Examen
cytobactériologique des
urines
Ibrehima Guindo, MCA
Pharm5, 2025
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Objectifs
1) Définir un examen cytobactériologique des urines
2) Faire la classification des bactéries responsables d’infections du
tractus urinaire
3) Décrire les conditions de prélèvement pour la réalisation d’un ECBU
4) Décrire les étapes de l’examen cytobactériologique des urines
5) Interpréter les résultats d’un examen cytobactériologique des urines
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Plan
Introduction
I. Rappels anatomique et physiopathologique
II. Prélèvement
III. Etapes de l’ECBU
Conclusion
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Introduction
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Définition
• ECBU
L’ensemble des techniques permettant une analyse quantitative des bactéries
présentes dans les urines (bactériurie) et des éléments cellulaires figurés
principalement les leucocytes (leucocyturies)
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Intérêt
• Épidémiologique : 2ème site d’infection bactérienne communautaire et
1er site d’infection nosocomiale
• Intérêt diagnostique : interprétation souvent difficile
• Intérêt thérapeutique : décision de traiter et choix du traitement à
faire selon le ou les pathogènes isolés
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I. Rappels anatomique et
physiopathologique
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I-1. Anatomie du système urinaire
Appareil urinaire 8
I-2. Physiopathologie
• Se fait presqu’exclusivement par voie ascendante (origine digestive)
• Appareil urinaire normalement stérile bien que s’ouvrant vers l’extérieur
• Contamination de l’urine par la partie distale colonisée par les
microorganismes
Digestive
Cutanée
Génitale
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I-2. Physiopathologie
I-2.1. ITU communautaires
• Contamination par voie ascendante
• Invasion de la vessie par la flore
Atteinte vésicale : cystite
• Invasion du rein ou de la prostate :
atteinte parenchymateuse et un syndrome infectieux
Pyélonéphrites et prostatites
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I-2. Physiopathologie
I-2.2. ITU nosocomiales
• Liées au sondage vésical : colonisation de la sonde
• Contamination par voie hématogène ou lymphatique
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I-2. Physiopathologie
I-2.3. Facteurs favorisants
Trouble du comportement mictionnel
Diabète déséquilibré
Anomalie organique ou fonctionnelle du tractus urinaire
Grossesse
Sexe féminin
Hygiène périnéale défectueuse
Sondage vésical
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II. Prélèvement
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II-1. Indications
• Suspicion
Cystite, pyélonéphrite et prostatite
• Signes
Brûlures et douleurs mictionnelles, pollakiurie (fréquence des mictions)
Miction impérieuse, dysurie, urines troubles
• Bilan systématique
Préopératoire
Patient diabétique
Bilan prénatal
Personne âgée
Porteur de sonde
Contrôle poste traitement
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II-1. Indications
• Infections « basses » : bas de l’appareil urinaire, vessie (cystite)
douleurs et brûlures à la miction
Pollakiurie (mictions fréquentes et peu abondantes)
• Infections « hautes » : haut de l’appareil urinaire, reins (néphrites et
pyélonéphrites)
douleurs lombaires
fièvre
vomissements.
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II-1. Indications
• Symptomatologie évocatrice d’une ITU
Dysurie
Pollakiurie
Douleurs lombaires
• Symptomatologie urinaire absente
Protéinurie
Hyperthermie isolée
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II-2. Conditions de prélèvement
• Avant tout antibiothérapie
• Le matin : 1ère miction
• Tout moment, 3 heures après abstention
• Aucun délai pour un porteur de sonde
• Quantité d’urine
Au moins 20-30 ml dans un pot stérile
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II-3. Types de prélèvement
• Prélèvement idéal : ponction vésicale sus-pubienne
Évite les contaminations de la flore
Technique trop invasive
• Voie naturelle : technique dite du «milieu de jet »
Sujet coopératif
Homme, femme, grand enfant
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II-4. Technique de prélèvement
• Hygiène : hygiène des mains et toilette de la région vulvaire (femme),
du méat (homme) au savon ou antiseptique
• Eliminer le 1er jet
• Recueillir l’urine du milieu du jet
• Chez la femme, écarter les lèvres de la vulve
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II-5. Autres prélèvements
• Enfant et nourrisson
Chez le patient sondé : clampage de la sonde et
ponction à l’aide d’une seringue après
désinfection
Chez le nourrisson : utilisation de poche adhésive
stérile
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II-5. Autres prélèvements
• Recherche de mycobactéries
Examen de seconde intention
doit être effectué sur la totalité de la première miction du matin après
restriction hydrique, la veille du prélèvement.
• Cathétérisme urétéral
Obtention d’urine provenant du rein gauche ou du rein droit
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II-6. Transport et conservation
• Transport
Acheminer dans l’heure qui suit
Transporter dans de la glace
Pour éviter la prolifération bactérienne
• Conservation
Conserver pendant 24h à +4°C (intégrité des
leucocytes compromise)
Dans l’acide borique (risque bactéricide,
diminution de la sensibilité la bandelette)
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Ne pas oublier
• Identification du patient: Nom, âge, sexe, autres informations
sociodémographiques
• Mode et heure de prélèvement
• Motifs de demande, autre maladie concomitante
• Antécédents d’infection du tractus urinaire
• Traitement Antibiotique éventuel
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III. Etapes de l’examen
cytobactériologique des urines
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III-1. Examen macroscopique
Couleur des urines
• Urines normales : jaunes ou claires
• Urines pathologiques :
• Hématiques
• Troubles
• Dépôts
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III.2. Utilisation de bandelettes
réactives
• Bactériurie (Nitrate réductase)
• Leucocyturie ( Leucocyte estérase)
• Protéines
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III.3. Examen microscopique
• Cytologie quantitative : cellule de Malassez
• Se fait sur les urines non centrifugées
• nombre de leucocytes 104/ml
• polynucléaires neutrophiles
• lymphocytes
• Cytologie quantitative : cellule de Kova, cellule de Malassez
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III.3. Examen microscopique
Cellule de Malassez Cellules de Kova 28
III.3. Examen microscopique
• Cytologie qualitative
Se fait sur un culot de centrifugation
Polynucléaires
Hématies
Cellules rénales
Cellules de la vessie (forme de raquette)
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III.3. Examen microscopique
• Cytologie qualitative
• Cristaux : ammoniaco-magnésien (couvercle de cercueil), oxalate de
calcium (forme d’enveloppe)
• Cylindres : physiologiques ou leucocytaires
• Autres
Parasites: Trichomonas, Œufs de Schistosoma haematobium
Levures
Spermatozoïdes
Etc. 30
III.3. Examen microscopique
• Cytologie qualitative
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III.3. Examen microscopique
• État frais
Mobilité des bactéries
Forme
Autres : levures, parasites, œufs
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III.3. Examen microscopique
• Coloration de Gram
Préparer à partir du culot de centrifugation un frottis sur une lame
Laisser sécher, fixer et colorer au Gram
Noter la présence des bactéries : morphologie, affinité tinctoriale,
regroupement, homogénéité ou hétérogénéité morphologique
(monomicrobienne ou polymicrobienne)
Choix orienté des milieux de culture, détecter une contamination
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III.4. Culture et dénombrement
• Milieux non chromogéniques
Non sélectifs : CLED, bromocresol
Milieu CLED
pourpre lactosé
Milieu sélectif : MacConkey, EMB
Milieu Uriselect 34
III.4. Culture et dénombrement
• Technique de l’anse calibrée (10µl)
Quantification de la bactériurie à partir d’un seuil de 102 UFC/ml d’urine.
Procédé
Homogénéiser l’urine;
Immerger l’anse calibrée dans l’urine en la tenant verticalement,
Déposer le contenu de l’oese à la surface de la gélose CLED
Faire un strie sur un rayon de la boîte
Faire (sans recharger l’oese) des stries perpendiculaires très serrées sur toute
la surface de la boîte 35
III.4. Culture et dénombrement
Ensemencement à l’oese calibrée
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III.4. Culture et dénombrement
• Incuber à 37°C pendant 24 heures
• Colonies présentes sur la moitié supérieure de
la boîte
• Comparer avec des figures de référence
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III.4. Culture et dénombrement
Image de référence pour le dénombrement
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III.5. Caractéristiques des colonies
• Milieu EMB
Inhibe la flore Gram positif
Favorise la croissance des entérobactéries à lactose positifs
Colonies
E. coli : violettes, semi-bombées, 2 à 3mm de diamètre avec reflet
métallique et centre sombre
Klebsiella : très bombées muqueuses, 4-6mm diamètre, centre
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marron, sans reflet
III.5. Caractéristiques des colonies
Milieu EMB
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III.5. Caractéristiques des colonies
• Milieu CLED (Cystine Lactose Electrolyte Déficient)
Absence d’électrolytes (pas de NaCl) : limite l’envahissement par les Proteus
Milieu un milieu non sélectif : Gram+ et Gram-
Colonies :
Lactose positif : jaunes
Lactose négatif : verte
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III.5. Caractéristiques des colonies
Colonies sur CLED (Cystine Lactose Electrolyte Déficient)
Germes Aspect des colonies
Escherichia coli Jaunes opaques, centre légèrement plus foncé
Klebsiella spp Jaunes ou bleuâtres, muqueuses
Proteus spp Bleues translucides
Pseudomonas aeruginosa Vertes surface mate avec des contours irréguliers
Staphylococcus aureus Jaunes foncées de couleur uniforme
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III.5. Caractéristiques des colonies
Milieu CLED (Cystine Lactose Electrolyte Déficient)
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III.5. Caractéristiques des colonies
• Milieux chromogéniques
• Activités recherchées :
Bêta-2-galatosidase : E. coli, Enterobacter, Serratia, Citrobacter, Enterococcus
tryptophane désaminase : Preteus, morganella, Providencia
• Uriselect
• Contient des substrats d’enzymes
• Bêta-D- Galactosidase, Bêta-D-Glucosidase, tryptophane Déaminase
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III.5. Caractéristiques des colonies
E. coli
Streptocoque D
Uriselect 45
III.6. Identification
Caractères biochimiques
• Sucres, peptides, oxydase
• Galeries miniaturisées
Galerie classique
• Api 20 E
• Api 20 NE
• Agglutination
• Staph Slidex
Galerie Api 20E 46
III.7. Interprétation
Groupe 1
• Pathogènes lorsqu’ils sont isolés
• Même en faible quantité : 103 UFC/ml
• Escherichia coli et Staphylococcus saprophyticus
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III.7. Interprétation
Groupe 2
• Habituellement impliquées dans les infections nosocomiales
• Facteurs anatomiques et iatrogènes favorisants
• Taux > 104 UFC/ml (femme), > 103 UFC/ml (homme)
• Il s’agit :
• Klebsiella, Proteus, Enterobacter, Serratia, Citrobacter,
• Pseudomonas aeruginosa
• Enterococcus, Staphylococcus aureus
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III.7. Interprétation
Groupe 3
• Niveau de bactériurie > 105 UFC/ml
• Bactéries à Gram positif
Streptococcus agalactiae, Stphylococcus à coagulase négative (autres que S.
saprophyticus),
• Bactéries à Gram négatif
Acinetobacter, Stenotrophomonas maltophila, Pseudomonas
• D’autres microorganismes : genre Candida 49
III.7. Interprétation
Groupe 4
• Espèces considérées comme contaminantes
• Appartenant à la flore urétrale ou génitale
• Lactobacilles, streptocoques alpha-hémolytique, Gardnerella vaginalis
• Prélèvement en ponction sus-pubienne seul permet d’évoquer leur rôle
pathogène
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III.8. Antibiogramme
• Recherche de la sensibilité des germes isolés
Bêtalactamines
Quinolones
Aminosides
Fosfomycine
• Alerter : bactéries multirésistantes
• Surveiller
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Conclusion
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Conclusion
• ECBU, un des examens les plus demandé en bactériologie
• Si sa réalisation est relativement plus facile, son
interprétation reste délicate.
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