Chapitre IV
Régulation de l’expression chez les
procaryotes
Dr: Dorra Ben Ayed-Guerfali
Année universitaire 2015-2016
Génome eucaryotes (génome nucléaire)
- Le matériel génétique des eucaryotes est entouré par une membrane, le tout
formant le noyau.
-Il présente un découplage entre transcription et traduction, qui se passent
respectivement dans le noyau et dans le cytoplasme. Ce découplage offre la
possibilité de réguler plus finement l’expression des gènes.
-Il est possible que la séquestration du génome dans le noyau permet
d’accroître fortement sa taille et donc de complexifier encore plus la cellule
Eucaryotes.
- En effet la taille du génome des Eucaryotes varie de 2,2Mb, (donc
beaucoup plus petit que certains génomes bactériens, aussi bien en taille qu’en
nombre de gène), à la taille extraordinaire de 140.000Mb. Rappelons que le
génome humain contient environ 3000Mb.
-Les gènes ne sont pas groupés en opérons et les messagers polycistroniques sont
très rares. Cependant les gènes peuvent être co-transcrits.
Structure des gènes eucaryotes
-Chez les eucaryotes, chaque gène possède son système de régulation avec un
nombre important des facteurs transcriptionnels qui reconnaissent plus qu’une
cible au niveau de la région de régulation .
- La régulation transcriptionelle: (séquence promotrice et régulatrice) et en trans
(facteurs de transcription).
Génome Procaryotes (génome nucléaire)
Deux types de génomes coexistent dans la cellule Procaryotes: les plasmides et le
nucléoide.
-Les plasmides
- Un plasmide désigne une molécule d'ADN surnuméraire distincte de l'ADN
chromosomique, capable de réplication autonome et non essentielle à la survie
de la cellule.
- Les gènes de plasmides sont donc non-nécessaires mais avantageux pour la
bactérie. Ils confèrent à ce dernier, des caractéristiques sélectives telles que des
résistances aux antibiotiques, aux métaux lourds ou des facteurs de virulence.
Les plasmides sont généralement circulaires (E coli). Ils se trouvent quasi-
exclusivement dans les bactéries.
-Plusieurs plasmides différents peuvent coexister dans une même cellule
sous condition de leur compatibilité mutuelle. Certains plasmides sont capables
de s'intégrer aux chromosomes ; on les appelle des épisomes.
- Le nucléoϊde
-Le matériel génétique des procaryotes n’est pas protégé dans un noyau comme
chez les eucaryotes.
-Un couplage entre la transcription et la traduction et élimination d’une étape
potentielle de régulation de l’expression de l’information génétique.
-Associées à l’ADN, des protéines forment une structure qui ressemble à la
chromatine (en particulier chez certaines espèces d’Archaebactéries,il existe des
protéines similaire aux histones qui forment des nucléosomes).
-Néanmoins, la structure des chromosomes bactériens n’est en rien, par sa
complexité, comparable aux chromosomes Eucaryotes.
-La taille de leurs génomes varie de 600kb à 10Mb, et ils ne comportent pas
d’introns ou de séquences répétées.
- Les gènes sont regroupés en opéron (unité d’ADN fonctionnelle regroupant des
gènes sous contrôle d’un signal moléculaire régulateur), ce qui facilite la génération
de messagers polycistroniques.
Organisation des gènes chez les procaryotes
- La séquence du milieu des gènes procaryotiques a montré qu’ils sont formés de régions
codantes continues .
Gènes monocistroniques chez les procaryotes (gènes codant pour une seule protéine)
Unité de transcription=une seule séquence codante
Gènes polycistroniques chez les procaryotes (gènes codant pour plusieurs protéines)
- Dans ce cas , l’organisation d’un gène chez les procaryotes est caractérisé par
l’existence d’un groupe de gènes de structure sous le contrôle de la même région
régulatrice: le tout forme une structure en opéron (régulée par le même promoteur).
- Chez les bactéries, les gènes dits de structure qui codent pour des protéines
particulières à un même processus biologique, sont regroupés sur un segment du
chromosome.
- Ils sont associés à un gène régulateur et à une séquence de DNA
régulatrice appelée site opérateur, formant un opéron. Le gène régulateur code
pour une protéine répresseur qui se fixe sur le site opérateur ce qui empêche la
transcription du gène de structure.
- Un opéron peut contenir jusqu'à vingt où même d’avantage de gène. Ainsi chez
les Procaryotes, nombreux sont les ARNm polygéniques ou polycistroniques
(codent pour plusieurs protéines différentes).
Régulation de l’expression chez les procaryotes
-La régulation de l’expression des gènes est importante:
-La cellule doit posséder le moyen de mettre en route ou d’arréter l’expression de chaque
gène ou groupe de gènes
- La cellule doit être capable de reconnaitre les situations d’activation ou de répression des
gènes.
Exemple 1: Opéron lactose
- L'opéron lactose, ou opéron lac est un opéron nécessaire au transport et au
métabolisme du lactose chez Escherichia coli, ainsi que d'autres bactéries de la flore
intestinale. L'opéron lactose est composé de trois gènes structurales : lacZ, lacYet lacA.
- L'opéron est constitué de :
•3 gènes de structure :
• lacZ codant la β-galactosidase (constitué de 3 072 paires de bases) qui hydrolyse le lactose en glucose et
galactose ;
• lacY codant la β-galactoside perméase (1 251 pb), protéine membranaire qui permet la pénétration des β-
galactosides contre un gradient de concentration ;
• lacA codant la β-thiogalactoside acétyltransférase (609 pb) permettant à la cellule d'utiliser les thiogalactosides.
Seuls lacZ et lacY semblent nécessaires au catabolisme du lactose.
•2 sites de contrôle :
• p le promoteur où se fixe l'ARN polymérase ;
• o l'opérateur non codant sur lequel peut se fixer la forme active du répresseur empêchant l'action de l'ARN
polymérase : il contrôle les 3 gènes z, y et a.
•une séquence terminatrice.
En amont de cet opéron l'on trouve aussi un gène régulateur :
•lacI codant le répresseur dont la forme active se place au niveau du site opérateur o et dont la complexation avec
l'allolactose (produit secondaire de dégradation du lactose par la β-galactosidase) change sa conformation (il ne peut
plus se fixer au site o).
-Dans son environnement naturel, l'opéron lac permet la digestion efficace du
lactose. La cellule peut utiliser le lactose comme source d'énergie en produisant
l'enzyme β-galactosidase et ainsi digérer le lactose en glucose et en galactose.
-Toutefois, la production de l'enzyme est inutile quand le lactose n'est pas
disponible, ou s'il y a une source d'énergie plus facilement exploitable de disponible
comme le glucose.
- L'opéron lac utilise un mécanisme de contrôle en deux parties qui font que la
cellule ne dépense d'énergie pour produire les 3 protéines que lorsque c'est
nécessaire.
- Ce contrôle est assuré par :
-le répresseur lac, dont il inhibe la production en l'absence de lactose,
-la protéine activatrice des catabolites(CAP), dont il active la production en l'absence
de glucose.
-Ce mécanisme à double contrôle entraîne l'utilisation séquentielle de glucose et le
lactose en deux phases distinctes de croissance, connue sous le nom diauxie.
1- Réponse au lactose
-Le premier mécanisme de contrôle est la réponse régulatrice au lactose, se base sur
la synthèse du répresseur lactose ( stopper la production de β-galactosidase en
l'absence de lactose). Le gène régulateur lacI codant pour le répresseur se trouve à
proximité de l'opéron lac , son activité est inhibée en présence de lactose.
En cas d’absence du lactose, le répresseur se lie très étroitement à une courte
séquence d'ADN juste en aval du promoteur au début de lacZ appelée opérateur lac
(o), une séquence non codante complémentaire au répresseur. La liaison du
répresseur à l'opérateur interfère avec la liaison d'ARN polymérase au promoteur p,
et donc l'ARNm codant pour lacZ et lacY est très peu transcrit : le métabolisme du
lactose n'est pas possible.
En cas de présence du lactose
, le lactose du milieu extérieur pénètre et est transformé en allolactose, un isomère du
lactose. Il se lie au répresseur, provoquant un changement dans sa forme, formant un
complexe incapable de se fixer sur le site o opérateur. L'ARN polymérase peut alors
transcrire normalement les gènes de structure lac. Les enzymes nécessaires au métabolisme
du lactose sont synthétisées
2- Réponse au glucose
Inhibition de l’induction du système lactose par le glucose
-Il ya un mécanisme de régulation supplémentaire au niveau de l’opéron
lactose qui permet à la cellule d’utiliser préferentiellement les enzymes
qui permettent le transport et le métabolisme du glucose.
-La cellule se sert de la machinerie métabolique existante pour utiliser
tout le glucose disponible avant d’envisager d’installer une nouvelle
machinerie permettant d’utiliser le lactose.
- La production de l’inducteur est favorisée par un faible taux de
glucose par rapport au taux de lactose dans le milieu de culture.
Le glucose réprime la synthèse de βgal
Glucose
ATP cAMP CAP
cAMP
CAP
En absence de glucose: augmentation du taux d’AMPc qui forme un complexe
avec la protéine CAP et active ainsi l’opéron lactose.
En présence de glucose: baisse du taux d’AMPc: empêche l’activation de CAP
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-Le second mécanisme de contrôle est une réponse au glucose, qui utilise la protéine
activatrice des catabolites (CAP), pour augmenter considérablement la production de
β-galactosidase en absence de glucose.
-L'adénosine monophosphate cyclique (AMPc) est une molécule signal dont la
prévalence est inversement proportionnelle à celle du glucose. Il se lie à la CAP
(connue aussi sous le nom de CRP pour AMP Cyclique Receptor Protein), qui permet
à son tour au complexe formé de se lier au site de liaison CAP (une séquence d'ADN
de 16 paires de bases en amont du promoteur), qui aide l'ARN polymérase à se lier à
l'ADN.
En absence de glucose, la concentration d'AMPc est élevée et la liaison de CAP-
AMPc à l'ADN augmente de manière significative la production de β-galactosidase,
permettant à la cellule d'hydrolyser le lactose et de libérer le galactose et le glucose.
Site de fixation du complexe
CAP-cAMP sur le promoteur
GTGAGTTAGCTCAC
CACTCAATCGAGTG
Promoteur
lacI lac
Site CAP
Z
Fixation RNA-polymérase
Fixation répresseur
Exemple 2: Opéron arabinose
L’opéron arabinose est constitué de:
3 gènes structuraux:
araA: code pour L-arabinose isomerase (EC:[Link]) qui catalyse la réaction: L-arabinose ⇌ L-ribulose
araB: code pour ribulokinase (EC:[Link]) qui catalyse la réaction: ATP + L(ou D)-ribulose ⇌ ADP + L(ou
D)-ribulose 5-phosphate
araD: code pour L-ribulose-5-phosphate 4-epimerase (EC:[Link]) qui catalyse la réaction: L-ribulose 5-
phosphate ⇌ D-xylulose 5-phosphate
Promoteur pBAD: site de fixation de l’ADN polymérase pour la transcription des gènes araB, araA et araD
Promoteur pC: site de fixation de l’ADN polymérase pour la transcription du gène araC
Gène régulateur:
araC: code pour la protéine régulatrice araC possédant un domaine de liaison de l’arabinose. La protéine
araC est impliquée dans la régulation positive et négative de l’opéron ara.
3 séquences régulatrices auxquelles se lie la protéine araC:
araO1: Site de liaison de la protéine araC pour inhiber sa propre transcription par le promoteur pC.
araO2: Site de liaison de la protéine araC qui, en absence d’arabinose, va permettre l’inhibition de la
transcription par le promoteur pBAD en formant un complexe avec la protéine araC liée au site avaI.
araI: Site de liaison de la protéine araC qui, en absence d’arabinose, va permettre l’inhibition de la
transcription par le promoteur pBAD en formant un complexe avec la protéine araC liée au site araO2
Régulation négative
Lorsque l’arabinose est absent, la protéine araC va agir comme répresseur. La liaison de la
protéine araC au site araO2 et araI 1 va permettre la répression de l’opéron et inhiber la
transcription des gènes araB, araA et araD. Une interaction entre les deux molécules d’AraC
est responsable de cette inhibition puisqu’elle va engendrer une courbure de l’ADN,
empêchant la fixation de l’ADN polymérase au promoteur pBAD. En absence d’arabinose,
AraC agit donc comme répresseur et inhibe la transcription des gènes de l’opéron.
Régulation positive
Lorsque l’arabinose est présent, la protéine AraC agit comme activateur de l’opéron ara
pour cataboliser l’arabinose en xylulose-5-phosphate. Les protéines AraC possèdent un
domaine de liaison de l’arabinose. Ainsi, lorsque l’arabinose est présent, celui-ci va se
lier à son domaine de liaison sur les protéines AraC fixées aux séquences régulatrices.
Le complexe araC-arabinose formé au site araI va stimuler la transcription des gènes.
Les complexes araC-arabinose formés aux sites araI vont quant à eux empêcher
l’interaction entre les deux protéines araC et par le fait même, empêcher l’ADN de se
recourber sur lui-même. L’ADN polymérase peut alors se lier au promoteur pBAD et
effectuer la transcription des gènes araB, araA et araD. En présence d’arabinose, AraC
agit donc comme activateur de la transcription des gènes de l’opéron.
Comparaison entre les opérons Lac et ara
Trois différences importantes existent entre les opérons lac et ara:
1- La protéine Ara C peut fonctionner à la fois comme répresseur et activateur pour l’expression
2- La protéine Ara C régule également sa propre synthèse , réprimant sa propre transcription
3- L’opéron ara constitue un exemple bien particulier du fait de la formation d’une boucle
dans l’ADN.
Exemple 3: Opéron Tryptophane
-L’opéron Lac est l’exemple d’un système ou la synthèse d’une enzyme est induite en
présence de son substrat. Il existe aussi des systèmes répressibles dans lesquels un
excès de produit mène à l‘arrét de la production des enzymes qui participent à sa
synthèse exp: l’opéron tryptophane
Un exemple couramment cité est celui de l’opéron tryptophane, qui code pour 5
gènes impliqués dans la biosynthèse du tryptophane. En amont de cet opéron se
trouve une séquence codant un répresseur.
-Le tryptophane (qui est un corépresseur) se fixe au répresseur, ce qui l’active et lui
permet de réprimer la transcription des gènes impliqués dans sa biosynthèse.
- En absence de tryptophane, les gènes sont activés et la cellule synthétise alors son
propre tryptophane.
L’opéron tryptophane est donc un opéron répressible.
Régulation de l’opéron Trp ([Link])
-Deux mécanismes sont mis en oeuvre:
1- Interaction répresseur-opérateur
2- Terminaison de la transcription.
Contrôle au niveau de l’initiation de la transcription
Contrôle au niveau de l’initiation de la transcription par le
répresseur TrpR
Régulation par le mécanisme d’atténuation
- L’analyse fine de la séquence de l’opéron tryptophane a révélé
l’existence d’un niveau de contrôle supplémentaire qui se superpose à
l’intéraction (répresseur-co-répresseur-opérateur)
-Le contrôle se fait par atténuation dans lequel une conformation
favorise la terminaison de la transcription et une autre conformation
favorise plutôt l’élongation.
- La transcription de l’opéron peut s’arrêter
précocément après la synthèse d’une séquence leader
qui précède les régions codant pour trpEDBCA:
mécanisme d’atténuation
-La séquence Leader atténuateur constitue la base d’un mécanisme de régulation sensible
à la [tryp].
-La transcription de l’opéron tryp débute par 160 pb (région leader atténuateur).
-Cette région leader est formée par 4 parties contenant des bases complémentaires pouvant
s’apparier pour former des structures en épingles à cheveux.
(pause, anti terminaison et terminaison)
- Chez les procaryotes la traduction et la transcription sont couplées : la traduction de la seq
1 (polypeptide de 14 Aas contenant deux résidus tryptophane) jouant un rôle déterminant
dans le processus.
Si la [tryp] est faible:
-Le ribosome s’arrete dans le seg 1 au niveau des deux codon tryp (UGG) ( l’ARNT chargé
de tryptophane n’est pas suffisant)
-Pas d’appariement des segments 1 et2 , appariement des segments 2 et 3 ce qui empeche
l’appariement des segments 3 et 4 pas de formation de terminateur
-Si la [tryp] est grande:
-Le ribosome traduit la région leader sans s’arreter au niveau des codons tryp et
atteint le segment E (pas d’appariement entre le segment 3 et E) mais appariement
entre segment 3 et4 ce qui permettera la formation du terminateur et empêcher
le poursuit de la transcription au niveau des gènes de structure de l’opéron trp.
Le modèle d’atténuation
Peptide leader avec 2 codons trp
En présence de trp:
• Passage du ribosome
• Formation d’une structure
terminatrice
•Blocage transcription
En absence de trp:
• Blocage du ribosome
• Formation d’une structure
anti-terminatrice
•Poursuite de la transcription
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trp trp
