Université de Sousse
Faculté de médecine Ibn el Jazzar Sousse
présenté en vue de l’obtention du diplôme national de Mastère de recherche en
Médecine moléculaire et nouvelles technologies appliquées à la génétique,
l’immunologie et à la microbiologie
Les denrées alimentaires d’origine végétale réservoirs de
bactéries multirésistantes
Présentée par : Sihem HAMDI
soutenue le 09 Mars 2023 devant les membres de jury
Président :Pr.ag Manel MARZOUK
Examinateur:Pr.Cherifa CHAOUCH
Encadrant:MCU Wejdene MANSOUR
Travail réalisé au sein du laboratoire de recherche Biophysique métabolique et pharmacologie appliquée (LR12ES02) faculté de médecine Ibn El
Jazzar Sousse
Les denrées alimentaires d’origine
végétale sont …..
• Bénéfiques pour la santé
• Sources de vitamines et minéraux
+ • Sources de produitsd
phytochimiquesdon’t certains sont
des antioxydants
• Source de contamination à cause
des contaminants chimiques
physiques et biologiques: bactéries.
-
1
Toxi infection alimentaire d’origine végétale
Radis Légumes concombre
Etats Allmagne,
Japon, unis, 350
9000 cas 200 personnes
11décès personne touchées,
touchées, 14décès
3 décès
199 200 201 2
Situation plus grave avec l’antibiorésistance….
Traitement des
Eau destinée à l’irrigation animaux par les ATB
contenant des résidus d’ATB
et bactéries mutirésistantes
Environnement Déchets d’animaux
contenant des BMR
de la végétation
Déchets des
animaux utilisés
comme fumier
Bactéries résistantes au
niveau du sol
3
Aliments
consommés
crus
sio n
sm is
tra n
Production et
e de me
isqu H o m
consommation
mondiale en
R Al’
augmentation
Contaminants
Contrôle peu biologiques ++
exigeant en ++
comparaison avec Antibiorésistanc
les denrées e
d’origine animale
4
Antibiorésistance:
• phénomène global qui touche tous les
secteurs.
• sans frontières géographique ni barrières
d’espèces.
• Menace planétaire.
un enjeu du concept one health.
5
One Health, Comment?
Résistance aux
Usage des
antibiotiques
antibiotiques
Résidus d’antibiotiques
Surveillance et Maitrise de la RAM
6
7
Plan d’action Mondial-OMS
Objectif 1. Mieux faire connaître et comprendre le problème
de la résistance aux antimicrobiens grâce à une
communication, une éducation et une formation efficaces
Objectif 2. Renforcer les connaissances et les bases
factuelles par la surveillance et la recherche
Objectif 3. Réduire l’incidence des infections par des mesures
efficaces d’assainissement, d’hygiène et de prévention des
infections
Objectif 4. Optimiser l’usage des médicaments antimicrobiens
en santé humaine et animale
Objectif 5. Dégager les arguments économiques en faveur
d’investissements durables qui tiennent compte des besoins
de tous les pays et accroître les investissements dans la mise
au point de nouveaux médicaments, outils diagnostiques,
vaccins et autres interventions 7
20 janv. 2025 8
Objectifs
Investigation de la présence des bactéries résistantes aux
antibiotiques dans des légumes, fruit et salades prêtes à la
consommation à travers une culture ciblée
Caractérisation phénotypique du mécanisme de
résistance des bactéries isolées
Caractérisation génotypique de la résistance par
l’amplification des gènes de résistance
8
Echantillonage
entre Mars et Avril
Sousse ,
11 échantillons
Laboratoire d’hygiene
régionale à Sahline,
31 échantillons
9
Sélection des souches résistantes
Echantillon broyé
ou en morceaux
Echantillon broyé
ou en morceaux
traitement
de échantillons
GN avec CTX/IMP
[3µg/ml] BN avec CTX/IMP
[3µg/ml]
Culture ciblée
Mc+CTX/IMP (3µg/ml) Mc+CTX/IMP (3µg/ml)
Bacilles à Gram négatif
résistantes au CTX ou à 10
l’IMP
Identification des souches
Identification
Coloration de
0
5
Gram
Et observation
microscopique
01 test oxydase,
API 20 E et
02 20NE
03
11
Étude de sensibilité aux antibiotiques /
Étude phénotypique de la résistance
Test de disque combiné IPM/IPM+EDTA
à la recherche de MBL
Un antibiogramme selon les
recommandations
de la CA-SFM
Test de double synergie
à la recherche de BLSE
12
Etude génotypique de la
résistance
Lyse thermique
extraction d’ADN
bactérien
Amplification des genes
PCR
d’interêt
Révélation des produits
de PCR
13
14
Différentes souches isolées suite à la culture ciblée et
l’identification biochimique
12/42 échantillons ont été
contaminés soit 27%:
4 bacilles Gram
négatif de la famille
18 bacilles à Gram négatif des entérobactéries
non fermentaires 22
bactéries • Enterobacter
• Pseudomonas spp(n=7) isolées cloacae(n=1)
• Pseudomonas • Enterobacter
aeruginosa(n=3) sakazakii(n=1)
• Sphingomonas • Esherichia coli(n=2)
paucimobilis(n=1)
• Aeoromonas
hydrophila(n=3)
• Chrysobacterium
indologenes(n=1)
15
Etude de sensibilité aux
antibiotiques
50% Résistance au
Ticarcilline.
Résistance à
40%
l’Imipénème
22% Résistance au
Céftazédime.
18% Résistance au
Céfotaxime.
16
caractérisation phénotypique et confirmation génotypique de la résistance
La recherche de BLSE
Test BLSE positif Test de BLSE négatif mais souche
résistante au céfotaxime/céftazedime
Amplification du gène blaCTX-M-15 Amplification du gène blaTEM
19 1 20 2 14 T+ MT T-
T- MT T+ 21 22
Test de BLSE positif
863 pb
• Test intégré dans
l’antibiogramme de 863pb
22 souches isolées 858 pb
• Deux souches E.coli
ont été productrice
de BLSE
Mt: marqueur de taille;T+:témoin positif; Mt: marqueur de taille;T+:témoin positif; 17
T- témoin négatif ;21-22: souches testés T- témoin négatif ;1-20: souches testés
• La présence de BLSE de type CTX chez l’E.coli
isolée de légumes a été démontrée aussi dans
un étude semblable en Tunisie,2015 (Ben Said
et al.2015).
18
La recherche de MBL
Une seule souche testé positive
IMP+EDTA 4 5 9 10 13 15 16 17 18 T+ MT T-
Confirmation génotypique
920pb
IMP 1000pb
Recherche gène blaVIM
Mt: marqueur de taille;T+:témoin positif;
T- témoin négatif ;4-18: souches testés
Souche négatives (n=8)
Test MBL positif
• Test procédé pour toute Recherche de gène blaNDM
souche résistante à
4 5 9 10 13 15 17 18 T+ MT T-
l’imipinéme(n=9)
• Les 9 souches ont été
phénotypiquement
productrice de MBL 6/8 souches testées sont 420pb
porteuses du gène blaNDM
500pb
250pb
Mt: marqueur de taille;T+:témoin positif;
T- témoin négatif ;4-18: souches testés 19
Recherche de MBL
• MBL du type VIM a été rapportée chez:
– E.coli isolées de légumes en Algérie(Chelaghma et al.2022)
– K.pneumoniae isolées de légumes au Japon (Soliman et al.2021)
20
Β-lactamases
Recherche de BLSE Recherche de MBL
25
22
20 10
9 9
9
8
15
7
6
6
10 5
4
5 3
5
2 2 2
1
1
0 0
BLSE MBL
souches testées test BLSE + CTXm15
Souches testées test MBL +
TEM
VIM + NDM +
21
conclusions
Déssimination de bactéries
pruductrices de BLSE et MBL
dans les denrées
alimentaires d’origine
végétale
Denrées alimentaires d’origine
végétale reservoirs potentiels de
bactéries résistantes
L’antibiorésistance
phénoméne global qui
concerne tous les secteurs
L’Homme ,l’animal et
l’environnement sont
étroitement liés
22
23
Perspectives
Augmenter l’échantillonnage
01
LRechercher d’autres gènes responsables de la
02 résistance aux autres familles d’antibiotiques
d’interêt. Ipsum is simply dummy text of the printing and typesetting
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Identifier les plasmides responsables de la
03 dissémination de la résistance
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Déterminer la source de
04 contamination de ces aliments
05
24
Merci pour votre attention
