NUCLÉOTIDES

ET ACIDES NUCLÉIQUES

Biochimie générale
FSS-UL_LS1-LS2
 Introduction
• Acides nucléiques

• macromolécules informationnelles

• support moléculaire de l'information génétique

• Deux types

• acide désoxyribonucléique (ADN)

• acides ribonucléiques (ARN)

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 Introduction
• Information génétique exprimée sous forme de protéines
diverses dont l’activité permet la vie

• Réactions de synthèse et de dégradation

• Réaction de transfert d’énergie, …

• Transfert des caractères d’une espèce d’une génération à

une autre

• Structure : polymères d’unités de base (déjà complexes) =

nucléotides  polynucléotides

3
NUCLÉOTIDES

4
 COMPOSITION DES NUCLÉOTIDES
• Nucléotide = condensation de 3 molécules simples :

- Acide phosphorique (PO4H3)

- Ose à 5 carbones (pentose) : ribose (ARN) et

désoxyribose (ADN)

- Base azotée ou nucléique dérivée de la purine ou de la

pyrimidine

5
 Oses

β-D-Ribose β-D-2-désoxy-Ribose

6
Acide phosphorique

7
 Bases azotés
Bases pyrimidiques

8
 Bases azotés
Bases puriques

9
FORMATION DES NUCLÉOTIDES

10
Nucléosides

11
 Nucléotides
= nucléosides monophosphates

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 FORMATION ET NOMENCLATURE
DES NUCLÉOTIDES
Acide
Molécules constitutives Nucléotide
nucléique
Pentose Phosphate Base azotée
AMP (adénosine
Adénine
monophosphate)
CMP (cytidine
Cytosine
monophosphate)
ARN Ribose Phosphate
GMP (guanosine
Guanine
monophosphate)
UMP (uridine
Uracile
monophosphate)
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 FORMATION ET NOMENCLATURE
DES NUCLÉOTIDES
Acide
Molécules constitutives Nucléotide
nucléique
Pentose Phosphate Base azotée
dAMP (désoxy adénosine
Adénine
monophosphate)
dCMP (désoxy cytidine
Cytosine
Désoxy- monophosphate)
ADN Phosphate
ribose dGMP (désoxy guanosine
Guanine
monophosphate)
dTMP (désoxy thymidine
Thymine
monophosphate)
14
 Les nucléotides d'intérêt biologique

Les nucléosides monophosphates

• La phosphorylation sur le carbone C5' est la plus courante

• L'AMP est l'un des composés que l'on trouve dans de

nombreuses réactions du métabolisme

• Les nucléosides 5'-phosphates sont les éléments de bases

de polymères tels que l'ADN et l'ARN que l'on trouve dans
tous les organismes vivants

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 Les nucléotides d'intérêt biologique
• Les nucléosides diphosphates

• Le PAPS (adénosine 3'-(mono)phosphate 5'-phosphosulfate) est

impliqué dans des réactions de sulfatation des glycannes et des
lipides

• L'ADP (et les autres nucléosides PP classiques) est un composé qui a

de nombreuses différentes fonctions dont

• molécule à haut potentiel énergétique (hydrolyse de la liaison

anhydride d'acide)

• molécule intermédiaire dans la production d'ATP

• activateur d'enzyme allostérique ex. L-glutamate-déshydrogénase

16
 Les nucléotides d'intérêt biologique
Les nucléosides triphosphates

• Une des molécules les plus "universelles" = ATP : deux liaisons

anhydride d'acide sont source d'énergie utilisable (notamment)
• par des réactions de catalyse enzymatique impossibles sans couplage
• pour le transport transmembranaire actif
• pour la contraction musculaire

• Autres nucléosides 5' triphosphates : rôle identique à celui de l'ATP mais

à un degré beaucoup plus minoritaire

• Les nucléosides 5' triphosphates sont aussi des donneurs de phosphates

• Les nucléosides 5' triphosphates sont les précurseurs de base dans la

biosynthèse des acides nucléiques
17
 Les nucléotides d'intérêt biologique
Des constituants de coenzymes

• Adénosine 3'-phosphate 5'-diphosphate est une partie de la

molécule d'un coenzyme d'acétylation, le coenzyme A

• Adénosine 5'-diphosphate fait partie de la structure de deux

coenzymes d'oxydo-réduction : le nicotinamide adénine
dinucléotide (NAD) et le flavine adénine dinucléotide (FAD)

• PAPS (3'-phosphoadénosine 5'-phosphosulfate) est impliqué

dans des réactions de sulfatation des glycanes et des lipides
18
 Les nucléotides d'intérêt biologique
Les seconds messagers

• Un second messager est une molécule qui assure le relais

intracellulaire d'un signal extracellulaire

• L'AMPc fut identifié comme le second messager universel et

dans quelques cas, ce fût le GMPc

• Il est produit sur la face intracellulaire de la membrane

plasmique après fixation externe d'une molécule signal par
action de l’adénylcyclase (ATP  AMPc)
19
NAD et NADP

20
NAD+ (oxydée) et NADH (réduite)

21
 POLYMÉRISATION DES NUCLÉOTIDES

• Enchaînement de nucléosides 5'-phosphates par liaison

phosphodiester entre alcool du carbone 3’ du 1 er

nucléotide (estérifié) et acide phosphorique du 2 ème

nucléotide

• 2ème acide phosphorique se retrouve entre carbone 3’ du

1er et carbone 5’ du 2ème  liaison phosphodiester

22
 POLYMÉRISATION DES NUCLÉOTIDES

• Addition des autres nucléotides de la même manière dans le

sens 5’  3’

 Le premier nucléotide d’un acide nucléique aura le carbone

5’ de l’ose portant un acide phosphorique (libre) tandis que le
dernier nucléotide aura le carbone 3’ de l’ose portant son OH
habituel (Acide nucléique orienté de 5’P  3’OH, chaîne
vectorisée et écrite de gauche à droite)

23
POLYMÉRISATION DES NUCLÉOTIDES

24
 NOTION D’HYBRIDATION A – T ET G – C
• Lorsqu’un acide nucléique est en solution les molécules
forment des liaisons hydrogènes associant les nucléotides
2 par 2, de sorte que
− un nucléotide à adénine se lie avec un nucléotide à
thymine (ou à uracile dans un RNA) et
− un nucléotide à guanine avec un nucléotide à cytosine

• Cette liaison spécifique est appelée « hybridation »

• Cette liaison est liée à la complémentarité des bases 25

LES ACIDES NUCLÉIQUES

26
 ACIDE DÉSOXYRIBONUCLÉIQUE

• Molécules d’ADN
• formées de deux chaînes avec nucléotides
hybridés deux à deux sur toute la longueur
• deux chaînes antiparallèles, c’est à dire que
l’extrémité 5’ de l’une est du côté de l’extrémité
3’ de l’autre

27
 ACIDE DÉSOXYRIBONUCLÉIQUE
• Pour que tous les nucléotides puissent s’hybrider, il faut que
l’ordre dans lequel ils sont liés ensemble soit
complémentaire de la chaîne opposée
• en face de chaque A sur une chaîne doit se trouver T sur
l’autre chaîne

• Idem pour C et la G

• Chaleur peut dissocier les deux chaînes = fusion du DNA,

fusion réversible  les deux chaînes peuvent s’hybrider à
nouveau
28
STRUCTURE SECONDAIRE DE L’ADN : LA DOUBLE HÉLICE

• Les deux chaînes de nucléotides de l’ADN dont les bases

complémentaires sont hybridées vont rester parallèles (anti) et
l’ensemble va s’enrouler autour d’un cylindre imaginaire pour
constituer une double hélice

29
 LA COMPOSITION EN BASES DE L’ADN
• Les molécules d'ADN présentent la caractéristique suivante :

- quelle que soit l'origine de l'ADN, nombre de purines toujours

= pyrimidines : [Pur] = [Pyr] ou encore [A] + [G] = [T] + [C]

- fractions molaires des bases sont telles que : A = T et G = C

• Cette caractéristique est désignée sous le nom de règle de

Chargaff (1940)

• Bien sûr les proportions ([A] + [T]) et ([G] + [C]) ne sont pas
égales et varient de 35 à 75% selon l'ADN étudié (espèce)

• La température de fusion de l’ADN est fonction de G + C %

30
 TAILLE DE L’ADN
• Taille exprimée en trois unités selon l'usage

- longueur

- masse moléculaire en Dalton (Da)

- nombre de nucléotides (ou bases), noté b pour les

molécules simple brin et le nombre de paires de base,
noté pb pour les molécules double brin

• Pour les ADN, le nombre de nucléotides varie de 5000 à plus

de 100 millions de pb.

31
 EFFET HYPERCHROME OU HYPERCHROMICITÉ

• ADN dénaturé : absorption à 260 nm plus élevée que l'ADN natif (d'un facteur 1,6)

• Augmentation absorbance = effet hyperchrome ou hyperchromicité

• Agents dénaturants : chaleur (chauffage à 100°C), urée ou pH très alcalin

32
ABSORBANCE ADN EN FONCTION DE LA TEMPÉRATURE
Absorption ADN natif en fonction de la
température = allure sigmoïde avec point
d'inflexion correspondant à la demi-
variation d'absorbance

= température de fusion (Tm)

Refroidissement lent  absorption suit

courbe de fusion en sens inverse

Refroidissement rapide  absorption ne

suit pas courbe de fusion en sens inverse
mais autre courbe qui aboutit à une valeur
 = 260 nm plus élevée : phénomène d'hystérésis

33
FACTEURS DONT DÉPEND LA TEMPÉRATURE DE FUSION

 Tm dépend de la force ionique

du milieu : elle diminue lorsque
cette dernière augmente

 Tm d'autant plus élevée que %

de G + C est grand :

− 65 °C pour ADN de E. Coli

(G+C = 50%)

− 76 °C pour ADN de P.
aeruginosa (G+C = 68%)

34
 ACIDES RIBONUCLÉIQUES (ARN)

• Acide ribonucléique :
• nucléotides (GMP, AMP, UMP, CMP)
• condensés avec liaisons phosphodiesters en une seule
chaîne

• Définissent un sens à la molécule : début = nucléotide ayant

phosphate en 5’ libre (non lié à aucun autre nucléotide) et
fin = nucléotide ayant fonction alcool en 3’ non estérifiée
(libre)

• ARN = produit suite à la transcription de l’ADN

35
 ACIDES RIBONUCLÉIQUES (ARN)

Différents RNA (4 espèces)

• ARNr = ARN ribosomique = structure des ribosomes

et synthèse des protéines

• ARNt = ARN de transfert, transporteur des acides

aminés activés pour la traduction

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 ACIDES RIBONUCLÉIQUES (ARN)

Différents RNA (4 espèces)

• mRNA = ARN messager, produit de la transcription d’un gène,

porte l’information à traduire (séquence de la protéine)

• snRNA = petits RNA nucléaires, responsable de découpage et

soudure (épissage des exons) des ARN issus de la

transcription de l’ADN pour leur donner leur forme définitive

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DIFFÉRENCE DE STRUCTURE ARN AVEC ADN

• L’ARN diffère de l’ADN par plusieurs caractères :

− il est plus court
− le pentose (sucre) constitutif est le ribose à la
place du désoxyribose
− parmi les bases azotées l’uracile (U) remplace la
thymine (T)
− Les RNA sont simple brin

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DIFFÉRENCE DE STRUCTURE ARN AVEC ADN

ADN ARN
Bicaténaire en
Structure Monocatenaire
double-hélice

Adénine Adénine

Guanine Guanine
Bases azotées
Cytosine Cytosine

Thymine Uracile

Sucre Désoxyribose Ribose

Longueur Plus longue Plus courte
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 FONCTIONS DES ACIDES NUCLÉIQUES :
BIOSYNTHÈSE DES MACROMOLÉCULES

• L’ADN contient l’information génétique d’une cellule. Elle la

transmet telle quelle aux cellules filles issues de la division
cellulaire. Pour ce faire, l’ADN doit se dupliquer, c’est la
réplication

• Au cours de la vie de la cellule, de nombreuses protéines sont

synthétisées sur la base de l’information contenue dans l’ADN.
La synthèse des protéines (traduction de l’information
génétique) se fait sur un modèle d’ARN synthétisé lui-même à
partir de l’ADN, c’est la transcription
40
 FONCTIONS DES ACIDES NUCLÉIQUES :
BIOSYNTHÈSE DES MACROMOLÉCULES

• L’information génétique circule donc de l’ADN à l’ADN (réplication), de

l’ADN à l’ARN (transcription) puis de l’ARN aux protéines (traduction)

41
FONCTIONS DES ACIDES NUCLÉIQUES :
BIOSYNTHÈSE DES MACROMOLÉCULES

42
 LA RÉPLICATION : DEFINITION

• C’est la synthèse d’ADN qui reproduit exactement le génome

d’une cellule au cours du cycle cellulaire afin de préparer la
division de cette cellule
• Activité de l’ ADN-polymérase
• Chacun des deux brins de l’ADN parental sert de modèle pour
la synthèse d’un nouveau brin
• Au lieu de rester ensemble à chaque synthèse (réplication
conservative), les deux brins se séparent toujours à chaque
cycle (réplication semi-conservative) : expérience de
MESELSON et STAHL en 1958 (isotopes de nucléotides)
43
 LA RÉPLICATION : GENERALITES
• ADN-polymérases = enzymes du noyau cellulaire agissant pour
doubler l’ensemble du génome diploïde par condensation des
nucléotides en utilisant comme substrats des désoxyribonucléosides
triphosphates (dATP, dCTP, dGTP et dTTP)

• Réplication commence par séparation des deux brins de l’ADN par

l’hélicase (topoisomérase II) : brin direct/retardé

• Une nouvelle double hélice se forme entre chaque brin modèle et le

nouveau brin synthétisé

• Autres enzymes : gyrase (topoisomérase I), primase, Rnase, DNA-

ligase
44
 LA RÉPLICATION : MECANISME
• Plusieurs origines de réplication
• A chaque origine
− Séparation des deux brins par l’hélicase
− Formation de deux fourches (ŒIL) de réplication à chaque
origine de réplication
− Formation de complexe enzymatique de réplication, appelé
réplisome
− Processus de réplication sensiblement différent entre les deux
brins : brin direct ou précoce synthétisé en continue, brin indirect
ou retardé synthétisé de manière discontinue (fragments
d’OKAZAKI)
• Réplication = 3 étapes : initiation, élongation et terminaison
45
 LA RÉPLICATION : MECANISME
Initiation

• Protéines SSB fixant et séparant les deux brins à une origine

de réplication

• Hélicase pour accentuer la séparation

• Formation d’un œil de réplication avec deux fourches de

réplication

• Synthèse par la primase d’une amorce d’ARN unique sur le

brin direct, plusieurs amorces sur le brin retardé

• Fixation de l’ADN-polymérase 46
 LA RÉPLICATION : MECANISME
Élongation
• Synthèse d’un brin complémentaire par condensation de
désoxyribonucléotides à partir de l’extrémité 3’ des amorces d’ARN
et dans le sens 5’-3’
• Brin complémentaire continu sur le brin direct
• Brin complémentaire discontinue sur le brin indirect
• Progression jusqu’à la prochaine fourche de réplication grâce à
hélicase et top-isomérase I (qui déroule l’ADN surenroulé en aval par
l’action de l’hélicase)
• Hydrolyse des amorces (activité RNase) et remplacement par des
désoxyribonucléotides
• Soudure des fragments d’ADN par ADN-ligase
47
 LA RÉPLICATION : MECANISME
Terminaison

• Arrêt de la réplication lorsque deux fourches de réplication se

rencontrent ou lorsqu’une fourche rencontre un signal de
terminaison de la réplication

NB : Fidélité de la réplication car

• ADN-polymérase vérifie (relecture ) et remplace (édition) le dernier

nucléotide mis en pace s’il est erroné par le nucléotide adéquat

• Mécanisme de réparation des mésappariements dans l’ADN

double-brin
48
LA RÉPLICATION : MECANISME

49
LA RÉPLICATION : MECANISME

50
 LA TRANSCRIPTION
Notion de gène

• Pour permettre la biosynthèse d’une protéine, il doit y

avoir dans la structure de l’ADN d’un sujet, une séquence
de nucléotides appelée « gène »

• Le gène est une séquence de nucléotides de l’ADN,

contenant l’information nécessaire à la synthèse de cette
protéine

51
 LA TRANSCRIPTION
Notion de gène

• Dans la séquence du gène

• des éléments régulateurs appelé le promoteur du gène,

• un site d’initiation de la transcription,

• une suite variable d’exons (séquences codantes qui seront

traduites) et d’introns (régions non codantes et non
traduites)

• et enfin la fin de la transcription à la fin du dernier exon où

existe un signal de polyadénylation

52
STRUCTURE D’UN GÈNE

53
54
 LA TRANSCRIPTION
Notion de gène
• L’ensemble des mécanismes qui à partir de la séquence du
gène conduisent à la production d’un acide ribonucléique ou
d’une protéine est désigné sous le terme d’expression de ce
gène
• Après la transcription l’ARN produit de la ARN-polymérase
ou transcrit primaire contient encore les introns et les exons,
mais pas le promoteur
• Après l’épissage des exons, le messager ne contient plus
que les exons réunis en une seule séquence codante

55
 LA TRANSCRIPTION : MÉCANISME

• La transcription est la lecture d’un gène par une RNA-

polymérase qui synthétise un acide ribonucléique dont la
structure primaire reproduit celle du brin « sens » de ce
gène.
• L’expression du génome aboutit à la synthèse de
macromolécules (acides nucléiques et protéines), dont la
structure primaire est déterminée par celle de l’ADN
• La transcription est conduite par des enzymes appelées
RNA-polymérases
• Trois étapes : initiation, élongation, terminaison
56
 LA TRANSCRIPTION : MÉCANISME

1. Initiation

• Fixation de facteurs d’initiation sur promoteur

• Fixation de l’ARN-polymérase au site d’initiation

• Début (initiation) de la transcription : 1er nucléotide

57
 LA TRANSCRIPTION : MÉCANISME

2. Elongation

• ARN-polymérase construit ARN hybridé avec l’un des brins de

l’ADN

• Par ajout des nucléotides un par un grâce aux facteurs d’élongation

• Transcrit primaire reste hybridé sur quelques nucléotides avec le

brin d’ADN puis s’en détache pour permettre à la double hélice de
se reformer après le passage de la polymérase

• Transcription poursuivie jusqu’à la rencontre de signaux de

terminaison par la polymérase
58
 LA TRANSCRIPTION : MÉCANISME

3. Fin de la transcription (terminaison)

• Rencontre des signaux de terminaison

• Polymérase se détache de l’ADN, libère le transcrit primaire et

la double hélice se referme

• Quelques modifications importantes se produisent sur le

produit de transcription pour donner la structure définitive de
l’ARN : coiffe, queue de polyadénylation, épissage
(modifications post-transcriptionnelles)

59
 LA TRANSCRIPTION : MÉCANISME

Maturation de l’ARN messager : modifications post-

transcriptionnelles

Structure définitive de l’ARNm obtenu par

• Formation de la coiffe en 5’ : nucléotide modigié = Guanine

méthylée (reconnaissance et résistance aux Rnases en 5’)

• Épissage des introns et soudure des exons (snRNA)

• formation de la queue de polyadénylation : mise en place en

3’ de quelques centaines de nucléotides à Adénine pour
résister aux Rnases en 3’
61
 LA TRADUCTION
• C’est la lecture d’un ARN messager par des ribosomes qui
synthétisent des protéines dont la structure primaire est
déterminée par celle de l’ARN messager
• La traduction est faite dans le cytoplasme des cellules
• La « lecture » du mRNA se fait de 5’ vers 3’ et la synthèse de
la protéine se fait en même temps de l’extrémité NH2 terminale
vers l’extrémité COOH terminale
• Après des réactions de maturation, la protéine « mature » est
prête à remplir sa fonction dans la cellule

62
 LA TRADUCTION

Signifiants

• « Langage » nucléique écrit avec 4 lettres = les 4

nucléotides ou 4 bases azotées (A, G, C, T ou U)

• « Langage » protéine écrit avec 20 termes = 20 AA

protéinogènes, plus des ponctuations de début (initiation)

et de fin de message (terminaison)

63
 LA TRADUCTION
Signifiants

• Regroupement des 4 lettres nucléiques en « mots » de 3 lettres = 43

= 64 mots (AGC, CGA, AGU, UAG, UGA, GCU, GCA, ….) : permet
d’exprimer les 20 AA et des ponctuations

• Code génétique = ensemble des mots de 3 lettres ou codons

• Nombre de codons dans le code génétique > nombre d’AA et

ponctuations dans les protéines : plusieurs codons pour le même
acide aminé (homonymes ou synonymes)

• Le code génétique est dit dégénéré

64
 LA TRADUCTION
• Codon

• Codon = ensemble de trois nucléotides de la séquence

d’un acide nucléique portant l’information génétique
permettant l’incorporation d’un acide aminé dans la
séquence primaire d’une protéine

• Acide aminé correspondant au codon transporté par un

ARN de transfert ARNt

• Séquence primaire de l’ ARNm traduite donc par groupes

de 3 nucléotides (codons)
65
 LA TRADUCTION
• Code génétique
• Comporte
• 61 codons pour signifier les 20 acides aminés qui
participent à la synthèse des protéines dont le codon
d’initiation
• 3 codons de terminaison ou « stop » ou « non sens »
ne correspondant à aucun acide aminé et qui arrêtent
la synthèse de la protéine (terminaison)
66
LE CODE GÉNÉTIQUE (ARNM)

67
LE CODE GÉNÉTIQUE (ARNM)

ARN

de

transfert

68
 LA TRADUCTION

1. Initiation de la traduction
• Petite sous-unité du ribosome reconnait ARNm et se
fixe sur le codon d’initiation (AUG)

• Grande sous-unité se fixe avec site P et site A

• l’ensemble initie la traduction par la mise en place du

1er acide aminé (Met) apporté par l’ARN de transfert

69
 LA TRADUCTION
2. Elongation de la traduction

• Protéine s’allonge par addition successive des acides aminés qui sont
apportés à chaque fois que le codon à lire leur correspond

• Mise en place du 2ème AA au site A

• Transfert (ARNr) de Met du site P au site A pour former la liaison

peptidique puis retour au site P du dipeptide le ribosome coulisse le long
de ARNm (translocation) et site A en regard du codon suivant

• AA correspondant mis en place par ARNt puis reprise du processus de

transfert du peptide jusqu’à une nouvelle translocation

• Ainsi de suite
70
 LA TRADUCTION

3. Terminaison de la traduction

• Lorsque le codon qui se présente pour lecture

est un codon non-sens annonçant la fin de la

traduction, la synthèse s’arrête et les deux sous-

unités du ribosome se dissocient pour libérer la

protéine synthétisée
71
Synthèse des protéines
Synthèse des protéines
 LA TRADUCTION
Modifications post-traductionnelles

De nombreuses modifications chimiques se produisent après l’incorporation

des acides aminés dans la structure primaire de la protéine (traduction) et
vont aboutir à la forme définitive de la protéine

• Hydrolyse de la Méthionine d’initiation

• Protéolyse du peptide signal

• Protéolyse limitée

• Ponts disulfures

• Hydroxylation de Pro et Lys

• Carboxylation, méthylation, acétylation, glycosylation, phosphorylation

74
 ÉVÉNEMENTS GÉNÉTIQUES : LES MUTATIONS

• Au cours de l’évolution, la transmission du message génétique

de cellule à cellule, d’individu à individu, d’espèce à espèce se
fait avec des modifications ponctuelles de la structure primaire
du DNA, qui sont transmises héréditairement (mutations) si
elles sont compatibles avec la reproduction

• Ces modifications sont de trois sortes :

• Substitution : remplacement d’un nucléotide par un autre

• Délétion : suppression d’un ou de plusieurs nucléotides

• Insertion :addition d’un ou de plusieurs nucléotides 75

 CONSÉQUENCE DES MUTATIONS :
FAUX-SENS, NON-SENS

• Une substitution peut aboutir à des résultats très différents après la

traduction, dépendant de sa position par rapport au cadre de lecture
• Une substitution dans un codon peut se traduire par le même acide
aminé : mutation synonyme.  pas de modification de l’AA traduit
• Une substitution dans un codon peut se traduire par un acide aminé
différent : mutation faux-sens, d’autant plus délétère pour les
fonctions de la protéine que le nouvel AA sera différent de celui qui
aurait dû être traduit
• Une substitution dans un codon peut se traduire par un codon de
terminaison : mutation non-sens. La protéine traduite sera tronquée
à cet endroit
76
Merci

77