delivery through femoral artery for CPB, with required blood flow rates of 1 to 5 L. This cannula... more delivery through femoral artery for CPB, with required blood flow rates of 1 to 5 L. This cannula is an 81-cm-long flexible tube with 3 lumens and an inflatable balloon at the distal end that provides aortic occlusion instead of aortic cross-clamping. The device has a central lumen for the delivery of arterial blood through multiple distal outlets, a lumen for both the delivery of cardioplegia and left ventricular venting at the aortic root, and finally, a small lumen for control of the distal balloon.
Polyploidisation is a key source of diversification and speciation in plants. Most researchers co... more Polyploidisation is a key source of diversification and speciation in plants. Most researchers consider sexual polyploidisation leading to unreduced gamete as its main origin. Unreduced gametes are useful in several crop breeding schemes. Their formation mechanism, i.e., First-Division Restitution (FDR) or Second-Division Restitution (SDR), greatly impacts the gametic and population structures and, therefore, the breeding efficiency. Previous methods to identify the underlying mechanism required the analysis of a large set of markers over large progeny. This work develops a new maximum-likelihood method to identify the unreduced gamete formation mechanism both at the population and individual levels using independent centromeric markers. Knowledge of marker-centromere distances greatly improves the statistical power of the comparison between the SDR and FDR hypotheses. Simulating data demonstrated the importance of selecting markers very close to the centromere to obtain significant...
Los cítricos son el principal cultivo frutal en el mundo con una producción de unos 104 millones ... more Los cítricos son el principal cultivo frutal en el mundo con una producción de unos 104 millones de toneladas y un crecimiento muy rápido que en los últimos diez años ha supuesto un incremento cercano al 40%. En España también constituyen el principal frutal, con una superficie total de cultivo de unas 300.000 Ha y una producción cercana a los 6 millones de toneladas. Nuestro país es el cuarto productor del mundo (después de Brasil, EE.UU. y China) y el primer exportador de fruta fresca. Actualmente se comercializa en otros países alrededor del 55% de la producción, con unos ingresos totales en divisas de unos 2.000 millones de euros anuales. El 20% de la producción se dedica a industrialización (fruta retirada del mercado por baja calidad) y el resto incluye el consumo en España como fruta fresca y las pérdidas. Los cítricos están afectados por diversos estreses bióticos y abióticos que limitan la producción y causan daños económicos de gran importancia. Además, el consumidor exige frutos de mayor calidad que maduren prácticamente a lo largo de todo el año, lo que requiere la disponibilidad de nuevas variedades. En este contexto, la mejora sanitaria y genética de los cítricos tiene una elevada prioridad en todos los países productores, con el objetivo de eliminar los patógenos que infectan las variedades comerciales existentes y de obtener nuevos genotipos resistentes o tolerantes a los diversos estreses y que produzcan frutos mejor adaptados a las demandas del consumidor. Los métodos convencionales de eliminación de patógenos (termoterapia y embrionía nuclear) son ineficaces para resolver los problemas existentes en la mayoría de los países debido a que o bien no eliminan todos los patógenos o producen plantas con largos periodos juveniles. La mejora genética convencional en los cítricos tiene también muchas dificultades debido esencialmente a las características de su sistema reproductivo (embrionía nucelar, existencia de muchos genotipos de interés con esterilidad total o parcial de polen y/u óvulos y con problemas de auto incompatibilidad o incompatibilidad sexual), elevada heterocigosis, falta de conocimientos básicos sobre el control genético de los caracteres de interés y largo periodo juvenil. Debido a estas dificultades, no es de extrañar que existan pocos programas de mejora genética en el mundo y que los resultados de los mismos hayan sido escasos, a pesar de que se están realizando algunos desde finales del siglo XIX. El número de variedades cultivadas procedentes de programas de mejora es muy pequeño, y ninguna de ellas se cultiva de forma extensiva en el mundo. La práctica totalidad de las variedades cultivadas proceden de selección de mutaciones espontáneas que con relativa frecuencia se producen en los cítricos. La disponibilidad de diversos procedimientos biotecnológicos ha abierto nuevas vías para la resolución de una parte importante de los problemas existentes, ya que permiten superar algunas limitaciones de los métodos tradicionales y ofrecen nuevas estrategias que no podían abordarse hasta ahora. En esta presentación se revisan las investigaciones que realiza nuestro grupo en este campo sobre los siguientes aspectos:
HortScience: a publication of the American Society for Horticultural Science
Citrus is the most extensively produced fruit tree crop in the world (FAO, Food and Agriculture O... more Citrus is the most extensively produced fruit tree crop in the world (FAO, Food and Agriculture Organization, 2009). There are two clearly differentiated markets: fresh fruit and processed juice. In 2007, the main citrus fruit-producing countries were China (17.9%), Brazil (17.8%), the Mediterranean countries (17.1%), and the United States (8.5%) (FAO, Food and Agriculture Organization, 2009). These areas account for more of two-thirds of the total production of citrus fruits. In the Mediterranean area, citrus fruits are primarily produced for the fresh fruit market. Spain is the principal producer in the area with a total planted area of 330,000 ha and a produc-tion %6.3 million tons. Seedlessness is one of the most important characteristics for mandarin on the fresh fruit market, because consumers do not accept seeded fruits. Parthenocarpy is an essential trait for seedless fruit production, and this characteristic is present in citrus germplasm. Triploidy gives rise to seedless c...
† Background Polyploidy is a major component of eukaryote evolution. Estimation of allele copy nu... more † Background Polyploidy is a major component of eukaryote evolution. Estimation of allele copy numbers for molecular markers has long been considered a challenge for polyploid species, while this process is essential for most genetic research. With the increasing availability and whole-genome coverage of single nucleotide polymorphism (SNP) markers, it is essential to implement a versatile SNP genotyping method to assign allelic configuration efficiently in polyploids. † Scope This work evaluates the usefulness of the KASPar method, based on competitive allele-specific PCR, for the assignment of SNP allelic configuration. Citrus was chosen as a model because of its economic importance, the ongoing worldwide polyploidy manipulation projects for cultivar and rootstock breeding, and the increasing availability of SNP markers. † Conclusions Fifteen SNP markers were successfully designed that produced clear allele signals that were in agreement with previous genotyping results at the diploid level. The analysis of DNA mixes between two haploid lines (Clementine and pummelo) at 13 different ratios revealed a very high correlation (average ¼ 0 . 9796; s.d. ¼ 0 . 0094) between the allele ratio and two parameters [u angle ¼ tan 21 ( y/x) and y ′ ¼ y/(x + y)] derived from the two normalized allele signals (x and y) provided by KASPar. Separated cluster analysis and analysis of variance (ANOVA) from mixed DNA simulating triploid and tetraploid hybrids provided 99 . 71 % correct allelic configuration. Moreover, triploid populations arising from 2n gametes and interploid crosses were easily genotyped and provided useful genetic information. This work demonstrates that the KASPar SNP genotyping technique is an efficient way to assign heterozygous allelic configurations within polyploid populations. This method is accurate, simple and cost-effective. Moreover, it may be useful for quantitative studies, such as relative allele-specific expression analysis and bulk segregant analysis.
delivery through femoral artery for CPB, with required blood flow rates of 1 to 5 L. This cannula... more delivery through femoral artery for CPB, with required blood flow rates of 1 to 5 L. This cannula is an 81-cm-long flexible tube with 3 lumens and an inflatable balloon at the distal end that provides aortic occlusion instead of aortic cross-clamping. The device has a central lumen for the delivery of arterial blood through multiple distal outlets, a lumen for both the delivery of cardioplegia and left ventricular venting at the aortic root, and finally, a small lumen for control of the distal balloon.
Polyploidisation is a key source of diversification and speciation in plants. Most researchers co... more Polyploidisation is a key source of diversification and speciation in plants. Most researchers consider sexual polyploidisation leading to unreduced gamete as its main origin. Unreduced gametes are useful in several crop breeding schemes. Their formation mechanism, i.e., First-Division Restitution (FDR) or Second-Division Restitution (SDR), greatly impacts the gametic and population structures and, therefore, the breeding efficiency. Previous methods to identify the underlying mechanism required the analysis of a large set of markers over large progeny. This work develops a new maximum-likelihood method to identify the unreduced gamete formation mechanism both at the population and individual levels using independent centromeric markers. Knowledge of marker-centromere distances greatly improves the statistical power of the comparison between the SDR and FDR hypotheses. Simulating data demonstrated the importance of selecting markers very close to the centromere to obtain significant...
Los cítricos son el principal cultivo frutal en el mundo con una producción de unos 104 millones ... more Los cítricos son el principal cultivo frutal en el mundo con una producción de unos 104 millones de toneladas y un crecimiento muy rápido que en los últimos diez años ha supuesto un incremento cercano al 40%. En España también constituyen el principal frutal, con una superficie total de cultivo de unas 300.000 Ha y una producción cercana a los 6 millones de toneladas. Nuestro país es el cuarto productor del mundo (después de Brasil, EE.UU. y China) y el primer exportador de fruta fresca. Actualmente se comercializa en otros países alrededor del 55% de la producción, con unos ingresos totales en divisas de unos 2.000 millones de euros anuales. El 20% de la producción se dedica a industrialización (fruta retirada del mercado por baja calidad) y el resto incluye el consumo en España como fruta fresca y las pérdidas. Los cítricos están afectados por diversos estreses bióticos y abióticos que limitan la producción y causan daños económicos de gran importancia. Además, el consumidor exige frutos de mayor calidad que maduren prácticamente a lo largo de todo el año, lo que requiere la disponibilidad de nuevas variedades. En este contexto, la mejora sanitaria y genética de los cítricos tiene una elevada prioridad en todos los países productores, con el objetivo de eliminar los patógenos que infectan las variedades comerciales existentes y de obtener nuevos genotipos resistentes o tolerantes a los diversos estreses y que produzcan frutos mejor adaptados a las demandas del consumidor. Los métodos convencionales de eliminación de patógenos (termoterapia y embrionía nuclear) son ineficaces para resolver los problemas existentes en la mayoría de los países debido a que o bien no eliminan todos los patógenos o producen plantas con largos periodos juveniles. La mejora genética convencional en los cítricos tiene también muchas dificultades debido esencialmente a las características de su sistema reproductivo (embrionía nucelar, existencia de muchos genotipos de interés con esterilidad total o parcial de polen y/u óvulos y con problemas de auto incompatibilidad o incompatibilidad sexual), elevada heterocigosis, falta de conocimientos básicos sobre el control genético de los caracteres de interés y largo periodo juvenil. Debido a estas dificultades, no es de extrañar que existan pocos programas de mejora genética en el mundo y que los resultados de los mismos hayan sido escasos, a pesar de que se están realizando algunos desde finales del siglo XIX. El número de variedades cultivadas procedentes de programas de mejora es muy pequeño, y ninguna de ellas se cultiva de forma extensiva en el mundo. La práctica totalidad de las variedades cultivadas proceden de selección de mutaciones espontáneas que con relativa frecuencia se producen en los cítricos. La disponibilidad de diversos procedimientos biotecnológicos ha abierto nuevas vías para la resolución de una parte importante de los problemas existentes, ya que permiten superar algunas limitaciones de los métodos tradicionales y ofrecen nuevas estrategias que no podían abordarse hasta ahora. En esta presentación se revisan las investigaciones que realiza nuestro grupo en este campo sobre los siguientes aspectos:
HortScience: a publication of the American Society for Horticultural Science
Citrus is the most extensively produced fruit tree crop in the world (FAO, Food and Agriculture O... more Citrus is the most extensively produced fruit tree crop in the world (FAO, Food and Agriculture Organization, 2009). There are two clearly differentiated markets: fresh fruit and processed juice. In 2007, the main citrus fruit-producing countries were China (17.9%), Brazil (17.8%), the Mediterranean countries (17.1%), and the United States (8.5%) (FAO, Food and Agriculture Organization, 2009). These areas account for more of two-thirds of the total production of citrus fruits. In the Mediterranean area, citrus fruits are primarily produced for the fresh fruit market. Spain is the principal producer in the area with a total planted area of 330,000 ha and a produc-tion %6.3 million tons. Seedlessness is one of the most important characteristics for mandarin on the fresh fruit market, because consumers do not accept seeded fruits. Parthenocarpy is an essential trait for seedless fruit production, and this characteristic is present in citrus germplasm. Triploidy gives rise to seedless c...
† Background Polyploidy is a major component of eukaryote evolution. Estimation of allele copy nu... more † Background Polyploidy is a major component of eukaryote evolution. Estimation of allele copy numbers for molecular markers has long been considered a challenge for polyploid species, while this process is essential for most genetic research. With the increasing availability and whole-genome coverage of single nucleotide polymorphism (SNP) markers, it is essential to implement a versatile SNP genotyping method to assign allelic configuration efficiently in polyploids. † Scope This work evaluates the usefulness of the KASPar method, based on competitive allele-specific PCR, for the assignment of SNP allelic configuration. Citrus was chosen as a model because of its economic importance, the ongoing worldwide polyploidy manipulation projects for cultivar and rootstock breeding, and the increasing availability of SNP markers. † Conclusions Fifteen SNP markers were successfully designed that produced clear allele signals that were in agreement with previous genotyping results at the diploid level. The analysis of DNA mixes between two haploid lines (Clementine and pummelo) at 13 different ratios revealed a very high correlation (average ¼ 0 . 9796; s.d. ¼ 0 . 0094) between the allele ratio and two parameters [u angle ¼ tan 21 ( y/x) and y ′ ¼ y/(x + y)] derived from the two normalized allele signals (x and y) provided by KASPar. Separated cluster analysis and analysis of variance (ANOVA) from mixed DNA simulating triploid and tetraploid hybrids provided 99 . 71 % correct allelic configuration. Moreover, triploid populations arising from 2n gametes and interploid crosses were easily genotyped and provided useful genetic information. This work demonstrates that the KASPar SNP genotyping technique is an efficient way to assign heterozygous allelic configurations within polyploid populations. This method is accurate, simple and cost-effective. Moreover, it may be useful for quantitative studies, such as relative allele-specific expression analysis and bulk segregant analysis.
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Papers by Jose Cuenca