Protéines
Structure et Propriétés
Laboratoire de Biochimie et
Biologie
Moléculaire
Les Protéines
Objectifs
1) Définir les structures des protéines.
2) Décrire les fonctions des protéines.
3) Déterminer le poids moléculaire
d’une protéine.
Les Protéines
Plan du cours
LES PROTEINES
I- Introduction
I-1 Généralités
I-2 Classification
II- Structure des protéines
Structure primaire
Structure secondaire
Structure tertiaire
Structure quaternaire
Les Protéines
Plan du cours
III- Fonctions des protéines
Structure
Mouvement
Transport
Récepteurs et transporteurs membranaires
Hormones
Immunité
Enzymes
IV- Propriétés des protéines
Protéines
I-1 Généralités
Polymères d’acides aminés (structure primaire de la
protéine)
Représentent 50% du poids sec de la plupart des
cellules
Assurent de nombreuses fonctions
Message pour leur fabrication est contenue dans le
génome
Seul le groupe latéral
(résidu) est spécifique à
chaque AA
Protéines
I-1 Généralités
Protéines = Enchaînement d’au moins 50 AA
PM ≥ 10 000
Etablissement de liaison peptidique
Séquence débute par l’extrémité Nterminale
et se termine par l’extrémité C terminale
Diversité des protéines du fait du nombre de
combinaisons possibles avec les 20 AA (5020)
Protéines
I-2 Classification
Classification repose sur trois critères
Leur constitution Deux groupes
-homoprotéines contenant seulement des
acides aminés
-hétéroprotéines, contenant en plus une
partie non protéique ou groupement
prostétique: nucléo-, lipo-, glyco-,
phospho-, hémo-, flavo-, métalo-protéines
Leurs fonctions biologiques
Leur conformation (Fibreuses, Globulaires)
Protéines
I-2 Classification
Protéines fibreuses
-Rôles de structure
-Structures secondaires simples et
répétitives (structures en hélice et
feuillet )
exemple : la kératine, le collagène (hélice
), la fibroïne de soie (feuillet )
Protéines globulaires
– Protéines biologiquement actives
– Structure tertiaire complexe avec
souvent plusieurs types d'interactions
secondaires dans la même chaîne
polypeptidique
Protéines
I-3 Structure
Protéines caractérisées par:
– Leur séquence d‘acides aminés
– Leur configuration ou structure dans
l‘espace :
• Structure primaire = Séquence des
acides aminés
• Structures secondaire et tertiaire : =
Structure tridimensionnelle de la chaîne
polypeptidique
• Structure quaternaire : Arrangement de
plusieurs chaînes polypeptidiques entre
elles
Protéines
I-3 Structure
Principales forces
responsables du
repliement de la chaîne
d’acides aminés
Protéines
I-3 Structure
Interactions nécessaires au repliement
de la chaîne d’AA
– Effets hydrophobes: regroupement des
radicaux hydrophobe au centre de la
molécule, molécules hydrophiles à la
périphérie au contact de l’eau
– Liaisons ioniques: Entre radicaux
ionisés positivement et ceux ionisés
négativement
– Liaisons hydrogènes (VDW)
– Ponts disulfures
Protéines
I-3 Structure
Structure primaire de la
protéine
1er acide aminé (Lysine)
Séquence en AA
détermine la structure
primaire de la protéine
129e acide aminé (Leucine)
Protéines
I-3 Structure
Structure secondaire de la
protéine
Interactions entre acides aminés du fait
des repliements conditionnent la structure
secondaire
Trois types de structures secondaires:
tour
helice α
feuillet β
Protéines
I-3 Structure
Structure secondaire de la
protéine
Trois types de structures secondaires:
tour
helice α
feuillet β
Le groupe coo- établit une liaison hydrogène
avec le groupe NH: tour
Protéines
I-3 Structure
Structure secondaire de la
protéine
Trois types de structures secondaires:
tour
helice α
feuillet β
Enroulement du squelette polypeptidique
en spirale stabilisée par des liaisons
hydrogènes
Partie transmembranaire des protéines
Protéines
I-3 Structure
Structure secondaire de la
protéine
Trois types de structures secondaires:
tour
helice α
feuillet β
Hélice α = Forme de spires régulières
avec:
– Pas de l’hélice ( Tour ) = 5,4 Å
– 3,6 résidus d’AA par tour de spire
– 1,5 Å de distance verticale entre 2
Pr est hélice alfa ell contient 320 AA
Kel est sa longueur?
- un tour: L: 5,4 et contient 3,6 AA
- L:? 320 AA
Protéines
I-3 Structure
Hélice Alpha influencée par les chaînes
latérales des AA constitutifs
AA Stabilisateurs: Leu, Cys, His, Tyr,
Phe, Mét, Ala, Asn, Gln, Val, Trp.
AA Déstabilisateurs: Ser, Ile, Thr, Glu,
Gly, Asp, Lys, Arg.
AA détruisant l’hélice alpha: Pro,
Hydroxy-Pro.
Poly Glu: fera t’elle l’hélice alfa oui ou non
pourquoi.?
pH 7 COOH au niveau de R s’ionise
négativement………NON………………..
pH 3 COOH au niveau du R ne s’ionise
pas………………OUI…………………….
pH 9 COOH au niveau de R s’ionise
négativement……..NON…………
Protéines
I-3 Structure
Structure secondaire de la
protéine
Trois types de structures
secondaires:
tour
helice α
feuillet β
(parallèle ou antiparallèle)
Forme de membrane plissée avec des
liaisons hydrogènes entre certains
segments disposés parallèlement les uns
par rapport aux autres.
Protéines
I-3 Structure
Structure secondaire de la protéine :
organisation en motifs
Motif: association de quelques éléments
de structure secondaire
Exemples rencontrés dans les facteurs de
transcription : hélice-tour-hélice
doigt de zinc
Protéines
I-3 Structure
Structure secondaire de la
protéine:
organisation en domaines
domaine: un ensemble de structures
secondaires, plus gros qu’un motif
Constitue souvent des régions
d’interactions avec d’autres molécules
Protéines
I-3 Structure
Structure tertiaire de la protéine
Structure tertiaire ou tridimensionnelle
des protéines
Conséquence d’interactions diverses
entre acides aminés de la même chaîne
mais non voisins dans la structure
primaire
Protéines
I-3 Structure
Structure tertiaire de la protéine
On y trouve les unes à côté des autres
toutes les formes de structure
secondaire:
Des zones en hélice alpha
Des zones en feuillet plissé
Des zones sans structure secondaire
particulière
Protéines
I-3 Structure
Structure quaternaire de la protéine
Conséquence d’interactions diverses
entre acides aminés de chaînes
peptidiques différentes
Chaque chaîne polypeptidique d’une
protéine à structure quaternaire est
appelée sous –unité
Exple: hémoglobine est constituée de deux
sous-unités α et de deux sous-unités β
Protéines
I-4 Fonctions
Fonction de structure: fibres
protéiques
Les protéines peuvent former des tubes
ou des filaments qui s'assemblent pour
former des structures très résistantes,
Elles forment des structures aussi
diverses : tendons et les ligaments, les
cornes, les poils et les plumes, les fibres
des caillots sanguins ou les membranes
donnant de la résistance à la plupart des
organes.
Exemple: le collagène et la kératine
Protéines
I-4 Fonctions
Fonction de structure: Le collagène
Le collagène,
protéine la plus
abondante de
l'organisme. Le
collagène est formé
de trois hélices α
reliées entre elles par
des ponts
dissulfures.
Le collagène forme la
peau (derme),les
tendons, les
Protéines
I-4 Fonctions
Fonction de structure:
La kératine
La kératine est semblable
au collagène.
La kératine forme Les
ongles, la couche cornée
de la peau, la corne des
animaux, les cheveux, les
poils etc
Protéines
I-4 Fonctions
Mouvement: L’actine et la myosine
Deux protéines
musculaires:
l’actine et la
myosine sont
responsables des
mouvements
contractils
Protéines
I-4 Fonctions
Transport: Transport de substances dans le sang
L'hémoglobine : transport de
l'oxygène dans le sang
La myoglobine : transport de
l'oxygène dans le muscle
L'albumine sérique : transport de gras
dans le sang
Protéines
I-4 Fonctions
Récepteurs et transporteurs
membranaires
Des protéines
canal servent de
récepteurs et de
transporteurs
membranaires à
beaucoup de
substances
chimiques.
Protéines
I-4 Fonctions
Les hormones
La plupart des hormones sont des protéines.
Ex : Insuline
Il existe des hormones stéroides
Protéines
I-4 Fonctions
Immunité
Les anticorps sont des protéines.
Ils assurent la défense de l'organisme
contre les cellules étrangères
Protéines
I-4 Fonctions
Enzymes
La plupart des réactions chimiques qui se
déroulent dans la cellule sont catalysées
par des protéines spéciales: les enzymes
ou catalyseurs.
Catalyseur = substance qui active une
réaction chimique
Protéines
I-5 Propriétés
Solubilité: Fonction de plusieurs facteurs
pH
Force ionique
Température
Propriété électrique du solvant
Modification de ces différents facteurs peut
entraîner une dénaturation de la protéine
Protéines
I-5 Propriétés
Dénaturation des protéines
– La chaleur: L'agitation thermique a pour
effet de briser les faibles liaisons
hydrogène reliant les radicaux de la
chaîne
– Un pH extrême: La plupart des
protéines se dénaturent en milieu trop
acide ou trop alcalin
– Un milieu très concentré en électrolytes
(ions)
Protéines
I-5 Propriétés
Poids moléculaire des protéines
Poids moléculaire minimum:
A partir du PM de l’élément qui figure
dans sa composition en proportion la
plus faible (ou grpmt prosthétique)
Exple: Si cet élément est x:
PMx X 100
PMmin = .
%x
Protéines
I-5 Propriétés
Poids moléculaire minimum Myoglobine
Elle contient 0,335% de Fe de PM 55,8
55,8 X 100
PMmin = . = 16700
0,335
Poids moléculaire minimum d’une Protéine
A
qui contient 0,2% de Tyr de PM 181
181 X 100
PMmin = . = 90500
0,2
Protéines
I-5 Propriétés
Poids moléculaire des protéines
Méthode de la pression osmotique
Chromatographie De Gel filtration
D’exclusion-diffusion
De Tamisage moléculaire
Protéines
I-5 Propriétés
Poids moléculaire des protéines
Chromatographie de Gel filtration
Tamisage inversé: Gel de Sephadex ou de
polyacrylamide
A l’élution:
Petites molécules retardées Sortent les
dernières
Grosses molécules exclues Sortent les premièr
Avantage: Fournit le PM approximatif d’une
protéine donnée
Protéines
I-5 Propriétés
Poids moléculaire des protéines
Chromatographie de Gel filtration
Exemple: Utilisation d’un gel Séphadex G180
Exclusion de toutes les protéines de PM > 180 000 Da
Protéines de PM ≤ 180 000 Da retardées
Identification par des étalons de PM connu
Avantage: Fournit le PM approximatif d’une
protéine donnée
