Université Abdel Hamid ibn Badis
Faculté des sciences exactes et informatique
Filière de chimie
Spécialité : Master 1 chimie Appliquée
Chapitre 02:introduction a
la modélisation moléculaire
Presente par : Dirige par :
Mendas farah chida houria rihab
Madame drisi
Senina assia soukehal yamina
Plan de travail :
Modélisation moléculaire : une introduction
Méthode théorique de modélisation
Dynamique moléculaire : Modéliser le mouvement
Représentation moléculaire
Approche de la structure moléculaire
Approche expérimentale
Modélisation moléculaire
Approche VSEPR
Calcul mécanique
Calcul Ab initio
Application de la modélisation moléculaire
conclusion
Modélisation Moléculaire:
Une Introduction
La modélisation moléculaire est une discipline scientifique qui
utilise des outils informatiques pour créer des représentations de
molécules et simuler leurs propriétés. Elle joue un rôle crucial dans
les domaines de la chimie, de la biologie et de la médecine,
contribuant à la découverte de nouveaux médicaments, à la
conception de nouveaux matériaux et à la compréhension des
processus biochimiques complexes.
HM
Méthodes Théoriques de Modélisation
Mécanique Quantique Mécanique Moléculaire
La mécanique quantique est une méthode théorique La mécanique moléculaire est une méthode plus simple
basée sur les principes de la physique quantique. Elle qui utilise des fonctions empiriques pour décrire les
fournit une description précise des interactions entre interactions entre les atomes dans une molécule. Elle
les électrons et les noyaux dans une molécule. est plus rapide que la mécanique quantique, ce qui la
Cependant, cette méthode est très gourmande en rend plus adaptée à l'étude de grandes molécules ou
ressources informatiques et est limitée aux petites de systèmes complexes.
molécules.
Dynamique Moléculaire:
Modéliser le Mouvement
1 La dynamique moléculaire simule le mouvement des
atomes dans une molécule au cours du temps. Elle
permet d'étudier les interactions entre les atomes,
les changements de conformation et les processus
dynamiques qui se produisent dans les systèmes
moléculaires.
2 Ces simulations sont utilisées pour prédire la
stabilité, la flexibilité et le comportement d'une
molécule en fonction de différents facteurs, tels que
la température, la pression et la présence d'autres
molécules.
Représentations Moléculaires
Formule Brute Formule Développée Formule Semi-Développée
La formule brute indique le type La formule développée montre la
et le nombre d'atomes présents disposition des atomes et les La formule semi-développée est
dans une molécule, par exemple liaisons entre eux, par exemple une simplification de la formule
H₂O pour l'eau. H-O-H pour l'eau. développée, en omettant
certains liens.
Formule Topologique Formule de Lewis
La formule topologique représente la molécule par La formule de Lewis utilise des points pour
un schéma simplifié, en utilisant des lignes et des représenter les électrons de valence d'un atome et
symboles pour représenter les atomes et les liaisons. montre comment ces électrons sont partagés entre
les atomes dans une molécule.
La formule de Lewis
Molécule EAU Dioxyde de Ethanol Uree Chloral
carbone
Formule de Lewis
Approches de la Structure
Moléculaireb
Approche Expérimentale
L'approche expérimentale utilise des techniques telles que la diffraction des rayons X (RX)
et la résonance magnétique nucléaire (RMN) pour déterminer la structure tridimensionnelle
d'une molécule.
Approche Théorique
L'approche théorique utilise des méthodes de calcul pour prédire la structure d'une
molécule à partir de ses propriétés électroniques et de ses interactions interatomiques.
Modélisation Moléculaire
La modélisation moléculaire combine des approches expérimentales et théoriques pour
construire des modèles 3D de molécules et simuler leur comportement.
Approches experimental
Diffraction des Rayons X (RX) Résonance Magnétique Nucléaire
(RMN)
La diffraction des rayons X La RMN est une technique qui
permet de déterminer la utilise un champ magnétique
structure tridimensionnelle pour obtenir des informations sur
des molécules. Les rayons X la structure des molécules. Les
interagissent avec les noyaux atomiques, tels que le
électrons des atomes, créant proton, interagissent avec le
un motif de diffraction qui champ magnétique et émettent
peut être analysé pour des signaux qui peuvent être
déterminer la position des analysés pour déterminer la
atomes dans la molécule. structure de la molécule.
Modélisation Moléculaire : Approches
Mécanique Moléculaire Calcul Ab Initio
La mécanique moléculaire Les calculs ab initio sont basés
utilise des équations sur les principes de la
mathématiques simples pour mécanique quantique. Ils
modéliser les interactions résolvent les équations de
entre les atomes. Cette Schrödinger pour les électrons
approche est rapide et dans la molécule et
efficace, et elle est utilisée permettent de calculer les
pour étudier des systèmes propriétés énergétiques et
moléculaires de grande structurales de la molécule.
taille.
Calcul Semi-Empirique
Les méthodes semi-empiriques sont une combinaison de
mécanique moléculaire et de calcul ab initio. Elles utilisent
des paramètres empiriques pour simplifier les équations de
Schrödinger et pour réduire le temps de calcul.
Approche VSEPR
Le modèle de répulsion des paires d’électrons de valence (VSEPR en
anglais) peut être utilisé avec les schémas de structure de Lewis pour
prédire les formes de différentes molécules.
Les schémas de structure de Lewis sont utilisés pour identifier les électrons
de valence dans les molécules polyatomiques, et le modèle VSEPR est
utilisé pour comprendre comment ces électrons de valence sont disposés
dans un espace tridimensionnel. Le modèle VSEPR suppose qu’il y aura
toujours une répulsion électrostatique entre des paires d’électrons de
valence. Les électrons de valence seront forcés d’adopter des formes
tridimensionnelles spécifiques qui minimiseront les interactions
électrostatiques de répulsion de haute énergie.
GE´OME´TRIE DES MOLE´CULES : THE´ORIE VSEPR
Calculs Mécaniques
1
Mécanique Moléculaire
2 Méthodes Empiriques
3 Paramètres Empiriques
Les calculs mécaniques utilisent des champs de force empiriques pour
décrire les interactions entre les atomes. Ces champs de force sont
basés sur des paramètres empiriques ajustés à partir de données
expérimentales.
Calculs Ab Initio
1 Théorie Quantique
2 Équations de Schrödinger
3 Approximations
Les calculs ab initio, en latin "à partir du premier principe", ne dépendent d'aucune donnée expérimentale et sont
basés sur les principes fondamentaux de la mécanique quantique. Ils utilisent des méthodes mathématiques pour
résoudre les équations de Schrödinger qui décrivent le comportement des électrons dans les atomes.
Applications de la Modélisation Moléculaire
Développement de Études de Protéines Conception de Matériaux
Médicaments
La modélisation moléculaire permet La modélisation moléculaire permet
La modélisation moléculaire est d'étudier la structure, la dynamique de prédire les propriétés des
utilisée pour concevoir de nouveaux et les fonctions des protéines, ce qui nouveaux matériaux, tels que la
médicaments, en prédisant leur est crucial pour comprendre les résistance, la conductivité et la
activité biologique et leur mécanismes des maladies et stabilité, ce qui accélère le
interaction avec les cibles développer de nouveaux processus de développement de
biologiques. traitements. nouveaux matériaux.
Conclusion
La modélisation moléculaire est un outil puissant qui permet aux scientifiques de mieux comprendre le monde qui
nous entoure au niveau moléculaire. Elle a un large éventail d'applications, notamment la découverte de nouveaux
médicaments, la conception de nouveaux matériaux et la compréhension de processus biologiques complexes.
