O elefante de Borneo tamén chamado elefante pigmeo de Borneo vive no nordeste de Borneo. A súa orixe permanece aínda en obxecto de debate. Unha clasificación definitiva como subespecie baixo o nome de Elephas maximus borneensis depende da conclusión dun estudo xenético. Dende 1986, Elephas maximus foi sinalado como especie ameazada pola IUCN xa que a súa poboación descendeu polo menos un 50% nas últimas tres xeracións. A especie está ameazada pola perda, degradación e fragmentación de hábitat.
O Sultán de Sulu introduciu elefantes en Borneo no século XVIII, que foron ceibados na xungla. Comparacións da poboación do elefante de Borneo con outras poboacións en análises de ADN indican que o elefante de Borneo deriva dunha especie de Sondalandia orixinaria de Borneo.
