FACULTÉ DE MÉDECINE DE MONASTIR

Thème 6:Variabilité humaine

Structure et
propriétés physico-
chimiques des
acides nucléiques
Conçus par: Dr. Imen MOKDAD BZEOUICH

2021/2022
 Objectifs
 Définir les acides nucléiques.
 Indiquer les rôles biologiques de l’ADN et de l’ARN.
 Décrire la composition des nucléotides et connaitre leur
nomenclature.
 Définir la structure primaire de l’ADN.
 Décrire la molécule d’ADN selon le modèle de Watson et
Crick et sa caractéristique structurale.
 Identifier les différentes classes d’ARN et décrire leurs
principales propriétés biologiques.
 Décrire les propriétés physicochimiques des acides
nucléiques
 Plan
Introduction

Composition des acides nucléiques

Structure des acides nucléiques

Propriétés physico-chimiques des acides nucléiques

 I. Introduction
Les acides nucléiques, ADN et ARN, représentent l’une des classes de
macromolécules de la cellule (avec les glucides, les lipides et les
protéines). Ils sont responsables de la transmission du patrimoine
génétique d’une génération à une autre et contrôlent la fabrication des
protéines nécessaires à la vie.

Il existe deux classes d’acides nucléiques : l’acide désoxyribonucléique

(ADN) et l’acide ribonucléique (ARN).

 Le support de l’information génétique (sous la forme d’ADN).

 Le moyen d’expression de cette information (sous forme

d’ARN).
II. Composition des acides nucléiques

Nucléotide
Structure d’un Nucléotide

Bases azotées

Groupement
phosphate

Liaison N-
osidique

Liaison
phosphoester

Ribose
Désoxyribose

Un nucléotide est l’unité de base des acides nucléiques

1.Oses
On rencontre deux types d’oses dans les acides nucléiques: le β-D-ribose
(ARN) et le β-D-2’-désoxyribose (ADN)
Le sucre est un pentose (5C)

β-D-ribose (ARN) β-D-2’-désoxyribose (ADN)

Les atomes de l'ose sont numérotés en ' (prime) pour éviter la confusion
avec la base azotée.
L'absence du groupement OH en 2' dans le désoxyribose diminue le risque
d'hydrolyse de la molécule d'ADN
2.Bases azotées
Deux groupes de bases azotées sont retrouvés dans les
acides nucléiques : les bases pyrimidiques constituées d’un
hétérocycle (noyau pyrimidine) et les bases puriques
constituées d’un noyau purine (noyau pyrimidine + noyau
imidazole).
Noyau pyrimidine Noyau Imidazole

Noyau purine
Noyau pyrimidine
  Bases pyrimidiques
Les principales bases pyrimidiques dérivent de la pyrimidine qui
est constituée d’un seul noyau aromatique à 6 atomes (4C et
2N). Les pyrimidines qui existent dans les acides nucléiques sont
: la cytosine (C), la thymine (T) et l’uracile (U).

Cytosine (C) Thymine (T) Uracile (U)

Remarque : Les formes tautomères : La thymine oscille en fonction du pH
entre la forme céto (ou lactame) et la forme énol (ou lactime). A pH
physiologique, la forme céto prédomine.

La cytosine oscille entre la forme amino (courante) et la forme imino (rare).

  Bases puriques
Les bases puriques sont constituées de deux noyaux
hétérocycliques contenant 4 atomes d’azotes. Les principales
purines sont l’adénine (A) et la guanine (G) qui entrent dans la
composition de l’ADN et l’ARN.

Adénine (A) Guanine (G)

Remarque : Les formes tautomères : En fonction du pH, la guanine oscille
entre 2 formes tautomères, les formes céto (C=O) et énol (C – OH). A pH
physiologique, les formes céto (C=O) prédominent.

Pour l’adénine, les formes tautomères sont les formes amino (courante) et
imino (rare).
 Les bases azotées

Pyrimidine Cytosine Uracile Thymine

2-oxo-4- 2,4- 5-méthl, 2,4-

aminopyrimidine dioxopyrimidine dioxopyrimidine

Purine Adénine Guanine

6- 2-amino-6-
aminopurine oxopurine
Bases modifiées retrouvées dans les acides nucléiques
Bases modifiées Formules Acides
nucléiques
5-méthylcytosine ADN
plantes, animaux
(sauf insectes)

N6-méthyladénine ADN
(Bactéries)

5,6-dihydrouracile ARNt

Pseudouracile ARNt
Il existe également des analogues structuraux synthétiques de
bases azotées.
Exemple: 5-Fluorouracile (5-FU)

Le 5-Fluorouracile est utilisé pour traiter des carcinomes

touchant essentiellement le système digestif ou l’appareil
reproducteur féminin.
3.Phosphates

Forme majoritaire pyrophosphate

Acide phosphorique
à pH physiologique

Base azotée

P P P

Sucre
Nucléoside
Un nucléoside résulte de l’association d’un pentose et d’une base azotée.
Ils sont reliés par une liaison covalente appelée liaison N-osidique qui
s’effectue entre le carbone C1' du pentose et l’azote N1 des pyrimidines ou
l’azote N9 des purines.

Adénine (Pu) Thymine (Py)

9 1

Liaison N-osidique
Liaison N-osidique

Sucre (ribose ou désoxyribose) + Base azotée = Nucléoside

Nomenclature
• Les bases puriques portent le suffixe -osine : adénosine et guanosine
dans l’ARN ou désoxyadénosine et désoxyguanosine dans l’ADN.

• Les bases pyrimidiques portent le suffixe -idine : cytidine et uridine dans

l’ARN ou désoxycytidine et désoxythymidine dans l’ADN.

Bases Ribonucléosides Désoxyribonucléosides

Purines Adénine Adénosine Désoxyadénosine
Guanine Guanosine Désoxyguanosine
Pyrimidines Cytosine Cytidine Désoxycytidine
Uracile Uridine -
Thymine - Désoxythymidine
Nucléotides

• Un nucléotide (ou nucléoside phosphate) est un nucléoside avec 1, 2 ou 3

phosphate sur le C5’du pentose.

• Il y a formation d'une liaison phosphoester par déshydratation entre la

fonction acide de l'acide phosphorique et l’hydrogène de la fonction OH
du C5' du sucre.

liaison phosphoester

Sucre (ribose ou désoxyribose) + base azotée + phosphate = nucléotide

Nomenclature

γ β α

Nucléoside
Nucléoside monophosphate
Nucléoside diphosphate
Nucléoside triphosphate

Pour les nucléosides di- et triphosphates, il existe une liaison anhydride

d’acide riche en énergie entre les groupements phosphates.
Nomenclature

ARN

Bases Nucléosides Ribonucléotides

Adénine Adénosine Adénosine-5’ –monophosphate:
Acide Adénylique (AMP)
Guanine Guanosine Guanosine-5’- monophosphate:
Acide guanylique (GMP)
Cytosine Cytidine Cytidine-5’-monophosphate: Acide
Cytidylique (CMP)
Uracile Uridine Uridine-5’-monophosphate:
Acide Uridylique (UMP)
Les nucléotides sont les unités élémentaires des acides nucléiques, mais de
nombreux dérivés (nucléosides polyphosphate) sont importants dans le
métabolisme intracellulaire :

• Transporteurs d'énergie (ATP), de glucose (UDP-glucose), de choline

(CDP-choline), d'acides aminés (S-adénosyl-méthionine = SAM)

• Co-enzymes nucléotidiques d'oxydo-réduction : Nicotinamide adénine

dinucléotide (NAD), NADP, Flavine adénine dinucléotide (FAD)

• Nucléotides cycliques (AMPc)

AMPc
III. Structure
des Acides Nucléiques
1.Structure de l’ADN
o Structure primaire

Extrémité 5’- phosphate 5’

3’

5’
Liaison 3’-5’ phosphodiester

3’
Extrémité 3’-OH
o Structure secondaire

Chargaff 1950
ADN est constitué de 4 types des nucléotides
(dAMP, dCMP, dTMP, dGMP) A=T, C=G

Rosalind Franklin et Maurice Wilkins (1951)

Diffraction aux rayons X de l’ADN montre une
répétition tous le 34 A°
Proposition d’une structure hélicoïdale

James Watson et Francis Crick (1953)

Construction d’un modèle chimique de la
double hélice d’ADN
 Analyse des clichés de R. Franlkin

Découverte de la structure physique

de l’ADN (la double hélice d’ADN)

Prix Nobel (1962): Watson et Crick

 o Structure secondaire
La molécule d’ADN est constituée de deux chaînes d’ADN (ou brins
d'ADN) qui s’enroulent autour d'un axe formant une conformation
hélicoïdale appelée double hélice d'ADN. On dit que l'ADN
est bicaténaire.
Modèle de Watson et Crick (Conformation B) • Le diamètre de l’hélice est 20
A° (2 nm)
• Un tour de hélice mesure 34
A° (3,4 nm)
• La distance entre deux
nucléotides et de 3.4 A°. Il y a
donc environ 10 nucléotides
par tour d’hélice.
• Il existe deux sillons de taille
inégaux (petit et grand sillon).
• Les bases azotées sont
enfouies à l’intérieur de l’hélice
et perpendiculaires à l'axe de
l'hélice avec le squelette sucre-
phosphate à l’extérieur.
o Structure secondaire
Les deux brins d’ADN sont complémentaires

L’adénine et la thymine : 2 liaisons hydrogène

La guanine et la cytosine : 3 liaisons hydrogène
o Structure secondairec
Les deux brins d’ADN sont antiparallèles
Il existe d’autres conformations d’ADN:
 La conformation A
-Apparait dans des conditions de cristallisation
-Hélice droite
-Pas de l’hélice 2,8 nm (11pb/tour), diamètre 2,3 nm
 La conformation Z
-Retrouvée dans certains endroits de la chaine d’ADN de conformation B
-Hélice gauche
-Pas de l’hélice 4,5 nm (12pb/tour), diamètre 1,8 nm

Forme A Forme B Forme Z

o Structure d’ADN d’ordre supérieure
La molécule d'ADN est compactée par des niveaux structuraux successifs
jusqu’au chromosome.

 Le nucléosome :est un complexe comportant un segment d'ADN

d’environ 146 paires de nucléotides, enroulé autour d'un cœur formé de
protéines appelées histones (2H2A , 2H2B, 2H3, 2H4). Les histones sont
des protéines riches en acides aminés basiques (charge +): arginine,
lysine.
 Fibre de chromatine de 11nm :
-chaque deux nucléosomes successifs sont liés par un fil d’ADN nu
d’environ 60 pb appelé ADN internucléosomique.
- un histone H1est agrafé sur chaque nucléosome.
-Cet assemblage est répété indéfiniment donnant l’aspect d’un collier de
perles.

Nucléosomes visualisés en microscopie électronique

 Fibre de chromatine de 30 nm : enroulement à raison de six

nucléosomes par tour en solénoïde.
 La boucle de 300 nm.
 chromatine 700 nm (euchromatine , hétérochromatine)
 chromosomes métaphasiques : formés de deux chromatides
identiques, attachées au niveau du « centromère » ; chaque extrémité du
chromosome porte le nom de « télomère »
Condensation de l’ADN
o Organisation de l’ADN mitochondrial

46
Chr

• ADN bicaténaire, sous forme circulaire,

• Organisé en nucléoide, non associé à des histones
• Il code pour les différents ARN nécessaire à la
synthèse des protéines de la chaîne respiratoire.
• Maternelle
2. Structure de l’ARN
Il s’agit d’un polymère de ribonucléotides liés par des liaisons
phosphodiesters. Sa structure primaire est voisine de celle de l'ADN.
Cependant, il existe trois différences essentielles :

 Le sucre est le ribose et non le désoxyribose

 L'uracile (U) remplace la thymine (T)
 L'ARN est souvent monocaténaire (simple brin) mais parfois, il
présente des régions pseudo-hélicoïdales (structure en épingle à
cheveux).
Complémentarité A/U et G/C
Présence de bases spécifiques dans les ARNr et ARNt (comme par
exemple la pseudouridine, Dihydrouridine, etc..)
Certains ARN, les ribozymes, possèdent une activité enzymatique
 Types d’ARN

ARN non codants

ARN codants

100 à 20 000 nt
≈ 2 % de l’ARN

ARN r ARN t ARN fonctionnel

28s ≈ 4000 nt
18s ≈ 2500 nt ≈ 70-90 nt ≈ 20 à 200 nt
5 & 5,8s ≈ 100-200nt 15 % de ≈ 1% de
≈ 80% de l’ARN l’ARN l’ARN
ARN codants (ARN messagers)

• Ils ne représentent que 2 % des ARN totaux. L'ARNm est utilisé comme
intermédiaire par les cellules pour la synthèse des protéines.

• Les ARNm ont une durée de vie courte et variable.

• Chez les eucaryotes, un ARNm correspond en général à un seul gène et

code une seule protéine. Ce sont des ARN monocistroniques.

• Chez les bactéries, les ARNm peuvent en revanche coder plusieurs

protéines : on les qualifie alors d'ARN polycistroniques.
 ARN non codants
o Les ARNr (ribosomiques)

 Ils représentent 80% des ARN cellulaires. Ils sont les constituants principaux

des ribosomes.

 Les ribosomes sont des particules du cytoplasme présentes sous forme libre ou

liées à la face cytosolique du réticulum endoplasmique ou dans les

mitochondries.

 Ils sont nécessaires à la synthèse des protéines et sont formés de 2 sous unités

de taille variable (selon l’origine eu- ou procaryote), dont une petite qui « lit »

l’ARNm et une grande qui interagit avec les AA de la protéine en formation.

 Chaque sous-unité est constituée de protéines ribosomales et d’ARNr.

 ARNr protéines Sous unités Ribosomes

S = Sveidberg, unité de la mesure de la vitesse de sédimentation

o Les ARNt (de transfert)

 75 à 80 ribonucléotides (représentent
15 % des ARN cellulaires)
 Ils ont une forme de feuille trèfle,
avec une structure 3D en L
 Les ARNt sont constitués de cinq
régions:
 Une tige acceptrice (CCA) , sur
laquelle l'acide aminé correspondant à
l'ARNt est estérifié,
 Une tige-boucle de l'anticodon , qui
reconnaît et s'associe aux codons de
l'ARN messager,
 Le bras du D
 Le bras du T
 la région variable (γ) qui peut avoir
des tailles variables selon les types
d'ARNt
o Les ARNf (fonctionnels)

o snRNA : petits ARN nucléaires, 100 à 200 bases, rôles dans la maturation des
ARNm (épissage) dans le noyau.
o snoRNA (short nucleolar) : petits ARN nucléolaires ≈100 bases, impliqués dans
la maturation des ARNr
o siRNA, miRNA : petits ARN ( ≈ 20 bases ), pouvant interférer avec les ARNm
et moduler l’expression des gènes.
-miRNA : micro ARN simples brins ,intervenant dans la régulation post
transcriptionnelle.
- siRNA : petits ARN interférants (small interfering RNA) ,doubles brins, ils peuvent
être créés de manière artificielle et introduits dans la cellule pour des analyses de
biologie moléculaire.
 IV. Propriétés physico-chimiques
des Acides Nucléiques
1.Solubilité

-L’ADN et l’ARN sont chargés négativement en raison des groupements

phosphate.

-Ils sont solubles dans l’eau en présence de sels de sodium (les charges

négatives sont neutralisées par les ions sodium).

- En présence de sels de sodium, l’ADN et l’ARN précipitent dans

l’éthanol absolu.
Pelote ou
ADN + Ethanol + Na+ méduse d’ADN
2. Poids Moléculaire
 L’ADN des organismes vivants est de grande taille
et a un poids moléculaire (PM) très élevé.
• Le poids et la taille de l’ADN varient d’un
organisme à un autre.

Taille Masse Longueur

Adénovirus 35 103 pb ≈107 Da ≈1,110-6 m
E.coli 3,5 106 pb ≈109 Da ≈ 1,3 10-3 m
Homme 2х 3109 pb ≈1012 Da ≈2m
La taille de l’ADN peut être déterminée par électrophorèse sur gel d’agarose :
l’ADN et l’ARN sont chargés négativement en raison des groupes phosphates.
Placées dans un champ électrique (électrophorèse), ces molécules migreront vers
le pôle + (anode).

Sens de migration
3.Absorption dans la lumière ultra-violette
L’ADN et l’ARN absorbent dans l’ultraviolet du fait de la présence des bases
puriques et pyrimidiques avec un maximum à 260 nm.

Loi de Beer-Lambert : la densité

optique ( DO) est proportionnelle à
la concentration:

DO = log (Io /I1) = ε . l . C

ε = coefficient d'extinction ou
d’absorbance (qui dépend de la
longueur d'onde) en M-1 .cm-1
C en en M moles et l en cm
4.Dénaturation/renaturation
o Dénaturation: - Température, pH
-modulée par taille du fragment, % GC
-effet hyperchrome, température de fusion

×1,6

50% SB
50% DB

La température de fusion ou Tm est la température à laquelle la molécule d’ADN

est à moitié dénaturée par rupture des liaisons hydrogène.

La dénaturation de l’ADN augmente l’absorption des rayons UV, ceci est appelé
un effet hyperchrome.
o Renaturation

T°
Dénaturation Appariment réversible

Dénaturation
irréversible
5.Hydrlyse acide

HCl faible concentration

ADN ADN apurique

Clivage de la liaison N-
osidique entre les purines
(N9) et le 2’désoxyribose
(C1’)
6.Hydrlyse basique
Hydrolyse totale des
Milieu alcalin (pH=11) liaisons
ARN phosphodiester due à
la présence de 2’ OH

Intermédiaire
cyclique 2’, 3’
monophosphate

Hydrolyse Alcalin H2O Mélange des

nucléotides 2’ et
3’monophosphate

L’ADN est
résistant au
traitement basique
(pas de 2’OH)