BIOCHIMIE
Peptides,
polypeptides et
protéines
Structure et propriétés physico-chimiques
BIOCHIMIE
I
Introduction
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De l’acide aminé à la protéine
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II
La liaison
peptidique
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Définition
Un peptide est une chaine courte (moins de 10 unités) d’acides
aminés. On parle de polypeptide lorsque la chaîne contient
entre 10 et 100 acides aminés. Au-dessus de 100 (ou encore
50, définition arbitraire) acides aminés on parle généralement
de protéine.
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Formation d’une liaison
peptidique
R R’
NH2 C C O OH H2N C C O OH
H H
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Formation d’une liaison
peptidique
R R’
NH2 C C O OH H2N C C O OH
H H
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Formation d’une liaison
peptidique
R R’
NH2 C C O OH H2N C C O OH
H H
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Formation d’une liaison
peptidique
R R’
NH2 C CO HN C C O OH
H H2O H
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Formation d’une liaison
peptidique
R R’
NH2 C CO HN C C O OH
H H2O H
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Formation d’une liaison
peptidique
N-terminal R O R’ C-terminal
NH2 C C N C C O OH
H H H
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Quels sont les acides aminés qui
forment ce tripeptide ?
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Quels sont les acides aminés qui
forment ce tripeptide ?
Met Leu Asp
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Donnez la structure semi-développée du tripeptide
suivant : thréonyl-lysyl-proline
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II
Structure des
protéines
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Structure primaire
Une séquence linéaire d'acides aminés, formant une chaîne
polypeptidique, constitue la structure primaire de la protéine. Cette
structure qui ressemble à un chapelet de « perles » d'acides aminés,
est le squelette de la molécule de protéine.
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Structure secondaire
La structure secondaire des protéines consiste en un
réseaux d'interactions locales entre résidus d'acides
hydrogène. Certaines de ces structures (hélice 𝛼,
aminés, par l'intermédiaire ou non de liaisons
feuillet 𝛽, coudes) se retrouvent fréquemment, mais il
existe aussi des parties non structurées.
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Structure secondaire
Hélice alpha
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Structure secondaire
Feuillet bêta
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Structure tertiaire
La structure tertiaire ou tridimensionnelle est le repliement dans
l'espace d'une chaîne polypeptidique. Ce repliement donne sa
fonctionnalité à la protéine, notamment par la formation du site actif
des enzymes.
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Structure tertiaire
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Structure tertiaire
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Structure quaternaire
La structure quaternaire d'une protéine multimérique est la manière
dont sont agencées les différentes chaînes protéiques, ou sous-unités, à
l'état natif les unes par rapport aux autres. Ce qualificatif ne s'applique
qu'aux protéines multimériques, c'est-à-dire ne contenant pas qu'une
seule sous unité. Ainsi on distingue les dimères (deux sous-unités), les
trimères (trois sous-unités), les tétramères (quatre sous-unités), etc.
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Hémoglobine Humaine
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Classification
HETEROPROTEINES HOLOPROTEINES
PROTEINES LES PROTEINES GLOBULAIRES
+
GROUPEMENT
PROTHETIQUE
LES PROTEINES FIBREUSES
(glucide, lipide,
phosphore…)
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III
Propriétés physico-
chimiques
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Dénaturation
• Physiques:
• T°C, pH, radiations, agitations, ...
• Chimiques:
• Urée qui détruit les liaisons hydrogènes, BetaMercaptoEthanol
qui détruit les liaisons S-S, le SDS Sodium DodecylSylfate.
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Solubilité
• Mécanisme complexe
• A basse force ionique, la solubilité des protéines augmente
lorsque la concentration en sels croit, jusqu'à un certain
seuil. Au delà, elle diminue avec l'addition de sels.
• La solubilité est minimale au pH isoélectrique.
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Poids et masse moléculaires
• le poids moléculaire ou masse moléculaire relative (symbole Mr) est sans
dimension
• la masse moléculaire (symbole m), généralement exprimée en daltons (Da) pour
les protéines
• Pour les protéines, on utilise souvent le Mr. Cette caractéristique est estimée par
diverses méthodes, par exemple :
• La filtration sur gel, ou chromatographie d'exclusion stérique., il existe ensuite une relation
linéaire entre le volume d'élution et le logarithme du poids moléculaire.
• L'électrophorèse sur un gel de polyacrylamide en gradient.
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Propriétés électriques
• Caractère amphotère
• La liaison peptidique n'est pas chargée aux pH présentant un intérêt
physiologique.
• La charge varie avec le pH
• Présence d’un pHi.
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Propriétés optiques
Les solutions protéiques absorbent et diffusent la lumière. Les
propriétés optiques sont en rapport avec la concentration de la
solution, avec la taille et la forme des molécules. Ces propriétés sont
importantes pour l'étude et le dosage des protéines. On peut
également déterminer les caractéristiques géométrique d'une protéine
par diffusion de la lumière.
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IV
Méthodes d’étude
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Électrophorèse
• Principe : = q
+
-
⃗
E
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Électrophorèse (SDS-page)
• Principe : = q
+
+
⃗
E
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Électrophorèse
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Électrophorèse
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Électrofocalisation
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Électrophorèse en double dimension !
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Chromatographie
PHASE
PHASE STATIONNAIRE MOBILE
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Chromatographie sur papier
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Chromatographie
affinité/échange d’ions
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Exemple d’un chromatogramme
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Les peptidases
• Les exopeptidases (ou exoprotéases) :
• Les aminopeptidases qui coupent entre le premier acide aminé et le second
acide aminé de la chaîne, libère donc l'acide aminé N-terminal
• Les carboxypeptidases qui coupent entre l'avant dernier et le dernier acide
aminé de la chaîne, libère donc l'acide aminé C-terminal
• Les endopeptidases (ou endoprotéases) qui peuvent couper à
l'intérieur de la chaîne peptidique.
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Quelques peptidases…
• la trypsine : coupe avant une lysine ou une arginine
• la chymotrypsine : coupe après un acide aminé hydrophobe ou
aromatique
• la pepsine : coupe après les aromatiques
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Séquençage chimique
• Hydrolyse acide : libère tous les acides aminés d’une protéine par
clivage de la liaison peptidique (détruit les aromatiques)
• Bromure cyanogène : coupe après une méthionine
• Réactif d’Edman : libère l’acide aminé en N-terminal
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Petit exercice…
Soit un mélange de trois peptides :
A= Lys-Ala-Arg B=Glu-Leu-Asp C=Ala-Gly-Ser
Calculer leur pHi
Lys 2,2 9,2 10,8 Glu 2,1 9,5 4,1 Ala 2,4 9,9
Ala 2,4 9,9 Leu 2,3 9,7 Gly 2,4 9,8
Arg 1,8 9 12,5 Asp 2,1 9,9 4,1 Ser 2,2 9,2
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pHi Lys-Ala-Arg
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pHi Glu-Leu-Asp
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pHi Ala-Gly-Ser
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Petit exercice…
Soit un mélange de trois peptides :
A= Lys-Ala-Arg B=Glu-Leu-Asp C=Ala-Gly-Ser.
On soumet le mélange à une électrophorèse à pH=6
Indiquer sur un schéma la position des trois peptides à la fin de l’expérience.
Justifier le résultat.
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Petit exercice…
Soit un mélange de trois peptides :
A= Lys-Ala-Arg B=Glu-Leu-Asp C=Ala-Gly-Ser
On dépose le même mélange au sommet d’une colonne remplie d’une résine
polystyrénique substituée par des groupements sulfonâtes (SO 3-), on applique un
gradient de pH allant de 2 jusqu’à 13.
1. Quel type de chromatographie échangeuse d’ion utilisé ?
2- Indiquer l’ordre de sortie des trois peptides.
3. Peut-on séparer ces peptides lorsqu’on les dépose sur la même colonne, mais cette
fois-ci on applique un gradient de pH allant de 13 jusqu’à 2.
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Quel type de chromatographie échangeuse d’ion utilisée ?
La résine est chargée négativement donc est une chromatographie
échangeuse de cation
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Indiquer l’ordre de sortie des
trois peptides
A pH 2, tous les peptides seront chargés +(A+, B+ et C+)(pH ˂pHi ), donc
les trois peptides s'accrocheront à la résine, Au fur et à mesure qu’on
augmente le pH, les peptides élueront dès que le pH du tampon
deviendra supérieur à leur pHi (la charge devient négative). Ainsi, dans
l'ordre croissant, on recueillera : B, C en fin A.
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Peut-on séparer ces peptides lorsqu’on les dépose sur
la même colonne, mais cette fois-ci on applique un
gradient de pH de 13 à 2.
À pH 13, tous les peptides dans le mélange seront chargés
négativement (pH ˃pHi), donc aucun des peptides ne
s'accrochera à la résine et ils seront donc tous retrouvés dans
l'éluant.
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Petit exercice…
Soit un mélange de trois peptides :
A= Lys-Ala-Arg B=Glu-Leu-Asp C=Ala-Gly-Ser.
1) Calculer leur pHi.
On soumet le mélange à une électrophorèse à pH=6
2) Indiquer sur un schéma la position des trois peptides à la fin de l’expérience. Justifier le résultat.
3) On dépose le même mélange au sommet d’une colonne remplie d’une résine polystyrénique
substituée par des groupements sulfonâtes (SO3 ), on applique un gradient de pH allant de 2 jusqu’à 13.
1. Quel type de chromatographie échangeuse d’ion utilisé ?
2- Indiquer l’ordre de sortie des trois peptides.
3. Peut-on séparer ces peptides lorsqu’on les dépose sur la même colonne, mais cette fois-ci on
applique un gradient de pH allant de 13 jusqu’à 2.
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V
Quelques
fonctions...
BIOCHIMIE
Créer et maintenir une structure
BIOCHIMIE
Créer et maintenir une structure
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Reconnaître et se défendre
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Transporter
BIOCHIMIE
Transformer
BIOCHIMIE
Bouger et se déplacer
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Informer et signaler
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Merci pour votre
attention !
