Génétique Bactérienne

Séance 1
Préambule
Brice Enjalbert
I3BEGB20

Département Génie Biologique

Brice Enjalbert ([Link]@[Link])
• Deug, licence, maitrise, DEA
1992-1997 UPS • Transposons et snoRNA

• Thèse (Jean-Marie François, Centre Gilbert Durand)

1997-2001 INSA • Régulation de la synthèse de glycogène

• Canada (2 ans), Royaume-Uni (3 ans), France (2 ans)

2001-2009 Postdocs • Réponses adaptatives des microorganismes

• Maître de Conférences
2009-20.. INSA • Biologie moléculaire, biochimie, approches omiques, iGEM

• Responsable Pole Physiologie de TBI (6 équipes)

Actuel Respon. • Directeur du GB

Page 2
I3BEGB20 Génétique Bactérienne

Page 3
Plan
Séance 1 Définitions, bactéries, génome, plasmides
Séance 2 TD1 : plasmide, origine, hétérogénéité
Séance 3 Les mutations 1
Séance 4 Les mutations 2
Séance 5 TD2 Les mutations 2
Séance 6 La transformation
Séance 7 TD3 : la transformation
Séance 8 La conjugaison
Séance 9 TD4 : la conjugaison
Séance 10 La transduction
15 cours Séance 11 TD5 : La transduction
Séance 12 Les transposons
9 TD
Moodle !
Exam formatif (1 créneau)
Séance 13 La régulation transcriptionnelle
1 TP Séance 14 La régulation transcriptionnelle
Séance 15 TD6 : la régulation transcriptionnelle (attention de récupérer la
2 Exams Séance 16 La régulation post-transcriptionnelle
dernière version, souvent le
Séance 17 La régulation traductionnelle
Séance 18 TD7 : La régulation traductionnelle
jour du cours)
Séance 19 La régulation post-traductionnelle
Séance 20 Les outils
Séance 21 TD8 : Les outils de régulation
Séance 22 Le criblage
Séance 23 La biologie synthétique
Séance 24 TD9 : cytométrie
TP transduction (4 journées)
Exam certificatif (2 créneaux) Page 4
 Semestre 2

3A 2025-26 S5 David Guieysse:

une pour 36

GB GP3E
Groupes A B C D GB GP3E GB GP3E GB GP3E GB GP3E GB GP3E GB GP3E
A B C D A B C D A B C D A B C D A B C D A B C D A B C D A B C D
08-sept 15-sept 22-sept 29-sept 06-oct 13-oct 20-oct ## 03-nov 10-nov 17-nov 24-nov 01-déc 08-déc 15-déc ### ### 05-janv 12-janv
8h-9h15 GH1 GH1 GH3 GH2 GH5 GH3 GH7 GH4 GH9 TD GH4 GH11 TD GH6 GH13 TD GH8 GH15 GH6 GH17 Cmarange TD GH11 GH18 TD GH13 Projet 1 TD Mnum 5 Oral
David Guieysse:
9h30- 10h45 GH2 TD GH1 GH4 TD GH2 GH6 TD GH3 GH8 GH5 GH10 TD GH5 GH12 TD GH7 GH14 TD GH9 GH16 TD GH10 TD FilGB 17 TD GH12 GH19 TD SyD 12 GBac 13 Projet 1 TD Mnum 6 PTME 5 Oral FilGB PTME 2h
3 salles APP :
11h00-12h15 GBac TD1 PhC 1 TD FilGB 2 PhC 2 Mic 1 AT PhC 3 Mic 2 AT PhC 4 Mic 3 AT PhC 5 Mflu 4 PS Mic 4 MR PhC 6 Mic 7 MR PhC 7 TD FilGB 18 PhC 8 PhC 9 Projet 1 TD Ther 10 TD PTME 11
lundi

IDEFI pour GB
12h30-13h45
14h-15h15 David Guieysse: GB 2 TD PTME 1 GBac 4 TD PTME 5 GBac TD5 PTME 4 Terre 7 GBac TD PTME 12
LV2 1-4 LV2 5-6 LV2 7-16
15h30-16h45 2 salles pour les TD PTME 2 TD FilGB 3 TD PTME 6 TD FilGB 5 PTME 2 Terre 8 Exam 2h TD PTME 13
17h-18h15 TD GP3E RAN RAN RAN RAN TD FilGB 6 PTME 3 RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN RAN
David Guieysse:
1 salle pour 36 puis 2 salles David Guieysse:
pour le 2ieme TD Martin Rodgers pour les
8h-9h15 TD Ther 1 TD Ther 3
2 séances 15h30-18h15 LV1 1-6 LV1 7-8 LV1 9-16
Terre 23
9h30- 10h45 Fil GB 1 SyD 2 TD SyD 4 Forum GBac 15 TD PhC 11
Terre 24 exam 1h25
mardi

11h00-12h15 TD FilGB 1 TD SyD 1 SyD 3 TD Ther 4 Fil GB 3 TD SyD 8 Therm 6 Therm 7 Therm 8 Exam Mic TD SyD 13 Therm 10 TD PhC 12
12h30-13h45 David Guieysse:
14h-15h15 Fil GB 2 TD 7 bib (C) TD FilGB 7 TD SyD 6 Therm 5 Mic 5 MR Mic 8 MR SyD 7 TD1 MIC TD SyD 10 Therm 9 PhC 10 1 salle pour les 2 TD
Exam 2 h E2-GH 2,5h
15h30-16h45 TD FilGB 4 TD Perso TD FilGB 8 SyD 5 TD FilGB 10 TD PTME 9 Forum GBac 8 GBac 10 Projet lib TD2 MIC GBac 12 GBac 14
Exam 2 h
17h-18h15 TD 8 battle TD FilGB 9 TD FilGB 11 TD PTME 10 GBac 9 Projet lib
David Guieysse:
2 salles
17-sept 24-sept 01-oct 08-oct 15-oct 22-oct 05-nov 12-nov 19-nov 26-nov 03-déc 10-déc 17-déc 07-janv 14-janv
8h-9h15 TD Ther 2 Therm 4
9h30- 10h45 Fil GB Bib A TP TP TD FilGB 15 TP TP
mercredi

11h00-12h15 GBac 3 GBac TD3 TD FilGB 16

12h30-13h45 TP
14h-15h15 TD SyD 2 GBac 5 TD 7 bib (D) TD SyD 7 TP (GB) Api
15h30-16h45 TD SyD 3 TD Perso TP TP 13h30 A1, 14h TP TP TP
17h-18h15 TD 8 battle A2, 14h0 B1

11-sept 18-sept 25-sept 02-oct 09-oct 16-oct 23-oct 06-nov 13-nov 20-nov 27-nov 04-dec 11-dec 18-dec 08-janv 15-janv
8h-9h15 3A Direction Therm 3 Mflu 1 PS Mflu 2 PS TD Mflu 3 TD Mflu 4 Mflu 5 PS TD Mflu 6 E1-Be Mflu 1h Mflu 8 AC MFlu10 AC Mflu 12 AC TDMFlu 8
Exam 2,5h Mflu 8h-9h30
9h30- 10h45 Fil GB CM SyD 1 Fil GB Bib B TD PTME 3 TD MFlu1 TD Mflu 2 Festival Futurs Proches Mflu 3 PS TD Mflu 5 Mflu 6 PS Mflu 7 PS E1-Be Mflu 1h Mflu 9 AC Mflu 11 AC GBac TD8 Mflu 13 AC TDMFlu 9
11h00-12h15 GB 1 PTME 1 GBac TD2 TD PTME 4 GBac TD4 SyD 4 mobiité Int. TD Ther 5 lecture G. Api SyD 6 TD Ther 6 Mic 6 MR TD Ther 7 TD Ther 8 TD Ther 9 TD Mflu 7 TD Ther 11 Mnum 3 Exam 1h25
jeudi

12h30-13h45
14h-15h15 David Guieysse:
15h30-16h45 salles 111 et 112
17h-18h15
David Guieysse:
2 salles

8h-9h15 Therm 1 TD FilGB 12 exam GH GP3E Projet 2 TD Mnum 7 Exam 1,25 h

EPS 1-10 EPS 11-22
9h30- 10h45 Therm 2 TD FilGB 13 Projet lib Projet 2 TD Mnum 8
vendredi

11h00-12h15 GBac 6 TD SyD 5 GBac 7 Exam 1,25 Exam Gbac Projet lib TD FilGB 14 TD SyD 9 GBac TD6 GBac 11 SyD 8 GBac TD7 TD SyD 11 GBac TD9 Projet 2 TD Mnum 9
12h30-13h45 Terre 3 Mnum 1 Mnum 2
TEST LV ICBE Terre 5-6 David Guieysse:
14h-15h15 Terre 4 Info 2 salles par groupe de
TD Mnum 1 TD Mnum 3
15h30-16h45 TRE 3-5 TRE 8-10
TRE 9-12 Terre 13-14 Terre 15-20 TD Mnum 2 TD Mnum 4
Terre 21-22 examen 2 h
TD
17h-18h15
Terre 1-2 TRE 1-2 TRE 6-7

12-sept 19-sept 26-sept 03-oct 10-oct 17-oct 24-nov ## 07-nov 14-nov 21-nov 28-nov 05-déc 12-déc 190/12/2025 ### ### 09-janv 16-janv

Exam 2 h Exam 1,25 Exam Gbac exam GH E1-Be MFlu Exam Mic GBac Exam Oral
>> >> >> EXAMENS >> >> >> GP3E 1h
Exam 2 h Exam 2,5h E2-GH 2h
2h PTME 2h

24 octobre 05 janvier

Page 5
APC I3BEGB20

IMAGINER CONCEVOIR METTRE EN OEUVRE EXPLOITER

Concevoir une expérience, des opérations Mettre en œuvre de manière collaborative
Imaginer une expérience ou une opération en Interpréter, critiquer et valoriser des
unitaires, et la démarche analytique associée une démarche expérimentale et les
3A lien avec les biotechnologies en se projetant résultats expérimentaux en vue d’une
en se projetant dans un environnement techniques analytiques et mathématiques
dans une culture métier stratégie biotechnologique
professionnel pertinentes
Savoir Générer des Communiquer à
Etablir un Proposer une Travailler en Interpréter et
Elaborer la dimensionner les données Mettre en œuvre l’écrit et à l’oral un
Analyser une protocole S'approprier la démarche de équipe-projet et critiquer des Adapter ses
synthèse d’une transferts expérimentales à une réaction de travail (ex.
filière dans le expérimental à construction de suivi analytique restituer la résultats actions à la
EC (Intitulé) EC (code) domaine des partir d’une son projet
biomolécule à
(chimique,
thermiques dans l’échelle du synthèse de
production avec
compte-rendu de
expérimentaux en situation et aux
partir d’une étude un réacteur et les laboratoire en vue biomolécule à TP) en français
biotechnologies recherche professionnel biophysique, de une posture et un lien avec les évolutions
bibliographique pompes d’une stratégie petite échelle en faisant preuve
bibliographique bioséparation) langage adaptés biotechnologies
associées biotechnologique de créativité

Génétique bactérienne I3BEGB20 X X X X

Page 6
Génétique Bactérienne
Séance 1
Bactéries, génomes et plasmides
Brice Enjalbert
I3BEGB20

Département Génie Biologique

Question existentielle

Pourquoi êtes-vous ici ?

Page 8
La génétique
Définition de la génétique :
C’est la science de l'hérédité et de la variation des caractères des êtres vivants.

La génétique est un domaine fondamental de la biologie, avec des implications

importantes pour la compréhension de la vie et de l'évolution.
Page 9
Les applications de la génétique

• Compréhension du vivant : description de l’organisation de

l’information et du fonctionnement cellulaire.

• Médecine : identification des causes génétiques des maladies,

développement de thérapies géniques.

• Agriculture : sélection de plantes et d'animaux pour améliorer la

production et la résistance aux maladies.

• Biotechnologies : utilisation de gènes pour créer des organismes

avec des caractéristiques spécifiques, comme des bactéries
produisant des médicaments.
Page 10
Concepts de base en génétique
1. Chromosome : une structure organisée et compacte composée
d’ADN.
2. Gène : un segment d'ADN qui contient les instructions pour
produire une protéine spécifique, influençant ainsi un trait particulier.
3. Génotype : la composition génétique d'un individu, c’est-à-dire les
allèles qu’il possède pour un gène donné.
4. Phénotype : l'expression observable des traits d'un individu,
résultant de l'interaction entre le génotype et l'environnement.
5. Hérédité : le processus par lequel les traits sont transmis des
parents aux descendants.
6. Mutation : une modification dans la séquence d'ADN d'un gène,
pouvant entraîner une variation des traits (avec potentiellement une
perte ou un gain de fonction).
Page 11
La génétique bactérienne

Définition de la génétique bactérienne

La génétique bactérienne est une branche de la génétique qui se concentre
sur :

- l'étude des gènes bactériens

- la transmission de l’information

- la variation génétique chez les bactéries

Page 12
Pourquoi les bactéries ?

Nombre d’individus

100 par ml à 0 h => 1000 000 000 par ml à 18 h

Page 13
Les bactéries

Les bactéries sont des organismes

unicellulaires sans noyau (procaryotes).

Elles possèdent un matériel génétique

organisé de manière plus simple que celui
des cellules eucaryotes.

Cependant, elles ont des mécanismes

génétiques complexes qui leur
permettent de s'adapter rapidement à
leur environnement.

Page 14
Place des bactéries dans le vivant
Homme C. acetobutylicum
Souris B. subtilis
Nematode L. lactis
S. cerevisiae
A. thaliana

Arbre phylogénétique du vivant

d'après Ciccarelli et al. (2006)

- Bactéries en bleu E. coli

- Eucaryotes en rose
(animaux, champignons, plantes et
protistes)
- Archées en vert (apparence de
bactérie mais organisation de type
eucaryote)
[Link] Page 15
Structure d’une bactérie

Transmission electron micrograph of a section of Diplococcus

pneumoniae. The fibrous nucleoid is centrally located, surrounded
by cytoplasm containing numerous ribosomes.
Photograph by George E. Palade and James Jamieson. Link:
[Link]/images/41048.
[Link]

Page 16
2- Le Génome Bactérienne
Le chromosome bacterien
La majorité des bactéries possèdent un chromosome unique et
circulaire situé dans une région appelée nucléoïde.

E. coli 83972, CFT073 (UPEC), 536 (UPEC), UTI89 (UPEC), MG1655 (K-12) and Sakai (EHEC O157:H7) [Link]
Zdziarski et al., 2010
Page 18
Organisation du chromosome bacterien
[Link]

Page 19
Réplication du chromosome bacterien
Reproduction asexuée :
1. Les bactéries se multiplient principalement par fission binaire, un processus de division cellulaire dans lequel une
cellule mère se divise en deux cellules filles génétiquement identiques.
2. Ce mode de reproduction asexué permet une propagation rapide, mais il ne conduit pas à une grande diversité
génétique.

[Link] [Link]
Page 20
Les plasmides
Les bactéries peuvent aussi posséder des plasmides, qui sont de petites molécules
d'ADN circulaires indépendantes du chromosome principal.

Les plasmides portent souvent des gènes conférant des avantages adaptatifs, comme la
résistance aux antibiotiques.

PNAS, 2013 vol. 110 no. 39

Page 21
Fonction originelle des plasmides
pYV virulence plasmid in Yersinia enterocolitica
Les plasmides apportent des fonctions
parfois essentielles aux bactéries :
- Résistance
- Virulence
- Métabolisme
- Inhibition de compétiteurs

DOI: 10.1128/JB.181.2.675-680.1999

Page 22
Les vecteurs plasmidiques

Les vecteurs sont des plasmides issus de

constructions génétiques faites en
laboratoire pour des applications
en biotechnologie.

On retrouvera classiquement :
• une origine de réplication
• un site de clonage multiple
• un gène de sélection (souvent résistance
à un antibiotique)
• accessoirement, des gènes rapporteurs
(purification ou détection)

Page 23
La réplication des plasmides

[Link]

[Link] Page 24
L’origine de réplication

[Link] Page 25
Le phénomène d’incompatibilité entre plasmides
Les plasmides incompatibles (appartenant au même groupe d'incompatibilité) partagent
normalement les mêmes mécanismes de réplication ou de partition et ne peuvent donc
pas être conservés ensemble dans une seule cellule.

Page 26
La partition
La probabilité d’avoir une cellule fille sans plasmide est de 2(1−N), où N est le nombre de copie :
2 plasmides = 50%, 5 plasmides = 6%, 10 plasmides = 0.2%, 200 plasmides = 10-58%

Pour contrôler la transmission des plasmides à faible nombre de copies, les bactériens utilisent des systèmes de
partition.

DOI: 10.1016/S0092-8674(00)80359-1
Page 27
La partition
Les copies sont appariées autour d'un site de type centromère, puis séparées dans les deux cellules filles.
Les systèmes de partition impliquent trois éléments, organisés en un opéron auto-régulé :
- Un site sur le plasmide de type centromère
- Des protéines de liaison aux centromères (CBP)
- Une protéine motrice

From Lewin’s Genes XII

Page 28
La régulation du nombre de copies

La régulation du nombre de copies d’un

plasmide peut passer par un équilibre entre la
production de protéines essentielles à la
réplication (rep) et la production d’ARN
antisens qui inhibe la traduction de l’ARNm des
protéines Rep.

[Link]

Page 29
Les types de vecteurs

Plasmid
Phagemid
Cosmid
Fosmid
Bacterial Artificial Chromosome (BAC)

[Link]
Page 30
La taille des plasmides

• Petits plasmides : ils mesurent généralement de 1 000 à 10 000 paires de bases (1-10 kb). Ces plasmides
codent souvent pour des fonctions basiques ou des caractéristiques spécifiques, comme la résistance à un
seul antibiotique.
Exemple : plasmide pBR322, 4 361 pb, résistance à l’ampicilline, entre 5 et 20 copies par cellules.
Exemple : plasmide pSB1C3, 2070 pb, résistance au chloramphenicol, entre 10 et 200 copies par cellules.

• Plasmides de taille moyenne : Ils ont une taille de 10 000 à 75 000 paires de bases (10-75 kb) et
contiennent des gènes supplémentaires pour des fonctions variées, comme des mécanismes de conjugaison
ou des gènes de résistance multiples.
Exemple : plasmide RP4, 60095 pb, conjugatif, gènes de transfert, résistances à la kanamycine, l’ampicilline et
la tetracycline, 4 à 7 copies.

• Grands plasmides : Ils peuvent dépasser 75 000 à 200 000 paires de bases (50-200 kb) et portent souvent
des gènes complexes associés à la virulence, au métabolisme de composés particuliers, ou encore à la
production de toxines.
Exemple : plasmide R100, un plasmide de résistance multi-antibiotiques, de 94 000 pb (94 kb), 1 à 5 copies.

Page 31
Les phagemides
Ils combinent des éléments d’un plasmide et d’un phage
filamenteux. 20 Kb maximum.

C'est un vecteur conçu pour offrir les avantages des deux

systèmes de clonage (réplication autonome dans les
cellules bactériennes et production de particules de
phages).

Éléments de plasmide :
1. origine de réplication
2. marqueurs de sélection

Éléments de phage :
1. origine de réplication d’un phage filamenteux (f1
ou M13). Ces phages infectent les bactéries sans
les lyser.
2. Le phagemide ne peut pas produire de particules
phagiques à lui seul (nécessite l’infection par un
phage auxiliaire).
Page 32
Les cosmides
Ils combinent les caractéristiques d’un plasmide et d’un
bactériophage λ (lambda). Les cosmides sont conçus pour
cloner de grands fragments d’ADN jusqu’à 45 kb.

C'est un vecteur conçu pour offrir les avantages des deux

systèmes de clonage (réplication autonome dans les
cellules bactériennes et production de particules de
phages).

Éléments de plasmide :
1. origine de réplication
2. marqueurs de sélection

Éléments de phage :
1. sites cos dérivés du bactériophage λ (pour
l’intégration de l’ADN dans la capside). Nécessaire
pour transférer l’information car très grande taille.

Page 33
Les fosmides
pCC1FOS (F plasmid) => not here

Dérivé du plasmide F (plasmide de fertilité) d'Escherichia

coli. Jusqu’à 40 Kb.

[Link] de réplication:
Le plasmide F confère aux fosmides la capacité de se
répliquer à faible nombre de copies dans les cellules
bactériennes (monocopie grâce au système de
partition SopAB), mais le nombre de copie est
débrayable selon le contexte génétique (20 copies
dans une E. coli EPI300).

[Link]é élevée :
Comme ils se répliquent à faible nombre de copies,
les fosmides sont plus stables dans les cellules hôtes.

Page 34
Les BACS

Les BACs (pour Bacterial Artificial Chromosome) sont des

plasmides artificiels qui ont été modifiés pour transporter
jusqu'à 300 kb). On les utilise pour la conservation et le
séquençage de grandes régions (mais pas pour
l’expression)

Leur conception repose sur un chromosome bactérien, ce

qui leur permet de transporter de plus gros segments
d'ADN sans problème (un fosmide de la même taille serait
instable).

Page 35
Génétique Bactérienne
Séance 3
Les mutations (partie 1)
Brice Enjalbert
I3BEGB20

Département Génie Biologique