Classification des champignons
Chapitre II : Classification des champignons
Introduction
Le Règne « Fungi » contient cinq embranchements majeurs qui ont été établis en
fonction de leur mode de reproduction sexuée ou en utilisant des données moléculaires. Les
champignons polyphylétiques, non apparentés, qui se reproduisent sans cycle sexuel, sont
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placés par commodité dans un sixième groupe appelé «Embranchement de forme». Les
progrès rapides de la biologie moléculaire et le séquençage de l'ARNr 18S continuent à
montrer de nouvelles et différentes relations entre les différentes catégories de champignons.
Les cinq vrais emnreanchements des champignons sont : les Chytridiomycota
(Chytrids), les Zygomycota (champignons conjugués), les Ascomycota (champignons à sac),
les Basidiomycota (champignons à chapeau) et l’Embranchement Glomeromycota récemment
décrit. Le Deuteromycota est un groupe informel de champignons non apparentés qui
partagent tous un caractère commun - ils utilisent une reproduction strictement asexuée.
"-mycota" est utilisé pour désigner un phylum tandis que "-mycètes" désigne
formellement une classe ou est utilisé de manière informelle pour désigner tous les membres
du phylum.
Règne Embranchements
Mycologie fondamentale et appliquée Dr. Wassim YEZLI
Classification des champignons
II.1. Taxonomie des champignons
Taxon Terminaison
Embranchement (Division ou Phylum) -mycota
Sous Embranchement -mycotina
Classe -mycetes
Sous Classe -mycetideae 2
Ordre -ales
Sous Ordre -ineae
Famille -aceae
Sous Famille -oideae
II.2. Domaine : Eukaryota (eucaryotes)
Règne : Fungi
Embranchement : Glomeromycota
Glomeromycota est un phylum nouvellement établi qui comprend environ 230 espèces
qui vivent toutes en étroite association avec les racines des arbres. Les archives des fossiles
indiquent que les arbres et leurs symbiotes racinaires partagent une longue histoire évolutive.
Il semble que tous les membres de cette famille forment des mycorhizes arbusculaires : les
hyphes interagissent avec les cellules racinaires formant une association mutuellement
bénéfique où les plantes fournissent la source de carbone et l'énergie sous forme de glucides
au champignon, et le champignon fournit à la plante les minéraux essentiels à partir du sol.
Les gloméromycètes ne se reproduisent pas sexuellement et ne survivent pas sans la
présence de racines végétales. Bien qu'ils aient des hyphes coénocytaires comme les
zygomycètes, ils ne forment pas de zygospores. L'analyse de l'ADN montre que tous les
gloméromycètes descendent probablement d'un ancêtre commun, ce qui en fait une lignée
monophylétique.
Figure 34 : Gigaspora margarita sur des racines de Lotus japonicus.
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Embranchement : Chytridiomycota
La seule classe dans le Phylum Chytridiomycota est celle des Chytridiomycetes. Les
chytrides sont les Eumycota (vrais champignons) les plus simples et les plus primitifs. Le
dossier de l'évolution montre que les premiers chytrides reconnaissables sont apparus il y a
plus de 500 millions d'années.
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Comme tous les champignons, les chytrides ont de la chitine dans leurs parois
cellulaires, mais un groupe de chytrides contient à la fois de la cellulose et de la chitine dans
la paroi cellulaire. La plupart des chytrides sont unicellulaires; quelques-uns forment des
organismes multicellulaires et des hyphes, qui n'ont pas de septa. Ils produisent des gamètes et
des zoospores diploïdes qui nagent à l'aide d'un seul flagelle.
L'habitat écologique et la structure cellulaire des chytrides sont beaucoup en commun
avec les protistes. Les chytrides vivent généralement dans des milieux aquatiques, bien que
certaines espèces vivent sur terre. Certaines espèces prospèrent comme parasites sur les
plantes, les insectes ou les amphibiens, tandis que d'autres sont des saprophytes.
Le genre Allomyces est bien caractérisé en tant qu'organisme expérimental. Son cycle de
reproduction comprend à la fois des phases asexuées et sexuelles. Allomyces produit des
zoospores flagellées diploïdes ou haploïdes dans un sporange.
Figure 35 : Cycle de reproduction des Chytridiomycota.
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Embranchement : Zygomycota
Les zygomycètes sont un groupe relativement petit de champignons appartenant au
phylum Zygomycota. Ils comprennent la moisissure du pain familière Rhizopus stolonifer, qui
se propage rapidement sur les surfaces du pain, des fruits et des légumes. La plupart des
espèces sont des saprophytes, vivant de matières organiques en décomposition; quelques-uns
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sont des parasites, en particulier des insectes. Les zygomycètes jouent un rôle commercial
considérable.
Les zygomycètes ont un thalle d'hyphes siphonné, dans lequel les noyaux sont haploïdes
lorsque l'organisme est au stade végétatif. Les champignons se reproduisent habituellement de
manière asexuée en produisant des sporangiospores (aplanospores). Les extrémités noires de
la moisissure du pain sont les sporanges gonflés remplis de spores noires. Lorsque les spores
se posent sur un substrat approprié, elles germent et produisent un nouveau mycélium. La
reproduction sexuée commence lorsque les conditions deviennent défavorables. Deux
individus de signes sexuels opposés (type + et type -) doivent être proches l'un de l'autre pour
former les gamétocytes et fusionner, ce qui conduit à la caryogamie. Les zygospores diploïdes
en développement ont des couches épaisses qui les protègent de la dessiccation et d'autres
dangers. Ils peuvent rester dormants jusqu'à ce que les conditions environnementales soient
favorables. Lorsque la zygospore germe, elle subit une méiose et produit des spores haploïdes
qui, à leur tour, se transforment en un nouvel organisme.
Figure 36 : Cycle de reproduction des Zygomycota.
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Embranchement : Ascomycota
La majorité des champignons connus appartiennent au phylum des Ascomycota, qui est
caractérisé par la formation d'un asque, une structure en forme de sac qui contient des
ascospores haploïdes. De nombreux ascomycètes ont une importance commerciale. Certains
jouent un rôle bénéfique, comme les levures utilisées pour la cuisson, le brassage et la
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fermentation du vin, ainsi que les truffes et les morilles, qui sont considérées comme des
délices gastronomiques. Aspergillus oryzae est utilisé dans la fermentation du riz pour
produire du saké.
D'autres ascomycètes parasitent les plantes et les animaux, y compris les humains. Par
exemple, la pneumonie fongique constitue une menace importante pour les patients atteints du
SIDA qui ont un système immunitaire affaibli. Les ascomycètes non seulement infestent et
détruisent les cultures directement ; ils produisent également des métabolites secondaires
toxiques qui rendent les cultures impropres à la consommation.
Les ascomycètes filamenteux produisent des hyphes divisés par des cloisons perforées,
permettant le ruissellement du cytoplasme d'une cellule à l'autre. Les conidies et les asques,
utilisés respectivement pour les reproductions asexuée et sexuée, sont généralement séparés
des hyphes végétatifs par des cloisons fermées (non perforées).
La reproduction asexuée est fréquente et implique la production de conidiophores qui
libèrent des conidiospores haploïdes. La reproduction sexuée commence par le
développement d'hyphes spéciaux à partir de l'un ou l'autre des deux types de souches
reproductrices. La souche "mâle" produit un anthéridium et la souche "femelle" développe un
ascogonium. À la fertilisation, l'anthéridie et l'ascogonium se combinent par la plasmogamie
sans fusion nucléaire. Il se forme des hyphes ascogènes spéciaux, dans lesquels migrent des
paires de noyaux: l'un de la souche "mâle" et l'autre de la souche "femelle". Dans chaque
asque, deux ascospores haploïdes ou plus fusionnent leurs noyaux en caryogamie. Au cours
de la reproduction sexuée, des milliers d’asques remplissent un corps fructifère appelé
l'ascocarpe. Le noyau diploïde donne naissance à des noyaux haploïdes par la méiose. Les
ascospores sont ensuite relâchées, germent et forment des hyphes qui se disséminent dans
l'environnement et créent de nouveaux mycéliums.
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Figure 37 : Cycle de reproduction des Ascomycota.
Embranchement : Basidiomycota
Les champignons de l'embranchement Basidiomycota sont facilement reconnaissables
au microscope optique par leurs fructifications en forme de massue appelée baside, qui est la
cellule terminale enflée d'un hyphe. Les basides, qui sont les organes reproducteurs de ces
champignons, sont souvent contenues dans le champignon familier, communément vu dans
les champs après la pluie, sur les étagères des supermarchés et sur la pelouse.
Ces basidiomyces productrices de champignons sont parfois appelées «champignons
branchiaux» en raison de la présence de structures ressemblant à des branchies sur la face
inférieure du chapeau. Les "branchies" sont en réalité des hyphes compactés sur lesquels sont
portées les basides. Ce groupe comprend également le champignon étagère, qui s'accroche à
l'écorce des arbres comme de petites étagères.
En outre, les Basidiomycota comprend des charbons et des rouilles, qui sont des
pathogènes végétaux importants; champignons vénéneux, et champignons de plateau empilés
sur des troncs d'arbres. La plupart des champignons comestibles appartiennent à
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l'embranchement Basidiomycota; Cependant, certains basidiomycètes produisent des toxines
mortelles. Par exemple, Cryptococcus neoformans provoque une maladie respiratoire sévère.
Le cycle de vie des basidiomycètes comprend l'alternance des générations. Les spores
sont généralement produites par reproduction sexuée plutôt que par reproduction asexuée. La
baside en forme de massue porte des spores appelées basidiospores. Dans la baside, les
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noyaux de deux souches de signes sexuels différents fusionnent (caryogamie), donnant
naissance à un zygote diploïde qui subit alors la méiose. Les noyaux haploïdes migrent dans
les basidiospores, qui germent et génèrent des hyphes monocaryotiques. Le mycélium qui en
résulte est appelé un mycélium primaire. Les mycéliums de signes sexuels différents peuvent
se combiner et produire un mycélium secondaire qui contient des noyaux haploïdes de deux
souches. C'est le stade dicaryotique du cycle de vie des basidiomycètes et c'est le stade
dominant. Finalement, le mycélium secondaire génère un basidiocarpe (carpophore), qui est
une fructification qui dépasse du sol - c'est ce que nous considérons comme un champignon.
Le basidiocarpe porte les basides en développement sur les branchies sous son chapeau.
Figure 38 : Cycle de reproduction des Basidiomycètes
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