Infection urinaire et ECBU : Analyse des bactéries
Infection urinaire et ECBU : Analyse des bactéries
urinaire (ITU)
• Citer les différents groupes de bactéries responsables d’ITU
I) RAPPELS ANATOMO-PHYSIOPATHOLIQUES
II) INDICATIONS
III)ÉTAPES PRÉANALYTIQUES
V) ÉTAPES POST-ANALYTIQUE
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INTRODUCTION
Intérêt
• Diagnostic
Infections du tractus urinaire (ITU)
Contrôle systématique femme enceinte et bilan préopératoire en urologie
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I. RAPPELS ANATOMO-PHYSIOPATHOLIQUES
1.1 – Rappels anatomiques
• Arbre urinaire
Reins, vessie, uretères : stériles
Extrémité urètre : flore commensale
A partir de la flore fécale ou • Souvent intestinal, suite stagnation et • Sondage vésical, cathétérisme,
périnéale
prolifération exploration fonctionnelle, …
Bactéries passent dans circulation sanguine,
parviennent aux reins «cystite, pyélite,
néphrite »
• Absence processus évacuation normal des
urines
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I. RAPPELS ANATOMO-PHYSIOPATHOLIQUES
1.2 – Rappels physiopathologiques
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II. INDICATIONS
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II. INDICATIONS
• Suspicion clinique
- Symptomatologie urinaire
Brûlures mictionnelles, dysurie, pollakiurie, pesanteur vésicale, hématurie macroscopique
• Contrôle post-thérapeutique
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III. ÉTAPES PREANALYTIQUES
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III. ÉTAPES PREANALYTIQUES
Prélèvement :
• Étape cruciale pour l’examen
• Échantillon analyser reflet urine vésicale normalement stérile
Fiche de renseignements
- Prénom et nom, sexe, âge
- Examen demandé
- Nature du prélèvement
- Mode et heure de prélèvement
- Antécédents d’ITU
- Notion de maladie concomitante
- Traitement éventuel déjà institué
III. ÉTAPES PREANALYTIQUES
Prélèvement :
Conditions
• Avant toute antibiothérapie
• Matin au réveil avec première miction
• Tout moment après 3H d’abstention
• Aucun délai porteur sonde vésicale
• Au moins un échantillon
• Flacon stérile
III. ÉTAPES PREANALYTIQUES
Prélèvement :
Modes de prélèvement
Prélèvement de routine ordre physiologique(miction volontaire)
Différents modes en fonction contexte
• Sujet coopératif (homme, femme, grand enfant)
• Nourrisson
• Sujet non coopératif ou inconscient
• Porteur de sonde
• ponction vésicale sus-pubienne
III. ÉTAPES PREANALYTIQUES
Prélèvement :
Modes de prélèvement
• Sous asepsie rigoureuse (lavage des mains)
- Toilette soigneuse organes génitaux externes (dakin/savon ordinaire)
- Laisser couler 1ères gouttes
- Recueillir au milieu/fin du jet urinaire
- Femme : écarter les lèvres de la vulve
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
Schéma synoptique de réalisation
ECBU
J1
J2
J3
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
1. Examen Macroscopique
2. Examen microscopique
PREMIE
3. Isolement des germes
R
4. Antibiogramme
JOUR
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
1.1 Examen macroscopique
Oriente le biologiste.
Renseigne sur les caractères organoleptiques des urines: aspect - couleur - présence
de sédiment.
Urine normales Urine trouble Urine hématique
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
1- 2 Test de screening
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
2. Examen microscopique
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
2. Examen microscopique
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
2. Examen microscopique HÉMATURIE
Hématies
Leucocytes
Cellules Epithéliale
s
Rénales LEUCOCYTURIE
Bactérie
Etat frais
Trichomonas vaginalis
Levures
Œufs de bilharzies
Cylindres
Cristaux
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CELLULES ÉPITHÉLIALES` CELLULES RÉNALES BACTÉRIES
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32
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
2. Examen microscopique
Présence/absence de germes,
Type de flore (mono ou polymicrobienne),
Coloratio Apprécier la flore bactérienne:
- Morphologie,
n
Gram - Gram -/ Gram +,
Lactobacillus (contamination vaginale)
Grossissement 100
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
Onéreux,
Inconvénient: Usage de plusieurs centaines d'échantillons
d'urines par jour.
2. Homogénéiser.
4. Incuber à l’étuve :
À 37°C.
Pendant 24h.
En atmosphère aérobie.
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
3. Uroculture: Isolement des germes Géloses à ensemencer :
Géloses Ordinaires
CLED
Indicateur de l’attaque du lactose,
Différenciation des colonies.
Milieu sélectif:
- Mac Conkey.
Mac Conkey
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
3. Uroculture: Isolement des germes
b. Méthode de la lame immergée:
Dispositif double face:
Mode opératoire:
Exemples de marques:
- CHROMagar® orientation.
- UriSelect ™ (Bio-Rad).
Incubation 24h
- CPS ID® .
- Brillance ™ UTI Agar.
Prostatite :
Nombre germes 3ème échantillon > 1er et 2ème
échantillons 42
IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
C. Recherches particulières:
Bacilles tuberculeux
Recueil des urines
-Diète hydrique la veille (12 heures)
-Recueillir totalité 1ère miction matin
-Si possible répéter la procédure trois jours de suite
Cytologie : pyurie aseptique
Coloration de Ziehl-Neelsen
Culture sur Lowenstein-Jensen
Image : BAAR après coloration de
Ziehl-Neelsen
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
4. Dénombrement des germes urinaire (DGU):
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IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
5. Interprétation de l’ECBU
Infection du tractus urinaire si:
L’identification de l’espèce responsable des infections urinaires (IU) est systématiquement suivie d’un
antibiogramme (ABG)
• Les antibiotiques actifs contre l’espèce identifiée sont ensuite testés et fondée sur la connaissance des
phénotypes de résistance
• L’identification de la bactérie est confirmée en comparant ses caractéristiques aux résistances naturelles
observées.
• Enfin, Le phénotype de résistance aux antibiotiques (comme les SARM ou les BLSE) est déterminé.
IV. ÉTAPES ANALYTIQUES
6 - Antibiogramme
Quantitatif : mesure directe de la CMI Qualitatif : mesure indirecte de la CMI
amoxicilline, C1G (céfalotine, céfalexine, etc.) 1 ère génération : acide pipémidique Nitrofuranes : nitrofurantoïne
Rendu de l’antibiogramme S, I, R
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V. INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS
L'interprétation des résultats d’un ECBU nécessite une analyse détaillée des données biologiques, microbiologiques
et cliniques.
1. Leucocyturie : - Une leucocyturie (< 10^4 leucocyte/mL) indique qu’il n’y a pas de réaction inflammatoire ce
qui permet souvent d’exclure une infection
- Une leucocyturie (≥ 10^4 leucocyte/mL) est le signe d’une inflammation, témoin d’une
infection urinaire.
2. Bactériurie : - Une bactériurie < 103 UFC/mL indique le plus souvent une absence d’infection
- Une bactériurie ≥ 105 UFC/mL indique très souvent une infection urinaire chez un sujet symptomatique.
3. Présence (Monomicrobienne/Polymicrobienne)
• Des symptômes ;
• De la présence d’un facteur de risque (sondage urinaire, intervention sur les voies urinaires) ;
• D’une grossesse.
La présence de symptômes permet de distinguer une infection urinaire d’une colonisation. On parle de colonisation
lorsque l’urine présente des critères d’infection urinaire pour un patient sans symptôme.
V. INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS
3 – Le contexte clinique
V. INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS
4 - Causes d’erreurs
Prélévement
Culture : Les problèmes les plus fréquemment rencontrés lors de cette étape sont
un ensemencement incorrect de l’urine
• Volume mal calibré,
• Mauvaise technique d’isolement
• Concentration trop élevée du conservateur inhibant ainsi la vitalité des bactéries
et une durée ou des conditions d’incubation inadaptées,
entraînent systématiquement une erreur de quantification de la bactériurie.
V. INTERPRÉTATION DES RÉSULTATS
4 - Causes d’erreurs
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VI. SURVEILLANCE DES ITU
• Au cours du traitement, si l'infection est liée à une bactérie usuelle sans mécanisme de résistance particulier : il n'y a
pas lieu de redemander un ECBU après 48 heures de traitement ni au-delà, sauf en cas d'évolution défavorable
(reprise de la fièvre, douleurs, etc.).
• En cas d'infection avec un germe inhabituel ou multirésistant, un ECBU de contrôle à 48 heures et après l'arrêt du
traitement pourra être prescrit.
Jour 1 :
Urines
Jour 2 :
Décompte des bactéries = DGU sur Gélose Interprétation des résultats:
• Compter les colonies • Continuer l’analyse si : Leucocytes ≥ 10^4/mL
• 1 colonie : 10^4/mL Bactériurie ≥ 10^5/ml
Seuil ≥ 10^5 Bactéries/ mL • Ensemencer galerie
• Réaliser ABG
Jour 3 :
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Conclusion
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REFERENCES
• Bactériologie médicale .Techniques usuelles. 3e édition François Denis et al. 2016, Elsevier Masson
• LE DIAGNOSTIC BACTERIOLOGIQUE D’UNE INFECTION BACTERIENNE I [Internet]. [cité 24 déc 2022]. Disponible sur:
http://www.microbes-edu.org/etudiant/diag1.html
• .Jean-Paul Kleina,.Le processus postanalytique en bactériologie. clinique dans le cadre de l’accréditation. REVUE
FRANCOPHONE DES LABORATOIRES - FÉVRIER 2013 - N° 449
• Maleb A, Lamrabat S, Rifai S, Rahmani N, Bensalah M, Benaissa E, et al. A flowchart is always useful: application to the
interpretation of the cytobacteriological examination of urine. Annales de Biologie Clinique. oct 2019;77(5):537‑42.
• Cattoir V, Denis F, Martin C, Ploy MC, Poyart C. Bactériologie médicale: Techniques usuelles. Elsevier Health Sciences; 2016.
599 p.
• Lahmer M, Saddari A, Benaissa E, Ben Lahlou Y, Elouennass M, Maleb A, et al. Non-conformités de la phase préanalytique de
l’examen cytobactériologique des urines (ECBU) au laboratoire de microbiologie du CHU Mohammed VI d’Oujda. Tunis 67 Med.
juill 2023;101(7):612‑6.