Analyse Chromosomique
sur Puce à ADN
1. Caryotype
Anomalies chr de nombre
Anomalies chr de la structure (délétion,
duplication, anneau, isochromosome,
translocation, inversion)
+ Analyse globale de l’ensemble du génome
- Résolution postnatale (5 Mb), prénatale (10 Mb)
2. Hybridation in situ fluorescente (FISH)
Duplication 15q11q13
Microdélétion 22q11.2
Tel 18p et Tel 18q
Translocation réciproque équilibrée t(7p;18q) t(1q;18p)
Microremaniements chromosomiques
(délétion, duplication <5 Mb)
Translocation, inversion
+ Résolution : 100-250 kb
- Analyse ciblée
3. Biologie moléculaire
Mutations
• par substitution
• par délétion/insertion d’une ou plusieurs pb
• par expansion
+ Résolution : analyse des gènes
- Analyse ciblée
4. Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA)
analyse pangénomique + résolution des techniques ciblées
Détection de microremaniements chromosomiques
déséquilibrés non visibles sur le caryotype
50 kb
A. Ferrarini
CGH array
Comparative Genomic Hybridization array / Hybridation Génomique Comparative sur microréseau
Hybridation
compétitive
2 cibles : échantillons d’ADN
d’un patient et d’ADN d’un
témoin normal de même sexe
marqués avec des
fluorochromes différents
une sonde : fragment d’ADN
connu fixé sur le microréseau
Capture de l’intensité
de fluorescence par un
scanner laser
Calcul du ratio
d’intensité de
fluorescence
Rouge/Vert par un
logiciel
Représentation
graphique du ratio :
perte ou gain de
matériel
chromosomique
Résultats
Variation du nombre de copies (Copy Number Variation/variant = CNV)
- normal : 2 copies
- délétion : 1 copie (délétion hétérozygote) ou 0 copie (délétion
homozygote)
- amplification : 3 copies (duplication), 4 copies (triplication),…
Signification
Bénin/polymorphique incertaine Pathogène
Interprétation d’une ACPA
Database of Genomic Variant de
Toronto (DGV): CNV polymorphique
(CNP)
Si CNV non connu dans DGV:
Validation du CNV chez le patient
• FISH
• PCR quantitative
Faire la preuve de son implication
phénotypique :
• Etude parentale (FISH/qPCR)
• Critères de pathogénicité (Lee et al.,
2007) : caractère de novo, grande
taille, région riche en gènes, délétion
Limites de l’ACPA
Difficultés d’interprétation
1. Détection de CNV de signification incertaine
2. Détection de CNV sans rapport avec l’indication:
gène de prédisposition au cancer (exemple: délétion BRCA1, p53,…)
remaniements chromosomiques acquis dans le cadre d’hémopathies malignes
(cytogénétique acquise!)
maladies à révélation tardive (maladie de Charcot-Marie-Tooth,…)
maladies autosomiques récessives
Lee C, Iafrate J, 2007
Information claire et recueil d’un consentement spécifique +++
Limites techniques
Ne détecte pas :
les remaniements de structure équilibrés
les triploïdies
les mosaïques faibles (<20%)
Indications de l’ACPA
Postnatal :
En remplacement du caryotype:
•Retard psychomoteur syndromique
•Déficience intellectuelle modérée à sévère isolée
•Déficience intellectuelle syndromique
•Autisme déficitaire modéré à sévère
•Épilepsie syndromique
•Syndrome malformatif (≥ 2 malformations congénitales)
Après un caryotype:
•Préciser une anomalie chromosomique vue sur le caryotype
•Remaniement chromosomique apparemment équilibré de novo et phénotype anormal
Pas d’indication en postnatal :
•Autisme déficitaire léger
=>Séquençage panel exome
•Autisme de haut niveau (sans déficience intellectuelle) (Dr B. Gérard/ Dr A. Piton au
•Déficience intellectuelle légère isolée laboratoire de Diagnostic
•Retard de langage isolé Génétique)
•Épilepsie isolée
•Hypotonie isolée
Prénatal (après la réalisation d’un caryotype):
•≥ 2 malformations congénitales
•Retard de croissance intra-utérin isolé
•Clarté nucale ≥ 3,5 mm
•Préciser une anomalie chromosomique vue sur le caryotype
•Remaniement chromosomique apparemment équilibré de novo et phénotype anormal
Quelle technique détecte quelle
anomalie chr ?
Quelle analyse prescrire?
Caryotype FISH ACPA
Anomalies chr équilibrées
t(7p;18q)
46,XY,t(11q;22q)
Suspicion de translocation, insertion, inversion
(ex. bilan de FCS, infertilité)
Caryotype FISH ACPA
Aneuploïdies
21
13
47,XY,+21 T21
T18
Suspicion de trisomie, Σ Turner, Σ Klinefelter
Caryotype FISH ACPA
Anomalies chr déséquilibrées
de grande taille
Délétion 5pter
Caryotype FISH ACPA
Microremaniements chr
déséquilibrés (<5 Mb)
FISH ACPA
Syndromes microdélétionnels bien X X
connus
Σ Wolf-Hirschhorn, Cri-du-Chat, Williams,
Di-George, Prader-Willi/Angelman,
Smith-Magenis
Absence d’orientation clinique X
Caryotype FISH ACPA Biologie
Moléculaire
Mutations
(ex. mucoviscidose,
X-fragile,…)
DUP DUP
hétérodisomie isodisomie
Normal
En pratique
Consultation (centre hospitalier)
Recueil consentement, information ++++
Prélèvement du patient sur EDTA (vacutainer violet)
Consentement + fiche clinique + ordonnance
Envoi au laboratoire de diagnostic génétique
Acheminement automatique au laboratoire de cytogénétique
ACPA
Résultat normal CNV à contrôler
Prélèvement des parents pour
étude parentale
Résultat pathogène/incertain/ CNV bénin
sans lien avec l’indication résultat à considérer
Consultation conjointe avec un comme normal
généticien possible
