CHAP ITRE IV

ENZYMOLOGIE
Professeur Docteur DJENANE NADIA Née BENZIDANE
Les enzymes
Acteurs de métabolisme
Introduction
Les organismes vivants sont le siège d’innombrables
réactions biochimiques.
Ces réactions constituent le métabolisme c’est à dire
la biosynthèse ou anabolisme et dégradation ou le
catabolisme d’un grand nombre de molécules
biologiques.
Ces réactions se déroulent dans des conditions
physiologiques (pH:7,4 et température: 37°C) grâce
à la présence de catalyseurs: enzymes
Sans la présence des enzymes, la vie serait
impossible
Les enzymes ont donc un rôle vital
 Le métabolisme
Correspond à l’ensemble des
réactions biochimiques d’un
organisme.
Son rôle est de gérer les
ressources énergétiques et
matérielles de la cellule, et
donc de l’organisme.
 Les voies métaboliques
1. Voies cataboliques
 libèrent de l’énergie

Molécules complexes  Molécules simples + Énergie

2. Voies anaboliques
 consomment de l’énergie

Molécules simples + Énergie  Molécules complexes

 ENZYMOLOGIE?
L'enzymologie est la partie de la biochimie
qui étudie les propriétés structurales et
fonctionnelles des enzymes.

Elle s’intéresse aussi à décrire la vitesse des

réactions catalysées par les enzymes
(cinétique enzymatique).
Historique:
1730: La digestion est un phénomène plus chimique que
mécanique
1850: Pasteur démontra que la fermentation du sucre en
alcool par la levure est catalysée par une substance qui
existe dans la levure
Enzyme : en = dans, zyme: levure
1897: Buchner a extrait de la levure les premières
enzymes
1929: La 1ère enzyme purifiée et cristallisée est l’uréase

Urée uréase CO2+2 NH3

Depuis, plus de 3000 enzymes sont décrites
 Définition d’une enzyme :
Biomolécule de nature protéique
protéine (cas particulier: les ribozymes
ARN catalytiques) ayant un pouvoir catalytique élevé et douée de
spécificité.

Protéines globulaires de poids moléculaire élevé .

Existence de protéines enzymatiques de structures tertiaires,
D’autres de structures quaternaires.
Dans tous les cas grande importance de la structure spatiale
Native (notion de site actif).
Biomolécule de nature protéique ayant un pouvoir catalytique
élevé et douée de spécificité et peut être régulée.

Notion du catalyseur :
1. Il augmente la vitesse de la réaction (jusqu’à plusieurs
millions de fois)
2. Il ne modifie pas l’état final d’équilibre de la réaction
(Keq sans Enz =Keq avec Enz)
3. Il n’est pas modifié lors de la réaction (on le retrouve
intacte à la fin de réaction)
4. Il agit à des concentrations très faibles
PROPRIETÉS ET CARACTÉRISTIQUES DES ENZYMES

• Spécificité réactionnelle : chaque enzyme ne

catalyse qu’une seule réaction (ou un groupe de
réactions du même type).

• Spécificité de substrat : « reconnaissance » du

substrat par l’architecture spatiale de l’enzyme.
La Molécule qui entre dans une réaction pour y être
transformée grâce à l’action catalytique d’une enzyme.
Toutes les molécules qui entrent dans une réaction
enzymatique et sont définitivement modifiées sont appelées
substrats.

Substrat interaction
Enzyme
 Produit
Molécule qui apparaît au cours d’une réaction
catalysée par une enzyme.
La nouvelle molécule qui résulte de cette transformation
est appelée produit.
Ligand
Corps chimique ayant une liaison spécifique avec une enzyme
Toutes les molécules ayant une liaison spécifique avec une protéine
sont appelées ligands.
Pour chaque ligand, il existe au moins un site de fixation sur la
protéine qui le reçoit.
 Mécanisme général d'une enzyme
E
S P

Une enzyme (E) transforme un substrat (S) en produit (P).

-Première étape: Le substrat se fixe sur l'enzyme

K1
S ES
K-1
-La deuxième étape: la catalyse . Le substrat est transformé en
produit K2
ES EP
K-2
-Troisième étape: Le produit est relâché
K3
EP K-3 E+P
Si il y a plusieurs substrats. La réaction se fera étape par étape (et
non simultanément) pour être efficace et à travers un site désigné
actif.
 Le site actif est une cavité composée d’un ensemble
Le complexe enzyme d’AA qui entrent en contact avec le Substrat
substrat

Sites
SUBSTRAT Liaisons
faibles
catalytiqu
es

Liaisons
faibles

Sites de
reconnaissanc
es, fixent le
substrat
Sites de
reconnaissanc
e fixent le
substrat
Polypeptide
constituant
ENZYME l’enzyme

Pont disulfure
entre acides Acides aminés
aminés soufrés ne faisant pas
non contigus partie du site
actif
Liaison
faible
 Site actif est une poche profonde enfoui
Il s'agit d'une poche magique
Au lieu de cela, le site actif de l`enzyme reconnaît également
le substrat, mais fait de manière Complémentaire et pour
Correspondre à l'état de transition et le stabiliser.
 Substrat

L'état de transition Produit

Si l'enzyme se lie seulement au substrat

X alors il n'y aura aucune autre réaction

L’ Enzyme ne reconnaît pas seulement le substrat,

mais induit également la formation de l'état de transition
 Structure des enzymes
-Enzymes entièrement protéiques = holoprotéines
- Enzymes formées de deux parties = hétéroprotéines
Une partie protéique: apoenzyme
Une partie non protéique: cofacteur ou coenzyme
- holoenzyme = apoenzyme+cofacteur (ion métallique
- coenzyme, groupement prosthétique)

Apoenzyme: intervient dans la spécificité, thermolabile

Cofacteur: effectue la réaction chimique, thermostable
 Cofacteurs
de nature inorganique:
les ions métalliques
telles que Mg2+,
Mn2+, Cu2+, Zn2+,
Fe2+… +; sont
parfois nécessaires à
l’activité enzymatique
dans la structure
tridimensionnelle de
l’enzyme

On appelle un groupement prosthétique le cofacteur

qui est fortement lié à l'enzyme (parfois avec une
liaison covalente).

Lorsque la liaison est faible on parle de cosubstrat

 Les coenzymes
Les coenzymes sont des molécules organiques qui sont
indispensables à la réaction permettant soit le transport du
substrat, soit en participant à la structure de l’enzyme.
• Dérivent en général de vitamines
1. Réactions
exergoniques
 dégagent de l’énergie libre

2. Réactionsendergoniques
 nécessitent de l’énergie
libre de son environnement
Réactions exergoniques
Réactions endergoniques
 La plupart du temps, une enzyme agit
comme un catalyseur

Elle abaisse l’énergie d’activation nécessaire

pour déclencher une reaction.
 NOMENCLATURE ET CLASSIFICATION DES ENZYMES
Avant 1961: les enzymes ont été dénommées selon le nom du S
sur lequel elles agissent en ajoutant le suffixe "ase"

1961 l’union internationale de biochimie (UIB) : nouvelle

classification des enzymes selon le type de réaction catalysée
6 classes d’enzymes
• Identification des enzymes par 4 chiffres
1 - Oxydoréductase précédés de EC
2 - Transférase 1er chiffre : classe de l’enzyme (type de
3- Hydrolase réaction catalysée)
2ème chiffre : sous-classe (mécanisme de
4- Lyase réaction)
5- Isomérase 3ème chiffre : nature des molécules
6- Ligase impliquées
7- Translocase 4ème chiffre : numéro d’ordre de l’enzyme
 Classe 1. Les oxydoréductases
Ce sont des enzymes qui catalysent des réactions d’oxydation ou de
réduction. Existence de plusieurs sous-groupes (déshydrogénase,
oxydase, peroxydase, hydroxylase et catalase)
Nécessitent un coenzyme (NAD, NADP, FAD ou FMN)
A red + Box A ox + B red
Hydroxylases:(=monooxygénases) catalysent la fixation d’un atome
d’oxygène
-CH3 -CH2OH
-CH2- -CHOH-
Déshydrogénases:
CH3- CHOH-COOH+ NAD+ CH3-CO-COOH + NADH + H+
par lactate déshydrogénase
Les Cytochromes: ont un coenzyme héminique avec un ion, qui présente
2 états d’oxydation, ce qui en fait un transporteur d’électrons.
Fe2+ + réduit Fe3+ + oxydé + 1e-.
 Classe 2. Les transférases
Ces enzymes qui transfèrent un groupement X (autre que H) d’un
substrat A sur un substrat B :
A-R +B A + B-R
les transaminases: transfèrent les radicaux aminés -NH2 d’un AA à un
acide cétonique accepteur. Le coenzyme est le phosphate de pyridoxal.
Les phosphokinases ou kinases: transfèrent un P sur une molécule
d’ADP. L’ion Mg++ est indispensable.
Ex : EC 2.7.1.2 Glucokinase (= ATP:D-glucose 6-phosphotransférase )

ATP + Glucose ADP + Glucose 6-phosphate

Les transacétylases: transfèrent les radicaux acétyles (-CH2COOH), le

coenzyme est CoA
Les transméthylases: transfèrent les radicaux méhyles (-CH3), d’une
molécule à une autre, le coenzyme est l’acide tétrahydrofolique.
 Classe 3. Les hydrolases
Ces enzymes qui hydrolysent (par addition d’une molécule d’eau)
différentes liaisons chimiques.
Exemples : les phosphatases, les peptidases (ex: carboxypeptidases,
aminopeptidases), les protéinases (ex : pepsine, trypsine..)

C - X + H 2O C - OH + X - H
Les estérases: hydrolysent les esters en acides gras et en alcool
RCOO-CH2-R’ + H2O RCOOH + R’CH2OH
Les lipases : hydrolysent les glycérides en glycérol et en acides gras
Les osidases: hydrolysent les osides exp. glucosidase, galactosidase

Les enzymes protéolytiques: hydrolysent les liaisons peptidiques

R-CO-NH-R’ + H2O RCOOH + NH2-R’
30
31
Classe 4. Les lyases
Ce sont des enzymes qui détachent certains groupements par d’autres
mécanismes que l’hydrolyse ou forment de nouvelles liaisons
indépendamment hydrolyse ATP exemple : les décarboxylases

A-R + Coenz A + Coenz-R

Les décarboxylases d’acide cétonique:
R-CO-COOH R-CHO + CO2

Les décarboxylases d’acide aminé :

 Classe 5 . Les isomérases ou
mutases
Elles permettent le transfert d’atomes ou de groupements dans une
même molécule.
A-B– X X-A- B
Les épimérases: provoquent les interconversions des oses
Galactose Glucose
Les mutases: catalysent le transfert d’un radical d’une partie d’une
molécule à une autre

Methyl malonyl CoA Succinyl CoA

Classe 6. Les ligases ou synthétases

A+B A-B
enzymes qui participent aux réactions de synthèse entre :
C-O : les aminoacyl-ARNt synthétases
C-S : acétyl CoA synthétase
C-N : amide synthétase comme la glutamine synthétase
C-C : carboxylase à biotine comme la pyruvate carboxylase qui
catalyse la formation d’oxalo-acétate à partir du pyruvate + CO2 +
ATP.
Class7, les translocases
C'est la petite dernière des classes, apparue très récemment,
en aout 2018 à ma connaissance ... Les translocases
catalysent le transfert d'ions ou de molécules depuis la face
"1" vers la face "2" d'une membrane. Une translocase
fameuse est l'ATP synthase, de nomenclature la plus officielle
H+-transporting two-sector ATPase, EC 7.1.2.2. Une autre
célébrissime, le complexe 1 de la chaîne respiratoire
mitochondriale qui transloque des protons en couplage à une
réaction redox, l'oxydation du NADH et la réduction de
l'ubiquinone ; nom le plus systématique = NADH: ubiquinone
reductase (H+-translocating), EC 7.1.1.2.
Les sous-classes des transférases
désignent les types de composants
transférés et les sous-sous-classes
indiquent les processus de réaction
qui fournissent la force motrice pour
la translocation:
• EC 7.1 - catalyser la translocation
des ions H+.
• EC 7.2 - catalyser la translocation
des cations inorganiques.
• EC 7.3 - catalyser la translocation
des anions inorganiques et de leurs
chélates.
• EC 7.4 - catalyser la translocation
 La cinétique enzymatique

la cinétique enzymatique, c’est l’étude des variations des

vitesses de la réaction en fonction de la concentration du
substrat
• A quoi ça sert ?
• Elle permet de déterminer :
- Modélisation de l’activité enzymatique
- Équation de la vitesse
- Paramètres cinétiques et leurs significations
- Etudes en présence d’inhibiteurs, conditions
optimales...
 Cinétique d'une enzyme au cours du temps
K1 K2 K3
E+S ES EP E+P
K-1 K-2 K-3

Apparition du Produit au cours du temps

[P]

La vitesse peut être

mesurée avec l'apparition
Vitesse initiale du produit: v=dP/dt

Phase Phase
t
Effet du produit équilibre
préstationnairestationnaire
[EP] [ES] [EP]
[S]>>[E]
[ES] La vitesse Le produit qui s'accumule La concentration du
L'enzyme est constante. ralentie la réaction produit reste constante
se charge Plus il y a de substrat, plus l'enzyme est rapide.
C'est la loi d'action de masse.

En enzymologie classique, on s'intéresse à la phase stationnaire (linéaire) en

mesurant la vitesse initiale.
Cinétique michaélienne, affinité et efficacité catalytique
Mesure des constantes cinétiques
Cinétique (phase stationnaire)
en fonction de la concentration du
substrat
[P] = f (t)
- au début : réaction d'ordre 1
(dP/dt = cste)
- puis dP/dt diminue  devient nul
- Arrêt de la réaction (dP/dt = 0) dû
à:
 épuisement de S
 réversibilité de la réaction
 inhibition par P …
La V de la réaction enzymatique
est influencée par: [S], [E],
température, pH, effecteurs.
 Cinétique en fonction de la concentration du substrat
Aux faibles [S],
la vitesse de la
réaction est
proportionnelle
à celle du
substrat
(réaction
d’ordre 1)

Lorsque [S] augmente, la vitesse ne s’accroît plus dans les mêmes

proportions (réaction d’ordre mixte)

Aux fortes [S], la vitesse devient constante, indépendante de cette

concentration (réaction d’ordre 0): l’enzyme est saturée par son substrat.
 Traitement mathématique des cinétiques
K1 KK2 2 K3
E+S ES EP E+P
K-1 KK-2-2 K-3

Conditions

1- On travaille à de très faible concentration de substrat [S]>>[P]

2- Il y a beaucoup plus de substrat que d'enzyme que [S]>>[E]

3- les formes libres de l'enzyme et de l'enzyme liée au substrat sont

en équilibre (rapide).
ec ces conditions, on peut simplifier la réaction
K1 K2
ES E+P Comme, il y a peu de produit le retour K-2
E+S
K-1 est négligeable,
K2 =k cat est la constante catalytique
 (dans une période de temps déterminée)
E
+
S

P
↓
8

8
Substrat (mmole)
7
6

6
5
4

4
3
2

2
1
0

0
80

60

40

20

0
Produit
Augmentation de la concentration du substrat
 E+ S
E S E+ P

S
P
Concentration

ES se forme
vite et est
détruit
lentement
ES
E
Temps de réaction
 K1 K2
À l’ équilibre ES E+P
E+S [E] = [E]L+ [ES]
K-1

Vitesse de formation de [ES]:

d[ES] /dt= K1[E]L[S] = K1([E]-[ES])[S]
Vitesse de disparition de [ES] :
- d[ES]/dt = K-1 [ES] + K2[ES] = [ES] (K-1+K2)
Etat stationnaire: V de formation de [ES] = V de disparition de [ES]
K1([E]-[ES])[S] = [ES] (K-1+ K2)
K1([E]-[ES])[S] = [ES] (K-1+ K2)
([E]-[ES])[S]/[ES] = (K-1+ K2)/K1 = Km
[E] [S] = [ES](Km+[S])
[ES] = [E] [S]/Km+[S]
Or, V = K2 [ES] V = (K2 [E]) [S]/ Km+[S]
Vmax = K2 [E]
V = Vmax ↔ [E]=[ES] vi = vmax [S]/ Km+
 vi = vmax [S]/ Km+ équation de Michaelis-Menten
Vmax [S] à saturation de l'enzyme.
vitesse de réaction
Km est une constante fondamentale pour les enzymes (constante de
dissociation ES exprimée en moles/L) , est un index de l’affinité de
l’enzyme pour son substrat. Plus Km est petit, plus l’affinité est grande
et inversement.
Si Km faible, cela signifie que l'enzyme est étroitement associée au S car
atteint Vmax rapidement

C'est une constante

opérationnelle qui
représente [S] lorsque
vo = vmax/2
 Km: Affinité avec le substrat

Vmax [S] Vmax

vo = si vo =
Km + [S] 2

Lors de l'utilisation de substrats différents Vmax Vmax [S]

Vmax =
S2 2 Km + [S]
S1 S3
1/2
Km + [S] = 2 [S]
S1 S2 S3
Km = [S]
Km L’ affinité change
Représentation de Lineweaver-Burk
La transformation de l’équation de Michaelis-Menten proposée par
Lineweaver et Burk consiste à prendre les inverses de ses deux membres.
En effectuant quelques opérations mathématiques simples, l’équation
devient celle d’une fonction linéaire de type y = a.x + b.
1/V En réalité, il est
Pente KM/Vmax difficile de mesurer
Vmax car il faut
beaucoup de substrat
pour vraiment
1/Vmax atteindre Vmax (en
théorie [S]=∞)
1/[S]
-1/km
1/v0 = 1/vmax + Km/vmax 1/[S]
Unité de l'activité enzymatique
A.S: rapporte le nombre
S → P mmole d’unités enzymatiques au
poids (mg) de protéine
vo = [P] / min purifiée.
A. M: est le nombre de
moles de substrat
L'unité internationale (U.I) transformé (ou de produit
C'est la quantité d'enzyme qui formé) par moles
catalyse la transformation d'une d’enzyme par mn.
mmole de substrat par minute

K cat (K2) Constante catalytique qui représente le nombre de moles

de P formé par seconde et par mole d’enzyme. Si l’enzyme possède
plusieurs sites catalytiques, l’unité change et s’exprime par mole de
sites. Kcat = Vmax / mole
 Un exemple réel de la cinétique enzymatique
Substrat Produit Vitesse Double réciproque
no [S] Absorbance v (mmole/min) 1/S 1/v
Données

1 0.25 0.21 → 0.42 4 2.08

2 0.50 0.36 → 0.72 2 1.56
3 1.0 0.40 → 0.80 1 1.35
4 2.0 0.46 → 0.92 0.5 1.16
(1) Le produit a été mesurée par spectroscopie à 600 nm pour 0,05 par mmole
(2) Le temps de réaction a été 10 min

2.0
1.0 Double réciproque
tracé directe

v 1/v

0.5 1.0

0 1 2 -4 -2 0 2 4
[S] 0 1/[S]
 Qu’est ce qui influence l'activité enzymatique?

De nombreux facteurs modulent l’activité des enzymes

1. Les conditions de l'environnement
Paramètres physico-chimiques : température, pH, force
ionique,
Paramètres chimiques : les métaux, agents dénaturants,
modifications covalentes, protéolyse

2.Cofacteurs et Coenzymes

3.Des inhibiteurs d’enzymes

Effet du pH
Les enzymes sont sensibles aux variations du pH du milieu. De fait,
quand le pH change, l’état d’ionisation des groupements chargés, aussi
bien dans le site actif de l’enzyme(en fonction du pKa propre à chaque
résidu chargé participant à la constitution du site actif) varie.

•Exemples :
- la pepsine au niveau de
l’estomac fonctionne mieux à
pH acide.
- la lipase du suc pancréatique
à un pH optimal compris
entre 7 et 7.5
- les phosphatases alcalines
osseuses ou hépatiques ont un
pH optimal entre 8.6 et 9.1.
Effet de la température
on compare l’activité de l’enzyme
pour une température t avec
l’activité pour une température
AE t + 10°C Dénaturation
Q10
Quand la T
augmente, il se
produit une
inactivation
«dénaturation»
progressive de
l’enzyme
0 10 20 30 40 50
Température / °C
Généralement, la dénaturation est négligeable en dessous de 30°C
et commence à être appréciable au-delà de 40°C. Quelques
enzymes gardent une activité importante à des températures bien
supérieures à 40°C cas des enzymes des bactéries thermophiles.
Effecteurs enzymatiques:
Physiologique: Régulation du métabolisme cellulaire
Biochimique: Permettre de mieux comprendre le mode
d’action des enzymes.
Les activateurs
Les inhibiteurs
Les régulateurs (allostériques)
Les inhibiteurs sont des substances qui inactivent les
enzymes;
Il existe deux principaux types d’inhibition:
Inhibition réversible des enzymes: l’activité enzymatique
peut être retrouvée en enlevant l’inhibiteur .
Inhibition irréversible des enzymes: l’inhibiteur lie l’enzyme
de manière covalente, inactivant ce dernier de façon
irréversible.
L’inhibition réversible
• Compétitive
• Non Compétitive
• InCompétitive
Inhibition réversible des enzymes
1- Inhibition compétitive
Type d’inhibition rencontrée le plus fréquemment;
I est très similaire à S ( structure analogue)
I et S sont en compétition pour le même site de liaison sur l’enzyme:
le site actif;
Vmax ne change pas: à des [S] très élevées, I devient négligeable;
Km est modifiée (Km’ ou Kmapp )

Substrat
Enzyme
Inhibiteur compétitif
 k1, S k2
E E•S E + P
k-1
k-i k i, I
Et = E libre + ES + EI
E•I
Le complexe EI (enzyme-inhibiteur) n’a pas d’activité

S Enz S

Enz
Ki (la constante de dissociation
de l’inhibiteur):
Ki = [E][I]/[EI] I
Ki est une mesure de l’affinité de
I pour E: plus Ki est petit, plus
l’inhibiteur est puissant. Enz I
 Graphique Michaelis-Menten d'inhibition compétitive
Vmax [S]
v
 [ I] 
[S]  K M  1  
[I] = 0  Ki 
v

[I] 1

Km’ = Km (1 + [I]/Ki)
Vitesse,

[I] 2
/ 2 max
V

Graphique Lineweaver-Burk d'inhibition compétitive

KM KM
app KMapp'

[S]

 [ I]  [I] 2

K M 1  
1  Ki  1 1
  
v Vmax [S] Vmax
[I] 1
v 1/
Les lignes se croisent
sur l’axe des y (1/Vmax) -1 / KMapp' [I] = 0
-1 / KMapp
KM / Vmax
-1 / KM

1 / Vmax
Km changent 0
1/[S]
 Inhibition Competitive
Product Substrate Competitive Inhibitor

Succinate Glutarate Malonate Oxalate

C-OO- C-OO- C-OO- C-OO- C-OO-
C-H H-C-H H-C-H H-C-H C-OO-
C-H H-C-H H-C-H C-OO-
C-OO- C-OO- H-C-H
C-OO-

Succinate Dehydrogenase
 Sulfamide est un inhibiteur compétitif
Domagk (1939)

Para-aminobenzoic acid (PABA)

Les bactéries ont besoin PABA pour
H2N- -COOH la biosynthèse de l'acide folique

Folic Tetrahydro-
Précurseur acid folic acid

Sulfamides ont une structure

H2N- -SONH2 similaires avec PABA, et
inhibent la croissance des
bactéries
Sulfanilamide
Sulfa drug (anti-inflammation)
2. Inhibition non compétitive

On parle d’inhibiteur non-compétitif lorsque l’inhibiteur se fixe sur

l’enzyme E et sur le complexe enzyme substrat ES en compétition
avec le substrat.

L’inhibiteur non-compétitif se fixe sur un site totalement différent

du site actif de l’enzyme → pas de compétition entre le substrat
et l’inhibiteur.
Il se produit une diminution de la vitesse maximale sans aucune
modification du Km car il n’y a pas de compétition entre le
substrat et l’inhibiteur pour le site actif

Substrate Inhibiteur
Non compétitif
Enzyme
Site actif
Cet inhibiteur déplace l’équation, Km n’est pas modifiée. Une partie de ES reste
bloquée sous forme ESI, donc Vmax est diminuée
[E]= [E]L+ [ES]+ [EI] + [ESI]
k1 , S k2
E E•S E + P
k-1
Ki I K i' I
k1', S
E•I E•S•I
k-1'

S
S produits

Enz Enz

Ki I Ki' I

S
S
Enz Enz
I I
Graphique Michaelis-Menten d'inhibition non compétitive
Vmax [S]
 [ I] 

 1  

[I] = 0  Ki 
v
v

[S]  K M
Vitesse, / 2 max

[I] 1 1/Vm’ = 1/Vmax / (1 + [I]/Ki)

/ 2max
V

[I] 2 i
app V

Graphique Lineweaver-Burk d'inhibition non compétitive

/ 2app' max

KM
V

[S]
1 K  [ I]  1 1 [I] 2
 M  1    
v Vmax  K i  [S] Vmax pente = KM / Vmax app'

 [ I] 
 1   1 / Vmax app ' [I] 1
 Ki 
v 1/

pente = KM / Vmax app

lignes se croisent
[I] = 0
sur l’axe des x (-1/KM) pente = KM / Vmax
-1 / KM
1 / Vmax app
Vmax changent 1 / Vmax
0 1/[S]
3. Inhibition incompétitive
L’inhibiteur incompétitif ne se fixe jamais à l'enzyme libre mais
seulement à ES et empêche la formation des produits. La liaison du
substrat sur l'enzyme entraîne une modification de l'enzyme, révélant
ainsi un site de fixation pour l'inhibiteur. L'inhibiteur, en retour, modifie
la conformation du site actif de l'enzyme, et empêche la réaction.
l’inhibiteur est lié par le complexe E•S [E]0 = [E] + [E•S] + [E•S•I]
k1, S k2
E E•S E + P
k-1
k-i ki, I

E•S•I

S
S produits
Enz
Enz

S
Enz ne mène pas aux produits
I

Cet inhibiteur déplace l’equation, abaisse Km. Une partie de ES

reste bloquée sous forme ESI, donc Vmax est diminuée
 Graphique Michaelis-Menten d'inhibition incompétitive Vmax [S]
 [ I] 
 1  
[I] = 0  Ki 
v
KM
[S] 
v

 [ I] 
 1  
Vitesse, / 2

[I] 1  Ki 
/ 2max

[I] 2
V
app
max
V

KMapp
KM
' / 2app max

[I] 2
[S]
V

KMapp'
[I] 1

Les lignes parallèles, KM et Vmax diminuent [I] = 0

v 1/

1 KM 1 1 -1 / KM
   1 / Vmaxapp '
v Vmax [S] Vmax -1 / KMapp
1 / Vmaxapp
 [ I]  -1 / KMapp'
 1   1 / Vmax

 Ki  0 1/[S]
 1/KM’ = 1/KM(1+[I]/KI)

1/VMAX’ = 1/VMAX (1 + [I]/KI)

 Méchanisme d’inhibition enzymatique
I Compétitive I Non compétitive I Incompétitive
E
Modèle réactionnel

Substrat
S S E I
S X
E I
S I
I
Compétition S I
Inhibiteur v.s.v du Site différent
site actif
←ES → E + P
E + S→ ←
E + S → ES → E + P E + S→
←ES → E + P
Equation d’équilibre

+ + + +
I↑ ↑I ↑I I
↓ ↑
↓ ↓ ↓
EI EI + S →EIS EIS
[I] lie [E] libre [I] lie [E]libre ou le complese [I] lie le complexe [ES]
et entre en [ES] : pas de compétition et empêche la formation
compétition avec [S] entre le substrat et l’inhibiteur.des produits.
 Représentations graphiques des inhibitions
I Compétitive I Non-compétitive I Incompétitive
Vmax Vmax Vmax
Cinétique MM

vo vo
Vmax’ Vmax’
I I I

K m K m’ [S], mM K m = K m’ [S], mM K m’ K m [S], mM

Vmax inchangée Vmax diminue

Vmax et Km diminuent
Représentatiol LB

Km modifiée Km inchangée
1/vo 1/vo 1/vo
I I I
Intersection
Deux lignes
À l’axe des Y Intersection parallèles
1/ Vmax 1/ Vmax 1/ Vmax
à l’axe des
X
-1/Km’ 1/[S] -1/Km 1/[S] -1/Km 1/[S]
 Enzymes allostériques
Certaines enzymes ne décrivent pas de relation hyperbolique entre Vi
et [S] mais sigmoïdale

Contrairement aux enzymes michaeliennes, les enzymes allostériques

n’exercent leur action qu’à des concentrations en substrat élevées
Les petites quantités de substrat sont lentement transformées.
1- La vitesse
augmente à partir d’un
seuil
2 - Les petites
quantités de substrat
sont transformées
lentement.
3 - Effet coopératif
 Régulation de l'activité enzymatique:
Le contrôle allostérique est défini comme étant la fixation d'une
molécule (substrat, produit ou effecteur) à une sous-unité de
l'enzyme, plus précisément au niveau d'un site allostérique autre
que le site catalytique, ce qui entraîne une modification de la
conformation et par la suite de l'activité de l'enzyme.

Un activateur
allostérique
stabilise la
forme active

Un inhibiteur
allostérique
stabilise la
forme inactive
Propriétés générales des enzymes allostériques
• Structure quaternaire formées d’un nombre pair de sous unités.
• Cinétique non-Michaelienne
• Changement de conformation en fonction de la liaison avec le
substrat, ce qui modifie l’affinité de E pour le S. On dit qu’il y a un effet
coopératif.
• En plus du site actif où se fixe le substrat, l’enzyme possède un ou
plusieurs sites allostériques où peuvent se fixer des effecteurs
allostériques (activateurs ou inhibiteurs)
Importance des enzymes allostériques
Ont un rôle de régulation très important dans la cellule:
En général l’enzyme allostérique catalyse la 1ère réaction, limitante
d’une voie métabolique.
Son activité peut être contrôlée par des activateurs ou inhibiteurs
appartenant à cette voie métabolique.
Action des effecteurs allostériques
Ce sont des substances qui agissent comme activateurs ou inhibiteurs en
modifiant la conformation des sites de liaison au substrat, ce qui change
l’affinité pour le substrat

Activateurs allostériques
Augmentent l’affinité de l’enzyme
pour le substrat, lui permettant
d’agir à de faible concentration en
substrat.

Inhibiteurs allostériques
Comme les inhibiteurs compétitifs
diminuent l’affinité de l’enzyme
pour le substrat.
 Regulation of Enzyme Activity
Inhibitor Proteolysis
or proteolysis
o I I x x o
S I I S

inhibitor

Feedback regulation Phosophorylation

o R x x P o
S R S P
(+)
regulator
effector phosphorylation
Signal transduction
A or A
x o
+
Regulatory cAMP or
S calmodulin
(-) subunit
 Cofacteur
Corps chimique intervenant obligatoirement dans une
réaction enzymatique :
- pour transporter ou compléter un substrat ;
- pour accepter un produit ;
- comme participant à la structure de l’enzyme.
· Les cofacteurs peuvent être des ions
· Certains cofacteurs sont des molécules plus complexes
synthétisées par les cellules : nous les appellerons
coenzymes.
 Coenzymes
Molécule biologique intervenant comme cofacteur
indispensable dans la catalyse enzymatique d’une
réaction :
- les coenzymes libres interviennent dans la réaction de
manière stoechiométrique ;
- les coenzymes liés interviennent dans la réaction de
manière catalytique.
 Exemples de coenzymes :
 La biotine (vitamine H), un cofacteur de carboxylases. Elle
joue un rôle dans la néoglucogenèse. La biotine est
fabriquée par des bactéries de la flore intestinale.
 la cobalamine (vitamine B12) : fabriquée par des bactéries,
des champignons et des algues, elle est indispensable à la
formation des cellules sanguines. Les végétalriens peuvent
manquer de vitamine B12 car cette vitamine se trouve dans
les viandes, poissons, œufs, laitages.
 Le coenzyme A, dérivé de la vitamine B5 (acide
pantothénique). Dans l'organisme, le coenzyme A est
souvent associé à un groupement acétyl pour former l'
acétyl-coenzymeA ou acétyl-CoA. L'acétyl-coA produit de
la glycolyse anaérobie ; c'est un intermédiaire important dans
le métabolisme des glucides, des lipides et des protéines.
 Le coenzyme Q10 ou ubiquinone : ce coenzyme joue un
rôle important dans la formation d'ATP dans la
mitochondrie. Le coenzyme Q10 existe sous forme de
compléments alimentaires, utilisés par les sportifs, mais
aussi contre des troubles cardiovasculaires. Antioxydant,
il est aussi présent dans des crèmes anti-âge.
 Les coenzymes nicotinamide NAD (nicotinamide adénine
dinucléotide) et NADP (nicotinamide adénine dinucléotide
phosphate), deux cofacteurs de réactions d'
oxydoréductions. NAD+ est un agent d'oxydation et
NADH (associé à proton H+), un agent de réduction. Le
système NADH/H+ a pour fonction de transférer des
électrons. Ces coenzymes dérivent de la vitamine B3
Nicotinamide
 Le FAD (flavine adénine dinucléotide), FMN (flavine
mononucleotide) qui dérive de la riboflavine (vitamine B2).
 Enzymes et
pathologie

Le fonctionnement normal de l’organisme vivant

est le résultat de l’action harmonieuse de tous
les systèmes enzymatiques

L’enzymologie s’est d’abord introduite en

clinique par le biais de l’analyse des enzymes
dans les humeurs, les secrétions et même les
tissus ce qui révèle parfois des anomalies
pathologiques

Une activité phosphatasique acide dans le sérum

sanguin est caractéristique du cancer de la
prostate et l’abandance d’amylase signe la
pancréatite hémorragique aigue
La présence dans certains enzymes dans le sérum est le
signe d’une nécrose tissulaire importante : l’identifications
de ces enzymes permettra de localiser la nécrose et surtout
leur dosage permettra d’en mesurer l’étendue :

Dans l’infarctus du myocarde, il y a une augmentation de la

glutamate-oxaloacétate-transaminase, de la créatine-
phosphokinase et de la lactate-déshydrogénase

Dans l’hépatite virale il ya augmentation des activités

des glutamate-pyruvate et glutamate-oxaloacétate
transaminase, de la phosphatase alcaline et de la
leucine aminopeptidase.
 Alimentation
Protéines
Protéines

Phénylalanine Tyrosine Mélanines

Phénylalanine Phénylalanine
transaminase hydroxylase

Ac phénylpyruvique Catabolisme

Excrétion urinaire Métabolisme de la phénylalanine expliquant les

perturbations biochimiques de la phénylcétonurie
Conclusion:
Les enzymes sont des protéines douées de
propriétés de catalyseurs des réactions
biochimiques du métabolisme.
Pour chaque enzyme, on peut définir une
réaction chimique associée et le plus souvent
un substrat caractéristique.
Ces propriétés sont la clé qui permet aux
enzymes d’accomplir une grande partie du
métabolisme des organismes vivants en
réalisant les réactions