Structure et propriétés des enzymes

Objectifs de la leçon
1- Définir les termes enzymes, substrat, produits
2- Établir l’équation de Michaélis- Menten
3- Représenter graphiquement l’équation de
Michaélis- Menten
4- Déterminer 3 méthodes de linéarisation de
l’équation de Michaélis- Menten
 I-Généralités
• Définition des enzymes :
- Composés protéiques
- Biocatalyseurs spécifiques : modulateurs des
réactions chimiques
- L’activité enzymatique est intimement liée à la
structure tridimensionnelle
- Perte d’activité par dénaturation protéique
 I- Généralités
 Propriétés générales des enzymes
- Elles ne créent pas les réactions
- Elles accélèrent la vitesse des réactions
chimiques
- Elles abaissent l’énergie d’activation et augment
la concentration des substrats à l’état activé
- Elles ne se perdent pas dans la réaction
- Elles n’interviennent pas dans l’équilibre des
réactions chimiques réversibles
I- Généralités
 Propriétés générales des enzymes (suite)
- Les enzymes agissent à de très faibles
concentrations
Activité moléculaire spécifique (AMS) :

103<AMS<106
I- Généralités
 Propriétés générales des enzymes (suite)
Les enzymes sont spécifiques :

• Spécificité de fonction

• Spécificité de substrat

• Spécificité optique

• Spécificité d’organe : exemple aminotransférases du foie et du coeur

 II- Nomenclature des enzymes
 Conceptions anciennes
- Rajout du suffixe " ase " au nom de la substrat
Exemple substrat= urée ; Uréase = enzyme transformant l’urée en ammoniac + CO 2

- Rajout du suffixe " ase " au type de réaction catalysée par

l’enzyme
Exemple : urée + H2O ammoniac +CO2 (hydrolase)
- Noms communs consacrés par l’usage :
Exemple : pepsine, trypsine, chymotrypsine ….etc.
 II- Nomenclature des enzymes
 Conceptions actuelles
Numéro d’ordre
- Recommandation de l’union internationale de
Biochimie (UIB) : enzyme dénommée par 4 chiffres
séparés par des points
Exemple : 1.1.1.1. = alcool déshydrogénase
Nom systématique
Nom commun recommandé (appellation consacrée
par l’usage)
 II- Nomenclature des enzymes
 Les 4 chiffres recommandés par l’UIB
- Premier chiffre(le plus important) = classe de
l’enzyme
- Deuxième chiffre = sous-classe de l’enzyme (type
de fonction du substrat participant à la réaction)
- Troisième chiffre = sous-sous-classe de l’enzyme
(nature de l’accepteur)
- Quatrième chiffre = place de l’enzyme
particulière à nommer dans la sous-sous-classe.
 II-1 Nomenclature des enzymes
selon le numéro d’ordre de l’UIB
 Les 6 classes principales d’enzymes (Premiers
chiffres selon UIB):
- 1. Classe des oxydo-réductases
- 2. Classe des transférases
- 3. Classe des hydrolases
- 4. Classe des lyases
- 5. Classes des isomérases
- 6. Classe des ligases
II-2 Autre nomenclature des enzymes
( noms systématique et recommandé)
 Nom systématique :
3 éléments de référence du nom systématique :
- Nature du donneur
- Nature de l’accepteur
- Type de réaction catalysée
 Nom recommandé :
Appellation consacrée par l’usage, comme dans le
cas des conceptions anciennes
II-3.Application de la nomenclature des
enzymes
 Exemple : phosphorylation du glucose
α-D-glucose + ATP  D-glucose-6-phosphate + ADP
- Numéro d’ordre = 2.7.1.1.
- Nom systématique = ATP- α-D-glucose - 6-
phosphate transférase
- Nom recommandé = Glucokinase
III-Grandes fonctions enzymatiques
III-1. Les réactions d’oxydo-réduction
- Transfert d’électrons avec ou non transfert de
protons
- Support du transfert : corps donneur et corps
accepteur
- Exemple :
CH3-CH2OH + NAD  CH3-CHO + NADH2

Ethanol Acétaldéhyde
- Faits marquants : transfert d’hydrogènes et d’électrons
III-Grandes fonctions enzymatiques
III-2. Les réactions de transfert
Exemple :phosphorylation du glucose
Glucose + ATP  Glucose-6 P + ADP
Enzyme de catalyse = transférase
III-Grandes fonctions enzymatiques
III-3. Réactions d’hydrolyse
- réactions réversibles
- Enzyme de catalyse : hydrolases
- Exemple :
CH3-CO-O-CH2-CH2-N+(CH3)3 H3-COOH + OH-CH2-CH2- N+(CH3)3


Acétylcholine Acide acétique + Choline

III-Grandes fonctions enzymatiques
III-4.Réactions catalysées par les lyases

- Addition ou retrait de groupements à des

carbones impliqués dans des liaisons

- Création ou saturation de doubles liaison

III-Grandes fonctions enzymatiques
III-5. Réactions d’isomérisation
- Réarrangements intramoléculaires
- Enzyme de catalyse : isomérases
- Catégorie d’isomérase
 Racémases :(série D  Série L)
Mutases : transfert interne de radical (exemple :
Glucos-6-phosphate  Glucose-1-phosphate)
Epimérase ( exemple: Galactose glucose)
Cis trans-isomérase(exemple : Fumarate  Malate)
IV- Cinétique enzymatique
 Complexe enzyme-substrat (complexe ES)
- fixation du Substrat sur le site actif de l’enzyme

S+E ES  P + E

Remarque :
- S= substrat; E = Enzyme; P = Produit
- Disparition de S se traduit par l’apparition de P
IV- Cinétique enzymatique
 Vitesse de la réaction (V)
-Nombre de molécules de substrat (S) transformées en
produit (P) par unité de temps.
V = ‑ d[S] = d[P]
dt dt
- Ordre de réaction 0, 1 ou 2 en cinétique chimique
A…B
V = ‑ d[A] = K[A]
dt
α = ordre de la réaction; K = constante de vitesse
IV- Cinétique enzymatique
 Réaction du premier ordre :
- transformation d’un seul substrat
- [S] est une fonction exponentielle décroissante du
temps et de K la constante de vitesse:
Ln [S] = -Kt + Ln [S0] d’où
V = ‑ d[S] = d[P] = K1[S]
dt dt
T1/2=durée de consommation de la moitié de [S]
T1/2 = Ln2/K1
IV- Cinétique enzymatique
 Réaction de second ordre :
- réaction où deux substrats réagissent entre eux
pour donner un ou deux produits
A + B …… C
V = d[C] = K[A] [B]
dt K
Remarque : V en Ms-1 et K en M -1 S –1
T1/2 = 1/(K2 [A0])
IV- Cinétique enzymatique
 Application à la réaction enzymatique
- 2 étapes essentielles : formation du complexe ES et
étape de catalyse avec apparition de produit (P)

E+S K1 ES K2
E+P
K-1
Remarque :
- ES = complexe de Michaelis – Menten
- ES se dissocie en P et en E. La constante est
appelée constante catalytique K cat (en s -1 )
IV- Cinétique enzymatique
 Vitesse initiale
V0 = d[P] = Kcat [ES]
dt
 Hypothèse de Brigg et Haldane
- notion d’état stationnaire :
Va = K1[E][S] = Vd= K-1 [ES] + Kcat [ES]
 IV- Cinétique enzymatique
 Equation de Brigg – Haldane
K1[E][S] = K-1 [ES] + Kcat [ES]= (K-1 + Kcat) [ES] et
(K-1 + Kcat)/ K1 = Km
D’où [E][S] = Km [ES]
Km = constante de Michaelis .
Remarque : Km s’exprime en molarité (ou M), c’est
une concentration.
IV- Cinétique enzymatique
 Equation de Michaelis – Menten

[E]totale = [E]0 = [E] + [ES] d’où [E]= [E]0 - [ES]

On a [E][S] = Km [ES] ( équation de Brigg – Haldane)

Alors ([E]0 - [ES]) [S] = Km [ES]

IV- Cinétique enzymatique
 Equation de Michaelis – Menten
[E]0 [S] - [ES] [S] = Km [ES] d’où
[E]0 [S] = [ES] [S] + Km [ES] = ([S] + Km ) [ES]
[E]0 [S] = ([S] + Km ) [ES] d’où
[ES] = [E]0 [S] / ([S] + Km )
Donc V0 = Kcat [ES] = Kcat [E]0 [S] / ([S] + Km ) =
équation de Michaelis-menten
Remarque : si [ES] = [E]0 = [E]totale
IV- Cinétique enzymatique
 Equation de Michaelis – Menten (MM)
si [ES] = [E]0 = [E]totale alors
V0 = Vmax = Kcat [E]0 et on avait
V0 = Kcat [ES] = Kcat [E]0 [S] / ([S] + Km )

V0 = Vmax[S] = équation de MM
Km + [S]
 V- Représentation graphique
 Cinétique Michaélienne
Courbe de Michaelis-Menten

Vmax

Vmax/2

[S]

Km
V- Représentation graphique
 Linéarisation de l’équation de MM
Équation de Lineweaver- Burk (LB)

1 Km 1 1
 ( )
v V max [ S ] V max

Droite de Lineweaver-Burk

1/V
2/Vmax

1/Vmax
1/[S]
-1/Km
V- Représentation graphique
 Linéarisation de l’équation de MM

Transformation d’Eadie-Hofstee

V
Vmax

v/[S]
Vmax/Km
V- Représentation graphique
Linéarisation de l’équation de MM
par Transformation selon Hanes

[S]/V

Km/Vmax

[S]
-Km
Modulation de l’activité enzymatique
 Objectifs de la leçon
1- Décrire les différents types d’inhibition
enzymatique
2- Déterminer les constantes Km et Vmax en
absence et en présence d’un inhibiteur compétitif
non compétitif ou incompétitif
3- Représenter la cinétique en absence et en présence
de de chacun des différents inhibiteurs ( compétitif
non compétitif ou incompétitif)
4- Comparer les profils cinétiques de l’enzyme à
cinétique michaélienne et de l’enzyme allostérique
VI- Modulation de l’activité enzymatique
 Effecteurs physiques
Effet du pH sur l’activité enzymatique
- activité enzymatique maximale au pH optimum.
Effet de la température sur l’activité enzymatique
- activité enzymatique maximale à température
optimale
- L’augmentation de la température peut dénature
(perte de l’activité enzymatique)
Récapitulatif des effets pH et température
sur l’activité de l’enzyme
Activité relative Activité relative

3 7 12 pH 10 40 70
Température
VI- Modulation de l’activité enzymatique
 Activateurs et Inhibiteurs enzymatiques
- Certains composés agissent sur l’activité
enzymatique :
en la favorisant (ce sont les activateurs),
ou en la défavorisant (ce sont les inhibiteurs
• Inhibiteurs réversibles compétitifs
• Inhibiteurs réversibles non compétitifs
• Inhibiteurs incompétitifs.
VI- Modulation de l’activité enzymatique
 Inhibiteurs réversibles compétitifs (IRC)
- Les IRC se lient de manière réversible au site
actif de l'enzyme et en bloquent l'accès au
substrat.
- IRC et substrat (S) souvent analogues structuraux
d’où la compétition entre IRC et substrat (S)
Cinétique enzymatique en présence d’inhibiteurs
Réversibles compétitifs
 Cinétique enzymatique en présence d’inhibiteurs
Réversibles compétitifs
 Devenir des constantes cinétiques K M et Vmax
K M
Dans l’équation de Michaelis-Menten K M est remplacé
par :

KM' = KM • (1 + [I]/KI )

où KI = ki/k-i est la constante de dissociation de

l'inhibiteur.

Vmax
La vitesse maximale v reste la même.
 Cinétique enzymatique en présence d’inhibiteurs
Réversibles compétitifs
 Représentation graphique de Lineweaver-Burk

1/V
E + S + IRC

E+S
 VI- Modulation de l’activité enzymatique
 Inhibiteurs réversibles non compétitifs
(IRNC)

- IRNC se lient de manière réversible ailleurs

qu'au site actif de l'enzyme et n'en
empêchent pas l'accès du substrat (S).
Cinétique enzymatique en présence d’inhibiteurs
Réversibles non compétitifs
 Cinétique enzymatique en présence d’inhibiteurs
Réversibles non compétitifs
 Devenir des constantes cinétiques K M et Vmax
 KM
- KM ne change pas
Vmax
- Vmax change

vmax' = vmax / (1 + [I]/KI )

 Cinétique enzymatique en présence d’inhibiteurs
Réversibles non compétitifs
 Représentation graphique de Lineweaver-Burk
1/V
E + S + IRNC

E+S
VI- Modulation de l’activité enzymatique
 Inhibition incompétitive
- l'inhibiteur incompétitif ne se lie que sur le
complexe Enzyme-substrat (ES)
VI- Modulation de l’activité enzymatique
 Effet des activateurs
- petites molécules : cations métalliques
- Association à l’enzyme ou au complexe ES
- Effets délétères des chélateurs de ces ions sur
l’activité enzymatique
 VII- Support structural- Mécanisme
d’action – Régulation des enzymes
 Site actif
- centre catalytique constitué de groupements
fonctionnels
- groupements fonctionnels non forcément voisins
sur la structure I aire mais rapprochés à la faveur des
autres structures (II aire, IIIaire et IV aire)
- Site actif = cible pour le marquage chimique
VII- Support structural- Mécanisme
d’action – Régulation des enzymes
 Marquage du site actif de l’enzyme
- marqueurs présentant une affinité des groupements
du sites
- Marqueur inactive l’enzyme
• Exemple de marqueurs :
diisopropylfluorophosphate (cible :ser);
iodacétamide (cible : Cys); acétylation (cible : -NH 2);
estérification (cible : groupe C00H)
VII- Support structural- Mécanisme
d’action – Régulation des enzymes
 Importance relative des AA dans l’activité de
l’enzyme
- AA du site actif : rôle de fixation,d’orientation et
d’activation
- AA collaborateurs : pas d’action directe mais leur
fragilisation fragilise l’enzyme
- AA auxiliaires : participent fixation de S et
expulsion de P
- AA non collaborateurs : rôle non établi.
VII- Support structural- Mécanisme
d’action – Régulation des enzymes
 Niveau d’organisation des enzymes
- systèmes poly enzymatiques :cas des enzymes
cellulaires (succession des réactions )
- Exemple de chaîne séquentielle :
E1 E2 E3 E4
A → B → C → D → Produit final
 VII- Support structural- Mécanisme
d’action – Régulation des enzymes
 Enzymes allostériques
Caractéristiques
- enzymes volumineuses, fragiles (purification
difficile)
- enzymes inactives à 0°C; activité optimale à +20°C
- Enzymes formées de plusieurs sous-unités
- Coopérativité des sous-unités par transition
allostérique
VII- Support structural- Mécanisme
d’action – Régulation des enzymes
 Enzymes allostériques
Cinétique des enzymes allostériques
-Allure sigmoïdale (Enzyme allostérique)
contrairement à celle hyperbolique (Enzyme à
cinétique michaélienne)
 VII- Support structural- Mécanisme
d’action – Régulation des enzymes

 cinétique d’enzyme allostérique

v

[S]
VII- Support structural- Mécanisme
d’action – Régulation des enzymes
 Enzymes allostériques
Désensibilisation des enzymes allostériques
- perte de l’effet coopératif
- Insensibilité aux modulateurs
- Activité enzymatique : l’allure sigmoïde est
remmplacée par une hyperbole (cinétique
michaélienne)
VIII- Les Coenzymes
 Généralités sur les coenzymes
- Enzymes distinguées en holoenzymes et en hétéroenzymes
- Hétéroenzyme : apoenzyme + partie non protéique
- Partie non protéique :
• Cofacteur = ion métallique
• Coenzyme = molécule organique (groupement prostétique,
co substrat)
 Exemples de coenzymes :
NAD; NADP; FAD; FMN, phosphate de pyridoxal;
pyrophosphate de thiamine, Coenzyme A
IX- Les isoenzymes
 Généralités sur les isoenzymes
- Isoenzymes = formes moléculaires d’une même
enzyme
- Formes actives sur le même substrat principal
 Éléments de différence :
- Charge
- pH optimum d’activité
- Thermostabilité
- Substrats secondaires
- Inhibiteurs chimiques
IX- Les isoenzymes
 Intérêts bio cliniques des isoenzymes
Exemple de la lacticodéshydrogénase (LDH)
- 5 isoenzymes LDH1, LDH2, LDH3,LDH4 et LDH5
- Chaque isoenzyme, tétramérique, est formées à
partir de deux types de sous-unités M et H
- origine tissulaire des sous-unités :
• M : prédominant dans le muscle
• H : prédominant dans le cœur (H = Hearth)
IX- Les isoenzymes
 Intérêts bio cliniques des isoenzymes
Profil électrophorétique des isoenzymes LDH
M4 M3H1 M2H2 M1H3 H4
- +

LDH5 LDH4 LDH3 LDH2 LDH1

Dépôt
IX- Les isoenzymes
 Intérêts bio cliniques des isoenzymes
Exemple de la créatine kinase (CK)
- 3 isoenzymes : CK-BB, CK-MB et CK-MM
- Chaque isoenzyme, dimérique, est formée à partir
de deux types de sous-unités M et B
• M : prédominant dans le muscle
• B : prédominant dans le cerveau (B = Brain)
- CK-BB, CK-MB et CK-MM sont séparables par
électrophorèse
- CK-MB augmente au cours de l’infarctus du
myocarde
X- Les macroenzymes
 Généralités :
macroenzymes : formes inhabituelles
Complexes divers :
- association enzymes et immunoglobulines
- enzymes autoagrégées
- association enzymes et lipoprotéines
- enzymes de fragment membranaire circulant
X- Les macroenzymes
 Intérêts bio cliniques des macroenzymes
Exemples :
• Macroamylase : élévation dans affection
pancréatique
• Macrocréatine kinases : macro CK de type 1 et
macro CK de type 2
X- Les macroenzymes
 Valeur diagnostique des macrocréatines kinases
- Élévation macro CK de type 1 : sans valeur
diagnostique, faux positif au cours de l’infarctus
du myocarde
- Élévation macro CK de type 2 :infarctus massif
du myocarde (mauvais pronostic)
FIN