NoneType object is not subcriptable #92
Description
Hello, I'm getting this error, can you please help me locate the source of the problem?
(1/1): 'merged.idXML'...
2024-08-16 23:52:41 ERROR ms2rescore.__main__ // 'NoneType' object is not
subscriptable
╭─────── Traceback (most recent call last) ───────╮
│ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/ms2resc │
│ ore/__main__.py:237 in main │
│ │
│ 234 │ │ │ profiled_rescore = profile(re │
│ 235 │ │ │ profiled_rescore(configuratio │
│ 236 │ │ else: │
│ ❱ 237 │ │ │ rescore(configuration=config) │
│ 238 │ except Exception as e: │
│ 239 │ │ LOGGER.exception(e) │
│ 240 │ │ sys.exit(1) │
│ │
│ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/ms2resc │
│ ore/core.py:47 in rescore │
│ │
│ 44 │ logger.debug("Using %i of %i availabl │
│ int(cpu_count())) │
│ 45 │ │
│ 46 │ # Parse PSMs │
│ ❱ 47 │ psm_list = parse_psms(config, psm_lis │
│ 48 │ │
│ 49 │ # Log #PSMs identified before rescori │
│ 50 │ id_psms_before = _log_id_psms_before( │
│ max_rank=config["max_psm_rank_output"]) │
│ │
│ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/ms2resc │
│ ore/parse_psms.py:29 in parse_psms │
│ │
│ 26 │ """ │
│ 27 │ # Read PSMs │
│ 28 │ try: │
│ ❱ 29 │ │ psm_list = _read_psms(config, psm │
│ 30 │ except psm_utils.io.PSMUtilsIOExcepti │
│ 31 │ │ raise MS2RescoreConfigurationErro │
│ 32 │ │ │ "Error occurred while reading │
│ │
│ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/ms2resc │
│ ore/parse_psms.py:107 in _read_psms │
│ │
│ 104 │ │ │ │ f"Reading PSMs from PSM f │
│ '{psm_file}'..." │
│ 105 │ │ │ ) │
│ 106 │ │ │ psm_list.extend( │
│ ❱ 107 │ │ │ │ psm_utils.io.read_file( │
│ 108 │ │ │ │ │ psm_file, │
│ 109 │ │ │ │ │ filetype=config["psm_ │
│ 110 │ │ │ │ │ show_progressbar=True │
│ │
│ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/psm_uti │
│ ls/io/__init__.py:182 in read_file │
│ │
│ 179 │ │ │ f"Filetype '{filetype}' unkno │
│ 180 │ │ ) from e │
│ 181 │ reader = reader_cls(filename, *args, │
│ ❱ 182 │ psm_list = reader.read_file() │
│ 183 │ return psm_list │
│ 184 │
│ 185 │
│ │
│ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/psm_uti │
│ ls/io/_base_classes.py:46 in read_file │
│ │
│ 43 │ │
│ 44 │ def read_file(self) -> PSMList: │
│ 45 │ │ """Read full PSM file into a PSMLi │
│ ❱ 46 │ │ return PSMList(psm_list=[psm for p │
│ 47 │
│ 48 │
│ 49 class WriterBase(ABC): │
│ │
│ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/psm_uti │
│ ls/io/_base_classes.py:46 in <listcomp> │
│ │
│ 43 │ │
│ 44 │ def read_file(self) -> PSMList: │
│ 45 │ │ """Read full PSM file into a PSMLi │
│ ❱ 46 │ │ return PSMList(psm_list=[psm for p │
│ 47 │
│ 48 │
│ 49 class WriterBase(ABC): │
│ │
│ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/psm_uti │
│ ls/io/idxml.py:112 in __iter__ │
│ │
│ 109 │ │ """ │
│ 110 │ │ for peptide_id in self.peptide_id │
│ 111 │ │ │ for peptide_hit in peptide_id │
│ ❱ 112 │ │ │ │ yield self._parse_psm(sel │
│ 113 │ │
│ 114 │ def _parse_idxml(self) -> Tuple[oms.P │
│ oms.PeptideIdentification]: │
│ 115 │ │ """ │
│ │
│ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/psm_uti │
│ ls/io/idxml.py:185 in _parse_psm │
│ │
│ 182 │ │ return PSM( │
│ 183 │ │ │ peptidoform=peptidoform, │
│ 184 │ │ │ spectrum_id=peptide_id.getMet │
│ ❱ 185 │ │ │ run=self._get_run(protein_ids │
│ 186 │ │ │ is_decoy=self._is_decoy(pepti │
│ 187 │ │ │ score=peptide_hit.getScore(), │
│ 188 │ │ │ precursor_mz=peptide_id.getMZ │
│ │
│ /usr/local/lib/python3.11/site-packages/psm_uti │
│ ls/io/idxml.py:223 in _get_run │
│ │
│ 220 │ │ │ │ .decode() │
│ 221 │ │ │ ).stem │
│ 222 │ │ else: │
│ ❱ 223 │ │ │ run = Path(protein_ids[0].get │
│ 224 │ │ │
│ 225 │ │ # Convert back to None value (see │
│ 226 │ │ if run == "None": │
╰─────────────────────────────────────────────────╯
TypeError: 'NoneType' object is not subscriptable
```