Introduction au logiciel R
pour l’épidémiologie
Introduction au cours
Cameroun
Apprendre R…
… Est
vraiment
utile
Apprendre R…
… Vous donne la
liberté
Apprendre R…
… Est parfois un travail
difficile
Apprendre R…
… Va vous donner
des moments de joie
Apprendre R…
… Va faire ressortir
votre côté créatif
Apprendre R…
… Vous lancera dans une aventure …
… Avec une communauté inspirante de
millions de personnes…
Pourquoi
Utiliser R ?
Flexibilité
Popularité
Plus facile à apprendre
R est devenu plus facile à apprendre au cours de ces dernières années:
• Interface utilisateur plus convivial (Rstudio)
• Syntaxe plus simple (‘‘Tidyverse’’)
• Ressources gratuites et matériels
didactiques interactifs disponibles
Vaste communauté d’utilisateurs
Visualisation des données
Source: EpiR Handbook, Paula Bianca Blomquist
Rapport de surveillance automatisé
• Rapport quotidien sur la COVID-19
• Formats de sortie:
- MS Word
- PDF, HTML,PPTX,Tableaux de bord,
Applications
Source: EpiR Handbook, Paula Bianca Blomquist
Tableaux de bord interactif avec {Shiny}
Source: WHO
Objectif du cours
• Acquérir les compétences de base en R pour gérer et visualiser des
données
• Comprendre comment R évolue et être équipé pour apprendre en solo
dans le futur
• Ressources gratuites et matériels didactiques interactifs disponibles
Démo: R Studio et
Syntaxe de base
Projet Rstudio
• Tous les exercices du cours se feront sur dans des projets RStudio
• C’est un environnement de travail R autonome et portable.
• Il s’agit d’un dossier contenant tous les fichiers associés à un projet distinct:
Fichier de données (Data)
Script R
Fichier de sortie
Arguments (1/2)
• La plupart des fonctions ne sont pas
aussi simples
• On doit leur dire comment travailler et sur
quoi travailler
• On utilise les arguments de la fonction pour
spécifier ces valeurs.
• Les arguments sont comme les entrées
et les paramètres, avec des noms.
Arguments (2/2)
• De la même manière que Excel, les arguments ont des noms et sont
séparés par des virgules
• Les valeurs peuvent être numériques ou caractères.
• Les arguments peuvent faire référence à d’autres valeurs
• Certains arguments sont facultatifs
Exemple de cuisine
• Imaginons que oven_bake() est une fonction que nous utilisons pour faire
cuire le pain;
• Quels arguments cette fonction pourrait-elle prendre ?
• Indice : quel objet doit être mis au four ? Quels sont les
réglages à effectuer ?
Exemples
• Imaginons que nous ayons ce jeu de données importé dans R, enregistré
avec le nom surv.
• Nous voulons créer un tableau croisé des colonnes case_def et gender.
Packages (1/2)
• Les fonctions sqrt(), sum(), et c() sont prêtes à être utilisées lorsque
vous installez R.
• Ces fonctions font partie de {base} R, mais ne représentent qu'une petite
partie de R.
• Toutefois, la plupart des fonctions que vous utiliserez doivent être
téléchargées dans un package R.
• Par exemple, tbl_cross() est contenue dans le package R nommé {gtsummary}.
• Les packages R sont souvent désignés par des {accolades} et ont des logos
Packages (2/2)
Un paquet R est un ensemble partageable de fonctions connexes que vous pouvez
télécharger et utiliser. Les paquets ont généralement un thème. Par exemple :
• {ggplot2} est le paquet de visualisation de données le plus commun,
• {lubridate} facilite le travail avec les dates,
• {janitor} aide à nettoyer et à résumer les données,
• {rmarkdown} aide à rédiger des documents et à créer des tableaux de bord
Installer et charger un package
Etape 1 - Installation : Un paquet doit être installé une fois et stocké dans votre
"bibliothèque" R.
• Le package est comme un "livre" de fonctions que vous achetez pour
votre bibliothèque.
Etape 2 - Charger : Commencez chaque session R par "charger" les paquets que
vous voulez utiliser.
• C'est comme emprunter des livres de votre bibliothèque.
Le package {pacman} (1/2)
Ce paquet vous aide à gérer l'installation et le chargement d'autres paquets
• {pacman} = package manager
pacman installe le paquet (si nécessaire) et le charge pour l'utiliser dans la session R
actuelle.
Le package {pacman} (2/2)
Ces deux commandes installent et chargent les mêmes paquets.
En utilisant {base} R En utilisant
{pacman}
EPI INFO
