LSP semestre 4

Mycologie
Préparé par MAMOUN.
 Contenu de la matiére.
1/ Définition et notions
générales.
2/ Morphologie des
champinon.
3/ Les mycoses
rencontrées en Algérérie.
 La mycologie :
Est une discipline qui a pour but d’étudier les champignons
 Applications de la Mycologie
1.Santé : Étude des champignons pathogènes responsables de mycoses
humaines (ex. Candida albicans).

2.Agroalimentaire : Fabrication de pain, de bière et de fromage

grâce aux levures et moisissures.

3.Environnement : Utilisation des champignons dans la

bioremédiation pour décomposer les polluants.

4.Industrie pharmaceutique : Production d'antibiotiques

(pénicilline), ou d’antifongiques…
 Notions Clés Associées

- Mycose : Infection causée par des champignons. Exemples :

candidose, aspergillose, dermatophytose.
- Spores : Cellules reproductrices produites par les champignons
pour assurer leur propagation et leur survie.
- Hyphes : Filaments constitutifs des champignons filamenteux, qui
forment un réseau appelé mycélium.
- Mycélium : Ensemble des hyphes qui constitue la structure
principale d’un champignon.
- Saprophyte : Champignon qui se nourrit de matière organique
morte ou en décomposition.
 Les champignons :
Qu’est-ce qu’un champignon?

Les champignons sont des:

protistes supérieurs thallophytes non chlorophyllien.

Cellule eucaryote Absence de photosynthèse

Troisième règne Hétérotrophie absolue
(classification de Haeckel) Végétale pourvus d’un thalle
(ni tige, ni racine, ni fleures, ni feuille)
 Fungi / Mycete

Initialement Maintenant:
Les plants un régne propre

Les champignons : + de 60000 espéces

De puis 550 millions
d'années.
cinq Phyla
Chytridiomycètes
Zygomycètes sont des Multinucléés
Ascomycètes
Basidiomycètes
Deutéromycètes
 Macromycétes

micromycètes
 Classification des Champignons
Les champignons sont classés en fonction de leur morphologie, leur
cycle de vie et leurs modes de reproduction. Les principaux groupes
incluent :
•Zygomycètes : Rhizopus (moisissure du pain).
•Ascomycètes : Incluent les levures (Saccharomyces cerevisiae) et les
champignons filamenteux (Penicillium).
•Basidiomycètes : Champignons macromycètes comme les bolets et les
amanites.
•Chytridiomycètes : Champignons aquatiques, souvent parasites.
•Deutéromycètes (champignons imparfaits) : Regroupent des
champignons dont la reproduction sexuée n'a pas été observée.
 Caractéristiques des Champignons
•Eucaryotes
•Hétérotrophes
•Paroi cellulaire rigide
•Reproduction : Sexuée, asexuée ou les deux,
•Morphologie variée : De la forme unicellulaire (levures) à des
organismes multicellulaires complexes (champignons macroscopiques).
 Rôles des Champignons dans la Nature
•Décomposeurs : Ils jouent un rôle crucial dans le recyclage des
nutriments en décomposant la matière organique.
•Symbiotiques : Association bénéfique avec d'autres organismes,
comme les mycorhizes (association avec les racines des plantes).
•Pathogènes : Certains champignons sont responsables de maladies chez
les plantes (ex. rouille) ou chez les animaux, y compris l'homme
(mycoses).
•Applications industrielles : Production d'antibiotiques (ex. pénicilline),
d'enzymes, ou dans la fermentation (ex. levure pour le pain et la bière).
Structure cellulaire
des champignons:
 Structure cellulaire
Deux formes structurales existent chez les champignons:
la forme unicellulaire (cellules de levure)

forme de filaments.
Les filaments individuels = appelés hyphes.
Collectivement les hyphes = appelés mycélium.
 •Paroi cellulaire :
•Composée de chitine (différente de la cellulose des plantes).
•Rigide, protège contre les chocs, donne la forme définitive.
•Présence de nanopores (1-10 nm) pour les échanges (respiration, ions,
molécules).
•Membrane cellulaire :
•Spiralée (lomasomes), augmente la surface d'échange.
•Encadre le cytoplasme avec des organites eucaryotes (noyau, Golgi,
réticulum, etc.).
 Appareil végétatif (mycélium)
Types de mycélium :
1-Unicellulaire : Une seule cellule (immobile comme les
levures, ou mobile avec des flagelles comme les zoospores).

2-Filamenteux : Rangées de cellules soudées, formant des

hyphes, avec trois structures principales :
Cellulaire (septé) :
Filaments
cloisonnés (hyphes
individualisées).

Siphonné :
Filament sans
cloisons, contenant
une masse continue
de cytoplasme et de
noyaux.

Articulé :
Cloisonné avec
plusieurs noyaux par
cellule.
Croissance du mycélium filamenteux :

Ramifications :
Simples : Non ramifiées.
Ramifiées :
Formation de ramifications
primaires, secondaires, etc.,
lors de l'élongation.
Formes du mycélium :
Rampant : S'étend sur le substrat.
Aérien : Dressé avec des structures comme des rhizoïdes pour
se fixer.
 3-Thalle massif : Formé par

un agrégat cellulaire
(mycéliums unicellulaires
regroupés).

Stroma : Enchevêtrement
de filaments qui
enveloppent les organes
reproducteurs.
 Critères pour un bon milieu de culture
Nutriments adaptés : Source de carbone (glucose, saccharose) et
azote (peptone, extrait de levure).
pH optimal : Légèrement acide, entre 4 et 6, ce qui favorise les
champignons et inhibe la croissance bactérienne.
Texture : Solide (gélose) ou liquide selon le type d'étude.
Stérilité : Pour éviter les contaminations par d'autres
microorganismes.

Conditions de culture
Température : Généralement entre 20-30 °C, adaptée selon
l'espèce.
Humidité : Essentielle pour éviter le dessèchement du milieu.
Lumière : Peu nécessaire sauf pour certaines espèces
(sporulation).
 Types de milieux couramment utilisés
A. Milieux universels pour champignons
PDA (Potato Dextrose Agar) :Favorise la croissance générale des
champignons filamenteux et des levures.
MEA (Malt Extract Agar) :Utilisé pour les champignons
responsables de la détérioration des aliments.
B. Milieux spécifiques selon les besoins
Sabouraud Agar : Idéal pour les champignons pathogènes (ex.
levures comme Candida).
Czapek-Dox Agar : Convient aux champignons saprophytes
comme Aspergillus.
Milieu Corn Meal Agar (CMA) :Favorise la sporulation et
l'identification morphologique.
 Manipulation des champignons au
laboratoire
Voici les principales étapes et bonnes pratiques
1. Préparation du laboratoire
Matériel nécessaire :
Boîte de Pétri, milieux de culture
solides ou liquides (PDA, Sabouraud,
etc.).
Pipettes, flacons stériles, scalpel,
aiguilles microbiologiques.
Autoclave pour la stérilisation du
matériel.
Nettoyage : Désinfecter les surfaces avec
un produit fongicide (alcool 70 %, eau de
Javel diluée).
Zone stérile : Travailler sous une hotte à
flux laminaire pour éviter les
contaminations.
 2. Préparation des milieux de culture
Choix du milieu : Adapter le milieu (ex. PDA,
MEA, Sabouraud) selon l'espèce étudiée.
Stérilisation : Autoclaver les milieux avant leur
utilisation.
Versage : Couler les milieux dans des boîtes de Pétri
ou des tubes en conditions stériles.
3. Isolement des champignons
Prélevement :
Prélever des échantillons (sol, végétaux,
aliments, tissus infectés) avec des instruments
stériles.
Ensemencement :
Déposer les spores ou fragments de mycélium
sur le milieu solide à l’aide d’un scalpel ou d’une
boucle stérile.
 4. Incubation
Conditions :
Température : généralement 25-30 °C (selon l'espèce).
Durée : 3 à 14 jours, en fonction de la vitesse de croissance.
Contrôle : Vérifier régulièrement la croissance pour repérer des
contaminations ou anomalies.
5. Observation et identification
Observation macroscopique :
Examiner la morphologie des colonies (couleur, texture,
bordures).
Observation microscopique :
Préparer une lame avec du bleu de lactophénol pour observer les
hyphes, spores, ou autres structures.
Utiliser un microscope optique ou électronique selon le niveau
de détail nécessaire.
Test biochimique ou génétique :
En cas de besoin, réaliser des tests enzymatiques ou une analyse
ADN pour identifier l’espèce.
 6. Précautions de sécurité
Équipements de protection :
Porter des gants, une blouse et éventuellement un masque.
Manipulation sous hotte :
Les spores peuvent être aériennes et poser un risque
d’inhalation ou de contamination.
Élimination des déchets :
Désinfecter et autoclaver les milieux usagés avant de les
jeter.
Manipulation de pathogènes :
Travailler en laboratoire de confinement (niveau BSL-2 ou
BSL-3 selon le danger).
7. Conservation des champignons
À court terme :
Réfrigération à 4 °C sur un milieu de culture.
À long terme :
Lyophilisation ou conservation des spores dans de l’eau stérile.
 Reproduction
Les champignons réalisent deux modes de reproduction :
asexuée et sexuée.

1. Reproduction asexuée :
est le seul moyen pour que les
champignons puissent se multiplier
végétativement, par l’intermédiaire des
spores chez les Siphomycètes et les
conidies chez les Septomycètes.
 Chez les Siphomycètes (à mycélium siphonnée.)
Ils réalisent une reproduction asexuée par l’intermédiaire des
spores, produites par des sporocystes.
• Production de spores dans des sporocystes. Les spores
peuvent être immobiles (aplanospores) ou mobiles
(zoospores).
• Le sporocyste est une structure protectrice contenant des
spores, capable de résister à des conditions défavorables.
 Chez les Septomycètes
Les Septomycètes sont le groupe de champignons à mycélium
cloisonnée. Ils réalisent une reproduction asexuée par
l’intermédiaire des conidies, produites par des phialides qui sont
portées par un conidiophore.
• Production de conidies via des phialides. Les conidies sont des
aplanospores exogènes.
• Conidiophores : structures aériennes qui supportent les
phialides.

A. Conidie
C’est une aplanospore (imobile) exogène, produite par une cellule conidiogène appelée «
phialide », différenciée par la cellule terminale du mycélium cellulaire aérien appelé «
conidiophore ».
 Thallospores :
 Arthrospores : formées par fragmentation du mycélium.
 Blastospores : bourgeonnement de la cellule mère.
 Aleuriospores:
 Chlamydospores : structures résistantes riches en réserves.
2. Reproduction sexuée :
•Implique la fusion des gamètes mâles
et femelles ou des noyaux
sexuellement distincts.
•Chez les Siphomycètes :
 Reproduction par planogamie
(gamètes flagellés)
 ou thallogamie
(fusion de structures mycéliennes).
•Chez les Septomycètes :
 Trichogamie : formation de structures spécialisées pour la
fertilisation.
 Somatogamie : fusion de cellules somatiques.
 Formation des structures reproductrices spécifiques aux
Ascomycètes (asques) et Basidiomycètes (basides).
•Le règne des champignons (Fungi) est divisé en 5 grands
embranchements :
 Chytridiomycota (chytrides) : champignons aquatiques primitifs.
 Zygomycota : champignons à spores de conjugaison.
 Ascomycota : champignons à asques (sacs).
 Basidiomycota : champignons à basides (chapeaux).
 Glomeromycota : champignons mycorhiziens arbusculaires.
•Un sixième groupe informel, les Deuteromycota ou "champignons
imparfaits", regroupe les espèces ne présentant pas de cycle sexué connu.

Structure taxonomique des champignons

Les taxons sont désignés par des suffixes spécifiques :
•Phylum : -mycota.
•Classe : -mycetes.
•Ordre : -ales.
•Famille : -aceae.
 Description des principaux embranchements

Glomeromycota :
•Comprend environ 230 espèces vivant en association
symbiotique étroite avec les racines des plantes (mycorhizes
arbusculaires).
•Aucune reproduction sexuée observée.
•Les champignons aident les plantes à absorber les minéraux,
tandis que les plantes fournissent des glucides.
 Chytridiomycota :
•Considérés comme les champignons les plus primitifs.
•Principalement aquatiques, certains sont parasites d'autres
organismes.
•Possèdent des spores mobiles avec flagelles (zoospores).
 Zygomycota :
•Inclut des champignons à mycélium coénocytique (sans cloisons
transversales).
•Se reproduisent sexuellement via des zygospores.
•Exemples : Rhizopus (moisissure du pain).
 Ascomycota :
• Le plus grand phylum, avec des espèces multicellulaires et
unicellulaires (comme les levures).
• Produisent des asques contenant des ascospores lors de la
reproduction sexuée.
• Exemples : Penicillium, Saccharomyces (levures).
 Basidiomycota :
• Comprend les champignons à chapeau, les champignons
lignivores, et certains parasites.
• Produisent des basidiospores portées par des basides.
• Exemples : Agaricus (champignons de Paris), rouilles
 Aspect pathologique des champignons
Les champignons peuvent causer diverses maladies chez les
humains, les animaux et les plantes. Ces pathologies sont
classées selon leurs agents responsables (levures, moisissures) et
leur impact.

Il existe plus d’un millier d’espèces regroupées dans environ

4000 genres. Plus de 500 espèces ont été décrites comme
susceptibles d’être pathogènes pour l’Homme. Mais seule
une cinquantaine d’espèces sont régulièrement isolées de
prélèvements d’origine humaine.
 Les champignons impliqués en pathologie humaine
sont classés comme suite :
- champignons levuriformes (levures)
- champignons filamenteux
- champignons dimorphiques
- champignons divers.
On distingue trois principales voies de pénétration
des champignons dans l’organisme :
- voie cutanée pour les dermatophytes (teignes) .
- voie des muqueuses, pour les candidoses .
- voie pulmonaire, pour les aspergilloses.
Facteurs favorisants les mycoses :
•Facteurs intrinsèques (liés à l’hôte) : immunodépression,
maladies chroniques, altérations cutanées…
•Facteurs extrinsèques (iatrogènes) : traitements médicaux
prolongés (antibiotiques, immunosuppresseurs)…
 Mycoses humaines majeures :
A. Levures pathogènes :
•Candidoses (Candida spp.) :
  Superficielles : atteignent les muqueuses (candidose buccale,
vaginale) ou la peau (intertrigo, onyxis).
1. Candidoses des muqueuses
1.1. Candidoses oropharyngées
Les signes fonctionnels sont : douleurs, dysphagie, goût
métallique. Il existe trois formes cliniques :
- stomatite pseudomembraneuse ou muguet (la plus classique)
- stomatite érythémateuse atrophique : les lésions sont multifocales
(palais, dos de la langue).
- la stomatite des dentiers, ou "candidose des prothèses".
1.2. Candidoses digestives
La colonisation de la muqueuse
digestive par les Candida détermine
divers tableaux cliniques :
oesophagite (en particulier chez le
sidéen; avec ensemencement broncho-
pulmonaire), gastrite (notamment au
cours des traitements antibiotiques),
gastroentérite (du nourrisson),
cholécystite, entérocolite, rectite
(hémorragique), anite.
1.3. Candidoses génitales
La candidose génitale est une
infection fréquente,
principalement due à Candida
albicans (80 %) et Candida
glabrata (20 %).
 Chez la femme :
Elle survient surtout en période d'activité génitale, favorisée par les
antibiotiques, le diabète, la grossesse, ou l'immunodépression.
Symptômes : prurit, brûlures, leucorrhées blanchâtres grumeleuses,
érythème vulvaire, dyspareunie, et dysurie.
Chez l’homme :
Elle se manifeste par une balanite avec érythème, vésicules, plaques
blanchâtres, et parfois une extension au scrotum et aux plis
inguinaux.
Facteurs de risque : diabète et immunodépression.
Complications :
Infections ascendantes (urétrite, prostatite, cystite, etc.).
Traitement :
Antifongiques locaux ou systémiques, avec prise en charge des
facteurs favorisants.
2. Candidoses cutanées et unguéales
2.1. Intertrigos candidosiques

2.2. Onyxis candidosique

  Profondes : sont des infections graves causées par Candida
spp., particulièrement C. albicans. touchent des organes
internes (candidémies, infections rénales ou cérébrales).
Modes de dissémination :
Par voie sanguine (candidémie) ou à partir de dispositifs
médicaux.
Principaux tableaux cliniques :
Candidémie et septicémie :Fièvre, frissons, altération rapide de
l’état général, rash maculo-papuleux.
Localisations secondaires : reins, cœur, cerveau, poumons…
Facteurs favorisants :
Perturbations écologiques digestives, altérations muqueuses,
dispositifs médicaux contaminés.
Immunodépression, traitements cytolytiques.
Une prise en charge rapide et adaptée avec des antifongiques
systémiques est essentielle pour prévenir les complications graves.
•Cryptococcose (Cryptococcus neoformans) :
 Forme pulmonaire, neuro-méningée ou cutanée,
souvent liée à une immunodépression.
•Pityrosporoses (Malassezia spp.) :
 Pathologies superficielles comme le pityriasis
versicolor ou les folliculites.
Moisissures pathogènes :
•Aspergilloses (Aspergillus spp.) :
 Infections respiratoires (sinusites, aspergilloses
pulmonaires) pouvant évoluer en formes
invasives.
•Dermatophytoses (Trichophyton, Microsporum,
Epidermophyton) :
 Infections superficielles des ongles
(onychomycose), de la peau (herpès circiné,
teignes) ou du cuir chevelu.
 Principaux traitements antifongiques :
•Pour les candidoses oropharyngées, il faut alcaliniser la
muqueuse avec de l’eau bicarbonatée et appliquer un
antifongique de la famille des imidazolés :
•Chez les sujets immunodéprimés, il faut associer la Fluconazole
(Triflucan®) 100 à 200 mg par jour, pendant 15 jours.
•Pour la vulvo-vaginite candidosique, il faut alcaliniser la
muqueuse avec un savon alcalin et éviter les savons acides. Le
traitement local est en générale par les imidazolés en Aspect
crème ou en pommade et ovule une fois par jour, pendant 3 jours.
 Pathologies végétales causées par les champignons
1. Pathogènes majeurs :
A. Magnaporthe oryzae (pyriculariose du riz) :
•Maladie grave affectant le riz, causant des pertes agricoles
importantes, Contrôle par des fongicides ou des méthodes alternatives
(variétés résistantes, rotation des cultures).
B. Botrytis cinerea (pourriture grise) :
Affecte une grande variété de cultures (raisins, légumes).
Lutte : élimination des tissus infectés, traitement chimique.
C. Puccinia spp. (rouilles) :
Maladies fongiques touchant les céréales et autres plantes.
Stratégies de lutte : variétés résistantes, fongicides.
D. Fusarium graminearum et Fusarium oxysporum :
F. graminearum : cause des fusarioses du blé et du maïs.
F. oxysporum : induit des fusarioses vasculaires sur diverses cultures.
Méthodes de lutte : gestion intégrée, traitements fongicides,
techniques biologiques.
 Champignons responsables de toxicoses
1.Amanita phalloides (Amanite phalloïde, très toxique).
2.Amanita muscaria (Amanite tue-mouches,
hallucinogène/toxique).
3.Psilocybe spp. (Champignons hallucinogènes contenant de la
psilocybine).

Champignons utilisés en agroalimentaire ou recherche

1.Saccharomyces spp. (Levures)
•Saccharomyces cerevisiae (Panification, vinification, brasserie)
2.Penicillium spp. (Moisissures)
•Penicillium roqueforti (Fromages)
•Penicillium camemberti (Camembert)
3.Aspergillus oryzae (Fermentation industrielle)
 Les mycoses rencontrées en Algérérie
Les mycoses sont des infections fongiques qui peuvent affecter
différentes parties du corps. En Algérie, comme dans d'autres
régions au climat similaire, certaines mycoses sont plus
fréquentes en raison des facteurs climatiques (chaleur et
humidité) et des conditions de vie. Voici les types de mycoses
les plus courantes :
Dermatophytoses (teignes)
•Causées par : Des champignons dermatophytes comme
Trichophyton, Microsporum, et Epidermophyton.
•Zones affectées : Peau, cuir chevelu, ongles.
•Exemples courants :
 Teigne du cuir chevelu (fréquente chez les enfants).
 Pied d'athlète (intertrigo des orteils).
 Onychomycose (mycose des ongles).
 Candidoses
•Causées par : Le genre Candida, principalement Candida
albicans.
•Types :
 Candidose cutanée : Affecte les plis cutanés (aisselles,
entre les doigts, plis inguinaux).
 Candidose buccale : Commune chez les nourrissons, les
personnes âgées ou les patients immunodéprimés.
 Candidose vaginale : Fréquente chez les femmes,
notamment après l’utilisation d’antibiotiques ou en cas de
diabète.
Pityriasis versicolor
•Causée par : Malassezia furfur, un champignon lipophile.
•Caractéristiques :
 Apparition de taches hypopigmentées ou hyperpigmentées sur le
tronc, les épaules ou le cou.
 Plus fréquent dans les climats chauds et humides.
 Aspergilloses
•Causées par : Le genre Aspergillus, particulièrement Aspergillus
fumigatus.
•Formes cliniques :
 Aspergillose pulmonaire : Chez les patients
immunodéprimés ou ceux atteints de maladies pulmonaires
chroniques.
 Sinusite fongique : Peut toucher les sinus dans des
conditions de faible immunité.
 Facteurs de risque en Algérie :
•Climat chaud et humide favorisant la transpiration.
•Contact avec les animaux (vecteurs de dermatophytoses).
•Mauvaise hygiène ou promiscuité.
•Immunodépression (VIH, diabète, traitements
immunosuppresseurs).
•Utilisation abusive d'antibiotiques ou de corticostéroïdes.

Prévention et traitement :
•Hygiène : Garder la peau sèche, porter des vêtements en coton.
•Médicaments :
 Antifongiques locaux (crèmes, gels).
 Antifongiques systémiques (en cas d’infections étendues ou
profondes).
•Consultation médicale : Dès les premiers symptômes pour
éviter la chronicité ou les complications.