MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

COURS DE MICROBIOLOGIE
ENVIRONNEMENTALE
Cycle Ingénieurs-CIGE2

Par MBAWALA Augustin

Professeur
ENSAI
Université de Ngaoundéré
Cameroun

PLAN DU COURS
CHAP I - GENERALITES
CHAP II – PHYSIOLOGIE DES BACTERIES ET DES
MICROMYCETES
CHAP III – MICROBIOLOGIE DES MILIEUX
NATURELS
CHAP IV - PROCESSUS MICROBIENS IMPLIQUES
DANS LE TRAITEMENT DES DECHETS SOLIDES ET
DES DECHETS LIQUIDES
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

EXERCICES D’APPLICATION

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CHAP I- GENERALITES
Microbiologie : science qui étudie les microbes.
Microbe : être vivant de très petite taille invisible à l’œil nu
mais visible à l’aide d’un microscope. Synonyme = micro-
organisme.
Grands groupes microbiens : les bactéries, les virus, les
protozoaires, les algues microscopiques, les champignons
microscopiques (moisissures, levures).
Quelques branches de la Microbiologie : Mycologie -
Bactériologie – Virologie – Protozoologie - Phycologie, etc.
Quelques caractéristiques des êtres vivants :
Les êtres vivants du règne animal :
- sont mobiles,
- tirent leur énergie de l’oxydation des matières
organiques,
- ont pour substances de réserves les graisses ou le
glycogène,
- ne réalisent pas la photosynthèse,
- sont dépourvus de paroi cellulaire.
Les êtres vivants du règne végétal :
- sont photosynthétisants,
- utilisent la lumière comme source d’énergie,
- sont immobiles,
- ont comme substance de réserves l’amidon,
- possèdent une paroi cellulaire.

2
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Certaines bactéries possèdent des caractères appartenant

à la fois aux deux règnes (animal et végétal).
Au vu de tout cela, les bactéries ont été classées dans un
troisième règne, celui des protistes (Haeckel, 1886).
Les protistes comprennent 2 grands groupes :
- protistes supérieurs ou protistes eucaryotes,
- protistes inférieurs ou protistes procaryotes.
L’organisation de base est :
- la cellule procaryote (protistes procaryotes),
- la cellule eucaryote (protistes eucaryotes),
caractéristiques des grands groupes microbiens, exceptés les
virus qui possèdent une structure acellulaire.

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B
Figure 1 : Cellule procaryote (A) et cellule eucaryote (B)

4
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Tableau 1 : Principales différences entre la cellule procaryote et la cellule

eucaryote

Protistes eucaryotes : les champignons microscopiques,

les algues microscopiques et les protozoaires.
Protistes procaryotes : les bactéries, les cyanophycées
(algues bleu-vert ou cyanobactéries).
Les virus = un groupe à part différent des protistes.

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Figure 2 : Différents types de micro-organismes

Les Archéobactéries sont :

- des bactéries très anciennes découvertes ;
- des procaryotes dont la paroi cellulaire ne possède pas
de peptidoglycanes => l’existence de deux types de
cellules procaryotes.
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Les Archéobactéries comprennent :

- les bactéries thermophiles extrêmes,
- les bactéries halophiles extrêmes,
- les bactéries méthanogènes (rôle primordial dans
l’environnement).

Les bactéries thermophiles extrêmes se développent à

des températures supérieures à 100 °C.
Les bactéries halophiles extrêmes se développent dans
des milieux extrêmement salés.
Les bactéries méthanogènes produisent le méthane.
Classification actuelle des organismes vivants à structure
cellulaire en trois domaines :
- Domaine des Bactéries (Bacteria) ;
- Domaine des Archéobactéries (Archaea) ;
- Domaine des Eucaryotes (Eucarya) : règne des Plantes
(Plantae), règne des Animaux (Animalia), règne des
Mycètes et règne des Protistes.

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Tableau 2: Quelques caractéristiques des domaines des Archaea, des Bacteria et des Eucarya
Caractéristiques Archaea Bacteria Eucarya
Type de cellule Procaryote Procaryote Eucaryote
Boucle d’ARNr* Absente Présente Absente
Lipides Chaînes de carbone Chaînes de carbone Chaînes de carbone
membranaires ramifiées liées au ramifiées liées au ramifiées liées au
glycérol par des glycérol par des glycérol par des
liaisons éther liaisons ester liaisons ester
Séquence commune Absente Présente Présente
de bases d’ARNt
Sensibilité aux Non Oui Non
antibiotiques
Paroi cellulaire Composition Présence de Composition
variable ; absence de peptidoglycane variable ; contient
peptidoglycane des glucides
*= assure la liaison avec les protéines des ribosomes

Les Eubactéries ont une paroi possédant le

peptidoglycane.
La structure peptidoglycane influence les résultats de la
coloration Gram qui différencie les Eubactéries en bactéries
à Gram + et en bactéries à Gram –.

Figure 3 : Structure de la paroi des bactéries à Gram + (a) et des bactéries à Gram - (b).

Différentes formes de bactéries : bâtonnet (bacilles),

sphérique (coques), intermédiaire (coccobacilles), tire-
bouchon, etc.
Différents groupements de bactéries : par paires, en
chaînes, en grappes (amas), etc.
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La spore bactérienne est une forme de résistance aux

conditions de vie devenues défavorables.
La sporulation = formation des spores à partir de la
cellule végétative.
La germination des spores = passage de la spore à la
forme végétative.

Figure 4 : Les cinq étapes de la sporulation

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Figure 5 : Différentes catégories de spores

Figure 6 : Structure de la spore chez les Bacillus

La spore fongique = une forme de reproduction et de

dissémination.

Figure 7 : La spore fongique

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CHAP II- PHYSIOLOGIE DES BACTERIES ET DES

MICROMYCETES
[Link] BACTERIENNE
Deux formes de l’eau : l’eau libre et l’eau liée.
L’eau liée = eau fixée aux molécules alimentaires.
La forme d’eau que le micro-organisme peut soutirer pour
dégrader une molécule est l’eau libre.
Autres éléments nécessaires aux micro-organismes pour leur
développement :
- macro-éléments (C, H, O, P, N, S),
- micro-éléments ou éléments en quantité plus faible (Na,
K, Mg, Cl, Fe, Mn),
- oligo-éléments existant à l’état de traces (Al, Zn, Co, Cu,
Va, Mo, Ni, B).
Sources minérales d’azote : l’ammonium (NH4+) provient
des nitrates et de l’azote atmosphérique.
Sources organiques d’azote : les acides aminés (synthèse des
protéines).
Sources de carbone : minérale (autotrophie) et organique
(hétérotrophie).
Autotrophe = être vivant qui synthétise lui-même sa matière
organique à partir de l’énergie lumineuse et du CO2.
Autotrophie = mode de nutrition de l’autotrophe.

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MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Hétérotrophe = être vivant incapable de synthétiser sa

matière organique. Il la tire à partir d’autres êtres vivants
(autotrophes et hétérotrophes).
Hétérotrophie = mode de nutrition de l’hétérotrophe.
Auxotrophe = être vivant ayant besoin d’au moins un facteur
de croissance pour se développer.
Auxotrophie = mode de nutrition de l’auxotrophe.
Facteurs de croissance = substances organiques
indispensables à la croissance du micro-organisme et dont ce
dernier ne peut synthétiser à partir de ses sources de carbone.
Selon la source d’énergie, on distingue :
- Les bactéries phototrophes : la source d’énergie est
la lumière.
Les bactéries photolithotrophes = phototrophes dont la
source d’électrons et d’hydrogène est un composé minéral ou
inorganique.
Les bactéries photoorganotrophes = phototrophes dont
la source d’électrons et d’hydrogène est un composé
organique.
- Les bactéries chimiotrophes : la source d’énergie
est un composé chimique.
Les bactéries chimiolithotrophes = chimiotrophes dont la
source d’électrons et d’hydrogène est une substance minérale.
Les bactéries chimioorganotrophes = chimiotrophes
dont la source d’électrons et d’hydrogène est une substance
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organique. N.B. : tout processus d’oxydation (dégradation) fait

intervenir les protons et les électrons.
Exemple de photolithotrophes : bactéries photosyntétiques.
Croissance des populations microbiennes
1) Quelques caractéristiques et paramètres de la
croissance bactérienne
a°) Constantes de la croissance
Deux constantes caractérisent la croissance
bactérienne : le temps de génération et le taux de croissance.
- Le temps de génération (G) :
= intervalle de temps (en minute) compris entre deux divisions
cellulaires successives ou celui nécessaire au doublement de la
population.
= temps nécessaire à 1 bactérie de produire 2 bactéries ou à 8
bactéries de donner 16 bactéries.
G=t/n (t=temps en mn ; n=nombre de divisions).

- Le taux de croissance (µ) :

= nombre de divisions par unité de temps (en heure).
= inverse du temps de génération.
µ=1/G=n/t (n=nombre de divisions ; t=temps en heure).

G et µ varient en fonction des bactéries et des conditions

de culture.
Pour Escherichia coli G=20mn et µ=3divisions/h ; pour
Mycobacterium tuberculosis G=800mn et µ=0,075division/h.

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b°) Expression mathématique de la

croissance
Croissance synchrone = division de bactéries de même âge.
Croissance asynchrone = division de bactéries d’âges
différents.

Expérimentalement, pour rendre la croissance des bactéries

synchrones, on utilise le choc thermique (incubation de la
culture à haute température puis à une basse température).

La filtration sélective libère à son début des cellules capables

de se diviser synchroniquement dans un milieu convenable.
Si nous considérons une population de concentration
initiale No, elle augmentera à chaque génération de la façon
suivante :

Tableau 1 : Calcul du nombre de bactéries

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Après 1 génération : N1=2No ;

après 2 générations : N2= 2x2No=22No ;
après n générations : Nn=2nNo

En intégrant la valeur de la constance taux de croissance,

l’expression devient :
µ=n/t d’où n=µt => Nn=2nNo=2µtNo => Nn/No=2µt

La forme logarithmique de cette équation devient :

Log2 Nn/No= µt => log Nn/No= µtlog 2
=> µ=log Nn-log No/tlog 2.

Figure 1 : Evolution de la population bactérienne en fonction du

nombre de divisions. Tracé 1 : culture synchrone. Tracé 2 : culture asynchrone

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3°) La courbe de croissance en milieu non

renouvelé
Dans un milieu non renouvelé, la croissance d’une
population bactérienne s’arrête après 16 à 24 heures de
culture (sauf espèce à croissance lente) du fait de
l’épuisement des nutriments et de l’accumulation des
substances toxiques.
En pratique, pour obtenir une courbe de croissance, on
inocule au temps 0 un milieu liquide avec un petit nombre de
bactéries, puis on pratique des prélèvements périodiques
(toutes les heures par exemple).
Sur chaque prélèvement, on mesure un des paramètres
(nombre de bactéries/ml ou masse bactérienne/ml, densité
optique (absorbance), etc.).
La représentation graphique de la croissance présente
en ordonnées, le logarithme du nombre de bactéries ou de
la masse bactérienne par unité de volume et en abscisse le
temps.
La courbe de croissance d’une bactérie cultivée en
milieu liquide non renouvelé présente six phases
principales :

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Figure 2 : Différentes phases de la courbe de croissance en milieu

non renouvelé

Phase I = phase de latence

C’est une phase d’adaptation de la bactérie au
milieu. N=No, le taux de croissance µ = 0. Elle correspond à
la période comprise entre l’ensemencement et le début du
développement des bactéries.
La phase de latence correspond donc au temps nécessaire
aux bactéries de l’inoculum pour synthétiser les enzymes
indispensables, pour utiliser de nouveaux substrats et/ou
modifier certains paramètres physico-chimiques comme le pH
afin de les amener à des valeurs compatibles avec leur
développement.
La durée de la phase de latence varie en fonction du
volume, de l’âge des bactéries inoculées et de la
composition chimique du milieu à ensemencer.

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MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Volume : la durée de la phase de latence est d’autant plus

courte que l’inoculum est important.
Age : lorsque des bactéries jeunes de quelques heures
sont utilisées pour inoculer un milieu neuf de même
composition, la phase de latence peut-être extrêmement
courte.
Par contre, lorsqu’on inocule des bactéries prises en
phase stationnaire ou en phase de déclin dans un milieu neuf
ou des bactéries jeunes dans un milieu de composition
différente, on observe une phase de latence qui peut être
prolongée.
Composition chimique du milieu : lorsque la
composition chimique du milieu neuf est identique à celle du
milieu où l’inoculum a été prélevé, les bactéries se multiplient
instantanément sans aucune phase de latence.
En revanche, si les constituants nutritifs (source de
carbone, source d’azote) sont différents, on observe à nouveau
une phase de latence traduisant la nécessité pour la cellule de
synthétiser les enzymes nécessaires à l’utilisation des
nouveaux substrats.
Phase II = phase d’accélération
Les bactéries se divisent de plus en plus
activement et le taux de croissance augmente avec le temps. µ
> 0.
Phase III = phase exponentielle ou
logarithmique de croissance
Le taux de croissance µ est constant et
maximal. Les bactéries se divisent à leur rythme le plus élevé.

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La phase exponentielle ne dure que quelques heures (5 à

8 heures). Le taux de croissance varie en fonction des
conditions d’environnement (température, pH, nature et
concentration en nutriments, etc.).
Par exemple pour E. coli, µ=0,5 à 18°C et µ= 3,3 à 40°C.
Au cours de cette phase certaines bactéries produisent des
exotoxines.
Phase IV = phase de ralentissement
Le taux de croissance µ décroît
progressivement jusqu’à une valeur nulle dû à
l’appauvrissement accentué du milieu en nutriments
Phase V = phase stationnaire
Le taux de croissance µ = 0. Le nombre de
cellules viables reste constant soit parce que les bactéries
persistent sans se diviser, soit parce qu’il y a autant de
divisions cellulaires que de bactéries qui meurent par autolyse.
L’arrêt de la croissance peut être dû à la disparition de
nutriment(s), à l’évolution défavorable du pH ou à
l’accumulation de déchets toxiques.
Phase VI = phase de déclin ou de
décroissance
Les bactéries ne se divisent plus, beaucoup
d’entre-elles meurent et sont lysées par les enzymes qu’elles
libèrent (autolyse). Le nombre N de bactéries diminue et le
taux de croissance µ < 0. Ce déclin est mieux représenté par le
taux de mortalité dont la valeur est constante, et est fonction
de l’espèce bactérienne et des conditions d’environnement.
Dans d’autres cas, des bactéries peuvent survivre et
amorcer une nouvelle phase de multiplication aux dépens des
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MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

substances libérées par la lyse. Au cours de cette phase, les

endotoxines principalement produites par les bactéries à
Gram négatif, sont libérées dans le milieu.
4°) Croissance discontinue – croissance continue
En milieu non renouvelé, la phase exponentielle de
croissance ne dure que quelques heures dû à l’épuisement des
nutriments, il y a croissance discontinue des bactéries.
En milieu constamment renouvelé et où les produits
toxiques du métabolisme sont éliminés, les bactéries se
multiplient et il est possible de les maintenir indéfiniment en
phase exponentielle de croissance, la croissance est donc
continue.
On peut utiliser des équipements tels que les fermenteurs
pour réaliser ces deux types de croissance bactérienne.
5°) Quelques facteurs influençant la croissance
a°) La température
On distingue généralement trois catégories de
bactéries en fonction de la température optimale de
croissance :
- Les bactéries psychrophiles ou cryophiles qui se
développent de façon optimale entre 0 et 15°C ;
- Les bactéries mésophiles qui préfèrent une température
comprise entre 20 et 40°C ;
- Les bactéries thermophiles qui se développent
préférentiellement entre 45 et 65°C.
Expérimentalement, la température optimale est de :
- 30°C pour les mésophiles saprophytes,
- 37°C pour les mésophiles pathogènes,
- 55°C pour les thermophiles,
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MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

- 7 à 10°C pour les psychrotrophes

- 1°C pour les psychrophiles.
Les thermophiles sont principalement rencontrés dans les
genres Bacillus et Clostridium.
Les psychrotrophes ou les psychrophiles font partie des
genres Listeria, Yersinia, Pseudomonas et de certains
Lactobacillus.
Courbes de croissance des bactéries thermophiles,
mésophiles et psychrophiles.
Les bactéries thermophiles ont un développement plus rapide
et restent peu de temps en phase exponentielle que les
bactéries mésophiles.
A l’opposé, les germes psychrophiles et psychrotrophes ont
une croissance lente et une phase exponentielle longue.

Figure 3 : Courbes de croissance des bactéries thermophiles,

mésophiles et psychrophiles.

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b°) Le pH
La plupart des bactéries ont leur développement
maximal dans des milieux à pH proche de la neutralité ou
légèrement alcalin (pH 7 à 7,5°C). E. coli se multiplie à partir
de pH 4,4 (pH minimum) jusqu’à pH 8 (pH maximum).
Thiobacillus thiooxydans présente un pH optimal de
croissance voisin de 2 ; les Lactobacillus ont un pH optimal
voisin de 6 : ces derniers forment avec les streptocoques
lactiques des bactéries acidophiles.
Inversement, les vibrions se reproduisent à pH optimal
proche de 9 : ce sont des bactéries basophiles ou
alcalinophiles.
c°) La concentration en substrat
Jacques Monod a cultivé E. coli dans des milieux ne
différant que par la concentration initiale en glucose et où ce
dernier est ajouté en quantité variable, les autres nutriments
étant présents en quantité normale.
Il a observé que le taux de croissance bactérienne
augmente fortement avec la concentration en glucose devenu
facteur limitant jusqu’à une valeur limite au-delà de laquelle
toute addition de glucose n’améliore plus la croissance.
d°) L’activité de l’eau (Aw)
Elle mesure la disponibilité de l’eau dans un produit.
L’Aw varie de 0 à 1 (l’Aw=1 pour l’eau pure).
Toute diminution de l’Aw entraîne une diminution
sensible du taux de croissance des bactéries : pour S. aureus,
µ est réduit à 10% de sa valeur maximale quand l’Aw passe de
0,990 à 0,90.

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MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Quelques exemples d’Aw minimum de bactéries : Cl.

perfringens Aw=0,970 ; Ps. fluorescens Aw=0,957 ; E. coli,
Salmonella et Cl. botulinum Aw= 0,950 ; S. aureus
Aw=0,860.
e°) Les exigences des bactéries vis-à-vis de
l’oxygène : quatre types respiratoires
-Les bactéries aérobies strictes ne se développent qu’en
présence d’oxygène. Ex : Pseudomonas fluorescens
-Les bactéries anaérobies strictes ne se développent qu’en
absence d’oxygène. Ex : Clostridium perfringens
-Les bactéries aéro-anaérobies ou aérobies facultatives ou
anaérobies facultatives qui peuvent croître aussi bien en
présence qu’en absence d’oxygène. Ex : Escherichia coli
-Les bactéries micro-aérophiles ne se développent que sous
une pression réduite d’oxygène. Ex : certains Lactobacillus.

Figure 4 : Aspects des cultures bactériennes de différents types

respiratoires
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MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

f°) La pression osmotique

On parle de milieu isotonique lorsque la concentration
totale en ions et molécules en solution à l’intérieur de la
cellule bactérienne est la même que celle du milieu extérieur.
Lorsque cette concentration est inférieure, on dit que le
milieu est hypotonique et lorsqu’elle est supérieure, on dit
qu’il est hypertonique. Les bactéries sont protégées des
variations de pression osmotique par leur paroi rigide.
Les bactéries marines sont halophiles car vivent dans un
milieu riche en sels (Exemple de bactérie halophile des
saumures : Vibrio costicolus). Les bactéries osmophiles vivent
dans un milieu à forte pression osmotique.

Métabolisme bactérien
Métabolisme = anabolisme + catabolisme
Deux cas de catabolisme existent chez les micro-organismes :
 1er cas : Utilisation d’une chaîne de transporteurs
d’électrons : c’est la respiration.
Respiration aérobie => l’accepteur final d’électrons est
l’oxygène moléculaire.
Exemple : C6H12O6 + 6O2 6CO2 + 6H2O + E (700 kcal)
Respiration anaérobie => l’accepteur final d’électrons est
une substance autre que l’oxygène moléculaire (Ex : nitrates
(substance minérale) ou fumarate (substance organique)).
Exemple: NO3- + 2H+ + 2e- NO2- + H2O

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 2ème cas : il n’y a pas de chaîne de transporteurs

d’électrons : c’est la fermentation.
La fermentation est une oxydation biologique au cours de
laquelle le donneur et l’accepteur final d’électrons ou
d’hydrogène est une substance organique.
Fermentation aérobie
Exemple : la fermentation acétique
Equation : CH3CH2OH + O2 CH3COOH + H2O + E
Fermentation anaérobie
Exemple : la fermentation alcoolique
Equation : C6H12O6 2CH3CH2OH + 2CO2 + E (20 Kcal)

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 MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

a) Métabolisme glucidique
Catabolisme du glucose :

Glucose 4
6-P-gluconate
1
7
6
Fructose-6-P 5

3-P-glycéraldéhyde Alcool
CO2

Pyruvate 3’ Lactate

2 3
1 Voie d’Embden-Meyerhoff-Parnas (glycolyse).
2 Cycle de Krebs.
CO2 Alcool 3 Fermentation alcoolique.
4 Voie de Warburg-Christian.
5 Voie d’Entner-Doudoroff (espèce = Zymomonas
mobilis).
6 Fermentation hétérolactique (production
équivalente d’acide lactique et d’autres acides).
7 Voie de Warburg-Dickens-Horecker.

3’ Fermentation homolactique (formation de

l’acide lactique en prédominance)

Figure 5 : Principales voies de dégradation du glucose chez les

bactéries

Les autres oses doivent subir une isomérisation en glucose

avant d’entrer dans le cycle de dégradation (oses : fructose,
ribose, xylulose, etc.).

26
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

 Voies oxydatives :
Voie 1 = Glycolyse ou EMP (Embden-Meyerhoff-Parnas)
Le glucose est transformé en pyruvate (acide pyruvique) par
les bactéries, les levures et les moisissures.
Voie 2 = Cycle de Krebs ou décarboxylation oxydative du
pyruvate réalisée par les micro-organismes aérobies stricts.
Voie 7 = Shunt de l’hexose monophosphate (HMP) ou voie
de Warburg-Dickens-Horecker réalisée par les bactéries
(Acetobacter, Pseudomonas, Entérobactéries), les levures
(Torulopsis) et les moisissures (Aspergillus).
 Voies fermentatives
Voie 3 = Fermentation alcoolique (glycolyse) effectuée par
les levures.
Voie 3’ = Fermentation homolactique : production d’acide
lactique en prédominance par rapport aux autres acides,
réalisée par des bactéries homofermentaires (Pediococcus,
Lactobacillus, Bacillus, les streptocoques, etc.).
Voie 6 = Fermentation hétérolactique : production d’acide
lactique en quantité équivalente aux autres acides effectuée
par les bactéries hétérofermentaires (Leuconostoc, certains
Lactobacillus, Entérobactéries).
Autres fermentations :
-Fermentation acides mixtes : production de plusieurs
acides organiques (acides lactique, succinique, acétique,
formique, etc.) et d’éthanol à partir du pyruvate. Elle est
l’œuvre d’Escherichia, Salmonella, Yersinia, etc.

27
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

-Fermentation butanediolique ou butylèneglycolique :

formation du 2,3 butanediol ou 2,3 butylèneglycol,
d’acétoïne et d’acétylméthylcarbinol à partir du pyruvate.
Elle est l’œuvre de Klebsiella, Enterobacter, Serratia, etc.
Les produits formés sont utilisés pour identifier les
micro-organismes.
-Fermentation des bactéries anaérobies strictes :
 Fermentation butyrique : le glucose est transformé en
acide butyrique, acide acétique, CO2 et l’hydrogène
moléculaire. Elle est réalisée par Clostridium butyricum,
Clostridium perfringens et Clostridium tetani.
 Fermentation acétonobutylique : elle produit du
butanol et de l’acétone et est réalisée par Clostridium
acetobutylicum.
 Fermentation propionique : A partir du glucose on
obtient les acides acétique, propionique et succinique.
Elle est l’œuvre des bactéries telles que Clostridium
propionicum et Propionibacterium.

b) Métabolisme protidique :
Protéines :

Protéases Peptidases

Protéines peptides + AA AA

28
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Acides aminés :
- Désamination oxydative : production d’un acide 
- cétonique et d’ammoniac par l’enzyme amino-acide
désaminase. Exemple : transformation de la phénylalanine.
Cette réaction est aussi utilisée dans l’identification des micro-
organismes.
NH2

C6H5-CH2-C-COOH C6H5-CH2-C-COOH + NH3

H O
Acide phénylpyruvique
Phénylalanine

- Décarboxylation :
Les enzymes responsables sont les amino-acides
décarboxylases.
R-CH-COOH R-CH2-NH2 + CO2

NH2

Cette réaction est également utilisée dans l’identification

des micro-organismes.
c) Métabolisme lipidique :

lipases
Glycérides Acides gras + glycérol

29
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Glucides autres que le glucose

glucose
Protéines
Glycérol Glycolyse
Lipides Peptides
Acide pyruvique

Acides gras AcétylCoA Acides aminés

CO2
Cycle de
Krebs
H2O CO2
Chaîne
respiratoire

Figure 6 : Carrefour des métabolismes des glucides, lipides et protéines

B. PHYSIOLOGIE DES MICROMYCETES

I. Les moisissures
Ce sont des hétérotrophes, généralement aérobies,
acidophiles, mésophiles.
Cependant certaines espèces sont psychrophiles, d’autres
sont osmophiles.
Les moisissures sont : cellulolytiques, protéolytiques,
lipolytiques, amylolytiques, pectinolytiques. Leur
métabolisme peut être oxydatif ou mixte. Certaines
moisissures produisent les mycotoxines qui représentent un
grave danger du point de vue sanitaire.
II. Les levures
Elles sont hétérotrophes, à métabolisme oxydatif ou
mixte, aérobies facultatives, en général acidophiles et
30
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

mésophiles cependant certaines souches sont psychrophiles

et d’autres osmophiles. Elles ont un pouvoir lipolytique,
amylolytique ou protéolytique.

31
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

CHAPITRE III : MICROBIOLGIE DES MILIEUX

NATURELS.
Trois types de milieux naturels : l’air, l’eau et le sol.
Les micro-organismes y sont des producteurs ou des
décomposeurs.
Les producteurs sont qualifiés de photolithotrophes et
chimiolithotrophes et fabriquent la matière organique à partir
de la matière minérale.
Les décomposeurs sont chimioorganotrophes et
fabriquent la matière minérale en décomposant la matière
organique. Ils peuvent être des protozoaires, des mycètes, des
bactéries, des algues, etc.
[Link] de l’air
1- Présence des micro-organismes
La population microbienne dans l’air est variable d’un
endroit à un autre (par exemple à l’intérieur et à l’extérieur
d’une salle).
L’air est pauvre en éléments nutritifs pour les micro-
organismes en plus, il est relativement sec. De ce fait, l’air est
défavorable à la prolifération des micro-organismes.
Les poussières atmosphériques d'origine naturelle
contiennent, en plus de particules de terre, pollen et autres, des
virus, des bactéries, des algues, des protozoaires ainsi que des
spores bactériennes et des spores de champignons.
Elles subissent de brusques variations de température.
En plus, l’atmosphère est traversée par des radiations
32
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

ultraviolettes et possède la couche d’ozone (facteurs

antimicrobiens). L’inactivation des micro-organismes dans
l’air par les radiations ionisantes (rayons ultraviolettes, rayons
X et rayons gamma) est fonction de leurs doses et de la taille
de la population microbienne qui s’y trouve.
Tableau 1 : Bactéries et moisissures isolées de l'air atmosphérique

On trouve beaucoup plus dans l’air les endospores de

Bacillus et de Clostridium et les spores de mycètes
(Cladosporium, Rhizopus, Mucor, Penicillium, etc.). La
dispersion des micro-organismes dans l'air est le résultat des
fluctuations turbulentes des vents.
N.B. : on y trouve aussi Staphylococcus aureus (provenant
de la peau et des muqueuses principalement les fosses
nasales), Mycobacterium, virus de la grippe.

33
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

2- Pathogénicité des micro-organismes de l’air

On reconnait aujourd'hui qu'un certain nombre de maladies
sont susceptibles d'être transmises par voie aérienne.
Tableau 2 : Maladies transmises par vole aérienne et leurs agents
étiologiques

B. Microbiologie de l’eau
La décharge non contrôlée des eaux usées industrielles dans
une masse d'eau d'un lac peut introduire dans ce milieu :
a) les eaux d'égout,
b) les solutés organiques (synthétiques et naturels),
c) les solutés minéraux (toxiques et non toxiques),
d) les matières en suspension (dégradables et non
dégradables),
e) les produits pétroliers (matières grasses), enfin
f) la pollution thermique.
3.2
34
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Les matières déversées avec les eaux usées domestiques

non traitées qui peuvent affecter la qualité de l'eau sont les
suivantes :
a) les micro-organismes fécaux pathogènes,
b) les substances nutritives dissoutes,
c) les matières en suspension (substances organiques
dégradables et non dégradables).
La décharge des eaux usées domestiques dans des lacs les
rend souvent dangereux pour l'alimentation en eau et pour les
sports aquatiques. Les autres effets d'une telle pollution
incluent des modifications (en abondance et en composition)
des populations d'organismes aquatiques (eutrophisation).
Exemples :
a) les algues du littoral deviennent plus abondantes, ce
qui gêne la natation, le canotage, la pêche et peut causer des
mauvaises odeurs par suite de la mort et de la décomposition
des organismes ;
b) l'augmentation de l'abondance du phytoplancton peut
causer des problèmes de goût et d'odeur dans l'alimentation en
eau, des colmatages de filtres, une turbidité élevée, des
modifications de couleur, et un épuisement de l'oxygène dans
l'hypolimnion (partie inférieure de la zone tropholytique d'un
lac, au-dessous de la couche de saut thermique) ;
c) les diatomées cèdent le rôle dominant aux algues bleu
vert.

35
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Les facteurs pouvant affecter la concentration en micro-

organismes dans l’eau sont : la température, le pH, la salinité,
la teneur en O2 dissout, la lumière, etc.
Les eaux de surface abritent les populations microbiennes
très denses et très variées où la présence est influencée par les
facteurs suivants : la température, la luminosité, la présence
des substances minérales dissoutes ou en suspension, la
disponibilité de la matière organique, l’oxygène dissout, les
vents, etc.

Quelques exemples de micro-organismes présents

dans les eaux de surface :
-Bactéries photolithotrophes : Chlorobium,
Chromobacterium.
-Bactéries chimiolithotrophes : Caulobacter, Cytophaga,
bactéries fixatrices d’azote (Azotobacter et Aerobacter), les
bactéries nitrifiantes (Nitrosomonas, Nitrobacter), bactéries
méthanogènes (Methanobacterium, Methanococcus).
-Bactéries chimioorganotrophes : Flavobacterium,
Pseudomonas, Bacillus, Nitrococcus, Clostridium, E. coli,
Proteus vulgaris, Salmonella typhi, Vibrio cholerae.
-Algues : Euglena, Navicula.
-Mycètes : Cladosporium, levures.
-Protozoaires : Paramecium, Vorticella, Stentor.

36
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

-Virus : Enterovirus, Adenovirus, Rhinovirus, Reovirus,

Myxovirus, etc.
Les micro-organismes caractéristiques de l’eau sont par
exemple : Vibrio cholerae, Vibrio parahaemolyticus,
Salmonelles.

Figure : Relations existant, dans un cours d'eau, entre

éléments des règnes végétal, animal et protistes (les bactéries
prolifèrent et deviennent la proie des ciliés qui cl leur tour servent
d'aliments aux rotifères et crustacés).

[Link] du sol
La population microbienne du sol, connue sous le nom de
microflore tellurique, se compose de six groupes principaux de
micro-organismes : les bactéries, les actinomycètes, les
micromycètes, les algues, les protozoaires et les virus.
La population microbienne décroît dans le sens sol >
l’eau > l’air. Le sol est le milieu le plus peuplé en micro-
37
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

organismes (1 gramme de sol contient 1 à 10 milliards de

micro-organismes).
Tableau 3 : Exemple de populations microbiennes dans un sol
agricole fertile

Dans un sol organique, en revanche, la population

bactérienne diminue à peine avec la profondeur, et elle est
parfois plus grande à 160 cm qu'à la surface du sol. Dans un
sol ombrage de forêt, la population la plus importante se
trouve fréquemment dans le premier ou les deux premiers
centimètres du sol ; dans le sol des champs, au contraire, elle
se situe à plusieurs centimètres sous la surface de la croûte
supérieure du sol. Il est recommandé de prélever un
échantillon de sol champêtre à une profondeur moyenne de 10
à 20 cm de la surface afin d’avoir une quantité importante de
micro-organismes caractéristiques du sol en question.
Dans un sol minéral, la population microbienne diminue
rapidement avec la profondeur, comme le montre le tableau
suivant.

38
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Tableau 4 : Exemple de distribution des micro-organismes dans

un sol minéral

Quelques micro-organismes caractéristiques du sol :

 Bactéries : Les bactéries du sol sont en général des
hétérotrophes, c'est-à-dire des organismes tirant leur
énergie de la dégradation de la matière organique du sol.
Parmi elles on trouve les genres Arthrobacter,
Micrococcus, Rhizobium, Pseudomonas, Achromobacter,
Clostridium, Sarcina, Corynebacterium, Bacillus,
Flavobacterium, Chromobacterium, Agrobacterium,
Mycobacterium, etc.
 Micromycètes : Aspergillus, Penicillium, Mucor,
Trichoderma, etc.
 Actinomycètes : ce sont des micro-organismes
unicellulaires et filamenteux que l'on situe entre les
bactéries et les champignons dont ils sont voisins. Les
filaments individuels peuvent mesurer de 0,3 à 1,2 µm de
diamètre. Ils comprennent essentiellement les genres
Streptomyces, Nocardia et Micromonospora.
 Algues : Elles ne sont jamais aussi nombreuses dans le
sol que les bactéries, les actinomycètes ou les
champignons.

39
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Tableau 5 : Concentration de certaines espèces d'algues dans le

sol en fonction de la profondeur

Les principaux facteurs qui influencent la flore des algues

sont l'humidité et le pH. Les Chlorophyceae (algues vertes) et
les Cyanophyceae (algues bleues) sont moins sensibles à la
sècheresse que les diatomées.
Tableau 6 : Taux de concentration de certains groupes d'algues
dans des sols diversement acides

Actions des pesticides sur la microflore tellurique :

L'addition de pesticides (fongicides, herbicides, insecticides,
etc.) à un sol peut entrainer un déséquilibre de la dynamique
des micro-organismes telluriques. Elle peut notamment avoir
les effets suivants sur la flore microbienne du sol :
a) effet algostatique ou bactériostatique ou
fongistatique ;
b) effet algocide ou bactéricide ou fongicide.

40
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Le tableau suivant indique la persistance dans le sol de

divers insecticides, mesurée en mg/l, pendant une période de
six ans. Ces hydrocarbures chlorés persistent beaucoup plus
longtemps dans le sol - en général au-delà de cinq ans - que les
composés organophosphorés.
Tableau 7 : Persistance de six insecticides dans le sol

Divers micro-organismes interviennent dans la

biodégradation des herbicides : par exemple Pseudomonas
pour le Dalapon, le Monuron et le TCA, Agrobacterium
également pour le Dalapon, et Achromobacter,
Corynebacterium et Flavobacterium pour le 2,4-D. La durée
du processus de biodégradation varie considérablement selon
le type d’herbicide et sa concentration dans le sol.

41
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

CHAP IV- PROCESSUS MICROBIENS

IMPLIQUES DANS LE TRAITEMENT DES DECHETS
SOLIDES ET DES DECHETS LIQUIDES.

Déchets solides : taux de matières sèches > 15% de la

masse brute du déchet.
Déchets « boueux » : taux de matières sèches compris
entre 3 et 15% de la masse brute du déchet.
Déchets liquides : taux de matières sèches < 3% de la
masse brute du déchet.

Principaux types de déchets concernés :

Il s’agit des déchets biodégradables (dégradés par les
micro-organismes, algues macroscopiques, plantes, etc.) tels
que les déchets ménagers, agricoles, d’industries agro-
alimentaires, d’élevage, des espaces verts et des marchés,
les boues de stations d’épuration d’eau, etc.
Ces déchets sont concernés par le traitement microbien
en particulier et par le traitement biologique en général.
Dans ces déchets, c’est essentiellement la fraction
organique d’origine végétale ou animale qui est
biodégradable.

 Tri des déchets avant le traitement antimicrobien

42
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Ordures ménagères

Trommel Ø =160 mm Refus Tri manuel

Tri magnétique Métaux ferreux

Rebond/adhérence Refus

Déchet trié

Figure 1 : Différentes étapes de tri des déchets

Première étape : Tri granulométrique sur grille tournante

(trommel) de maille 160 mm de diamètre. Tout élément
refusé par le trommel est trié manuellement à l’exemple des
fractions recyclables.
Deuxième étape : Tri magnétique permettant de séparer les
métaux ferreux.
Troisième étape : Tri densimétrique sur table à
rebond/adhérence permettant d’éliminer les matériaux durs
(bouteilles, piles, aérosols, etc.), à la fin on obtient un déchet
trié constitué de matières biodégradables.
Le traitement microbien des déchets a un double objectif :
- Réduction des nuisances potentielles (odeurs,
risques sanitaires, caractère polluant) ou
stabilisation du déchet ;

43
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

- Valorisation : la valorisation peut être sous forme

énergétique et/ou sous forme matière.
Traitements des déchets solides
Ce sont : le compostage, la méthanisation, les
fermentations alcooliques, etc.
1- Le compostage :
On peut définir le compostage, du point de vue de la
microbiologie de l'environnement, comme une série de
décompositions biologiques contrôlées des déchets organiques
solides ou de mélanges de déchets solides et liquides, ayant
une teneur en humidité de 40 à 70%. Ce procédé a pour but
d'obtenir des produits finals relativement stables, qui peuvent
être utilisés comme engrais en agriculture.
Objectifs du compostage :
- stabilisation du déchet,
- réduction de la masse du déchet,
- valorisation matière.
Air CO2 + H2O Air CO2 + H2O

Déchet Fermentation Maturation Compost

Organique chaude

Figure 2 : Etapes du compostage

Le compostage comporte 2 étapes : « la fermentation

chaude » et la maturation.
La « fermentation chaude » = processus d’oxydation
(aérobie) avec élévation de la température au cours de la
44
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

dégradation du substrat d’où la sélection des micro-

organismes thermophiles dans le déchet lorsque la température
dépasse 60°C. De ce fait, cette biodécomposition est en même
temps oxydative et thermogénétique (voir la Figure).

Figure 3 : Biodécomposition thermogénétique au cours du

compostage.
Les micro-organismes pathogènes, généralement
mésophiles sont alors détruits d’où une hygiénisation du
produit.
Les micro-organismes qui prennent le relai après les
thermophiles sont les moisissures et actinomycètes.
Les types de micro-organismes qui participent activement
aux processus de biodégradation lors du compostage sont les
suivants :
- champignons microscopiques : Penicillium, Rhizopus,
Aspergillus, Mucor ;
- actinomycètes ;
- bactéries mésophiles (jusqu'à 40°C) et thermophiles (60 à
72°C).

45
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Le rôle des micromycètes et des actinomycètes est

d'assurer le métabolisme de la cellulose et des hémicelluloses.
Comme ces deux catégories jouent le rôle le plus important au
cours du compostage, ce procédé peut opérer à des valeurs de
pH plus basses que les autres types de traitement biologique
où prédominent les bactéries. Ces dernières ont pour rôle
d'assurer le métabolisme des glucides et de leurs produits
dérivés. Ce sont les bactéries mésophiles qui amorcent le
procédé, mais les bactéries thermophiles sont prédominantes.
Le développement des moisissures s’accompagne de
l’apparition de risques sanitaires chez les travailleurs parce
que les moisissures peuvent produire des mycotoxines
(aflatoxines) et produisent des spores.
Exemples de moisissures productrices d’aflatoxines :
Aspergillus flavus et Aspergillus parasiticus. Les aflatoxines
sont cancérigènes.
Paramètres influençant le processus microbien de
compostage :
 L’aération : ce paramètre est important pour l’étape de
« fermentation chaude ».
Les micro-organismes aérobies dégradent la matière
organique des grains solides du déchet grâce à l’oxygène
présent au niveau des pores existant entre les grains et libèrent
les produits de la respiration (CO2 + H2O).
L’aération du déchet se fait grâce à une intervention
extérieure soit par un retournement mécanique périodique
ou continu, soit de manière forcée.
 L’élévation de la température au cours de
la « fermentation chaude » est souhaitable car elle augmente
46
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

la vitesse de biodégradation du substrat et participe à

l’hygiénisation du déchet.
 La teneur en eau : au cours de l’étape de « fermentation
chaude », la respiration aérobie des micro-organismes libère
de l’eau mais l’élévation de la température et l’aération
conduisent à l’assèchement du déchet si bien que des ajouts
d’eau sont nécessaires.
La teneur en eau optimale recommandée est
généralement comprise entre 60 et 80% de la masse brute du
déchet.
 La biodégradabilité du déchet : augmente avec la
teneur du déchet en sucres libres et en hémicelluloses ou
amidons, et diminue avec sa teneur en cellulose et en lignine.
La réduction de la granulométrie des déchets améliore
l’accessibilité de ces constituants aux micro-organismes et
favorise leur dégradation. La granulométrie recommandée
des déchets est comprise entre 2 et 10 cm environ.
 Le pH : le pH optimal de l’activité des micro-
organismes pendant le compostage se situe autour de la
neutralité.
 Le rapport C/N/P : le rapport optimal au cours du
compostage doit être 100/4 à 5/1 (100 pour carbone, 4 à 5
pour azote, 1 pour phosphore).

2- Méthanisation
La digestion anaérobie consiste à biodégrader la matière
organique complexe (protides, glucides et lipides), en
l'absence d'oxygène moléculaire, en substances intermédiaires
telles que : acides organiques volatils, méthane, sulfure
47
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

d'hydrogène et autres gaz (H2, N2, O2). La dégradation

anaérobie de la matière organique avec production de méthane
est connue sous le nom de méthanisation.
Objectifs de la méthanisation :
- stabilisation du déchet ;
- valorisation énergétique ;
- valorisation matière (optionnelle).

Biogaz Air CO2 + H2O

Déchet Digestion Stabilisation aérobie Affinat

Organique anaérobie (optionnelle)

Figure 4 : Etapes de la méthanisation

La méthanisation comporte 2 étapes : la digestion

anaérobie et la stabilisation aérobie.
La digestion anaérobie libère le biogaz riche en méthane
et produit le digestat qui subit une stabilisation aérobie
(optionnelle) pour donner l’affinat (matériau similaire au
compost).

48
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Tableau 1 : Principaux constituants du biogaz.

Principaux Teneur variable

constituants du ()
biogaz
CH4 50 à 70
CO2 25 à 30
H2S 0,5 à 5
N2 0,5 à 3
H2 0,1 à 1
CO  0,1

Matière organique (biopolymères)

Hydrolyse

Monomères
Acidogenèse

Acides gras volatils (AGV)

de 2 à 6 atomes de carbone
Acétogenèse
CO2
H2
Acétate CH3COO-
30%
Méthanogenèse

CH4 + H2O
CO2
70%

Figure 5 : Différentes phases du métabolisme anaérobie

49
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Différentes phases de la digestion anaérobie :

[Link] de liquéfaction et hydrolyse des composants
organiques en monomères.
[Link] d’acidogenèse aboutissant à la formation
d’acides gras volatils (AGV, majeure partie), d’acides
gras organiques et d’alcool (éthanol). (pH 4,5 à 8,5)
[Link] d’acétogenèse aboutissant à la formation
d’acétate.
[Link] de gazéification ou méthanogenèse dont les
produits finaux sont essentiellement le CH4 et le CO2.
(pH 6,8 à 7,2)

Micro-organismes impliqués dans les différentes phases du

métabolisme anaérobie :
o Les bactéries anaérobies facultatives hydrolysent la
matière organique (protéines, lipides, glucides) en
monomères. Ces derniers sont dégradés par les bactéries
acidogènes également anaérobies facultatives en acides
gras volatils (AGV) en C2, C3, C4, C5 et C6 formés
principalement des acides acétique, proprionique et
butyrique, et secondairement des acides formique,
valérique, isovalérique et caproïque, en alcool (éthanol),
en hydrogène et en CO2.

50
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Tableau 2 : Acides volatils habituellement formés au cours de la

digestion anaérobie.

o Les bactéries acétogènes utilisent les substrats

précédents pour produire des acétates, de l’H2 et
quelquefois du CO2.
o Les bactéries méthanogènes utilisent les substrats
précédents pour produire le CH4 et CO2 selon deux
voies : la voie des bactéries méthanogènes
hydrogénophiles (30%) et la voie des bactéries
méthanogènes acétoclastiques ou acétotrophes (70%).
Les étapes d’hydrolyse et d’acidogenèse sont réalisées
par les espèces de bactéries anaérobies facultatives
acidotolérantes et relativement thermotolérantes
appartenant aux genres :
Bacillus (aérobie), Aerobacter (aérobie et anaérobie
facultative), Alcaligenes (aérobie et anaérobie facultative),
Clostridium (anaérobie et microaérophile), Escherichia
(aérobie et anaérobie facultative), Flavobacterium (aérobie et
51
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

anaérobie facultative), Lactobacillus (anaérobie facultative et

microaérophile), Micrococcus (aérobie), Pseudomonas
(aérobie), Streptococcus (anaérobie facultative), etc.
L’étape d’acétogenèse est réalisée par les bactéries
acétogènes anaérobies strictes (Acetogenium).
L’étape de méthanogenèse est réalisée par les bactéries
méthanogènes anaérobies strictes (Methanococcus,
Methanobacterium, etc.).

Tableau 3 : Classification des bactéries méthanogènes

La transformation de l'acide valérique, par exemple en

gaz carbonique et méthane, exige l'intervention de plusieurs
espèces méthanogènes, comme le montre la figure ci-contre :

52
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Figure 6 : Schéma de biodégradation anaérobie de l'acide

valérique.

Les bactéries acétogènes et méthanogènes sont

acidosensibles. En effet, après les étapes d’hydrolyse et
d’acidogenèse, le pH atteint une valeur  6. Cette chute de
pH doit être corrigée rapidement par addition d’alcali
(soude, potasse, lait de chaux) pour atteindre une valeur
proche de 7,0 (6,8-7,2), pH favorable au développement des
bactéries acétogènes et méthanogènes. La croissance et la
reproduction des bactéries méthanogènes diminuent très
rapidement en deçà et au-delà des valeurs suivantes de pH :
6,0-8,0.
La quantité de méthane produit peut-être exprimée en
termes d'oxygène, à savoir :
CH4 + 2O2 => CO2 + 2H2O
Dans un digesteur anaérobie, c'est grâce a un système
tampon à base de bicarbonate que le pH se maintient, en
raison de la grande quantité de CO2 formée au cours de la
fermentation méthanogène. La dégradation du glucose ci-
dessous, par exemple, illustre bien ce qui se passe dans un
digesteur :
53
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

1) C6 H12 O6 --------------- bactéries acidogènes ---------------->

3CH3COOH
2) 3CH3COOH + 3NH4HCO3 ----- bactéries acétogènes ----->
3CH3COONH4 + 3H2O + 3CO2
3) 3CH3COONH4 + 3H2O --- bactéries méthanogènes ----->
3CH4 + 3NH4HCO3
Les bactéries acidogènes de la première équation
dégradent le glucose en acide acétique, lequel est neutralisé
par le tampon à base de bicarbonate de la deuxième équation.
L'absence de tampon entrainera donc un abaissement du pH
vers la zone acide et bloquera la formation de méthane qui
apparait dans la troisième équation. Dès qu'une diminution du
pH se manifeste dans un digesteur anaérobie, il devient
nécessaire d'ajouter artificiellement de l'alcalinité afin de
maintenir le pH dans sa zone normale, ce pourquoi on a
souvent utilisé de la chaux.
Les bactéries méthanogènes, en plus de leurs besoins en
carbone et autres éléments nutritifs minéraux, emploient
l’NH4+ comme seule source d'azote. Si la concentration en
hydrates de carbone est élevée par rapport à la quantité
d'acides aminés présents, la formation d'NH4+ sera moindre.
La fermentation des hydrates de carbone entrainera une
production relativement plus grande de CO2 et d'H2 que de
CH4, et les acides formés abaisseront le pH au-dessous de 6,0.
D'autre part, une concentration élevée en protéines et acides
aminés par rapport à la teneur en hydrates de carbone
augmentera le processus de désamination, ce qui accroitra la

54
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

formation d'NH4+ et par voie de conséquence élèvera le pH au-

delà de 8,0, et diminuera le processus de fermentation.
Conditions optimales de la fermentation méthanique :
 Potentiel rédox : - 490 à - 550mV
 pH entre 6,8 et 7,4
 Température à 35oC
 Alcalinité (addition d’alcali)
 Absence d’inhibiteurs ou de toxiques (forte salinité,
métaux lourds, Cu, Ni, Zn, Pb, etc) N.B. : Parmi les bactéries
méthanogènes, il existe des espèces mésophiles (efficaces
entre 30-35°C) et des espèces thermophiles (efficaces entre
50-60°C). L'intervalle de 40 à 50°C en revanche inhibe la
formation de méthane, tandis qu'une température inférieure à
30°C est encore acceptable dans la mesure où le temps de
rétention hydraulique est prolongé. Le taux de fermentation est
sensiblement plus élevé dans l'intervalle thermophilique de 50
à 55°C qu'entre 30 et 35°C. L'intervalle mésophilique est
préférable, la température optimale étant de 35°C. La plage
thermophilique de 50 à 60°C n'est en effet généralement pas
économique puisqu'il faut chauffer la boue de façon
appréciable.
Lorsque le digesteur fonctionne bien, il suffit d'une
variation de température aussi faible que de 2 à 3°C pour
bouleverser l'équilibre dynamique entre les bactéries
acidogènes et méthanogènes, car les premières réagissent
beaucoup plus rapidement aux changements de température
que les bactéries méthanogènes.

55
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Cependant, ce sont les espèces mésophiles c’est-à-dire

travaillant entre 25 et 40°C qui conduisent à un bon
rendement de production de CH4.
 Charge organique entrante : éviter toute augmentation
brutale ; charge < 20 par jour.
Tableau 4 : Charges organiques en fonction du type de digesteur.

 Rapport C/N/P = 100/4 à 5/1

 Teneur en eau : il faut travailler en système noyé c’est-
à-dire saturé en eau, dans un digesteur avec un ciel de faible
volume. La teneur en eau recommandée des déchets lors de
la méthanisation > 80%.
 Agitation : elle peut être assurée par brassages
mécanique, hydraulique ou injection de gaz comprimé à la
base du digesteur avec un effet  air lift.
 Concentrations en certaines substances : Plusieurs
éléments sont considérés comme toxiques lorsqu'ils sont
présents en quantité appréciable, tandis qu'en faible quantité
ils peuvent jouer un rôle stimulant.

56
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Tableau 5 : Concentrations toxiques et stimulantes de diverses

substances au cours de la digestion anaérobie.

L'azote et le phosphore sont, en général, présents en quantité

suffisante dans l'eau d'égout domestique. Certains éléments à
l'état de traces, tels que Fe, Mn, Mg, K, Ca, S, etc., causent
rarement un problème puisqu'ils se trouvent généralement en
quantité suffisante dans la boue à digérer.
Surveillance d'un digesteur : Le contenu de la boue digérée
en acides volatils est sans doute le meilleur indice de l'état
d'un digesteur. Le rapport acides volatils/alcalinité a aussi été
employé pour surveiller l'état du digesteur. Lorsque ce rapport
est supérieur à 0,8, le pH diminue et la production du méthane
est inhibée. Il faut appliquer des mesures correctives par ajout
du bicarbonate dès que le rapport est égal ou supérieur à 0,5.
L’équation suivante est utilisée pour déterminer la forme
d'alcalinité due au bicarbonate :

57
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Alcalinité due au bicarbonate = alcalinité totale - 0,8 acides

volatils.
N.B. : le facteur 0,8 sert à convertir les acides volatils,
exprimés en mg/l d'acide acétique, en mg/l d'équivalent en
CaCO3.
Le pH et l'alcalinité sont deux autres facteurs non négligeables
dans le fonctionnement d'un digesteur. La diminution du pH et
de l'alcalinité est faible tant que le rapport acides
volatils/alcalinité n'a pas atteint 0,8. Un tel rapport indique
déjà un sérieux problème de digestion.
Dans un digesteur, l'alcalinité est normalement due à des sels
tels que le bicarbonate d'ammonium (NH4HCO3) et l'acétate
d'ammonium (CH3COONH4). Dans une courte période de
temps l'alcalinité varie peu. Une augmentation des acides
volatils réduit la teneur en bicarbonate, avec production de
CO2, selon l'équation suivante :
CH3COOH + NH4HCO3 => CH3COONH4 + CO2 + H2O
On constate ainsi que la mesure de la teneur en CO2 est un
paramètre ou indicateur sensible de l'évolution d'un digesteur.
La teneur convenable en CO2 et CH4 du gaz produit au cours
de la digestion anaérobie devrait s'échelonner entre 30 et 35%
pour le CO2 et 65 et 70% pour le CH4.

58
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Tableau 6 : Variables à surveiller au cours de la digestion

anaérobie.

Principaux avantages de la digestion anaérobie :

- Le pourcentage de matière organique transformée en
méthane est élevé tandis que le pourcentage transformé en
cellules biologiques est faible, ce qui minimise le problème de
l'évacuation de la boue et de l'exigence nutritionnelle en
éléments nutritifs tels que l'azote et le phosphore.
- Contrairement à la boue brute, qui est difficile à
déshumidifier, malodorante et chargée d'organismes
pathogènes, le résidu de la boue digérée est relativement facile
à sécher, ne dégage pas d'odeur désagréable et contient très
peu de pathogènes. La digestion contribue donc d'une part à
gazéifier une partie de la boue et d'autre part à transformer en
résidu utilisable ce qui reste de la boue digérée.
- La digestion anaérobie est donc un procédé capable
de digérer de grandes quantités de matière organique dans un
espace moindre que le procédé aérobie. L'accumulation de la

59
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

boue digérée est plus faible et, de plus, le méthane produit

représente un combustible utile.
3- Les fermentations alcooliques
Déchets traités par fermentation alcoolique : déchets
des industries sucrières, des fruits, le lactosérum, etc.
Objectifs :
- Valorisation énergétique ;
- Valorisation matière.
Réaction de fermentation alcoolique :
C6H12O6  2C2H5OH + 2CO2 + Energie
Glucose Ethanol Dioxyde de carbone
Certains déchets concernés doivent au préalable être
hydrolysés avant d’être fermentés.
Généralement, l’hydrolyse enzymatique est tolérée par
rapport à l’hydrolyse chimique (acide) car cette dernière va
générer des polluants et va nécessiter la neutralisation de
l’acide avant l’étape de fermentation.
Cependant, le processus d’hydrolyse enzymatique ou
microbienne est beaucoup plus lent que l’hydrolyse
chimique.
4- Traitement des déchets chargés en métaux
Ces déchets sont traités de 2 manières : biolixiviation et
bio-immobilisation.

60
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

- Biolixiviation : consiste à utiliser les micro-

organismes pour solubiliser les espèces métalliques à partir
d’une matière solide (minerais, déchets, sols, etc.).
Les déchets concernés : les boues des stations
d’épuration et les sédiments pollués.
On distingue :
Biolixiviation directe : les micro-organismes modifient les
composés métalliques de la forme insoluble à la forme
soluble. Exemple : oxydation aérobie des sulfures métalliques
quasi-insolubles en sulfates solubles par les bactéries du genre
Thiobacillus.
Biolixiviation indirecte : ce sont les métabolites libérés par
les micro-organismes qui solubilisent les métaux. Exemple :
la bactérie Thiobacillus ferrooxidans oxyde le Fer (II) en Fer
(III) qui lui-même oxyde les sulfures métalliques en sulfates.
- Bio-immobilisation : c’est le processus inverse de la
biolixiviation : les bactéries transforment les formes solubles
de métaux en formes quasi-insolubles (précipitation).
On distingue :
Bio-immobilisation directe : Exemple : la réduction chrome
(VI) soluble et toxique en chrome (III) insoluble et peu
toxique par les bactéries.
Bio-immobilisation indirecte : Exemple : les bactéries sulfato-
réductrices réduisent les sulfates en sulfures, lesquels
précipitent les cations métalliques.

61
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Traitement des eaux résiduaires ou eaux

d’égout
Ce sont : les eaux d’origine domestique ou sanitaire, les
eaux pluviales, les eaux issues d’industries, les eaux
agricoles (irrigation), etc.
Composition : eau, particules en suspension, micro-
organismes dans certains cas.
Pour épurer ces eaux, on applique les différents
traitements suivants :
- Traitement primaire ;
- Traitement secondaire ;
- Traitement tertiaire.

TRAITEMENT PRIMAIRE
Il consiste en des opérations de : dégrillage,
dessablage, déshuilage-dégraissage, coagulation,
floculation et décantation.
C’est un traitement physico-chimique et mécanique.
Il permet d’éliminer ou de séparer les particules en
suspension formant ainsi des boues appelées boues
résiduaires primaires après décantation.
Les micro-organismes ne jouent pas un rôle dans le
traitement primaire. .
TRAITEMENT SECONDAIRE
Il fait intervenir les micro-organismes et consiste au
traitement biologique des eaux.

62
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

La mesure des critères principaux de pollution

relative aux effluents (résiduaires urbains, industriels, etc.)
permet savoir si une eau ayant subi le traitement
secondaire est apte à être déversée dans la nature.
Ces paramètres sont :
-Matières en suspension totales (MEST) = totalité des
particules solides véhiculées par les eaux résiduaires
constituées par 2 sous-parties :
 Matières en suspension décantables (MESD) en
2 heures
 Matières en suspension non décantables
(MESND).
-Demande chimique en oxygène (DCO) en mgO2/L =
consommation d’oxygène dans les conditions d’une réaction
d’oxydation par le bichromate de potassium en milieu
sulfurique à chaud et en présence d’un catalyseur, de
l’ensemble des matières oxydables.
-Demande biochimique en oxygène (DBO) en mgO2/L =
c’est la quantité d’oxygène consommée dans les conditions
d’essais pour assurer par voie bactérienne l’oxydation
biologique des matières organiques.
-Azote global (NGL) en mgN/L = quantité correspondant aux
formes réduites de l’azote (ammoniacal et organique) et aux
formes oxydées de l’azote (les nitrites et nitrates).

63
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

-Azote Kjeldahl (NTK) en mgN/L : c’est la quantité d’azote

correspondant aux formes réduites de l’azote (ammoniacal et
organique).
-Phosphore total (PT) en mgP /L = somme du phosphore
contenu dans les orthophosphates, les polyphosphates et les
phosphates organiques.
Autres paramètres : NH4, NO3, pH, turbidité, température,
résistivité, conductivité, etc.
La DBO5 est la quantité d’oxygène nécessaire aux
bactéries pour dégrader la matière organique à 20°C et à
l’obscurité pendant 5 jours par le processus de biooxydation.
Elle est exprimée en mgO2/L.
Pour mesurer la DBO5, on utilise des bouteilles spéciales
munies de bouchons étanches.
On remplit d’abord chaque bouteille avec l’eau à analyser
ou une dilution de cette eau.
On aère l’eau puis on ensemence au besoin avec les
bactéries.
Les bouteilles sont incubées pendant 5 jours dans
l’obscurité à 20°C et on évalue la diminution de la
concentration en oxygène dissout par l’iodométrie ou à l’aide
d’un oxygénomètre.
La DBO5 est d’autant plus élevée que la quantité
d’oxygène utilisée par les micro-organismes pour dégrader la
matière organique de l’échantillon est grande.

64
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

ODinitial − ODrésiduelle
DBO5 = x 100
P
OD= concentration en oxygène dissout
P = pourcentage de la dilution de l’échantillon
 Pour l’eau pure, DBO  1 mgO2/L.
 Pour l’eau de rivière légèrement polluée, DBO entre 2 à 3
mgO2/L.
 Pour les eaux d’égout, DBO entre 100 et 400 mgO2/L.
 Pour les effluents de brasseries, DBO : 500 à 1500
mgO2/L.
 Pour les effluents d’abattoirs, DBO : 1000 – 5000
mgO2/L.
 Pour les effluents de laiteries et fromageries DBO : 1000
– 5000 mgO2/L.
 Pour les distilleries, DBO : 1500- 40000 mgO2/L.

Le traitement secondaire est principalement biologique

et vise à éliminer le plus possible la matière organique
dissoute (dans le surnageant issu du traitement primaire) et à
réduire la DBO.
A cette étape, les eaux usées sont fortement aérées pour
favoriser la croissance de bactéries aérobies et d’autres micro-
organismes qui transforment par oxydation selon les
mécanismes de respiration la matière organique en CO2 +
H2O.
On distingue comme méthodes de traitement secondaire :
les boues activées, le lagunage, les filtres biologiques,
méthanisation, etc.
65
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

5. Traitement par cultures bactériennes libres

5.1-Boues activées
Définition : on parle de boue activée parce que
l’inoculum contient un grand nombre de micro-organismes
capables de métaboliser rapidement par bio-oxydation la
nouvelle charge d’eaux usées.
Le procédé de la boue activée s'opère dans un bassin
d'aération suivi d'un bassin de sédimentation de la boue
formée, dont une partie est retournée au bassin d'aération.

Figure 7 : Procédés de traitement par boues activées

Principe : les effluents issus du traitement primaire

(décanteur primaire) sont transportés dans une série de cuves
d’oxydation (bassins d’aération) préalablement ensemencées
avec une flore microbienne adéquate en fonction des types
d’effluents (abattoirs, laiteries, brasseries, etc.). Cependant,
certains micro-organismes sont polyvalents. L’effluent traité
issu des bassins d’aération est ensuite décanté dans un
66
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

clarificateur secondaire et les boues biologiques en excès

recirculées en amont des cuves.
Mécanisme d’épuration : les bassins d’aération sont
soumis à une forte aération et un brassage qui créent les
conditions optimales de dégradation de la matière organique
de l’effluent par les micro-organismes aérobies. En effet, les
micro-organismes tels que les bactéries et protozoaires
transforment, en présence d'oxygène dissous, les substances
dissoutes et non sédimentables en une boue sédimentable qui
se déposera dans le bassin de décantation secondaire. Une
portion de cette boue riche en micro-organismes est recyclée
et remélangée avec l'eau usée brute pour favoriser le processus
de dégradation de la matière organique.
Toutes les matières solides en suspension dans le bassin
d'aération, constituées de micro-organismes et autres matières
en suspension, sont globalement connues sous le nom de boue
activée, tandis que le mélange de la boue activée et de l'eau
usée dans le bassin d'aération est nommé liqueur mixte.
Il est essentiel que la boue soit séparée de la liqueur mixte
avant le rejet en rivière car les micro-organismes de la boue
augmenteraient considérablement la DBO de l'effluent.
Dans le procédé de la boue activée, les micro-organismes en
suspension oxydent la matière organique soluble et à l'état
colloïdal en CO2 et H2O en présence d'oxygène moléculaire.
Au cours de ce processus, une partie de la matière organique
sert à la synthèse de nouvelles cellules. Une certaine portion
de ces dernières s'auto-oxyde par la suite, l'autre portion
formant la boue en excès.
67
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

La figure ci-dessous illustre les zones de fonctionnement

de quelques variantes de ce procédé sur la courbe de
croissance des micro-organismes en fonction du temps.

Figure 8 : Relations métaboliques dans le procédé de la boue

activée.

Le procédé conventionnel de traitement par boues

activées élimine 85 à 90% de DBO.
Exigences biologiques : Pour que soit assure le bon
fonctionnement du procédé de la boue activée, trois conditions
biologiques essentielles doivent être remplies :
a) une population mixte de micro-organismes aérobies ou
anaérobies facultatifs doit être en mesure de dégrader la
matière organique de l'eau d'égout ou de l'eau résiduaire
industrielle ;
68
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

b) la population microbienne doit être capable de croitre et de

se multiplier dans le bassin d'aération ;
c) les micro-organismes doivent croitre dans des conditions
qui favorisent leur sédimentation rapide dans le bassin de
décantation secondaire.
Micro-organismes impliqués : ce sont des bactéries
chimioorganotrophes à Gram + (Micrococcus, Bacillus), à
Gram – (Pseudomonas, Alcaligenes, Escherichia) et
occasionnellement des bactéries chimiolithotrophes
(Nitrobacter et Nitrosomonas). Il y a également des micro-
organismes filamenteux (Sphaerotilus, Thiothrix, Zoogloea
(Z. ramigera)) qui forment de grandes colonies gluantes
auxquelles adhèrent facilement les matières en suspension
participant ainsi activement à la formation des flocs. De ce
fait, les particules de floc sont de nature gélatineuse et
contiennent une grande quantité de bactéries, en plus
desquelles on peut aussi trouver des levures, des moisissures
et des protozoaires.
Il arrive quelquefois que les boues flottent et sédimentent
difficilement au fond de la cuve, on parle alors de boues
bouffantes, de l’anglais bulking ou encore de boues
foisonnantes.
A l’origine des boues bouffantes ou foisonnantes se
trouve un certain nombre de facteurs, dont celui de la
croissance de bactéries filamenteuses des genres Sphaerotilus
(S. natans) et Nocardia ou de champignons tels que
Geotrichum candidum.

69
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Dans ces cas, la matière organique est évacuée en même

temps que l’effluent, ce qui représente une source de pollution
locale.
LA DIGESTION AEROBIE DES BOUES :
Les micro-organismes peuvent dégrader les substances
organiques des boues par deux voies métaboliques différentes,
à savoir la stabilisation aérobie et la digestion anaérobie, celle-
ci étant un procédé plus ancien que la stabilisation aérobie.
La digestion aérobie des boues peut résulter en une
réduction suffisante de matières solides volatiles et en un
produit final biologiquement stable, semblable à l'humus.
Rôle des micro-organismes : La transformation de particules
de boues en un état soluble ou finement dispersé est connue
sous le nom de liquéfaction. Les micro-organismes qui
participent à cette liquéfaction adhèrent aux particules solides
et produisent des enzymes extracellulaires qui causent la
dégradation biochimique des particules. L'hydrolyse, qui est la
réaction suivante, consiste en une addition d'eau qui facilite la
décomposition des molécules complexes en molécules plus
simples, lesquelles peuvent diffuser directement dans les
cellules, où elles sont utilisées pour la croissance des cellules
et comme source d'énergie.
Le but de la stabilisation biologique des boues est de
réduire leur teneur en eau et leur volume et produire une boue
stable et inoffensive.
Principes de la stabilisation aérobie des boues : La majorité
des micro-organismes qui participent au traitement aérobie des
70
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

substances organiques des boues sont des organismes

hétérotrophes aérobies facultatifs, lesquels ont besoin d'un
surplus d'oxygène moléculaire pour le métabolisme aérobie.
Dans une étude physiologique de micro-organismes des boues,
81% de ces organismes isolés étaient aérobies facultatifs, 12%
étaient micro-aérophiles et 7% étaient des aérobies stricts.
Un processus de traitement biologique aérobie d'eaux usées
peut être décrit par l'équation de base suivante :
Matière organique + O2 + NH3 => cellules bactériennes + CO2
+ H2O
Dans un processus de traitement biologique aérobie, le
phénomène du métabolisme endogène permet à tout le
carbone des eaux usées d'être oxydé et d'abandonner le
système et à l'azote contenu dans les protéines bactériennes
d'être recyclé pour d'autres usages lors de la synthèse de la
cellule.
Le choix empirique de C5 H7 NO2 a été généralement
accepté comme représentant au plus près la masse bactérienne
endogène, et exprimant seulement les proportions statistiques
moyennes des principaux atomes des constituants organiques
de la cellule microbienne. C'est ainsi que si C5 H7 NO2
représente les cellules bactériennes endogènes, les équations
de synthèse et d'oxydation de cellules sont les suivantes :
Synthèse de cellules
3CH3COOH + O2 + NH3 => CO2 + 4H2O + C5 H7 NO2

71
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Oxydation de cellules
C5 H7 NO2 + 5O2 => 5CO2 + 2H2O + NH3

Le résultat de ces deux équations est le suivant :

3CH3COOH + 6O2 => 6CO2 + 6H2O
Cette dernière équation démontre que pendant la
digestion aérobie, la majorité de la matière organique dans les
cellules est oxydée en CO2, NH3 et H2O, que tout le carbone
original quitte le système sous forme de CO2 et qu'il n'y a plus
besoin d'azote additionnel pour maintenir le système une fois
que l'équilibre est établi.
Respiration endogène : Elle est définie comme
l'oxydation des constituants cellulaires pour fournir l'énergie
nécessaire aux micro-organismes. On peut symboliser la
respiration endogène par l'équation suivante :
C5 H7 NO2 + 5O2 => 5CO2 + 2H2O + NH3
Elle traduit la consommation du matériel emmagasiné aux fins
de la croissance dès que la matière organique des eaux usées a
été détruite par la masse bactérienne.
Avantages et inconvénients du procédé de la boue activée :
-Avantages :
 Les unités de traitement sont de petite dimension et elles
exigent moins d'espace, pour des charges hydraulique et

72
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

organique données, que les autres techniques, compte

tenu du pourcentage de la DBO enlevée ;
 Il n'y a pas de nuisances dues aux odeurs et aux mouches.
-Inconvénients :
 Procédé plus onéreux à opérer que le lit bactérien par
exemple ;
 Il peut être sérieusement affecté par certaines eaux
résiduaires industrielles.
5.2- Lagunage
Définition : c’est l’utilisation des étangs naturels ou
artificiels comme milieu récepteur d’effluents bruts ou
traités lors du processus d’épuration des eaux résiduaires.
Différents types de lagunage :
On distingue :
 Le lagunage naturel se fait dans des bassins de 0,8
à 1 m de profondeur et l’air est apporté naturellement par
l’atmosphère au-dessus de l’étang. Il est réalisé dans plusieurs
bassins en série avec un minimum de 3 lagunes :
- Une lagune profonde fonctionnant en anaérobiose ;
- Une lagune de faible profondeur mais de grande
surface ou bassin mixte dit « étang de
stabilisation » (où se déroule le plus gros du
travail) ;
- Une lagune de finition fonctionnant en aérobiose
qui complète le travail du bassin mixte.
 Le lagunage artificiel ou aéré est réalisé dans des
bassins beaucoup plus profonds 2 à 4 m. L’air est apporté

73
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

de l’extérieur par insufflation d’air ou oxygénation au moyen

d’aérateurs de surface. Ses avantages sont les suivants :
- L’utilisation d’un matériel d’aération permet de
brasser le milieu et d’éviter les dépôts.
- L’utilisation d’un bassin profond permet de
réduire la surface utilisée.
Du point de vue biologique, le lagunage aéré peut être
considéré comme un cas particulier de l’aération prolongée
sans retour de boues activées.

Figure 9 : Différentes zones d’une lagune d’épuration.

Les micro-organismes impliqués sont de 3 catégories : les

bactéries, les algues vertes et les protozoaires.
Chacun joue son rôle :

74
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

- Les algues vertes produisent l’oxygène utilisé par

les bactéries ;
- Les bactéries transforment la matière organique en
CO2 + H2O + sels minéraux utilisés par les algues
vertes ;
- Les protozoaires se nourrissent des bactéries
mortes, d’où le maintien de l’équilibre biologique.
Les algues vertes doivent proliférer en grande quantité
pour favoriser le processus de lagunage.
Classification des lagunes ou étangs d’épuration :
a) Selon le type de métabolisme
Etang aérobie - bio-oxydation et photosynthèse
Etang anaérobie - fermentations acide et méthanogène
Etang facultatif - stratification thermique et chimique
b) Selon le mode d'oxygénation
Oxygénation mécanique - aérateurs en surface ou submergés
Oxygénation photosynthétique - grâce aux algues
Chenal d'oxydation - il s'agit d'un circuit fermé dont l'aération
est assurée au moyen d'une brosse Kessener améliorée
c) Selon le type d'affluent
Etang d'oxydation - eau d'égout brute déversée directement
dans l'étang
Etang d'oxydation primaire - l'affluent déverse dans l'étang
provient d'un bassin de décantation primaire

75
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Etang d'oxydation secondaire - l'affluent provient d'un bassin

de décantation secondaire ou d'un traitement biologique
secondaire
d) Selon le type de décharge
Etang intermittent - aucun déversement durant la saison sèche
Etang à débordement - l'effluent s'écoule continuellement
Etang sans débordement - par évaporation et percolation.

A B

76
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Figure 10 : Mécanismes d’épuration des étangs aérobie (A),

facultatif (B) et anaérobie (C).
Tableau 7 : Transformation de l’azote, du phosphore, du soufre et
du carbone dans les étangs d’épuration.

77
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Avantages et inconvénients du procédé de lagunage :

-Avantages :
 Viabilité et facilité d’exploitation ;
 Investissement modéré ;
 Coût d’exploitation minime.
-Inconvénients :
 Nécessité de surfaces importantes de terrain ;
 Contrainte de sous-sol pour préserver la nappe
phréatique ;
 Performance épuratoire plus faible et plus lente par
rapport aux boues activées par exemple ;
 Risque de prolifération de moustiques et d’odeurs ;
 Curage périodique indispensable.

6. Traitement par cultures bactériennes fixées

2 types : les lits bactériens et les bio-filtres.
6.1- Lits bactériens
 Principe
On fait ruisseler l’eau à traiter préalablement décantée
sur un garnissage poreux et caverneux ayant une hauteur

78
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

convenable qui sert de support aux micro-organismes

épurateurs.
L’aération dans ce cas peut être naturelle ou issue d’une
ventilation forcée.
 Constitution des lits bactériens :
 Lits bactériens classiques : les
matériaux de base = scories, pouzzolanes, coke, etc. De
faibles dimensions (4 à 8 cm), ils sont accumulés sur une
hauteur de 1 à 5 m et reposent sur une plate-forme ou radier
où la disposition se fait de façon que l’eau s’écoule aisément,
que l’air circule librement.
 Lits bactériens à remplissage plastique :
les matières de remplissage = PVC et polystyrène. De
nature synthétique, elles sont empilées de façon à créer un
fort pourcentage de vide (94-98%).

Classification des lits bactériens :

On distingue habituellement les lits à faible charge, à
forte charge et à super-charge. Les lits bactériens à forte
charge comprennent les divers procédés patentés suivants :
L'accélo-filtre recourt à la recirculation directe de
l'effluent non décanté du lit dans le distributeur mobile au-
dessus du lit bactérien. Il semble que ce système intensifie
l'oxydation biologique. Il peut servir de lit à faible ou à forte
charge, mais dans le premier cas, on doit disposer d'un effluent
bien nitrifié.
79
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Le procédé de l'aéro-filtre est basé sur le principe de la

distribution sous forme de pluie de l'eau d'égout. On effectue
une recirculation en période de faibles débits, afin de
permettre la rotation des distributeurs mobiles, ce qui selon le
fabricant permet l'emploi d'un plus petit lit pour épurer un
volume donné d'eau d'égout.
Tableau 8 : Principales caractéristiques des trois grandes
catégories de lits bactériens.

Le lit bactérien, même s'il est classé parmi les traitements

aérobies, possède une couche anaérobie a l'interface de la
pierraille.

80
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Figure 11 : Coupe schématique d’un lit bactérien classique à ruisselement.

Efficacité d’un lit bactérien : l'efficacité d'un lit

bactérien dépend de la vie microbienne qui existe sur le
matériau filtrant. Ce dernier, arrosé d'eau brute, se recouvre
après quelques semaines de pellicules biologiques très riches
en micro-organismes variés qui épurent les eaux usées. La
masse microbienne est fonction de la surface de la pierraille.
Une mince pellicule microbienne est désirable. Le film
microbien possède un métabolisme fixe, dépendant de la
concentration organique, jusqu'au moment où le transfert
d'oxygène devient un facteur limitant.
Le contrôle des odeurs et des mouches, la réduction
efficace de la DBO, sont intimement lies a la qualité et à la
quantité du film biologique présent sur les cailloux ou le
matériau utilisé. Un film trop mince ou insuffisant ne fournira
pas une vie biologique très active, un film trop épais au
contraire empêchera une circulation adéquate d'air, ce qui
entrainera une décomposition anaérobie de la matière
organique avec tout ce que cela peut comporter de

81
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

désavantageux. Un film mince et transparent est 1'indice de

conditions favorables à 1'oxydation de 1'affluent. Pour être
bien actif, un film doit avoir une épaisseur de 1'ordre du
millimètre, et 1'epaiéseur d'un fi1m biologique ne devrait pas
dépasser 2 à 3 mm. Cependant, l'épaisseur du film biologique
est aussi liée à la quantité de matière organique dans
1'affluent, au taux d'application de ce dernier, a la température
et au pH des eaux usées ainsi qu'à l'aération du lit bactérien.

 Mécanismes d’épuration
La flore microbienne se développe à la surface du
support sous forme de pellicule membraneuse très riche en
colonies microbiennes.
La matière organique biodégradable contenue dans
l’eau et l’oxygène de l’air diffuse à travers le film biologique
jusqu’aux micro-organismes épurateurs, tandis que les
produits de l’épuration s’éliminent dans les fluides de
circulation.
Le film biologique ou mucilage comporte des bactéries
hétérotrophes généralement proches de la surface et des
bactéries nitrifiantes autotrophes près du support.
Dans les couches supérieures, on note souvent la
présence de protozoaires, de champignons et en surface la
présence d’algues.
Transformation de la matière organique :
- Première phase de dégradation

82
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Les enzymes produites par 1es micro-organismes

hydrolysent, c'est-à-dire qu'elles scindent les grosses
molécules de matière organique en molécules à poids
moléculaire plus faible, lesquelles peuvent pénétrer plus
facilement à l'intérieur des cellules pour y être oxydées
(aérobiose) ou déshydrogénées (anaérobiose).
- Deuxième phase de dégradation
La dégradation des protides entraîne la formation d'acides
aminés ou produits azotés qui, en milieu aérobie, se
transforment en NO2- et NO3-. De même, les produits de
dégradation des glucides, les acides, donnent en milieu aérobie
du CO2 et de l'H2O, tandis que les composés sulfurés donnent
des sulfates.
En milieu anaérobie, il y a formation d'aldéhydes,
d'alcools, de produits aminés, etc., et aussi formation de N2,
H2S, CH4 et d'acides gras volatils.
Principaux micro-organismes d’un lit bactérien :
Les bactéries : Les bactéries aérobies, anaérobies et
anaérobies facultatives sont présentes dans un lit bactérien.
Les bactéries anaérobies facultatives sont très nombreuses et
vivent en aérobiose ou anaérobiose selon qu'elles sont en
présence ou non d'oxygène dissous. Les bactéries anaérobies
facultatives appartiennent aux genres Pseudomonas,
Alcaligenes, Flavobacterium et Micrococcus; certaines
espèces de la famille des Enterobacteriaceae en font
également partie.

83
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Les bactéries des genres suivants furent le plus fréquemment

isolées : Achromobacter, Alcaligenes, Flavobacterium,
Pseudomonas et Zoogloea, les espèces de ces genres
constituant environ 90 % de la flore totale des dénombrements
sur plaques. On notera l'isolation fréquente de Zoogloea
ramigera, ainsi que la présence de bactéries sporogènes du
genre Bacillus, qui n'étaient jamais en nombre considérable.
Enlèvement de la DBO par les bactéries :
Sur la base de travaux de laboratoire consacrés à l'activité
métabolique de cultures pures de bactéries isolées du lit
bactérien, on peut diviser les organismes en trois groupes : Le
premier comprend les bactéries telles les Nocardia, qui ont si
peu d'effet sur la DBO que leur rôle dans l'oxydation rapide
des eaux d'égout synthétique est minime. Dans le deuxième,
on trouve les bactéries telles E. coli, qui réduisent de 50 à 60
% la DBO des eaux d'égout synthétiques. Enfin le troisième
regroupe les bactéries réduisant la DBO de plus de 60 %, qui
appartiennent à la flore bactérienne dominante des genres
Achromobacter, Alcaligenes, Flavobacterium, Pseudomonas
et Zoogloea.
Les champignons : Dans les lits à faible charge et les lits à
forte charge on trouve certaines espèces de champignons
appartenant aux genres Coniothyrium, Fusarium, Geotrichum,
Pullularis, Alternaria, Aspergillus, Chaetomium,
Cladosporium, Memnoniella, Myrothecium, Stachybotrys,
Stemphyllium et Trichoderma.

84
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Les algues : les diatomées, les algues vertes et les algues

bleues. Une croissance excessive des algues peut entrainer le
colmatage de la surface du lit bactérien.
Les protozoaires : les ciliés sont présents dans tous les
endroits aérobies du lit.
Avantages des lits bactériens :
 Système d’épuration robuste et simple nécessitant peu
d’entretien ;
 Compacité des ouvrages pour les lits bactériens à
remplissage plastique peu sensibles au colmatage ;
 Faible dépense d’énergie réduite au pompage ;
 Performance épuratoire élevée.
Inconvénients des lits bactériens :
 Les lits bactériens classiques sont sensibles au colmatage
(scories, pouzzolanes) ;
 Risque de sources d’odeurs désagréables non négligeable et
de pullulation d’insectes divers (mouches).
Prévention des odeurs et des mouches et de
l'engorgement ou colmatage du lit bactérien :
 Prévention des odeurs :
- Elles peuvent être réduites en maintenant aussi
fraîches que possible les eaux en provenance du ou
des décanteurs primaires, car ce sont les micro-
organismes en milieu anaérobie qui sont
responsables des mauvaises odeurs ;

85
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

- La chloration dans la conduite amenant les eaux

usées à la station d'épuration retardera la
dégradation de la matière organique et réduira donc
les odeurs. La chloration de 1'effluent du lit est
parfois efficace ;
- La recirculation de l'effluent du lit entraine dans ses
eaux des nitrates, de 1'oxygène, des enzymes, des
bactéries, etc., ce qui active le travail d'épuration et
diminue les mauvaises odeurs.
 Prévention des mouches (notamment Psychoda) :
- Submerger le lit durant 24 heures afin de détruire les
larves de la mouche ;
- Traiter la surface du filtre, après mise au repos du lit
pendant une demi-heure, par épandage de chlorure
de chaux à la surface, et application de lindane (5%
isomère gamma), méthoxychlore ou chlordane ;
- Traiter le mur et la pelouse près du filtre au moyen
de parathion, malathion, dieldrine, ou pyrethrine.
 Prévention de l'engorgement du lit :
- Balayer la surface du lit à l'aide d'un fort jet d'eau ;
- Ajouter une dose élevée de chlore ou de chaux
chlorée a l'eau d'égout arrivant sur le lit ;
- Submerger le lit durant 24 heures.
6.2- Bio-filtres

 Principe
Ce sont des filtres garnis en matériaux de
granulométrie suffisamment faible (1 à 10 mm) accumulés
sur une hauteur de 2 à 3 m pour obtenir un effet de filtration
efficace.
86
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

 Constitution
Les matériaux utilisés : le charbon minéral ou végétal
plus ou moins activé, l’argile, le schiste, les billes de
polystyrène.
 Mécanismes d’épuration
Les matières servent simultanément de support à la
biomasse ou microflore maintenue dans des conditions
aérobies dans le filtre. C’est une épuration discontinue.
Cependant, le procédé du bio-filtre peut s'accompagner d'une
recirculation partielle en tout temps.
Principaux avantages de la bio-filtration par rapport
aux boues activées :
 Réacteur unique (pas de clarificateur secondaire).
 Rapidité de mise en régime du traitement.
 Très haute qualité de l’eau traitée sur le critère des
matières en suspension.
 Possibilité d’implantation sur des surfaces de terrains
réduites et d’intégration des ouvrages dans des bâtiments
clos.
Inconvénients :
 Risque majeur de colmatage du filtre.
 Nécessité de lavage et d’entretien périodique du filtre.

7. Traitement d’élimination de la pollution

azotée
On ne peut considérer la minéralisation de la matière
organique par l'oxydation microbienne comme la solution
87
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

finale de l'élimination de l'eau usée. Certains produits

terminaux de la biodégradation de l'eau épurée possèdent un
effet fertilisant sur les plantes aquatiques et concourent, grâce
à la photosynthèse, à la formation d'une nouvelle quantité de
matière organique comparable a celle déjà oxydée à la station
d'épuration.
Cette pollution secondaire est surtout causée par l'azote et
le phosphore de l'effluent de l'usine d'épuration.
L'accumulation d'azote sous forme de NO3-, NO2-, et NH4+ est
un sérieux handicap dans les régions où l'eau d'égout épurée
est recyclée à des fins domestiques. Des considérations
économiques semblent favoriser l'emploi de procédés
microbiologiques pour l'enlèvement de l'azote.
Dans un tel procédé, tous les composés azotés sont
oxydés, dans la phase biologique aérobie, en NO2- et NO3-. Au
cours de la fermentation anaérobie subséquente les NO2- et
NO3- sont réduits, grâce à la dénitrification, en N2 ou N20 qui
s'échappent dans l'atmosphère.
La dégradation bactérienne de la pollution azotée peut
s’effectuer en plusieurs étapes :

88
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Figure 12 : Différentes étapes de la métabolisation de la pollution azotée

Etapes :
a- Ammonification = transformation de l’azote
organique (protéines, acides aminés …) en azote
ammoniacal. Elle est effectuée au cours des réactions
de type hydrolyse, désamination oxydative et
désamination réductive.
b- Assimilation = utilisation de l’azote ammoniacal
pour la synthèse cellulaire (biomasse).
c- Nitrification = conversion de l’azote ammoniacal
en nitrites puis, des nitrites en nitrates par des micro-
organismes strictement aérobies (respiration) et autotrophes.
Elle est réalisée par les nitrosobactéries à l’instar du genre
Nitrosomonas qui oxyde NH4+ en NO2- et les nitrobactéries à
l’exemple du genre Nitrobacter qui transforme le NO2- en
NO3-. Ces deux catégories de micro-organismes sont
mésophiles (température optimale = 30°C) et sont sensibles
aux baisses de température.
Réactions :
Nitrosobactéries Nitrobactéries
NH4 +
NO2- NO3-
Nitrosomonas Nitrobacter
89
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

d- Dénitrification : réduction par les micro-organismes

des NO3- en NO2- puis en N2 qui retourne dans l’atmosphère
(respiration nitrates = anaérobie).
Les bactéries concernées sont : Acinetobacter,
Pseudomonas, Moraxella, Alcaligenes, etc.
Ces bactéries sont hétérotrophes. La dénitrification
implique nécessairement la présence d’une pollution carbonée
qui peut être présente dans l’eau brute ou ajoutée pour
favoriser le processus.
8. Elimination de la pollution organique
carbonée
Le processus d’épuration aérobie s’effectue en trois étapes
essentielles successives :
a- Adsorption et absorption des matières polluantes
solubles et colloïdales de l’effluent par les cellules
bactériennes.
b- Oxydation biochimique et dégradation enzymatique
des matières ainsi fixées : cette opération fournit
l’énergie aux micro-organismes (catabolisme) qui sera
nécessaire à la synthèse cellulaire et la multiplication des
micro-organismes (anabolisme) aboutissant à un
accroissement de la masse cellulaire totale.
c- Autodestruction de la matière cellulaire (respiration
endogène) en phase de déclin de la croissance cellulaire.
On parle de métabolisme endogène quand la nourriture
disponible est tout juste suffisante pour maintenir les

90
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

micro-organismes en vie. Cependant, il a été démontré

que la réaction du métabolisme endogène est continuelle,
qu'elle se manifeste dans la décomposition de certains
constituants du protoplasme (auto-oxydation des cellules
bactériennes) et qu’elle se déroule même quand l'excès
nutritif est disponible.

Figure 13 : Métabolisation aérobie de la pollution carbonée

TRAITEMENT TERTIAIRE
L’effluent provenant d’une station de traitement
secondaire contient encore une DBO.
Il renferme aussi environ 50% de l’azote et 70% du
phosphore initialement présent.
On applique à cette eau traitée un traitement tertiaire
visant essentiellement à éliminer la totalité de la DBO, de
l’azote et du phosphore aux moyens de procédés chimiques
et physiques.

91
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Le phosphore précipite en se combinant à des composés

tels que la chaux, l’alun et le chlorure de fer III.
Divers procédés permettent l’élimination des polluants
pendant le traitement tertiaire. Il s’agit de :
- La floculation chimique qui débarrasse l’eau des
dernières matières organiques.
- L’adsorption sur charbon activé : ce procédé
permet l’élimination de composés difficilement oxydables par
les micro-organismes ou toxiques pour l’homme.
- L’ultrafiltration retient les molécules de diamètre
supérieur à celui des molécules d’eau.
- La désionisation : l’eau passe sur des résines
échangeuses d’ions, ce qui permet d’éliminer les ions comme
le sodium et les métaux.
L’étape suivante est la désinfection de l’eau traitée.
Elle se fait par ajout dans l’eau traitée d’un produit
bactéricide comme le chlore, le dioxyde de chlore, l’ozone,
le permanganate ou l’iode.
De tous ces composés, le plus utilisé est le chlore à
cause de sa grande disponibilité, de son faible coût de
production, de sa bonne solubilité dans l’eau et de sa toxicité
sélective à l’égard des micro-organismes.
Le chlore peut être utilisé sous plusieurs formes :
chlore gazeux, hypochlorite de sodium ou de calcium,
chloramine, dioxyde de chlore.

92
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Cependant, il existe des inconvénients liés à l’utilisation

du chlore : pouvoir de réaction avec la matière organique de
l’eau.
Au cours de ces réactions, il peut se former des produits
toxiques et cancérigènes appelés trihalométhanes (THM)
ainsi que les produits causant des odeurs désagréables comme
les chlorophénols. En plus le chlore n’a pas un bon pouvoir
virucide.
Pour pallier à cet inconvénient, on utilise beaucoup plus
le dioxyde de chlore et l’ozone.
Après la désinfection, on peut déchlorer l’eau pour
éviter que le chlore ne détruise au moment de l’évacuation
les organismes aquatiques que l’on souhaite conserver.
On élimine le chlore par ajout de dioxyde de soufre.

93
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Traitement
secondaire
Effluents à traiter

Traitement
Tamisage Oxydation
primaire
Décantation Matières Boues Filtres
organiques en activées biologiques
Sédimentation
suspension
Sédimentation
Boues

Digestion Boues Eau à traiter

anaérobie

Incinération Extraction des minéraux et

produits toxiques
Epandage
Désinfection
Traitement
tertiaire
Rejet dans
l’environnement

Figure 14 : Etapes de l’épuration des eaux usées

Réutilisations des eaux d'égout :

Les eaux d'égout convenablement épurées sont utilisées pour
l'irrigation, dans le monde entier :
a) dans les régions où les précipitations sont insuffisantes ;
b) dans les régions où les précipitations sont suffisantes et bien
reparties, on les utilise pour l'irrigation pour s'en débarrasser ;
c) dans les régions enfin où les précipitations sont suffisantes
mais mal reparties, c'est aussi pour s'en débarrasser.

94
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Avantages de l’utilisation des eaux d'égout épurées :

a) eIles contiennent des éléments fertilisants ;
b) leurs matières organiques contribuent à
l'enrichissement du sol par l'humus ;
c) eIles sont toujours disponibles et leur volume tend à
augmenter ;
d) leur traitement aux fins de l'irrigation coûte
relativement peu.
Elles comportent cependant aussi des inconvénients,
notamment du point de vue de la santé publique et en raison
de leur salinité, parfois assez élevée.
On a la certitude de la présence dans les eaux d'égout de
divers organismes pathogènes, tous transmissibles à l'être
humain par les voies intestinale et urinaire, dont la liste figure
dans le tableau ci-dessous.

95
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Tableau 9 : Principaux organismes pathogènes présents dans les

eaux d'égout.

96
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Tableau 10 : Tolérance de différentes plantes cultivées à la

salinité.

Pour sauvegarder la santé publique, les autorités

sanitaires peuvent imposer diverses mesures et restrictions :
a) épurer les effluents au point de les ramener aux normes
d'une eau à peu près potable ;
b) en restreindre l'utilisation à certaines cultures ;
c) différer la récolte et observer un certain délai, fixe d'après
les données dont on dispose, entre la dernière irrigation faite
au moyen des eaux d'égout et la consommation effective des
produits.

97
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Figure 15 : Courbe typique de déclin des coliformes dans un étang

d'oxydation
Tableau 11 : Enlèvement des bactéries selon le mode d'épuration

98
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Tableau 12 : Réduction des populations bactériennes dans les

divers traitements.

Tableau 13 : Proportions des bactéries enlevées ou restantes en

fonction des procédés d’épuration

En République fédérale d'Allemagne, une règlementation

en vigueur depuis 1956 autorise l'utilisation des eaux d'égout
pour les productions suivantes :
a) bois ;
b) fourrages et betteraves sucrières, pommes de terre à usage
industriel, oléagineux et plantes à fibres, mais à condition que
la récolte intervienne 4 semaines après la dernière irrigation ;
99
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

c) pommes de terre comestibles et céréales en fleurs ;

d) pâturages et plantes fourragères, à condition que la coupe
ou le pâturage interviennent 15 jours après la dernière
irrigation.
On peut répartir les systèmes d'irrigation des sols, au moyen
d'eaux d'égout en question en quatre groupes :
a) bassins d'infiltration,
b) épandage par rigoles,
c) irrigation par aspersion, et
d) ruissellement par aspersion.
Le but principal d'une telle irrigation est la
réutilisation de ces eaux une fois épurées.

100
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

Références bibliographiques
1- Meyer A., Deiana J., Leclerc H. (1988). Cours de microbiologie générale. Doin
Editeur, Paris. 333pages.
2- Tortora G.J., Funke B.R., Case C.L. (2003). Introduction à la microbiologie générale.
Editeur Pearson ERPI. 940pages.
3- Drapeau A.J., Jankovic S. (1977). Manuel de microbiologie de l’environnement. OMS
Genève. 261pages.
4- Leyral G., Vierling E. (2007). Microbiologie et toxicologie des aliments- Hygiène et
sécurité alimentaires. Doin Editeur, Paris. 287pages
5- Bayard R., Gourdon R. (2010). Traitement biologique des déchets. Technique de
l’Ingénieur, traité environnement. 14pages

101
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

EXERCICES D’APPLICATION

1°) Comment est apparu le terme Protiste ? Quelles catégories

de micro-organismes ce terme regroupe-t-il ? Etablissez
quelques différences entre Protistes eucaryotes et Protistes
procaryotes.
2°) Où trouve-t-on les micro-organismes dans la nature ?
Comment sont-ils transférés d’un milieu à un autre ?
3°) Donnez le rôle de la spore bactérienne d’une part et celui
de la spore fongique d’autre part.
4°) Peut-on dire que la bactérie a un noyau typique ? Justifiez
votre réponse.
5°) Nommez et définissez plusieurs types morphologiques
chez la bactérie.
6°) Etablissez la différence entre : - prototrophe et auxotrophe
- autotrophe et hétérotrophe - phototrophe et chimiotrophe –
lithotrophe et organotrophe.
7°) Est-ce que la voie d’Entner-Doudoroff se retrouve aussi
bien chez :
- les micro-organismes anaérobies que les micro-
organismes aérobies ?
- les procaryotes que les eucaryotes ? Justifiez vos
réponses.
8°) Comment les produits de la fermentation peuvent-ils être
utilisés pour identifier les bactéries ? Utilisez des exemples
pour appuyer votre réponse.
9°) Quels sont les objectifs de chacun des procédés ci-
dessous :
- le compostage
- la méthanisation

102
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

- les fermentations alcooliques

- la biolixiviation
- la bio-immobilisation.
10°) Enoncer et expliquer le(s) type(s) de métabolisme
microbien qui intervient(nent) dans chacun des traitements
biologiques des déchets suivants :
- le compostage
- la méthanisation
- les fermentations alcooliques.
11°) Indiquer sommairement le principe :
- du compostage
- de la méthanisation
- des fermentations alcooliques
- de la biolixiviation
- de la bio-immobilisation
dans le traitement biologique des déchets.
12°) Citer les différents métabolismes énergétiques des micro-
organismes et indiquer leurs incidences pratiques dans les
principaux traitements biologiques des déchets.
13°) Comparer les paramètres importants influençant le
procédé de compostage à ceux de la méthanisation.
14°) A quel(s) type(s) de déchets peuvent s’appliquer chacun
des traitements biologiques suivants :
- le compostage
- la méthanisation
- les fermentations alcooliques
- la biolixiviation
- la bio-immobilisation
Justifier la(les) réponse(s) dans chaque cas.
103
MICROBIOLOGIE ENVIRONNEMENTALE

15°) En ce qui concerne les traitements des déchets industriels

non agro-alimentaires, donner :
- quelques avantages et inconvénients
- les différentes approches
- les différents traitements avec des exemples à l’appui.
16°) Définir les termes biolixiviation et bio-immobilisation et
établir la comparaison entre eux. A quel(s) type(s) de déchets
sont-ils appliqués ? Donner les avantages et les inconvénients
de chacun de ces deux procédés.
17°) Définissez chacun des termes suivants utilisés comme
critères de pollution relatives aux effluents : - Matières en
suspension totales (MEST) – Demande chimique en oxygène
(DCO) – Demande biochimique en oxygène (DBO) –
Demande biochimique en oxygène (DBO5).
18°) Décrivez les différentes étapes de la métabolisation
aérobie de la pollution organique carbonée et celles de la
métabolisation de la pollution azotée.
19°) Comparer la technologie de traitement des eaux usées par
les lits bactériens à celle de traitement des eaux usées par les
biofiltres.
20°) a°) En quoi consiste le lagunage dans les systèmes de
traitement des eaux usées ?
b°) Donnez les avantages et les inconvénients essentiels de
cette technique.
c°) Quels sont les avantages du lagunage aéré par rapport au
lagunage naturel ?

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