HERPESVIRIDAE

Objectifs du cours:
•Citer la classification des herpesviridae pathogènes pour l’homme
•Décrire les caractères virologiques communs aux herpesviridae
•Expliquer les particularités physiopathologiques des infections secondaires aux herpesviridae
•Décrire les indications et la mise en oeuvre des examens pour le diagnostic virologique

Introduction
 Huit herpesvirus strictement humains
 Communauté structurale: •Enveloppe •Tégument •Capside icosaédrique •Génome (ADN bicaténaire)
 Symptomatologie clinique variable:
 Infections bénignes +++
 Graves: lors d’IMMUNODEPRESSION
 Complications et tumeurs
 Diagnostic virologique:  DIRECT+++  Indirect: statut immunitaire
 Traitement:  Efficace sur la symptomatologie clinique (Sans éradiquer le virus latent)
I- Caractères Virologiques :
1 - Classification, Taxonomie virale:
•Ordre: herpesvirale •Famille: Herpesviridae

2 – Structure Virale QE  Caractères virologiques communs :

 Enveloppe: dérivée de la membrane nucléaire de la cellule hôte.
Elle porte les Glycoprotéines virales (Ex: Ag de surface HSV: 11
glycoprotéines)
 Tégument: Structure fibrillaire entre l’enveloppe et la capside
virale. Ex: 20 protéines /HSV
 Capside: Icosaédrique
 Génome: ADN double brin linéaire
 (Gènes présents 2 copies; Essentiels : structure, enzymes de réplication …
. Accessoires : interaction réponse hôte)

3 – Cycle de multiplication :  NUCLEAIRE et se déroule en 3 cascades (Exemple cycle lytique HSV)

 Attachement GP enveloppe au récepteur cellulaire. Puis fusion de l’enveloppe virale à la membrane cellulaire
 Pénétration de la nucléocapside et libération des protéines du tégument dans le cytoplasme de la cellule hôte
 Migration de la nucléocapside vers le noyau et libération de l’ADN viral
 Circularisation de l’ADN viral, puis 3 phases de transcription et traduction successives régulées en cascades. La
réplication de l’ADN viral sépare les phases précoces et tardives :
 protéines très précoces α  protéines précoces β (enzymes virales: ADN polymérase)  protéines tardives γ : (protéines
de la capside et des glycoprotéines d’enveloppe)  Réplication de l’ADN viral par l’ADN polymérase, selon le mécanisme du cercle
roulant (après synthèse enzymes virales)
 Assemblage protéines structurales et encapsidation
 Enveloppement des nucléocapsides par bourgeonnement à partir de la membrane nucléaire
 Libération des virions néo-formés par exocytose
Achraf Mesfioui
II - EPIDEMIOLOGIE
1 – Réservoir : HUMAIN  Virus ubiquitaire (sauf HHV-8)
Contact avec le virus:
 Enfance+++ (sauf HSV-2; après contact sexuel)
 Séroprévalence: (Ac anti-HSV-1: 70 à 95% des adultes  Fonction niveau socio-économique - Ac anti-VZV: >90 % adultes)
2- Transmission : Contacts interhumains intimes:
 Oraux par salive (EBV, HSV-1, HHV-6,7, CMV)
 Vésicules (HSV, VZV)
 Sexuels (HSV-2 (IST), CMV)
 Materno-fœtale (HSV, CMV, VZV)
 Transfusion sanguine, greffe et transplantation d’organes (CMV, EBV, HHV-6, HHV-8)
 VZV: transmission aérienne, très contagieux: EPIDEMIES !!!

III - Physiopathologie de l’infection :

 Primo-infection
 Latence à vie
 Réactivation
 Réinfection
Primo-infection: LATENCE
• Premier contactavec le virus •Après la primo-infection:
- Réplication virale très intense * Migration du virus vers son site de latence
-Contagiosité +++ *Persistance sous forme "dormante" : "infection latente" :
- Expression clinique variable en *Soustraction au système immunitaire et antiviraux par plusieurs
Physiopathologie fonction : du Virus et Terrain mécanismes:
de - Actif: sabotage de la présentation des antigènes par le CMH, de la lyse
sous-jacent (Age et Etat des défenses
l’infection des cellules infectées par les LT cytotoxiques et l'action des Interférons …
immunitaires)  Gravité: sujets
- Passif: camouflage grâce aux gènes de latence (LAT) bloquent
jeunes et ID ++++
Expression des gènes IE (protéines très précoces)  l’ADN viral n’est pas
• Mise en place réponse
intégré au génome (Présent dans le noyau sous forme d’épisome : Non
immunitaire cellulaire et linéaire + extra-chromosomique)
Humorale  maîtrise de
• Homme et herpesviridae vivent en « Modus vivendi » Evitant la
l’infection destruction mutuelle. Sauf en cas d’immunodépression Majoration
manifestations cliniques de l’infection
• Eradication infection latente impossible
REACTIVATION :
 Infection latente persiste à vie et peut se réactiver : récurrence ou réactivation
Réplication et expression clinique moindre par rapport primo-infection
Excrétion virale souvent asymptomatique  Source contamination
 secondaire différents stimuli : fièvre, maladies infectieuses, Stress, Immunodépression ++++

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IV - Principales expression clinique

Des infections à herpesviridae:
 Stomatite herpétique - bouton de fièvre – Varicelle -
Zona (Vésicules douloureuse sur un seul territoire nerveux) -
MéningoEncéphalite+++

Achraf Mesfioui
V- Diagnostic virologique:
1 - Indications du diagnostic virologique: QE 2 - Prélèvements:
 Formes graves: méningo-encéphalite+++ • Prélèvements en fonction du contexte clinique : LCR -
 Détermination du statut immunitaire: (cf Dc indirect) Lésions (Vésicules, fraiches Avant application antiseptique) -
 Suivis des greffés et transplantés Sang – urines – LBA - biopsies
 Formes récidivantes d’herpès génital (HSV-2) Autres: humeur aqueuse, salives, secrétions génitales, liquide
 Embryo-foetopathie ou contexte évocateur chez le NNé amniotique…
 Syndrome mononucléosique • Milieu de transport viral : Transport rapide au laboratoire
 Exploration d’un processus tumoral (EBV) (garder prélèvement entre 2- 6°C ou à -20°C)
 Formes résistantes aux antiviraux

3 - Techniques du diagnostic virologique

Direct Indirect
 Isolement viral en culture cellulaire Intérêt:  Détermination du statut immunitaire:
Intérêt: Détection des virus véritablement infectieux  Couple donneur/receveur (don d’organes et de tissus)
et Isolement souche virale: → étude de la résistance  Femme enceinte
aux antiviraux  Avant la mise en place d’un traitement immunosuppresseur
 Biologie moléculaire : Recherche de l’ADN  Synthèse intra-thécale ou intra-occulaireAc spécifique
viral par PCR  Etude épidémiologique (prévalence)
Plus sensible que la culture  Exploration Syndromemononucléosique ou tumorale (EBV)
Limites: Présence ADN ≠ Infectiosité Techniques : immunologiques:
 Techniques : * ELISA, IF, immunochromatographie
 PCR en temps réel uniplex ou multiplex (HSV 1 2 * EBV: MNI test par agglutination: mise en évidence Ac hétérophiles
et VZV) dirigés contre les hématies de cheval fixées au formol. Non spécifiques
 PCR en temps réel qualitative ou quantitative EBV
(suivi greffe++++)  Présence des IgM primo-infection OU Réactivation endogène?
 Détection des antigènes viraux Réinfections? Réactivité croisée?
* Rapides, simples  Présence des IgGContact ancien avec le virus
* Virus: HSV VZV CMV EBV  Présence des IgM et séroconversion ou ascension du taux des Ig
*Techniques: Immunofluorescence, GauchePrimo-infection
immunoperoxydase, ELISA, Immunohistochimie(EBV) Limites:
* Diagnostic rétrospectif
* Interprétation Ig M : problématique primo-infection?
Réactivation endogène? Réinfections? Réactivité croisée?
INTERET AVIDITE Ig G: dater infection

Achraf Mesfioui
 ORTHOMYXOVIRIDAE
Objectifs du cours:
•Décrire la structure des orthomyxoviridae
•Décrire les mécanismes de variabilité génétique des virus grippaux et leur
conséquences :
– Epidémiologiques – Diagnostiques – Thérapeutiques et préventives
•Citer les techniques du diagnostic virologique des orthomyxoviridae
Introduction
 VARIABILITE GENETIQUE +++
 Virus à ARN négatif: Fréquence mutations (dérive)
 Génome segmenté:
 Possibilité de réassortiments génétiques (cassures)
 Caractère émergent
 3 types A, B et C : Plusieurs sous-type pour le type A
 Diversité des hôtes: Homme, mammifères, oiseaux
 Virus à tropisme essentiellement respiratoire, transmission aérienne: Contagiosité élevée
 Virus enveloppés: Fragiles
 Grippe: Le plus souvent bénigne  Complications (âges extrêmes, sujets fragilisés, pathologies sous-jacentes…)

I- Caractères Virologiques :
1 - Classification, Taxonomie virale:
Famille: Orthomyxoviridae Genre: Influenzavirus A, B, C (et les thogovirus) Type: 3 Virus grippaux A, B, C (Distinction sur la base de
l’antigénicité de la nucléoprotéine) Sous-types: plusieurs pour le virus grippal A (Distinction sur la base de leur antigènes)

2 – Structure Virale
 Enveloppe : ( Fragile: Antiseptique, eau de javel, alcool)
Bicouche lipidiques dérivant de la membrane plasmique de la cellule hôte avec insertion de 2 Glycoprotéines virales
membranaires (spicules) :
 Hémagglutinines (H1 à H16)  Attachement au récepteur cellulaire
 Neuraminidase (N1 à N9)  activité scialidase : destruction de la liaison au récepteur cellulaire et libération des particules virales
Combinaison H et N permet la distinction des sous-types grippaux A (Ex: A H1 N1, A H5 N1)

 Capside : tubulaire à symétrie hélicoïdale

 Génome: ARN polarité négative segmenté :  8 segments pour A et B 7 segments pour C
 Chaque segment est recouvert de nucléoprotéines et forme une ribonucléoprotéine. Chaque RNP est liée au complexe transcriptase / replicase

3 – Cycle de multiplication :
• Attachement par adsorption de l’hémagglutinine au récepteur cellulaire: acide sialique qui fixé à la surface de la cellule hôte
NB: spécificité vis-à-vis de la composition des acide sialique en fonction de la cellule hôte (homme, oiseau, porc)
•Pénétration par endocytose
•Fusion enveloppe virale et membrane endosome
•Libération des RNP dans le cytoplasme cellulaire et migration vers le Noyau
•Transcription des 8 segments d’ARN négatif en ARN messagers: synthèse des protéines virales
•Réplication des ARN viraux et formation de nouvelles RNP
NB: transcription et replication initiée et régulée par le complexe transcriptase/replicase
•Migration des protéines virales et des RNP néo-formés vers le cytoplasme de la cellule hôte
•Assemblage des RNP et des protéines virales
•Bourgeonnement des particules virales néo-formées
•Libération des particules virales dans la cellule hôte grâce à l’activité scialidase de la neuraminidase
•La cellule infectée meurt par apoptose
•Durée du cycle: 8 heures

Achraf Mesfioui
4 – Mécanismes de la variabilité Génétique des Virus Grippaux QE 2 types de mécanismes:
 Mutations: Dérive ou glissement +++
 Réassortiments génétique: Cassure ou saut génétique
 (Recombinaisons: RARES)

II- EPIDEMIOLOGIE
1 - Réservoir :
 Homme: virus grippaux de type A, B et C
 Mammifères : Virus de type A
 Oiseaux sauvages et domestiques: virus de type A
2 - Transmission : Aériennes, respiratoire : toux, éternuements, gouttelettes de salive sur mains
Transmission élevée dans les lieux clos et confinés mal aérés Porte d’entrée= organe cible (Incubation: 2- 3 jours)
3 - Aspects épidémiologiques : Epidémies annuelles (saisonnier) voire Pandémies (Mortalité élevée)

III - DIAGNOSTIC VIROLOGIQUE:

1 - Indications du diagnostic virologique: 2 - Prélèvements:
Placé dans un milieu de
 Surveillance épidémiologique • Types de prélèvements:
transport pour les virus
 Atteintes respiratoires sévères en milieu  écouvillonnage nasal ou nasopharyngé +++
+ Acheminement
hospitalier: Le plus souvent pratiqué en association  Aspiration nasopharyngée immédiat au
avec la recherche d’autres virus à tropisme respiratoire  Lavage broncho-alvéolaire LBA laboratoire
 Sérum (conservation à 4°C)
 Ne pas réaliser de prélèvements de gorge
3 - Techniques du diagnostic virologique
Direct Indirect
 Isolement viral en culture cellulaire
 (Technique de référence)  Recherche d’anticorps sériques (sérologie)
 Intérêt: Permet l’isolement des virus grippaux quel que soit leur type et sous-type  peu d’intérêt car trop tardif, rétrospectif
 Contrainte: résultat après 2 à 6jrs et labo spécialisés Intérêt:  enquêtes épidémiologiques
 Pas d’ECP évident : Détection de la multiplication virale parTest Techniques : immunologiques:
d’hémagglutination avec des GR de différentes espèces (coq,dinde, homme…)  Réaction de fixation du complément
 Identification du type et sous-type virale par : Test d’inhibition de  Tests ELISA
l’hémagglutination IHA à l’aide d’une batterie de sérums de référence spécifiques  Inhibition hémagglutination (IHA)
des différents types, sous-types et variant
 Détection des antigènes viraux
* Rapides, simples
*Techniques:
o IFD ++ (prélèvements riche en cellules, lecteur entrainés)
o TDR: Immunochromatographie sur bandelette (tests rapides) ++
o ELISA : Utilisation des Ac monoclonaux
 Biologie moléculaire : Détection du génome viral par amplification génique
(RT-PCR) :
 très grande sensibilité

 recherche simultanée de plusieurs virus : RT PCR multiplex

Prévention : Vaccination (Vaccin inactivé et purifié) +++ / Lavage des mains / Désinfection des surfaces

Achraf Mesfioui
 Paramyxoviridae
OBJECTIFS DU COURS:
• Citer les éléments de la taxonomie et de la classification des paramyxoviridae
• Décrire la structure générale des paramyxoviridae
• Décrire l’organisation génomique et les caractères antigéniques des virus de la famille des paramyxoviridae
• Décrire les indications et la mise en œuvre du diagnostic virologique des infections à paramyxoviridae

Introduction:
•Paramyxoviridae:
 Virus à ARN enveloppés
 Nombreux virus: Classés en sous-famille et en genre
•Présentations cliniques variables:
 Virus à tropisme essentiellement respiratoire (ex: virus respiratoire syncytial)  transmission Directe aérienne interhumaine
 Virus responsable d’infections disséminées ou généralisées (ex : virus de la rougeole)
•Gravité variable:
 Bronchiolite des nourrissons, problème de santé public.
 Rougeole fléau mondiale avec complications neurologiques et respiratoires mortelles avant la mise en place du vaccin.
•Diagnostic virologique:  Formes compliquées ou atpiques:
 Manifestations respiratoires:  Diagnostic direct par mise en évidence: Antigènes viraux - Génome virale
 Rougeole, oreillon:  Diagnostic essentiellement indirect +++

I- CARACTERES VIROLOGIQUES: QE

1 - Classification et taxonomie virale
• Ordre: mononegavirales
• Famille: Paramyxoviridae

2 - Structure générale Paramyxoviridae

 Virus sphérique, très pléiomorphes
 Enveloppe lipidiques avec des spicules de glycoprotéines (gp)
 Nucléocapside tubulaire à symétrie hélicoïdale
 NB: diamètre nucléocapside différencie les 2 sous-familles
 Génome: ARN monocaténaire de polarité négative (6-10 gènes)
 Fonction des principales protéines virales:
 G, H, HN: Glycoprotéine de type II: Attachement à la cellule
 F: Glycoprotéine de type I: Fusion et pénétration  Fusion entre les cellules infectées:
syncytium
 SH: Protéine supplémentaire présente à la surface des cellules infectées (VRS), fonction inconnue
 M: protéine de matrice
 N: nucléoprotéine, structure de l’hélice, réplication Fonction des glycoprotéines d’attachement
 P: phosphoprotéine, réplication
 L: ARN polymérase, ARN dépendante
 PARAMYXOVIRIDAE A TROPISME
ESSENTIELLEMENT RESPIRATOIRE :
 VRS A et B
 PIV 1, 2, 3 et 4
 MPV A et B
III- Physiopathologie:
 Début: Atteinte purement respiratoire  Excrétion virale intense par voie rhino-pharyngée
 Physiopathologie des infections à VRS:
 Début infection  Atteinte nasale
 Destruction des cellules cylindriques ciliées  Obstruction bronchiolaire, bronchospasme secondaire

Achraf Mesfioui
V- Diagnostic virologique
1 - Indications du diagnostic virologique: 2 - Prélèvements:
 Manifestations respiratoires sévères nécessitant • Prélèvements respiratoires:
une hospitalisation  Ecouvillonnage naso-pharyngée
 Etudes épidémiologiques  Aspirations naso-pharyngée
 LBA (lavage broncho-alvéolaire)
Le prélèvement doit recueillir des secrétions nasales, riche en cellules
(frottage appuyé)
 Utiliser un milieu de Transport Virologique + Transport rapide, Stockage à 4°C
avant analyse
• Sérum
3 - Techniques du diagnostic virologique
Direct Indirect
 Détection des antigènes viraux  2 sérums à 15J d’intervalle
▫ Test rapide enzymatique sur bandelette  Rapide, simple  Inutile pour le Dc d’une
▫ Immunofluorescence directe ou indirecte: infection respiratoire aigue
 Détection des Ag viraux VRS et PIV 1, 2 et 3 à l’aide d’Ac monoclonaux  Intérêt uniquement
NB: nécessitent présence cellules intactes dans le prélèvement épidémiologique
 Biologie moléculaire :
 RT- PCR en temps réel
 RT-PCR multiplexe: Détection simultanée de plusieurs virus respiratoires  Cibles recherchées:
(VRS A et B - VPI: 1, 2, 3 - MPV)
 Isolement viral en culture cellulaire
 ECP tardif + Possibilité détection précoce Ag virus ou génome virale

PARAMYXOVIRIDAE:
–Virus de la rougeole
–Virus des oreillons

I- CARACTERES VIROLOGIQUES:
1 - Classification et taxonomie virale

II- EPIDEMIOLOGIE:
 Réservoir: Humain (patient infecté)
 Transmission: Directe, Aérienne (Aérosols et salive)
 Contagiosité:
 Oreillons: 3 jours avant et 4 j après le début des symptômes
 Rougeole: 4 jours avant et après l’éruption
 Réceptivité, population cible: Adultes jeunes non vaccinés non immunisés au contact d’enfants infectés
 Aspects épidémiologiques: Endémique avec bouffées épidémiques (Rougeole: Très contagieuse)
III- Physiopathologie:
 Atteinte des voies aériennes supérieures puis Diffusion du virus par voie sanguine  Atteinte systémique
 Excrétion virale intense par voie rhino-pharyngée les premiers jours de la maladie  Contagiosité élevée respiratoire

Achraf Mesfioui
IV-Présentations cliniques:
 Oreillon  Parotidite ourlienne douloureuse et bilatéral
 Rougeole Eruption cutanée et muqueuse  complications respiratoires et neurologiques
V- Diagnostic virologique
1 - Indications du diagnostic virologique: 2 - Prélèvements:
Oreillons: • Pour les 2 (Oreillons et Rougeole)
 Diagnostic étiologique:  manifestations extra-parotidienne: méningites  Diagnostic indirect: Sérum
Formes survenant après vaccination  Diagnostic direct: LCR - Ecouvillonnage
 Détermination du statut immunitaire pharyngé - Salive - Urines
 Etudes épidémiologiques
Rougeole:
 Diagnostic étiologique: Complications neurologiques et pulmonaires
Eruption fébrile atypique (avec contexte d’immunodépression)
 Détermination du statut immunitaire
 Etudes épidémiologiques
3 - Techniques du diagnostic virologique
Direct Indirect
(rougeole et oreillon)
Oreillon rougeole –Le plus utilisé
 Détection des antigènes viraux  Détection des antigènes viraux –Technique : ELISA (Ig M ELISA
 IF sur secrétions pharyngées  IF sur secrétions nasopharyngées immunocapture)
 Biologie moléculaire : (Positive dans 75% des rougeoles)
–Mise en évidence:
 Génome: RT-PCR en temps réel (LCR et  Biologie moléculaire :  éroconversion ou élévation
salive) Utile pour le diagnostic des méningites ou  Génome: RT-PCR en temps réel (LCR, significative des Ig G
méningo-encéphalite après élimination des prélèvements respiratoires)Utile pour le spécifiques entre 2 sérums
enterovirus et l’HSV diagnostic: Encéphalites - Pneumonies  Présence des Ig M spécifiques
 Isolement viral en culture cellulaire  Isolement viral en culture cellulaire  Concomitants des signes cliniques

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Achraf Mesfioui