COURS DE VIROLOGIE
2024
Structure et classification des
virus
Dr El Kochri Safae
Pharmacien-Biologiste au Laboratoire de Virologie
de l’Hopital d’Instruction Mohammed V-Rabat
1
Objectifs du cours
• Définir un virus.
• Citer les particularités des virus dans le monde du vivant
(bactéries, parasites).
• Décrire la structure générale d’un virus.
• Citer les critères de classification des virus.
2
Plan du cours
I. Introduction
II. Définitions
III. Structure des virus
IV. Taxonomie et classification virale
V. conclusion
3
Introduction
Virus
?
▪ Agents infectieux de petite taille nm
▪ Parasite des eucaryotes et des procaryotes
▪ Tous les être vivants sont les hôtes d’un ou
plusieurs virus
▪ L’homme héberge de nombreux virus
▪ On ne connait que les espèces les plus
pathogènes
▪ Chaque année un nouveau virus est découvert 4
4
Introduction
▪ Pouvoir pathogène très variable:
▪ La majorité des infections virales sont
asymptomatiques ou bénignes
▪ Parfois;
▪ Infections graves voir mortelles
▪ Infections chroniques avec des complications au long
cours
▪ Latence virale et persistance dans l’organisme à vie
après la primo-infection
▪ Oncogenèse
5
5
Introduction
Virus et histoire de
l’homme:
▪ Description de la
poliomyélite à
l’époque des
pharaons d’Egypte
6
6
Introduction
◾ Virus et
histoire de
l’homme:
▪ Variole et variolisation:
▪ La variole:
▪ Epidémie avec 30% de
décès et des cicatrices
indélébiles pour les
survivants
▪ La variolisation 11ème
siècle:
▪ Technique empirique qui
assure un degrés de
protection satisfaisant
contre la variole
▪ Pratiquée depuis plusieurs 7
siècles par les Chinois et les 7
Introduction
Virus et premières expérimentations
:
▪ Travaux de Pasteur:
▪1885: Vaccin contre le virus de la
rage
▪Agent infectieux qualifié à l’époque
d’ultravirus
▪Virus≈ Poison
▪Micro-organismes non cultivables in-
vitro 8
8
Introduction
Virus et premières
découvertes :
● 1892 Mosaïque du
▪ Description d’une
tabac infection des plantes
par un ultravirus:
▪ Virus de la mosaïque de Tabac
🞂 189 Fièvre
8 aphteuse VMT
🞂 190 Fièvre jaune ▪ Description des premiers
2
virus:
🞂 191 Sarcome de ▪ Animal: virus de fièvre aphteuse
1 Rous
▪ Humain: virus de la fièvre jaune
🞂 191 Bactériophag ▪ Description de l’association
5 e
ultravirus et cancers: 9
▪ Peyton Rous, Virus du sarcome de 9
Introduction
▪Virus et
évolutions
technologiq
ues :
▪ 1939;
Microscope
électronique
▪ Virus se voit; étude
de la morphologie
virale 10
1
Introduction
▪Virus et
évolutions
technologiqu
es
▪ 1950; :
Culture cellulaire
▪ Le virus se cultivent in vitro;
obtention des particules virales après
la culture cellulaire
▪ Culture Poliovirus en 1949, les virus
ont été photographiés et leur
structure était élucidée
11
1
Introduction
▪Virus et évolutions
technologiques :
▪ 1957: Définition de Lwoff
▪ et compréhension de l’interaction virus et cellule hôte
▪ Développement de la biologie
moléculaire:
PCR et séquençage+++
▪ Etude des génomes viraux
▪ Identification des virus non ou difficilement cultivable 12
1
Plan du cours
I. Introduction
II. Définitions
III. Structure des virus
IV. Taxonomie et classification virale
V. conclusion
13
II -Définitions
Virus:
▪ « Virus sont des virus » A.Lwoff
▪ par opposition aux bactéries, champignons et
parasites
- Un virus est une entité biologique
-Son génome est un élément d’acide
nucléique (ADN ou ARN)
-Sa reproduction se fait dans des cellules
vivantes en utilisant leur appareil de
synthèse.
-Ce sont des parasites cellulaires
absolus.
14
Virus; Par opposition aux
cellules
▪ Simplicité procaryotes et
eucaryotes
structurale:
▪ Association:
▪ Eléments constants:
▪ Génome: UN type d’acide nucléique
▪ (ADN ou ARN)
Capside protéique Nucléocapsi
de
▪ Eléments inconstants:
▪ Enveloppe virale ; membrane
lipidique
▪ Autres; matrice et téguments
15
Majorité des bactéries
visibles au Microscope
optique
◾ Particule de petite Taille > 1 µm
taille:
▪ 20 à 300 nm: Microscope
électronique
16
▪ Parasites intracellulaire obligatoire et
absolu:
▪ Incapable de se répliquer en dehors d’une
cellule hôte
▪Absence des enzymes du métabolisme
énergétique et de biosynthèse
▪ Réplication par la cellule hôte à partir
du matériel génétique virale
▪ Génome virale assure et contrôle la réplication
virale
▪ Détournement du métabolisme cellulaire
de la cellule hôte pour leur réplication
un message REPRODUIS
Un virus ≈ programme
EZ-
simple
génétique, MOI !
17
Présence d’une ou plusieurs
protéines d’attachement:
▪ Reconnaissance récepteur cellule
cible
▪ Interaction indispensable pour
l’expression du
pouvoir pathogène du virus in vivo
18
Virion
: Virus et virion
Un virus est un organisme avec deux
phases
Cellule
infectée
19
Plan du cours
I. Introduction
II. Définitions
III. Structure des virus
IV. Taxonomie et classification virale
V. conclusion
20
Virus
Virus enveloppés
nus
21
La nature du génome;
▪Première dichotomie de la
classification des virus
▪ Génomes à
Génome très
ARN compacte
▪ Génomes à
▪ Génome
ADN linéaire
▪ Génome circulaire
▪ Génome monocaténaire
▪ Génome bicaténaire
▪ Génome segmenté
22
Génomes à ARN +++:
▪ Simple brin ou monocaténaire +++:
▪ Polarité positive: ARN +
▪ de même polarité que les ARN messagers:
▪Lus directement dès leur entrée dans la cellule, traduit
en protéine et sont directement infectieux
23
Génomes à ARN:
▪ Simple brin ou monocaténaire +++:
▪ Polarité négative: ARN -
▪ Doivent être transcris en ARN + pour que la synthèse
protéique se fasse
▪ Doivent obligatoirement être accompagné d’une
polymérase virale qui est présente dans la particule
virale Génome virus de la
rage
▪ Deux brins ou
bicaténaire,
▪ Rares (Reoviridae;
rotavirus) 24
Génomes à ARN:
▪ Caractéristiques des génomes à
ARN:
▪ Petite taille:
🢝 7 kb pour les Picornaviridae à 30 kb pour les
Coronaviridae
▪ Fragilité
🢝 surtout monocaténaire
▪ Fréquence élevée des mutations
▪ Parfois segmentés (Orthomyxoviridae)
25
Génomes à ADN:
▪ Bicaténaire +++
▪ VHB: Génome partiellement bicaténaire
▪ Monocaténaire (rare)
◾ Peuvent être:
▪ Linéaire
▪ Circulaire
◾ Taille très variable, et capacité de codage
différente:
▪ 3,2 kb pour le virus de l’hépatite B (4 gènes)
▪ 235 kb pour le Cytomégalovirus (>80 gènes
pour l’HSV)
◾ Présence de protéines basiques liées 26
Structure de Polarité Segment Exemple
l’acide é
nucléique
Sb + Picornaviridae
Non
Sb, circulaire - Virus de l’hépatite
Delta
ARN
Sb - Virus de la rage
Sb - Orthomyxoviridae
Oui
Db Reoviridae
Sb, linéaire +/- Parvoviridae
Db, linéaire Herpesviridae
Non
ADN Db, circulaire Papillomaviridae
Parcielleme Virus de l’hépatite B
nt Db,
27
circulaire
Sb: simple brin, Db: double brin
Capside:
▪ Etymologie grec:
▪ Capsa : boite
▪ Coque protéique rigide et résistante
Capsomère:
▪ Unité morphologique de la capside
▪ Constitué de l’assemblage d’unités
protéiques identique ou différentes
(protomère).
28
Rôles de la capside:
▪ Protection du génome virale du milieu
extérieur en
l’enfermant dans une nucléocapside
▪ Nucléocapside: Structure résultant de
l’association des protéines de la capside
avec le génome viral
▪ Attachement des virus nus au récepteur
cellulaire
29
-Deux principaux type de
symétrie :
▪ Capside tubulaire à symétrie
hélicoïdale
▪ Capside icosaédrique à symétrie
cubique
-La nature de la capside est un
élément de classification des 30
- ARN enroulé en hélice
entre 2 rangées
d’unités de structure
protéique identiques
- Affinité génome pour les
unités de structure
protéique:
▪ Responsable de
l’assemblage de la
capside dans sa forme
définitive:
▪ Fixation de quelques unités de
structure à une extrémité du
génome
▪ Empilement en hélice des
unités suivantes
31
▪ Le génome sert de
Icosaèdre:
▪ Polyèdre régulier:
▪ Douze sommets
▪ 30 arrêtes
▪ 20 Faces
▪Triangles
équilatéraux
◾ Les unités de
structure protéique
de la capside se
rassemble en
capsomères de 5
ou 6 sous-unités:
▪ Hexons: sur les faces 32
Icosaèdre
▪ Structure résistante;
▪ construction de
dôme en
architecture
▪ Ballon de football
▪20 pièces
blanches:
hexagonales:
correspondants
aux 20 faces
triangulaires de l’
icosaèdre 33
Enveloppe virale:
▪ Membrane cellulaire remaniée par
l’insertion de spicules virales
▪ Acquise par les virus enveloppés au
moment de la phase de libération
Constitutive de certains virus
▪ Virus enveloppé par opposition aux
virus nus
Critère de classification des virus
34
Dérive par
bourgeonnement de
la cellule hôte:
▪ La membrane cytoplasmique:
▪ HIV, virus de la rage
▪ Les membranes nucléaires :
▪ Herpesviridae (lors des
étapes précoces de la
morphogénèse)
▪ Membranes intra-cytoplasmique, 35
appareil de Golgi, Réticulum
L’enveloppe virale est
constituée de:
▪ Bicouche lipidique de la
membrane de la cellule hôte
▪ Glycoprotéines virales ou
spicules:
▪ Pouvoir infectieux:
Attachement aux récepteurs
cellulaires
▪ Pouvoir antigénique: Ag de 36
Conséquences de la présence de l’enveloppe
virale +++ :
▪ Talon d’ Achille des virus enveloppés :
FRAGILITE.
▪ Sensible aux actions physico-chimiques, à
l’action des solvants des lipides (éther), aux
détergents et aux variations du pH, températures.
▪ Transmission virus enveloppés: Contacts rapprochés
directs
▪ Les virus nus sont plus résistants et peuvent se transmettre
directement
ou indirectement .
37
▪ Respect des conditions de prélèvements, d’
Présence pour certains virus
d’une couche protéique qui
tapisse la face interne de
l’enveloppe virale:
▪ Matrice:
▪ Protéine présente chez les
virus
enveloppés, qui double
l’enveloppe virale et assure
la forme de la particule
virale (HIV, grippe)
38
Protéines structurale:
▪ Elles participent à l’édification de la
particule virale:
▪ Protéines de la capside, glycoprotéines
d’enveloppe,
protéines de la matrice
Protéines non structurales:
▪ Enzymes virales:
▪ Polymérases, protéases …
▪ Protéines de régulation
▪ NB: Les protéines non structurales peuvent être
présente dans le virion ou le plus souvent sont 39
synthétisé lors du cycle de réplication et ne sont pas
HIV:
▪ Particularités:
▪ 2 molécules
d’ARN
identiques
(diploide)
▪ Capside
protéique
conique
tronquée
▪ Enveloppe
classique avec
présence de 40
Plan du cours
I. Introduction
II. Définitions
III. Structure des virus
IV. Taxonomie et classification virale
V. conclusion
41
Différentes classifications s’appuyant
essentiellement sur :
Critères phénotypiques:
▪ La nature de l’acide nucléique
▪ La structure du génome
▪ La morphologie de la capside virale
▪ La présence ou l’absence d’enveloppe
▪ La taille du virus et de la capside
▪ Autres critères:
▪ Nature de l’hôte (Mammifère, plante, bactérie …)
▪ Pouvoir infectieux et pathogène
42
Sou
Ordre Famille Genre Espece
famill
s-
e
Système hiérarchique des êtres vivants:
▪ Ordre: « virales »
▪ Regroupement des familles virale en fonction
des caractères fondamentaux
▪ Présence d’enveloppe, la structure du génome
et le mode de réplication
▪ Famille: « viridae »
▪ Groupe de virus présentant une morphologie
unique et une même stratégie de réplication
▪ Sous-famille « virinae » :
▪ Virus de propriétés biologiques communes
▪ ex Herpesviridae; Alpha, Betha et
Gammaherpesvirinae 43
Système hiérarchique des êtres vivants:
▪ Genre: « virus »
▪ Virus avec des caractères communs
▪ Affinité pour un type particulier de cellule
▪ Pouvoir pathogène proche
▪Ex Simplexvirus
▪ Espèce:
▪ Particularités antigéniques particulières
▪ Niche écologique spécifique
▪ Ex HSV 1 et 2
▪ Les souches qui constituent une espèce correspondent à
différents isolats de virus très proches mais qui peuvent
être différenciés par leur génotype ou sérotypes
44
45
La nature du matériel génétique
▪ Type de l’acide nucléique (ARN+ ou -, ADN db ou
sb...).
Le type de symétrie de la capside
▪ Cubique
▪ Hélicoïdale
Virus nu ou enveloppé
Les caractéristiques morphologiques du virion:
▪ Nombre de capsomères et le diamètre de la particule
virale pour
les virus à symétrie cubique.
▪ La longueur et l'épaisseur des nucléocapsides pour 46
les virus à symétrie hélicoïdale.
Classification de Baltimore
1971:
7 ▪ Type
groupes
nucléique
deacide
virus en chiffres VI
I
romains:
▪ Mono ou
bicaténaire
▪ Polarité
▪ Mode de
réplication
47
ARN MONOCATENAIRE
Hepeviridae
Hepevirus
48
ARN monocaténaire
49
Structure et classification des virus Pr Kabbaj H 2016-
ARN monocaténaire segmenté
50
5
ARN ARN monocaténaire ARN
monocaténaire diploide bicaténair
e
segmenté
51
Structure et classification des virus Pr Kabbaj H 2016- 5
ADN
ADN monocatén
bicaténaire aire
52
Structure et classification des virus Pr Kabbaj H 2016-2017 52
Conclusion
- Les virus susceptible d’infecter l’homme sont
nombreux et on découvre régulièrement de
nouveaux virus.
-Les virus sont des micro-organismes de
petite taille, parasites intracellulaire
absolus.
-Les virus possèdent deux ou trois
éléments structuraux:
▪ Un génome à ARN ou ADN
▪ Une capside protéique
▪ Une enveloppe pour certains virus
53
5
Conclusion
- Le génome virale:
▪ La nature du génome ARN ou ADN
▪ Première dichotomie de la classification des virus
▪ Compacte et de petite taille
▪ mais contient toutes les informations pour
assurer la réplication et prendre le contrôle de la
cellule hôte
▪ Les génome des virus à ARN sont plus petits /
virus à ADN
54
5
Conclusion
-La capside protège le génome en
formant la nucléocapside
▪ Polymérisation d’un nombre réduit d’espèces
protéiques
▪ On distingue:
▪ Capsides tubulaires
▪ Capsides icosaédrique
-L’enveloppe dérive des membranes de la cellule hôte
(sauf pour les poxvirus
▪ Fragilité aux virus enveloppés
▪ Relative résistance pour les virus nus
▪ Porte les glycoprotéines ou spicules virales
5
A virus is bad news surrounded
by proteins.
P. Medawar, Prix Nobel
1960
56
