UNIVERSITE DE YAOUNDE I FACULTE DES SCIENCES

The University of Yaoundé I Faculty of Science

Département de Microbiologie
Department of Microbiology

ECOLOGIE MICROBIENNE

MIB 303

Equipe pédagogique : NWAGA Dieudonné (M.C.),

et BOUGNOM Blaise Pascal (C.C.)

Année académique 2015-2016

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1

2
 ECOLOGIE MICROBIENNE (MIB 303)

1-Titre du cours : Ecologie Microbienne

2-Objectifs du cours
• Connaître les facteurs écologiques et biologiques du sol
• Comprendre les interactions entre environnement, microbes, plantes et animaux
• S’initier aux méthodes d’étude en écologie microbienne
• Mettre en évidence le rôle des micro-organismes bénéfiques et pathogènes
• Connaître le rôle des microbes pour la fertilité des sols et la société

3-Equipe pédagogique: NWAGA Dieudonné (MC) et BOUGNOM Blaise Pascal (CC)

4-Contenu

3
Résumé du cours

L’écologie microbienne étudie le fonctionnement et les activités des

microorganismes dans leur environnement naturel. Le sol est un milieu
hétérogène qui contient plus de biodiversité par unité de volume que tout
autre système. Ce cours explore comment cette biodiversité se traduit
en fonctions écologiques en permettant la croissance des plantes, en
fournissant en même temps des nutriments essentiels pour la croissance
des plantes (producteurs primaires) et d’autres éléments de la chaine
alimentaire (consommateurs). Les interactions entre les plantes et les
organismes du sol ont évolué à travers des mécanismes trophiques et non
trophiques rétro actifs qui sont modulés par les interactions plantes-
microbes, animaux-microbes, microbes-microbes et les changements des
systèmes de gestion des terres. Les facteurs qui ont une signification
majeure pour l’habitat ou l’activité des organismes du sol sont: la
disponibilité des nutriments, structure, texture, aération, oxygène,
acidité du sol, humidité du sol, température, nature du sol et les
pratiques culturales locales. Ces facteurs écologiques ou biologiques
servent à mieux comprendre le fonctionnement du sol. Le rôle majeur des
racines , de la rhizosphère, de la mycorhizosphère ou d’autres organismes
du sol (macro, microfaune, microflore) dans les interrelations écologiques
et la fertilité des sols sont discutés en relation avec les écosystèmes
naturels, agricoles ou urbains pour fournir une trame nécessaire à une
compréhension holistique du sol comme une entité vivante dynamique. Les
aspects socio économiques liés à ces fonctions bénéfiques des
organismes vivants du sol sont abordés pour souligner l’intérêt majeur
de l’écologie microbienne.

Mots clés: Sol, texture, structure, nutriments, taxonomie des sols,

pratiques culturales locales, micro-organismes, symbiose, antagonisme,
parasitisme, compétition, rhizosphère et mycorhizosphère, groupes

fonctionnels, fertilité des sols.

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Contenu du cours

Introduction générale

Définitions et intérêt

1e partie : Facteurs écologiques et habitat des organismes du sol

Chap 1 : Facteurs écologiques et habitats

I Nutriments du sol
II Structure, texture du sol et bio-films
III Eau et aération du sol
IV Acidité et salinité du sol
V Oxygène du sol
VI Température du sol

Chap 2 . Taxonomie des sols, besoins des plantes et pratiques culturales locales

I Taxonomie des sols

II Besoins nutritionnels des plantes
III Pratiques culturales locales (Abattage, désherbage, labour, brûlis et agriculture
itinérante, drainage, irrigation, pesticides, engrais et fertilisation, rotations
culturales, jachères, paillage)

2e partie : Facteurs biologiques et activités des organismes du sol

Chap 3 : Biologie et fonctionnement du sol

I Généralités
II Racines végétales, rhizosphère et mycorhizosphère
III Microorganismes du sol
IV Autres organismes du sol
V Interrelations écologiques
VI Notion de groupes fonctionnels et fertilité des sols

3e partie : Aspects socio économiques de l’écologie microbienne

Chap 4 : Valeur socio économique de la diversité microbienne

Conclusion générale

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Travaux dirigés et travaux pratiques

TD 1. Définition des termes en écologie microbienne

TD 2. Habitats des microbes et texture du sol

TD 3 & 4. Influence des pratiques culturales locales sur l’activité des organismes du sol
(brûlis, labours, pesticides, engrais, rotations culturales, associations, paillage)

TD 5, 6 & 7. Initiation aux méthodes d’étude en écologie microbienne du sol (biodiversité,

biomasse microbienne, dénombrement microbien, détermination des activités)

TD 8, 9 & 10. Exercices pratiques sur la compréhension du cours (QCM)

TP. Influence des microorganismes du sol sur le fonctionnement des plantes

(étude de la dépendance mycorhizienne des plantes) Paramètres 8: taille, vigueur
des plants, couleur des feuilles, nodulation, observation visuelle des
microorganismes du sol, observation des maladies et ravageurs, observation des
agrégats racinaires et date de floraison.

(3-Traitements du sol : sol reconstitué stérilisé, sol reconstitué non stérilisé avec
des microbes bénéfiques. Traitement avec 20 plantes : ligneux, herbacés)

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Définitions

Écologie microbienne
Un article de Wikipédia, l'encyclopédie libre.

L'écologie microbienne aborde la place et le rôle des micro-organismes dans un habitat

(environnement, écosystème) ainsi que les interactions des micro-organismes entre eux et
avec leur milieu. L'écologie microbienne consiste à caractériser la biodiversité microbienne
d'un écosystème, à caractériser les interactions entre micro-organismes (chaînes
trophiques), à identifier le rôle des micro-organismes dans l'écosystème, à étudier les
interactions hôtes-microorganismes (symbiose, commensalisme, parasitisme, agent
pathogène … etc ).

Les micro-organismes étant très nombreux, ubiquistes (présents partout dans le monde),
très diversifiés, très adaptatifs, ont une importance primordiale dans de nombreux
domaines. L'écologie microbienne couvre donc des domaines très variés.

• Cycle biogéochimique de la matière : importance de la biodiversité microbienne

dans les cycle du carbone, cycle de l'azote, cycle du soufre, cycle du phosphate…
• Dépollution : dépollution naturelle des milieux grâce aux micro-organismes et
utilisation des micro-organismes dans le traitement des eaux usées ou des sols
pollués.
• Agriculture : interaction des micro-organismes avec les plantes (symbiose ou
pathogène).
• Médecine humaine et vétérinaire : importance des parasites, des bactéries et virus
pathogènes.
• Agroalimentaire : importance de la biodiversité microbienne dans des processus de
transformation ou de fermentation de produits alimentaires (fromage, yaourt, vin,
choucroute, saucisson…) ; rôle de certains micro-organismes dans l'altération de
produits alimentaires. Maîtrise des contaminations via la maîtrise des flores en place
soit une stratégie du type occupation de la place
• Biotechnologie : connaissance de la biodiversité microbienne pour caractériser des
nouvelles molécules ayant des propriétés intéressantes pour les milieux
pharmaceutiques et/ou industriels.
• Évolution : l'organisme ancestral ayant entraîné l'apparition de la vie était
probablement proche des bactéries actuelles.

Maîtrise des flores pathogènes via un ensemencement contrôlé

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 Chap 1 : Facteurs écologiques et habitats
microbiens
Les facteurs qui influencent les organismes du sol sont :
-Les facteurs de l’environnement (profondeur, saison, acidité, humidité, aération, texture,
structure, température),
-La compétition avec les autres organismes,
-Les besoins nutritionnels,
Le sol est composé d’éléments minéraux (sable, limons et argile), de racines végétales,
biomasse microbienne ou animale, des matières organiques à divers stades de
décomposition, d’eau et de l’atmosphère gazeuse (voir tableau).

Tableau. Composition moyenne d’une terre arable en volume (sans organismes vivants)

Paramètre Teneur Observation

(%)en
volume
Matières minérales 47 Sables, limons, argiles
Air 25 Azote, oxygène, gaz carbonique
Eau 25 Substances dissoutes (organiques et
minérales)
Matières organiques et 3 Résidus végétaux, litière, humus (diversité
organismes vivants (1%) des organismes vivants)
Ce tableau est un chiffre indicatif
I Eléments nutritifs du sol

Le sol est un réservoir de nutriments, c’est la principale source d’éléments nutritifs pour
tous les organismes du sol par (même les êtres humains) le biais des cycles de
décomposition de la matière.

I.1. Sources de substrats pour la croissance microbienne

- Éléments inorganiques (minéraux) pour les organismes lithotrophes et phototrophes,

- Résidus de culture et litière (matière organique) : source de substrat un peu soluble
pour les organismes dits hétérotrophes (organotrophes),
- Exsudats racinaires (riche en MO soluble : acides aminés et en sucres). Une culture
de maïs ou de mil peut exsuder jusqu’à 10-20 % de ces photosynthétats dans le sol en
présence des micro-organismes,

8
 - M
Ratio résidus Observations a
présents/résidus absents t
Types de microbes
i
Total aérobies 5,0 L’augmentation de la è
population microbienne est r
Bactéries 6,1
due à celle de la teneur en e
Actinomycètes 2,4 eau et celle des nutriments
disponibles o
Champignons 1,9
r
Dénitrificateurs 43,7
g
Nitrosomonas 2,4 a
n
Nitrobacter 3,9
i
que du sol (MO insoluble : lignine, hémicellulose, cellulose et humus) qui peut être
utilisée par les micro-organismes du sol. L’humus est un composé très important pour
le stockage des éléments inorganiques, et la réduction de la phytotoxicité de certaines
molécules du sol. On distingue la MO stabilisée (33-50%), la MO en décomposition :
fraction active (33-50%), les résidus organiques frais (inf à 10%) et les organismes
vivants (inf à 5%).

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- Pour les plantes, une faible proportion de ces éléments minéraux est utilisable. Les
vers de terre sont capables d’exploiter toute cette source de substrats et en même
temps sont capables de consommer les micro-organismes.
Dans les sols tropicaux humides (oxisol, ultisol, andosol) le lessivage et le drainage
peuvent atteindre 30 % de la pluviométrie et entraîne une perte des éléments minéraux
du sol. Ce lessivage entraîne une perte de nutriments du sol, la conséquence est une
faible teneur en argile, une faible capacité d’échange cationique (CEC) d’où une
pauvreté du sol en éléments minéraux observée dans les sols acides (oxisols du
grand Sud : 65 à 80%). Les vertisols (3 à 5% des sols du Cameroun) que l’on
retrouve à l’Extrême-Nord du Cameroun sont riches en montmorillonite (argile
gonflable (et est vendu en pharmacie) avec une capacité de rétention en eau et
nutriments, CEC très élevée). Ils ont une richesse minérale beaucoup plus élevée que celle
des sols ferralitiques riches en smectite et kaolinite que l’on trouve au Centre, à l’Est et
au Sud du Cameroun. La plupart des sols tropicaux sont pauvres en nutriments
surtout le P soluble (un des éléments majeurs qui limite la productivité des
sols). Par exemple dans les régions de forêts sols ferralitiques), les sols ont 1-10 ppm de
P soluble, dans les régions de montagnes (andosols); 12-18 ppm et 14-26 ppm en zones
sahélienne (vertisols). Ils sont pauvres parce que le P est immobilisé dans la biomasse,
puis fixé sur les oxydes de fer et d'aluminium.

Tableau. Influence des colloïdes du sol sur la décomposition du substrat et la croissance

microbienne
Phénomène de surface Effet relatif Commentaire
(absence argile/humus)
-Fonction métabolique de tampon -Stimulation
-Adsorbe les métabolites toxiques -Stimulation
-Limite la dessiccation -Idem
-Concentre les nutriments inorganiques -Idem
-Approvisionne les micronutriments -
-Protège les microbes des prédateurs et -
des phages -
-Produit des substances solubles () -Idem
-Ajuste le ratio C/N (humus)

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Tableau. Ratio de comptage microbien dans le sol (0-7,5 cm) ou les résidus de
culture de maïs (14t/ha) ont été laissés comparé à un sol sans résidus (Doran,
1980).

*Augmentation de la biomasse microbienne et du pH (de 5,15 à 5,26)

I.2. Disponibilité des nutriments du sol

• Moins de 1% des ions (p/p) du sol sont mobiles. Exemple des ions Ca+,
Mg+, K+, NO3-, NH4+. Le P du sol est peu mobile et peu soluble, les racines
végétales ont des difficultés à absorber cet ion en dehors de la zone
d’influence des poils absorbants. Certains ions sont néfastes pour les racines
des plantes, exemple: Al+, Pb+, As+, Hg+ et H+. Environ 2 à 5 % de l’azote
organique du sol est libéré sous forme mineral après activité microbienne. Pour cet
azote minéral libéré, 50 à 99 % peut être prélevé par les micro-organismes :
cest l’immobilisation. Les micro-organismes sont des compétiteurs efficaces pour
l’azote inorganique (Ex : ammoniac). Certains micro-organismes associés aux
racines des plantes peuvent augmenter la proportion de nutriments obtenue par les
plantes. Ex : les champignons mycorhiziens.
11
 • Une baisse d’une unité de pH peut diminuer la solubilité du phosphore par
10. Plusieurs sols acides tels que les ultisols et oxisols ont une teneur très élevée
en fer et en aluminium ce qui contribue à précipiter les phosphates les rendant
insolubles (indisponibles). La plupart des sols rouges ferralitiques
tropicaux acides sont sévèrement déficients en phosphore et peu fertiles.

• L’Utilisation de l’offre potentielle en P du sol par les plantes est très variable selon
les cultures (tableau, Plenchette). L’équilibre du P de la solution du sol peut être
rompu de diverses manières : apport de P sous forme d’engrais soluble(TSP) ou
non (rock p), chaulage, prélèvement des plantes. La dynamique du P entre les
besoins de la plante et l’offre du sol est indispensable à maitriser. L’offre potentielle
du sol en P (Phosphate buffer capacity) concerne le flux d’ions phosphates passant
en solution. Le coefficient d’utilisation du P dépendra de l’interception des racines
ou du développement racinaire. La mise en solution ou la combinaison de ces
ions sont la résultante de divers phénomènes: dissolution, précipitation,
altération, rétrogradation, minéralisation, réorganisation.

Exemple de la variabilité de l’architecture racinaire chez les plantes cultivées : maïs

(racines développées avec des poils absorbants, arachide, manioc (oignon) avec des
racines peu développées, trapues sans poils absorbants).

Efficacité d’utilisation des nutriments (Nutrient use efficiciency): exemple de

Mucuna sans ou avec CMA (10-25% ; 30-50% d’utilisation du P apporté) ou
alors 8-10 sacs à 2-3 sacs d’engrais NPK sans ou avec les CMA pour 1 ha de
maïs.

Tableau. Transports par l’eau absorbée par une culture en Europe (Fried et
Shapiro, 1961)
Elément Solution du Transport par l’eau Besoins d’une Importance des
sol (mg/l) (300 mm : kg/ha) culture transports/besoins
(kg/ha)
P 0,2 0,6 25 Très insuffisants
K 10,0 30,0 120 Insuffisants
NO3 50,0 150,0 150 Suffisants
Mg 25,0 75,0 20 Excessifs
Ca 200,0 600,0 75 Largement excessifs

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Tableau. Concentration du P en solution du sol, associé à 95% d’un rendement maximum
de différentes cultures (Fox, 1931)
Culture Type de sol P de la solution de sol pour le rendement
indiqué (ppm)
75% 95%
Manioc Halii 0,003 0,005
Arachide Halii 0,003 0,010
Choux Kula 0,012 0,040
Maïs Halii 0,005 0,050
Sorgho Honokaa 0,015 0,08
Soja Wahiawa 0,025 0,20
Tomate Halii 0,05 0,20
Laitue Kula 0,10 0,30

II Texture, structure du sol et bio-films

La texture ou encore composition granulométrique du sol est un élément de l’analyse du

sol. C’est le pourcentage des sables, limons et argiles. Le triangle des textures et stabilité
structurale, l’aptitude à la fissuration ainsi que les réserves hydriques et minérales
potentielles (capacité de rétention et RFU, capacité d’échange) peuvent être évaluée. On
distingue les sols dits argileux, sableux ou par ex limoneux avec des sols
intermédiaires selon leur composition granulométrique.

La structure du sol ou encore mode d’organisation des constituants du sol est utile car
elle intervient pour l’aération, le drainage, la pénétrabilité des racines végétales ou de la
faune du sol, les transferts de chaleur. Les pratiques culturales peuvent complètement
changer la structure du sol. Le sol est constitué de la matière inorganique (sables : 50 à
2000 micro.m ; limons 2-50 micro.m ; argile : 0,2- 2 micro.m) ; les microorganismes
(virus, archea, bactéries, champignons, actinomycètes) tels que les champignons
mycorhiziens (2-5 micro.m); les plantes (poils absorbants et racines : 15-25 micro.m), la
faune du sol (protozoaires : 10-80 micro.m, nématodes : 500-2000 micro.m, termites :
500-2000 micro.m, vers de terre 2000-5000 micro.m).

La structure du sol est importante car elle règle l’activité et la répartition des
organismes du sol. La plupart de ces organismes du sol préfèrent l’humidité et les sols
aérés. Les sols à texture intermédiaire (type limons) avec une structure riche en agrégats
sont très favorables aux organismes vivants surtout les vers de terres. Les particules

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colloïdales du sol telles que les argiles (diam inférieur à 2 microm) et l’humus (organique)
sont très petites dans le sol, mais sont celles ou les processus physiques, chimiques et
biologiques du sol se réalisent. Leur surface d’échange est très importante par rapport à
celle du sable (face 1 g d’argile possède 1000 fois plus de sur que 1 g de sable). Les
argiles peuvent avoir des surfaces internes très variées (de 10 m2/g sans surface interne à
800 m2/d avec surface interne). Les surfaces des particules colloïdales appelées micelles
attirent les cations (K+, Mg+, Al+, H+). Il existe 4 types de colloïdes dans le sol : couche
de silicate d’argile, silicate d’oxyde d’aluminium ,de fer et d’argile, allophane et autres
argiles amorphes ; humus. Ces colloïdes ont pour principale fonction la disponibilité des
nutriments du sol. La structure du sol résulte d’interactions complexes entre éléments
physiques et chimiques du sol, mouvement de l’eau, vers de terre, autres activités de la
faune du sol, activité racinaires. Les racines et les microbes exsudent des substances qui
adhèrent au sol pour former les agrégats de sol. La dégradation de la structure du sol a
un effet négatif sur les cycles biologiques car elles les bloquent.

Les bio-films sont des structures complexes comprenant : les cellules microbiennes
collées aux matrices de polysaccharides, la surface des particules de sol est un bon habitat
pour le développement des bio-films (exploitation pour le traitement des eaux par
exemple).

Voir la structure d’un agrégat (figure)

Les micro-organismes peuvent se développer sur ou dans les rochers. Croissance, vent et
pluie contribuent à l’acclimatation ‘weathering’ des rochers.

Tableau. Relation entre la taille des particules et sa surface de contact

Particule Diamètre (mm) Nombre de particules (/g) Surface (cm2/g)

Sable 2 à 0,05 90 à 722.000 11 à 227

Limons 0,05 à 0,002 5.776.000 454

Argile 0,002 à moins 90.000.000.000 8.000.000

14
NB : 1 g d’argile correspond à 93 à 800 m2 de surface, donc les argiles
échangent les nutriments cationiques ou des substances toxiques tels que les
métaux lourds.

Les macropores ont une taille de 30 à 100 micromètres alors que celle des micropores est
inférieure à 30 micromètres. Actuellement (2010) : 1 méq x 100-1 de sol correspond à 1
cmol (+) kg-1.

Les argiles
-kaolinite : pH dépend de la charge, faible CEC, (1-10 cmolc kg-1), faible surface
d’échange, non collant. (oxisols du centre, ebolowa,qui don't rouge et acid
-montmorillonite : charge constante (-), CEC élevée (80-120 cmolc kg-1), forte
surface d’échange, collant.
La capacité tampon
C’est la capacité d’un sol à approvisionner un ion à la solution du sol. Elle dépend de la
teneur en argile et le type, de la CEC, de la MO.

III Tolérance des microbes du sol au stress

Les relations eau - organismes du sol sont très différentes de celles des plantes. Tous les
organismes du sol ne sont pas tolérants au stress (hydrique ou salin) mais beaucoup de
microorganismes peuvent le supporter plus que les plantes. La disponibilité de l’eau dans
le sol affecte la diversité des espèces, leur survie, leur mouvement et leur activité. Par ex :
les Actinomycètes, en général et les champignons peuvent tolérer les potentiels
osmotiques (- 60 à -70 Mpa) que les bactéries ne peuvent pas (-10 Mpa).

Répartition entre les phases solide, liquide et gazeuse d’un sol selon son humidité (fig.
Buckman et Brady, 1965). Sol saturé (0% air), capacité de rétention (20 cc air), point de
flétrissement permanant (30 cc air), humidité hygroscopique (32 cc air).

Tableau : Tolérance au stress par divers groupes de micro-organismes du sol

Q bar NaCl (p/v) Saccharose (p/v) Exemples

Aw
-15 0,99 2,0 17 Rhizobium, Spirillium
-100 0,93 12,3 52 Clostridium, Mucor
-250 0,83 25,5 70 Micrococcus, Penicillium
-650 0,62 - 83 Xeromyces, Saccharomyces (qui est
un champignon qui aime le
saccharose)
15
Aw : activité de l’eau, 50 m bar=50 Kpa = capacité au champ
1 bar = 100 Kpa = point de flétrissement permanent.

Le degré de remplissage des pores du sol par des gaz dissous. Le statut de l’eau du sol
détermine l’activité biologique du sol. Cette activité biologique peut être matérialisée par
rapport suivant :

Co2 du sol(dégagé)
O2 du sol(consommé)

Dans les sols biens aérés (O2) < 20 % et (Co2) < 1 %.

IV Acidité et salinité du sol

Les activités de toutes les enzymes microbiennes du sol dépendent de la quantité d’ion
H+. Donc le pH du sol a une influence sur l’activité microbienne du sol. Alors une bactérie
Streptomyces par ex ne peut se multiplier sur un sol qu’à un pH < 7,5 mais on retrouve
cette bactérie dans des sols forestiers à pH acide (pH < 4) ceci parce que les résidus des
plantes riches en NH4 lorsqu’ils sont décomposés fournissent le NH3 localement qui
augmente le pH à 7,5. En condition de forte teneur d’oxyde d’Al, il y a augmentation de
l’acidité et également réduction de la disponibilité des éléments minéraux du sol pour la
plante. A ce pH acide les ions Al, Mn par ex: deviennent toxiques pour la plante. La
disponibilité en P dans les sols à pH acide devient faible à cause de la formation des sels
de phosphate d’aluminium et de fer. Les effets du pH du sol sur la disponibilité des
nutriments minéraux ou racines sont résumés sur la figure.

Les microorganismes ont une préférence différentielle pour l’acidité. En général les
champignons préfèrent les pH acides; les actinomycètes préfèrent les pH basiques, les
bactéries, les pH proches de la neutralité ; mais peu de bactéries tolèrent les pH acides
(Bactéries lactiques, Thiobacillus).

-En conditions anaérobies du sol, le produit final du métabolisme hétérotrophe des

microbes et animaux du sol est le CO2.
C6H12O6 + 6CO2---------------------6CO2 + 6H2O + E

Le CO2 se combine avec l’eau pour former l’acide carbonique: H2O + CO2-------H2CO3

Qui est un acide faible qui produit des ions H+: H2CO3-------------------H+ + HCO3-
16
-L’oxydation microbienne de l’ammonium en nitrite (partie de la nitrification) est un
autre procédé d’acidification. 2NH4+ + 3O2--------------2NO2- + 4H++2H2O + E

Le procédé important dans des sols avec l’apport d’engrais ammoniacaux, ou de fumure
animale, ou dans un sol sableux peu tamponné.

-Le procédé biologique qui augmente le pH du sol est l’hydrolyse de l’urée, catalysé
par l’uréase : CO(NH2)2 + H2O---H2NCOONH4----2NH3 + CO2

Le pH du sol peut augmenter de 2 à 3 unités au voisinage de la zone d’pplication.

La disponibilité du P est maximum entre pH 5,5 et 7,0, dans cette zone se sont les ions
H2PO4- et HPO42- qui prédominent, hors les plantes utilisent mieux les ions H2PO4-.

V L’oxygène du sol

Concentration dans l’air et dans l’air du sol, coefficient de diffusion et solubilité dans l’eau
des composés gazeux majeurs du sol * valeurs données pour 20°C
Paramètre N2 O2 CO2
Concentration dans l’air (%) 79 21 0,035
Concentration dans l’air du sol (%) 79 20-21 0,1-1,0
2 -1
Coefficient de diffusion dans l’air (cm .s ) 2,1 2,1 1,6
Coefficient de diffusion dans l’eau (cm .s )
2 -1 1,6. 10 -4 1,8. 10 -4 1,8. 10-4
Solubilité dans l’eau 1,5 1,5 87,8

Le degré de remplissage des pores du sol par l’eau a une grande influence sur la
composition en gaz de l’air du sol et en gaz dissous dans l’eau du sol. CO2 du sol O2 du sol
Dans un sol bien aéré, la teneur en oxygène du sol es inférieure à 20%, celle du gaz
carbonique du sol inférieure à 1%. Dans un sol avec une texture élevée en argile, ou/et
engorgé d’eau, avec une activité biologique élevée, la concentration en gaz carbonique
peut atteindre 10%. L’activité biologique maximale du sol est généralement atteinte pour
des potentiels d’environ 40% de la capacité au champ ; conditions atteintes après la pluie
ou au dessus de la nappe phréatique.

VI Température du sol

Les organismes du sol diffèrent pour leurs températures maxima, minima et optima de
croissance (figure). Dans les sols tropicaux, les espèces thermophiles prolifèrent.

Températures nécessaires pour tuer divers groupes d’organismes du sol (30 mn

d’exposition à la chaleur humide (120°C) ou 10 mn pour les bactéries nitrifiantes selon
Baker et Cook (1974). Mais au moins (120°C) (chaleur humide) pendant 30 mn, 2 ou 3
cycles d’autoclave.
17
Le brûlis entraine une augmentation considérable de la température du sol pour la couche
des 5 cm superficiels qui tué souvent les organismes mésophiles.

Chap 2 Taxonomie des sols et pratiques

culturales
I Taxonomie des sols

Selon le System of Soil Taxonomy de l’USDA les sols sont classés en 12 ordres:
-Entisols
-Inceptisols
-Mollisols
-Alfisols
-Ultisols (argile, faible teneur en bases, couleurs orange, jaunes, dissolution des oxydes de fer).
-Oxisols (argile de type smectite et kaolinite, lessivage important des nutriments, forte teneur en
fer, aluminium, faible capacité d’échange)
-Vertisols (argile gonflable de type montmorillonite, forte capacité d’échange)
-Aridisols
-Spordosols
-Histisols
-Andisols
-Gelisols
II. Besoins nutritionnels des plantes
II. 1. Facteurs du milieu : Eau, air, lumière (soleil variable selon les plantes ;
photosynthèse et production de matière organique), CO2, oxygène du sol (tableau ;
respiration),

II. 2. Nutriments (majeurs : N, P, K, mineurs : Mg, Ca, S, micro : Mn, Bo, Cu, Fe, Zn, Co,
Mo) ;

II.3. Acidité et cycle de disponibilité des nutriments du sol. (fig),

Les plantes diffèrent considérablement pour leurs besoins en nutriments

(céréales, tubercules, cultures maraichères, légumineuses, fruitiers,
oléagineux, protéagineux, essences, tabac, etc…….)

18
III. Pratiques culturales locales et SUT

III.1. Labour et non labour (semis avec ou sans labour)

III.2. Pesticides et herbicides (synthétiques et bio)
III.3. Engrais naturels (organiques, minéraux et microbes, synthétiques et
fertilisation des sols)
III.4. Agriculture itinérante sur brûlis (traditionnelle et alternatives)
III.5. Rotations culturales et jachères (naturelle et améliorée)
III.6. Association élevage-agriculture (‘Night paddock manure system’)
III.7. Drainage et irrigation
III.8. Culture mixte et monoculture (extensive et intensive)
III.9. Cordons pierreux et conservation des eaux et du sol
III.10. Paillage du sol et semis sur sol nu
III.11. Semis sur couvert végétal et semis direct sans labour
III.12. Agriculture après écobuage et sans

Tableau. Effet de quelques fongicides sur les champignons mycorhiziens (Amaranthus,

2004)

Nom courant Nom commercial CMA CEM

Captan Captan, Orthocide S L

Chroroneb Terraneb SP, Terremec SP L S

Folpet Phaltan

Fosetyl-Al Alliete, Signature N N

Iprodione Chipco 26019 N -

Maneb Maneb, Mancozeb - S

Mancozeb Manzate, Fore - S

Metalaxil-Ridomil Apron/Subdue Maxx L N

Thiram Tersan 75 N S

Thiazole Benomyl, Benlate, Tersan 1991 S L

Triadimefon Bayleton S S

19
2emepartie : Facteurs biologiques et activités des organismes du sol

Chap 3 : Biologie et fonctionnement du sol

I Généralités

L’écosystème sol se manifeste par une incroyable biodiversité (écosystèmes, espèces et

gènes). Il comprend les virus (taille < 0,1 micron), les vers de terre qui peuvent dépasser
10 cm (105 microm). De cette étude sur la biologie du sol nous excluons les rats palmistes
et taupes. Le sol comprend également les racines des plantes, les petits animaux, la faune
du sol, la microflore (microbes). Cette communauté biologique du sol produit de
nombreuses enzymes (intracellulaires et extracellulaires) responsables de la majorité des
transformations et dégradations des cycles biogéochimiques du sol (C, N, P...).

Les principales fonctions et procédés des micro-organismes du sol sont :

-Décomposition des résidus (végétaux, animaux, produits chimiques)

-Libération des nutriments
-Formation de l’humus
-Amélioration de la structure du sol
-Fixation de l’azote (N2) et du carbone (CO2)
-Relations mycorhiziennes
-Pathogènes des végétaux
-Production d’antibiotiques et autres biomolécules
-Bioremédiation
-Recyclage des nutriments (cycles de C, N et P)
-Purification de l’eau)

II Racines végétales, rhizosphère et mycorhizosphère

II-1. Racines végétales et rhizosphère

Les racines des plantes occupent généralement un volume de 1 % mais ce volume peut
atteindre 5 % et plus dans certains cas. Ces racines ont une forte demande en O 2 et
peuvent contribuer pour 30 % de la respiration au sol. Le système racinaire est toujours
associé au sol adjacent qui contient une forte densité microbienne comparée au sol sans
20
racine. Le terme rhizosphère a été introduit par Hiltner en 1904 pour définir cet
espace riche, proche des racines. La rhizosphère est constituée par le volume
du sol exploité par les poils absorbants racinaires et dans lequel ils excrètent
les exsudats. Cette rhizosphère peut être distinguée du sol ordinaire à partir des critères
physiques, chimiques et biologiques. (voir tableau)

Exemple : la croissance des racines modifient la structure physique du sol par ex par
l’ouverture des macropores ce qui augmente l’aération du sol.

Cette croissance peut aussi ouvrir une voie pour l’eau pour les éléments nutritifs ainsi que pour les
microbes et la micro faune. Il y a accumulation de la matière organique et le potentiel hydrique de l’eau est
différent entre la rhizosphère et le reste du sol. La composition chimique de la rhizosphère est différente
de celle du sol surtout à cause de la libération des substances carbonées et des acides aminés par les
racines.

La respiration du blé après 3 semaines de croissance sur sol montre que sur sol non-
stérile, elle est 7 fois celle sur sol stérile.

La plante agit comme une pompe de carbone en fixant le CO2 de l’atmosphère et en

fournissant à la rhizosphère les composés organiques sous forme d’exsudats racinaires. Le
ratio C/N bas est efficace pour la MO décomposition par la biomasse
microbienne détermine largement si l’azote minéral soit ajouté comme fertilisant (ou à
travers la fixation biologique de l’azote) ou la MO minéralisée, sera immobilisé par les
cellules microbiennes, ou libérée pour l’absorption racinaire.

II-2. Mycorhizosphère
Définition : c’est l’espace qui concerne le volume occupé par les hyphes de champignons
mycorhiziens associé à celui des racines végétales. Il peut représenter une zone
d’exploration racinaire avec un volume de 10 à 1.000 fois plus que celui du sol sans
mycorhizes (rhizosphère). Importance pour les cultures et les arbres de la
mycorhizosphère, surtout les plantes avec une dépendance mycorhizienne élevée.

Exemples faire une figure (voir article) : volume d’exploration, acides organiques, et
phosphatases stimulent l’approvisionnement en P disponible pour la plante. La densité
racinaire explique la compétition entre les types de plante, entre racines, microbes et
animaux, si les racines sont mycorhizées ou non-mycorhizées (Bowen, 1973).

21
 II-3. Spermosphère, dryllosphère et phyllosphère sont aussi d’autres écologies
spécifiques des relations semence-sol, vers de terre-sol, feuilles-atmosphère-sol.

III Microorganismes du sol

La biomasse microbienne du sol est la force motrice des écosystèmes terrestres

car c’est-elle qui gouverne le taux de renouvellement (« turn-over ») et de
minéralisation de la matière organique. Elle peut représenter 40 à 200 g/m2, soit 400
kg à 2.000 kg/ha.

L’humus représente 2 à 10% du poids du sol. Un nombre important de micro-organismes

du sol sont attachés aux particules du sol, leur nombre varie avec la disponibilité des
nutriments. Près de 99% des microbes ne peuvent se développer sur un milieu de
laboratoire selon les experts. Un seul gramme de sol de surface pourrait contenir
plusieurs millions de bactéries qui peuvent servir de nourriture aux
protozoaires prédateurs. Les champignons dégradent la MO du sol (décomposeurs)
et servent de liant aux particules de sol pour construire la structure du sol. Ciliés, flagellés
et amibes enlèvent les pellicules d’eau entre les particules du sol et peuvent consommer
les champignons et bactéries (consommateurs). Les algues bleu-vert (cyanobactéries)
qui vivent en surface (sol ou eau) sont des producteurs primaires (photosynthèse).

Récemment des efforts importants ont été réalisés pour la mise au point fiable de la
mesure de ces biomasses microbiennes, de son activité et des nutriments associés.

On considère aussi que la gestion de la matière organique du sol associée à la

réduction des organismes pathogènes et l’augmentation des organismes
bénéfiques constitue l’avenir de la productivité végétale. Les Anglo-Saxons
appelent ‘Integrated Biological Management of Soil Fertility’ (IBMSF).

Tableau 1. Effets de la rhizosphère du blé sur différents groupes microbiens (nombre des
microorganismes par gramme du sol)

Groupe microbien Densité des microbes du sol R/S

(x 103)
Hors rhizosphère Dans rhizosphère
(H) (R)
1-Microflore bactérienne totale 52.000 1.121.000 21,6
2-Champignons 120 1.160 9,6

22
3-Protozoaires 1,0 2,4 2,4

4-Algues 26,9 4,5 0,2

5-Bactéries nitrifiantes 100 100 1,0

6-Bactéries sporulées 575 927 1,6

7-Bactéries cellulolytiques aérobies 2,7 720 266

8-Bactéries cellulolytiques anaérobies 120 9,1 0,08

9-Bactéries anaérobies 33 389 11,8

10-Bactéries ammonifiantes 1.800 100.000 50

11-Bactérie dénitrifiantes 140 12.650 90,4

Tableau 2. Biomasse estimée et production annuelle de la litière d’un sol de forêt tempérée

Groupe Biomasse (Kg MS / ha)

1- Bactéries 36,9

2- Actinomycètes 0,2

3- Champignons 454,0

4- Protozoaires 1,0

5- Nématodes 2,0

6- Vers de terre 12,0

7- Mollusques 5,0

8- Acariens 1,0

9- Collemboles 2,0

10- Diptères 3,0

Total microflore 492,0

Total macro et microfaune 26,0

23
11- Biomasse totale 518,0

Production annuelle de la litière 7640

Le critère retenu dans ce cas est la masse des organismes au lieu du nombre.

Les microorganismes à travers leurs activités sont repartis de manière hétérogène dans le
sol mais sont concentrés dans certains niches écologiques comme la rhizosphère,
mycorhizosphère, agrégats, panse de certains animaux du sol (termites, fourmis, vers).
Moins de 0,5 % des pores du sol sont nécessaires pour l’occupation microbienne. La
densité microbienne du sol varie énormément. Leur concentration est de l’ordre de
(moins de 1. 102 à) 6. 1010 bactéries/g et environ 18 km d’hyphes mycéliens
ont été mesurés dans un cm3 de sol d’une forêt de Pin en Suède. La biomasse
microbienne du sol varie de 300-2240 kg MS/ha dans une série de milieux mesurés par un
chercheur Jenkinson et Ladd (1981). La biomasse microbienne du sol peut
représenter jusqu’à 90% de l’activité biologique d’un sol.

Lorsque on fait 518 = biomasse totale = 6,8

-Il faut environ 6,8% de biomasse microbienne pour avoir une bonne attaque de la litière.

-La teneur en carbone du sol est de 1-4 % et en azote elle est de l’ordre de 2-6 %. ---Le
turn-over est de l’ordre de 0,5-0,9 génération / an.

III-1. Les bactéries du sol

Ce sont surtout les procaryotes unicellulaires 0,7-3 micro m. Il existe au moins 800
espèces connues dans le sol. La plupart des procaryotes sont absorbées aux particules du
sol généralement par échanges ioniques. Le tableau suivant montre les genres majeurs du
sol ainsi que leurs propriétés.

24
 Tableau 3. Bactéries communes du sol et leurs principales caractéristiques

Genre (famille) Gram Forme Mobilité Caractéristiques

Aérobie strictes et anaérobie facultatifs

1- Bacillus (1) + Allongée + (ou -) (spores parfois non déformantes)
2- Clostridium (1) + Allongée + Anaérobie strictes (spores déformantes)

3- Agrobacterium (2) - Allongée + (ou -) Saprophyte ou tumorigènes

4- (Brady) rhizobium (2) - Allongée + (ou -) Aérobie strictes (symbiose avec

ou ovoïde légumineuse)

5- Pseudomonas (3) - Allongée + (ou -) Aérobie, qq spp pigment fluorescents

6- Arthrobacter (4) variable Allongée - Aérobie strictes, morphologies en v des

cellules
7- Nitrosomonas (5) - Allongée + (ou -) Aérobie strictes, substrats azotés NH4+

8- Azotobacter (6) - Ovoïde +(ou -) Aérobies strictes, grosses cellules

levuriformes (3 x 4 U)
9- Achromobacter (7) - ? ? Pas de pigment
10- Micrococcus ( ?) + sphérique - Aérobie strictes, fixe N2 libre atm

Famille Bacillacées, Famille Rhizobiacées, Famille Pseudomonadacées, Famille

Corynebactériacées, Famille Nitrobactériacées, Famille Azotobactériacées, Famille
Achromobactériacées

Le genre Arthrobacter est souvent le + prolifique (X° rapide) ainsi que Pseudomonas et
Bacillus qui sont dominants dans les populations bactériennes du sol et elles sont aussi
très polyphages et multi fonctionnelles.

Les bactéries du sol sont généralement classées anciennement en types

trophiques (producteurs, consommateurs et décomposeurs), ou actuellement
en groupes fonctionnels :
- les décomposeurs (cellulolytiques : Cellulomonas ; les amylolytiques : Bacillus)
- les fixateurs d’azote (Azotobacter, f libre) et Bradyrhizobium , f symbiotique)
- les solubilisateurs de P (Bacillus, Pseudomonas)
- les agents pathogènes (Pseudomonas solanacearum, Erwinia)
- les nitrificateurs (Nitrosomonas, Nitrobacter) et dénitrificateurs : Paracoccus
denitrificans, Pseudomonas

25
- les photosynthétiques (symbiotiques : Nostoc, Anabaena)
- les sulfato-réducteurs :
Les fonctions majeures des bactéries du sol sont :

-disposer des nutriments du sol,

-décomposer la MO et libérer N, P, S,

-fixer l’azote N2 (à l’état libre ou symbiotique) et améliorer la fertilité des sols,

-solubiliser les nutriments (minéraux et colloides) et approvisioner les plantes,

-améliorer la structure en stimulant l’agrégation du sol,

-lutter contre les maladies racinaires des plantes,

-causer les maladies des plantes,

-détoxifier les sols de molécules dangereuses

III-2 Les actinobactéries du sol

Ce sont les bactéries filamenteuses Gram+ possédant un pseudo-mycélium plus petit que
celui de champignon. Ils préfèrent les pH basique, et son généralement
saprophytes et capables de dégrader les polymères récalcitrants comme la
chitine, les celluloses et hémicelluloses à pH élevés. La plupart produisent les
antibiotiques comme métabolites secondaires. Ils sont dominants en conditions
de pH élevés, de stress hydrique important et de températures élevées.
Exemples: Streptomyces et Actinoplanes (saprophytes), Frankia et Nocardia
(symbiotiques).

III-3 Les champignons du sol

En termes de biomasse, ce sont les organismes dominants du sol. Ils sont les
décomposeurs primaires ils attaquent les substrats comme la cellulose, les
hémicelluloses, la lignine en premier lieu et contribuent à la formation de l’humus.
En forêt, ce sont les agents de la pourriture blanche ; leurs hyphes ont un diamètre
de 2 à 10 micromètres ; la paroi est généralement de nature chitineuse ou polysaccharides
sauf chez les Pythiacées (Oomycètes qui ne sont plus considérés comme des

26
champignons, mais des algues) ou c’est la cellulose. Ils sont hétérotrophes et aérobies
stricts (sauf les levures).
Quelques champignons à thalles du sol
1- Mastigomycotina (paroi constituée de cellulose): Pathogènes
2- Zygomycotina (paroi constituée de chitine): Saprophytes
3-Glomeromycota : champignons mycorhiziens arbusculaires Bénéfiques :
Endomycorhizes symbiotiques
4-Ascomycotina (paroi constituée de glucanes+mannanes : levures ; autres
glucanes+chitine): Sordaria, Chaetomium, Trichoderma (cellulolytiques : compost),
Saprophytes et pathogènes
5- Basidiomycotina (paroi constituée de glucanes+chitine): Pisolithus, Rhizopogon,
Scleroderma, Suillus, Laccaria, Boletus, Termitomyces (Bénéfiques : ectomycorhizes
symbiotiques, saprophytes, comestibles, pathogènes).
6- Deuteromycotina (paroi constituée de glucanes+chitine): Cercospora, Penicillium,
Puccinia, Rhizoctonia, Fusarium, Aspergillus, Saprophytes et pathogènes

Parmi les champignons on distingue les décomposeurs ou saprophytes, les parasites ou

pathogènes, les symbiotiques ou mutualistes. Contrairement aux bactéries les
champignons tolèrent mieux les pH acides ainsi que les stress hydriques élevés.

III.11 Caractéristiques générales des champignons

Ecologie : les champignons sont adaptées à une grande diversité de milieux on les
retrouve dans les murs, sur du papier les vêtements les aliments en consommations ou ils
provoquent des altérations graves des graines (Aspergillus flavus produit des aflatoxines).
Ils sont aussi adaptés à diverses écologies exemple mycoses au niveau de la peau,
certains attaque les poumons quelques uns sont pathogènes et d’autres saprophytes tels
que Saccharomyces cerevisiae ou Aspergillus niger sont bénéfiques pour les industries
agroalimentaires. Les symbiotiques mutualistes tels que les champignons mycorhiziens
(Glomus et Gigaspora) sont bénéfiques pour les plantes cultivées et les arbres, les sols et
pour la conservation des écosystèmes. Un champignon saprophyte vivant sur les cadavres
de coléoptères, Cordyceps possède des vertus thérapeutiques et pharmaceutiques utiles
pour les sportifs de haut niveau. Les Oomycètes pathogènes des plantes tels que

27
Phytophthora sont responsables de dégâts importants sur les cultures d’intérêt tels que le
cacaoyer (50% de dégâts : 100-200 milliards/an) et Pythium (pourriture racinaire du
macabo) sur de nombreuses cultures vivrières.

Selon Abigail Jenkins 2005 (USDA). www.agric.nsw.gov.au/reader/soil-biology

Il existe 3 groupes fonctionnels chez les champignons du sol:
-les décomposeurs (saprophytes)
-les symbiotiques mutualistes (champignons mycorhiziens)
-les pathogènes (parasites)
Leurs principales fonctions sont:
-Décomposer la MO (cycle de C : cellulosique, ligneuse ; cycle de N : humus ou cycle de
P : P organique, S),
-Augmenter l’acquisition des nutriments chez les plantes (P, N, eau),
-Améliorer la résilience des plantes (adaptation aux facteurs environnementaux
défavorables : ravageurs, maladies, sècheresse, changements climatiques),
-Provoquer les maladies des cultures et arbres,
-Coloniser les racines des plantes, former les mycorhizes et fournir des services,
-Améliorer la structure du sol (agrégats, rétention de l’eau et drainage)
-Stocker le carbone (glomaline du sol produite par les CMA)

III.12 Comment améliorer la gestion des champignons du sol?

Certaines pratiques favorisent les champignons dans un sol.
-Fournir un environnement hospitalier
-Réduire le labour
-Réduire l’utilisation des fongicides
-Planter les espèces qui favorisent les champignons bénéfiques tels que les mycorhiziens
-Apporter de la MO au sol
III-4. Les algues
Ils sont surtout importants dans les milieux pauvres, en surface dans les écosystèmes
aquatiques où ils représentent l’essentiel de la production primaire.
Chlamydomonas et Chlorella (Protophytes unicellulaire), Anabaena (Cyanobactéries),
Nostoc (Cyanobactéries), Spirulina (Cyanobactéries, produit une biomasse riche en
protéine, se retrouve dans les lacs : Tchad), sont comestibles, interviennent dans la

28
fabrication de cosmétiques. Ils sont surtout intéressants car ils sont photosynthétiques et
généralement fixateurs d’azote.

III-5 Utilisation des microorganismes en biotechnologie

(Nombre d’articles publiés dans le domaine impliquant ces microorganismes).

Tableau récapitulatif.

Utilisation des microorganismes en écologie (tableau)

No Genre A B C G M P W

01 Bacillus 17 97 53 30 1 307 83

02 Clostridium _ 269 204 42 1 14 49

03 Pseudomonas 3 9 44 16 14 57 34

04 Streptomyces 2 96 75 51 6 16 31

05 Candida _ 74 58 29 2 35 57

06 Aspergillus _ 13 20 2 2 132 72

07 Streptomyces _ 15 14 1 2 20 33

08 Thiobacillus _ _ _ _ 42 4 4

A= agriculture et produits chimiques

B= conversion de la biomasse
C= produits chimique et industrie
G= énergie
M= mines
P= production de polymères
W=déchets et dégradation des polymères (poubelles, compost…)

Les chiffres dans ce tableau représentent le nombre d’article publiés impliquant ces
microorganismes.

Saccharomyces transforment facilement les sucres simples en alcool alors Clostridium

produit beaucoup d’alcool.

29
 Lorsqu’on utilise les levures on peut faire qu’ils fermentent ou qu’ils se multiplient.

Conversion de la biomasse c’est la transformation de la biomasse mais pas jusqu’ au

stade minéral.

Aspergillus niger ; très utilisé pour la fabrication des épices (cube magique…) fabrique
les glucoamilase, les graines fabriquent les α amilases indispensables qui ne découpent
pas entièrement l’amidon en sucres simples. Il ya beaucoup d’autres enzymes qui sont
produites et vendues.

Quelques microorganismes cellulolytiques

Champignons : Aspergillus, Chaetonium, Penicillium, Rhizopus, Trichoderma.

Bactéries : Bacillus, Cellulomonas, Corynebacterium, Pseudomonas, Clostridium

Actinomycètes : Nocardia, Micromospora, Streptomyces, Streptosporangium.

Effet du pH et de l’azote sur la dynamique des microbes du sol

NB. Peut-on dire qu’à un pH > 6.5 les actinomycètes augmentent ?

• Comparer les chiffres du tableau 6.

• Comparer le pH.

• Que dire sur l’azote ?

• Pour baisser le rapport C/N, on apporte l’azote ce qui favorise une activité des
bactéries à pH favorable.

Les champignons sont les principaux agents de dégradation de la cellulose dans les
sols humides/forêts (pH 3.8-4.5), alors que les bactéries sont impliqués en zones
semi arides ou le pH est moins acide (6.5-8.5). Mais peu de bactéries sont capables
de dégrader la cellulose. La cellulose est plus rapidement dégradée en culture mixte
par rapport à la culture pure.

IV Faune du sol
On distingue :
- la macrofaune : vers de terres, termites, fourmis, myriapodes.
30
- la microfaune : nématodes
Les nématodes peuvent représenter jusqu’à 0,2 t/ha dans cette faune du sol, les
Oligochètes, vers de terre (Lombricus terrestris : 2,5t/ha au Royaume Unis) Nématodes,
Arthropodes sont majoritaires. Les vers de terre peuvent représenter 80 % de la biomasse
totale du sol. Par leurs activités de transport du sol, de décomposition, de construction de
structure et d’apports de MO, les termites (Cubitermes) sont considérés comme les
« ingénieurs » de l’écosystème sol ou ils conditionnent l’activité et la diversité des autres
espèces (microfaune, microflore).
Actuellement, les vers de terre et, les termites et les nématodes sont les 3 groupes qui
sont intensivement étudiés en Afrique pour leur exploitation en biotechnologies du sol. Les
vers de terre jouent un rôle majeur dans l’écologie du sol (mixage et aération du sol,
décomposition des résidus végétaux, améliorent la structure du sol, augmentent
l’infiltration de l’eau, augmentent la disposition des nutriments, elles interviennent dans les
processus d’humification et de vie biologique du sol. Malgré la mauvaise perception des
paysans sur leur rôle dans les processus de fertilisation des sols tropicaux, on pense aussi
qu’ils favorisent l’activité des microorganismes du sol et donc le recyclage des nutriments
du sol. (voir articles de Lavelle). Les organismes (et enzymes) du sol jouent un rôle
majeur, par exemple les vers de terre. Dans les sols des forêts décidues ayant une teneur
élevée en bases, favorable à l’activité des vers de terre, le flux annuel d’azote à travers les
vers de terre pourrait être plusieurs fois les 30-70 kg. ha-1 contenus dans les feuilles de la
litière. Les vers de terre sont très sensibles à l’acidité. De nombreuses enzymes
extracellulaires sont adsorbées sur les particules de sol et peuvent persister dans le sol.

V Virus du sol
Ce sont les parasites intracellulaires de 0,1-1 micromètre max. On trouve par exemple les
bactériophages, les Actinophages. Certains de ces virus sont pathogènes des plantes : ce
sont les phytovirus ; d’autres sont des pathogènes d’insectes et peuvent être exploités
dans le cadre d’une lutte biologique comme insecticides certains peuvent causer des
pertes sur les cultures des légumineuses où les bactériophages parasitent les Rhizobium
par exemple. Leur rôle est utile dans la régulation des populations bactériennes du sol
mais ils ont été très peu étudiés.

31
VI Interrelations écologiques

Agricultural microbiology is a branch of microbiology dealing with plant-associated

microbes and plant and animal diseases. It also deals with the microbiology of soil
fertility, such as microbial degradation of organic matter and soil nutrient
transformations.

Tableau. Diversité des types de relations entre organismes

Association Espèce A Espèce B
1-Mutualisme + +
2-Proto coopération + +
3-Commensalisme - +
4-Parasitisme X +
Les participants de la symbiose peuvent tirer un bénéfice, une destruction ou aucun de
l’association. + : bénéfice, x : destruction, - : aucun

Protocooperation is where two species interact with each other beneficially; they have
no need to interact with each other - they interact purely for the gain that they receive
from doing this. It is not at all necessary for protocooperation to occur; growth and
survival is possible in the absence of the interaction. The interaction that occurs can be
between different kingdoms.

VI-1.Symbiose mutualiste
VI-11. Interactions entre micro-organismes
Micro-organismes Micro-organismes Type de relation
1-Champignons -Algue bleu verte -Mutualisme (lichen)
2-Amibes et Flagellés -Archea, méthanogènes -Mutualisme

Syntrophie entre le champignon Mucor ramannianus et la levure Rhodotorula dépend de la

présence de vitamine B1 (thiamine) dans le milieu nutritionnel. Le 1er organisme
synthétise le composé pyrimidine. Pendant la culture des 2 organismes ensembles, chacun
excrète une partie et les besoins en vitamines des deux sont satisfaits. Ectosymbiose :
exemple des lichens (champignon-algue verte ou champignon-cyanobactérie)
Commensalisme
32
Dans la production de fromage à partir de laits caillés naturels (fermentation lactique)
champignon et une bactérie sont impliqués. L’association est avantageuse seulement pour
la bactérie. Le champignon oxyde l’acide présent dans le caillé, le rendant habitable pour
la bactérie.

VI-12. Interactions micro-organismes et plantes

La rhizosphère et son effet sur la microflore et les plantes. Quels sont les bénéfices pour
les plantes ?

Micro-organismes Plantes Type de relation

1-Bactérie fixatrice d’azote -Légumineuses -Mutualisme
2-Champignons mycorhiziens -Divers -Mutualisme
3-Agrobacterium tumefaciens -Divers -Parasitisme (Galle du collet)
4-Acremomium (champignon)* -Poacées (Stipa robusta) -Mutualisme
*Produit des alcaloïdes anti herbivores (‘sleepy grass’)
Ex1 Les associations microbes-Poacées (Azotobacter paspali-Paspalum notatum ;
Azospirillum-Zea mays).
Ex2 Les associations symbiotiques entre les racines de la plupart des plantes
avec des champignons mycorhiziens(plus de 90%). De nombreux champignons,
même les Basidiomycotina peuvent pénétrer les racines, stimuler leur croissance. Les
mycologues connaissent les champignons comestibles qui vivent à proximité de certains
arbres.
Ex3 Les associations symbiotiques entre plantes et bactéries endosymbiotiques
sont bien connues. Dans le cas des rhizobia avec les Légumineuses(12-15 milles
especes), on observe la formation de nodosités qui représentent une structure
différenciée.
Ex 4 Les maladies microbiennes des plantes ,les animaux et les humains aussi
(viroses, bactérioses et mycoses).

-Symbioses et biofertilisants (FBA :150.10 EX/6 t/an, apport en azote ; Mycorhizes :

arbusculaires ; ectomycorhizes : apport en N et P ;ectomycorhyses ) : avantages
nutritionnels (azote, décomposition de la MO, approvisionnement en nutriments basiques

33
ou facteurs de croissance), fonction de reconnaissance (symbiose poisson-bactérie
luminescente), protection (ecto ou endosymbiose).

Tableau. Interactions bénéfiques majeures entre microbes et plantes

Avantages de la plante Avantages du microbe
Légumineuses Rhizobia
1-Azote fixé 1-Habitat sans compétition
2-Approvisionnement direct en C
photosynthétique
Plante Champignon mycorhizien
1-Augmentation de l’absorption des nutriments 1-Habitat sans compétition
2-Accès aux sources organiques de 2-Approvisionnement direct en C
nutriments(ecto) photosynthétique sauf orchidées (inverse)
3-Augmentation de la taille et longévité des
radicules
4-Protection contre les pathogènes
5-Amélioration des relations hydriques

Exple de type de symbioses mutualistes et benefices apportes

Par ces microorganismes
VI-13. Interactions micro-organismes et animaux
Le nombre d’associations entre microbes et animaux est immense. La symbiose du rumen
des ruminants est un cas ou les avantages des 2 partenaires sont évidents. Plusieurs
insectes possèdent des ciliés, des levures et des bactéries comme symbiotes dans le tract
intestinal. Par exemple, les termites lignivores. Les symbiontes développent des fonctions
digestives ou fournissent des nutriments nécessaires (stéroïdes, vitamines, acides aminés).
La bioluminescence est un autre exemple ou un organisme marin (Poisson) ou un insecte
est associé à une bactérie Gram-anaérobie facultatif Photobacterium fisheri (halophile
produisant la luciférase) et Beneckea.

34
Tableau. Diversité des interactions entre micro-organismes et animaux
Micro-organismes Animaux Type de relation
1-Bactéries anaérobies -Ruminants -Mutualisme
2-Protozoaires flagellés -Termites -Mutualisme
3-Bactéries oxydantes du soufre -Ver marin (Riftia) -Mutualisme
4-Bactérie luminescente -Poisson, mollusques -Mutualisme
5-Bactérie et levure -Oiseau (Guide miel) -Mutualisme
(Micrococcus et C albicans)
6-Champignon -Fourmis (coupeuse de feuilles) -Proto coopération
7-Bactéries résidentes (peau, -Humains -Commensalisme
intestin, organes génitaux)

VI-14. Interactions plante/animal

VI-15. Interactions complexes (Interrelations entre espèces)

Exemple des vers de terre à turricules, des protozoaires, des cellules microbiennes
diverses. Les microarthropodes se nourrissent de champignons forestiers mycorhiziens,
dans les déchets fécaux des animaux du sol. Les nématodes et protozoaires
bactériophages et bactéries.
Il existe un nombre d’interaction possibles entre espèces : le neutralisme, la
coopération, le commensalisme, la compétition, la symbiose, l’amensalisme, le
parasitisme et la prédation.
A cause de ces interrelations, l’introduction d’un organisme étranger dans un
environnement comme le sol aboutit rarement à son implantation du fait de la
compétition et de la résilience. Cela montre bien que l’habitat peut être défavorable
au développement de ce microorganisme non natif de ce sol.

VI-2 Antagonisme entre organismes du sol (prédation, parasitisme)

35
Tableau. Maladies microbiennes (interactions délétères entre microbes) des plantes
Agent causal Microbe Hôte Maladie
1-Phytophthora megakarya -Oomycète 1. Cacaoyer .Pourriture des cabosses
2-Fusarium oxysporum -Champignon 2. Palmier à huile .Fusariose du cœur
3-Pythium myriotylum -Oomycète 3. Macabo .Pourriture racinaire
4-Erwinia amylovora -Bactérie 4. Fruitiers .Feu bactérien des fruitiers
5-Ralstonia solanacearum -Bactérie 5. Tomate .Flétrissement des solanacées
6-Agrobacterium tumefacien -Bactérie 6. Varié .Galle (tumeur) au collet du rosier
7-PSTV -Viroïde 7. Pomme de t .Viroses de la Pomme de terre
8-ACMV -Virus 8. Manioc .Mosaïque Africaine du Manioc
9-GRCV -Virus 9. Arachide .Rosette de l’arachide

VII Microflore spécifique chez les humains

1. Indigenous Microflora or Indigenous Microbiota • “normal Flora” • Includes all the

microbes (bacteria, fungi, protozoa and viruses) that reside on or within that
person.
2. Microbial antagonism • “microbes versus microbes” • Our indigenous microflora
serve a beneficial role by preventing other microbes from becoming established in
or colonizing a particular anatomic location • Microbial antagonism is a property
that enables a microorganism to kill, injure or slow down the growth of a different
microorganism.
3. Bacterial flora benefits the microbial antagonism host. It does this by preventing
overgrowth of harmful organisms.
4. Opportunistic Pathogen • an organism that exists harmlessly as part of the normal
human body environment and does not become a health threat until the body's
immune system fails. • Organisms that are hanging around, waiting for the
opportunity to cause infections

VIII Compétitions entre organismes du sol

Compétition microbienne
La population la plus compétitive est celle qui sera capable de maintenir un taux de croissance
élevé dans les conditions de sol. Cela dépendra de 2 facteurs. Le taux de croissance spécifique
maximal (umax) et la constante de Michaelis (k) de l’organisme/population. La concentration en
substrat à laquelle la moitié du taux de croissance spécifique est atteint (voir 2 figures).
Figure : Variation de la cinétique de croissance de la population selon Michaelis-Menten de 2
populations d’organismes du sol (X et Y) en compétition pour le substrat S

36
a-La population X a un taux de croissance spécifique plus élevé que celui de la population Y
quelque soit la concentration en substrat.
b-La population X a un taux de croissance maximum spécifique plus élevé que celui de la
population Y. La population Y a une constante de Michaelis relativement plus faible que
celui de la population X, surtout à faible concentration en substrat, la population Y produit
une croissance spécifique plus élevée que celle de la population X. Ce concept est d’une
importance fondamentale en écologie microbienne du sol, car il y’a rarement des fortes
concentrations en substrat dans le sol.
Les résultats obtenus en culture au laboratoire (absence de nutriments) où il
y’a souvent de fortes concentrations en substrats pourraient être trompeurs si
ils sont directement extrapolés au système sol pour toutes les
conditions.(facteur de l’environnement très variable)
La population autochtone est souvent indigène ou native, persiste activement dans le sol
pour de longues périodes. Elle a une faible umax et une très faible constante de Michaelis.
La population zymogène ou introduite n’est pas souvent un important élément de la
communauté du sol en conditions normales, mais prolifère quand on introduit des
quantités considérables de substrats tels que les résidus végétaux ou animaux dans le sol.

Stratégie r et K, microbes et organismes supérieurs du sol

-Stratégie K sont les populations ou espèces vivants proches des conditions des capacités
naturelles de l’environnement sol, sont analogues aux populations autochtones
-Stratégie r sont analogues aux populations zymogènes, qui fournissent une prolifération
rapide en réponse à une abondance de ressource/substrat, sont analogues aux
zymogènes.
Mais, l’on ne doit pas toujours considérer un seul critère de compétitivité, la stratégie r et
K chez les organismes supérieurs, mais pour les microbes, les courbes de croissance et les
interactions de Michaelis-Menten.

IX Initiation aux méthodes d’étude des organismes du sol

(Architecture racinaire, colonisation mycorhizienne, fixation de l’azote atmosphérique,
physiologie et métabolisme des racines, dénombrement, macrofaune du sol, activité et
biomasse microbienne, enzymes du sol).

37
L’écologie microbienne se heurte souvent à des problèmes méthodologiques car il est très
difficile d’évaluer l’activité des organismes du sol. La technique traditionnelle de la
numération est généralement insuffisante pour réaliser des études approfondies.

38
Methods in Soil Microbiology

1-Sampling problems

The main sampling problems in soil microbiology are usually a result of the complexity of
the medium being sampled. If the type of method being used requires a "generalized"
sample of the soil, the problem is to determine what soil horizons to sample, how many
samples to take (to estimate variability), exactly where to take the samples (to determine
spatial variation), how often to take the samples (to determine temporal variation) and
what size of samples should be used. These are often interrelated problems - e.g. a larger
sample subdivided into smaller ones after mixing is different to many small independent
samples. The first will show experimental or procedural error, while the second will show a
combination of procedural error plus natural field variation.

2-Classification of the methods used in microbial ecology

1. Detection of growth habit, form and pattern arrangement in soil

2. Isolation of specific groups of microorganisms or entire microbiota
3. Detection and measurement of activities in soil
4. Measurement of biomass

2.1. Detection of growth habit, form and pattern or arrangement in soil

2.2. Isolation of specific groups of microorganisms or entire microbiota

• Elective culture methods

• Selective culture and media
• Non-selective media and methods

3. Detection and measurement of activities in soil

General activity measurements

• Respiration measurements (oxygen uptake or carbon dioxide evolution)

• Cell division rate
• Mycelial extension
• Enzyme activity or content
• Substrate utilization rate
• Product accumulation rate

4.Measurement of Microbial Biomass

A measure of the total microbial biomass in soils is often required when studying
productivity or fertility of soils. Sometime the biomass of specific parts of the microbiota is
require - for example fungal biomass versus bacterial biomass. If possible, the method
should yield results comparable to the results used for plant and animal determinations so
that the overall cycling of material in the system can be compared. Early methods for
39
biomass determination relied on counting microbial propagules and other cells directly by
microscopy or by viable plate counting and converting these to biomass via some
conversion factor. More recently, newer methods have been developed that use measures
of components of all cells (e.g. ATP) to estimate biomass.

These methods include:

1. Soil fumigation method - A sample of soil is sieved and placed in a container and
CO2 output measured over 20 days. There is typically a period of very rapid respiration
followed by a much lower but stable respiration rate. If the organisms are killed by
fumigation with chloroform, this initial flush of activity does not occur and the cells are
killed. If the chloroform is removed there will be bigger flush or rapid respiration because
dead microbial cells will contribute to the total substrates available (they were killed by the
chloroform treatment). The difference between the normal rapid respiration and the
greater amount after chloroform treatment is due to the amount of microbial biomass
originally in the system.

2. Determination of ATP content of soils - ATP is extracted from the cells in the soil
and measured by its reaction with the enzyme system luciferin + luciferinase. The enzyme
luciferinase is extracted from firefly tails and emits light when ATP reacts with its substrate
luciferin. The emitted light is measured in a scintillation counter. Specific machinery is
available for this ATP determination that integrates the reaction/enzyme/substrate system
into one vial of dedicated small scintillation counter.
The amount of ATP per gram a cell material varies, but averages 10.0 moles g-1resting
biomass. It has been proposed that the ratio of ATP to biomass C content is 1:120 in soil
samples and this is very close to the ratio in exponentially growing microorganisms and
eucaryotic cells.

3. Determination of cell wall components of bacteria - Bacteria contain specific cell

wall components such as muramic acid that can be released by acid hydolysis and
analyzed by High Pressure Liquid Chromatography (HPLC). The amounts of muramic acid
in bacterial cell walls varies depending on whether the cells are gram negative or gram
positive (12 g mg-1 average in Gram negative and 44 g mg-1in Gram positive cells). Thus,
unless the proportion of Gram positive to Gram negative cells is known, this technique has
serious limitations. Bacterial spores also contain up to 4 times the normal levels of
muramic acid.

4. Dilution plate counts and direct microscopical counting - Dilution plates usually
only are able to culture between 1 and 10% of the viable organisms in soil samples. Direct
microscopic observation methods (FITC, acridine orange staining, etc.) usually
overestimate the number of cells because they include dead organisms or other particles
in their count.

40
Microbial Ecology in 38 points
5. 1. • it is the scientific study of interactions among organisms and their environment, such as
the interactions organisms have with each other and with their abiotic environment.
6. 2. and how microbes interact with the non- living world around themhow microbes
interact with organisms other than microbes how microbes interact with other microbes •
Is the study of numerous interrelationships between microorganisms and the world around
them;
7. 3. (Symbiotic Relationship) • Is defined as the living together in more or less intimate
association or close union of two dissimilar organisms • The organisms that live together in
such relationship are called Symbionts.
8. 4. Neutralism • Is used to describe a symbiotic relationship in which neither symbionts is
affected by the relationship. • Reflects a situation in which different microorganisms occupy
the same ecological niche but have absolutely no effect on each other.
9. 5. Commensalism • an association between two organisms in which one benefits and the
other derives neither benefit nor harm. • Ex. Human and indigenous Microflora
10. 6. • symbiotic relationship between individuals of different species in which both individuals
benefit from the association. • In this type of symbiosis, both organisms of different species
rely on one another for nutrients, protection and other life functions, hence, they are usually
found living in close proximity.
11. 7. • Example: Eschericha coli, which obtains nutrients from food materials ingested by the
host and produces vitamins (such as Vitamin K) which are used by the host.
12. 8. Parasitism • parasitism, relationship between two species of plants or animals in which
one benefits at the expense of the other, sometimes without killing it.
13. 9. Synergism (Synergetic Infection) • the interaction or cooperation of two or more
organizations, substances, or other agents to produce a combined effect greater than the sum
of their separate effects.
14. 10. Indigenous Microflora of Humans
15. 11. Indigenous Microflora or Indigenous Microbiota • “normal Flora” • Includes all the
microbes (bacteria, fungi, protozoa and viruses) that reside on or within that person.
16. 12. • It has been estimated that our bodies are composed of about 10 trillion cells (including
nerve cells, muscle cells, epithelial cells, etc.), and that we have about 10 times that many
microbes that live on and within our bodies (10x10 trillion = 100 trillion) • It has also been
estimated that our indigenous microflora is composed of between 500 and 1000 different
species.
17. 13. Eyes and Ears Skin Mouth and upper Respiratory tract Gastrointestinal tract
Genitourinary tract (vagina, urethra)
18. 14. Microflora of the skin
19. 15. • The resident microflora of the skin consists primarily of bacteria and fungi –
approximately 30 different types. • The most common bacteria on the skin are species of: -
Staphylococcus, - Micrococcus, -Corynebacterium, - Propionibacterium,-P.acnes- causes
acne. -Brevibacterium, -and Acinetobacter.
20. 16. • • • • • • • • • • • • Staphylococcus aureus Acinetobacter spp Bacillus spp Candida
albicans Corynebacterium spp Corynebacterium parvum Demodex folliculorum
Enterobacter cloacae Epidermophyton floccosum Micrococcus spp Micrococcus luteus
Mycobacterium spp • • • • • • • • • • • • Neisseria spp Peptostreptococcus spp Malassezia
ovale Propionibacterium spp Propionibacterium acnes Pseudomonas aeruginosa Sarcina spp
Staphylococcus aureus Staphylococcus epidermidis Staphylococcus haemolyticus
Streptococcus viridans Trichophyton spp
21. 17. Microflora of the eyes and ears
22. 18. Microflora in the Gastrointetinal Tract

41
23. 19. Binomial name Location Achromobacter spp Acidaminococcus fermentans
Acinetobacter calcoaceticus Actinomyces spp Actinomyces viscosus Actinomyces
naeslundii Aeromonas spp Aggregatibacter actinomycetemcomitans Anaerobiospirillum spp
Alcaligenes faecalis Arachnia propionica Bacillus spp Bacteroides spp Bacteroides
gingivalis Bacteroides fragilis Bacteroides intermedius Bacteroides melaninogenicus Large
intestine, small intestine (Ileon) Large intestine Large intestine Amygdala Mouth Mouth
Large intestine, small intestine (Ileon) Mouth Feces Large intestine, small intestine (Ileon)
Mouth Large intestine Mouth, amygdala Mouth General distribution Mouth Mouth, feces
Bacteroides pneumosintes Pharynx
24. 20. Microflora in the Respiratory Tract
25. 21. Binomial name Acinetobacter spp Burkholderia cepacia complex Campylobacter
sputorum Candida albicans Cardiobacterium spp Chlamydophila pneumoniae Citrobacter
freundii Eikenella corrodens Haemophilus spp Haemophilus parainfluenzae Haemophilus
paraphrophilus Kingella spp Kingella kingae Moraxella spp Moraxella catarrhalis
Mycoplasma orale Mycoplasma pneumoniae Neisseria spp Neisseria cinerea Neisseria
elongata Location Nasopharynx Lung Nasopharynx Pharynx Nose Lung Throat General
distribution Nasopharynx Pharynx Pharynx Upper respiratory Tract Upper respiratory Tract
Nasopharynx Nasopharynx Oropharynx Respiratory epithelium Nasopharynx Nasopharynx
Pharynx
26. 22. Microflora in the Genitourinary Tract
27. 23. Binomial name Acinetobacter spp Bacteroides spp Bifidobacterium spp Location
Anterior urethra, vagina External genitalia Vagina Candida albicans Anterior urethra,
external genitalia, vagina Chlamydia trachomatis Urethra, vagina, fallopian tubes, prostate
gland Clostridiums pp Vagina Corynebacterium spp Anterior urethra, external genitalia,
vagina Enterobacteriaceae Anterior urethra, external genitalia, vagina Neisseria gonorrhoeae
Urethra, vagina, prostate gland Streptococcus viridans Anterior urethra, external genitalia,
vagina Eikenella corrodens Streptococcus anginosus Staphylococcus aureus Gardnerella
vaginalis Mycoplasma hominis Mobiluncus curtisii Mobiluncus mulieris General
distribution General distribution Perineum Female reproductive system Cervix, vagina
Vagina Vagina
28. 24. • Genitourinary infections fall into two main categories: (1) primary infections due to
sexually transmitted pathogenic microorganisms and (2) infections due to members of the
resident flora. Genital infections are uncommon in children and increase dramatically in
sexually active adults, in whom sexually transmitted diseases are the second most prevalent
group of reportable communicable illness in North America. Sexually transmitted pathogens
include parasites (Trichomonas vaginalis), bacteria (Treponema pallidum, Neisseria
gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis, Haemophilus ducreyi), and viruses (Herpes simplex
virus, human papillomavirus, human immunodeficiency virus). Genital infections due to the
fungus Candida albicans or to members of the endogenous bacterial flora (Bacteroides
fragilis and members of the family Enterobacteriaceae) are not known to be sexually
transmitted. Bacterial vaginosis occurs when the balance of vaginal flora is upset.
29. 25. • The urinary tract and urine are normally sterile. Numerous mechanical and biologic
processes ensure that microorganisms do not enter the urinary tract. Women are more
susceptible to urinary infections because the female urethra is short and because the area
around the urethral opening is colonized with potential pathogens (e.g. E coli and E
faecalis).
30. 26. BENEFICIAL EFFECTS OF INDIGENOUS FLORA
31. 27. Microbial antagonism • “microbes versus microbes” • Our indigenous microflora serve a
beneficial role by preventing other microbes from becoming established in or colonizing a
particular anatomic location • Microbial antagonism is a property that enables a
microorganism to kill, injure or slow down the growth of a different microorganism.

42
 Bacterial flora benefits the microbial antagonism host. It does this by preventing overgrowth
of harmful organisms.
32. 28. Opportunistic Pathogen • an organism that exists harmlessly as part of the normal human
body environment and does not become a health threat until the body's immune system fails.
• Organisms that are hanging around, waiting for the opportunity to cause infections
33. 29. • Agricultural microbiology is a branch of microbiology dealing with plant-associated
microbes and plant and animal diseases. It also deals with the microbiology of soil fertility,
such as microbial degradation of organic matter and soil nutrient transformations.
34. 30. Microbes and the Cycles of Elements of Life
35. 31. The Nitrogen Cycle
36. 32. CO2 Cycle
37. 33. Soil Microorganisms
38. 34. Bacteria • more dominant group of microorganisms in the soil and equal to one half of
the microbial biomass in soil. Population 100,000 to several hundred millions for gram of
soil Autochthnous - Zymogenous groups. Majority are Heterotrophs. (Common soil bacteria
- Arthrobacter, Bacillus, Clostridium, Micrococcus).
39. 35. • - intermediate group between bacteria and fungi. Numerous and widely distributed in
soil. Abundance is next to bacteria. 104 - 108/g soil. 70% of soil actinomycetes are
Streptomyces. Many of them are known to produce antibiotics. Population increases with
depth of soil.
40. 36. Fungi • More numerous in surface layers of wellaerated and cultivated soils-dominant in
acid soils. Common genera in soil are Aspergillus, Mucor, Penicillium Trichoderma,
Alternaria, Rhizopus. Algae – found in most of the soils in number ranges from 100 to
10,000 per g
41. 37. • Protozoa: Unicellular – population ranges from 10,000 to 100,000 per g of soil. Most
of the soil forms are flagellates, amoebae or ciliates. Derive their nutrition by devouring soil
bacteria. Abundant in upper larger of the soil. They are regulating the biological equilibrium
in soil.
42. 38. Importance of soil microorganisms • Involved in nutrient transformation process •
Decomposition of resistant components of plant and animal tissue • Role in microbial
antagonism • Participate in humus formation • Predator to nematodes • Surface blooming
reduces erosion losses • Improves soil structure • Maintenance of biological equilibrium •

43
TD 1 Définition des termes utilisés en écologie microbienne

1-Fondamentaux

-Ecologie microbienne :
-Espèces :
-Populations :
-Ecosystèmes :
-microécologie :
-Biotope :
-Biocénose :
-Microbiocénose :
-Homéostasie :
-‘Feedback positif’ :
-‘Feedback négatif’ :
-Polluant :
-Contaminant :
-Biofilm :
-Phyllosphère :
-Rhizosphère :
-Rhizoplane :

-Mycorhizosphère :

Dryllosphere :

2-Rôle des microorganismes dans l’écosystème

-Producteurs primaires : organismes qui réalisent la synthèse de la MO

à partir do CO2 et d’autres composés inorganiques (eau, sels minéraux)

-Décomposeurs : organismes qui transforment par dégradation la MO

accumulée pour produire des composés plus simples et fournir de
l’énergie.
44
-‘Microbial loop’ : organismes qui jouent des rôles multiples et
superposés, par exemple dans le recyclage des nutriments et la chaine
alimentaire.

3-Recyclage biogéochimique des nutriments

-Atmosphère :
-Hydrosphère :
-Lithosphère :
-Biosphère :

4-Initiation aux méthodes d’étude en écologie microbienne

-Morphologie :
-Activité :
-Isolement :
-Viabilité :
-Croissance :
-Identification :
-Biodiversité :

5-Interactions avec les microorganismes

-Coopération :
-Compétition :
-Commensalisme :
-Mutualisme :
-Parasitisme :
-Prédation :

45
Méthodes dans la microbiologie du sol
1- problèmes l'échantillonnage
Les problèmes de l'échantillonnage principaux dans la microbiologie du sol sont habituellement un
résultat de la complexité du moyen qui est goûtée. Si le type de méthode qui est utilisée exige un
échantillon "généralisé" du sol, le problème est déterminer quels horizons du sol préléver, combien
d'échantillons prendre (estimer la variabilité), exactement où prendre les échantillons (déterminer
la variation spatiale), tous les combien prendre les échantillons (déterminer la variation temporelle)
et quelle dimension d'échantillons devraient être utilisées. Ceux-ci sont souvent mis en corrélation
des problèmes - ex. un plus grand échantillon subdivisé dans plus petits après avoir mélangé est
différent à beaucoup de petits échantillons indépendants. Les premiers montreront l'erreur
expérimentale ou de procédure, pendant que les deuxièmes montreront une combinaison d'erreur
de procédure plus variation de champ naturelle.

2-classification des méthodes utilisées dans l’écologie microbienne

• "détection d'habitude (type) de croissance, forme et arrangement du modèle dans le sol
• "Isolement de groupes spécifiques de micro-organismes ou microbiome entiers
• "détection et mesure d'activités dans le sol
• "Mesure de biomasse microbienne
2.1. Découverte d'habitude de l'augmentation, forme et modèle ou arrangement dans le sol
2.2. Isolement de groupes spécifiques de micro-organismes ou microbiota entiers
*méthodes de la culture électives
"culture et milieu Sélectif
"milieu Non-sélectifs et méthodes
3. Découverte et mesure d'activités dans le sol
• mesures d'activité générales
• mesure de la Respiration (compréhension de l'oxygène ou évolution du bioxide du carbone)
• taux de la division Cellulaire"
• extension Mycélienne (masse dans les milieux liquides et longueur dans les solides)
• activité de l'Enzyme ou sa quantité
• taux de transformation du substrat
• taux de l'accumulation du Produit

4.Mesure de la Biomasse Microbienne

Une mesure de la biomasse microbienne totale dans les sols est souvent exigée quand on veut
étudier la productivité ou la fertilité du sols. Un jour la biomasse de parties spécifiques du
microbiota est exiger - par exemple biomasse fongique contre biomasse bactérienne. Si possible,
la méthode devrait céder des résultats comparables aux résultats usagé pour plante et
déterminations animales afin que le cyclisme total de matière dans le système puisse être
comparé. Tôt les méthodes pour détermination de la biomasse ont compté en comptant
directement des propagules microbiens et d'autres cellules par microscopie ou par compte de la
plaque viable et convertir ceux-ci en biomasse par quelque facteur de la conversion. Plus
récemment, les plus nouvelles méthodes ont été développées qu'utilise mesure de composants de
toutes les cellules (ex. ATP) pour estimer la biomasse.
Ces méthodes incluent:1. Souillez la méthode de la fumigation - UN échantillon de sol est tamisé
et a placé dans un récipient et la production CO2 a mesuré plus de 20 jours. Il y a typiquement une
46
période de respiration très rapide suivie par un taux de la respiration beaucoup inférieur mais
stable. Si les organismes sont tués par fumigation avec chloroforme, ce rougeoiement initial
d'activité ne se produit pas et les cellules sont tuées. Si le chloroforme est enlevé il ayez-y plus
grand rougeoiement ou respiration rapide parce que les cellules microbiennes mortes
contribueront au substrates total disponible (ils ont été tués par le traitement du chloroforme). La
différence entre la respiration rapide normale et le plus grand montant après que le traitement du
chloroforme soit originairement dû au montant de biomasse microbienne dans le système.

2. Détermination de contenu ATP de sols - ATP est extrait des cellules dans le sol et a mesuré par
sa réaction avec le luciferin du système de l'enzyme + luciferinase. Le luciferinase de l'enzyme est
extrait de queues de la luciole et émet lumière quand ATP réagit avec son luciferin du substrate.
La lumière émise est mesurée dans un comptoir du scintillement. La machinerie spécifique est
disponible pour cette détermination ATP qui intègre la réaction / système d'enzyme / substrate
dans une fiole de petit comptoir du scintillement dédié. Le montant d'ATP par gramme une
matière cellulaire varie, mais moyennes 10.0 biomasse du g-1resting des taupes. Il a été proposé
que le ratio d'ATP à la biomasse le contenu C est 1:120 dans les échantillons du sol et c'est très
près du ratio dans exponentiellement micro-organismes croissants et cellules de l'eucaryotic.

3. Détermination de composants de mur cellulaires de bactéries - les Bactéries contiennent des

composants de mur cellulaires spécifiques tels qu'acide du muramic qui peut être publié par
hydolysis acide et être analysé par Haute Pression Chromatographie Liquide (HPLC). Les
montants d'acide du muramic dans les murs cellulaires bactériens varient selon si les cellules sont
gramme négative ou gramme positif (12 g mg-1 moyenne dans Gramme négative et 44 g mg-1in
Gramme cellules positives). Donc, à moins que la proportion de Gramme positif à Gramme les
cellules négatives sont sues, cette technique a des limitations sérieuses. Les spores bactériennes
contiennent aussi jusqu'à 4 fois les niveaux normaux d'acide du muramic.
4. Comptes de la plaque de la dilution et compte microscopique direct - la Dilution plaque
habituellement seulement est capable de faire une culture entre 1 et 10% des organismes viables
dans les échantillons du sol. Les méthodes de l'observation microscopiques directes (FITC,
acridine teinture orange, etc.) surestiment habituellement le nombre de cellules parce qu'ils
incluent des organismes morts ou d'autres particules dans leur compte.

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48