90-05-0013-A

Aeromonas et aéromonoses en médecine

humaine
B. Lamy

Résumé : Les Aeromonas sont des bacilles à Gram négatif, possédant une cytochrome oxydase, anaé-
robies facultatifs. Ce sont des bactéries de l’environnement, ubiquitaires, vivant préférentiellement dans
l’eau et le sol et responsables d’infections parfois très graves. Le genre Aeromonas est remarquable par
son profil de résistance aux antibiotiques, son large panel de facteurs de virulence, la complexité et la
confusion entourant sa taxonomie et la grande variabilité phénotypique entre et au sein des espèces.
Il est aujourd’hui composé de 36 espèces dont seules 16 ont été isolées en médecine humaine. Les
espèces les plus fréquemment isolées en pratique clinique sont, par ordre de fréquence décroissante,
Aeromonas veronii biovar sobria, Aeromonas hydrophila, Aeromonas caviae, Aeromonas dhaken-
sis, Aeromonas jandaei, Aeromonas schubertii. Les types d’infection, variés, comprennent infections
de plaies, bactériémies, gastroentérites, péritonites, infections hépatobiliaires, respiratoires ou ophtal-
miques, qui surviennent plutôt durant les mois d’été. Ce sont des infections rares mais émergentes,
survenant chez les patients immunodéprimés (terrain cancéreux ou pathologie hépatobiliaire) ou chez
les patients immunocompétents. Aeromonas est associé à des infections associées aux soins, notam-
ment à travers l’utilisation de sangsues en chirurgie reconstructrice. L’identification au niveau de l’espèce
repose, par ordre de performance croissante, sur les méthodes biochimiques, la spectrométrie de masse,
l’identification par séquençage de gènes de ménage ou des génomes complets. La résistance naturelle
aux bêtalactamines se caractérise par la production d’une à trois enzymes d’origine chromosomique,
de types céphalosporinase, oxacillinase et/ou métallocarbapénémase d’expression coordonnée. Le trai-
tement probabiliste repose sur le céfépime ou une fluoroquinolone associée ou non à de la gentamicine
en cas de contexte grave et le cotrimoxazole en cas de diarrhée nécessitant un traitement antibiotique.
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Mots-clés : Aeromonas ; Taxonomie ; Infection bactérienne ; Sensibilité aux antibiotiques ;

Identification bactérienne ; Pathogène opportuniste de l’environnement

Plan ■ Annexe F. Bêta-lactamases décrites chez Aeromonas 12

■ Annexe G. Profils de résistance naturelle aux bêta-lactamines
■ Introduction 1 des espèces d’intérêt clinique en fonction des espèces
■ Agent pathogène 2 et des enzymes 12
■ Facteurs de virulence chez Aeromonas 3
■ Rôle d’Aeromonas en médecine humaine 3
■ Diagnostic microbiologique 5
■ Annexe A. Espèces valides au sein du genre Aeromonas 7  Introduction
■ Annexe B. Cas clinique 10
■ Annexe C. Distribution des espèces isolées en médecine Les Aeromonas sont des bactéries opportunistes de
humaine, des types d’infections et des comorbidités identifiées l’environnement, ubiquitaires, vivant préférentiellement dans
chez les patients hospitalisés en France avec une aéromonose 10 l’eau et le sol et responsables d’infections parfois très graves.
Les types d’infections sont variés et surviennent plutôt durant
■ Annexe D. Performances de diverses méthodes d’identification les mois d’été [1–3] . Ce sont des infections rares, émergentes,
concernant une collection de souches représentative elles touchent des patients immunodéprimés (terrain cancéreux
de l’épidémiologie clinique 11 ou pathologie hépatobiliaire), ou des patients immunocompé-
■ Annexe E. Caractères biochimiques présentant une forte tents [1] . Le genre Aeromonas est en outre remarquable par son
variabilité interspécifique et aidant à l’identification d’espèces profil de résistance aux antibiotiques, sa virulence, la complexité
Les caractères soulignés permettent de distinguer les biovars de sa taxonomie et la grande variabilité phénotypique entre et au
de l’espèce A. veronii 11 sein des espèces.

EMC - Biologie médicale 1

Volume 17 > n◦ 1 > janvier 2022
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90-05-0013-A  Aeromonas et aéromonoses en médecine humaine

 Agent pathogène Écosystème et écologie

Caractéristiques du genre Les Aeromonas sont des microorganismes ubiquitaires répan-
dus dans la nature et vivant préférentiellement dans les milieux
Les Aeromonas sont des bacilles (parfois coccobacilles) à Gram hydriques dulçaquatiques. Aeromonas n’est pas une bactérie des
négatif, possédant une cytochrome oxydase et une catalase, écosystèmes marins. Ils peuvent être théoriquement isolés de
anaérobies facultatifs, ne formant pas de spores. Ils sont habituel- toute niche environnementale (eaux douces, estuariennes ou
lement mobiles au moyen d’un unique flagelle polaire, même si usées, boues d’épurations, sols, animaux à sang froid ou à sang
certaines souches présentent un flagelle latéral ou apparaissent chaud, aliments, etc.) [5] . Ils peuvent potentiellement coloniser
péritriches à partir de jeunes cultures sur milieu solide (hors Aero- tout type d’animaux et/ou vivre en symbiose avec certains inver-
monas salmonicida, la seule espèce non mobile) [4] . Ils se cultivent tébrés (exemple : sangsues) ; ce sont également des pathogènes
bien sur milieux usuels. Ils sont habituellement résistants au majeurs des poissons. Par exemple, A. salmonicida, A. hydrophila ou
composé vibriostatique 0/129 et réduisent les nitrates en nitrites. A. veronii sont entre autres responsables de la furonculose du pois-
Les autres caractères constants au sein du genre comprennent son ou de bactériémies, à l’origine de répercussions économiques
l’absence d’uréase et la production d’une bêtagalactosidase (test importantes dans les élevages piscicoles. Plus généralement, ce
à l’orthonitrophényl-bêta-D-galactopyranoside [ONPG] positif). sont des pathogènes de tout animal à sang froid (serpents, gre-
Les Aeromonas sont caractérisés par des capacités métaboliques nouille, escargots, etc.) et d’animaux à sang chaud [5] . Un réservoir
étendues et une capacité remarquable à coloniser rapidement un hospitalier est à relier à l’utilisation médicinale de sangsues.
grand nombre de niches et d’hôtes.

“ Point fort
Taxonomie Réservoirs d’Aeromonas
Le genre Aeromonas, individualisé en 1943, appartient aux • Réservoir hydrique : eaux douces courantes (rivières,
gammaprotéobactéries et à la famille des Aeromonadaceae, estuaires) ou stagnantes (lacs, étangs), eaux usées, eaux et
phylogénétiquement équidistante des familles Vibrionaceae et boues de stations d’épuration. NB : Aeromonas est absent
Enterobacteriaceae. L’espèce type est Aeromonas hydrophila [4] . Le de l’écosystème marin, ou présent en très faible concen-
genre comprend des espèces phylogénétiquement très proches tration.
associées à une forte variabilité phénotypique. Cette difficulté a • Réservoir tellurique : tout type de sol ou boue.
longtemps gêné et continue de rendre difficile l’identification des • Réservoir animal : insectes, sangsues, serpents, gre-
souches. Longtemps limité à deux groupes (un groupe mésophile
nouilles, escargots, oiseaux, mammifères, etc.
mobile, représenté par A. hydrophila et un groupe psychrophile
• Réservoir alimentaire : essentiellement poissons et
non mobile, représenté par A. salmonicida) [4] , la taxonomie a
été révolutionnée au début des années 1980 par l’hybridation coquillages, puis viande (par exemple, poulet) et lait cru,
acide désoxyribonucléique (ADN) – ADN puis depuis 2000 par etc. Les concentrations bactériennes sont généralement
le séquençage de gènes de ménages et le séquençage total des faibles.
génomes [4, 5] . Elle comprend en 2021 : • Réservoir hospitalier : anecdotique, sauf en cas
• 36 espèces, dont cinq controversées ou synonymes ; d’utilisation médicinale de sangsues.
• sept sous-espèces au sein des espèces A. salmonicida (cinq sous-
espèces) et A. hydrophila (deux sous-espèces). Deux sous-espèces
d’A. hydrophila ont été requalifiés au rang d’espèce (A. hydrophila
subsp. dhakensis correspond à Aeromonas dhakensis [6] , A. hydro-
phila subsp. anaerogenes à Aeromonas caviae) ;
Pathogénicité et physiopathologie
• deux biovars au sein de l’espèce Aeromonas veronii [4–11] . L’écosystème des Aeromonas, ainsi que la diversité des hôtes,
L’hybridation ADN–ADN a permis d’identifier 17 groupes des facteurs de virulence potentiellement mis en jeu, des
homogènes (HG), mais cette classification corrélant imparfai- types d’infections et de terrains (patients immunocompétents
tement aux données phénotypiques, les microbiologistes ont et immunodéprimés), montrent l’extraordinaire adaptabilité des
longtemps parlé de genospecies, de phenospecies et de complexes Aeromonas à des conditions de vie très variées (vie planctonique
phénotypiques, des termes qui ne recouvraient pas exacte- en milieu hydrique complexe, biofilm, comportement pathogène
ment des groupes identiques. Leur utilisation est dorénavant chez l’hôte). Les souches isolées en clinique peuvent être soit colo-
obsolète. nisantes, soit infectantes, seules certaines souches étant en mesure
L’utilisation du séquençage de gènes de ménage ou des génomes de provoquer un processus pathogène au moyen d’une adaptabi-
complets a permis de clarifier la taxonomie, de la compléter lité et de facteurs de virulence mis en jeu selon un processus encore
et de mettre en lumière des espèces décrites à tort, car redon- inconnu [1] .
dantes avec des espèces antérieurement décrites. Il en résulte une Chez l’homme, Aeromonas est un pathogène opportu-
taxonomie, longtemps confuse, dorénavant clarifiée [1, 4, 5] . Cette niste émergent responsable d’infections intestinales et extra-
complexité, souvent rebutante, est néanmoins utile afin de mieux intestinales très variées. Initialement décrites chez les patients
comprendre l’épidémiologie et la physiopathologie. Par exemple, immunodéprimés (pathologie sous-jacente), les infections sur-
l’individualisation du taxon A. dhakensis de l’espèce A. hydrophila viennent également chez les patients immunocompétents [1] . Les
a permis d’établir que A. dhakensis est un taxon plus virulent et Aeromonas sont impliqués le plus souvent dans des infections
plus fréquemment isolé dans les pays chauds [12] . de plaies cutanées, intestinales, de bactériémies, plus rarement
Le genre Aeromonas est organisé en complexe d’espèces. La des infections respiratoires, etc. La physiopathologie est large-
description de nouvelles espèces repose actuellement sur une ment expliquée par les réservoirs d’Aeromonas. Les infections de
approche polyphasique incluant notamment le séquençage du plaies et les infections pulmonaires sont quasi exclusivement asso-
gène de l’acide ribonucléique ribosomique (ARNr) 16S, d’un ou ciées à une exposition hydrique ou tellurique par souillure d’une
plusieurs gènes de ménage ou dorénavant le séquençage complet plaie concomitante à l’exposition, ou par inhalation d’eau au
du génome duquel est déduit le pourcentage d’hybridation in décours d’activités récréatives (sports aquatiques ou nautiques),
silico ADN–ADN (DDH) et le nombre moyen d’identité nucléo- d’accidents de la voie publique ou de noyade [1, 3, 14, 15] . Beaucoup
tidique (ANI) et, enfin, le profil phénotypique [9] . plus rarement, des infections cutanées sont associées à des mor-
Seules 16 espèces ont été isolées dans la pratique clinique dont sures (serpent, sangsue, etc.) [16] . Il existe une saisonnalité, avec
quatre représentent plus de 90 % des isolats cliniques (A. hydro- un pic en été [2, 4, 8] , qui, si elle est imparfaitement expliquée,
phila, A. dhakensis, A. veronii, A. caviae) [13] (Annexe A). est habituellement reliée à l’augmentation de la fréquence des

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100 A. dhakensis
A. veronii

Fréquence des espèces et des pathologès (%)

A. hydrophila
80 A. caviae

60

40

20
Figure 2. Cas d’infection de plaie de jambe survenue après une bai-
gnade en eau douce chez un homme de 47 ans, immunocompétent
et sans comorbidité. Le cas s’est compliqué d’une dermohypodermite.
Noter l’aspect érysipéloïde de la jambe. La prise en charge du patient a
0
Infection cutanée Bactériémie Gastroentérite Autre compris un traitement chirurgical et antibiotique (reproduit avec l’aimable
Figure 1. Distribution des espèces les plus fréquemment retrouvées en autorisation du Docteur A. Lecoustumier).
clinique en fonction des pathologies les plus fréquentes. Noter l’absence
d’Aeromonas hydrophila et la fréquence élevée de A. caviae dans les bacté-
proposé le concept de pathotype, correspondant à la nécessaire
riémies, la fréquence élevée de A. hydrophila dans les infections de plaies
combinaison de plusieurs facteurs de virulences pour expliquer
et de tissus mous (statistiquement significatif) (d’après [5] , les souches
le pouvoir pathogène d’une souche [1, 5] . Ce concept est sous-
d’A. dhakensis qui avaient été identifiées comme A. hydrophila avant la
tendu par un niveau de preuve faible, reposant sur des études
description de ce nouveau taxon ont été reclassées).
épidémiologiques observationnelles peu robustes et sur des études
biaisées par l’utilisation de polymérisation en chaîne peu sen-
activités nautiques ou récréatives en plein air à la belle saison en sibles et peu spécifiques pour la détection de certains facteurs de
contact avec un réservoir hydrique ou tellurique. Plus difficile à virulence [17] . Plus probablement, le caractère polymicrobien par-
démontrer, les infections intestinales sont associées à l’absorption ticipe à la modulation du processus infectieux [18, 19] , dont le rôle
d’eaux ou d’aliments (le plus souvent poissons et coquillages) reste à confirmer. Des exotoxines, des toxines injectées par des
contenant des Aeromonas. systèmes de sécrétion, la capacité à produire du biofilm et la pré-
Parmi la longue liste d’espèces appartenant au genre Aeromo- sence de flagelles latéraux ont été incriminées dans la virulence
nas, seul un nombre réduit est isolé en bactériologie clinique des Aeromonas.
que ce soit comme souche colonisante ou infectante : A. caviae,
A. hydrophila, A. dhakensis, A. jandaei, A. media, A. schubertii,
A. salmonicida, A. trota, A. veronii (biovar sobria et exception-
nellement biovar veronii), A. popoffii, A. bestiarum, ainsi que les
 Rôle d’Aeromonas en médecine
espèces récemment décrites, A. dhakensis, A. sanarellii, A. taiwa- humaine
nensis, A. tecta [1, 7, 14] . En microbiologie clinique :
• les trois espèces A. caviae, A. hydrophila, A. veronii biovar sobria Les aéromonoses ont initialement été décrites comme sur-
sont les plus fréquemment isolées et représentent 85 à 95 % venant sur un terrain d’immunodépression, qui n’est en fait
des souches impliquées dans les infections [1, 14] , sans qu’une rencontré que chez 30 à 40 % des patients hospitalisés pour aéro-
espèce ou une autre soit particulièrement associée à un type monose (moins de 10 % en cas d’infection de plaies et de tissus
d’infection ; mous à 50–60 % pour les autres pathologies) [14] . Les aéromo-
• A. dhakensis s’avère représenter près de 5 % des souches cli- noses diagnostiquées chez les patients immunocompétents ou
niques ; sans comorbidité sont surtout des infections de plaies et de tissus
• les espèces A. jandaei, A. media et A. schubertii sont rares (5 à 15 % mous et des diarrhées (Annexe C).
des cas au total), même si elles semblent un peu plus fréquentes
en Amérique ;
• A. salmonicida, A. bestiarum ou A. popoffii sont exceptionnelles ;
Infection de plaies et de tissus mous
• les nouvelles espèces (A. tecta, A. sanarellii, A. taiwanensis), de Ce type d’aéromonoses comprend à la fois des surinfections
description récente, sont de fréquence encore inconnue [7] . de plaies et des fasciites nécrosantes et myonécroses au pronostic
La Figure 1 montre la distribution des espèces les plus fréquentes très sombre. Les formes les plus graves surviennent en géné-
pour les pathologies les plus fréquemment observées en France ral sur terrain favorisant (pathologie cancéreuse ou insuffisance
dans une population de patients hospitalisés. A. caviae apparaît hépatique) [1] . En France, les infections cutanées surviennent le
moins fréquente dans les infections de plaies et plus fréquente plus souvent chez des patients, le plus souvent masculins, par
dans les bactériémies et une situation opposée pour A. hydro- ailleurs en bonne santé (environ 90 % des cas), plutôt jeunes et
phila [14] (Annexe C). après un traumatisme (plus de 95 % des cas) avec une exposition
hydrique ou tellurique concomitante (au moins 90 % des cas) [14] .
Les zones infectées sont préférentiellement localisées au niveau
 Facteurs de virulence des membres. Les infections comprennent des abcès, des infec-
tions de plaies présentant parfois un aspect nécrotique (Fig. 1) ou
chez Aeromonas érysipéloïde (Fig. 2). Les infections de plaies associées à une frac-
ture ouverte peuvent se compliquer de synovite ou d’ostéite. Les
Comme pour tout pathogène opportuniste de l’environne- infections de plaies par Aeromonas sont souvent associées à une
ment, les mécanismes de virulence sont mal définis. De nom- odeur nauséabonde particulière et remarquable. Elles sont poly-
breux facteurs de virulence ont été décrits, mais aucun à lui seul microbiennes dans près de 60 % des cas. Les bactéries associées
ne permet d’expliquer la survenue d’une infection et la littéra- sont Staphylococcus aureus et des entérobactéries [14] . Les blessures
ture est particulièrement confuse à ce sujet. Certains auteurs ont associées à une exposition hydrique résultent surtout d’activités

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de loisir (baignades, nautisme, pêche), avec, quasi exclusivement, Bien que cette étude ait été critiquée sur le choix des souches
une exposition à l’eau douce [14, 20] . L’importance de l’exposition utilisées (pouvoir entéropathogène insuffisant ?), les résultats
hydrique a été particulièrement bien démontrée par les cas obtenus ont jeté le trouble, jamais dissipé depuis, sur le réel
d’infections de plaies survenues lors de catastrophes naturelles pouvoir entéropathogène d’Aeromonas. Aucune étude visant
(ouragans, tsunami, tremblements de terre) au cours desquelles à réévaluer ces résultats n’a été menée depuis, notamment
Aeromonas était un des pathogènes les plus fréquemment isolés pour des raisons éthiques.
(environ 20 % des cas) [21–23] . Les blessures avec exposition tellu- L’hypothèse proposée pour concilier les discordances observées
rique résultent en général de plaies souillées avec objet pénétrant repose sur le concept que seules certaines souches seraient équi-
lors de jardinage (par exemple, échardes, fil de fer, etc.), de chute, pées de gènes de virulence nécessaires à l’entéropathogénèse et
ou le plus souvent d’accident de la voie publique. L’exposition capables de provoquer une diarrhée (concept du pathotype) [34, 36] .
tellurique est aussi fréquente que l’exposition hydrique [14] . Les Si certains facteurs de virulence ont été associés à des gastroen-
infections peuvent également se développer à la suite de morsures térites, la présence de ces facteurs de virulence ne permet pas
d’animaux (sangsues, reptiles, etc.) [5, 11] . Aeromonas a été associé de prédire le caractère entéropathogène d’une souche ni de
à des cas de brûlures [24] , dont la fréquence, faible, est inconnue. distinguer une souche entéropathogène d’une souche non enté-
Enfin, l’utilisation médicinale de sangsues, notamment en chi- ropathogène. Enfin, si A. caviae semble plus fréquemment isolé
rurgie plastique, est associée à un risque infectieux nosocomial dans les selles en cas de gastroentérite, il n’existe pas d’arguments
(se reporter au paragraphe « Infections nosocomiales ») [25] . Dans fort pour affirmer que le pouvoir entéropathogène est espèce-
une étude française, les infections de plaies et de tissus mous par dépendant [1, 37] . L’évaluation du pouvoir entéropathogène à partir
Aeromonas prises en charge dans les établissements de soins ont des études publiées et d’un modèle dose-réponse pour la survenue
nécessité une prise en charge chirurgicale dans 68 % des cas et de diarrhée bactérienne aiguë confirme le pouvoir entéropatho-
antibiotique dans 85 % des cas [14] (Annexe B). gène d’Aeromonas [36] .
L’isolement d’Aeromonas d’une coproculture est
d’interprétation difficile : l’isolement d’une souche d’Aeromonas
Bactériémies ne suffit pas pour affirmer sa responsabilité dans une entérite,
Les bactériémies à Aeromonas ont d’abord été décrites chez surtout lorsque l’examen des selles n’a pas inclus la recherche de
des patients préférentiellement masculins ayant un terrain tous les pathogènes potentiels (dont virus). Le diagnostic est de
sous-jacent. Il s’agit surtout de cancer, immunosuppression, cir- surcroît compliqué par l’existence d’un portage digestif asymp-
rhose ou pathologies hépatobiliaires ou diabète, présents dans tomatique (0,4 à 2,1 % des patients des régions tempérées) [34] .
plus de 85 % des cas dans les pays occidentaux et dans 95 % Enfin, les connaissances actuelles sont insuffisantes pour prédire
des cas des pays asiatiques [26–32] . La fréquence des pathologies la responsabilité d’une souche d’Aeromonas isolée à partir de
hépatobiliaires (hépatites virales, angiocholite purulente récur- selles diarrhéiques d’après la présence ou l’absence de gènes de
rente, etc.) apparaît plus importante en Asie qu’en Europe ou virulence.
Amérique [26, 28, 29, 33] .
Pour autant, les études européennes plus récentes ont mon-
tré qu’il n’y avait pas ou plus de prédominance masculine et
Infections intra-abdominales
qu’environ 30 % des patients ne présentaient aucune patholo- Elles comprennent des infections des voies biliaires et pan-
gie sous-jacente, mais étaient très âgés (plus de 90 ans) [14, 33] . créatiques, qui surviennent quasi exclusivement sur un terrain
Rarement (moins de 5 % des cas), les bactériémies à Aeromonas lithiasique ou tumoral du pancréas ou des voies biliaires. Ces
sont associées à des lésions de type ecthyma gangrenosum avec un infections sont souvent polymicrobiennes, associant d’autres
aspect bulleux et/ou pétéchial plutôt qu’ecchymotique. Les portes microorganismes d’origine digestive et la mortalité est de l’ordre
d’entrée des bactériémies à Aeromonas incluent l’altération de la de 0 à 10 %. Par ailleurs, Aeromonas est impliqué dans la sur-
muqueuse intestinale ou l’infection des voies biliaires, très fré- venue de péritonites spontanées [38] et de surinfections d’ascite.
quente (environ 35 % des cas en France) ; beaucoup plus rarement, Pour les derniers cas, un épisode diarrhéique préalable est souvent
les plaies et cellulites, dont le pronostic est dans ce dernier cas très retrouvé. Les taux de mortalité varient de 20 à 56 % [39, 40] ; tous
sombre (mortalité de l’ordre de 67 %) [14, 28, 29, 31] . Les bactériémies ces foyers sont souvent à l’origine de décharges bactériémiques.
sont polymicrobiennes dans 30 % des cas [14] .

Infections respiratoires
Gastroentérites
Pendant longtemps, Aeromonas a été considéré comme une bac-
Plusieurs présentations cliniques sont décrites : par ordre de fré- térie colonisant transitoirement le tractus respiratoire, d’autant
quence, une diarrhée aqueuse, sécrétoire, évoluant durant 3 jours qu’elle était souvent isolée avec d’autres bactéries pathogènes.
et associée à une fièvre modérée et des crampes abdominales, Elle est dorénavant considérée comme un authentique patho-
une forme mucosanglante (dysentériforme) qui semble volon- gène du tractus respiratoire [1] . La présentation classiquement
tiers associée à un terrain de neutropénie/aplasie ou de cancer décrite comporte une pneumonie nécrosante avec une aggra-
colique, un syndrome subaigu ou chronique évoluant durant plu- vation très rapide, une hémoptysie massive, un choc septique
sieurs semaines, de fréquence probablement sous-estimée bien d’installation rapide et un décès en moins de 12 à 48 heures [1] .
qu’inconnue, plus rarement un syndrome de type cholérique, ou L’infection est souvent décrite chez des patients immunodépri-
une diarrhée de retour de voyage [1, 5] . més, ou plus rarement immunocompétents [15, 41–46] . Une étude
Bien que connu comme étant agent responsable d’entérite, le récente conduite en France fait état de cas moins sévères (aucun
niveau de preuve est plutôt modeste, avec des données discor- décès, pas d’hémoptysie) [14] . Le facteur de risque systématique-
dantes [1, 34] . Ce paradoxe repose sur les critères suivants : ment rencontré est une inhalation d’eau douce, observée le plus
• d’une part, plusieurs études épidémiologiques et des études cas- souvent chez les rescapés de noyade. La mortalité est de l’ordre de
témoins ont conclu au pouvoir entéropathogène d’Aeromonas ; 50 %.
• d’autre part : Il est difficile d’établir la responsabilité « clinique » d’une souche
◦ aucune étude indiscutable n’a montré l’existence d’Aeromonas isolée d’une expectoration, surtout si elle a été isolé
d’épidémies comme cela est décrit pour tous les autres avec d’autres bactéries pathogènes (80 % des cas). Il n’existe pas de
entéropathogènes, définition consensuelle de l’infection respiratoire par Aeromonas.
◦ le postulat de Koch n’est pas vérifié, puisqu’il n’existe pas Pour certains auteurs, Aeromonas doit avoir été isolé en culture
de modèle animal permettant de reproduire la patholo- pure avec une abondance significative (quantité supérieure au
gie. Par ailleurs, une seule étude, ancienne, a montré que seuil de décision pour le test considéré et le type d’échantillon ana-
l’administration de doses, même élevées d’Aeromonas (1010 lysé) pour conclure à l’infection [47] . Pourtant, plusieurs cas bien
unités formant colonies [UFC]) chez des volontaires sains n’a documentés d’infections sévères par Aeromonas isolés en culture
permis d’induire la pathologie que dans 3,5 % des tests [35] . polymicrobienne ont été décrits [15] . Dans ce cas, l’hypothèse, non

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démontrée, serait qu’Aeromonas participe au processus infectieux souvent isolées dans des échantillons polymicrobiens (respec-
en majorant celui provoqué par les autres microorganismes. Les tivement 30, 60 et 80 % des cas de bactériémies, d’infections
cas d’infections polymicrobiennes par Aeromonas ont probable- de plaies et de tissus mous et d’infections respiratoires), ce qui
ment été sous-estimés ou négligés dans les études initiales en rend l’identification du rôle pathogène spécifique d’Aeromonas
raison d’une définition trop restrictive (caractère monomicrobien complexe [14] .
de la culture). La définition d’infection respiratoire par Aeromo-
nas reste discutée et des études complémentaires sont nécessaires
pour la préciser. Caractères culturaux
La culture des Aeromonas est aisée, les souches isolées en
Autres microbiologie clinique ne montrant pas d’exigences culturales
particulières. Des géloses de type trypticase soja, Drigalski, Mac-
Les autres types d’aéromonoses sont exceptionnels mais très Conkey ou encore Hektoen peuvent être utilisées, les colonies
variés, incluant infection oculaire [48–50] , infection urinaire [51] , apparaissant lactose-positif ou lactose-négatif sur les trois der-
syndrome hémolytique et urémique dont la réalité, pour ce der- niers milieux. Les colonies ressemblent beaucoup à celles des
nier, a été discutée [5] , ostéite en cas de fracture ouverte et souillée, entérobactéries et sont souvent d’aspect muqueux. La bêtahémo-
etc. Les infections oculaires comprennent kératites, endophtal- lyse est fréquente sans être un caractère constant d’espèce (sauf
mies ou ulcérations de cornées pour lesquelles une exposition chez A. popoffii, chez qui elle est absente). Un milieu sélectif, de
environnementale précédant l’infection n’est pas toujours iden- type gélose au sang à l’ampicilline (20 à 30 ␮g/ml), peut être uti-
tifiée contrairement à une hygiène défectueuse chez des porteurs lisé pour rechercher les Aeromonas dans les selles (coprocultures),
de lentilles est décrite. les espèces étant, à l’exception de Aeromonas trota, résistantes
à cette concentration d’antibiotique [54] . Le milieu cefsulodine-
irgasan-novobiocine (CIN) modifié (concentration cefsulodine à
Infections nosocomiales 4 mg/l) incubé à 30 ◦ C constitue une alternative, de performances
Les infections nosocomiales sont très rares, et sont surtout moindres [1] .
liées à l’utilisation de sangsues en chirurgie réparatrice comme
traitement de sauvetage pour décongestionner les lambeaux et
améliorer le taux de succès des greffes. Aeromonas étant un sym- Identification
biote des sangsues (jabot), l’animal régurgitant pendant le repas L’identification au niveau de l’espèce est classiquement diffi-
sanguin et les tissus du patient étant localement immunodé- cile en raison de la grande proximité des espèces et de la forte
primés, le risque infectieux varie entre 4,1 et 36,2 % selon les variabilité intraspécifique. Quatre types de méthodes sont dispo-
études. Le microbiote du jabot de la sangsue est un microbiote nibles [58–62] . Par ordre de performance décroissante :
comportant une diversité microbienne relativement limitée. Il est • les méthodes reposant sur le séquençage d’ADN génomique
majoritairement composé d’Aeromonas (38 %) et de Mucinivorans (partiel ou complet, hors ARNr 16S) [58] ;
hirudinis (rikenellaceae) (35 %). D’autres taxons sont présents en • la spectrométrie de masse de type matrix-assisted laser desorption
faible quantité (Morganella morganii, Ochrobactrum spp., Clostri- ionization time-of-flight (MALDI-TOF) [59] ;
dium spp., Anaplasma marginale, Proteus spp., Erysipelothrix spp., • les méthodes phénotypiques reposant sur des algorithmes (par
Desulfovibrio spp., et Fusobacterium spp., par exemple) [52, 53] . Parmi exemple Aerokey II) [60, 61] ;
les Aeromonas, A. veronii est l’espèce prédominante et A. jan- • les méthodes phénotypiques commercialisées [62] .
daei et A. hydrophila, une espèce minoritaire. Les infections sont
majoritairement causées par des Aeromonas, en particulier par
A. hydrophila [53, 54] . Identification moléculaire par séquençage d’acide
L’infection conduit souvent à une perte du lambeau [1, 5, 26, 55] . désoxyribonucléique
Ces infections sont généralement prévenues par une antibio- Il s’agit de la méthode de référence pour identifier les Aeromo-
prophylaxie par fluoroquinolone durant toute la durée de nas, mais les performances varient selon le(s) gène(s) utilisé(s).
l’hirudothérapie mais l’apparition depuis 2011 de souches iso- Le gène codant l’ARNr 16S, s’il permet une identification au
lées d’infection posthirudothérapie majoritairement résistantes niveau du genre, s’avère insuffisamment discriminant pour iden-
à la ciprofloxacine [56] pose de réels problèmes dans la redéfini- tifier les Aeromonas au niveau de l’espèce (variabilité interespèce
tion de l’antibioprophylaxie, à ce jour non encore résolue. Ce entre 0 et 5 %, variabilité intragénomique élevée des différentes
risque doit dorénavant être pris en compte dans la prise en charge copies d’ADNr 16S) [58, 63, 64] . En revanche, des gènes de ménage
des patients et la pratique de l’hirudothérapie. Les stratégies tels que rpoB, rpoD, gyrB (le plus représenté dans les bases de
adoptées comprennent par exemple une biantibioprophylaxie données) ont montré une variabilité suffisante pour permettre
(cotrimoxazole associée à la ciprofloxacine par exemple) ou une l’identification de tous les taxons au niveau de l’espèce. Par
antibioprophylaxie par céphalosporine de troisième génération, exemple, la variabilité intraspécifique de gyrB est de 2,6 % et la
toutes non consensuelles. variabilité interspécifique est de 3 % pour la plupart des espèces.
Par ailleurs, des infections de sites opératoires ont été décrites. Les erreurs d’identification sont liées à des transferts horizon-
Toutes impliquaient des sites opératoires digestifs ou pelviens chez taux de gènes (fréquence d’environ 2 % selon le gène utilisé) de
des patients ayant une pathologie gastro-intestinale ou biliaire, les sorte qu’il peut être nécessaire de compléter l’identification par
infections des sites opératoires survenant plutôt durant les mois le séquençage d’un second gène (à définir selon le contexte et les
d’été, présentant un développement rapide après l’intervention objectifs de l’identification) [65] .
chirurgicale (délai moyen 2,2 jours) et une évolution favorable [57]
(Annexe C).
Spectrométrie de masse de type matrix-assisted
laser desorption ionization time-of-flight
 Diagnostic microbiologique Cette technologie permet d’identifier Aeromonas au niveau de
l’espèce en quelques minutes avec un niveau de performance simi-
Dans un contexte au cours desquels le patient peut être colonisé laire à celui des meilleures méthodes biochimiques. Néanmoins, et
à la suite de contacts avec l’environnement (colonisation cutanée bien que tous les systèmes commercialisés n’aient encore été éva-
ou digestive), le diagnostic est parfois délicat et la connaissance lués pour ce genre, l’analyse des contenus des bases de données
précise du contexte clinicobiologique est cruciale. La difficulté pour le genre Aeromonas a montré :
de diagnostic est accrue dans les cas de gastroentérite, où 1 % • l’absence des taxons récemment décrits, pouvant conduire à
des patients sont colonisés et où seules certaines souches sont des erreurs d’identification [66, 67] . Ainsi, 20 et 29 des 36 espèces
en mesure de provoquer, chez certains patients seulement, une décrites sont absentes des bases de données commerciales (Bio-
pathologie intestinale. Les souches d’Aeromonas sont de plus typer et Vitek MS 3.0 respectivement) et parmi les 16 espèces

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rencontrées en microbiologie clinique (7 et 12 sont man-

quantes). L’absence du taxon A. dhakensis en particulier fait
que les souches appartenant à cette espèce sont identifiées à
tort A. hydrophila ou A. jandaei [66] ;
“ Point important
• la présence de taxons synonymes ou controversés (A. culicicola A. veronii biovar sobria représente une proportion substan-
ou A. ichthiosmia) ;
tielle de souches isolées en médecine humaine (environ
• le faible écart entre les résultats d’identification proposés par
le système Biotyper notamment [59, 66] . L’identification à par- 35%). Le taxon A. veronii biovar sobria n’a été décrit qu’en
tir de colonies sera par conséquent systématiquement mise en 1987. Avant cette date, le terme A. sobria pour dénom-
oeuvre avec une extraction (acide formique/acétonitrile) préa- mer ces souches était approprié puisque A. sobria était
lable pour une identification au niveau de l’espèce [59] . phylogénétiquement le plus proche taxon connu. À par-
Le défaut de performances est essentiellement lié à un défaut des tir de la description de 1987, A. veronii biovar sobria est
bases de données, à la fois en raison d’un défaut d’exhaustivité et devenu le taxon le plus proche de ces souches et de facto
d’un nombre insuffisant de profils par espèce. Il existe en fait des la dénomination adéquate. Par conséquent, l’appellation
pics spécifiques de certaines espèces qui pourraient être exploi- A. sobria est devenue obsolète et inadéquate, bien que plu-
tés pour améliorer les performances d’identification des souches sieurs méthodes d’identification commerciales continuent
d’Aeromonas mais qui ne le sont actuellement pas [67] . Malgré ces
d’utiliser cette dénomination [62] . Une part de la confusion
limites, les performances du système Biotyper atteignent 90 %
pour l’écologie clinique rencontrée dans les pays de climat tem- d’identification provient du fait que le terme sobria figure
péré. Elles sont probablement plus faibles dans les pays chauds où dans les deux noms. Les taxons A. veronii biovar sobria et
A. dhakensis (absent des bases) est plus fréquent. La base Vitek MS A. sobria sont deux taxons très différents et A. sobria n’est
3.0 n’a pas été évaluée mais les performances pour l’identification jamais isolé en médecine humaine.
au niveau de l’espèce sont probablement limitées en raison de
la difficulté à distinguer A. caviae de A. hydrophila, de la diffi-
culté à identifier A. veronii outre l’absence de nombreux taxons
(Annexe D).

Systèmes commercialisés d’identification “ Point important

biochimique
Ces méthodes présentent un délai de production de résultat Les méthodes multiplexes et l’approche syndromique ont
très long de sorte que ces méthodes ont perdu beaucoup d’intérêt permis de révolutionner le diagnostic des gastroentérites.
depuis l’apparition de la spectrométrie de masse. La plupart des Il existe de nombreuses méthodes sur le marché (Lumi-
galeries d’identification présentent de très bonnes performances nex xTAG GI Pathogen Panel, FilmArray GI Panel, Verigene
pour affirmer l’appartenance au genre Aeromonas, à l’exception
Enteric Pathogens Nucleic Acid Test, Seegen AllPlex GI Bac-
de certains systèmes qui distinguent mal le genre Aeromonas du
genre Vibrio, les souches d’Aeromonas étant identifiées à tort Vibrio teria, BD MAX Enteric Panels, QIAstat-Dx® Gastrointestinal
lorsqu’elles cultivent en milieu hypersalé [62] . Panel par exemple et d’autres en cours de développement
Concernant l’identification au niveau de l’espèce, les méthodes ou de validation) [68] mais à ce jour (2021), Aeromonas
commerciales se répartissent entre des méthodes nécessitant des est très rarement inclus dans les panels [68–70] . Lorsqu’ils le
tests complémentaires et celles n’en requérant pas, les premières sont, les Aeromonas sont identifiés au niveau du genre. All-
étant caractérisées par de meilleures performances, au détriment Plex GI Bacteria est le seul panel incluant Aeromonas qui a
d’un délai d’identification allongé (de 24 à 48 h supplémen- été évalué à ce jour. Si les performances sont globalement
taires). De plus, certains tests complémentaires requis ne sont bonnes (sensibilité 81–89 %, spécificité 99%), Aeromonas
plus couramment répandus dans de nombreux laboratoires de représente une proportion importante des discordances
biologie (par exemple bouillon NaCl à 4 ou 6 % selon les sys-
culture positive/test négatif. Par exemple dans la série
tèmes d’identification ; production de gaz à partir du glucose)
rendant l’identification au niveau de l’espèce par ces systèmes de Martin, 13 résultats des 16 selles positives avaient été
peu pratiques [62] . Par ailleurs, les bases de données des systèmes détectés et quatre résultats étaient discordants (un résul-
commerciaux ne sont pas mises à jour de sorte que certaines tat faux négatif et trois résultats faux-positifs) [69, 71] . Il
espèces d’Aeromonas impliquées dans des infections humaines existe à ce jour peu d’études évaluant les performances
sont absentes des bases. Enfin, le taxon A. veronii biovar sobria, pour la détection d’Aeromonas. Celles-ci sont de très
très fréquemment isolé en microbiologie clinique, reste incor- faible puissance (une à 16 selles positives incluses) pour
rectement dénommé A. sobria dans les bases de données [62] . Au l’évaluation de la sensibilité et sont sans précision sur les
total, l’évaluation de six galeries commerciales a montré des per- espèces détectées/non détectées. Si les performances sont
formances variant en 67,8 et 91,9 %. Ce niveau de performances encourageantes, la prudence reste de mise avant la paru-
peut être amélioré en utilisant l’algorithme Aerokey II (Annexe D).
tion d’études complémentaires. Enfin, une méta-analyse
évaluant les performances des panels gastroentériques
Algorithme Aerokey II élude la problématique de l’impact de présence/absence
d’Aeromonas dans les panels sur les performances [68] .
Cet algorithme simple repose sur l’utilisation d’au total sept
tests biochimiques pour identifier au niveau de l’espèces les
souches cliniques (en général deux à quatre tests sont nécessaires).
D’autres caractères sont utiles en vue de distinguer les divers
taxons isolés en microbiologie clinique [60] (Annexe E). Sensibilité aux bêtalactamines
La résistance naturelle aux bêtalactamines est associée à la pro-
duction d’une à trois enzymes d’origine chromosomique (toutes
Sensibilité aux antibiotiques de type oxacillinase, céphalosporinase, carbapénémase) de type
La sensibilité des Aeromonas aux antibiotiques varie d’une inductible, d’expression coordonnée [72–75] . Leur présence est sou-
espèce à l’autre. Les Aeromonas se caractérisent par des profils vent espèce-dépendante [72–79] (Annexe F et Annexe G).
remarquables de résistance aux bêtalactamines. La compréhen- Plusieurs points méritent d’être soulignés. En premier lieu, et
sion de ces profils est compliquée par le fait que certaines espèces bien que des gènes de céphalosporinase aient été décrits chez
hébergent des gènes de bêtalactamase sans nécessairement les A. veronii biovar sobria, les souches appartenant à cette espèce sont,
exprimer. sauf exception, sensibles aux céphalosporines, ce qui constitue

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même un caractère d’identification à l’espèce. L’espèce A. trota classe 1, dont la présence apparaît fréquente au sein des souches
est la seule espèce habituellement sensible aux aminopénicil- isolées dans l’environnement (environ 20 %) [88] .
lines [72, 80–82] . En deuxième lieu, la régulation des gènes des
Antibiotiques à tester
deux ou trois types de bêtalactamases est coordonnée de sorte
que la dépression des gènes régulateurs aboutit rapidement à Les antibiotiques à tester en vue de guider une antibiothérapie
l’expression de toutes les enzymes et à des profils de résistance très devraient comprendre : pipéracilline, céphalosporine de troisième
élevée touchant l’ensemble des bêtalactamines [73] . En troisième génération, céfépime, fluoroquinolones, cotrimoxazole, gentami-
lieu, les bêtalactamases étant soit des oxacillinases, des céphalo- cine, amikacine. Depuis 2018, le comité antibiogramme de la
sporinases ou des carbapénémases, l’activité des pénicillines est Société française de microbiologie (SFM) propose un chapitre
très mal restaurée par l’acide clavulanique [83, 84] . La quasi-totalité dédié à Aeromonas, avec des concentrations critiques spécifiques
des souches est résistante par la méthode des concentrations mini- d’Aeromonas pour l’interprétation des CMI et des diamètres des
males inhibitrices (CMI) réalisées d’après les recommandations zones d’inhibition ainsi qu’une liste standard d’antibiotiques à
du comité de l’antibiogramme de la Société française de micro- tester.
biologie (CA-SFM) (méthode des concentrations fixes d’acide Approche thérapeutique
clavulanique). Les antibiotiques utilisés en thérapeutique probabiliste
Enfin, les carbapénémases, chromosomiques et inductibles, dépendent du type et du foyer de l’infection, mais reposent
sont généralement faiblement exprimées, de sorte que les de préférence sur le céfépime (molécule restant habituellement
souches apparaissent le plus souvent sensibles aux carbapénèmes. sensible en cas de céphalosporinase hyperproduite) ou une
L’expression, inoculum-dépendante, varie selon les souches et fluoroquinolone associée ou non à de la gentamicine en cas de
semble pouvoir être détectée au moyen d’un inoculum lourd contexte grave. Ces choix sont à moduler en fonction de l’origine
(108 UFC/ml) [72, 85] . Parce que la méthode en diffusion utilise de l’infection. Ainsi, en cas d’infection posthirudothérapie, il
un inoculum plus élevé que la méthode des CMI par dilution en convient d’éviter l’utilisation de fluoroquinolone compte tenu
agar (108 UFC/ml d’après [84] et selon le protocole utilisé contre de la fréquence très élevée de souches résistantes à la ciprofloxa-
104 UFC/ml), les souches sont plus souvent catégorisées inter- cine. Le risque d’induire une résistance aux céphalosporines
médiaires avec la méthode des disques qu’avec celle des CMI en de troisième génération, en raison du caractère inductible des
milieu gélosé [86] . La signification clinique d’un résultat de sen- bêtalactamases, a été évoqué et ne peut être exclu, mais il semble,
sibilité aux carbapénèmes est actuellement méconnue : nous ne d’après certaines observations, être plutôt faible [28] . En cas
savons pas si ces souches, bien qu’elles expriment une carbapé- d’infection cutanée, le manque de sensibilité à l’amoxicilline plus
némase, peuvent être considérées comme sensibles parce que le acide clavulanique constitue un réel problème, puisque cet anti-
niveau d’expression est trop faible pour compromettre un suc- biotique représente le traitement de choix des infections cutanées
cès thérapeutique ou, si parce que les méthodes détectent mal en France. Le cotrimoxazole en cas de diarrhée nécessitant un
l’expression de l’enzyme, toutes les souches des espèces produc- traitement antibiotique est un choix acceptable.
trices devraient être considérées comme ayant une sensibilité
intermédiaire. Il n’existe pas de données cliniques permettant de
statuer dans un sens ou un autre et la prudence est de mise. Remerciements : A. Kodjo, A. Lecoustumier, Collège de bactériologie, de viro-
Ainsi, les Aeromonas (sauf A. trota) sont généralement résis- logie et d’hygiène des hôpitaux (col. BVH).
tants à l’amoxicilline (à plus de 90 %), à l’amoxicilline plus acide
clavulanique, à la ticarcilline (dont la sensibilité est mal restau-
rée par l’acide clavulanique), aux céphalosporines de première Déclaration de liens d’intérêts : les auteurs n’ont pas transmis de déclaration
et deuxième générations (sauf A. veronii). Ils sont diversement de liens d’intérêts en relation avec cet article.
sensibles à la pipéracilline, aux céphalosporines de troisième géné-
ration et aux carbapénèmes [86] .
L’acquisition de bêtalactamases chez Aeromonas de type  Annexe A. Espèces valides au sein
pénicillinase (TEM, CARB, SHV), carbapénémase (VIM, IMP,
KPC, GES) ou bêtalactamase à spectre étendu (BLSE) a été du genre Aeromonas.
décrite [71, 79, 81, 82, 87] , mais ces descriptions restent peu fréquentes.
Enfin, la rareté des études de sensibilité des Aeromonas, sous- Les espèces décrites à tort (A. ichthiosmia
tendue par la rareté des aéromonoses, associée à la variabilité [1990] et A. culicicola [2002], synonymes
des fréquences de sensibilité d’une région du monde à l’autre,
et à la variabilité des méthodes d’antibiogramme, rend difficile
d’A. veronii biovar sobria, et A. sharmana
l’appréciation d’une évolution de la résistance des Aeromonas aux [2006] qui n’appartient pas au genre
antibiotiques [1, 5] . Aeromonas [1] ) n’apparaissent pas dans ce
Sensibilité aux autres antibiotiques tableau. Les autres redondances
Les Aeromonas sont habituellement sensibles aux fluoroquino- taxonomiques sont signalées en
lones (environ 90 %, hors souches provenant de sangsues), aux
aminosides (hors tobramycine), aux tétracyclines et à la tigé- commentaires (A. trota/A. enteropelogenes,
cycline. Ils sont inconstamment sensibles à la tobramycine et A. punctata/A. caviae). Les espèces
au cotrimoxazole (70–90 %) et habituellement résistants aux
macrolides. La résistance au cotrimoxazole, tétracyclines et cer- pathogènes chez l’homme apparaissent
tains aminosides a été associée à la présence d’intégrons de en caractères gras.

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Espèce Date Groupe homogène Isolé chez l’homme Pathogène chez Fréquence chez Pathogène Commentaires
description (HG) par (extra- l’homme (extra- l’homme chez les
hybridation intestinal/intestinal) intestinal/intestinal) animaux
ADN-ADN
A. hydrophila complex
A. hydrophila 1901 HG1 Oui/oui Oui/oui Fréquent Oui 2 sous-espèces :
A. hydrophila subsp.
hydrophila
(fréquente chez
l’homme),
A. hydrophila subsp.
ranae (non isolée
chez l’homme) [4]
A. dhakensis 2008/2013 HG1 Oui Oui Fréquent Oui Initialement
considéré comme
une sous-espèce
d’A. hydrophila,
momentanément
dénommé
A. aquariorum
(synonyme) décrit
en 2008, renommé
en 2013 [6, 11]
A. bestiarum 1996 HG2 Non/oui NA/non Rare Oui
A. salmonicida 1896 HG3 Non/oui Non/non Rare Oui 5 sous-espèces
A. salmonicida
subsp. salmonicida,
A. salmonicida
subsp. achromogenes,
A. salmonicida
subsp. masoucida,
A. salmonicida
subsp. pectinolytica,
A. salmonicida
subsp. smithia [4]
A. caviae complex
A. caviae (1962) a 1984 HG4 Oui/oui Oui/oui Fréquent Oui Synonyme de
A. punctata. Bien
que A. punctata ait
l’antériorité de
description (1957),
le nom A. caviae
pour désigner ce
taxon est le plus
usité [1]
A. media 1983 HG5 Non/oui NA/oui Rare Non
A. rivipollensis 2015 HG5 Oui/oui Oui/oui Rare Non
A. eucrenophila 1997 HG6 Oui Non/NA Très rare Non
A. veronii complex
A. veronii 1987 HG8 Oui Oui Fréquent Oui Dénommé à tort
A. sobria [4, 13, 62]
biovar sobria
biovar veronii HG10 Oui Oui Rare Non
A. jandaei 1991 HG9 Oui Oui/Inconnu Très rare Non
A. encheleia 1997 HG11 (HG16) Oui/non Non/NA Un seul cas Non
A. schubertii 1988 HG12 Oui/non Oui/NA Très rare Non
A. diversa 2010 HG13 Oui/non Oui/NA Rare Non
A. trota 1991 HG14 Oui Oui/oui Très rare Non Synonymes de
A. enteropelogenes.
Bien que
A. enteropelogenes ait
l’antériorité de
description, le nom
A. trota pour
désigner ce taxon
est le plus usité

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Espèce Date Groupe homogène Isolé chez l’homme Pathogène chez Fréquence chez Pathogène Commentaires
description (HG) par (extra- l’homme (extra- l’homme chez les
hybridation intestinal/intestinal) intestinal/intestinal) animaux
ADN-ADN
Espèces variées
A. allosaccharophila 1992 HG15 Non/oui NA/non Très rare Oui
A. australiensis 2013 ND Non/non NA NA Non
A. aquatica 2015 ND Non/non NA NA Inconnu
A. aquatilis 2017 ND Non/non NA NA Inconnu
A. bivalvium 2007 ND Non/non Non NA Non
A. cavernicola 2013 ND Non/non NA NA Non
A. crassostreae 2017 ND Non/non NA NA Inconnu
A. enterica 2017 ND Non/oui Non/oui Inconnu Inconnu
A. finlandiensis 2015 ND Non/non NA NA Inconnu
A. fluvialis 2010 ND Non Non NA Non
A. intestinalis 2017 ND Non/oui Non/oui Inconnu Inconnu
A. lacus 2015 ND Non/non NA NA Inconnu
A. lusitana 2016 ND Non/non NA NA Inconnu
A. molluscorum 2004 ND Non Non NA Non
A. piscicola 2009 ND Non Non NA Oui
A. popoffii 1997 HG17 Oui Oui Très rare Non
A. rivuli 2010 ND Non/non NA NA Non
A. sanarellii 2010 ND Oui/non Oui/non Rare Non
A. simiae 2004 ND Non Non NA Non
A. sobria 1976 HG7 Non/non NA NA Non Espèce strictement
environnementale,
malgré l’utilisation
de cette
dénomination en
clinique pour des
souches qui sont en
réalité des A. veronii
biovar sobria [1, 13, 62]
A. tecta 2008 ND Oui Non Très rare Non
A. taiwanensis 2010 ND Oui/non oui/non Rare Non

NA : non applicable. ND : non déterminé ; ADN : acide désoxyribonucléique.

a
Date de description du taxon.

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 Annexe B. Cas clinique est écrasé par une pierre. Le patient présente une plaie déchique-
tée avec une fracture (deuxième phalange) très déplacée et très
Infection de plaies et de tissus mous ouverte. La fracture est réduite le jour même, la plaie parée et
suturée et une broche est mise en place. À partir du 2e jour postopé-
Aux beaux jours, un adolescent de 14 ans se baigne avec des ratoire, apparaît une nécrose digitale rapidement évolutive (Fig. 1)
amis dans une rivière. Il se blesse l’index de la main gauche qui associée à des phlyctènes. Les données biologiques montrent une
protéine C-réactive à 56 mg/l, une hyperleucocytose à 13,9 G/l,
dont 78 % de polynucléaires neutrophiles. Un traitement par
amoxicilline plus acide clavulanique puis, au 5e jour postopéra-
toire, par ciprofloxacine (250 mg 3 fois/j) et ceftriaxone (1 g/j) est
instauré ; en effet, l’analyse microbiologique des collections liqui-
diennes a mis en évidence une souche d’A. hydrophila en culture
pure. Au 9e jour, la plaie est mise à plat, les tissus nécrosés exci-
sés, l’antibiothérapie poursuivie. La prise en charge ne permet
pas d’éviter l’amputation des deuxième et troisième phalanges au
16e jour postopératoire. Lors des deux dernières interventions, le
chirurgien avait relevé une odeur nauséabonde, en fait caractéris-
tique de l’infection à Aeromonas. L’adolescent était, au moment
de sa blessure, en bonne santé (pas d’immunodépression)
(Fig B.1).

 Annexe C. Distribution
des espèces isolées en médecine
humaine, des types d’infections
et des comorbidités identifiées
chez les patients hospitalisés
en France avec une aéromonose
(d’après [1] ).
Figure B.1. Cas d’infection nécrotique à Aeromonas survenu après bai-
gnade en rivière et plaie contre un rocher et ayant nécessité l’amputation
du doigt malgré une antibiothérapie. Le patient, un adolescent immu-
nocompétent de 14 ans, avait été initialement traité par amoxicilline
plus acide clavulanique (reproduit avec l’aimable autorisation du Docteur
A. Lecoustumier).

Distribution des infections (effectif total = 78)

Infections de plaies et de tissus mous 44 %
Bactériémies, toutes d’origine digestive (35% suite à 26 %
une infection des voies biliaires)
Gastroentérites 19 %
Infections respiratoires 6%
Infections oculaires 1%
Infections urinaires 1%
Péritonite avec perforations digestives 1%
Infections hépatobiliaires 1%
Distribution des espèces impliquées dans des infections (effectif total = 70)
A. veronii 40 %
A. hydrophila 30 %
A. caviae 21,5 %
A. aquariorum 4,3 %
A. jandaei 1,5 %
A. allosaccharophila 1,5 %
A. salmonicida 1,5 %
Comorbidités en fonction du type d’aéromonose
Bactériémie Hémopathie ou cancer dans 40 % des cas
Traitement immunosuppresseur dans 35 % des cas
Autres comorbidités : éthylisme chronique, diabète dans 25 % des cas
Aucune comorbidité dans 35 % des cas (patients très âgés)
Entérite Hémopathie ou cancer dans près de 50 % des cas
Infection de plaie Lésion cutanée dans 97 % des cas
Exposition environnementale dans 88 % des cas
Immunodépression dans seulement 8 % des cas (diabète, éthylisme chronique)

Données personnelles.

10 EMC - Biologie médicale

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 Annexe D. Performances de diverses méthodes d’identification

concernant une collection de souches représentative de l’épidémiologie
clinique (d’après [14] ).

Système évalué Proportion d’identification exacte (%) Remarques Référence

Niveau Niveau Espèce Espèce Espèce
du genre d’espèce A. caviae A. hydrophila A. veronii
Biochimie-systèmes commercialisés
Api® 20E 82,8 77,0 42,1 100 90,0 A. schubertii, A. jandaei, A. media, A. trota, [89]

® A. aquariorum absents des bases

Api 32GN 98,9 91,9 100 100 96,7
A. veronii biovar sobria dénommé à tort
Vitek® , Carte GN 98,9 82,7 100 100 70,0 A. sobria
Microscan WalkAway® NFC47 93,1 80 5 89,5 90,9 76,7 A. schubertii, A. jandaei, A. media, A. trota,
A. aquariorum absents des bases
PhoenixTM NID69 a 97,7 73,5 95,2 62,5 86,7 A. schubertii, A. jandaei, A. media, A. trota,
A. aquariorum absents des bases
A. veronii biovar sobria dénommé à tort
A. sobria
Omnilog® GN2 a 100 67,8 95,2 68,8 53,3 A. schubertii, A. jandaei, A. media, A. trota,
A. aquariorum absents des bases
[90, 91]
Biochimie-Aerokey® II – 87,2 100 90,9 83,3 A. media, A. dhakensis de l’algorithme.
Performances supérieures dans la
littérature
Spectrométrie de masse MALDI-TOF
[61]
Ultraflex-MALDI biotyper® 100 89,9 86,9 90,6 90,3 A. dhakensis absent des bases

La composition de la collection évaluée est la suivante : A. caviae (n = 19) ; A. hydrophila (n = 32) ; A. veronii biovar sobria (n = 30) ; A. jandaei (n = 1) ; A. media (n = 3) ;
A. salmonicida (n = 1) ; A. allosaccharophila (n = 1).
MALDI-TOF : matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight.
a
Méthodes ne nécessitant pas de test complémentaire.

 Annexe E. Caractères biochimiques présentant une forte variabilité

interspécifique et aidant à l’identification d’espèces. Les caractères
en gras permettent de distinguer les biovars de l’espèce A. veronii.

Proportion de souches présentant le caractère (%)

A. caviae A. media A. veronii A. veronii A. hydrophila A. dhakensis A. bestiarum A. salmonicida A. schubertii A. jandaei A. trota A. popoffii
biovar biovar
sobria veronii
Gaz/glucose a 0 0 92 90 95 ≥ 85 69 77 0 100 69 100
Esculine 97 55 7 100 99 ≥ 85 81 85 0 0 0 0
Saccharose b 100 100 100 100 97 ≥ 85 94 100 0 0 0 0
Cellobiose b 95 100 13 80 4 ≤ 15 19 69 0 13 100 0
Salicine b 76 28 13 100 100 ≥ 85 56 31 0 0 0 0
L-Arabinose b 100 100 10 10 95 ≤ 15 100 100 0 0 0 57
Lactose b 60 64 12 83 16 ND 13 92 0 0 0 0
D-sorbitol b 4 0 0 0 0 ≥ 85 0 85 0 0 0 0
VP 0 0 97 70 95 ≥ 85 63 62 17 87 0 86
Indole 89 100 100 100 96 ≥ 85 100 100 8 100 100 43
LDC 0 0 96 100 98 ≥ 85 50 46 83 100 100 0
ODC 0 0 3 100 0 ≥ 85 0 0 0 0 0 0
ADH – – 100 0 – – – – – – – –
DL-Lactate 95 45 3 0 89 100 0 0 58 7 88 71
Acide urocanique ≤ 15 100 13 0 12 100 94 100 0 7 75 57
Pyrazinamidase 88 18 56 0 24 ≤ 15 50 31 0 0 13 0
Ampicilline I+R c 97 91 98 100 100 ≥ 85 94 85 92 93 6 100

D’après [5, 6, 12, 60] .

a
Production de gaz lors de la fermentation du glucose.
b
Production d’acide à partir de. VP : réaction de Voges-Proskauer ; LDC : lysine décarboxylase ; ODC : ornithine décarboxylase ; ADH : arginine dihydrolase ; ND : non
déterminé.
c
Résultats obtenus avec les seuils de catégorisation clinique recommandées par le comité antibiogramme de la Société française de microbiologie [4] .

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90-05-0013-A  Aeromonas et aéromonoses en médecine humaine

 Annexe F. Bêta-lactamases décrites chez Aeromonas.

Type d’enzyme Groupe Classe Nom Support génétique Espèce a Commentaire Référence
de Bush d’Ambler
[81]
Céphalosporinase 1 C CAV-1 Chromosome A. caviae Inductibles, Non
A1h Chromosome A. hydrophila exprimée chez A. veronii
biovar sobria [86]
CepH Chromosome A. hydrophila
[81]
CepS Chromosome A. veronii biovar sobria
[78]
AsbA1 Chromosome A. jandaei
[83]
Tru-1 Chromosome A. trota
[94]
AQU-1 Chromosome A. dhakensis
[12]
MOX Chromosome A. caviae
D [86]
Oxacillinase 2d AmpH Chromosome A. hydrophila Inductibles
[81]
AmpS Chromosome A. veronii biovar sobria
[78]
AsbB1 Chromosome A. jandaei
[95]
Oxa-181 Transposon A. caviae
B [87]
Métallocarbapénémase 3 CphA Chromosome A. hydrophila (A. veronii Bas niveau d’expression
biovar sobria, A. jandaei) Inductibles
[80]
A2h Chromosome A. hydrophila
[86]
ImiH Chromosome A. hydrophila
[81]
ImiS Chromosome A. veronii biovar sobria
[90, 96]
VIM-4, VIM-1 Intégron A. hydrophila
[90]
IMP-19 Intégron A. caviae
[97]
Pénicillinase 2c A AER-1 Plasmide A. hydrophila (A. caviae)
[92, 93]
2b TEM Intégron NP
[92]
2b SHV Intégron NP
[98]
– GES-24 Intégron A. hydrophila
[99, 100]
– KPC-2 Intégron A. hydrophila, A. caviae,
A. taiwanensis

NP : non précisé par l’auteur.

a
Espèces chez qui l’enzyme a été initialement décrite, (espèce chez qui l’enzyme a par la suite été observée).

 Annexe G. Profils de résistance naturelle aux bêta-lactamines des espèces

d’intérêt clinique en fonction des espèces et des enzymes.

Espèce Oxacillinase Céphalosporinase Metallocarbapénémase Profil habituellement observé Références

[72, 87]
A. caviae Présent Présent Absent Résistance aux pénicillines avec ou sans inhibiteur de
bêtalactamase
Résistance aux céphalosporines de 1re et 2e générations
Sensibilité aux carbapénèmes
[72, 87]
A. hydrophila Présent Présent Présent Résistance aux pénicillines avec ou sans inhibiteur de
bêtalactamase
Résistance aux céphalosporines de 1re et 2e générations
Sensibilité aux carbapénèmes possiblement diminuée
[12]
A. dhakensis Présent Présent Présent Résistance aux pénicillines avec ou sans inhibiteur de
bêtalactamase
Résistance aux céphalosporines de 1re et 2e générations
Sensibilité aux carbapénèmes possiblement diminuée
[74, 75, 79, 87]
A. veronii Présent (Présent) Présent Résistance aux pénicillines avec ou sans inhibiteur de
Non exprimée bêtalactamase
Sensibilité aux céphalosporines de 1re et 2e générations
Sensibilité aux carbapénèmes possiblement diminuée
[74, 87, 101]
A. jandaei Présent Présent Présent Résistance aux pénicillines avec ou sans inhibiteur de
bêta-lactamase
Résistance aux céphalosporines de 1ère et 2e générations
Sensibilité aux carbapénèmes possiblement diminuée
[74, 83]
A. trota Absent Présent Absent Sensibilité aux pénicillines, résistance aux céphalosporines de
1re et 2e générations
[74]
A. schubertii Présent Absent Absent Résistance aux pénicillines avec ou sans inhibiteur de
bêtalactamase

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