Fiche ressource – L4.
1 Bioinformatique
Partie du programme concernée : partie L4.1 du Module L4
Repérage des hélices et
Suivre la procédure Structure secondaire, feuillets d’une protéine à l’aide d’un
d’interrogation d’une base tertiaire et quaternaire logiciel de modélisation
de données pour visualiser Relation structure-
une biomolécule fonction
Visualisation de la structure
quaternaire des anticorps
Deux outils sont particulièrement adaptés à la réalisation de ces tâches : Uniprot et PDB.
Uniprot : permet de réaliser l’analyse structure-fonction d’une protéine et d’obtenir des
informations sur les différents niveaux de structure.
PDB : spécialisé dans la modélisation 3D et permet d’obtenir des informations sur les différents
niveaux de structure, on le privilégiera dans le cas d’une visualisation de structure
tridimensionnelle avec ou non recherche de structures secondaires.
UniProt est une base de données de séquences de protéines. Son nom dérive de la
contraction de Universal Protein Resource (base de données universelle de protéines).
UniProt est une base annotée, hiérarchisée où chaque séquence est accompagnée d'un
ensemble riche de métadonnées et de liens vers de nombreuses autres bases de données :
bibliographiques, phylogénétiques, nucléotidiques... Outre la séquence en acides aminés des
protéines, UniProt fournit des informations sur leur fonction et leur structure ainsi que des liens
vers d'autres bases de données.
UniProt combine les données des bases Swiss-Prot, TrEMBL et Protein Information
Resource (PIR) et est mise à jour régulièrement. Ses données reposent entre autres sur le serveur
ExPASy de l'Institut suisse de bioinformatique et celui de l'EBI (European Bioinformatics Institute).
La Protein Data Bank (PDB) a été établie comme la 1ère ressource de données numériques en
libre accès dans l'ensemble de la biologie et de la médecine (chronologie historique). Grâce à un
portail d'informations Internet et à des archives de données téléchargeables, PDB donne accès à
des données de structure 3D pour de grandes molécules biologiques (protéines, ADN et ARN).
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Fiche ressource – L4.1 Bioinformatique
Etude du récepteur muscarinique à l’acétylcholine chez homo-sapiens :
- Etude de la relation structure – fonction à l’aide Uniprot :
Entrer le nom (en anglais) ou le numéro d’accès de la protéine d’intérêt, exemple N° d’accès Uniprot
du récepteur muscarinique : P08172. La fiche descriptive apparaît.
Informations
sur la fonction
de la protéine
d’intérêt
Informations sur
la structure de la
protéine d’intérêt
S. tertiaire
S. secondaire
Remarque : Uniprot donne d’autres informations comme la localisation
cellulaire, la/les fonction(s), l’implication dans des pathologies …
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Fiche ressource – L4.1 Bioinformatique
Accès à la structure primaire (format FASTA) :
>sp|P08172|ACM2_HUMAN Muscarinic acetylcholine receptor M2 OS=Homo sapiens OX=9606
GN=CHRM2 PE=1 SV=1
MNNSTNSSNNSLALTSPYKTFEVVFIVLVAGSLSLVTIIGNILVMVSIKVNRHLQTVNNYFLFSLACADLIIGVFSMNLYTLYTVIG
YWPLGPVVCDLWLALDYVVSNASVMNLLIISFDRYFCVTKPLTYPVKRTTKMAGMMIAAAWVLSFILWAPAILFWQFIVGVRTVEDG
ECYIQFFSNAAVTFGTAIAAFYLPVIIMTVLYWHISRASKSRIKKDKKEPVANQDPVSPSLVQGRIVKPNNNNMPSSDDGLEHNKIQ
NGKAPRDPVTENCVQGEEKESSNDSTSVSAVASNMRDDEITQDENTVSTSLGHSKDENSKQTCIRIGTKTPKSDSCTPTNTTVEVVG
SSGQNGDEKQNIVARKIVKMTKQPAKKKPPPSREKKVTRTILAILLAFIITWAPYNVMVLINTFCAPCIPNTVWTIGYWLCYINSTI
NPACYALCNATFKKTFKHLLMCHYKNIGATR
- Visualisation des structures secondaire, tertiaire et quaternaire à l’aide
de PDB :
Entrer le nom (en anglais) ou le numéro d’accès de la protéine d’intérêt, exemple N° d’accès PDB
du récepteur muscarinique : 3UON. La fiche descriptive apparaît
Visualisation de la structure tertiaire :
Modélisation 3D de la
structure tertiaire et
quaternaire le cas échéant
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Fiche ressource – L4.1 Bioinformatique
Informations sur la structure secondaire :
Structures primaire et
secondaire linéarisée
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