V.

Les bases de la réactivité des

biomolécules
1. Les effets électroniques

2. Réactifs et réactions
 2

REACTIFS ET REACTIONS
• Objectifs
 Savoir classer, interpréter et prévoir
les comportements moléculaires
• Pré requis
 Notion d’équation bilan d’une réaction
 liaison covalente, coordinence,
polarisation, résonance
 1. Les Composés Chimiques

1.1. Réactif et substrat

a. Définitions
 réactif : substance qui entre en
réaction avec une autre

 substrat : molécule subissant l’attaque

du réactif
 b. Distinction entre réactif et substrat
Nature des
réactif substrat
composés
un composé
inorganique
et un composé composé composé
organique inorganique organique

CH3Br + NaOH CH3OH + NaBr

substrat réactif
 Nature des
réactif substrat
composés
- deux composé dont la composé dont
composés réaction concerne la réaction
organiques un atome autre affecte un
que C atome C

si ambiguité composé le moins composé le

stable plus stable

CH3COCl + CH3OH CH3COOCH3 + HCl

substrat réactif
1.2.Sites réactionnels et groupes fonctionnels

le site réactionnel correspond toujours

au groupe fonctionnel
CH3 CH2 CH2 OH Site réactionnel

• La liaison C-OH est polarisée

+ -
C OH

Attaque par Attaque par

réactifs négatifs réactifs positifs
• Présence de deux doublets libres
sur O
 chaque DNL cherche à se rapprocher
d’un site chargé positif
 O est un centre nucléophile

• C est légèrement positif

 C est un centre électrophile
• Un nucléophile est attiré par un
atome positif et cherche à réagir
avec lui
• Un électrophile est légèrement
positif. Il est attiré par un atome
négatif et cherche à réagir avec lui
• Pour les groupes fonctionnels avec
des doubles liaisons
-
H H C=C non polaire, dotée
C C
H 3C H
d’une légère charge
négative située dans le
nuage des électrons p
 attire les
électrophiles
 H C=O polarisée
+C O -  nucléophiles attirés
H 3C
par C
• La théorie acido-basique de Lewis
est utilisée pour rationnaliser le
concept de site réactionnel
- acide : accepteur de doublet d’électrons
 possède une lacune électronique

- base : donneur de doublet d’électrons

1.3. Sites réactionnels et non réactionnels
dans certaines molécules organiques
Type de site nom formule
Réactionnel, acide de alcool
 

Lewis, atome C positivé C OH

 
Réactionnel, acide de
amine C 
Lewis, atome C positivé


Réactionnel, acide de halogénure 
C X
Lewis, atome C positivé d’alkyle

Réactionnel, acide de aldéhyde,  

cétone,acide C 
Lewis, atome C positivé
carboxylique
ester
 Type de site nom formule
Réactionnel, base de alcool
 
C 
Lewis, atome O négativé,
DNL
Réactionnel, base de amine
 
C 
Lewis, atome N négativé,
DNL

Réactionnel, base de alcène 
C C
Lewis, ensemble
légèrement négativé,
électrons p

Réactionnel, base de aldéhyde,  

C 
Lewis, atome O négativé, cétone,acide
électrons p, DNL carboxylique
ester
 Type de site nom formule

Non réactionnel, liaison Alcane C C

simple C-C non Groupe
polarisée, électron s alkyle

Non réactionnel, liaison Alcane C 

simple C-H légèrement Groupe
polarisée, électron s alkyle
1.4. Conventions utilisées pour décrire les
mécanismes réactionnels

a. Réactifs nucléophiles

• Un nucléophile Nu est une molécule ou

un anion qui possède un DNL agissant
en tant que base de Lewis ou une
molécule neutre présentant un site
polarisé négativement
 molécules et anions avec DNL
H 2O NH3 R OH R O R

OH RO R R C C

CN H X

 molécules neutres présentant un site

polarisé négativement
 
 
R MgX
• riches en électrons :
- ils se portent sur les points de faible
densité électronique du substrat
- ils apportent les électrons nécessaires
à la formation d’une nouvelle liaison

• une réaction qui implique l’intervention

d’un nucléophile est appelée réaction
nucléophile
 b. Réactifs électrophiles

• Un électrophile E+ est une molécule

ou un cation qui possède un site
déficient en densité électronique,
voire une charge nette positive et qui
agit en tant qu’acide de Lewis
 cations et molécules neutres
possédant une lacune électronique
AlCl3 ZnCl2 FeBr3 BF3

H Cl Br NO2

NO R R CO

 molécules neutres avides d’électrons

X2
• pauvres en électrons :
- ils se portent sur les points de forte
densité électronique du substrat
- ils ont besoin pour se lier d’un
doublet fourni par un autre atome
ou molécule

• une réaction qui implique l’intervention

d’un électrophile est appelée réaction
électrophile
c. Réactifs radicalaires
• Un radical libre est une espèce
organique qui est pourvue d’un
électron célibataire. Un radical n’est
pas chargé et, comme tel, ne
recherche pas spécialement des sites
positifs ou négatifs

CH3 C2H5 C6H5CH2 Cl Br

• une réaction qui implique l’intervention
d’un radical libre est appelée réaction
radicalaire
1.5. Intermédiaires réactionnels
a. carbocations
C porteurs de charge positive 
lacune électronique sur C
b. carbanions
C porteurs de charge négative  doublet
d’électrons libres sur C
c. carboradicaux (radicaux carbonés)
C porteurs d’électron célibataire
 2. Les Réactions

2.1. Équation bilan

La réaction chimique est caractérisée

par un certain nombre de ruptures et de
formations de liaisons chimiques
4 grands types de réaction
a. Les réactions de substitution

 Remplacement d’un atome ou groupe

d’atomes du substrat par un atome ou
groupe d’atomes

 pas de changement du degré

d’insaturation du substrat
alcane chloroalcane

Substitution d’un atome

d’H par un atome de Cl
b. Les réactions d’addition
 Ne peuvent se faire que sur des
substrats
insaturés : C hybridé sp ou sp2
 Une molécule se scinde en deux et les
deux fragments se fixent sur le substrat
 Augmentation du nombre de
groupement liés à C, la molécule devient
plus saturée
 alcène alcane

Addition de deux atomes d’H sur la

double liaison C=C
c. Les réactions d’élimination
 une molécule perd certains des atomes,
il en résulte la création de liaisons
supplémentaires dans la molécule
(liaisons multiples ou formation de cycles )

 diminution du nombre de groupements

rattachés à C et augmentation du degré
d’insaturation
alcool alcène eau

Élimination d’une molécule d’eau et

création d’une double liaison C=C
d. Réarrangements (transpositions)
 modification de la place de certains
atomes ou groupe d’atomes dans un
substrat
 énol cétone

Transposition d’un atome d’H de l’oxygène

au carbone
(déplacement de la double liaison)
2.2. Schémas mécanistiques utilisant les
flèches courbes
Convention
 flèche courbe pour les
déplacements de doublets d’électrons
- elle doit partir d’un doublet d’électrons,
soit liant, soit non liant et aboutir à un
atome ou sur la formation d’une nouvelle
liaison (réactions ioniques)
 hameçons pour les déplacements
d’un seul électron (réactions radicalaires)
2.3. Caractérisation de l’attaque du substrat
par un réactif
 Pour les réactions ioniques, la réaction
décrite est qualifiée par la nature du réactif
 principaux mécanismes rencontrés dans le
cours :
- Substitutions nucléophiles, électrophiles
ou radicalaires
- Additions nucléophiles, électrophiles ou
radicalaires
- Éliminations
 2.4. Réactions stéréosélectives
et stéréospécifiques
a. Stéréosélectivité

• une réaction est stéréosélective si elle

conduit majoritairement ou exclusivement
à l’un des stéréoisomères
R R' R H
R C C R' + H2 C C + C C
H H H R'
Z E
majoritaire
 b. Stéréospécificité

• Une réaction est stéréospécifique si

chacun des stéréoisomères de départ
réagit en donnant un seul
stéréoisomère

Réaction SN2 stéréospécifique

 2.5. Réactions régiosélectives
 Une réaction est régiosélective si elle
affecte majoritairement une position
donnée du substrat parmi plusieurs
positions possibles
R CH CH2 + HBr R CHBr CH3 + R CH2 CH2Br

majoritaire
 3. Thermodynamique et
Cinétique des réactions

1. thermodynamique
 on s’intéresse aux échanges
d’énergie entre le système et son
environnement. A une équation bilan
est associée une enthalpie libre
standart de réaction  TG°
ΔTG° < 0 : réaction spontanée
sans apport d’énergie
 bon rendement

ΔTG° > 0 : réaction non spontanée

apport d’énergie
2. Cinétique : réactions élémentaires
a. cinétique
traite de la vitesse des réactions, de la
barrière d’activation, de l’ordre de la
réaction (1er ordre, 2ème ordre…)
étudie les intermédiaires de la
réaction (nature, stabilité…)
b. réaction élémentaire
Une réaction élémentaire s’accomplit
en un seul acte au cours duquel la
rupture et la formation de liaisons ont
lieu (il se forme un seul état de
transition)
 Énergie d’activation Ea
• énergie minimale que l’on doit fournir
aux réactifs pour que la réaction
s’effectue. C’est une barrière d’énergie

• au niveau moléculaire : c’est l’énergie

nécessaire pour que les molécules des
réactifs puissent "s’interpénétrer” et
réagir entre elles
c. conclusion
Conditions réactionnelles optimales :
 réaction fortement exothermique
 faible énergie d’activation Ea 
constante de vitesse élevée
3. Contrôle thermodynamique ou cinétique
Lorsque 2 réactions compétitives
(parallèles) se produisent en même
temps :
- si équilibre chimique atteint : réaction
sous contrôle thermodynamique 
formation du produit le plus stable

- si équilibre chimique non atteint : réaction

sous contrôle cinétique  formation du
produit qui se forme le plus rapidement
 A retenir
 A basse température :
contrôle cinétique
 A température élevée :
contrôle thermodynamique

 2 façons d’accélérer une réaction:

- en chauffant les réactifs
- en ajoutant un catalyseur au
mélange réactionnel
 4. Les solvants

 solubilisent à la fois le réactif et le

substrat
 création d’ un milieu homogène
 permettent de contrôler la vitesse de
la réaction
 permettent de modifier le mécanisme
de la réaction
 Teb ne doit pas être trop élevée afin
d’en permettre une élimination aisée
en fin de réaction
 Ne doivent réagir ni avec le réactif ni
avec le substrat
 Les grands types de solvants

1.1. Solvants apolaires et aprotiques

 chimiquements inertes
ex : hydrocarbures liquides
(pentane, toluène…)
1.2. Solvants protiques ou protoniques
 polaires (en général )
 acides au sens de Brönsted
 contiennent un H lié à un atome
fortement électronégatif
type : A - OH
 susceptibles de donner des liaisons
hydrogènes
     
R X + H O A R X H O A


R + X H O A
 favorisent l’ionisation des dérivés
halogénés RX et la formation d’un
cation libre, donc très réactif
 solvants les plus courants :
- eau
- alcools R – OH
- acides carboxyliques
( HCOOH, CH3COOH…)
1.3. Solvants aprotiques polaires
 basiques au sens de Lewis
 pas d’hydrogènes associables
 possèdent des sites fortement
donneurs ou accepteurs
 solvants les plus courants :
- éthers acycliques ou cycliques
(éther éthylique, THF)
- cétones (acétone)
- amides (DMF)
 5. Aspects électroniques

1. Rupture hétérolytique des liaisons

L’atome le plus EN conserve le doublet;
l’autre se trouve alors possesseur d’une
case vide

• rupture dans une molécule neutre 

les deux fragments X et Y sont des
ions
CH3 I CH3 + I
• espèce initiale : ion l’un peut être
une molécule et l’autre un ion

2. Rupture homolytique(radicalaire)
des liaisons
chaque fragment garde un des électrons
du doublet de liaison ; Ces fragments sont
appelés radicaux

X Y X + Y
 6. Les intermédiaires réactionnels

1. Les carboradicaux (radicaux carbonés)

1.1. Définition
espèces neutres possédant un électron
célibataire (espèce paramagnétique)

C géométrie pyramidale
4 électrons autour du C
 nullaire primaire secondaire tertiaire

CH3 RCH2 R2CH R 3C

1.2. Formation
1.3. Stabilité
stabilisé par :
- tout ce qui augmente la densité
électronique du C porteur de l’électron
célibataire : effet inductif donneur
nullaire < primaire < secondaire < tertiaire

- tout ce qui permet la délocalisation de

l’électron π : effet de conjugaison
(mésomérie)
o stabilité relative de quelques
radicaux carbonés

 C > C > C > CH2 = CH - CH2 >

R1
R1
R2 C > CH > RCH2 > CH3
R2
R3
1.4. Réactivité
Couplage radicalaire

Ex : couplage de deux radicaux méthyle

et formation d’alcane
(réaction de terminaison)
Attaque de liaison σ

Ex : réaction de propagation
Attaque de liaison double π

Ex : réaction de bromation d’alcènes

CH2
Br + H2C CH2 Br CH2
Attaque de liaison triple π

Ex : réaction de bromation d’alcynes


 
2. Les carbocations
2.1. Définition
• espèces cationiques possédant une
lacune électronique (orbitale vide). ce
sont des acides de Lewis et des
électrophiles

C hybridé sp2
C géométrie triangulaire
3 électrons autour de C
 nullaire primaire secondaire tertiaire
+ + + +
CH3 RCH2 R2CH R 3C

2.2. Formation
rupture
hétérolytique

solvant
EN(X)> EN(C) cation anion
A de Lewis B de Lewis
Ex : Dérivés halogénés secondaires
rupture
  hétérolytique
CH Cl CH + Cl
solvant
liaison protique électrophile nucléophile
polarisée polaire fort faible
2.3. Stabilité
C+ pauvre en électron  stabilisé par :
- Effet inductif donneur
nullaire <primaire < secondaire <tertiaire
- Effet de conjugaison (mésomérie)
 Le carbocation
triphénylméthane
est particulièrement
stable

- Plus l’accès à l’orbitale vacante est gêné,

plus le C+ est stable
2.4. Réactivité
• espèces pauvres en électron et
possédant une lacune électronique
 acides de Lewis
 réaction avec centres riches en électron

• le carbocation est plan, ses 2 faces

sont équivalentes
 attaque nucléophile sur les 2 faces
 attaque
orbitale face 1 nucléophile
vide Nu
acide de
Lewis

Nu
face 2 attaque
nucléophile

On obtient un mélange racémique

3. Les carbanions
3.1. Définition
• espèces anioniques possédant un
doublet électronique (orbitale pleine).
ce sont des bases de Lewis et des
nucléophiles
C hybridé sp3
C 5 électrons autour
de C
nullaire primaire secondaire tertiaire
- - - -
CH3 RCH2 R2CH R 3C

3.2. Formation
rupture
d- d+ hétérolytique

solvant
EN(C)> EN(M) carbanion cation
B de Lewis A de Lewis
3.3. Stabilité
-
C riche en électron  stabilisé par :
- Effet inductif attracteur
nullaire > primaire > secondaire >tertiaire
- Effet de conjugaison (mésomérie)
 7. Aspects stéréochimiques
d’une réaction
Pour qu’une réaction puisse avoir lieu,
les sites réactionnels doivent entrer en
contact. L’espace entre eux ne doit pas
être encombré par les autres parties de
la molécule (pas d’encombrement
stérique, accessibilité facile, taille du
nucléophile pas trop grande)
cétone réactive encombrement
stérique
cétone non
réactive