Travaux Dirigés de Biochimie structurale

TD 1 : Les glucides

I. QCM (cocher la réponse juste)

1. Cocher la définition vraie relative à la structure des glucides (sucres) ci-dessous

a) Les hexoses de structure ci-dessus sont des aldoses

b) Les représentations 1, 2 et 3 sont des conformations spatiales d' hexoses

2. Quelle est la proposition vraie relative aux 4 structures des hexoses (glucides) ci-dessus ?
a) La représentation 4 correspond à une forme furanose du glucose
b) Les représentations 1, 2 et 3 sont des hexoses en projection de Fisher

3. Les sucres (glucides) ayant les mêmes formules brutes mais des formes développées différentes
(comme le cas du glucose et du fructose) de formule brute C6H12O6, sont dits :
a) Epimères
b) Anomères
c) Enantiomères
d) Isomères

4. Les glucides (sucres) ne différant que par la configuration d'un seul carbone (comme le cas du
glucose et du galactose) sont dits :
a) Epimères
b) Anomères
c) Enantiomères
d) Isomères

5. Contrairement à l'anomérie 'alpha', l'anomérie 'béta' des glucides (sucres) est caractérisée par
l'orientation de l'hydroxyle porté par le carbone anomérique (C1 pour les aldoses) au-dessus du plan
du cycle.
a) Vrai
b) Faux

6. Un ose libre en solution n'est représenté que par une seule forme anomérique ('alpha' ou 'béta'):
a) Vrai
b) Faux

7. Le saccharose est formé de:

a) Un hexose et un pentose
b) Un aldose et un cétose

8. Le disaccharide suivant est un:

a) 'béta'-D-glucopyranosyl (1->2)-'alpha'-D-fructofuranoside

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b) 'alpha'-D-glucopyranosyl (1->2)-'béta'-D-fructofuranoside
c) 'alpha'-D-glucopyranosyl (1->2)-'alpha'-D-fructofuranoside

9. L'oxydation du glucose en acide gluconique est obtenue par:

a) La glucose oxydase
b) L'acide nitrique à chaud

10. Le glycogène fait partie des glucides constitués des éléments suivants :
a) Glucose
b) Fructose
c) Glucose et Fructose

11. Le glycogène, un des glucides importants, est présent dans le(s) règne(s)
a) Végétal
b) Animal
c) Végétal et Animal

12. Le glycogène, un des glucides importants, est:

a) Un polymère ramifié de glucose
b) Une chaîne linéaire de résidus de glucose

13. Spécifier le nom exact du sucre diholoside correspondant à la figure suivante:

a) Maltose.
b) Lactose.
c) Saccharose

14. Spécifier le nom exact du sucre diholoside correspondant à la figure suivante:

a) Maltose.
b) Lactose.
c) Saccharose

15. Spécifier le nom exact du sucre diholoside correspondant à la figure suivante :

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a) Maltose
b) Lactose
c) Saccharose

16. Choisir l'ordre décroissant valable dans la saveur sucrée des glucides glucose, fructose, maltose,
galactose, lactose et saccharose:
a) Fructose > Saccharose > Glucose > Maltose > Galactose > Lactose.
b) Saccharose > Glucose > Fructose > Galactose > Lactose > Maltose.

17. Les glucides complexes (amidon, glycogène, ..) ont une saveur non sucrée ou peu sucrée:
a) Oui
b) Non

II. Exercices

Exercice 1 .Soient les glucides suivants:

- Glucide A: béta-D-galactopyranosyl(1->4)-béta-D-glucopyranose;
- Glucide B: alpha-D-glucopyranosyl(1->4)-alpha-D-glucopyranose;
- Glucide C: alpha-D-glucopyranosyl(1->2)-béta-D-fructofuranose
a/ Donner les formule des glucides A, B et C dans la représentation cyclique de Haworth.
b/ Donner les noms des 3 glucides.
c/ Quelle(s) est (sont) la(es) propriété(s) des 3 glucides s'expliquant par la liaison osidique ? d/ Quels
sont les produits obtenus par méthylation des 3 glucides ?
e/ Quels sont les produits obtenus par méthylation suivie d'hydrolyse acide des 3 glucides ?

Exercice 2 :Le stachyose est l’alpha-D-galactopyranosyl(-6)-alpha-D-galactopyranosyl (1-6)-alfa-D-

glucopyranosyl(1-2)-béta-D-fructofuranoside.
a/ Le stachyose a subit une perméthylation suivie d’une hydrolyse acide. Donner les noms des
différents dérivés d’oses obtenus.
b/ Est ce que le stachyose est un sucre réducteur. Justifier la réponse.
c/ Une molécule de stachyose a subit l'oxydation par l'acide périodique.
Donner son bilan de l’oxydation en termes de nombre de moles d’acide périodique consommées et
nombre de moles de formaldéhyde et d’acide formique formées.

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Exercice 3 : Structure et propriété d'un triholoside : le raffinose

Le raffinose, glucide présent dans la betterave et éliminé durant le raffinage du sucre, présentre la
structure ci-contre.
a/ Préciser la nature des oses constituant ce glucide et leur mode de liaison.
b/ Quel est le comportement du raffinose vis à vis des réactifs mettant en évidence le pouvoir
réducteur.
c/ Une solution fraîche de raffinose présente-elle le phénomène de mutarotation ?

Exercice 4: Soit le glucide suivant

CH2OH-CO-CHOH-CHOH-CH2OH

1. A quelle famille et à quel groupe appartient-il ? Justifier la réponse.

2. Numéroter les atomes de carbone de ce glucide.
3. En ce limitant aux formules linéaires des oses, préciser le nombre d’isomères correspondant
à sa formule.
4. Représenter l’ensemble des isomères.

Exercice 5 : Parmi les oses suivants, lesquels sont épimères l’un de l’autre : D-ribose, D-xylose, D-
lyxose, D-glucose, D-gulose, D-galactose, D-mannose, D-talose

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Exercice 6 : Le L-rhamnose, constituant de certaines bactéries, est le 6-désoxy-L-mannose. Quelle
est sa structure en projection de Fischer ? Combien a-t-il d’isomères ? Le L-fucose ou 6-désoxy-L-
galactose en fait-il partie ?

Exercice 7 : Comment passe-t-on de la formule linéaire du D-galactose à la formule cyclique

pyrannique ? Représenter l’α-D-galactopyrannose et le β-D-galactopyrannose.

Exercice 8 : Le pouvoir rotatoire spécifique [α]D20ºC de l’ α-D-glucopyrannose est +112,2º.mL/g.dm,

celui du β-D-glucopyrannose est +18,7º mL/g.dm. Le pouvoir rotatoire spécifique d’une solution
fraichement préparée de glucose de 1g/mL diminue et se stabilise après un certain temps à +52,7º
mL/g.dm
1) Expliquer ce phénomène
2) Calculer les proportions des deux formes α et β du D-glucose à l’équilibre (Mglucose= 180g/mol)

TD 2 : Les Lipides

Exercice 1 : Une lécithine en solution est saponifiée par une solution concentrée de potasse
alcoolique à chaud. Après refroidissement, on ajoute de l’eau. Il se forme alors deux phases non
miscibles.
Quelle est la répartition des différents composes obtenus dans la phase aqueuse et dans la phase
chloroformique ?
On acidifie le milieu en ajoutant de l’acide chlorhydrique, on mélange et on laisse reposer. Quelle est
la nouvelle répartition des composes. Quelle est l’intérêt de cette expérience ?

Exercice 2 : un homogénat de tissu hépatique de rat est soumis à une chromatographie sur couche
mince de gel de silice en utilisant une phase mobile adéquate (ex : un mélange hexane-éther
éthylique-acide acétique). Parmi les lipides identifies (à partir de lipides témoin), figurent :
Acides gras, Triglycérides, Diglycérides, Monoglycérides, cholestérol libre, Cholestérol estérifié,
Phospholipides.
On demande de représenter schématiquement le résultat de cette chromatographie.

Exercice 3 : On voudrait extraire la totalité de la matière grasse contenue dans des graines
oléagineuses (riches en huile). Proposer un protocole expérimental permettant la récupération de la
totalité des lipides de ces graines. Comment peut-on séparer les triglycérides des phospholipides
présents dans l’extrait ?

Exercice 4 : Parmi les propriétés suivantes lesquelles sont attribuées aux acides satures ou aux
acides insaturés :
- Fixent l’iode
- Sont insolubles dans l’eau
- Donnent avec la soude un composé amphiphatique soluble dans l’eau
- Absorbent la lumière dans l’ultraviolet
- S’oxydent spontanément au contact de l’oxygène de l’air

Exercice 5 : Les indices d’acide et de saponification d’un corps gras ont été déterminés en dosant
avec un acide (Ve ml, normalité Na) l’excès de potasse (normalité Nb) qui n’a pas réagi (dosage en
retour) sur une masse m du corps gras. Dans un témoin, la totalité de la potasse est neutralisée par
Vt ml de l’acide.
- Établir la relation entre l’indice d’acide et les volumes Vt, Ve et la masse m du corps gras
- Établir la relation entre l’indice de saponification et les volumes Vt, Ve et la masse m du corps
gras

Exercice 6 : L’indice de saponification d’un triglycéride pur est égal a 196 et son indice d’iode a 59.
L’analyse chromatographique de ses acides constitutifs révèle qu’il s’agit d’acide palmitique et d’acide
oléique. Déterminer la masse molaire et sa structure.

Exercice 7 : Soient les acides gras dont la formule brute est la suivante

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 - C18H36O2 (acide gras saturé)
- C18H34O2. (acide gras insaturé Δ9)
- C18H32O2. (acide gras insaturé Δ9,12)
1) Nommer et écrire les formules semi développées de ces acides gras.
2) Écrire l’équation de la réaction de neutralisation de l’acide gras saturé par l’hydroxyde de sodium.
Donner le nom de la réaction ainsi que celui des composés obtenus.
3) Pour l’acide gras mono-insature, préciser l’isomère naturelle (E ou Z) et indiquer les pôles
hydrophiles et hydrophobe

Exercice 8 :
1) Donner la définition de l’indice d’iode d’un corps gras.
2) Établir une relation entre l’indice d’iode, le nombre d’atomes de carbone et le nombre de
doubles liaisons d’un acide gras.
3) Un acide gras à 18 atomes de carbone présente un indice d’iode égal à 180, en déduire sa
structure.
Donnée : Masse molaire moléculaire du diiode, MI2=254g/mol

Exercice 9 :
1) Donner la définition de l’indice d’acide d’un corps gras
2) Établir la relation entre l’indice d’acide et la masse molaire moléculaire d’un acide gras saturé,
puis la relation entre l’indice d’acide et le nombre atomes de carbone d’un acide gras.
3) Calculer les indices d’acide de l’acide butyrique et de l’acide palmitique. Conclure
Donnée : MKOH=56,1g/mol

Exercice 10 :
On considère les lipides suivants : - le trioléylglycérol
- le 2-stéaryl-dipalmitylglycérol
- le 1-palmityl-2-linoléyl-3-laurylglycérol
- Le galactosyl-dilinolénylglycérol
- la phosphatidyléthanolamine
1) A quelle classe de lipides appartiennent ces composés ?
2) Écrire leur formule semi-développée

Exercice 11
1) Établir la relation entre l’indice d’ester et la masse molaire moléculaire d’un triacylglycérol
2) Application : la saponification de 3 g d’un triacylglycérol homogène pur nécessite 10,10 mL
d’une solution alcoolique d’hydroxyde de potassium à 1 mol/L
a) Calculer l’indice d’ester du triacylglycérol
b) Préciser l’identité du triacylglycérol, sachant que l’acide gras constitutif du triacylglycérol
est à chaine linéaire saturée
Donnée : MKOH=56,1 g/mol

Exercice 12
On se propose, grâce a la détermination de différents indices, d’analyser un corps gras constitué d’un
acide gras et son triacylglycérol homogène.
- Détermination de l’indice d’acide. Dans une fiole d’Erlenmeyer, on introduit 0,4 g de corps gras. On
ajoute 20 mL d’une solution alcoolique d’hydroxyde de potassium et on dose l’excès d’hydroxyde de
potassium par une solution d’acide chlorhydrique à 0,191 mol/L. La chute de burette obtenue est de
14,80 mL. Un témoin réalisé parallèlement, sans corps gras donne une chute de burette de 17,80 mL.
- Détermination de l’indice de saponification. Dans un ballon à saponifier, on introduit 0,4 g de corps
gras. On ajoute 20 mL d’une solution alcoolique d’hydroxyde de potassium et on place ce ballon 1
heure dans un bain marie à ébullition. On dose l’excès d’hydroxyde de potassium par une solution
d’acide chlorhydrique à o,191 mol/L. La chute de burette obtenue est de 10,6 mL. Un témoin réalisé
parallèlement, sans corps gras, donne une chute de burette de 17,8 mL.
- Détermination de l’indice d’iode. Dans une fiole d’Erlenmeyer bouchant émeri de 250 mL, on
introduit 0,204 g de corps gras. On ajoute 20 mL de réactif de Wijs. Après 30 min de réaction à
l’obscurité, l’excès de réactif de Wijs est dosé par une solution de thiosulfate de sodium (Na2S2O3) à

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0,162 mol/L. La chute de burette obtenue est de 15,4 mL. Un temoin réalisé parallèlement sans corps
gras, donne une chute de burette de 24,075 mL.
1) Calculer les indices d’acide, de saponification, d’ester et d’iode du corps gras.
2) Calculer les proportions d’acide gras et de triacylglycérol dans le mélange.
3) Calculer les masses molaires moléculaires de l’acide gras et de son triacylglycérol.
4) Évaluer l’insaturation de l’acide gras et donner une formule semi-développée probable de ce
dernier.
Donnée : MKOH=56,1 g/mol et MI2=254g/mol

TD 3 : Les protéines

Exercice 1
1. Écrire les équations d’ionisation successives de la proline, connaissant : pKa1=1,99 et
pKa2=10,6
2. Mettre en évidence le zwitterion.
3. Calculer le pHi de la proline.

Exercice 2
1. Écrire les équations d’ionisation successives de l’acide aspartique, connaissant : pKa1=2,09 ;
pKa2=9,82 et pKaR=3,86
2. Mettre en évidence le zwitterion.
3. Calculer le pHi de l’acide aspartique.
4. Calculer les proportions des différentes formes ioniques en présence au pHi.

Exercice 3
1. Écrire la formule développée de l’histidine, ainsi que les différentes formes ioniques possibles
de cet acide aminé.
2. Calculer le pKaR du groupement ionisable de la chaine latérale de l’histidine, sachant que le
groupement α-COOH a un pKa1 = 1,82 ; le groupement α-NH2 a un pKa2 = 9,17 et que le
pHi = 7,59
3. L’histidine est-elle susceptible d’exercer un pouvoir tampon à pH=6 ? Justifier la réponse.

Exercice 4
Une solution renferme de la glycine (Gly), de l’isoleucine (Ile) et du tryptophane (Trp).
- Pour la technique de formol-titration de Soerensen, il faut ajouter 30 mL d’une solution de
NaOH à 0,1 mol/L pour obtenir l’équivalence.
- Le pouvoir rotatoire de la solution initiale, mesuré dans un tube polarimétrique de 20 cm est
de -1,05!.
- L’absorbance de la solution initiale diluée au 1/1000 est de 0,560 à 280 nm.
Déterminer les concentrations en Gly, Ile et Trp de la solution. Toutes ces concentrations sont à
exprimer en mol/L.
Données : [α]D20!CIle=+12,4! et [α]D20!CTrp = -33,7!
-Le coefficient d’extinction molaire de l’acide aminé absorbant à 280 nm est de 5600 L/mol.cm
-les masse molaires moléculaires de Ile et de Trp sont respectivement de 131 et 204 g/mol.

Exercice 5
Soit l’alanine (Ala) et les dérivés peptidiques suivants :
Acide amine ou peptides pKa1 pKa2
Ala 2,34 9,69
H2N-Ala-Ala-COOH 3,12 8,80
H2N-Ala-Ala-Ala-COOH 3,39 8,03
H2N-Ala-(Ala)n-Ala-COOH 3,42 7,94
1. Nommer les deux groupes ionisables de l’alanine.
2. Soit le peptide : H2N-Ala-Ala-COOH
a) Donner la formule développée de ce peptide.
b) Mettre en évidence la liaison peptidique

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 c) Le titrage de ce peptide montre qu’il y a ionisation de deux groupements seulement.
Mettre en évidence les groupements ionisables responsable du pKa1 et du pKa2 de ce
peptide.
3. Calculer le pHi de l’alanine et de chacun des peptides dérivés. Conclure

Exercice 6
Soit les peptides : Lys-Ala-His-Glu-Met et Trp-Leu-Asp-Cys. Écrire la formule développée de ces
peptides. Étudier la variation de leur charge nette en fonction du pH et déterminer leur pHi.
On utilisera les valeurs approximatives suivantes pour le pKa des différentes fonctions ionisables :
Groupement α-COOH β ou γ- α-NH2 ε-NH2 Imidazole thiol
ionisable COOH
pKa 3,0 4,5 8,5 10,5 6,5 10

Exercice 7
Après hydrolyse trypsique partielle d’un polypeptide, on isole un tetrapeptide dont la composition en
acides aminés est la suivante : Tyr, Arg, Cys et Glu.
L’acide amine N-terminal a un rôle important dans la formation des ponts covalents intra et inter-
chaines des protéines. L’acide amine suivant migre plus près de l’anode à pH = 8,5 que les autres
acides aminés de ce tétrapeptide.
1. Indiquer comment on obtient la composition en acides aminés d’un peptide.
2. Indiquer comment on détermine la nature de l’acide amine N-terminal.
3. Donner la séquence du tétrapeptide en expliquant la démarche suivie.

Exercice 8
1. Comment peut-on mettre en évidence la nature peptidique du composé étudié ?
2. L’hydrolyse acide totale et l’analyse chromatographique sur couche mince révèlent que le
peptide est constitué des acides aminés suivants : Arg, Ala, Val, Leu, Phe, et Tyr. Quel
révélateur peut être utilisé pour localiser les acides aminés sur le chromatogramme ?
Comment peut-on révéler spécifiquement l’arginine ?
3. On détermine la masse molaire moléculaire du peptide, ainsi que sa formule brute. Citer une
technique permettant d’établir à la fois la formule brute et la masse molaire moléculaire. Les
résultats obtenus montrent qu’il s’agit d’un hexapeptide, chaque acide aminé cité à la
question 2 est présent en un seul exemplaire.
4. Différentes stratégies sont développées pour établir la séquence du peptide :
- La méthode a l’aminopeptidase permet de caractériser l’alanine ;
- L’hydrolyse trypsique conduit à 2 tripeptides. L’un d’entre eux est constitué par les acides
aminés suivants : Ala, Arg, Tyr ;
- L’hydrolyse partielle conduit à un mélange de peptides : peptide P1 constitué d’Arg et Phe,
peptide P2 constitué de Leu et Val et peptide P3 constitué de Phe, Leu et arg.
En déduire la séquence du peptide.

Exercice 9
1 mg d’une holoprotéine contient notamment 22,5 µg de Gly, 23,6 µg de Leu et 24,5 µg de Trp.
Calculer la masse molaire moléculaire minimale de la protéine.
Donnée : les masses molaires moléculaires des acides aminés concernés sont :
Gly = 75 g/mol ; Leu = 131 g/mol ; Trp = 204 g/mol.

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