07/09/2022

Biochimie = Chimie biologique

UE Biochimie – Biologie Moléculaire Les organismes vivants sont constitués d’eau + molécules organiques.

Pour l’essentiel, chimie du carbone + hydrogène + oxygène

A. Galmiche, 2022 Ces 3 atomes représentent 96% du poids du corps humain (incluant H2O)

Molécules organiques sont définies par leur squelette carboné

Des petites molécules constitutives -> polymères

Les petites molécules = oses

Les petites molécules = acides aminés
Oses = sucres: molécules de 3 à 7C
Rôle essentiel dans l’energétique cellulaire

Trioses: des acteurs du métabolisme

Constitutifs des protéines cellulaires, qui sont les éléments
Pentoses: ribose (acides nucléiques)
structuraux du vivant
Hexoses: glucose, fructose, galactose: substrats alimentaires
20 AA utilisés

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Les petites molécules = nucléotides

Les petites molécules = acides gras

Constitutifs des acides nucléiques (ADN ou ARN)

Seuls ou forme liée avec d’autres molécules
1 phosphate
COOH
Constitutifs des membranes cellulaires + 1 sucre (ribose ou forme désoxy)
+ une forme de réserve de l’énergie + 1 base azotée

Acide stéarique
= C18

glucose Acides gras Energétique cellulaire, métabolisme

Acides aminés nucléotides

Petites Molécules

Anabolisme Catabolisme
Maintenance tissus Digestion
utilise énergie Production d’énergie

Macromolécules
protéines Acides nucléiques

glycogène triglycérides

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La Biologie moléculaire
Des facilitateurs des réactions chimiques = les enzymes

Réplication

Généralement protéines
Principes de cinétique enzymatique

Transcription
Traduction

Régulation de l’expression des gènes

Les techniques de Biologie moléculaire

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Liste des enseignements

Acides aminés Peptides et protéines / Pr Antoine Galmiche (6h)

Glucides / Dr Romuald Mentaverri (6h)
Lipides / Dr Agnès Boullier (6h)
Enzymes / Pr Said Kamel (2h) Acides aminés, peptides
Biologie moléculaire / Pr Said Kamel (6h) + Antoine Galmiche (6h) et protéines
Métabolisme / Dr Boullier (6h)

4 intervenants
38h de cours magistraux = 4 ECTS

Les acides aminés

Acides aminés, Peptides et protéines: 3 cours

1. Introduction et généralités sur les acides aminés

1. Les acides aminés
2. Structure et classification des acides aminés protéogènes
2. Peptides et Protéines
3. Propriétés physicochimiques générales des acides aminés,
3. Techniques d’étude des protéines et du protéome Techniques d’étude des acides aminés

4. Quelques dérivés d’acides aminés

5. Métabolisme des acides aminés

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Structure générique des acides aminés

Les différents rôles des acides aminés

Chaine latérale
structural: 20 acides aminés naturels entrant dans la composition des
protéines

métabolique: transport et élimination de l’azote sous forme d’urée

+ Métabolisme énergétique (cycle de Krebs)

médiateurs / neurotransmetteurs: par exemple dans le SNC, amines

Fonction amine Fonction acide carboxylique
biogènes

Les 20 acides aminés protéogènes Nomenclature

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Les acides aminés chez l’homme et la plante

Ex. application de cette nomenclature Les végétaux sont capables de fixer

l’azote: produisent ammoniac ->
Mucoviscidose acides aminés
Mutation ∆F508 du gène CFTR Chez l’homme, acides aminés
= une délétion d’un AA qui est une phenylalanine viennent surtout de l’alimentation

Cancers: mélanome malin

Mutation BRAF V600E
Remplacement d’une valine par un acide glutamique 8 AA sont strictement essentiels:
Valine, leucine, isoleucine, Phénylalanine, Tryptophane, Thréonine, Lysine,
Méthionine

D’autres éventuellement requis: glutamine, arginine et histidine, selon les

situations physiologiques / pathologiques rencontrées

Classification
« structurale » des
acides aminés
1. Introduction et généralités sur les acides aminés

2. Structure et classification des acides aminés protéogènes

3. Propriétés physicochimiques générales des acides aminés,

Techniques d’étude des acides aminés

4. Quelques dérivés d’acides aminés

5. Métabolisme des acides aminés

Classification
selon polarité

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Les AA aliphatiques (1)

La Glycine Définition aliphatique = une molécule qui présente une chaîne carbonée
ouverte (par opposition aux molécules aromatiques)
Glycine (Gly, G)
Alanine (Ala, A)
Le plus « simple » des AA
R=H

Ala: R = CH3
Faible encombrement stérique –> flexibilité structurale

Les AA aliphatiques (2) Les AA aromatiques

Tryptophane (Trp, W) Phénylalanine (Phe, F) Tyrosine (Tyr, Y)

Valine (Val, V) Leucine (Leu, L) Isoleucine (Ileu, I)

Noyau
Noyau phényl
indole

hydrophobicité +++
Hydrophobicité et encombrement stérique ++
Trp et Phe sont des AA indispensables
Les AA « branchés » sont des AA essentiels: pas de synthèse chez l’homme
hydroxylation de Phe donne Tyr: phénylalanine hydroxylase

Phe et Tyr impliqués dans de nombreux métabolismes (synthèse mélanine,

hormones thyroidiennes, catécholamines, etc.)

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Les AA dicarboxyliques Les AA possédant une fonction amide

Glutamate (Glu, E) Aspartate (Asp, D) Asparagine (Asn, N) Glutamine (Gln, Q)

Introduisent charges négatives dans protéines

Glutamate est une plaque tournante du métabolisme mitochondrial Respectivement, formes amides de l’acide Aspartique et de l’acide Glutamique
(notamment produit par transamination) Dans le sang, formes de transport de l’azote (notamment glutamine, très
abondante dans sérum)
Dans les protéines, Asn -> modification post-traductionnelle N-glycosylation

Les AA dibasiques
Les AA alcools
Lysine (Lys, K) Arginine (Arg, R) Histidine (His, H)
Serine (Ser, S) Threonine (Thr, T)

alcool
alcool secondaire
imidazole primaire

guanidine
Fonctions alcools ->modifications post-traductionnelles:
Lys: pKi voisin de la neutralité – charge réversible et régulation protéines O-glycosylations, phosphorylations
Arg: un intermédiaire du cycle de l’urée

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Les AA soufrés Un iminoacide: La Proline

Cystéine (Cys, C) Méthionine (Met, M)

Pro (Pro, P)

Chaine latérale = hétérocycle

qui relie fonction NH2 au Cα

thioether -> Pas de rotation libre entre N et Cα

-> Rigidité et formation d’un coude
Impact structural sur peptides et protéines
Thiol -> ponts disulfure (par donneur de maillon méthyl +++
oxydation) - conformations 3D des
protéines +++

Classification des AA selon polarité chaine latérale

Classification des AA selon polarité chaine latérale

La Polarité est une caractéristique décrivant la répartition des

charges négatives et positives dans un dipôle.
Il existe des AA avec une chaine apolaire / polaire (ces derniers
O2 éventuellement ionisables)
e-
e-

H2O, une molécule polaire Les acides aminés possédant une chaîne apolaire sont hydrophobes.

Les acides aminés possédant une chaîne très polaire car

ionisable (acides et basiques) sont les plus hydrophiles.
Le caractère polaire ou apolaire des AA définit les modalités
d’interaction avec solvants

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Les AA polaires
Les AA apolaires

non ionisables

ionisables

Stéréoisomérie

1. Introduction et généralités sur les acides aminés A l’exception de la Gly, tous les AA ont au moins un C asymétrique
Donc 2 stéréoisomères : conformations D ou L
2. Structure et classification des acides aminés protéogènes
Chez les eucaryotes, les acides aminés naturels sont dans conformation L
3. Propriétés physicochimiques générales des acides aminés,
Techniques d’étude des acides aminés

4. Quelques dérivés d’acides aminés

5. Métabolisme des acides aminés

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Ionisation et Charge
Spectre d’absorption des AA

Tous les AA ont au moins 2 groupes ionisables: COOH et NH2

Comme toute molécule, les acides aminés absorbent la lumière, avec une Par définition, ce sont donc des amphotères
spécificité selon la longueur d’onde du rayonnement incident

À un pH donné, degré d’ionisation peut être calculé

+ Spectre d’absorption des 3 AA aromatiques (Phe, Tyr, Trp) présente Pour fonction carboxylique
particularité de présenter un pic d’absorption entre 250 et 290 nm (UV) pH = pKa + log[COO-]/[COOH]
Pour fonction amine
Absorbance 280 nm pour doser ces AA et les protéines lorsqu’il n’existe pH = pKb + log[NH3+]/[NH2]
pas d’autres molécules absorbant la lumière UV à cette longueur d’onde
(acides nucléiques par exemple).
pI, point isoélectrique de l’AA
Au pI, les acides aminés sont des zwitterions, c’est-à-dire des composés
neutres possédant en nombre égal des charges électriques + et –

pKR=10.5

-
lysine

pKb=9 pKa=2,2

0
pI = moyenne de
+ pKa + pKb pKa=2,2 pKb=9 pKR=10.5

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Les particularités physicochimiques des AA Electrophorèse des AA

permettent de les séparer pour les analyser

Charge conditionne fractionnement électrophorétique des AA:

un mélange d’acides aminés déposé à pH fixé / dans un champ électrique constant
Électrophorèse: champ électrique …
pH>pI: AA chargé -, migrant vers anode (+)
pH=pI: pas de migration
pH<pI: charge +, migration vers cathode (-)

Chromatographie: interaction avec phase

stationnaire, plus ou moins chargée / polaire
E= glutamate K = lysine

anode cathode

pH voisin de 6-7 (pI des AA)

Chromatographies des AA Chromatographies des AA

Séparation selon charge Séparation selon polarité / hydrophobicité

Chromatographie de partage
Chromatographie d’échange ionique (anions ou cations) = mélange d’AA déposé sur un support polaire (cellulose), i.e. chromatographie sur
couche mince
Affinité pour un matériau chargé – ou +
Élution est obtenue par variation du pH un mélange de solvants incluant solvant apolaire (alcools) entraine la migration
des AA par capillarité
-> AA migrent alors d’autant plus loin qu'ils sont hydrophobes

Les AA qui migrent peu sont donc les plus hydrophiles

Les AA qui migrent loin sont hydrophobes (AA aliphatiques ou AA aromatiques)

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Les acides aminés sont révélés après oxydation à la ninhydrine

Coloration violette des AA (sauf Pro -> jaune)
1. Introduction et généralités sur les acides aminés

2. Structure et classification des acides aminés protéogènes

3. Propriétés physicochimiques générales des acides aminés,

Techniques d’étude des acides aminés

4. Quelques dérivés d’acides aminés

5. Métabolisme des acides aminés

Tyrosine -> DOPA -> Dopamine

Métabolisme des acides aminés

Métabolisme par
Acide α-aminé décarboxylation

R – CH - COOH DOPA-décarboxylase =
Métabolisme de la
chaine carbonée NH2
décarboxylation qui donne la
AA glucoformateurs dopamine, précurseur des
AA cétogènes catécholamines
Métabolisme oxydatif:
transamination & + la DOPA est également un
désamination précurseur de mélanine

Décarboxylation permet la synthèse d’amines biologiques

= réactions irréversibles, spécifiques de types cellulaires

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D’autres dérivés de la Tyrosine :

Dopamine, Noradrénaline et Adrénaline sont les principales DOPA et synthèse de la mélanine
catécholamines = médiateur du SNC

La mélanine = pigments biologiques foncés

Colorent téguments (peau et phanères)

DOPA DOPAQUINONE MELANINES

Albinismes
hydroxylation méthylation

Toutes les catécholamines dérivent de la Tyrosine

D’autres dérivés de la Tyrosine : les

Hormones thyroïdiennes Glutamate -> Acide γ-aminobutyrique (GABA)

Iodation de tyrosine par thyroperoxydase (TPO)

GABA, est le principal
-> mono-iodotyrosine (MIT), di-iodotyrosine (DIT)
neurotransmetteur
Condensées pour donner T3 et T4
inhibiteur du SNC

T4 = thyroxine T3 = trioiodothyronine
Synthèse par décarboxylation à
partir de l'acide glutamique
Enzyme GAD (Glutamic Acid
Decarboxylase)

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Histidine -> histamine

neuromédiateur neurones 1. Introduction et généralités sur les acides aminés

cellules ECL dans la muqueuse
digestive, cellules immunitaires 2. Structure et classification des acides aminés protéogènes
(réactions d’hypersensibilité)
3. Propriétés physicochimiques générales des acides aminés,
Techniques d’étude des acides aminés
Synthèse par décarboxylation à
partir de L-histidine par 4. Quelques dérivés d’acides aminés
Histidine décarboxylase.
5. Métabolisme des acides aminés

Synthèse de molécules essentielles = Catabolisme des acides aminés

ANABOLISME

Synthèse des protéines, cf prochaine cours

acides aminés utilisables comme substrats énergétiques

Glycine, glutamine, Asparate -> Bases azotées Catabolisme énergétique et interconversions entre
Aspartate, Glycine, Glutamine -> sucres (Ribose-5-phosphate) substrats possible notamment au niveau hépatique

Serine -> lipides (phosphatidylserine)

Glycine -> porphyrines (hème)

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Catabolisme des acides aminés Désamination du glutamate

Le Glutamate est un pivot du métabolisme énergétique des AA

Métabolisme par Glutamate deshydrogénase (une enzyme mitochondriale)
décarboxylation

R – CH - COOH
Métabolisme de la
chaine carbonée NH2
AA glucoformateurs
AA cétogènes
transamination &
désamination

Libère ammoniac + α-cétoglutarate (un intermédiaire essentiel du cycle de Krebs)

= Source d’énergie

La transamination, première étape de l’utilisation des AA Exemple de la transamination de l’alanine

Pas de déamination ALAT (Alanine-Amino transférase)

directe possible des AA 1: Alanine + α-cetoglutarate -> pyruvate + glutamate
en dehors Glutamate

Glutamate deshydrogenase
2: glutamate + NAD(P)+ + H20 -> α-cetoglutarate + NAD(P)H + NH3

total: Alanine + NAD(P)+ + H20 -> pyruvate + NAD(P)H + NH3

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Un métabolisme particulier et une transamination

Bilan des réactions de transamination / désamination pathologique: la Phenylalanine

Phenylalanine -> Phe-hydroxylase -> tyrosine

Normalement pas de transamination / désamination de Phe
Ces réactions portent sur Tyr

AA
AA Énergie + Ammoniac transamination de la Phe est pathologique
AA
AA => production de phenylpyruvate, un composé neurotoxique ++
ATP NH3

Sauf déficit en Phe-hydroxylase = Phénylcétonurie

une altération génétique relativement commune (1:15000 naissances,
50 cas / an en France)

Elimination de l’azote
Phénylcétonurie & dépistage néonatal

NH3 (ammoniac) est neurotoxique ++

Dépistage néonatal Urée, forme d’élimination privilégiée de l’azote

= Test de Guthrie Solubilité et faible toxicité
dans les 3j suivant la naissance
Synthèse hépatique et élimination urinaire

Apport alimentaire en Phe très contrôlé pour prévenir apparition des symptômes

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Arginine et Ornithine Le Cycle de l’urée

Ornithine dérive de Arginine après élimination de 2 atomes d’azote Les « déchets »
Arginase, une enzyme hépatique

Fonction
guanidine
2

+ H 2O +

Arginine Ornithine Urée

= Un ensemble de réaction qui synthétisent l’Arg à partir de l’ornithine

Pathologie de l’uréogenèse

Défauts du cycle de l’urée provoquent réduction d’élimination

NH3 (toxique) => encéphalopathie

1. Déficit génétique en enzymes du cycle de l’urée:

Ornithine transcarbamylase (OTC)

2. Insuffisance hépatocellulaire sévère

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