Coproculture et Diarrhées

bactériennes
fssh-2019
 DEFINITION
• Coproculture : ensemble d’examens
permettant la mise en évidence d’agents
pathogènes ou susceptibles de l’être au sein
d’une flore commensale très abondante.
– Bactéries
– Certains parasites (anguillules).

• Examens à définir en fonction de la clinique.

 Généralites
• Diarrhées
– Nombreuses origines possibles
• Toxiques
• Médicamenteuses
• Inflammatoires
• Psychiques
• Infectieuses
– Bactériologiques
– Virologiques
– Parasitaires
– Savoir éliminer les autres causes avant
de demander une coproculture
 Généralites
• Diarrhée
– Coproculture seulement
• Si signes de gravité
–Age
– Etat pathologique sous jacent
– Deshydratation
– Syndrome infectieux
• Si problèmes d’étiologie
– Epidémies
– Intoxications alimentaires
 Généralités

• Définition de la diarrhée est variable : au moins

3 selles /jour

• Idéalement poids des selles >300 g/jour

• Etiologie multiple, agent infectieux dans 50%

des cas mais origine bactérienne doit toujours
être recherchée

• Fréquence augmentée dans la population VIH

par rapport à la population générale.
 Quand prescrire?

– en cas diarrhée chronique, sauf chez les

malades immunodéprimés

– En cas de diarrhée aiguë si l’interrogatoire

met en évidence une cause non infectieuse
 Quand prescrire?
• Une coproculture standard ou la recherche de
Salmonella, Campylobacter et Yersinia pour
les diarrhées aiguës:
– diarrhée hémorragique ou syndrome dysentérique,
– signes cliniques de gravité,
– terrain fragile (grand âge, insuffisance rénale, valve
cardiaque, immunodépression),
– diarrhée aiguë persistant plus de trois jours,
– forte probabilité d’avoir une diarrhée aiguë d’origine
bactérienne
– toxi-infection alimentaire collective.
 Quand prescrire?
• Une coproculture orientée ou une
recherche de toxines :

– retour d’un pays tropical (diarrhée du voyageur)

– diarrhée post-antibiotique

– la culture standard est négative.

 Quand prescrire?
• Une coproculture spécifique pour le
patient HIV positif (rajouter):
– Cryptosporidies (parasite intestinal)
– Microsporidies (maladies opportunistes à
parasite intracellulaire obligatoire)

• Une coproculture spécifique pour le

patient immunodéprimé (rajouter) :
– Recherche d’anguillules
Cryptosporidie
Cryptosporidie
 Que prélever?
• Selles
• Sans urines ou terre mélangées
• Apport rapide au laboratoire
– Dans les deux heures qui suivent la collection
– Moins de 12 heures à 4°C
– Immédiatement pour les recherches d’amibes.
• Avant toute antibiothérapie si possible
• Donner la prescription exacte et complète…
-L'examen direct des selles
• A l'état frais ou après coloration, dans le cas de
selles liquides, cet examen est important pour
orienter les cultures:
Présence de leucocytes en cas de
diarrhée à germes invasifs (Salmonella spp,
Shigella spp, Campylobacter spp)
Pas de leucocytes si diarrhée à germes
entérotoxigèniques (V.cholerae, Aeromonas
spp, C. difficile).

• Après coloration frottis : pourcentage des deux

types tinctoriaux bactériens. Une flore équilibrée
majorité de bacilles à Gram négatif, mais
toujours présence de Gram positif.
 Que recherche t-on?
• Bactéries
– Salmonelles
– Shigelles
– Campylobacters
– Yersinia
– Colibacilles pathogènes: ETEC
– Clostridium difficile : colite pseudomembraneuse
(inflammation très sévère du colon due par une infection à
Clostridium difficile suite à la prise d’ATB: Ampi, qui favorise la
multiplication des bactéries et la production de toxines).
– Klebsiella oxytoca : colite ulcéro-hémorragique
(Maladie inflammatoire, lésions du rectum et du gros intestin )
 Que recherche t-on?
• Virus
– Responsables de diarrhée
• Rotavirus
• Adenovirus
• Norwalk….etc

– Portage (bactéries infectieuses)

 Clinique
2 grands tableaux cliniques :

• Diarrhées lésionnelles : Selles glairo-

sanglantes avec douleurs abdominales intenses,
manifestations systémiques fréquentes, dues à
germes entéroinvasifs (salmonella, shigella,
yersinia, campylobacter, E. coli entéropathogènes).

• Diarrhées sécrétoires : Selles aqueuses avec

souvent deshydratation (volume abondant) ,
douleurs abdominales modérées, manifestations
systémiques rares (Vibrio, E. coli entérotoxinogène)
 Bactéries en cause
1. Salmonella enteritidis ou typhymurium
- la bactérie envahit l'entérocyte.
Certaines souches ont aussi une toxine
- Fréquence augmentée chez les patients
VIH++ et forme invasive
- gastro-entérite aiguë ou diarrhée glairo
sanglante .

- Transmission par aliments souillés ou par

porteur sain.
2. Campylobacter jejuni ou coli :
- sécrétion de toxines et bactérie dans
la muqueuses
- Fréquence augmentée chez les
patients VIH
- diarrhée aqueuse au syndrome
dysentérique
- Rechute fréquente
- Contamination alimentaire (volailles et
porc) ou par l'intermédiaire de porteurs
sains.
3. Shigella flexneri
- Bactérie pénètre dans la muqueuse,
certaines souches ont aussi une toxine
- A l’origine d’épidémie
- Syndrome dysentérique fébrile.
- Transmission inter humaine.
4. Yersinia enterocolitica :
- bactérie invasive
- gastro-entérite fébrile avec douleurs
abdominales++, signes extra digestifs
peuvent exister (myalgies et arthralgies.
- Contamination alimentaire (animaux
de boucherie)
5. Escherichia coli
- Germe saprophyte
- Certains sous types sont pathogènes : E. coli
entéro invasifs (comme shigellose), entéro toxiques,
entéropathogènes (diarrhées aigues hydriques),
entéro hémorragiques (diarrhées hémorragiques)
•Clostridium difficile
- Sécrétion de toxine
- Patient sous antibiothérapie++ (clindamycine)
- De la simple diarrhée à la colite pseudo
membraneuse (fièvre, douleurs abdominales, selles
glairo-sanglantes)
- Rechute et évolution prolongée possible
 Traitement
• Mesures symptomatiques+++ avec
réhydratation par préparation OMS, au
besoin par voie intraveineuse (sérum
physiologique, apport de potassium)
• Surveillance du ionogramme (creat et
potassium)
• Antibiothérapie fonction du germe
suspecté et/ou des résultats de la
coproculture
 Traitement
• Si germe entéro invasif : Fluoroquinolones per
os ou IV si voie orale impossible.
• Se Méfier des résistance aux fluoroquinolones
(peflacine, ofloxacine, ciprofloxacine, …) dont la
fréquence ne cesse de croitre , donc bien
réévaluer la réponse du traitement
• Si Campylobacter : Erythromycine 1gx2/jour 7
jours
• Si suspicion de Clostridium difficile : Interrompre
dans la mesure du possible les autres
antibiotique et prescription de Metronidazole 500
mgx3/jour 10 jours.
 Traitement
• Pas d’indication à prophylaxie primaire
(lutte contre l’apparition de la maladie) et
secondaire (lutte contre la rechute)
• Traitement antirétroviral actif entraine une
restauration immunitaire permettant de
diminuer la fréquence des récidives
• Mesures d’hygiène : Eau embouteillée,
laver les légumes, peler les fruits, manger
viandes bien cuites
FIN