κβ). NF-κβ yang teraktifasi akan menginduksi terbentuknya
Population data is something that must be managed either by governments, both local and central. ... more Population data is something that must be managed either by governments, both local and central. Social Identity Number (SIN) is the number of Indonesian Population identity that is unique or typical, single and attached to someone who has been determined according to Law Number 23 Year 2006 and Government Regulation number 37 in 2007. Data collection mechanism that’s saved in each region and the lack of communication led to synchronize data can cause SIN double recording. Distributed database system is a collection of databases spread over two or more computers connected in a computer network. Distributed database system provides the advantage of data availability, and autonomy in the management of data in each local. Method of distributed database that’s used is horizontal fragmentation method. The design of distributed database of population data is used to prevent double recording SIN. Prototype of Population Administration Information System Based on Distributed Data that’s produced is used to conduct population data management such as add, modify, and display the population data from various different locations. Test of this Prototype is simulation method. Result of test is this Prototype can management of data from various different locations and availability of data. Keywords: Social Identity Number (SIN), Population of Administration Information System, Distributed Database
Jurnal Mahasiswa Statistik, Dec 31, 2013
Pada beberapa penelitian sering terdapat variabel yang mempengaruhi hubungan kausal antara variab... more Pada beberapa penelitian sering terdapat variabel yang mempengaruhi hubungan kausal antara variabel independen dengan variabel dependen, yaitu variabel moderasi. Salah satu pengujian variabel moderasi adalah menggunakan Moderated Structural Equation Modeling. Menurut Kenny dan Judd (1984), perkalian antar variabel laten pada sebuah model yang mengandung efek interaksi dapat digunakan untuk mengestimasi model. Ping (1995) mengusulkan untuk menggunakan indikator tunggal untuk menguji variabel moderasi. Terdapat dua metode yang dapat digunakan, yaitu Ping dan Joreskog. Oleh karena itu, perlu diketahui metode manakah yang lebih peka dalam menguji variabel moderasi. Pada penelitian ini digunakan 10 data sekunder untuk menggambarkan perbedaan kedua metode. Hasil pengujian menunjukkan masing-masing metode mengidentifikasi 3 data yang mengandung variabel moderasi, sehingga kepekaan kedua metode adalah sama. Namun secara perhitungan, metode Joreskog lebih mudah dan cepat daripada metode Ping. Kata Kunci: variabel moderasi, SEM, interaksi indikator tunggal
Kesenian pahat batu di Kab. Magelang melahirkan pengrajin/pemahat patung yang meniru bentuk dari ... more Kesenian pahat batu di Kab. Magelang melahirkan pengrajin/pemahat patung yang meniru bentuk dari patung yang ada di candi Borobudur. Namun seiring dengan berkembangnya permintaan pasar seni pahat batu ini melakukan inovasi dengan memproduksi produk lain dengan tujuan untuk meningkatkan usahanya agar semakin berkembang. Konsep klaster telah menjadi sebuah fenomena global dan secara formal sudah banyak di adopsi oleh banyak negara khususnya di dalam pembangunan ekonomi dan meningkatkan daya saing industri. Pemerintah Kabupaten Magelang mengkonsep industri pahat batu ini dapat berkembang menjadi desa wisata, sehingga diharapkan bisa meningkatkan kesejahteraan pengrajinnya. Penelitian ini menggunakan model yang sesuai dengan kondisi objek penelitian. Teknik pengolahan data mengacu pada jenis data dan hubungan variabel yang telah terkumpul. Teknik analisis yang digunakan adalah dengan menggunakan Partial Least Square (PLS). Pada konstruk kemampuan inovasi memiliki nilai R square sebesar 0.326646 yang berarti bahwa orientasi pasar, kreativitas dan organisasi pembelajar memiliki pengaruh terhadap kemampuan inovasi sebesar 32,66%. Sementara pada konstruk pertumbuhan penjualan produk memiliki nilai R square sebesar 0.504492 yang berarti bahwa keunggulan dan kinerja kompetitif dipengaruhi kemampuan inovasi sebesar 50,45%.
Ada dua persoalan yang dikaji dalam skripsi ini, yaitu: (1) Adakah pengaruh tayangan On The Spot ... more Ada dua persoalan yang dikaji dalam skripsi ini, yaitu: (1) Adakah pengaruh tayangan On The Spot Trans7 terhadap persepsi mahasiswa Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi IAIN Sunan Ampel Surabaya, (2) Sejauh mana pengaruh tayangan On The Spot Trans7 terhadap persepsi mahasiswa Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi IAIN Sunan Ampel Surabaya. Untuk mengungkap persoalan tersebut peneliti dalam penelitian ini, peneliti menggunakan pendekatan kuantitatif, yaitu menekankan analisisnya pada datadata numerical atau angka yang diolah dengan metode statistika serta dilakukan pada penelitian infrensial atau dalam rangka pengujian hipotesis, sehingga diperoleh signifikasi pengaruh antara variabel yang diteliti. Dalam hal ini peneliti mencoba mengukur data data terhadap pengaruh tayangan On The Spot Trans7 terhadap persepsi mahasiswa Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi IAIN Sunan Ampel Surabaya. Dalam hasil penelitian ini ditemukan bahwa (1) terdapat pengaruh tayangan On The Spot Trans7 terhadap persepsi mahasiswa Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi IAIN Sunan Ampel Surabaya, dimana hasil hipotesisnya diterima atau terbukti. (2) Tayangan On The Spot Trans7 terhadap persepsi mahasiswa Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi IAIN Sunan Ampel Surabaya mempunyai tingkat pengaruh yang diuji menggunakan rumus uji t yang hasilnya bernilai 6,7. Bertitik tolak dari penelitian ini, beberapa saran yang dapat dijadikan bahan pertimbangan yaitu (1) Bagi mahasiswa yang berkonsentrasi pada program Ilmu Komunikasi agar dapat memproduksi sebuah program televisi yang informatif dan edukatif yang menarik bagi para pemirsa. (2) Bagi pemirsa televisi, dengan adanya penelitian ini diharapkan pemirsa televisi di rumah dapat membedakan mana program yang bermanfaat dan mana program yang tidak memberikan suatu manfaat sedikitpun. (3) Bagi Fakultas Dakwah dan Ilmu Komunikasi khususnya Program Studi Ilmu Komunikasi diharapkan sebagai bahan masukan bagi pemerhati komunikasi, khususnya di Fakultas Dakwah agar dapat menjalin relasi yang erat dengan lembaga komunikasi agar terciptanya keteraturan tayangan yang bermanfaat bagi pemirsa, sehingga dapat lebih mengeksplore bakat-bakat mahasiswanya.
Journal of Educational Social Studies, 2012
This study examined the character education at the seminary Darul Falah. The research was motivat... more This study examined the character education at the seminary Darul Falah. The research was motivated by the urgency of pesantren as a place of character building. Presented in this paper was about the typical character values of students from pesantren Darul Falah, namely: compliance, independence (self-sufficiency), discipline (discipline), sincerity (Unselfishness) and simplicity (Simple Living), and togetherness (Islamic brotherhood) is heavily influenced by kepemimpjnan scholars and students motivation tau religious consciousness itself. While the methods used in shaping the behavior of students of Darul Falah there are four kinds, namely 1) exemplary method (uswah Hasanah), 2) methods of discipline, and 3) methods of training and habituation, 4) method of advice (mauidzah) and Ibrah (taking lessons).
Skripsi Jurusan Akutansi Fakultas Ekonomi Um, Jul 24, 2014
ABSTRAK Rohman, Muhammad Fadlul. 2014. Penerapan Pembelajaran Kooperatif Model Teams Games Tourna... more ABSTRAK Rohman, Muhammad Fadlul. 2014. Penerapan Pembelajaran Kooperatif Model Teams Games Tournament (TGT) Dengan Media Visual Untuk Meningkatkan Motivasi Dan Hasil Belajar Siswa Kelas X-Akuntansi SMK Muhammadiyah 2 Malang Pada Mata Pelajaran Akuntansi. Skripsi, Jurusan Akuntansi, Program Studi Pendidikan Akuntansi, Fakultas Ekonomi, Universitas Negeri Malang. Pembimbing: (I) Prof. Dr. Bambang Sugeng, SE. MA., MM.Ak (II) Dr. Tuhardjo, SE. Msi.Ak Kata kunci: Teams Games Tournament (TGT), Motivasi, Hasil Belajar Berdasarkan observasi awal yang telah dilakukan oleh peneliti di kelas X-Akuntansi SMK Muhammadiyah 2 Malang terdapat beberapa permasalahan yang diperoleh peneliti. Sebagian siswa terlihat bosan dengan gaya mengajar guru yang terkesan monoton Guru lebih sering menerapkan metode mengajar dengan ceramah di setiap pertemuannya dan memberikan penugasan. Oleh karena, metode pembelajaran yang selama ini diterapkan kurang bisa membangkitkan minat dan motivasi belajar sehingga hasil belajar yg diperoleh juga rendah.Untuk mengatasi hal ini, peneliti menggunakan model pembelajaran Teams Games Tournament (TGT) dengan media visual. Teams Games Tournament (TGT) merupakan salah satu model pembelajaran kooperatif yang dapat meningkatkan motivasi dan hasil belajar siswa, karena keunggulan yang dimiliki oleh model pembelajaran TGT yaitu adanya game dan turnamen. Dengan adanya game dan turnamen ini siswa secara langsung maupun tidak langsung akan berusaha untuk selalu aktif karena mengingat peran dan tanggung jawabnya sebagai anggota kelompok dengan demikian suasana kelas pada saat pembelajaran akan menjadi lebih hidup dan siswa tidak lagi merasa bosan mengikuti pembelajaran. Tujuan penelitian ini adalah untuk mendeskripsikan penerapan pembelajaran kooperatif model Teams Games Tournament (TGT) dengan media visual untuk meningkatkan motivasi dan hasil belajar siswa pada mata pelajaran akuntansi. Jenis penelitian ini adalah Penelitian Tindakan Kelas (PTK) dengan dua siklus melalui pendekatan kualitatif. Subjek penelitian ini adalah siswa kelas X-Akuntansi SMK Muhammadiyah 2 Malang yang berjumlah 26 siswa. Teknik pengumpulan data yang digunakan dalam penelitian ini meliputi tes, observasi, angket, wawancara, catatan lapangan dan dokumentasi. Analisis data meliputi mereduksi data, penyajian data, dan penarikan kesimpulan. Berdasarkan hasil penelitian diketahui bahwa terjadi peningkatan motivasi dan hasil belajar siswa dari siklus I mengalami peningkatan pada siklusi II. Ketuntasan hasil belajar juga mengalami peningkatan. Dengan demikian dapat disimpulkan bahwa penerapan pembelajaran kooperatif model Teams Games Tournament (TGT) dengan media visual dapat meningkatkan motivasi dan hasil belajar siswa kelas X-Akuntansi SMK Muhammadiyah 2 Malang. Guru akuntansi disarankan menerapkan pembelajaran kooperatif model Teams Games Tournament (TGT) dalam mengembangkan strategi pembelajaran alternatif di kelas untuk meningkatkan motivasi dan hasil belajar siswa. Penerapan model ini perlu disesuaikan dengan materi, waktu pembelajaran dan lingkungan siswa di sekolahnya. Normal 0 false false false EN-US X-NONE X-NONE /* Style Definitions */ table.MsoNormalTable {mso-style-name:"Table Normal"; mso-tstyle-rowband-size:0; mso-tstyle-colband-size:0; mso-style-noshow:yes; mso-style-priority:99; mso-style-qformat:yes; mso-style-parent:""; mso-padding-alt:0cm 5.4pt 0cm 5.4pt; mso-para-margin-top:0cm; mso-para-margin-right:0cm; mso-para-margin-bottom:10.0pt; mso-para-margin-left:0cm; line-height:115%; mso-pagination:widow-orphan; font-size:11.0pt; font-family:"Calibri","sans-serif"; mso-ascii-font-family:Calibri; mso-ascii-theme-font:minor-latin; mso-fareast-font-family:"Times New Roman"; mso-fareast-theme-font:minor-fareast; mso-hansi-font-family:Calibri; mso-hansi-theme-font:minor-latin;}
Students Journal of Economic and Management, 2013
This study aims to analyze The Influence of Competence and Motivation to the Teachers Performance... more This study aims to analyze The Influence of Competence and Motivation to the Teachers Performance with the Principal Leadership as moderate variable at SMK negeri in Pati Regency. This study belongs to the type of quantitative research. Population of this study are 134 teacher, while the samples taken as many as 100 teacher as respondent. Measurements using a Likert scale with 5 (five) alternative answer. Test instruments used are the validity, reliability and classic asumption test. While the test model used is the coefficient of determination and F test (Goodness of Fit). Hypothesis testing used in this study used regression analysis and t-test. The results of the first model showed the coefficient of determination (Adjusted R Square) is 0,541, the meaning of the result is that the Competence and Motivation together have a 54,1% impact to the Techers Performance and the rest are influenced by others variables. Based on the research result can be summarized as follows: (i) Competence is positive and significant effect to the Teachers Performance, (ii) ) Motivation is positive and significant effect to the Teachers Performance, (iii) Principal Leadership is not moderating to the effect of Competence to Teacher Performance, (iv) Principal Leadership is not moderating to the effect of Motivation to Teacher Performance Key words : Competence, motivation, Principal Leadership, Teachers Performance
FEBS Journal, 2008
Eukaryotic RNases H2 consist of one catalytic and two accessory subunits. Several single mutation... more Eukaryotic RNases H2 consist of one catalytic and two accessory subunits. Several single mutations in any one of these subunits of human RNase H2 cause Aicardi-Goutières syndrome. To examine whether these mutations affect complex stability and activity of RNase H2, three mutant proteins of His-tagged Saccharomyces cerevisiae RNase H2 (Sc-RNase H2*) were constructed. Sc-G42S*, Sc-L52R*, and Sc-K46W* contain single mutations in Sc-Rnh2Ap*, Sc-Rnh2Bp*, and Sc-Rnh2Cp*, respectively. The genes encoding three subunits were co-expressed in E. coli and Sc-RNase H2* and its derivatives were purified in a heterotrimeric form. All of these mutant proteins exhibited enzymatic activity. However, only the enzymatic activity of Sc-G42S* was greatly reduced as compared to that of the wild-type protein. Gly42 is conserved as Gly10 in Thermococcus kodakareansis RNase HII (Tk-RNase HII). To analyze the role of this residue, four mutant proteins Tk-G10S, Tk-G10A, Tk-G10L, and Tk-G10P were constructed. All mutant proteins were less stable than the wild-type protein by 2.9-7.6°C in T m. Comparison of their enzymatic activities, substrate binding affinities, and CD spectra suggest that introduction of a bulky side chain into this position induces a local conformational change, which is unfavorable for both activity and substrate binding. These results indicate that Gly10 is required to make the protein fully active and stable. The findings that the mutations in the accessory subunits of Sc-RNase H2* do not seriously affect the enzymatic activity suggest that the mutant forms of the protein are relatively unstable or interactions with other proteins are perturbed in human cells.
Biochemistry, 2008
Ribonuclease HI from the psychrotrophic bacterium Shewanella oneidensis MR-1 (So-RNase HI) is muc... more Ribonuclease HI from the psychrotrophic bacterium Shewanella oneidensis MR-1 (So-RNase HI) is much less stable than Escherichia coli RNase HI (Ec-RNase HI) by 22.4°C in T m and 12.5 kJ mol-1 in ∆G(H 2 O), despite their high degrees of structural and functional similarity. To examine whether the stability of So-RNase HI increases to a level similar to that of Ec-RNase HI via introduction of several mutations, the mutations that stabilize So-RNase HI were identified by the suppressor mutation method and combined. So-RNase HI and its variant with a C-terminal four-residue truncation (154-RNase HI) complemented the RNase H-dependent temperature-sensitive (ts) growth phenotype of E. coli strain MIC3001, while 153-RNase HI with a five-residue truncation could not. Analyses of the activity and stability of these truncated proteins suggest that 153-RNase HI is nonfunctional in vivo because of a great decrease in stability. Random mutagenesis of 153-RNase HI using error-prone PCR, followed by screening for the revertants, allowed us to identify six single suppressor mutations that make 153-RNase HI functional in vivo. Four of them markedly increased the stability of the wild-type protein by 3.6-6.7°C in T m and 1.7-5.2 kJ mol-1 in ∆G(H 2 O). The effects of these mutations were nearly additive, and combination of these mutations increased protein stability by 18.7°C in T m and 12.2 kJ mol-1 in ∆G(H 2 O). These results suggest that several residues are not optimal for the stability of So-RNase HI, and their replacement with other residues strikingly increases it to a level similar to that of the mesophilic counterpart.
Archives Of Phytopathology And Plant Protection, 2012
We investigated the rhizobacterial densities and community structure in watermelon rhizosphere un... more We investigated the rhizobacterial densities and community structure in watermelon rhizosphere under the infection of cucumber green mottle mosaic virus (CGMMV) by artificial inoculation. Rhizobacterial densities and communities were analysed from healthy and infected plants under aerobic and anaerobic culture techniques. The highest total number of aerobic rhizobacteria was counted to be 2.7 × 10 colony forming units per gram (CFU · g) and
Uploads
Papers by Muhammad Fatkhur Rohman