La démarche diagnostique bactériologique
Votre rôle Penser à une infection
Penser à une infection bactérienne
Faire la preuve de l’infection bactérienne
Vous donner les moyens d’attendre la confirmation
Adapter la conduite à tenir et la thérapeutique
Faire le(s) bon(s) prélèvement(s),
dans les bonnes conditions,
au bon moment,
Connaître les bactéries pathogènes,
les conditions de leurs isolements,
le profil classique de sensibilité au traitement
L’analyse diagnostique bactériologique
Pour le diagnostic direct de l’infection
Voir, isoler, prouver la virulence de la bactérie et proposer le schéma thérapeutique
prélèvement EXAMEN DIRECT
CULTURES
IDENTIFICATION
SENSIBILITE AUX ANTIBIOTIQUES
Pour le diagnostic indirect de l’infection
SEROLOGIE
RECHERCHE ANTIGENES BACTERIENS
L’analyse diagnostique bactériologique (suite)
PRELEVEMENT Plusieurs techniques
Milieux transports
Conditions de prélèvement +++
EXAMEN DIRECT Interprétation +++
+
CULTURES Plusieurs supports
Plusieurs conditions
Adaptation +++
Premier jour Première classification
L’analyse diagnostique bactériologique (suite)
IDENTIFICATION
Méthodes variables
Standardisation
+/-
SENSIBILITE ANTIBIOTIQUES
Fonction de l’identification
Technique de référence
Milieux liquides
Deuxième Jour Deuxième classification
EXAMEN DIRECT
Les techniques d’observation : MICROSCOPIE
Deux principes
Non fixé, état frais Fixé, marqué ou coloré
Présence de bactéries Présence de bactéries
Agencement bactérien Forme bactérienne
Mobilité bactérienne Affinité colorant
Présence de réaction cellulaire
Colorations classiques Colorations spécifiques
Bleu de Méthylène Ziehl Neelsen (résistance acido-alcoolique, BAAR)
GRAM +++ Colorations des germes intracellulaires
Marquage Ag de paroi spécifique avec Ac fluorescent
CULTURES
SOLIDES LIQUIDES
Automate de détection
En boîtes, en tubes
Types de milieux Standard ou minimun (tryptica-soja)
Enrichis (sang, charbon, sang cuit)
Sélectif (détergent, cristaux, Antibiotique)
Synthétique (une seule source de carbone et énergie)
Conditions de culture Standard
Orientation particulière
IDENTIFICATION
Les techniques d’identification PHENOTYPIQUE
Diagnostic d’orientation
Aspect des colonies en culture
Profil de sélectivité des cultures
Tests rapides Catalase Microscopie
Oxydase
Mobilité
Forme
Spores
Confirmation
Profil biochimique
Profil chromatographique de la paroi (spécialisé)
Séro-groupage (kits commerciaux limités mais standard)
Recherche de marqueurs de virulence spécifiques (toxines ++)
Sensibilité à des réactifs particuliers (composé O129, optochine)
IDENTIFICATION (suite)
Les techniques d’identification GENOTYPIQUE
Principe
À partir de cultures bactériennes
Extraction du matériel génétique
À partir de prélèvement (indication limitée)
Matériel ADN +++
Etude du matériel nucléique obtenu
Matériel ARN parfois
Analyse d’homologie de séquence
Indirecte (restriction) Gel en Champ pulsé
Directe (amplification) Hybridation sur membrane
Séquençage
Biopuce
Recherche d’un gène particulier et spécifique
Gène ARN16S
Gène de virulence
Applications
Intérêt à discuter +++ Diagnostic bactériologique difficile ou impossible
Diagnostic bactériologique long
IDENTIFICATION (suite)
Extraction ADN
Amplification PCR
Restriction Amplification
Séparation Hybridation
12 34 5 6 7
Analyse de séquence comparative
Gène à étudier
référence
Signaux positifs
Analyse comparative
des signaux
Orientation vers diagnostic bactériologique
Examen direct interprété (site de prélèvement)
Faire la distinction entre flore normale, de colonisation …et l’infection
Flores commensales
Cutanée :
Staphylocoques coag neg, Enterococcus ssp
corynébactéries, Acinetobacter ssp,
propionibacterium ssp
Oro-pharyngée:
Streptococcus ssp, anaérobies,
Neisseria ssp, corynébactéries
Digestive :
Anaérobies, Escherichia coli, Entérobactéries
Vaginale :
Lactobacilles
Orientation vers diagnostic bactériologique (suite)
Infection Sites fermés et stériles
Colonisation anormale
Présence d’une modification de la flore commensale
Sites ouverts mais normalement stériles
Recherche de la réponse cellulaire (présence Pnn)
Pathogènes opportunistes Pathogènes « obligatoires »
Statut de l’hôte Virulence bactérienne
Immunodépression sévère Toxines +++
Complications chirurgicales
Exemples
Infection
Liquide Céphalo-rachidien Articulaire
Prélèvements pour ECBU
Prélèvement de Selles
Colonisation anormale
Modification flore
