COURS DE BIOCHIMIE STRUCTURALE

GLUCIDES ET ACIDES NUCLEIQUES

Assuré par

Pr O. TAZI
 SOMMAIRE
I – LES OSES (Monosaccharides)
Introduction
Classification des oses
Dissimétrie moléculaire – pouvoir rotatoire
Diversité des oses
Filiation des oses
Formule complète et simplifiée
Filiation des D-aldoses
Filiation des D-cétoses
Structure cyclique des oses
Conformation spatiale des oses
Propriétés des oses
Oses d’intérêt biologique
II – LES OLOGOSIDES (oligosaccharides)
Liaison O-glycosidique
Diversité d’enchainement
Convention d’écriture
Analyse structurale des oligosaccharides
Etude de quelques oligosides

III – POLYSACCHARIDES (polyosides)

Les homopolysaccharides
a/ Polysaccharides de réserve
b/ Polysaccharides de structure
c/Les hétéropolysaccharides
d/ Exemple de polysaccharides

IV – HETEROSIDE (hétéropolysaccharides)
 Composés chimiques du corps humain

Protéines 17,0 %
Composés
Lipides 13,8 %
organiques
Glucides 1,5 %

Composés
Eau 61,6 %
Inorganiques
Minéraux 6,1 %
 COMPOSES ORGANIQUES

GLUCIDES: source d’énergie importante pour l’organisme

le glucose est l’aliment principal des cellules.

LIPIDES: source d’énergie

forment les membranes

PROTEINES: constituants principaux des êtres vivants

supports de la plupart des activité biologiques

ACIDES NUCLEIQUES: support de l’information génétique de la

cellule
LES GLUCIDES
 INTRODUCTION
Les glucides sont des composés typiquement ternaires (C, H, O),
universellement répandus dans la matière vivante.

Largement répandus chez tous les êtres vivants, les glucides

constituent :
• des éléments de structure (cellulose des végétaux, chitine des
invertébrés, polysaccharides des parois bactériennes),

• une réserve énergétique (amidon, glycogène) ou encore

• des signaux de reconnaissance (polyosides des groupes sanguins,

des déterminants antigéniques…..).
 Non hydrolysables
Holosides= condensation de 1 ou
= Oses plusieurs oses
GLUCIDES
Hydrolysables Hétérosides= condensation d’1 sucre et
= Osides d’une substance non glucidique= aglycone

Importance en Biologie :
 Rôle énergétique

 Rôle structural

 La place du glucose - Principal carburant des tissus, Seul

carburant du fœtus, Rôle fondamental car tous les glucides
alimentaires sont absorbés sous forme de glucose ou convertis en
glucose dans le foie. Tous les glucides sont synthétisés à partir du
glucose dans l’organisme.
Le représentant majeur des glucides est le glucose de
par :

 son importance quantitative;

 son rôle biologique;

 son intervention dans la structure de nombreux

glucides.
Chapitre 1 : OSES ET DERIVES
I. LES OSES (ou monosaccharides)

1. Structure linéaire des oses (Modèle de Fischer)

Un ose est un glucide non hydrolysable.

Un ose comporte une chaine hydrocarbonée, possédant 2 types de
fonctions :
-une fonction carbonyle (fonction réductrice) [C=O].

-des fonctions alcools [-OH].

 Fonction carbonyle [C=O] en bout de chaine

Fonction aldéhyde
on appelle ces oses des aldoses. (ex : le glucose).
Fonction carbonyle [C=O] est dans la chaine
fonction cétone ; on appelle ces oses des cétoses.
(ex : le fructose).
1.2. Classification des oses

La classification des oses repose à la fois sur :

• nature de la fonction carbonylique ou réductrice (aldéhyde ou

cétone).

Le sucre est un Aldose Le sucre est un Cétose

• nombre d’atomes de carbones de la chaine
(3 à 7 carbones).

La combinaison de ces deux critères permet de caractériser un

ose.
Les plus petits composés répondant à la structure des oses
sont:

- Glycéraldéhyde ou aldotriose

- Dihydroxyacétone ou cétotriose
 Formule brute CnH2nOn avec n= nombre d’atomes de carbone.

Règle pour la numérotation des atomes de carbone:

-Dans le cas des aldoses, la fonction aldéhyde est

toujours portée par le C1.

- Dans le cas des cétoses, le carbone qui porte la

fonction cétone est le C2.
NB. Convention de numérotation : L’atome de carbone du
carbonyle porte le plus petit numéro possible.
 Structure et représentation en perspective

Les 4 groupements portés par le carbone 2 peuvent être arrangés de deux manières
distinctes dans l’espace.

Les 2 structures sont images l’une de l’autre dans un miroir.

Elles sont représentées comme suit en « formule perspective »

 Projection ou Représentation de FISCHER

La représentation le plus souvent adoptée par les oses

dérive de la représentation de FISCHER.
-Le trait vertical représente la chaine carbonée.

- Les traits horizontaux représentent les groupements -OH.

N.B: Dans le cas des glucides, les lettres D et L signifient que

l’ose en question es apparenté stériochimiquement aux D et L
glycéradéhydes.

Elles indiquent donc la configuration du carbone assymétrique

C* le plus éloigné du groupement carbonyle.
I.3. Isomérie des Oses
On appelle isomères, des composés:
• même formule brute,
• formules développées différentes.

1ère différence dans la formule développée des oses:

* Position du groupement carbonyle:

C1 fonction aldéhyde
C2 fonction cétone Isomérie de fonction

2ème différence dans la formule développée des oses:

* Position dans l’espace des différents groupements hydroxyles.

Stéréoisomérie ou Isomérie optique

Cette stéréoisomérie est due à la présence de carbone asymétrique
(noté C*) au sein des molécules.

Un carbone est dit asymétrique lorsqu’il porte 4 substituants

différents.
Exemple du glycéraldéhyde (Représentation en perspective)

Le C2 porte 4 substituants différents C asymétrique

 2 configurations possibles, non superposables mais
images l’une de l’autre dans un miroir
Enantiomères
Ainsi, tous les oses, qui présentent 1 ou plusieurs carbones
asymétriques sont des molécules chirales (qui ne peuvent pas
être superposées à leur image dans un miroir).

La seule exception est la dihydroxyacétone (cétotriose) qui ne

possède pas de carbone asymétrique.
 Configuration absolue
L’appartenance à la série D ou L pour un ose à n C est déterminée
par la configuration du Cn-1.

Les glucides naturels sont , sauf exception, de la série D.

la molécule possède 1 C asymétrique 2 énantiomères

possibles : D = OH à droite ou L= OH à gauche
Les 2 molécules ont des activités optiques contraires, déviant le
plan de polarisation de la lumière d’une même valeur d’angle,
mais dans deux directions opposées.

N.B: Un mélange équimolaire des 2 énantiomères d’une même

molécule est appelé: mélange racémique (n’a pas d’activité
optique).
 Pouvoir rotatoire

l'asymétrie du carbone confère à la molécule un pouvoir

rotatoire, c'est-à-dire qu'une solution de glucide est susceptible
de dévier le plan de vibration d'une lumière polarisée.
L'angle de déviation dépend de plusieurs facteurs, notamment le
pH, la concentration et la longueur du trajet optique (conditions
standardisées), mais aussi de la nature du glucide.

Les glucides qui dévient la lumière à droite sont dits dextrogyres

et notés (+), ceux qui la dévient à gauche sont lévogyres (-).
N.B: Tous les oses dérivant du glycéraldéhyde dextrogyre ont été dits appartenir à
la série D et tous ceux provenant du glycéraldéhyde lévogyre ont été dits appartenir
à la série L.
Stéréisomères:
• même formule brute,
• même nombre d’atomes de carbone,
• même fonction carbonyle,
• mais diffèrent par l’arrangement spatial des groupements OH.

D’une façon générale pour n C* on a 2n stéréo-isomères :

•Pour des aldoses à n atomes de carbone:

on a n-2 C* et donc 2n-2 stéréo-isomères.

•Pour les cétoses on a un C* de moins que leurs aldoses isomères,

donc pour des cétoses à n atomes de carbone,
on a n-3 C* et donc 2n-3 stéréo-isomères.
Epimères:

Stéréo-isomères qui diffèrent par la position de leur groupe

hydroxyle au niveau d’un seul carbone asymétrique.
Synthèse cyanhydrique de Killiani-Fisher (HCN)

Passage ose (Cn) Ose (Cn+1)

- Quand on passe d’un ose à l’ose supérieur, un groupe H-C-OH est

ajouté après le carbone de la fonction carbonyle.

- Un nouvel aldose possédant un atome de carbone de plus

un nouveau C*
2 stéréoisomère supplémentaires, épimères en C2.

*L’acide cyanhydrique s’additionne sur la fonction aldéhyde

nitrile alcool ou cyanhydrine.

*Par hydrolyse passage à l’amide, puis à l’acide et de là par

réduction à l’aldéhyde.
Dégradation de WOHL-ZEMPLEN

Passage d’un ose (Cn) Ose (Cn-1)

Filiation des Oses
Filiation des oses à partir du glycéraldéhyde:
I.4. Structure cyclique des oses
La forme linéaire des oses est une représentation simple mais
incomplète, elle ne permet pas d'expliquer les propriétés des
oses.
Selon Tollens :

-C’est une représentation cyclique plane.

-La fonction carbonyle sous forme hydratée engage :

•un des OH dans un pont oxydique intramoléculaire,
•avec un OH alcoolique (hémiacétalisation),
• créant un nouveau C*.

- Les carbones de la fonction carbonyle engagés dans des cycles

sont appelés anomériques. (anomérie α ou β).
Compte-tenu de la flexibilité du squelette carboné et des angles de courbure
permis par les atomes, les cycles les plus répandus dans la nature
comportent:

6 atomes (5 carbones et 1 oxygène) = forme pyranique ou pyranose.

5 atomes (4 carbones et 1 oxygène) = forme furanique ou furanose.

Selon Haworth
C’est une représentation cyclique en perspective. On a des cycles
pyranoses ou furanoses.

Règles de représentation:

*Les groupes OH qui se trouvent à droite dans la Représentation

de Fischer sont en dessous du plan horizontal formé par le cycle
dans la Représentation de Haworth.

*Les groupes qui se trouvent à gauche dans la RF sont au dessus

du plan du cycle dans la RH.
Cyclisation des aldoses
En résumé:
Cyclisation des Cétoses

-Si l’OH entrant dans le pont oxydique est situé à droite, le CH2OH terminal
sera au-dessus du plan du cycle.

- S’il est à gauche, le CH2OH sera en dessous du plan.

5. Propriétés des oses:

[Link]étés physiques des oses:

5.1.1. Solubilité et cristallisation

•Les oses sont solubles dans l’eau car présentent plusieurs

groupements OH

•Les solutions aqueuses concentrées sont visqueuses, c’est des

sirop (cristallisation difficile)

•La cristallisation est facilitée par ajout d’alcool (méthanol ou

éthanol) où les oses sont peu solubles

* Les oses sont solubles dans le méthanol mais insolubles dans

l’éther
5.2.2. Pouvoir rotatoire

Chaque ose a un pouvoir rotatoire spécifique qui permet de

l’identifier.

5.2.3. Caractéristiques spectrales

* Les oses n’absorbent pas en ultraviolet mais dans l’infra rouge.

5.2. Propriétés chimiques des oses :

Propriétés dues à la fonction carbonyle :

Réduction des oses : obtention d’alditols (ositols):

* Les aldoses et les cétoses sont irréversiblement réduits en alditols

par addition d'hydrures.
•Agents alcalins : Borohydrures alcalins (NaBH4, LiBH4).

Les noms des alditols s'obtiennent en remplaçant le suffixe -ose

par le suffixe -itol.

Exemple:

• D-glucose D-glucitol (D-sorbitol)

• D-mannose D-mannitol

• D-fructose D-mannitol + D-sorbitol

- Formation d'alditol à partir d'un aldose

La réaction implique exclusivement la forme ouverte de l'aldose.

-Formation d'alditols épimères à partir d'un cétose

La réduction du D-fructose par NaBH4 donne un mélange

équimoléculaire de D-glucitol et de D-mannitol, alditols
épimères en C2.

La réduction d'un cétose produit deux alditols épimères.

Oxydation des oses :

– Oxydation douce en milieu alcalin :

l'aldose R-CHO s'oxyde en acide aldonique R-COOH.

Les cétoses ne sont pas oxydés.

Agents oxydants : I2, Br2, HNO3 dilué.
Ex: D-glucose est oxydé en acide D-gluconique :
– Oxydation forte = oxydation nitrique :

L'oxydation forte d'un aldose conduit à l'attaque simultanée de

l'alcool primaire terminal et de l'aldéhyde.
On obtient un di-acide carboxylique appelé acide aldarique.
* La
même réaction d'oxydation provoque la coupure
oxydante du squelette carboné des cétoses.
Réaction d’addition et de substitution :

– Réaction avec les alcools et les phénols (addition) : formation

d’oside
Exp : Action du méthanol sur le glucose
– Action des amines (substitution)

Les aldoses et les cétoses se condensent avec les amines

primaires pour donner des imines cycliques.
– Action des thiols (substitution)
Propriétés dues à la fonction alcool :

– déshydratation en milieu acide :

En milieu acide concentré et à chaud, les oses (à partir de 5 C)

sont déshydratés en furfural ou dérivé du furfural. (cf: TP)
- Formation d’esters :

Des esters d'oses existent à l'état naturel.

Des oses mono- et diphosphate sont essentiels dans le
métabolisme énergétique.
- Oxydation de la fonction alcool primaire :

Une fonction acide carboxylique -COOH remplace l'alcool

primaire -CH2OH d'un aldohexose.
Oxydation par l’acide périodique :

Acide périodique de formule HIO4

coupure des chaines carbonées entre deux atomes de carbone

adjacents:

•porteurs d’un groupement hydroxyle et d’un hydroxyle

hémiacétalique libres et contigus, ou

• porteurs d’hydroxyles libres et contigus.

il apparaît alors deux groupements carbonyliques avec perte d’une

molécule d’eau.
– Action de la phényl hydrazine : Formation d’osazones
- Oses et dérivés d'oses d'intérêt biologique :

* Oses couramment rencontrés :

1) Les trioses

Les formes les plus importantes des trioses sont des dérivés
phosphorylés que l’on retrouve dans les premières étapes de la
glycolyse : D-glycéraldéhyde 3-phosphate et dihydroxyacétone
phosphate.
2 ) Les tétroses :

Sous forme phosphorylée, ce sont les intermédiaires du

métabolisme glucidique, par exemple chez les végétaux réalisant la
photosynthèse (D-érythrose 4-phosphate).

3) Les pentoses:

le D-Ribose (et son dérivé réduit D-2-désoxyribose) qui entre dans

la composition des nucléotides et acides nucléiques (ARN et ADN).

4 ) Les hexoses
- D-Glucose
C’est la molécule « carburant » du monde vivant. C’est en effet
l’ose le plus répandu, à la fois chez les animaux, les végétaux et les
bactéries et qui a ainsi servi de modèle d’étude des structures et
propriétés des oses.
- D-Galactose (épimère en C4 du D-Glucose)

C’est l’ose le plus répandu après le glucose.

On le retrouve à l’état combiné dans :

· le diholoside lactose (principal glucide du lait),

· des osides végétaux, bactériens, dans des glycoprotéines et des

glycolipides.

- D-Mannose (épimère en C2 du D-Glucose)

Peu abondant à l’état libre (écorce d’orange), il est retrouvé dans

des polymères comme les mannanes (composant principale de la
paroi des cellules végétales) ou dans des glycoprotéines.
- D-Fructose

•C’est un des rares sucres cétoniques naturel.

•On le retrouve à l’état naturel libre dans les fruits et le miel auquel
il donne sa consistance à cause de sa cristallisation difficile.

• Il peut également être retrouvé sous forme :

phosphorylé : intermédiaire important du métabolisme glucidique,

Condensé: sous forme de diholoside dans le saccharose ou

d’autres osides.

Les heptoses

Sous forme phosphorylée, ce sont des intermédiaires importants

du métabolisme glucidique (voie des pentoses).
Dérivés d’oses

1) Les acides uroniques:

* Résultent de l’oxydation de la fonction alcool primaire des oses.
* Le représentant principal est : Acide D-glucuronique.
* Il entre dans la composition, notamment, de l’héparine. Il est le
précurseur de la voie de synthèse de la vitamine C.
2) La vitamine C ou acide L-ascorbique:

* Elle dérive d’un aldohexose, le L-gulose,

*Présent dans la plupart des aliments frais d’origine végétale,

*l’acide ascorbique est également synthétisé par de nombreux

animaux.

* Mais l’Homme et le cobaye ne peuvent réaliser cette synthèse

au cours de leur métabolisme glucidique.

* Pourtant, cette substance leur est indispensable et doit donc

être apportée par l’alimentation : l’acide ascorbique est donc une
vitamine pour ces organismes.
3) Le glycérol et le ribitol

•Ce sont des polyalcools acycliques, qui dérivent respectivement de

la réduction du glycéraldéhyde et du ribose.

*le glycérol tient une place importante dans les voies métaboliques,
* il est, avec le ribitol un constituant des acides teichoiques et
lipoteichoiques de la paroi des bactéries Gram +.
Les oligosides : (oligosaccharides)
Les oligosaccharides sont des enchaînements covalents de 2 à
quelques dizaines d'unités monosaccharidiques, liées entre elles
par la Liaison O-glycosidique.

Par hydrolyse

Holosides: Hétérosides:
Constitués exclusivement Oses + Substances non
d’oses glucidiques

- 2 à 10 molécules d’oses:
2 Oses: diholosides Oligosides
3 Oses: triholosides - > 10: polyholosides ou
4 Oses: tétraholosides polyosides
Nomenclature et convention

Une liaison osidique, est caractérise par:

-la nature des oses et par leur forme cyclique (pyrane ou

furane),

-la configuration anomérique de la liaison osidique, α ou β.

-les numéros des atomes de C portant les fonctions impliquées

dans la liaison.
 Les carbones engagés dans la liaison osidique

Diholoside non réducteur:

toutes les fonctions Diholoside réducteur:
hémiacétaliques sont La fonction portée par le
engagées dans les liaisons dernier ose est libre
osidiques

Liaison de type: Liaison de type:

OSIDOSIDE OSIDOSE
Diholosides réducteurs:

Le Maltose:

* provient de l’hydrolyse de l’amidon et du glycogène.

* formé par l’union de 2 molécules de glucose unies en α 1 -4.
*C’est un oside réducteur.
•hydrolysé en 2 molécules de glucose par une enzyme spécifique, la
maltase.

α D- glucopyranosyl (1 -4) α D- glucopyranose

Le Lactose

- Présent dans le lait de tous les mammifères.

- C’est un diholoside réducteur constitué d’une molécule de
Galactose et d’une molécule de Glucose unies par une
liaison β (1 -4) osidique.
Le cellobiose :

-unité de base de la cellulose, présente une liaison osidique

β (1-4).
-son nom systématique est le β-D-glucopyranosyl (1-4)
β D-glucopyranose.
Diholosides non réducteurs

Le Saccharose (sucrose)
* diholoside non réducteur, très répandu dans les végétaux: canne à sucre et
betterave.
• formé par l’union de 2 molécules (glucose + fructose) unies en β 1-2.
• C’est un oside non réducteur.
* hydrolysable par voie enzymatique avec une α - glucosidase ou une β-
fructosidase.
Polyosides

Polyosides = polysaccharides = glycannes

Chaines de molécules d’oses: linéaires ou ramifiés

•La plupart des glucides se présentent à l’état naturel sous forme

de polyosides de haut poids moléculaire.

•Le D-glucose en est le constituant majeur.

•Les plus représentatifs sont l’amidon dans le règne végétal et le

glycogène dans le règne animal.
L’amidon
est composé de deux substances différentes:

-15 à 30 % d’amylose.

-70 à 85 % d’amylopectine (ou iso-amylose).

 Amylose

-Enchainement linéaire d’αD-glucose unis par des liaisons 1-4.

- 200 à 3000 résidus de glucose par molécule d’amylose.

amylase maltase
Amylose polymères maltose glucose
(salive, pancréas) intestin
 Amylose
Amylopectine:

- chaînes de D-glucose unis par des liaisons α(1-4), ces chaînes

étant elles-mêmes ramifiées par des liaisons α(1-6).
Amylopectine
 Hydrolyse de l’amidon
 Hydrolyse chimique en milieu acide et à chaud

Amidon

Hydrolyse au hasard

Libération de composés intermédiaires courts =

Dextrines
Hydrolyse continue

Libération de mélange glucose, maltose et Dextrines courtes

  Hydrolyse enzymatique:

Catalysée par des amylases Maltose essentiellement

 α amylases: catalysent l’hydrolyse des liaisons α (1 – 4) à

l’intérieur de la chaine (endoamylases)

maltose (D glucopyranosyl α (1 – 4) D glycopyranose)

+ Dextrines

Ces enzymes sont retrouvées chez les animaux (salive, suc

pancréatique, suc intestinal) et les végétaux (graines).
β amylases: catalysent l’hydrolyse des liaisons α (1-4)
successivement à partir des extrémités non réductrices.

maltose (D glucopyranosyl α (1 – 4) D glycopyranose)

+ Dextrines

Ces enzymes sont retrouvées chez les végétaux (dans les

graines en germination (ex: malt)) et les bactéries.
 α (1 -6) glucosidases ou enzymes débranchantes:

catalysent l’hydrolyse des liaisons α (1-6) au niveau des

ramifications et au niveau de l’isomaltose.

Glycogène
•Glucide de réserve des tissus animaux.

•Existe dans le foie, muscle, etc.

• Environ 30000 résidus glucose par molécule de glycogène.

• Formé par la condensation d’unités de αD-glucose unis par des

liaisons 1-4 avec des ramifications 1-6 (branchement tous les 8 à
1O résidus).

• Le glycogène est très fortement ramifié structure

arborescente
Glycogène glucose
amylases
Cellulose

• Formé par la condensation exclusivement linéaire d’unités de

αD-glucose unis par des liaisons β(1-4).

• Constitue la paroi des cellules végétales, substance de soutien.

Hétérosides
Les hétérosides résultent de la combinaison du groupement
carbonylique libre d’un ose ou d’un oligoside, avec une fraction
non glucidique appelée aglycone .

Selon la nature de l’aglycone, on distingue:

•Les glycoprotéines :

Les osides sont fixés sur les protéines par deux types de liaisons
formées par condensation :

-la liaison N-osidique: s'établit en général entre le dérivé

N-acétylglucosamine (monosaccharide ou ose modifié qui partage
le même squelette que le glucose) et la fonction amide de
l'asparagine (acide aminé)
-la liaison O-osidique est plus diverse.

Elle s'établit par le dérivé N-acétylgalactosamine et la fonction

alcool de la sérine ou de la thréonine.

Osamines
Les protéoglycannes:

-Association covalente de protéines et de polymères glucidiques

appartenant à la famille des glycosaminoglycannes (GAG).

Glycoamino glycannes acides

osamine longue COO-

chaine SO3-
d’ose
Les GAG résultent de la polycondensation linéaire d'unités
d'osamines et d'acides uroniques qui peuvent être sulfatés.

- matrice extracellulaire (tissu conjonctif),

- membranes plasmiques et
- quelques-uns sont intracellulaires.
Acide hyaluronique:

Constitué par la polymérisation d’un diholoside de base.

Hydrolysé par plusieurs enzymes: haluronidases

Acide β D glucuronique N acétyl β D-glucosamine

 Dermatane sulfate:
-glycosaminoglycane formé d'unités disaccharidiques d'acide
L-iduronique (épimère de l’acide glucuronique en C5) et de
N-acétyl-D-galactosamine-4-sulfate.

- présent principalement dans la peau, mais aussi en moindre

quantité dans les vaisseaux sanguins, les valves cardiaques, les
tendons et les poumons.
Chondroïtine ou chondroïtine sulfate :

- glycosaminoglycane, rôle dans la constitution des cartilages en

croissance: fixation du Ca ++

Acide β D glucuronique N acétyl β D-glucosamine

hypersulfaté
Héparine:

-Secrétée par les mastocytes du tissu conjonctif.

- présente dans le foie, muscle et poumon.

Acide glucuronique glucosamine

sulfaté en C2 sulfaté en C2et C6
•Glycolipides ou saccharolipides: polyosides liés à des lipides.

Exp: galactosphingosine: lipide = sphingophospholipide

ose = galactose

*Protéines glyquées : produits de la fixation chimique d'une

unité de glucose sur les protéines plasmatiques .

*L'hyperglycémie du diabète insulinique favorise la fixation de

cet ose (marqueur du diabète non équilibré).
 LES ACIDES NUCLEIQUES

Introduction

• Constituants universels de la matière vivante

• représentant 10 à 20 % de la masse sèche
• Caractère acide
• constitués d'un polymère d'unités monomériques (molécules de
bases) appelées nucléotides

• Regroupés en deux classes :

Acides désoxyribonucléiques = ADN, essentiellement localisés

dans le noyau cellulaire.
 Acides ribonucléiques = ARN, plus abondants dans le
cytoplasme
II. Composition des acides nucléiques
A/ Les constituants

L’hydrolyse totale d’un acide nucléique purifié permet de

déceler trois types de constituants :

L’acide phosphorique, un pentose, des bases azotées.

L’acide o-phosphorique H3PO4 est commun à tous les acides

nucléiques.
Le pentose : diffère selon la catégorie d’acides nucléiques.

•βD-ribofurannose pour les acides ribonucléiques (ARN)

•βD-désoxyribofurannose pour les acides désoxyribonucléiques (ADN)

Les Bases azotées

Bases puriques:

adénine et guanine.

Il existe d'autres bases naturelles, que l'on trouve par exemple

dans certains ARNt, ainsi que des dérivés ayant des fonctions
particulières.

Bases pyrimidiques:

cytosine et uracile se trouvent dans les ARN, mais la thymine

remplace l'uracile dans les ADN.
Comme dans le cas des bases puriques, il en existe d'autres, par
exemple dans l'ADN de certains bactériophages (virus infectant
des bactéries).
Nucléosides

•On numérote les atomes de la base de 1 à 9 (bases puriques)

ou de 1 à 6 (bases pyrimidique).

•Pour ne pas les confondre, les atomes du pentose sont

numérotés de 1' à 5'.
 Union d’une base avec un pentose: liaison osidique C-N.

 Cette liaison, appelée encore liaison N glycosidique

 Elle se forme entre le groupement pseudoaldéhydique du

pentose porté par le carbone 1’ et un groupement NH de
l’hétérocycle

en position 9 pour les bases puriques et en 1 pour les bases

pyrimidiques, après élimination d’une molécule d’eau.
Les nucléotides
 La fonction alcool primaire du carbone 5' du pentose est
estérifiée par un acide phosphorique nucléotide.

 Les molécules d'acide phosphorique portées par le pentose

peuvent se lier à d'autres molécules du même acide par une
liaison dite phosphodiester.
Les nucléotides d'intérêt biologique

Les nucléosides monophosphates

La phosphorylation sur le carbone C5' est la plus courante.

L'AMP est l'un des composés que l'on trouve dans de

nombreuses réactions du métabolisme.

Les nucléosides 5'-phosphates sont les éléments de bases de

polymères tels que l'ADN et l'ARN que l'on trouve dans tous les
organismes vivants.

Les nucléosides diphosphates

L'ADP (et les autres nucléosides PP classiques) est un composé qui

a de nombreuses fonctions, citons parmi elles:
 molécule à haut potentiel énergétique;
 molécule intermédiaire dans la production d'ATP;
activateur d'enzyme allostérique comme la L-glutamate-
déshydrogénase;

Les nucléosides triphosphates

- L'une des molécules les plus "universelles" est l'ATP: source
d'énergie utilisable :
- par des réactions de catalyse enzymatique impossibles sans
couplage;
- pour le transport transmembranaire actif;
-pour la contraction musculaire; etc…

D'autres nucléosides 5' triphosphates jouent un rôle identique à

celui de l'ATP mais à un degré beaucoup plus minoritaire (GTP,
UTP, etc.)
3. La liaison phosphodiester

Les acides nucléiques sont des enchainements de nucléotides

5’phosphate dont l’assemblage est réalisé par une liaison
phosphodiester :
La chaine est vectorisée : elle est écrite de gauche à droite et dans
le sens, extrémité phosphate 5’ 3’. C’est le sens dans lequel les
séquences d’acides nucléiques sont utilisées comme molécules
informationnelles (transcription, traduction).

Représentations simplifiées :
Structure et propriétés des acides nucléiques

Structure primaire de l’ADN

-La succession pentose - phosphate crée le squelette de l'acide

nucléique sur lequel sont accrochées les bases azotées.

-Le brin d'ADN est un polymère de désoxyribonucléotides

monophosphates reliés entre eux par des liaisons 3',5'-
phosphodiester (relient le carbone 3' du désoxyribose d'un
nucléotide au carbone 5' du désoxyribose du nucléotide suivant).

-Le brin d'ADN possède une polarité: il a une extrémité 5'-phosphate

et une extrémité 3'-OH.
La taille des acides nucléiques:

La taille des acides nucléiques est exprimée en trois unités selon

l'usage :
- la longueur
- la masse moléculaire en Dalton (Da)
-le nombre de nucléotides (ou bases), noté b, pour les molécules
simple brin et le nombre de paires de base, noté pb, pour les
molécules double brin.

Pour les ARN, le nombre de nucléotides varie de plusieurs dizaines

à plusieurs milliers.

Pour les ADN, le nombre de nucléotides varie de 5000 à plus de

100 millions de pb.
Structure secondaire de l’ADN: double hélice

Watson et Crick, 1953.

La stabilité de la structure secondaire de la double hélice d'ADN

est essentiellement due aux :

-liaisons hydrogène entre les bases complémentaires de chacun

des brins;

-interactions hydrophobes et électrostatiques des bases

successives empilées dans la structure de l'hélice;

Cette stabilité n'entraîne pas une rigidité de la molécule d'ADN

et celle-ci peut adopter des conformations différentes pour
différentes régions.
La molécule d’ADN est constituée:

* 2chaînes d’ADN (ou brins d'ADN) qui s’enroulent autour d'un axe
formant une conformation hélicoïdale appelée double hélice
d'ADN.

• Les deux brins d’ADN sont stabilisés par des liaisons hydrogène
entre les bases complémentaires (on dit aussi qu’il y a
appariement entre les bases).

* Les deux chaînes de l’ADN sont dites complémentaires.

* L’adénine et la thymine : 2 liaisons hydrogène

* La guanine et la cytosine : 3 liaisons hydrogène

Les deux chaînes sont antiparallèles car l’extrémité 3’ d’un brin se
trouve en face de l’extrémité 5’ de l’autre.
LES Acides Ribonucléiques (ARN)

-copies complémentaires d’un des deux brins de l’ADN et sont

synthétisées lors de la transcription.

 Classification des ARN

Toutes les cellules, à l’exception des virus, contiennent trois types

essentiels d’ARN :

*les ARN ribosomiques (ARNr),

* les ARN de transfert (ARNt),

* les ARN messagers (ARNm) qui interviennent lors de la

traduction.
•masse moléculaire plus faible que celle des ADN.

• ils sont plus petits.

• Ce sont des chaînes monocaténaires de nucléotides : A, G, C, U.

• Leur solubilité et leur absorption dans l'UV sont proches de

celles de l'ADN.

• On n'obtient pas dans leur cas de courbe de fusion directement

comparable à celle de l'ADN.

• IL n'y a pas d'effet hyperchrome

Propriétés physico-chimiques des Acides Nucléiques

 Solubilité

* L’ADN et l’ARN sont chargés négativement en raison des

groupements phosphate.

•Ils sont solubles dans l’eau en présence de sels de sodium (les

charges négatives sont neutralisées par les ions sodium) avec une
viscosité élevée (méduse).

* L’ADN est insoluble dans les solvants organiques.

Poids Moléculaire

• L’ADN des organismes vivants est de grande taille et a un poids

moléculaire (PM) très élevé.

Absorption dans la lumière Ultra-Violette

* L’ADN et l’ARN absorbent dans l’ultraviolet du fait des bases

puriques et pyrimidiques avec un maximum à 260 nm.
-Le spectre d'absorption de l'ADN natif n'est pas identique à
celui du même ADN dénaturé par la chaleur (chauffage à
100°C) ou par l'urée ou encore à pH très alcalin.

-L'ADN dénaturé a une absorption à 260 nm plus élevée que

l'ADN natif, d'un facteur 1,6. Cette propriété est appelée l'effet
hyperchrome ou hyperchromicité.

L’augmentation de l’absorbance à 260 nm de l’ADN dénaturé

est due aux bases azotées qui ont un coefficient d’extinction
moléculaire plus élevé sous forme libre que sous forme
appariée, liée par des liaisons hydrogènes.
 L'absorption de l'ADN natif, à 260 nm, en fonction de la
température (courbe de fusion), présente l'allure d'une sigmoïde :
le point d'inflexion de cette courbe, est la température de fusion
de la molécule, notée Tm.

La fusion correspond à la rupture des liaisons hydrogène sous

l’effet de l’agitation thermique déscoupler les bases
azotées et déspiraliser totalement chaque chaine de la double
hélice native L’ADN monocaténaire = dénaturé

*La température de fusion ou Tm est la température à laquelle

la molécule d’ADN est à moitié dénaturée par rupture des
liaisons hydrogène.
-Il faut noter que la température de fusion Tm est dépendante de
la force ionique du milieu et qu'elle diminue lorsque cette
dernière augmente (dans des milieux où [NaCl] > 1M).

-La valeur de la température de fusion Tm est d'autant plus

élevée que le pourcentage de bases G + C est grand :

Tm = 69,3 + 0,41 (G + C) %

-65 °C pour l'ADN de E. Coli où G+C est égal à 50%,

- 76 °C pour l'ADN de P. aeruginosa où G+C est égal à 68%

Dénaturation/Renaturation de l’ADN

- Les deux brins de la double hélice d’ADN ont la capacité de se

séparer facilement par rupture des liaisons hydrogène entre les
paires de bases.

- c’est ce qu’on appelle la dénaturation.

- Les brins d’ADN dénaturé peuvent facilement reformer la

molécule double brin de départ par reformation des liaisons
hydrogène.

C’est la renaturation ou l’hybridation.

-La dénaturation peut être obtenue en chauffant une solution
d’ADN

- la renaturation par diminution progressive de la température.

Le phénomène de dénaturation/renaturation est donc réversible.

Densité

La densité (d) des acides nucléiques est proportionnelle au

pourcentage de C+G.

Ceci est dû à la présence des 3 liaisons hydrogène qui

rendent la molécule plus compacte et donc plus dense.

Il y a une relation entre le pourcentage de (C+G) et la densité

(d) :
d = 1,66 + 0.001x %(G+C)

La densité des acides nucléiques peut être déterminée par la

technique d’ultracentrifugation en gradient de chlorure de
césium (CsCl).
Hydrolyse acide

Traitement par un acide à faible concentration (HCl 1mM)

Clivage de la liaison N-osidique entre les purines (N9)
et le 2’désoxyribose (C1’) On obtient un ADN
dépourvu de ses purines appelé acide apurinique.

Le même traitement n’a aucun effet sur l’ARN.

Hydrolyse alcaline

Les ARN sont totalement et rapidement (en quelques

minutes) hydrolysés en leurs ribonucléotides par un traitement
alcalin (ex : 37°C, pH11).

C’est la présence du 2’OH libre qui permet cette hydrolyse

intermédiaire cyclique 2’-3’ phosphate

mélange de nucléotides 2’Phosphate et 3’Phosphate.

L’ADN est résistant au traitement alcalin car il ne dispose pas

de 2’OH.
Hydrolyse enzymatique
Les enzymes qui hydrolysent les acides nucléiques sont des
nucléases ,
Existent dans presque toutes les cellules,

Elles ont un rôle important dans le métabolisme des acides

nucléiques.

Ces enzymes catalysent l’hydrolyse de la liaison phosphodiester et

sont alors appelées phosphodiestérases.
Les nucléases sont classées selon:

• Le niveau de clivage de la chaîne :

o Les exonucléases catalysent les coupures à partir de

l’extrémité de la chaîne,

o Les endonucléases catalysent les coupures à l’intérieur de la

chaîne

• Le substrat :

o ADN, ARN ou les deux

• Le type de coupure de la liaison phosphodiester (5’ ou 3’)

Endonucléases
Exonucléases
Intérêt de l’étude de la structure des acides nucléiques

L’étude des acides nucléiques nous a permis d’améliorer notre

savoir sur des mécanismes fondamentaux de la cellule, comme
la réplication, la transcription ou encore la traduction.

La compréhension de la structure des acides nucléiques a

également permis de faire des avancées considérables dans des
domaines très variés comme par exemple celui de la santé
(diagnostique et thérapeutique), de l’amélioration des plantes,
de la phylogénie ou encore celui de la criminalistique.