VIROLOGIE

Structure et classification des virus

Caractères généraux des virus
- Les virus sont très petits → La caractéristique
principale des virus
- Les virus se répliquent = se multiplient≠division
- Chaque particule virale ne contient qu'un seul type
d’acide nucléique soit ADN ou ARN pas les 2
- Les virus sont strictement dépendants du
métabolisme d’une cellule ○ Parasite intra-cellulaire
obligatoire: sa multiplication implique l’utilisation des
structures de la cellule hôte et, spécialement, des
ribosomes.
- Les virus sont spécifiques de cellules et d’organismes
(Pour s'attacher a une cell il faut que celle-ci possède
le récepteur spécifique du virus)
Structure des virus
- Un acide nucléique (ADN ou ARN) → le génome ; Une capside = manteau de protéines
protectrices
➔ Le génome + la capside = la nucléocapside
- Ils peuvent avoir (enveloppés) ou non une enveloppe (nus) = péplos
- Eléments constants et obligatoires : ① le génome: ADN ou ARN ;

② la capside: Entoure et enferme le génome ; Structure protéique d’origine virale

Rôles: ⚫ Protection du génome du milieu extérieur (virus nus): structure résistante et stable
⚫ Attachement et entrée particule virale à la cellule hôte (virus nus)
➔ Sa nature constitue un critère de classification des virus
➔ Résulte de la polymérisation d’une seule ou d’un petit nombre de sous unités protéiques.
➔ Elle s’assemble avec l’acide nucléique viral selon 3 types de symétrie:
– hélicoïdale (nucléocapside en forme d’hélice)
– Icosaédrique ou cubique (nucléocapside a la forme d’icosaèdre)
– complexe (Ces virus ne sont ni icosaédriques ni hélicoïdaux)

- Eléments inconstants : ①L’enveloppe virale =peplos : dérive des membranes cellulaires ; Acquise par
bourgeonnement des virus à travers les membranes cellulaires ; Protéines /glycoprotéines virales
insérées dans la bicouche lipidique
➔ Rôles ⚫ Interactions avec récepteurs cellulaires ⚫ Fusion membranaire ⚫ Propriétés Antigéniques:
immunogénicité, vaccin…
➔ Élément de fragilité virale : Sensible aux actions physico-chimiques, à l’action des solvants des lipides
(éther), aux détergents et aux variations du pH, températures, dessiccation (milieu extérieur)

② Matrice, tégument : Structure protéique située immédiatement sous l’enveloppe (la sépare de la
capside)
 Action des agents physiques et chimiques sur les virus
Physiques Chimiques
Chaleur - En intra₵ : à 37°C Oxydants (eau de Javel)
- En extra₵ : très sensibles à chaleur
-Conservation à -20 voire -80 °C (au labo)

Dessiccation - très sensibles propiolactone Inactive ou tue les vaccins

Ultraviolets altération des acides nucléiques (mutations/ solvants des lipides Inactivation des virus avec
perte du pouvoir infectieux=inactivation) enveloppe
Classification des virus : difficile à établir ; plusrs classi
Nomenclature : validée par ICTV ; Ordre : suff « virales » ; Famille : suff « -viridae »
Espèce: groupes, types, sous-types, isolats ou souches
Classification de Baltimore :se base sur : 1-type AD(R)N 2-mono/bicaténaire 3-polarité ARN 4-Mode de réplication
7 groupes : [Link] db [Link] (monocat) [Link] [Link]+ [Link]- [Link]+ [Link] ( VI et VII possède
une RT reverse transcriptase)

Remarque : Polarite positive : ARN directement traduit en prot

Negative : il faut que ARN passe par la transcription en un ARN postive

Multiplication des virus

En dehors d'une cellule : virus existe sous une forme statique.
A l’intérieur d’une cellule sensible: multiplication virale (phénomène dynamique).
➔ Cycle de multiplication virale: ∑étapes qui à partir d’une particule virale → nouveaux virions.
➔ Phénomène complexe
➔ L’objectif d’une infection virale: Multiplication du génome ; Expression des protéines virales ; Production
de nouvelles particules virales infectieuses ; Dissémination des nouvelles particules virales infectieuses
➔ La durée d’un cycle viral dépend de la taille et de la complexité du virus
Reconnaissance et
expression du récépteur
spécifique au virus

Attachement, pénétration,
Étapes précoces décapsidation
Franchir la MP

Perte de la capside et
libération du génome
Étapes du cycle de la
multiplication virale

virale

Expression des genes

viraux (transcription/trad
des ARNm viraux)
Expression de gènes et
Ét intermédiaires réplication
Sa réplication

Assemblage ds ny ou cytop

libérations de nv virions
Ét tardives Assemblage et sortie
apres rupture de la C hote

Maturation

Mécanismes généraux des infections virales

La présence d'un micro-organisme ne veut pas forcement dire une infection, cela dépend de plusieurs facteurs
(iréponse immunitaire par ex)
Réservoir des virus pathogènes pour l’homme
Homme: principal réservoir – Homme ayant une infection aigue symptomatique– Homme ayant une infection
chronique avec ou sans signes cliniques (asymptomatique)
Animal : l’Homme est un hôte accidentel
Hôte intermédiaire – Arthropodes: moustiques et tiques ; Mammifères infectés: chauves souris
L’environnement peut constituer un réservoir (eau par ex)
Transmission des virus pathogènes pour l’homme
 – Directe: contact entre le sujet source et sa cible – Indirecte: le virus infectant se retrouve au niveau de: Aliments ou
d’eaux souillés ; Supports inertes (seringues ou autre matériel biomédical) ou biologiques (produits sanguins
contaminés ou greffes) ; Hôte intermédiaire (arthropodes ou mammifères infectés)
Transmission Horizontale : Transmission verticale
Transmission respiratoire ou salivaire Transmission matérno-fœtale (Transmission in utero;
Transmission fécale-orale (entérale) per partum ; post-natale)
Transmission parentérale (sanguine)
Transmission sexuelle
Transmission cutanéo-muqueuse
Les portes d’entrée des virus : La voie cutanée ; La voie conjonctivale (œil) ; La voie génitale (sexuelle) ; La voie
respiratoire ; La voie orale et oro-pharyngée entérale (digestive) ; La voie sanguine (parentérale)
Conditions épidémiologiques : Facteurs expliquant la répartition géographique:
❖ Conditions climatiques ❖ Conditions écologiques ❖ Conditions socio-économiques
- Infections virales surviennent sur un mode:
❖ Sporadique : maladie atteint des individus isolés
❖ Épidémique : maladie en même temps et même endroit
❖ Endémique : présence habituelle d’une maladie dans une région déterminée (illimité ds le temps mais limité ds
l’espace)
❖ Pandémique : épidémie dans une zone étendue (épidémie sans limite géographique; même temps)
Diffusion virale dans l’organisme
Diffusion virale dans l’organisme :
- Parfois, le virus se multiplie au site de réplication primaire. Dans d’autres cas, le virus se multiplie au site de réplication
primaire et peut ensuite atteindre un organe cible localisé à distance (Poliovirus).
- Progression de l'infection dans l'organisme-->3 voies de diffusion :
Voie sanguine, lymphatique (e l’acheminement des virus vers l’organe-cible) et neuronale (virus est transporté par le
transport axonal rétrograde)
Période d’incubation : période qui dure de l'entrée du virus jusqu'à l'apparition des symptômes
Toute infection ne donne pas de maladie • On distingue les infections virales symptomatiques et asymptomatiques
Les interactions de l'infection virale avec les mécanismes de défense de l'organisme et la constitution génétique de
l’hôte déterminent à la fois son expression clinique et son devenir
1. Infection aigue (infection transitoire) 2. Infection chronique (infection persistante)
3. Infection latente (infection persistante) →Primo infection ; latence puis une réactivation du virus
4. Infection persistante transformante (cause de cancer)
VOIES D’EXCRÉTION DES VIRUS
L'excrétion de virus par l'organisme infecté constitue la dernière étape du cheminement des virus dans l’organisme.
• Les objectifs sont la contamination d’autres sujets→ survie des virus dans la population
➔ La salive ;L’arbre respiratoire ; La peau ; Le tube digestif ; Le tractus urinaire ; Le lait maternel; Le sang et le don
d’organe; Les sécrétions génitales

Principes généraux du diagnostic virologique

Combinaison de : (Techniques= diagnostic=méthodes)
✔ Méthodes directes : mettent en évidence un virus ou un de ses constituants (protéine virale, génome viral...)
✔ Méthodes indirectes : mettent en évidence des anticorps synthétisés suite à une infection virale (IgG, IgM IgA).
Diagnostic= 3 phases : Pré-analytique, Analytique, post-analytique
INDICATIONS DU DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
1. Dépistage et confirmer une infection aigue
2. Détecter une infection persistante
3. Détecter la présence d’une exacerbation, par réactivation ou surinfection
4. Caractériser un virus, identifier une épidémie virale
5. Suivre l’évolution d’une infection virale avec ou sans traitement
6. Connaître le statut immunitaire d’un individu vis-àvis d’un virus
7. Diagnostic pré ou post-natal
PHASE PRÉ-ANALYTIQUE
1. Prescription médicale
2. Réalisation des prélèvements
3. Acheminement et conservation (rapide 4-6h, sécurité et emballage, conditions de conservation…)
MÉTHODES DE DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE
 Méthodes de diagnostic direct
- Techniques immuno-enzymatiques ou EIA (Enzyme Immuno Assay) ELISA (Enzyme Linked Immuno Sorbent
Assay) ou apparentés (chimioluminescence) → se base sur la réaction entre Ag-Ac qui est détectée par un
marqueur enzymatique et son substrat. Si abscence Ag→ pas de coloration car l’Ac conjugué sera lavé
- Techniques immuno-chromatographique: Tests d’orientation rapide (TROD)
- Amplification génique: PCR Classique Polymerase Chain Reaction ; PCR en temps réel
Avantages : -Sensibilité -Spécificité -Rapidité d’obtention des résultats
NB : pour les virus a ARN c’est plutôt Rt PCR (reverse transcription)
- Isolement viral sur culture cellulaire : Effet cytopathique ECP = chgmt visibles dans une C suite a l’infection à un
virus (Nappe cellulaire détruite, Foyers de lyse, Cellules ballonisées ou au ontraire rétractées, Fusion des cellules
avec formation de syncytiums)
Méthodes de diagnostic indirect
Techniques immuno-enzymatiques ou EIA (Enzyme Immuno Assay) ELISA
Techniques immuno-chromatographique: Tests d’orientation rapide (TROD)

Retroviridae : Les virus de l’immunodéficience humaine (HIV 1 et 2)

Les Retroviridae: Virus à ARN infectant les vertébrés possédant la transcriptase inverse (TI) ou reverse transcriptase
(RT), qui rétrotranscrit leur génome d'ARN en ADN qui sera intégré dans le génome de la cellule hôte.
▪ Grande variabilité génétique (TI commet des erreurs →Mutations) .
▪ Fort pouvoir oncogène de ces virus: cancers
▪ Deux virus d’intérêt médicale : Virus de l’Immunodéficience Humain (HIV) → Sida
HumainT lmphocytotrope Virus (HTLV)→ leucémies
Infection à HIV : réel problème de santé mondial → Pandémie mondiale
TAXONOMIE - HIV1 est+ dynamique en terme de
réplication, ce qui va faire apparaitre un gd
➔ Famille: Retroviridae nbre de souches mutés → 4 Groupes :
➔ Sous-famille: Orthorétrovirinae) Groupe M: majoritaire→ pandémie; avec
➔ Genre: Lentivirus . (Infection lente avec une phase asymptomatique lente sous types (A1→8, B, C, D, F1,2, G, H, J, K,L) et
➔ Espèce: HIV + 100 (CRFs) et URFs et leur nombre ne
➔ Types: HIV-1 et HIV-2 cesse d'augmenter.
◦ groupe O◦ groupe N ◦ groupe P
- HIV2 8 sous types

CARACTÈRES STRUCTURAUX Organisation génomique

➔ Enveloppe virale : (fragilité++) double bicouche lip et de 2
03 gènes de structure :
sortes GP :
➔ env: codent pour GP d’enveloppe
gp120: fixation sur récepteur cellulaire CD4
➔ gag: (grp Ag)codent pour prot
gp41 (transmb)
internes (matrice,capside et
➔ Couche protéique de matrice (P17)
nucléocapside)
➔ Capside virale faite des protéines (p24).
➔ pol : codent pour les enzymes du
➔ Génome : 2 copies d' ARN sb associées à 2 molécules de TI
virus (polymérase)
(p64) + prot Etique (protéase-intégrase)

Origine simienne ( primates- singe) : Simien Immunodéficience Virus (SIV)

CYCLE VIRAL :la cible essentielle des HIV est CD4, les monocytes/macrophages, les Cell dendritique (CPA)
Les virus à ARN ont une réplication cytoplasmique ; et HIV, en est l’exception, possède une étape nucléaire
Son ADNC s'inclus dans le génome cellulaire
Chaque étape du cycle est la cible d'un médicament
Caractères physico-chimiques ● HIV est sensible à de nombreux désinfectants (hypochlorite de sodium,
glutaraldéhyde, formaldéhyde, éthanol) ● Inactivation par la chaleur à 56-60°C incertaine.
Réservoir du HIV : est strictement humain
Transmission : sexuelle, mère-enfant, voie sanguine
Aspects épidémiologiques : Selon l’OMS, plus de 39 millions de porteurs du HIV au monde fin 2022, dont 90% au
niveau des pays d’Afrique sub-saharienne et sud-est de l’ASIE
Au Maroc : Fin 2022 : 23000 cas déclarés (Ministère santé publique)
Les Régions les plus touchées ( >50% ) : • Sousse massa deraa • Marrakech • Grand Casablanca
 Physiopathologie ● Tropisme du VIH pour les cellules ayant le récepteur CD4 ● Lymphocytes T CD4 : possèdent
un récepteur CD4 et un corécepteur CXR4 ● CPA (monocytes-macrophage- C. dendritiques) qui possèdent un
récepteur CD4 et un corécepteur CCR5 P
➔ Suite à une exposition (exp: relation sexuelle) passage du virus à travers les secrétions génitales et pénétration dans
les cellules dendritiques, Transport du virus aux organes lymphatiques de voisinage, Pénétration et réplication dans
les Ly TCD4
Diagnostic virologique : • consentement du patient est obligatoire • Prescription médicale obligatoire
• confidentialité du résultat est obligatoire
➔ Prélèvements : sanguins, Tests de dépistage (ELIZA – TROD) ; Tests moléculaires PCR ; Tests de confirmation
(Western blot WB)
NB : Chez le nn, il faut faire automatiquement un PCR sans ELIZA, Car la détection d'un Ac chez le nn ne dit pas
forcement une infection par HIV (peut-être Ac maternel)
TRAITEMENT : Démarche thérapeutique : ● Traitement à vie ● Protocole du traitement : d'association (trithérapie)
PROPHYLAXIE : lutte contre la transmission sexuelle, mère-enfant, sanguine + traitement comme moyen de
prévention :
• Prophylaxie pré-exposition: traiter le patient négatif à risque de contracter le virus
• Prophylaxie post-exposition : en cas d'exposition accidentelle au virus
• A l'échelle globale: le traitement du plus grand nombre possible est utilisée pour aider à enrayer l'épidémie.
Entérovirus
Appartiennent à la famille des Picornaviridae regroupe de nombreux petits virus à ARN (PICO = petit + RNA + VIRUS).
Causent de nombreuses pathologies humaines : neuro-méningée, Cardiaque, Respiratoire, Digestive, Cutanéo-muqueuses
Le virus le mieux connu est le virus de la poliomyélite ou "virus polio" (PV) :représentait un grave probleme de santé
affectant principalement les enfant de -5ans
Sensible l’eau de Javel (chlore et dérivés chlorés) ; dérivés iodés dont Bétadine, glutaraldéhyde…
Structure Réservoir : Humain: malade ou patient asymptomatique
Transmission: féco-orale (direct ou indirect)
➔ Petite taille (30nm) Aspects épidémiologiques : Dernier cas de PV sauvage type3 en 2012
➔ Non enveloppé (résistance ++) Au maroc : aucun cas de PV depuis 1989 (mais d’autre entérovirus)
➔ Capside icosaédrique Entérovirus non poliomyélitiques, fréquentes→1ère cause des méningites
➔ Génome : ARNsb+ linéaire virales
Diagnostic virologique PCR (il existe d’autre méthodes mais il ne sont
pas assez rapides)
Prophylaxie : mesures d’hygiène, surveillance de l’environnement, vaccination (2 vaccins disponibles : inactivé
injectable de Salk et vivant atténué oral de Sabin →le+ utilisé car très bon résultats, mais il se peut que la souche
récupère sa virulence)

Hépatites virales
Le foie : Hépatocytes qui permettent la transformation chimique de nombreux métabolites ; Organe central dans
la régulation du métabolisme bioénergétique
Hépatite : Atteinte inflammatoire du tissu hépatique caractérisée par:
➔ Une nécrose tissulaire avec relargage des enzymes hépatiques (transaminases ALAT)
➔ Perte plus ou moins sévère des fonctions hépatiques et une accumulation des toxiques (déficit en prot)
➔ Accumulation bilirubine libre avec ictère
➔ Augmentation de la toxicité des médicaments/alcool drogues…
- Causes principales :
➔ Infectieuses : Virus à tropisme hépatique prédominant → VHA ; VHE = Transmission entérale et VHB/C/D=
parentérales (+ d’autre V a tropisme hépatique accessoire ou bactéries)
➔ Non infectieuses : Hépatite alcoolique, toxique, médicamenteuses, auto-immune, cardiaque…
- A ;B ;C ;D ;E : Des qu’ils pénètrent dans le foie, ils s’y multiplient, ne sont pas lytiques → Système immunitaire
détruit les hépatocytes infectés.
- La grande majorité des hépatites est asymptomatique ou se limite à des symptômes non spécifiques
- Ils sont responsables d’une morbi-mortalité importante (VHB/VHD et VHC) et d’épidémie pour le VHA et le VHE (B
et C sont oncogènes)
- L’hépatite peut être Aigue (<6 mois) ou Chronique
Hépatites entérales A et E
- Principales causes d’hépatites aigues dans le monde, parfois fulminantes (nécessite une transplantation en
urgence)
 - Pas de passage à la chronicité pour le VHA ○ Chronicité exceptionnelle pour le VHE (patients immunodéprimés)
- Transmission oro-fécale à réservoir humain, soit direct (par contact avec un individu infecté) ou Indirecte (par
des objets (verre, poignées de porte), aliments, environnement (eau de baignade))

VHA VHE
➔ Famille : Picornaviridae ➔ Famille : Hepeviridae
➔ Types : 1 sérotype et 6 génotypes (3 génotypes ➔ Types : 1 sérotype et 8 génotypes
humains) ➔ Diamètre : Petit virus
➔ Diamètre : Petit virus ➔ Envlp : non (nus→+ résistants ds milieu ext)
➔ Enveloppe : non (nus→+ résistants ds milieu ext) ➔ Capside : icosaédrique
➔ Capside : icosaédrique ➔ Génome : ARN monocaténaire linéaire de
➔ Génome : ARN monocaténaire linéaire de polarité polarité positive
positive

✓ Séroprévalence : nbre de pers exposées au virus ou vaccinees, liée a la présence de IgG

VHA
➔ Pays fortement endémiques (Afrique subsaharienne)
➔ Zone de transition à endémicité intermédiaires (Afrique du Nord, Amérique latine, Asie Sud-Est)
➔ Pays industrialisés Zone de faible ou très faible endémie (Europe, Amérique du Nord
VHE
➔ Transmission dans les pays en développement : par ingestion d’eau contaminée, Péril Fécal
➔ Transmission dans les pays riches : Transmission zoonotique

✓ Pouvoir pathogène :
VHA
➔ Incubation : 4 semaines en moyenne (Excrétion fécale max à la fin d’une longue période d’incubation,
Diminue après l’apparition des symptômes et l’élévation des transaminases)
➔ L’ARN viral reste détectable par RT-PCR dans le sang et les selles plusieurs semaines après l’apparition
des symptômes.
➔ L’apparition des lésions hépatique est concomitante à l’apparition de la réponse humorale et cellulaire
(↗ des ALAT)
➔ Réponse T CD4 spécifique et IgG neutralisante → Protection (soit en post maladie ou vaccination)
➔ Igm est concomitante à la maladie (mais n’est pas neutralisante)
➔ Expression clinique : l’infection asymptomatique, mais dépend de l’âge, Des symptômes non spécifiques
(asthénie, anorexie, vomissements, myalgies) vont précéder l’ictère (bilirubine), Jamais d’infections
chroniques
VHE
➔ Expression clinique : dans les pays en développement => Infection symptomatique dans 20% des cas +
Mortalité → Pathologie hépatique sous-jacente, Grossesse au 3ème trimestre ; VHE zoonotique => •
Infection le plus souvent asymptomatique (rarement symptomatique chez les patients avec d’autre
lésions hépatiques, immunodepression =comorbidités)
✓ Diagnostic virologique
Suspicion hépatite aigue virale →Elévation des transaminases associées ou non à l’ictère
➔ Prélèvements : Sérum ; prélèvement sang total sur tube sec
Plasma, prélèvement sang total sur EDTA, Selles
➔ Techniques de diagnostic : Sérologie virale → Détection des Ig M (hépatite aigue) et Ig G anti-
VHA et anti-VHE ; Biologie moléculaire : ● RT-PCR Détection du génome viral dans le sang

VHA VHE
- Positivité des Ig M anti-VHA dans le sérum individus
symptomatiques et asymptomatiques (Rarement on a Indirect : Les Ig M apparaissent précocement au
recours a la PCR uniquement si les IgM ne sont pas cours de l’infection aigue et peuvent persister 3 à 9
concluants)→ IgM peuvent persister plusieurs mois; peuvent mois. Les Ig G apparaissent peu de temps après et
être détectables en cas d’activation polyclonale non persistent plusieurs années
spécifique du système immunitaire. Direct : recherche du génome viral par RT- PCR dans
- Recherche du génome viral par PCR dans le sang → IgG anti- le sang et les selles, virémie est brève (environ 4
VHA semaines)+ L’ARN positif > 3 mois chez l’ID définit
Ig G anti-VHA persistent toute la vie et protègent l’individu l’infection chronique
 ➔ Stratégie diagnostic VHE :
Chez l’IC (Immunocompétent) : présence des IgM (RT-PCR non obligatoire)
Chez l’ID (Immunodéprimé) : La sensibilité de la sérologie est moins bonne ■ Il faut détecter l’ARN VHE par RT PCR dans
le plasma et les selles ● Ig M positifs ou négatifs et PCR positive, hépatite aigue VHE
✓ Traitement : pour formes fulminantes (hospitalisation en réa + transplantation)
➔ VHA : Pas de traitement spécifique
➔ VHE : Femme enceinte, Extraction fœtale ; Traitement antivirale: Interféron , Ribavirine en
monothérapie ; Allègement du traitement immunosuppresseur
✓ Prévention :
➔ Non spécifique : Prévention des infections liées au péril fécal (hygiène, eau propre…)
➔ Spécifique : Immunisation passive ; Vaccination ; Pour limiter les cas secondaires autour d’un
cas index → Une vaccination post-exposition est proposée à l’entourage dans un délai max de
14 jours après le début des signes cliniques chez le cas index
Hépatites entérales B, C et D (delta)
VHC VHB VHD
Famille Flaviviridae Hepadnaviridae Virus satellite du VHB
Espèce Virus de l’hépatite C Virus de l’hépatite B Virus de l’hépatite delta
Génotypes 8, Maroc : 1 et 2 +++ 8, Maroc : D +++ 8
Sous-types Plusieurs Plusieurs Plusieurs
Taille 40 à 100 nm - Particule de Dane (particule infectieuse 37 nm
complète de VHC)
- Présence également d’enveloppes (sphères
et tubules)→ portent Ag HBs sans capside
sans ADN
Enveloppe Virus enveloppé
et GP E1 et E2 Ag HBs (surface) Ag HBs/ VHB porte l Ag de VHB
Génome ARN sb linéaire ADN circulaire partiellement bicaténaire ARN circulaire sb polarité -; 1700
polarité + 4 gènes principaux : pb; !!!petit génome
● Pré S/S: code pour l’Ag HBs ● Pré C/C:
codent pour:
○ Pré-C: Ag Hbe secrété
○ C: Ag HBc
capside Icosaedrique Icosaedrique Grande et petite protéine delta;
Nucléocapside : Ag delta
- Ag HBc (capside)
- Ag Hbe(excrétion)
Remarque : VHB →cccDNA persiste tant que l’hépatocyte est vivante --> c'est un réservoir, même lorsque on
lutte contre le virus il peut y avoir une réactivation grâce au cccDNA

- Transmission : majoritairement sanguine surtout pour VHC (Drogues injectables, nosocomiale,

transfusion PSL, AES…) ; peut être sexuelle, materno-fœtale, horizontale intra-familiale
- Épidémiologie :
➔ VHC : le Maroc est un pays à moyenne endémicité selon OMS
➔ VHB : le Maroc est un pays à endémicité intermédiaire selon OMS
- Physiopathologie : Réponse immunitaire ; innée, cellulaire et humorale → Constitution et l’entretien des
lésions inflammatoires hépatocytaires (srt cellulaire) → LT, destruction des hépatocytes infectés ; LB, Ac
neutralisation virus circulant (Ac HBs)
- Histoire naturelle de l’infection :
 VHC VHB Diagnostic
Incubation ➔ Dépistage obligatoire
Incubation Donneurs de sang, tissus
(4-12 sem) et organes, Femmes
(30-120 jrs) enceintes, Personnes à
risque (Toxicomanes IV,
Hépatite aigue Hépatite aigue Exposition nosocomiale,
(le + svt asymp) 80% asymp Nné mère porteuse d’une
VHB/VHC active, IST…)
➔ Prélèvements Sanguins :
Guérison Hépatite Guérison spontanée Chronicité Sérologie Ag Ac (ELISA et
spontanée chronique 90%;(persistance ccDNA) apparentées ; TROD: Ac
(10-40%) VHC / sang, liquide
infection
inactive craviculaire)
Cirrhose, CHC,
décompensation ➔ PCR (pas très utilisé)
CHC ; Fibrose
puis cirrhose

- Marqueurs de l’infection :
VHC
➔ VHC aigue résolutive :
✓ Direct : ARN VHC →Disparition avant 6 mois
✓ Indirect : Ac anti-VHC ; Fenêtre sérologique moyenne : 70 jours ; Ac persistent à vie
ou rarement disparaissent après plusieurs années (si resultat – abscence d’infection
sauf si infection récente donc contrôle apres 3mois ou immunodépression donc PCR ;
si + Compléter par une PCR VHC)
➔ VHC chronique :
✓ Direct : ARN positif > 6 mois et persiste à vie en l’absence de traitement antiviral.
✓ Indirect : Ac anti-VHC persistent à vie •(Sauf ID !!!)
✓ ALAT : en dents de scie
VHB
➔ Directs :
✓ Ag HBs (qualitatif / dépistage) : présent dans le sérum ; > 6 mois: hépatite chronique, (Ag
HBs quantitatif: Quantification Ag HBs
✓ Ag Hbe : Marqueur de la réplication du VHB sauvage
✓ Ag HBc: NON recherché dans le sérum Recherche dans PBF, pas en routine
✓ Détection et quantification de l’ ADN • Marqueur de référence de la réplication VHB

➔ Indirects :
✓ Ac anti-HBc IgM : infection aiguë (infection récente); mais peuvent être présents si
réactivation ; ont une courte durée
✓ Ac anti-HBc Totaux (IgG) : Contact, fidèle (non immunisant)
✓ Ac anti-HBe : Absence de réplication du VHB sauvage
✓ Les Ac anti-HBs: • Ac protecteurs > 10 UI/l → Marqueur de résolution et d’immunisation
(suivi d’une confirmation par séroneutralisation si positif)
- Traitement :
VHC : CURABLE , contrairement aux autres infections virales chroniques, Objectif thérapeutique →
Guérison avec inhibition complète de la multiplication virale, Avant; association Interféron α pégylé (INF)
et ribavirine ● > 2011: Premiers antiviraux à action directe (DAA)+++
VHB : Améliorer la qualité de vie et la survie et éviter les complications ■ Idéalement, perte Ag HBs (rare)
○ !!! Persistance du cccDNA dans le noyau des hépatocytes ;
Traitement en fonction ○ CV ADN VHB ○ Taux des transaminases ○ Sévérité atteinte hépatique

- Prévention : Lutte contre la transmission virale (mesures de prévention contre les types de transmission)
Vaccin VHB(D) : Ag HBs uniquement (a long terme car stimulation de sa propre immunité)
Immunoglobulines anti-VHB: Ac anti-HBs (temporaire mais immédiate)
 Orthomyxoviridae
- Virus à ARN négatif → VARIABILITE GENETIQUE, avec une grande fréquence de mutation
- Génome segmenté → Possibilité de réassortiments génétiques (cassures) ; Caractère émergent et pandémies
- Diversité des hôtes : Homme, mammifères, oiseaux
- 3 types A, B et C (Homme) avec plusieurs sous-types pour le type A
- Virus à tropisme essentiellement respiratoire→ Transmission Aériennes; respiratoire (Également manuportée)
- Le patient infecté est contagieux durant 5-8 jours avec un maximum d'excrétion virale de 48h ; également
contagieux 12-24h avant le début des symptômes ; peut rester infectant sur les surfaces inertes
- Épidémique survenant chaque hiver dans les régions tempérées le plus souvent bénigne, mais mortalité
élevée si (Ages extrêmes, sujets fragilisés, pathologies sous-jacentes…) → Vaccin annuel

Taxonomie Structure virale

➔ Forme : sphérique
Virus enveloppés (fragiles) : Bicouche lipidique
➔ Famille : Orthomyxoviridae dérivant de la MP de la ₵ hôte avec insertion de
➔ Genre : Influenzavirus A, B, C et D prot de matrice M1,M2 et prot (de surface)
➔ Type antigénique viral : Homme : Type A, B et C intégrées ds l’env :
■ Seuls A et B responsables de grippe ✓ Gp Hémagglutinines H1->18 (H1,2 adaptables
■ Distinction sur la base de l’antigénicité de la a l’Homme, s’attache à l’acide sialique →un
nucléoprotéine (NP) et la matrice (M). récep, possède un Ac neutralisant)
✓ Gp Neuraminidases N1→11 (N1-2 adaptables à
➔ Sous-types : Plusrs pour le virus grippal de type A.
l'homme, avec une activité scialidase qui
■ Distinction sur la base de leurs antigènes de
détruit la liaison entre ac sial. et H pour
surface : Hémagglutinine H et neuraminidase N. libérer des particules virales
➔ Génome : ARNsb linéaire de polarité - pluri-
segmenté (chaque segment code pour une ou
Remarque : Combinaison H et N permet la distinction des plusr Gp)
sous-types grippaux A → gravité car on peut avoir
l'émergence de sous types, ex : A H1 N1, A H5 N1
- La gravité et le choix des hôtes des virus de la grippe dépendent de la liaison de l'HA aux acides sialiques, dont la
répartition varie selon l'espèce. Par ex, les HA des influenza humains reconnaissent préférentiellement les acides
sialiques 𝜶 2-6 (présent sur l’épithélium respiratoire supérieur de l’homme) ; Les HA des influenza aviaires 𝜶 2-3
(intestin et voies aériennes supérieures) ; Le porc possède dans son tractus respiratoire autant les acide sialique 𝜶 2-
6 et 𝜶 2-3 (→ milieu de réassortiment génétique) Epidémiologie
- Caractère saisonnier dans les pays tempérés :
Cycle de réplication entre mi-automne et mi-printemps/ hiver.
- Touche en premier lieu les enfants (et sujets
1- Attachement de l’HA à L’ac sialique + pénétration par endocytose âgés et fragilisés)
2- Fusion entre l’env virale et Mb de l’endosome - Circulation : 1 seul type ou sous-type virale
3- Migration vers noyau de la cell hôte ou 2 virus de type A et B, avec 2 sous-type
4- Transcription ARN- en ARNm + trad ds cytop en prot virales pour le type A
5- Prot virales →cytop + leur assemblage = particules virales - Pandémies ≈ tous les 20 ans en moyenne par
6- Libération des particules virales grace aux N (scialidase) Emergence d’un nouveau sous-type viral du
type A (mortalité élevée)
7- Les cell infectées→ apoptose (durée du cycle est 8h)
- Surveillance annuelle

Dérive « drift » ou glissement Cassure antigénique = Réassortiment génétique

Dérive « drift » ou glissement Cassure antigénique = Réassortiment génétique
écanisme Modifications mineures ou majeures très
Modifications mineures ou majeures très
Epidémiologie
Echange des segments de l’ARN génomique lors de
Echange des segments de l’ARN génomique lors de
Mécanisme
fréquentes (→mutations) des AA des sites Ag la coïnfection d’une même cellule par 2 virus
des Gp (HA fréquentes
et/ou NA)(→mutations) des AA des sites Ag des
influenza la -coïnfection
différents
Caractère saisonnier
(srt ds le d’une
dans les pays tempérés :
porc) même cellule par 2 virus
entre mi-automne et mi-printemps/ hiver.
réquence ConstanteGp (HA et/ou
(Annuelle, NA)
surveillance!!) Rares influenza différents (srt ds le porc)
- Touche en premier lieu les enfants (et sujets
Fréquence Constante
Nouveau variant (Annuelle,
= Virus prochesurveillance!!)
mais Ag Emergence d’un Rares
nouveau sous-type viral (#nv
âgés etd’un
Emergence fragilisés)
nouveau sous-type viral (#nv variant)
différents Nouveau
qui n’ est variant = Virus proche
pas totalement mais Ag différents
neutralisé variant)qui
par modification de
- Circulation l’HA ou la NA
Conséquences n’est pas totalement neutralisé par les Ac de la population par modification:de1 seul
l’HA type ou sous-type
ou la NA (Immunité virale
nséquences par les Ac de la population (Présence d’une (Immunité inexistante) ou 2 virus de type A et B, avec 2 sous-type
(Présence d’une mémoire immunitaire et vaccinale) inexistante)
mémoire immunitaire et vaccinale) pour le type A
Epidémie saisonnière grippe Pandémie, mortalité élevée ≈ tous les 20 ans en moyenne par
- Pandémies
 Epidémie saisonnière grippe Pandémie, mortalité élevée
Mécanisme de la variabilité antigénique
- Physiopathologie : infection des voies aériennes supérieures pouvant évoluer vers une infection des
voies aériennes inférieures avec une propagation de proche en proche jusqu’aux alvéoles pulmonaires
→ complication SDRA (syndrome de détresse respiratoire aigue) ; Le principal site de multiplication
virale est Epithélium de la muqueuse du nasopharynx
Grippe simple :« Asthénie fébrile et douloureuse »
Formes graves : Présence de facteurs de risque
- Diagnostic :
✓ Indications : Diagnostic étiologique d’une IRA (infection respiratoire aiguë) → SDRA
Surveillance épidémiologique
✓ Prélèvements : écouvillonnage appuyé nasal ou nasopharyngé (Précoces : Idéalement dans
les 48 h après le début des symptômes)
✓ Outils du diagnostic virologique :
➔ Direct → de 1ere intention : Test de biologie moléculaire (RT- PCR en temps réel,
PCR multiplexe syndromiques, Tests antigéniques : TROD)
De 2eme intention : Caractérisation d’un virus isolé (C'est pour savoir si on a un nv sous type)
➔ Indirect → Enquête sérologique
- Traitement :
Grippe simple chez le sujet sans facteur de risque→Traitement symptomatique: Antipyrétiques (paracétamol),
hydratation et repos
Traitement spécifique→ Antiviraux en complément du traitement symptomatique chez les sujets à risque ou
infections sévères, ciblent les NA par inhibition de leur activité (Efficacité maximale si administration précoce < 48H
après le début des symptômes)
→ Oseltamivir (Tamiflu ®) par VO et Zanamivir ( Relenza ®) par IV (si résistance à l’Oseltamivir), pendant 5 jours
Remarque : Résistance aux antiviraux par mutation gènes NA et HA

- Prévention : Limiter la transmission virale + vaccination (Vaccins inactivés et purifiés par voie injectable - Ag mais
sans pouvoir multiplicatif- OU Vaccin vivants atténués par voie nasal (aérosol) enfants de 2-18 ans)

CORONAVIRIDAE - SARS-CoV-2
- Les coronavirus infectent l’Homme et de nombreuses espèces animales (mammifères et oiseaux)
- Tropisme essentiellement respiratoire et entérique
- Famille virale negligée jusqu’à 2003 : identification SARS-CoV comme agent étiologique d’un SRAS mortel
➔ Dénomination initiale: 2019-nCoV
Taxonomie ➔ Virus (ICTV): SARS-CoV-2 →Severe acute respiratory syndrome
➔ Ordre : Nidovirales ➔ Maladie (OMS): COVID-19 (Coronavirus associated Disease)
➔ Famille : Coronaviridae
➔ Sous-Famille : Coronavirinae Structure du SARS-CoV 2 :
➔ Genre : Alphacoronavirus
Betacoronavirus • ARNsb polarité+
7 coronavirus susceptibles d’infecter l’Homme • Gp de surface s-Spike : responsables de l’aspect en couronne,
➔ 4 Coronavirus Bénins (classiques) Ag porte les épitopes neutralisants (récepteur ACE) → Production
➔ 3 Coronavirus émergents (21 siècle) : d’Ac neutralisants
associés à des épidémies mortelles: Variabilité génétique : C’est un virus à ARN donc phénomènes de
SARS -CoV 1: 2002-2003 – mutation, délétion et recombinaison, mais le plus svt sans effet
MERS-CoV: 2012 grâce à l’activité correctrice sauf si chgmt de Gp s
SARS-CoV 2: 2019 (Bétacoronavirus) Transmission : sécrétions respiratoires et les gouttelettes de
salive soit par contact avec pers. Infectée ou transmission
aérienne (aéroportée) → Intérêt des mesures barrières
Réponse immunitaire : Immunité innée rapide puis immunité adaptative cellulaire et humorale (Ac anti-spike)
Physiopathologie : ① Phase Virale (multiplication du virus dans VA sup/inf) ②Réplication pulmonaire avec une
inflammation au niveau des bronches et du poumon, ③Phase hyperinflammatoire et signes d’inflammation
systémique secondaire à un orage cytokinique → Les phases 2 et 3 ne sont pas systématiques
 Symptomatologie clinique : Incubation: 4–5 jours (extremes 2–14 ) ; COVID-19 très hétérogène: Asymptomatique au
décès
Diagnostic :
✓ Prélèvements : Ecouvillonnage nasopharyngé ENP (ou oropharyngé, salive) pour VA sup, d’autres méthodes
pour VA inf ; Sérum par prélèvement de sang total sur tube sec(indirect)
✓ Tests : Moléculaire → PCR et apparentés (la + sensible ; test de réf) → virus détectable 2-3 jrs avant symptômes
et 7-10 après
Faux-négatifs : Sensibilité n’est pas de 100% (charges virales faible, mauvaise manip…)
Faux-positifs : traces de matériel génétique ; Mauvaise manipulation
Tests antigéniques→ Détection des Ag viraux, Mois sensible / PCR, Recommandé pour les patients
symptomatiques dans les 4 Jours suivant le début des symptômes (Si Positif: COVID-19, si Négatif: compléter
par un test RT-PCR)

Prévention : Limiter la propagation de l’infection, Vaccination (nombreux, les plus avancés : Ac neutralisants contre la
protéine spike entière et/ou sa partie RBD)

Paramyxoviridae et Pneumoviridae
Virus à ARN polarité négative
Ordre Famille Virus enveloppés avec ○ Réplication:
Virus para-influenza humain type 1 et 3 (PIV) intracytoplasmique
Mononegavirales

Virus para-influenza humain type 2 et 4 (PIV)

Virus à tropisme
Paramyxoviridae Virus des oreillons
essentiellement respiratoire :
Virus de la rougeole
VRS, MPV, VPI 1-4
Virus Hendra et virus Nipah
Virus respiratoire syncytial humain A et B (VRS) Virus responsable d’infections
Pneumoviridae disséminées ou généralisées :
Métapneumovirus humain A et B (MPV)
virus de la rougeole et
Structure virale virus des oreillons

Virus sphérique, très pléiomorphes

Enveloppes lipidiques avec Gp (à fcts diff) : G, H, HN (Attachement à la cellule) + F (Attachement, Fusion et pénétration)
✓ H : Fct hémagglutinine (virus de la rougeole)
✓ HN : fct H et neuraminidase (PIV 1-4 et virus des oreillons)
✓ G : VRS et MPV
✓ F : Fusion entre les cellules infectées : syncytium (effet cytopatique)

VRS, PIV et MPV Physiopathologie

Réservoir : Humain (patient infecté) - Atteinte des VA sup, puis VA inf par contiguïté (VRS, PIV
Transmission : Directe, Aérienne (indirecte par les mains et et MPV) → Atteinte purement respiratoire
les objets souillés, nosocomiale importante du VRS et MPV) - Excrétion virale intense par voie rhino-pharyngée les 1ers
Primo-infection VRS et MPV : VRS pathogène respiratoire jours de la maladie
pédiatrique majeur (Grave : Surtout < 6 mois ; touche - Particularité de la bronchiolite secondaire au VRS du
également les adultes mais infections peu bruyantes sauf nourrisson : cible les ₵ ciliées du TE resp → obstruction
ID et pers âgées) bronchiolaire, bronchospasme (L’immaturité
Manifestations respiratoires : le VRS est la 1ere raison de immunitaire du nourrisson, Faible diamètre des VA du
bronchiolite (Formes graves : hospitalisation), les PIV nourrisson)
peuvent se manifester par des laryngites, rhino-pharyngite, - 1 ère cause d’hospitalisation des nourrisson < 6 mois et
rhinite ou laryngites est un facteur de risque de développement d’un asthme
Incubation : 3-6 jrs pour VRS (MPV)- 3-5 jrs (PIV) ultérieurement.

Diagnostic
Indications : Manifestations respiratoires sévères nécessitant une hospitalisation →Détection simultanée de (VRS, MPV, PIV
et autres virus grippaux, adénovirus, ...) ou/et Etudes épidémiologiques
Prélèvements : écouvillonnage appuyé nasal ou nasopharyngé /Aspirations pharyngée (nourrissons pour pas traumatiser)
Diagnostic direct :
→ Outils de première intention : Test de biologie moléculaire (RT-PCR, PCR multiplexe, TROD si - PCR)
→2e intention: Isolement de virus par culture cellulaire (Présence de foyers de lyse avec syncytium et inclusions cytop)
 Traitement : Pas de traitement antiviral curatif disponible (que symptomatiques)
Pour Nn à haut risque → prophylaxie saisonnière → Ac monoclonal humanisé dirigé contre la protéine F ; palivizumab,
nirsevimab (Neofortus°) , mais cout élevé
Pour ID, Ribavirine en aérosol (discutée à cause de la toxicité)
1 vaccin validé actuellement, conseille chez la maman enceinte srt dont l’accouchement est après l’hiver pour la
stimulation des Ac anti-F (Plusieurs vaccins en cours de développement)

VIRUS DE LA ROUGEOLE Physiopathologie

- Maladie virale très ancienne, extrêmement contagieuse, Atteinte et multiplication au niveau des VA sup puis
ERUPTIVE diffusion par voie sanguine : VIREMIE primaire
- Réservoir Humain (patient infecté) →Atteinte systémique
- Transmission : Directe, Aérienne (Aérosols et salive) Tropisme :
- Contagiosité : 4 jours avant et après l’éruption (mm sans ✓ Endothélium vasculaire (Vascularite d’hypersensibilité
sympt) aux Ag →éruption cutanée et muqueuse)
- Réceptivité : 16 mois et 10 ans + jeunes non immunisés au ✓ Tissus lymphoïde (Invasion et destruction des cellules
contact d’enfants infectés monocytaires et lymphocytaires →Leuco-lymphopénie
- Virus ubiquitaire →maladie universelle →ID +surinfect bact+ virémie sec et généralisation de
- Diminution globale après la vaccination par les Prog de l’infection avec excrétion urinaire)
vacc OMS mais résurgence d’épidémies des que la ✓ Atteinte du SNC et respiratoire
couverture vaccinale devient insuffisante Excrétion virale intense par voie rhino-pharyngée avec
- Incubation 10- 14 J Contagiosité élevée respiratoire

Présentations cliniques de la rougeole

Début : catarrhe oculo-respiratoire fébrile (fièvre 39-40°c), 2 jr après → Eruption cutanée et muqueuse (suite à vascularite)
(Exanthème maculo-papuleux non prurigineux ; Enanthème de la face interne de la joue: signe de Koplik, patognomonique
mais fugace) → Les signes infectieux régressent dès l’éruption en dehors de toute complication
Gravité secondaire aux complications :
✓ Neurologiques (Encéphalite post-infectieuse, Encéphalite à inclusion rougeoleuse, La panencéphalite sclérosante
subaiguë ou la PESS)
✓ Respiratoires (Pneumonie à cellules géantes (sujet ID) avec défaillance multiviscérale)

Diagnostic
Indications : Clinique très caractéristique de la rougeole ; Diagnostic étiologique (complications, Eruption fébrile atypique +ID) ;
Statut immunitaire ; Surveillance épidémiologique
Diagnostic sérologique :
✓ Indirect : recherche des Ac anti-rougeoleux dans le sang (ou mm salive) → Diag++ = présence IgM qui sont détectés
depuis l’éruption et jusqu’à 60 jours, IgG qui persistent à vie (séroconversion entre 2 sérums dans 10 jrs si IgG- et IgM+)
✓ Direct : RT-PCR en temps réel → L’ARN viral peut être détecté dans la salive, le nez, la gorge, le sang, les urines de J-5 à
j+12 ● Reste longtemps positif dans les urines / ou Détection des Ag viraux par IF sur secrétions nasopharyngée ; Culture
cellulaire
Prévention de la rougeole : Vaccin vivant atténué ; PNI Marocain: Vaccin combiné RR (rougeole, rubéole) ; Contre
indiqué chez la femme enceinte et l’ID
VIRUS DE LA ROUGEOLE Physiopathologie
Réservoir Humain (patient infecté)
Le virus induit une lyse des cellules infectées avec une
Transmission : Directe, Aérienne (Aérosols et salive)
inflammation aigue
Contagiosité : 3 jours avant et 4 j après le début des
Atteinte et multiplication au niveau des VA sup et gg lymph
symptômes
régionaux puis VIREMIE → Atteinte systémique
Réceptivité : 4 et 5 ans (50% des cas) ; Diminution
Tropisme Glandulaire (parotides, testicules, pancréas, ovaires,
importante des cas après l’introduction de la
thyroïdes, glandes mammaires) et SNC (méninges)
vaccination
(Virémie secondaire fugace)
Incubation: 16 à 18 J (2sem en moy)
Excrétion virale par voie rhino-pharyngée et urinaire
Présentations cliniques du virus des oreillons :
Asymptomatique : 1/3 des cas ;
Parotidite ourlienne douloureuse et bilatéral 70% des cas avec augmentation du volume des autres glandes salivaire (fievre,
céphalées, otalgies et malaise général) → ~10jrs
Parfois apparition d’autres localisations (Méningite virale lymphocytaire aigue ourlienne, Orchite, Pancréatite, Néphrites,
mastite…)

Diagnostic
Indications : Clinique caractéristique, Diagnostic étiologique (manifestations extra-parotidienne: méningites ; Formes
survenant après vaccination) ; Détermination du statut immunitaire
Diagnostic sérologique :
✓ Indirect : présence des Ig M /Ig G anti-oreillons →infection ourlienne lors de la phase aigue MAIS (Ig M présent
lors de la PI mais également lors de l’activation polyclonale non spécifique du système immunitaire →A compléter
par le diagnostic moléculaire + Sérologie à distance de la vaccination)
✓ Direct : RT-PCR en temps réel (Certitude de l’infection actuelle) ; Prélèvements (Salive par écouvillonnage,
Ecouvillonnage nasal et gorge, LCS, Urines (jusqu’à 14 jour→ MEE tardive de l’infection)

Prévention des oreillons

Vaccin vivant atténué (Immunisation à vie) → ROR (N’est plus ds PNI marocain)

Virus de la rubéole
Une infection bénigne en dehors de la grossesse → Primo-infection PI maternelle lors du 1er trimestre → anomalies
congénitales → V rubéole est un virus potentiellement tératogène

Epidémiologie virale
➔ Famille : Matonaviridae (avant Togaviridae) Virus ubiquitaire
➔ Genre : Rubivirus Transmission :
➔ Espèce : Virus de la rubéole ✓ Par voie aérienne (direct)→ Rubéole post-natale
✓ Virus strictement humain ✓ Verticale → Rubéole congénitale
✓ Stable sur le plan génétique La contagiosité s’étend de 7 jours avant et 7 jours après
➔ Enveloppe virale : Bicouche lipidique avec 2 Gp virales l’éruption
hémagglutinantes E1 (porte les épitopes cible des Ac Vaccination → incidence ↘ ; mais ~100 000 enfants
neutralisants) et E2 avec Syndrome de Rubéole Congénitale SRC naissent
➔ Capside : Icosaédrique tous les ans (princ Asie-Afrique)
➔ Génome : ARN sb linéaire de polarité positive enveloppé Epidémies cycliques de 2 à 3 ans

Pouvoir pathogène

Rubéole post-natale Rubéole congénitale

- PI → Incubation de 13 - 20 jours Transmission materno-fœtale : PI maternelle
- Inhalation et multiplication virale dans la muqueuse Le risque d’infection fœtale est étroitement lié à l’âge
respiratoire puis dans les ganglions lymphatiques gestationnel de survenue de la PI maternelle.
cervicaux et gagne la circulation générale ✓ < 11 SA, la F de l’infection fœtale est très élevée>90%
- PI est asymptomatique dans 50% des cas ✓ Entre 23 et 26 SA, décroit à 25%
- Eruption discrète, maculo-papuleuse, dure <3jrs ✓ Au troisième trimestre elle augmente et atteint 100%
Mais complications possibles = arthralgies et Fréquence des malformations congénitales :
exceptionnellement une encéphalite et thrombopénie, ✓ PI maternelle < 11SA, le risque très élevé (70-90%)
parfois éruption atypique ✓ PI mat entre 11-18 SA, le risque des malformations est
Réinfection : asymptomatique et sans risques très variable (15-80%)
malformatifs pour le fœtus, surgit après la PI (immunité ✓ PI mat > 18 SA, le risque des malformations est quasi
durable) nul

Formes cliniques
- Embryopathies < 11 SA → anomalies sont
associées à des degrés divers (Neurologiques, Oculaires,
Cardiaques, Auditifs)
- Ente 11 et 18 SA → princ perte auditive
- Fœtopathies >18 SA →RCIU, microcéphalies,
HSMG, purpura thrombopénique et anémie hémolytique
et des bandes claires métaphysaires osseuses
Anomalies peuvent passer inaperçue sur l’échographie
-
Diagnostic de la rubéole maternelle
TROIS indications différentes à préciser :
- Dépistage systématique (statut immunitaire vis à vis de la rubéole)
- Suspicion de contage (expo à une pers infectée)
- Signes cliniques maternels ou échographiques évocateurs d’infection
→ Les renseignements cliniques pour chaque demande de sérologie rubéole sont importantes pour l’interprétation
de la sérologie : Datation de la grossesse, Signes cliniques évocateurs, Notion de vaccination, Résultats des sérologies
antérieures…
Diagnostic sérologique : L’interprétation des marqueurs est diff
➔ Les Ig M anti-rubéole : Lors PI, apparaissent 48-72 h après l’éruption (abs ds 50% des cas)
et disparaissent en 6-12 semaines, MAIS peuvent réapparaitre à distance de l’infection à
l’occasion d’une stimulation polyclonale non spécifique du système immunitaire ou d’une
réinfection. Peuvent persister après 6 mois de la vaccination aussi
➔ Les Ig G anti-rubéolique : Apparaissent 5-7 jours après le début des symptômes et
atteignent un plateau rapidement. La décroissance des Ig G est très faible, Le seuil de positivité
des Ig G est de : 10 UI/mL
Techniques : Les titres peuvent varier en fonction des techniques utilisées → Suivi sérologique par la même
technique et dans le même laboratoire
L’étude de la cinétique des IgG → Une séroconversion (2 prélèvement à 20 SA) des IgG correspond à l'apparition
détectable des IgG sur deux échantillons sanguins prélevés de manière séquentielle, ce phénomène étant observé
dans le cas d'une infection primaire (PI) ou de certaines pathologies auto-immunes spécifiques (PAS)
➔ Mesure de l’avidité des Ig G pour dater l’infection (surtout si les Ig M sont positifs pour éliminer
le doute d’une PI) ; (avidité= force avec laquelle IgG se lie à Ag, faible si PI)
➔ Recherche d’emblée des Ig G et des Ig M donc Recours à l’avidité des Ig G :
Avidité faible (70%) en faveur d’une infection ancienne
Avidité élevée (>70%) en faveur d’une infection ancienne

Diagnostic de la rubéole congénitale :

Indications :
Diagnostic d’une primo-infection rubéolique au cours des 4 premiers mois de grossesse associées ou non à des signes
échographiques évocateurs
Signes cliniques évocateurs à la naissance
Diagnostic
✓ Prénatal : après confirmation de la PI maternelle, on réalise une amniocentèse (au- 6 mois après inf, à partir
de la 21SA) pour rechercher des IgM spécifiques sur le sang fœtal et l’ARN viral sur le liquide amniotique
✓ Postnatal : la recherche des IgM anti rubéoliques dans le sang (sensibilité et spécificité 100%), si IgM +
compléter avec RT-PCR dans les urines et/ou prélèvements pharyngés (car excrétion prolongée chez le nouveau-
né et nourrisson infecté)
Traitement et prévention
Pas de traitement antiviral contre le virus de la rubéole.
<18 SA : la fréquence des infections fœtales est importante, une interruption de grossesse pour raison médicale peut
être proposée (surtout si PI < 12SA)
>18 SA : Poursuivre la grossesse avec surveillance échographique et examen pédiatrique à la naissance et dépistage des
Ig M rubéoliques chez le nouveau-né

ROTAVIRUS – NOROVIRUS
La diarrhée infectieuse est une des premières causes de morbidité et de mortalité dans le monde ; un des premiers
motifs de consultation ; étiologies infectieuses variées majoritairement virale

Rotavirus Norovirus
➔ Famille : Reoviridae ➔ Famille : Calciviridae
➔ Génome : ARN bicaténaire segmenté ➔ Génome : ARN linéaire monocaténaire
➔ Structure : Virus enveloppé (+s sérotypes) ; ➔ Structure : enveloppé
Tous les rotavirus humains sont du groupe A ➔ Réplication cytoplasmique
➔ Le réassortiment génétique est le principal
mécanisme à l’origine de la variabilité des rotavirus Sensibles : chlore et dérivés chlorés dont eau de Javel…
➔ Réplication cytoplasmique Résistants : ammoniums quaternaires, gluconate de
chlorhexidine, solutions savonneuses bactériostatiques
 ➔ Réservoir : Humain, Environnement, Animal (possible)
➔ Transmission : féco-orale
✓ Directe interhumaine (manuporté, surfaces contaminées, aéroportées (vomissures))
✓ Indirecte (environnement, alimentations, eaux souillées)
➔ Épidémiologie :
✓ Les infections à rotavirus : le plus fréquemment responsable de diarrhées aiguës chez l’enfant < 5
ans, Première cause d’infection nosocomiale en pédiatrie
✓ Les infections à norovirus : 1ère cause de diarrhée épidémique tout âge confondu, 2ème cause de
diarrhée sporadique non bactérienne chez <5ans
➔ Physiopathologie : La multiplication dans les entérocytes aboutit à la dérégulation de leurs fonctions : diarrhée
par malabsorption et une diarrhée osmotique liée à la présence de sucres dans la lumière intestinale
(complications par déshydratation).
La diarrhée sécrétoire, liée à l’induction des sécrétions intestinales par les protéines virales et l’activation du SN
entérique
➔ Aspects cliniques : principalement diarrhée, fièvre et vomissements, complications…

DIAGNOSTIC Traitement
➔ Prélèvements : selles (phase aiguë de la maladie) Pas de tr antiviral spécifique
➔ Techniques :
✓ (EIA, ELISA) immuno-enzymatiques de Prophylaxie
détection des antigènes de rotavirus Précautions standards (Hygiène, isolement…)
✓ Test rapide (Tests immuno- Vaccins : protection contre forment grave mais
chromatographiques) n’empêchent pas l’infection Rotavirus (virus atténué, virus
✓ Biologie moléculaire : PCR recombinant)

Rhabdoviridae
(Virus de la rage)
Rage : urgence diagnostique, pronostique et prophylactique
Absence du traitement curatif à ce jour
Infection mortelle en dehors d’une prophylaxie post exposition adaptée.
Maladie à déclaration obligatoire
➔ Taxonomie : Famille Rhabdoviridae Physiopathologie
➔ Structure : Virus enveloppé, Nucléocapside à - Inoculation par morsure, multiplication ds muscle
symétrie hélicoïdale puis diffusion nerveuse rétrograde ascendante,
➔ Génome : ARN monocaténaire linéaire non progression dans moelle ep et infection de
segmenté de polarité négative l’encéphale
➔ L’enveloppe = fragilité du virus rabique - La salive est contaminante
➔ Tropisme : cellules nerveuses (Fixation sur recep
spécifiques : nicotinique de l’acétylcholine) Diagnostic
➔ Réservoir : animal permanent (chien++++, ➔ Prélèvement : Homme vivant (biopsies cutanées,
chauves-souris, autres) salive, LCR, sanguin) ; en post mortem (biopsies
➔ Transmission : 99 % des cas sont liés à des cutanée et cérébrale)
morsures de chiens enragés ➔ Techniques : est essentiellement direct par Rt-PCR

Prophylaxie : pas de traitement, donc importance de la prévention et prophylaxie post exposition avec :
✓ Mesures permanentes : PNI, vaccination des animaux a propriétaire, vaccination du personnel exposé…
✓ Mesures circonstancielles : CAT devant une morsure (une urgence++) ; traitement non spécifique (mm si
consultation tardive) en réduisant l’inoculum et éviter la surinfection et spécifique par sérothérapie (Ig
d’origine équines purifié et concentrées) et/ou vaccination antirabique
 Herpesviridae
Neuf herpesvirus strictement humains.
Etymologie grecque : « herpien » = ramper comme un serpent → Latence et réactivation
Symptomatologie clinique variable : majoritairement asymptomatique
Espèce
Sous-famille
(9 Strictement humaines) Structure virale commune
HSV1 (HHV1) ➔ Enveloppe : dérivée de la mb nucléaire
Herpes simplex virus 1 de la ₵ hôte, porte les Gp virales (ex :
Human alphaherpesvirus 1* Ag de surface HSV…)
HSV2 (HHV2) ➔ Tégument : Structure fibrillaire entre
Alphaherpesvirinae Herpes simplex virus 2 l’enveloppe et la capside
Human alphaherpesvirus 2* ➔ Capside : Icosaédrique
VZV (HHV3) ➔ Génome : ADN db linéaire
Virus Varicelle Zona ➔ PM élevé
Human herpesvirus 3
CMV (HHV5) Cycle de multiplication
Cytomégalovirus 1. Attachement GP de l’env au récepteur
Human betaherpesvirus 5* ₵aire et fusion à MP
Bethaherpesvirinae HHV6 A et HHV6 B 2. Pénétration de la nucléocapside et
Human betaherpesvirus 6 a et 6b* libération des protéines du tégument dans le
HHV7 cytoplasme de la cellule hôte.
Human betaherpesvirus 7* 3. Migration de la nucléocapside vers le
EBV (HHV4) noyau et libération de l’ADN viral.
Epstein-Barr virus
Gammaherpesvirinae 4. Circularisation de l’ADN viral puis 3
Human gammaherpesvirus 4* phases de transcription et traduction
(Virus oncogènes)
HHV8 successives en cascade (La réplication de
Human gammaherpesvirus 8* l'ADN viral marque la séparation entre les
Herpès B du singe phases précoces (α, β) concernant la
synthèse des prot de réplication et la phase
tardive (γ) de la synthèse des prot
➔ Réservoir : HUMAIN structurales)
➔ Virus ubiquitaire (sauf HHV-8) ➔ α (protéines très précoces)
➔ Épidémiologie : très répandus chez les enfants (sauf HSV2 par ➔ β (protéines précoces)
contact sexuel), aussi largement répandus dans la population ➔ Réplication de l’ADN viral
générale dont 70-95% des adultes ont des Ac anti-HSV1 et >90% ➔ γ (protéines tardives : structurales)
avec des Ac anti-VZV 5. Assemblage protéines structurales et
➔ Contacts : interhumains intimes → Oraux/salive (EBV, HSV1, encapsidation
HHV-6/7, CMV), Vésicules (HSV, VZV), Sexuel (HSV2 =IST et CMV), 6. Enveloppement des nucléocapsides
materno-fœtale (CMV, HSV, VZV), transfusion s, greffe et par bourgeonnement à partir de la
transplantation d’organes (CMV, EBV, HHV6, HHV8), transmission membrane nucléaire
aerienne (VZV) 7. Libération des virions néoformés par
➔ Très contagieux = épidémies exocytose
➔ CMV 1ere cause d’infection congénitale

PHYSIOPATHOLOGIE

Primo-infection Latence Réactivation /Réinfection

- 1er contact avec le virus Migration du virus vers son - L'infection
- Réplication virale très site de latence latente persiste à
intense Persistance sous forme "dormante" vie et peut se
- Contagiosité très imp → latente (persiste uniquement sous réactiver
- Expression clinique variable en forme de génome sans prot virales - Réplication et
fonction : Virus et terrain sous- ou ARNm ...) expression clinique moindre / PI
jacent (Âge, Etat des défenses Soustraction au SI comme aux - Excrétion virale souvent
immunitaires) antiviraux par plusieurs mécanismes asymptomatique mais Source
- Mise en place réponse →Eradication infection latente contamination
immunitaire cellulaire et impossible - Secondaire à différents stimuli
humorale (maîtrise de Modus vivendis (équilibre Hote/virus) (fièvre, maladies infectieuse,
l’infection) Stress, ID)
Sites cellulaires de l’infection latente
Virus Principaux sites de latence
HSV1 Corps cellulaires des neurones des ganglions sensitifs
HSV2 (Ganglion Gasser HSV-1 et ganglions sacrés HSV-2)
TABLEAU CLINIQUE
VZV Neurones et cellules gliales satellites des ganglions Dépend de +s facteurs (type d’Herpèsvirus,
sensitifs rachidiens et des paires crâniennes stade d’infection, age, état du SI)
CMV Cellules CD 34 de la MO, monocytes-macrophages, Expression clinique +importante en PI,
cellules endothéliales réactivations svt asymptomatiques
HHV6 Lymphocytes T CD4, Monocytes-macrophages Chez ID, une symptomatologie +bruyante
HHV7 et grave
EBV (Lymphotrope) Lymphocytes B mémoires EBV et HHV8 → oncogènes (Expression
HHV8 gènes viraux anti-apoptotiques)
HSV1 (+ grave) : en PI, gingivomatite-herpès génital ; en réactivation, herpes labial/génital récidivant →Encéphalite
herpétique, la plus fréquente des encéphalites virales (Multiplication intracérébrale au nV neurones)
HSV2 : en PI, Herpès génital ; en réactivation, herpes génital récidivant/ méningite bénigne de Mollaret
VZV : en PI, Varicelle (vésicule prurigineuse), en réactivation, Zona
Zona
Varicelle (PI par VZV) Généralement une fois dans la vie des IC
Souvent apparente, a une incubation moyenne de Infection localisée avec Expression clinique limitée
14 jours et se manifeste par une fièvre modérée au dermatome correspondant au ganglion sensitif
(38-38,5°C) accompagnée de symptômes dans lequel a lieu la réactivation du virus,
généraux. L'éruption cutanée commence classiquement le tronc (thorax et abdomen) ou la
généralement au cuir chevelu, puis s'étend au tête (nerfs craniens)
visage, au tronc, aux membres, et parfois aux 2 manifestations cliniques :
muqueuses. Elle évolue en plusieurs stades : ➢ Névralgie
macules, papules, vésicules remplies de liquide ➢ Puis Eruption vésiculeuse dans territoire
clair (« goutte de rosée »), qui s'aplatissent, se cutanéo-muqueux innervé par ce ganglion
dessèchent, forment des croûtes et guérissent sensitif.
sans cicatrice, sauf en cas de grattage Eruption à topographie nerveuse, radiculaire, unilatérale,
douloureuse

MNI / EBV (oncogène)

Maladie bénigne de l'adulte jeune associant 3 éléments cliniques et 3 éléments biologiques.
→Signe clinique (fièvre, asthénie + angine + adénopathies)
→Signes biologiques (syndrome mononucléosique (Hyperleucocytose avec hyperlymphocytose et monocytose
avec lymphocytes de grande taille et hyperbasophiles) + Cytolyse hépatique avec ↗transaminases + Présence
transitoire d'anticorps hétérophiles)

DIAGNOSTIC
➔ Indications : Formes graves →méningo-encéphalite (+ det Statut imm, suivi des greffé, syndrome
mononucléosique…)
➔ Problématiques : difficultés d’interprétation car réactivations+++, Présence des Ig M et d’une
réplication virale même dans les réactivations
➔ Prélèvements : HSV+VZV → LCS, Lésions (Vésicules), Sang, Autres ; CMV → Sang; liquide amniotique;
urines, LCS; LBA; biopsies, humeur aqueuse… ; EBV : Sang, biopsies, LCS
➔ Diagnostic direct : PCR qualitative et quantitative (LCS++), Culture, Détection immunologique des
antigènes viraux ELISA, IF…
➔ Diagnostic indirect : dont l’intérêt est det PI, statut immunitaire → Présence des IgG = Contact ancien
avec le virus, présence IgM=PI ou réactivation endogène ? Réinfections ? Réactivité croisée ? d’où l’intérêt
de l’avidité IgG (pour dater l’infection)
Traitement et prévention : symptomatique (en fct de la symptomatologie), Vaccin Disponible uniquement
pour le VZV ; Parfois antiviraux (si Forme grave et/ou récidivantes) actifs sur VZV CMV EBV. Ils bloquent ADN viral
en agissant sur Thymidine Kinase et ADN polymérase virale (Analogue nucléosidique : guanosine (G modifié)
• NON actif sur ADN épisomal latent (Lorsque le virus est latent)
• Aciclovir et Valaciclovir (forme orale) de 1ere ligne
• Parfois des résistances (mutations) mais bcp moindre que virus à ARN
• Foscarnet et cidofovir : 2eme ligne (si Résistance à Aciclovir), actifs sur HSV VZV CMV
• Gancyclovir : spécifique de CMV