Есть такой код:

	Номенклатура1С = Данные.НачатьСоздание("Справочник.Номенклатура")
		.Реквизит("ВидНоменклатуры", НовыйВидНоменклатуры())
		.Создать(); 

Метод НовыйВидНоменклатуры() определен так:

Функция НовыйВидНоменклатуры()
   	ВидНоменклатуры = Данные.НачатьСоздание("Справочник.ВидыНоменклатуры")
		.Создать();	
	Возврат ВидНоменклатуры;
КонецФункции

В результате в переменной Номенклатура1С у нас объект СправочникСсылка.ВидНоменклатуры, а ожидал, что будет СправочникСсылка.Номенклатура.

Судя по всему, плагин использует единственный экземпляр обработки и все состояние хранит в нем, поэтому вложенные вызовы невозможны.

Это не удобно/не естественно и про такую особенность нужно помнить, а если забыть - сложно отлаживать.

В качестве обхода можно делать так:

    ВидНоменклатуры = НовыйВидНоменклатуры();

	Номенклатура1С = Данные.НачатьСоздание("Справочник.Номенклатура")
		.Реквизит("ВидНоменклатуры", ВидНоменклатуры)
		.Создать(); 

Но это тоже не всегда удобно (и опять же, про это нужно знать/помнить).

В качестве решения предлагаю рассмотреть возможность сделать так, чтобы метод НачатьСоздание() возвращал новый экземпляр плагина "Данные".